人类肝素酶B细胞表位的预测和免疫原性鉴定

目的 预测并鉴定肝素酶(heparanase)蛋白B细胞表位免疫原性.方法 以肝素酶蛋白的氨基酸序列为基础,采用DNAStar分析软件以及Bcepred在线二级结构分析工具分析其蛋白二级结构并预测B细胞表位.根据预测结果 ,采用8分支多抗原肽结构合成针对该表位的抗原肽,将后者与通用型T辅助表位人IL-1β线性短肽(VQGEESNDK,氨基酸163～171)联合免疫日本白毛黑眼兔,检测免疫血清效价,鉴定其特异性和免疫原性.结果 软件预测显示,肝素酶蛋白大亚基的第1～15位(MAP1)、第279～293位(MAP2)及175～189位(MAP3)氨基酸序列最可能为其优势B细胞表位.间接酶联免疫吸附试验、免疫印迹及免疫组化分析,证实MAP1、MAP2及MAP3均能诱导机体产生高滴度抗体,但仅MAP1、MAP2抗体具有高特异性,MAP2抗体与肝癌组织的结合力最强.结论 肝素酶大亚基的第1～15位、第279～293位氨基酸为其优势B细胞表位,其中第279～293位氨基酸的免疫原性最强,这为肝素酶多肽抗体及B细胞优势短肽疫苗研制提供了理论依据.     

人TLR4的B细胞优势表位设计、合成及其免疫原性检测

目的　鉴定TLR4的优势抗原表位 ,为抗人TLR4单克隆抗体制备奠定基础。方法　分别应用Hoop&Woods亲水性参数、抗原性参数、可及性参数和抗原表位的软件分析对TLR4B细胞表位进行预测 ,最后用抗原性指数的方法进行综合评述。合成针对该表位的多肽 ,以此多肽为免疫原免疫小鼠 ,对其免疫原性进行检测。结果　预测TLR4的B细胞优势表位为 189～ 2 0 2氨基酸序列 :NH2 HKLTLRNNFDSLNV COOH ,此多肽能诱导机体产生较高的抗体滴度 ,多抗具有较高的特异性。结论　预测的TLR4短肽是B细胞的优势表位 ,以此制作抗人TLR4单克隆抗体是可行的。     

TH线性肽对人肝素酶B细胞表位多抗原肽的免疫增强作用

目的 探讨提高人肝素酶B细胞表位肽应答效应的免疫策略.方法 预测人肝素酶蛋白B细胞表位,采用8分支多抗原肽(MAP)结构合成多肽,利用ELISA鉴定合成的MAP与肝素酶全蛋白抗体的结合反应.以MAP联合或不联合通用型TH表位线性肽免疫C57BL/6小鼠,动态检测免疫血清效价.结果 软件预测得到3个肝素酶蛋白B细胞表位,即大亚基的第1～15位(MAP1)、第279～293位(MAP2)及175～189位(MAP3)氨基酸序列.ELISA显示,MAP2多肽与全蛋白抗体的结合力明显强于MAP1及MAP3,MAP与TH线性肽联合免疫产生的抗体滴度明显高于单纯MAP免疫组.结论 生物信息学预测得到的3个表位肽均为肝素酶蛋白的B细胞优势表位,T辅助表位线性肽能显著增强MAP的免疫效应.     

SARS病毒基因组所编码的E蛋白的二级结构和B细胞表位预测

目的：预测SARS病毒E蛋白的B细胞表位和二级结构。方法：以SARS病毒基因组序列为基础，采用Garnier-Robson方法、Chou-Fasman方法和Karplus-Schuhz方法预测E蛋白质的二级结构；用Kyte-Doohttle方案预测蛋白质的亲水性；用Emini方案预测蛋白质的表面可能性；用Jameson-Wolf方案预测氨基酸的抗原性指数。综合评判，预测SAPS病毒E蛋白的B细胞表位。结果：在SARS病毒E蛋白N-端的第1～6、13～19、39～43、47～64区段和第73～76区段有β-折叠中心；第6～12区段和第67～69区段可能形成转角或无规则卷曲，是柔性区域。E蛋白N端第2～13区段和第61～74区段为B细胞优势表位区域。结论：用多参数预测SARS病毒E蛋白的二级结构和B细胞表位，为实验方法探索SARS冠状病毒E蛋白的B细胞表位提供理论依据。     

