A/深圳/1/99(H3N2)病毒抗原性及基因特性研究

目的　了解A/深圳 /1/99(H3N2 )病毒抗原性和基因特性 ,为促进深圳地区流感监测水平和流感病毒基因库建立提供科学资料。方法　鸡胚传代病毒 ,收获尿囊液作为抗原性分析抗原并提取病毒的RNA ,进行逆转录 -聚合酶链式反应(PT -PCR) ,扩增产物用纯化试剂盒纯化后测序 ,用MegAlign软件进行基因种系发生树分析。结果　A/深圳 /1/99(H3N2 )病毒抗原与其他毒株均存在着差异 ;他的HA1蛋白分子上共有 8个潜在的糖基化位点 ,除比A/武汉 /35 9/95 (H3N2 )病毒多了一个外 ,与其他毒株均相同 ;基因发生树分析表明 ,它与A/福建 /15 1/2 0 0 0毒株最相近 ,其次最接近的为A/莫斯科 /10 /99毒株。结论　A/深圳 /1/99(H3N2 )毒株为A/福建 /15 1/2 0 0 0类似株 (国内代表性毒株 )分离出时比后者早     

禽流感病毒H1、H3、H5、N2亚型多重RT-PCR检测方法的初步研究

目的根据禽流感病毒H1、H3、H5亚型的HA基因和N2型NA基因的保守序列,设计出四对RT-PCR引物,建立一步法多重RT-PCR对禽流感H1、H3、H5、N2四亚型进行快速检测。方法利用所设计的四对引物,通过对该方法扩增条件的优化,成功建立快速检测禽流感病毒H1、H3、H5、N2四亚型的一步法多重RT-PCR。利用禽流感H1、H3、H5、N2四亚型毒株和其它相关标准毒株进行敏感性和特异性试验。结果与结论所建立的一步法多重RT-PCR具有较高的特异性和敏感性,与禽流感其它亚型和NDV、IBV、ARV?IBDV的核酸均无交叉反应。用该方法检测现场样品395份(4省20多个地区),结果与经典检测方法一致。     

H5N1亚型和H3N2亚型禽流感病毒广西株NS基因的克隆和序列分析

目的对3株分离自广西的禽流感病毒的NS基因进行序列分析,试图从分子水平分析和了解广西地区禽流感病毒NS基因的变异特点和进化规律。方法根据GenBank上登录的已知禽流感病毒的NS基因全序列设计引物,对3株2004-2005年分离自广西的禽流感病毒株A/DK/GX/1566/04(H3N2)、A/Goose/GX/737/05(H5N1)、A/Goose/GX/2775/05(H5N1)的cDNA进行PCR扩增NS基因,并将其克隆到pMD-18T载体上,分别获得全长为855bp、834bp、837bp的NS基因全序列。结果2株H5N1亚型禽流感病毒广西株间NS基因序列的同源性为95.3%,而2株H5N1亚型禽流感病毒株与H3N2亚型禽流感病毒株之间NS基因序列的同源性为94.0%～94.1%。H5N1亚型禽流感病毒广西株的NS基因在第238-253位核苷酸处均发生了15个核苷酸缺失,与我国广东、香港、云南、湖南、湖北及东南亚等不同地区的毒株比较,NS基因的核苷酸同源性为70.2%～97.6%。在NS基因系统进化树中,3株禽流感病毒广西株都属于A亚群,但处在不同的分支上,其中A/DK/GX/1566/04(H3N2)与广东、香港2001-2003年分离株处于同一分支;A/Goose/GX/737/05(H5N1)、A/Goose/GX/2775/05(H5N1)与我国华南地区以及韩国、越南、泰国等亚洲东南部国家的2003年以后的分离株有共同起源。结论3株2004-2005年分离自广西的禽流感病毒株NS基因之间的同源性均高于94%,都属于A亚群。     

