iTRAQ 结合2 DLC-MS／MS 技术筛选前列腺癌差异表达蛋白

目的：应用同位素标记相对和绝对定量技术（ iTRAQ）结合二维液相色谱-串联质谱技术（2DLC-MS/MS）筛选前列腺癌差异表达蛋白。方法将前列腺穿刺活检的组织标本分为三组：良性前列腺增生组（20例）、前列腺癌组（20例）以及前列腺上皮内瘤组（10例）。对这些组织标本进行蛋白提取、定量和酶解。 iTRAQ标记后（其中114标记良性前列腺增生组,116标记前列腺癌组,117标记前列腺上皮内瘤组）,进行2DLC-MS/MS分析。利用ProteinPilot软件（版本3.0）对MS/MS肽段进行分析,在International Swissprot （090210,human）数据库中搜寻蛋白并定量。差异表达蛋白界值设定：大于1.5倍或小于0.66倍且P＜0.05认为二者之间存在显著差异表达。 Western-blot 进一步验证了TPD52、Prohibitin-2、EF-Tu、Decorin 的表达。结果总共鉴定出760种蛋白。相对于良性前列腺增生,前列腺癌差异表达蛋白共有46个,其中有20个蛋白明显上调,26个蛋白明显下调。 Western-blot 的验证结果与这些蛋白的表达变化相符合。结论通过iTRAQ技术分析得到的前列腺癌差异表达蛋白可靠,iTRAQ技术为筛选出有意义的前列腺癌生物标记物提供了一个良好的平台。     

基于两种蛋白质组学技术筛选不同分期白癜风的差异表达蛋白

目的:采用两种蛋白质组学技术鉴定和筛选不同分期白癜风的血清标志物,并研究其网络关系.方法:收集白癜风稳定期和进展期以及健康人各15例的血清样本,采用双向凝胶电泳技术(2-DE)和核素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)对所有样本进行检测,筛选出差异表达蛋白,并用软件分析其可能作用的主要通路.结果:通过2-DE鉴定出稳定...     

急性脊髓损伤后差异蛋白的表达

背景：在质谱分析中,任何一种同位素标记相对和绝对定量试剂标记的不同样本中的同一蛋白质表现为相同的质荷比,而在串联质谱中,信号离子表现为不同质荷EL（114—121）的峰,因此可以分析得到相关蛋白质的定量信息。目的：建立大鼠急性脊髓损伤后脊髓组织差异蛋白质谱,应用同位素标记相对和绝对定量技术联合LC．MS／MS质谱技术从分子水平来探索脊髓差异蛋白的表达情况。方法：取8只SD大鼠,参照Allen’s等方法建立大鼠急性脊髓损伤模型,随机分为脊髓损伤后0h组和8h组,每组各4只。损伤后取脊髓组织,用同位素标记相对和绝对定量技术分析大鼠急性脊髓损伤后脊髓组织的差异蛋白质。结果与结论：共鉴定到了220个差异表达的蛋白,上调的差异蛋白数是116个,下调的差异蛋白有104个。其中相关神经再生的差异蛋白12个,其中上调的有7个,下调的有5个。提示实验中检测到的多种差异蛋白及表达明显的神经生长因子可能作为急性脊髓损伤的生物标记物或可能作为临床管理监测急性脊髓损伤的损伤进程、靶向治疗及评估疗效的有力证据。     

结核分枝杆菌潜伏性感染诊断的潜在标志物蛋白研究

目的 比较结核分枝杆菌标准株与休眠株蛋白质组差异表达情况,探讨结核潜伏性感染相关的诊断标志物.方法 选取结核分枝杆菌标准株H37 Rv和由标准株诱导的潜伏性感染菌株模型(休眠株)的样本,每个样本各培养3皿.对2组样本中的菌株进行裂解并抽提蛋白,进行同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)检测与分析,获得标准株与休眠菌株中相关蛋白质组的表达数据,并利用蛋白富集、信号通路分析等生物信息学技术将差异蛋白进行分类,进一步确定参与能量代谢通路的相关蛋白.结果 所检测的187个蛋白质中,64个蛋白质具有差异性表达,其中40个蛋白质表达上调,24个蛋白质表达下调.P9WPC9蛋白在休眠菌株与标准株中表达量比较,差异有统计学意义(P＜0.05).结论 P9WPC9蛋白主要参与细菌的能量代谢通路,可能成为结核潜伏性感染的潜在诊断标志物.     