人偏肺病毒黏附蛋白的二级结构及B细胞表位初步预测

目的预测人偏肺病毒G蛋白的二级结构及B细胞表位。方法分别采用SOPMA方法及HMMTOP程序预测G蛋白的二级结构和跨膜区域；综合分析蛋白的柔性结构、亲水性、表面可及性与抗原性指数，预测G蛋白的抗原表位。结果G蛋白的二级结构主要为柔性区域，占62．1％；廿螺旋占22．37％；β-折叠占15．53％；N端第32～51位氨基酸残基为跨膜区。B细胞表位位于G蛋白N端55—77、80-104、111～126、130～167、178—210区段。结论应用多参数预测G蛋白的二级结构与B细胞表位，为进一步研究蛋白特征、单克隆抗体制备及表位疫苗研制奠定了基础。     

苹果过敏原Mal d4蛋白抗原表位预测及交叉反应分析

目的:预测苹果过敏原Mal d 4蛋白B细胞和T细胞抗原表位,探讨Mal d 4蛋白与其同源蛋白之间的交叉反应性.方法:以苹果过敏原Mal d 4蛋白的氨基酸序列为基础,采用生物信息软件HNN预测二级结构;运用DNAStar和Bcepred软件预测其B细胞抗原表位,用NetMHCⅡ、NetMHCⅡpan、Syfpeithi及Propred软件综合预测T细胞抗原表位;采用Clustal X1.83、Swiss-Model软件比对同源序列和模拟空间构象.结果:该蛋白二级结构以无规则卷曲为主.B/T细胞共同抗原表位的区域为53～61、85～93.苹果Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃、草莓中的前纤维蛋白氨基酸序列同源性达88%以上,空间构象相似.结论:苹果过敏原Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃和草莓的前纤维蛋白之间可能存在交叉反应,其优势抗原表位区域可能为53～61、85～93,是后续过敏原改造的重点,为继续深入开展苹果过敏原基础性研究提供理论依据.     

TIMP-1B细胞表位的预测和鉴定

目的: 预测并鉴定金属蛋白酶组织抑制物-1(TIMP-1)蛋白B细胞表位。方法: 采用DNAStar和BcePred分析软件联合预测TIMP-1的B细胞表位,以此合成8分支多抗原肽结构的表位肽(MAP),并与通用型T辅助表位肽(VQGEESNDK,氨基酸163~171)联合免疫家兔,检测免疫血清效价,用Western blotting和间接酶联免疫吸附测定等方法鉴定其特异性和抗体亲和力。结果: 软件预测显示,TIMP-1的第27~41 位(MAP1)、第57~71 位(MAP2)、第95~109 位(MAP3)和第193~207 位(MAP4)氨基酸序列最可能为其优势B细胞表位。抗体滴度动态检测表明,MAP2、MAP3和MAP4均能诱导产生特异性抗体,其中MAP2和MAP4诱导的抗体水平最高;免疫印迹证实MAP2、MAP3和MAP4诱导产生特异性的TIMP-1抗体;间接ELISA证实MAP4与商品化TIMP-1抗体具有最高的亲和力。结论: TIMP-1的第27~41位和第193~207位氨基酸为其优势B细胞表位,其中第193~207位氨基酸的免疫原性最强,这为TIMP-1多肽抗体和B细胞优势短肽疫苗研制提供了理论依据。     

人Izumo蛋白的二级结构及B细胞抗原表位预测

目的:预测人Izumo蛋白的二级结构及B细胞抗原表位.方法:以人Izumo基因序列为基础,按Chou-Fasman和Gamier-Robson方法预测其编码蛋白的二级结构,采用Karplus-Schulz方法预测Izumo蛋白骨架区的柔韧性;按Kyte-Doolittle方法预测其亲水性、Emini方法预测蛋白质表面可能性及Jameson-Wolf方法预测抗原性指数.结果:Chou-Fasman及Gamier-Robson两种方法预测的结果均表明,Izumo蛋白含较多的α螺旋,蛋白第6～17、30～40、88～99、103～120、153～160、173～188、249～260、283～297、334～338和339～346区段可能是α螺旋中心,第21～25、198～200、245～248和320～323区段可能是β折叠中心.用Kyte-Doolittle、Emini和Jameson-wolf方法分别对Izumo蛋白B细胞抗原表位进行预测结果表明,蛋白质第36～42、62～66、94～99、118～122、129～132、151～154、161～164、173～177、205～208、212～216、256～265、271～276、283～288、314～318和336～350区段附近很可能为B细胞表位优势区域.结论:该研究结果有助于确定Izumo蛋白的B细胞优势表位及发挥免疫避孕的活性部位.     