2019—2020年山东省H3N2流感病毒抗原性及血凝素基因特征分析

目的 了解2019—2020年流感监测年度山东省分离的H3N2亚型流感病毒抗原性及血凝素(hemagglutinin,HA)基因遗传进化规律与氨基酸变异情况。方法 用免疫雪貂后的抗血清进行红细胞凝集抑制试验,对2019年4月至2020年3月山东省分离的40株H3N2亚型流感毒株进行抗原性分析,并对其中19株待检病毒的HA基因进行序列测定及分析。结果 抗原性分析结果显示检测的H3N2亚型流感病毒中仅仅35%(14/40)与疫苗株A/Kansas/14/2017抗原性类似。系统进化树显示,19株H3N2亚型流感病毒分离株血凝素基因在进化树上全部属于3C.2a分支,与处于3C.3a分支的疫苗株A/Kansas/14/2017亲缘关系较远;与疫苗株相比,所有待检毒株A抗原决定簇有3个位点,B抗原决定簇有2个位点发生改变;受体结合位点均发生T135K位和S137F位变异;19株分离株全部发生133位糖基化位点缺失。结论 抗原性分析及HA基因序列分析结果显示,WHO推荐的 2019—2020 年疫苗株保护效果有可能不理想。应继续密切关注 H3N2 亚型流感病毒的流行与基因变异情况,为流感病毒疫苗株推荐及防控提供科学依据。     

H9N2亚型禽流感病毒A/Chicken/Gansu/2/99株基因组的分子特征

目的测定H9N2亚型禽流感病毒A/Chicken/Gansu/2/99(CK/GS/2/99)分离株的基因组序列并与参考毒株进行同源性分析,阐明该毒株的遗传变异及分子特征。方法采集发病鸡泄殖腔样品,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,采用RT-PCR方法对CK/GS/2/99株的8个分节段基因进行扩增,分别将其克隆到pGEM-T easy载体后进行序列测定与同源性分析。结果CK/GS/2/99株PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M、NS基因的开放阅读框分别由2280、2274、2151、1683、1497、1401、759、864个碱基组成,分别编码759、757、716、560、498、466、252/97、231/122个氨基酸残基。该毒株HA上HA1和HA2裂解位点序列为PARSSR↓GLF,具有典型的低致病性禽流感病毒的特征。同源性分析显示,CK/GS/2/99株与1998-2002年间大部分中国大陆分离株遗传关系较近,尤其与CK/NX/4/99和CK/HB/31/00株遗传关系密切。结论CK/GS/2/99与大部分流行于中国内陆的H9N2亚型毒株均来源于共同的祖先毒株CK/BJ/1/94,这为了解中国H9N2亚型禽流感病毒的分子流行病学提供了资料。     

人感染高致病性禽流感病毒A/Fujian/1/2007(H5N1)株基因组序列测定及分析

目的对福建省分离的高致病性禽流感病毒A/Fujian/1/2007(H5N1)株进行全基因组序列测定,了解病毒序列及进化特征。方法SPF鸡胚分离法分离A/Fujian/1/2007(H5N1)株病毒,并提取病毒RNA。病毒RNA经通用引物逆转录后,应用特异性引物分别扩增病毒各节段,产物经TA克隆到载体中进行测序并对结果进行排列、拼接成完整的病毒基因组。分析病毒重要位点特征,并参照已发表的病毒序列,对A/Fujian/1/2007(H5N1)株作系统进化分析。结果应用自行设计的引物,扩增并获得完整的A/Fujian/1/2007(H5N1)株基因组序列。病毒重要位点的分析表明,该株病毒为禽源高致病性禽流感病毒,病毒对达菲敏感而对金刚烷胺类药物则具有耐药性。病毒特征有待进一步的生物学验证。系统进化分析显示,在亚洲各国引起人类感染的高致病性禽流感病毒具有明显的地理分布特征,A/Fujian/1/2007(H5N1)病毒与国内以往毒株属同一进化分支。结论获得人感染高致病性禽流感病毒A/Fujian/1/2007株全基因组序列,了解病毒重要的氨基酸位点特征以及亚洲人感染病毒间的亲缘关系,为进一步探讨福建省禽流感病毒变异、传播机制等奠定基础。     