淀粉样β蛋白前体转基因小鼠与正常小鼠脑蛋白质组蛋白质表达差异

目的：以蛋白质组学技术研究淀粉样β蛋白前体转基因小鼠与正常小鼠脑蛋白质表达差异，从蛋白质分子水平探索老年性痴呆发病机制。 方法：实验于2002-03／2003-10在河北医科大学第二医院、解放军总医院老年医学研究所、北京大学蛋白质工程国家重点实验室完成。淀粉样β蛋白前体转基因小鼠4只与正常C57小鼠4只脑组织经蛋白提取后，分别以固相pH梯度等电聚焦为第一向，十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳为第二向进行双向电泳。图像分析软件Image Master 2D Elite分析电泳图谱。以MALDI-TOF质谱仪对差异蛋白进行鉴定。 结果：8只小鼠均进入结果分析。11个蛋白点在淀粉样β蛋白前体转基因小鼠与正常小鼠脑组织表达量明显不同。他们分别被鉴定为热休克蛋白86ku-1、神经丝三联体L、氧化还原酶75ku亚单位前体、血清白蛋白前体、甘油-3-磷酸脱氢酶、三磷酸腺苷合酶α亚单位、α-烯醇化酶、γ-烯醇化酶、泛素结合酶E2、肌酸激酶、天冬氨酸氨基转移酶。 结论：通过蛋白质组学技术，寻找并鉴定了淀粉样β蛋白前体转基因小鼠与正常小鼠脑差异表达蛋白质。     

SELDI技术对肝硬化相关血浆差异蛋白的鉴定

目的建立基于SELDI-TOF-MS技术的蛋白质分离、纯化、鉴定技术,用于鉴定运用SELDI技术发现的肝硬化相关血浆差异蛋白。方法采用尿素预处理血液样本,结合离子交换层析、SELDI芯片检测及芯片上酶解、质谱鉴定等多种技术手段,对肝硬化相关的差异蛋白质进行了分离、纯化和鉴定。结果选用阳离子交换剂对血浆样品进行分离,并对分离的各组分进行芯片检测,在300 mM NaCl洗脱组分中,含有与目标蛋白荷质比相同、理化性质相同的蛋白质峰,并且该目标蛋白得到富集。采取芯片原位酶解的方法对目标蛋白进行快速酶解和质谱鉴定,鉴定该差异蛋白为人血浆结合珠蛋白。结论这一技术路线可以对前期运用SELDI技术检测到的疾病相关的差异蛋白质峰进行分离、纯化和鉴定,从而开展进一步的机制研究和应用研究。     

影响小鼠胚胎时期心脏发育的相关蛋白

小鼠胚胎发育中蛋白质随发育的阶段、特定的组织等变迁而不断发生变化．蕴藏着巨大动态的生命活动信息．利用蛋白质组学技术可从分子水平了解小鼠的发育调控、发育异常等的机制。心脏是胚胎发育的重要器官之一．并且内外环境的改变和高危因素都可能对心脏发育的威胁,其可最终导致多种临床疾病．尤其是先天性心脏病。     