人C5a B细胞表位的设计与其单克隆抗体的结合

我们在分子设计的基础上 ,采用B细胞优势表位预测并结合实测的方法 ,设计合成人C5a的B细胞表位多肽 ,以此为抗原按常规方法免疫BALB c小鼠 ,制作表位多肽单克隆抗体 ,在传统ELISA鉴定的基础上 ,利用生物传感器分析方法 ,分别研究单克隆抗体与表位多肽和全长C5a分子的结合动力学规律。材料和方法软件 :GOLDKEY核酸蛋白质分析软件 (军事医学科学院吴加金等 )和PC Gene软件系统 (BairochA等编制 ,UniversityofGeneva ,Switzerland)。生物相互作用实时分析系统IAsysPlus(美国 ) ;CMD(羧甲基葡聚糖生物传感片 ,Thermo公司 )。主要…     

鼠Mincle蛋白B细胞抗原表位预测及多克隆抗体制备

目的预测鼠Mincle蛋白的B细胞抗原表位及制备其多克隆抗体。方法以鼠Mincle蛋白氨基酸序列为基础,利用signalP3.0和TMHMM Server在线软件分析其信号肽和跨膜结构,利用DNAstar软件预测其二级结构、蛋白骨架区的柔韧性、亲水性、表面可能性及表面抗原性指数;融合表达PET30a(+)/Mincle蛋白并通过镍层析柱纯化后,免疫兔获得Mincle多克隆抗体。结果 Mincel蛋白是一种跨膜蛋白质,N末端第1-22号氨基酸可能位于蛋白的表面并可能为抗原表位;成功构建了重组载体PET30a(+)/Mincle,转化大肠杆菌BL21后表达包涵体融合蛋白,利用镍亲和层析得到了无生物活性的高纯度重组蛋白,纯化蛋白免疫兔,制备了滴度达1:128 000的多克隆抗体;Western-blot检测显示抗体特异性高。结论 Mincle蛋白N端即胞外区的第1-22氨基酸可作为Mincle蛋白的主要抗原表位区以制备Mincle多克隆抗体。     

人类偏肺病毒F蛋白的B细胞表位预测

目的 预测人类偏肺病毒F蛋白的B细胞表位。方法综合分析二级结构、亲水性、表面可及性与抗原性指数，预测F蛋白的抗原表位。结果B细胞表位位于F蛋白N段15-28、88-102、161-189、195-202、206-213、245-257、290-299、302-309、318-334、410-419、515-526区段。结论应用多参数预测F蛋白的B细胞表位，为进一步研究蛋白特征、单克隆抗体制备及表位疫苗研制奠定了基础。     

嗜肺军团菌MompS抗原二级结构分析及表位预测

目的分析嗜肺军团菌MompS抗原的二级结构并预测其B细胞表位,初步判断其活性多肽所在区域。方法联合运用多种方法对MompS的二级结构和表面特性,如亲水性、理化性质、可及性、免疫原性和可塑性等方面进行分析,预测其抗原表位。结果 MompS存在多个潜在抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位分布于三个区域：M1（353-546）、M2（1-215）、M3（216-399）。体外实验证明,所预测抗原表位区域基本能与免疫血清发生抗原特异性反应。结论应用DNA Star和胞外区在线分析软件能够成功预测MompS抗原的B细胞表位,M3区域可用于后续的活性肽表位筛选区域。     