2014-2015年商洛市流感病毒H3N2亚型血凝素(HA1)基因进化研究

目的分析2014-2015年度商洛市流感监测病毒血凝素(HA)基因变异情况并研究与推荐疫苗的匹配性。方法收集2014-2015年商洛市流感监测平台用狗肾传代细胞(MDCK)培养分离的H3N2亚型毒株,利用RT-PCR方法扩增分离HA片段,进行核苷酸序列测定,应用clustax2.1软件进行序列比对后,用Mega6.0软件构建系统发育进化树,系统进化树采用Neighboring-joining方法进行分析。结果 2014-2015年度分离的流感H3N2毒株同源性在97.2%~99.9%,与推荐疫苗株A/Texas/50/2012同源性为97.3%~98.5%;将分离毒株的HA1基因氨基酸与疫苗株比较,发现2014年毒株主要抗原决定簇氨基酸变异点有B区Y159F、S198P;2015年主要抗原决定簇氨基酸变异点有A区G142R,B区S159F、S198P。结论2014-2015年度商洛市流感H3N2亚型毒株关键抗原决定簇已经出现改变,A/Texas/50/2012作为疫苗组分已经不是最佳,亟需对我国流感H3N2亚型疫苗组分进行更新,应密切关注流感H3N2基因进化趋势。     

2017—2019年贵州省H3N2亚型流感病毒流行特征及NA基因遗传特性分析

目的 分析2017—2019年贵州省H3N2亚型流感病毒流行特征及神经氨酸酶(Neuramini dase,NA)基因的遗传特性,为H3N2亚型流感病毒的防控提供科学依据。方法 采集2017—2019年贵州省13家国家级流感监测哨点医院的流感样病例(ILI)咽拭子标本,进行荧光定量PCR的检测,以自然年度为监测周期进行统计分析。H3N2亚型核酸阳性的标本进行狗肾胚细胞(MDCK)分离病毒,收集培养液提取病毒RNA,进行RT-PCR特异性NA基因扩增,扩增产物纯化后进行测序,用MAGE7.0软件和Clustal W2软件进行同源性、遗传进化和耐药位点分析。结果 2017-2019年,贵州省采集ILI咽拭子标本分别为15 553、15 164和15 348份,H3N2亚型阳性率分别为5.12%(797/15 553)、0.80%(122/15 164)和7.67%(1 177/15 348),呈交替流行趋势;高峰期主要出现在1-3月和10-12月。2017-2019年H3N2亚型NA基因核苷酸同源性为97.5%~100%,在进化树上主要分成2个分支,所有毒株NA基因关键位点均未发生突变。结论 贵州省H3N2亚型流感病毒呈年度周期性流行,多发于冬春季节,为更好防控流感,应及时掌握流行趋势,需加强监测并及时分析病毒基因特征变异情况。     

2018-2020年克拉玛依市甲型H3N2流感病毒分子特征分析北大核心CSCD

目的了解克拉玛依市甲型H3N2流感病毒HA和NA基因特征,为防控提供科学依据。方法收集2018-2020年克拉玛依市甲型H3N2流感毒株进行HA和NA基因序列测定,运用Mega软件与疫苗株进行序列比对和分析。结果 18株毒株HA基因与A/Hong Kong/4801/2014同源性高于A/Kansas/14/2017,NA基因与A/Hong Kong/4801/2014同源性低于A/Kansas/14/2017。相对疫苗株,克拉玛依市毒株已出现氨基酸同时在2个及以上抗原决定簇发生替换;HA蛋白均发生了糖基化位点的改变;未发现与耐药相关位点突变。结论 2019-2020年克拉玛依市毒株与当年度疫苗推荐株匹配度降低且HA已发生抗原漂移,可能导致本地区H3N2毒株流行,神经氨酸酶抑制剂类药物依旧能够有效治疗流感,应加强对流感病毒HA和NA基因进行监测。     