淀粉样β蛋白前体转基因小鼠与正常小鼠脑蛋白质组蛋白质表达差异

目的:以蛋白质组学技术研究淀粉样β蛋白前体转基因小鼠与正常小鼠脑蛋白质表达差异,从蛋白质分子水平探索老年性痴呆发病机制。方法:实验于2002-03/2003-10在河北医科大学第二医院、解放军总医院老年医学研究所、北京大学蛋白质工程国家重点实验室完成。淀粉样β蛋白前体转基因小鼠4只与正常C57小鼠4只脑组织经蛋白提取后,分别以固相pH梯度等电聚焦为第一向,十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳为第二向进行双向电泳。图像分析软件Im-ageMaster2DElite分析电泳图谱。以MALDI-TOF质谱仪对差异蛋白进行鉴定。结果:8只小鼠均进入结果分析。11个蛋白点在淀粉样β蛋白前体转基因小鼠与正常小鼠脑组织表达量明显不同。他们分别被鉴定为热休克蛋白86ku-1、神经丝三联体L、氧化还原酶75ku亚单位前体、血清白蛋白前体、甘油-3-磷酸脱氢酶、三磷酸腺苷合酶α亚单位、α-烯醇化酶、γ-烯醇化酶、泛素结合酶E2、肌酸激酶、天冬氨酸氨基转移酶。结论:通过蛋白质组学技术,寻找并鉴定了淀粉样β蛋白前体转基因小鼠与正常小鼠脑差异表达蛋白质。     

稳定性心绞痛患者血清差异蛋白质的初步分析

摘要：目的：初步分析稳定性心绞痛（SAP）患者血清中差异蛋白质的表达。 方法：收集年龄与性别相匹配的50例SAP初诊患者与50例体检健康者的血清,分别混合血清后去除IgG 和清蛋白,进行PAGE并观察去除效率;进行固相pH梯度SDS-PAGE二维凝胶电泳,对凝胶进行银染后用Image Master 5.00软件分析;对差异点用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）技术进行测定。 结果：去除IgG和清蛋白前后的SDS-PAGE电泳图效果良好,IgG 和清蛋白去除率均＞80%;分析获得的2个差异点经质谱分析,间-α-胰蛋白酶抑制剂家族重链相关蛋白（inter-α-trypsin inhibitor family heavy-chain related protein,IHRP）、锌指蛋白A20（zinc finger protein A20,A20）在SAP患者血清中表达而在健康人血清中无表达。 结论：IHRP和A20可能在SAP发病机制中起一定作用。     

双向电泳和质谱技术在类风湿关节炎滑膜细胞差异蛋白分析中的应用及意义

目的 采用2-DE和质谱技术分析RA患者和创伤件关节炎患者关节滑膜组织中FLS蛋白质组学的变化,寻找RA关节滑膜特异性自身抗原.方法 采用2-DE分离6例创伤性关节炎患者及3例RA患者关节滑膜组织中FLS总蛋白质,凝胶经银染显色和图像数据分析识别差异蛋白质点,并用MALDI-TOF-MS对筛选出的差异蛋白质点进行鉴定.结果 RA患者与创伤性关节炎患者中的FLS蛋白质通过2-DE检测,分别检出1 633、1 603个蛋白质点;对2组相互匹配的蛋白质点进行差异分析后,其中蛋白质差异量大于3倍的差异点共有92个,从中选取在RA患者FLS中表达上调的33个差异蛋白质点进行MALDI-TOF-MS 鉴定分析,并与IPI和Swiss-Prot数据库进行比对,共鉴定出包括肿瘤型丙酮酸激酶、α-烯醇化酶、二硫键异构酶A3 前体、谷胱甘肽转移酶、泛素结合酶E2K、血小板活化因子乙酰水解酶、二氢嘧啶酶样2、腺苷酸酶、转醛醇酶、乙酰基辅酶A异构酶、26S蛋白调节亚单位S6a、膜联蛋白A11、过氧化物还原酶1、人色氨酰tRNA合成酶、核纤层蛋白、肌间蛋白、核基质蛋白、肌动蛋白、T-复合物多肽1、葡萄糖调节蛋白75、αB-晶体蛋白、葡萄糖调节蛋白78、未知蛋白:如PSMFA和SELENBP1等30个与RA发病有关的蛋白.结论 RA患者与创伤性关节炎患者FLS间存在差异表达的蛋白质,这些差异蛋白有可能是构成RA关节滑膜的相关自身抗原,并可能在诱导RA自身免疫反应中发挥一定作用.     