应用合成的SARS病毒S蛋白重叠肽筛选B细胞表位

目的筛选SARS病毒S蛋白的B细胞表位。方法使用SARS-CoV S DNA疫苗免疫BALB／c小鼠，获得SARS病毒S蛋白的免疫血清。人工合成包含169条部分氨基酸序列重叠的SARS-CoV S蛋白的多肽库。将多肽片段包被ELISA板，利用免疫小鼠血清，通过抗体结合试验来筛选SARS病毒S蛋白的线性B细胞表位。并将筛选结果与使用B细胞表位分析软件预测的结果进行比较。结果使用重叠肽合成法筛选到SARS．CoV蛋白两条多肽片段S335—352和S442—458．能与免疫动物血清特异性结合，与使用Bcipep数据库预测B细胞表位的结果相一致。结论鉴定了两个新的SARS病毒S蛋白B细胞表位。     

A highly conserved epitope on the spike protein of infectious bronchitis virus

Summary The predicted amino acid sequence and secondary structures of S1 of the spike protein (S) of infectious bronchitis viral (IBV) strains from Europe, the U.S.A., and Japan were compared. An antigenic determinant that was highly conserved in both the primary amino acid sequence and secondary structure of all strains was identified between amino acid positions 240 to 255. A synthesized peptide corresponding to this region was found to react with all polyclonal antisera examined from various IBV strains and with one monoclonal antibody (MAb), 9B1B6, out of nine known to react with the S of Gray. The specificity of the interaction with MAb 9B1B6 was confirmed by competitive ELISA using bound and unbound peptide. Interestingly, the previously described epitope for 9B1B6 had been characterized as cross-reactive with several strains of IBV, as conformation-independent but reacting only with intact whole S, and as associated with the functional integrity of other epitopes, including neutralizing epitopes on the S protein. The apparent critical functional and structural nature of this highly immunogenic determinant suggests a potential contribution in developing protective, cross-reactive subunit vaccines to IBV.     

Immunological and structural features of the protein core of human polymorphic epithelial mucin.

The protein core of high mol. wt polymorphic epithelial mucin (PEM--approximately 400 kDa glycoprotein) which is associated with breast carcinomas, consists of a repeating 20 amino acid peptide motif [Gendler et al. (1988) J. biol. Chem. 263, 12,820-12,823]. Monoclonal antibodies C595 (anti-urinary mucin) and NCRC-11 (anti-breast carcinoma cells), and other antibodies against human milk fat globule membranes, were found to recognize determinants present within this 20 amino acid peptide. A model of the peptide was developed based on hydropathicity and structure prediction calculations and these indicated that the repeated structure is dominated by a hydrophilic domain of seven amino acids, extending into two flanking beta turns. NMR analysis of the 20 amino acid peptide was undertaken to probe the secondary structure. Epitope mapping experiments involving solid phase synthesis of overlapping heptapeptides in the repeat unit identified the minimum structures for antibody binding as Arg-Pro-Ala-Pro and Arg-Pro-Ala for the C595 and NCRC-11 antibodies, respectively. These determinants were found within the predicted hydrophilic turn region domain of the peptide. The epitopes for six other PEM-reactive monoclonal antibodies were also determined to reside within the predicted hydrophilic turn domain. This evidence is in accord with the disposition of this region of the PEM peptide core being at the exterior of the glycoprotein where it would be accessible to antibody recognition and binding events.     

Characterization of human monoclonal antibodies directed against the pp65-kD matrix antigen of human cytomegalovirus.

Human monoclonal antibodies specific for human cytomegalovirus (CMV) antigens have been established using peripheral blood lymphocytes from a seropositive donor. Immortalization of antigen-specific B cells was achieved by Epstein-Barr virus transformation followed by somatic cell fusion of antigen-specific lymphoblastoid cells. Four clones producing high-affinity antibodies (0.2-7 x 10(9) M-1) specific for the viral matrix protein pp65 have been further characterized with respect to epitope specificity of secreted antibodies. The studied antigen represents a major protein produced by in vitro-cultivated virus, and is important in the serodiagnosis of CMV infection. The human monoclonal antibodies recognized different epitopes, some of which proved to be overlapping. The fine specificity of these antibodies was evaluated using synthetic peptides covering the sequence of pp65. The antibody MO58 recognized a linear epitope (residues 283-288) whereas antibody MO53 recognized a discontinuous epitope involving residues 208-216 and 280-285. Despite the close proximity of these epitopes, the antibodies did not compete with each other for the same binding site on intact antigen.