2010--2012年福建省H3N2亚型流感病毒血凝素基因特征分析

目的通过对2010—2012年福建省分离的H3N2亚型流感毒株血凝素HA1基因进行分析,了解2010-2012年福建省H3N2亚型流感病毒的基因特征和变异规律。方法随机选择28株毒株,提取病毒RNA,采用RT-PCR扩增目的片段,纯化PCR产物后进行测序;利用DNAstar和Mega4．0等生物信患学软件进行核苷酸整理、拼接、校对、差异性比较以及基因进化树构建等分析研究。结果28株H3N2亚型流感病毒HAl区核苷酸同源性在96．4％～100％之间。基因系统进化分析显示,其进化规律都是沿着树枝主干随着时闻推移向,上延伸,序列的差异和年代成正比。2010—2012年间HAl区共出现43个氨基酸位点的变化,其中有10个氨基酸位点变异累计涉及4个抗原决定簇,2个变异位点发生在受体结合位点（RBS）及其附近,应予高度重视。结论相对于A／Perth／16／2009疫苗代表株,2012年的部分H3N2亚型流感出现了抗原漂移;部分毒株已出现氨基酸位点的改变,并涉及抗原决定簇及受体结合位点,提示2010—2012年福建省人群中流行的H3N2亚型流感正逐渐发生变异,应加强流感病原学监测,以及时发现新的流感变异株,为福建省流感防控提供科学依据。     

福建省甲型H1N1流感病毒分离及首例分离株全基因组序列分析

目的分离甲型HIN1流感病毒,分析福建省首例病毒分离株全基因组序列和遗传特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和Real—time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其8个基因片段,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接全基因组序列;分析重要基因位点,利用GENBANK中相关序列对首例病毒分离株A／Fujian／01／2009（H1N1）进行基因进化树分析。结果从82例甲型H1N1流感确诊病例标本中分离出50株甲型H1N1流感病毒,第一代分离阳性率60．98％。在福建省首次获得甲型H1N1流感病毒株及全基因组序列。基因组序列分析证明：该毒株与2009年大流行株高度同源,其基因组存在四源重组现象;氨基酸位点分析其对达菲药物敏感,对金刚烷胺类药物耐药;相对于猪流感代表株A／Swine／Iowa／15／1930（HIN1）存在6个HA抗原决定簇位点变异。结论MD—CK细胞对甲型H1N1流感病毒具有较高敏感性;福建省首例甲型H1N1流感病例分离病毒株与北美流行株高度同源;相对于以往古典型猪流感代表株出现了HA蛋白抗原性漂移;为今后进一步开展甲型H1N1流感病毒分子生物学研究奠定基础。     

Inference of age-dependent case-fatality ratios for seasonal influenza virus subtypes A(H3N2) and A(H1N1)pdm09 and B lineages using data from the Netherlands

Background

Despite the known relatively high disease burden of influenza, data are lacking regarding a critical epidemiological indicator, the case-fatality ratio. Our objective was to infer age-group and influenza (sub)type specific values by combining modelled estimates of symptomatic incidence and influenza-attributable mortality.

Methods

The setting was the Netherlands, 2011/2012 through 2019/2020 seasons. Sentinel surveillance data from general practitioners and laboratory testing were synthesised to supply age-group specific estimates of incidence of symptomatic infection, and ecological additive modelling was used to estimate influenza-attributable deaths. These were combined in an Bayesian inferential framework to estimate case-fatality ratios for influenza A(H3N2), A(H1N1)pdm09 and influenza B, per 5-year age-group.