Identification of differentially expressed genes in coronary atherosclerotic plaques from patients with stable or unstable angina by cDNA array analysis

Summary.  The composition of atherosclerotic plaques is a crucial factor in determining rupture, thrombosis and clinical events. In this study, we analyzed gene expression in coronary plaques from patients with stable or unstable angina using gene arrays. Total RNA was extracted from eight plaques collected by therapeutic directional coronary atherectomy. cDNA probes, generated by amplification, were hybridized to nylon arrays containing 482 genes. Here we report the results for the inflammation, adhesion and hemostasis subsets. Many genes not previously associated with atherosclerosis, such as the lymphocyte adhesion molecule MadCAM, were expressed in the plaques. anova analysis showed higher tissue factor (TF) expression in unstable angina samples. Five genes were expressed at lower levels in unstable angina samples: anticoagulant protein S, cyclooxygenase (COX)-1, interleukin (IL)-7 and chemokines monocyte chemotactic protein (MCP)-1 and -2. Gene arrays provide a new approach to study plaque composition and identify candidate markers of plaque instability.     

Identification of tumor antigens that elicit a humoral immune response in breast cancer patients' sera by serological proteome analysis (SERPA)

BACKGROUND: In this study we applied a serological proteomics-based approach (SERPA) to identify tumor antigens that commonly induce a humoral immune response in patients with infiltrating ductal breast carcinomas. METHODS: Sera obtained at the time of diagnosis from 40 patients with invasive breast cancer and 42 healthy controls were screened individually for the presence of IgG antibodies to MCF-7 cell line proteins. Immunoreactive proteins were isolated and subsequently identified by MALDI-TOF mass spectrometry. RESULTS: We identified 26 proteins that reacted with antibodies in the sera from breast cancer patients. Among these antigens, a significantly higher frequency occurs against the molecular chaperone HSP60, the tumor suppressor prohibitin, beta-tubulin, the haptoglobin-related protein and peroxiredoxin-2. Immunoreactivity to hnRNPK, Mn-SOD and F1-ATPase was also clearly detected in the patients group, whereas scarcely in control sera. By contrast, two other antigens identified as cytokeratins 8 and 18, as well as, F1-actin were found to elicit humoral immune responses in both control and breast cancer patients' sera. CONCLUSIONS: The immunoproteomic approach implemented here offers a powerful tool for determining novel tumor antigens that elicit a humoral immune response in patients with invasive breast cancer. These antigens and/or their related circulating antibodies may display clinical usefulness as potential diagnostic markers and provide a means for a better understanding of the molecular mechanisms underlying breast cancer development.     

同位素稀释质谱法在美国CDC-CRMLN计划中的比对结果分析

目的总结并回顾性分析同位素稀释质谱法在美国疾病预防控制中心(CDC)胆固醇参考方法实验室网络(CRMLN)中的比对结果,为我国血脂测定提供质量保证。方法采用我国建立的同位素稀释液相色谱串联质谱(ID-LC/MS/MS)测定血清总胆固醇(TC)和三酰甘油(TG)的方法参加CRMLN比对。2016年之前每3个月1次,每次4种样品,测定2批。2016年之后每半年比对1次,每次4种样品,测定2批。每次测定中至少同时测定2个有证标准物质作为质控品。结果 15次TC比对结果显示,本血脂参考实验室(以下简称"本室")平均CV为0.43%,CDC各参加实验室间CV为0.42%,本室与实验室间总体均值的偏移为0.22%,与CDC靶值的偏移为0.58%。15次TG比对结果显示,本室平均CV为0.62%,本室测定TG的结果与实验室间均值的偏移为-0.98%,与CDC靶值的偏移为-0.80%。TC和TG各60个比对结果中,98%(59/60)的TC测定CV满足CDC的精密度要求,70%(42/60)的测定满足TC准确度要求(TC:CV≤1%,偏移≤1%);92%(55/60)的TG测定准确度满足CDC的要求(TG:偏移≤2.55%)。结论 ID-LC/MS/MS测定血清TC和TG的方法在CRMLN比对中数据良好,与CDC及各网络实验室测定结果一致,有望在我国血脂标准化中发挥重要作用并为参考测量比对计划提供经验和技术支持。     