Results

Case-fatality estimates were highest for influenza A(H3N2) followed by influenza B and then A(H1N1)pdm09 and were highest for the 85+ years age-group, at 4.76% (95% credible interval [CrI]: 4.52–5.01%) for A(H3N2), followed by influenza B at 4.08% (95% CrI: 3.77–4.39%) and A(H1N1)pdm09 at 2.51% (95% CrI: 2.09–2.94%). For 55–59 through 85+ years, the case-fatality risk was estimated to double with every 3.7 years of age.

Conclusions

These estimated case-fatality ratios, per influenza sub(type) and per age-group, constitute valuable information for public health decision-making, for assessing the retrospective and prospective value of preventative interventions such as vaccination and for health economic evaluations.     

广西犬源H9N2亚型流感病毒分离株的全基因组测序分析及其对小鼠的致病性实验

目的 对广西犬只尤其是宠物犬中携带H9N2亚型流感病毒进行全基因组序列特征分析以及小鼠的致病性研究,为流感病毒疫情的防控提供科学依据。方法 采用RT-PCR的方法扩增、测序全基因组,DNAStar和MEGA6.0软件分析氨基酸同源性和进化树,通过小鼠感染实验探究其致病性。结果 13株H9N2毒株8个基因节段来源于5个不同谱系的毒株,属于新基因型,氨基酸同源性与广西分离株A/equine/Guangxi/3/2011≥99.0%,6个内部基因与2013年自人流感病毒分离株H7N9亲缘关系密切。毒株HA的裂解位点均为RSSR↓GLF,表明低致病力。氨基酸位点HA226、 NA119、NP375和PB2的701位等有变化,其中HA226位为亮氨酸L,具有与人SAα2,6-Gal结合的特性。BALB/c小鼠感染健康犬只中分离的H9N2病毒未在体内复制,而源自感冒犬只的毒株Ca/GX/8和Ca/GX/10能够在体内复制,临床症状明显但不致死。病毒经小鼠体内传代后致病力增强,推测是PB2的611位和PA623位氨基酸改变导致。结论 从广西各地犬只中获得的13株H9N2亚型流感病毒株经分析发现虽源于禽源,但具备和人源受体特异性结合的能力,且内部基因遗传进化关系复杂,对哺乳动物及人类存在较大威胁,亟需加强防控。     

Infectivity and pathogenicity of canine H3N8 influenza A virus in horses

Please cite this paper as: Yamanaka et al. (2010) Infectivity and pathogenicity of canine H3N8 influenza A virus in horses. Influenza and Other Respiratory Viruses 4(6), 345–351. Background  Equine H3N8 influenza A viruses (EIVs) cause respiratory disease in horses and circulate among horses worldwide. In 2004, an outbreak of canine H3N8 influenza A virus (CIV) occurred among dogs in Florida and has spread among dogs in the United States (US). Genetic analyses revealed that this CIV is closely related to the recent EIVs. Although CIV‐infected dogs could be the source of H3N8 influenza A virus for horses, it remains unclear whether the CIV circulating in the United States still maintains its infectivity and/or pathogenicity in horses. To address this, we investigated the infectivity and pathogenicity of CIV in horses and the receptor binding specificity of CIV. Materials and methods  Three horses were inoculated with A/canine/Colorado/30604/2006 (CO06, H3N8). Clinical signs and nasal swabs were recorded or collected every day. We also evaluated the virus binding to α2‐3‐linked 5‐N‐acetylneuraminic acid (NeuAcα2‐3Gal) and 5‐N‐glycolylneuraminic acid (NeuGcα2‐3Gal) receptor analogues. Results  Although all the three horses inoculated with CO06 seroconverted, they showed only mild clinical signs and two of them showed no virus shedding. CO06 had reduced binding to NeuGcα2‐3Gal. Discussion  Our results demonstrated that CO06 had reduced proliferation ability and pathogenicity in horses. As the recognition of NeuGcα2‐3Gal by EIV is known to be essential for binding to the equine respiratory system, the decreased binding of CO06 to NeuGcα2‐3Gal may be one of the important factors that reduces the proliferation ability and pathogenicity of CO06 in horses.