Using SMS as a tool to reduce exclusions experienced by caregivers of people with disabilities in a resource-limited Colombian community

Purpose: The community of El Codito, located in the mountainside on the perimeter of Bogota, Colombia, is considered one of the most vulnerable and resource-limited communities in the region. This community-based research (CBR) project used short message service (SMS) messaging as a tool for information access and social interaction with caregivers of people with disabilities (PWD). Method: Using a focused ethnographic method, this research evaluated the experience of caregivers participating in the project. In addition to primarily qualitative methods, supplementary quantitative message data was also collected. This project utilized free and open source software for SMS message distribution. Results: Caregivers experienced the project as a window to possibility; the possibility of a social support network, the possibility of community participation and the possibility of change. During the three-month implementation, a total of 56 information messages were sent to caregivers, 20 question messages were received from caregivers and 30 social interaction messages were sent by caregivers to the group. Conclusions: The proliferation of mobile phones in this resource-limited setting provided a feasible method for reducing the exclusion of PWD and caregivers. SMS was a useful tool for sharing information and reducing the isolation experienced by this socially excluded population.

• Implications for Rehabilitation

• Mobile phones are a prevalent technology in many resource-limited settings; short message service (SMS) is a feasible tool for sharing information and reducing isolation experienced by people with disabilities (PWD) and their families.

• When developing technology-based projects in resource-limited settings, the field of rehabilitation could apply principles from the field of Information and Communication Technology for Development (ICT4D).

• Projects in resource-limited settings could consider using a community-based research (CBR) approach. This collaborative approach can enhance the contextual relevance of the project.

• Caregivers of PWD found the project to be both useful and meaningful, and as a result of the project became more involved in their community.

     

电 Y迷宫中大鼠纹状体边缘区与海马学习记忆功能的差异

目的:比较大鼠纹状体边缘区(marginaldivision,MrD)与海马在学习记忆方面的差别,探讨MrD与海马两个不同脑区在大脑学习记忆功能上的区别和作用地位。方法:在电Y迷宫训练大鼠后即刻或24h化学损毁大鼠双侧MrD或切断双侧穹窿海马伞(fornix/fimbria,FF),训练后6d再观察化学损毁双侧MrD组、MrD对照组、切断双侧FF组和FF对照组大鼠在电Y迷宫中学习记忆的行为表现。结果:训练后即刻或24h后损毁双侧MrD组大鼠的正确反应次数分别为10.11±3.89和9.27±4.29,其相应的MrD对照组大鼠正确反应次数则分别为22.63±3.58和22.56±4.25,损毁双侧MrD组与MrD对照组的正确反应次数相比均呈显著性意义的减少(P均<0.01);训练后即刻切断双侧FF组大鼠正确反应次数为12.80±3.99,其相应的FF对照组大鼠则为20.60±4.88,两者相比差异有显著性意义(P<0.01),但训练24h后切断双侧FF组大鼠与其相应的FF对照组大鼠的正确反应次数分别为21.10±4.68和22.00±4.89,两者相比差别则无显著性意义(P>0.05)。结论:海马仅参与电Y迷宫逃避性学习任务记忆巩固的早期阶段,而MrD则与早、晚两个阶段均有关。