淋巴组织中新基因C14ORF44的生物信息学分析

目的研究淋巴瘤和反应性增生淋巴结的基因表达差异。方法将淋巴瘤淋巴结标本和反应性增生淋巴结标本的mRNA与表达谱芯片杂交，获得表达差异基因。用生物信息学方法对新基因C140RF44进行初步分析。结果表达谱芯片共找出了152条差异表达基因。用生物信息学方法分析了C140RF44的基因结构、染色体定位、编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位等信息。对C140RF44蛋白的多物种相似蛋白进行了系统进化分析，基本明确了该基因编码一个在胚胎和肿瘤细胞中高表达、进化中保守的核蛋白。结论生物信息学分析表明，C140RF44是一个有研究价值的癌相关蛋白。这个蛋白可能参与正常的胚胎发育，但也与肿瘤形成有关。     

新型分泌蛋白C6ORF120结构及功能的生物信息学分析

目的：采用生物信息学方法预测C6ORF120蛋白的结构和生物学功能。方法：获取Genecards、Uniprot数据库中C6ORF120蛋白的FASTA序列,运用生物信息学工具分析C6ORF120蛋白的理化性质、亲水性/疏水性、二级结构、结构域、信号肽、跨膜区及其可能的生物学功能。结果：C6ORF120蛋白编码基因位于染色体6q27,主要存在于肝脏血液/免疫细胞的T细胞。C6ORF120蛋白是一个长度为191个氨基酸序列的分泌蛋白,属于亲水、不稳定的酸性蛋白质,大小为20.77 kD,在不同物种间呈高度保守。C6ORF120蛋白的信号肽位于1～31位氨基酸,不存在跨膜区,结构域位于7～191位氨基酸序列,属于UPF0669/pFam17065家族。C6ORF120蛋白的翻译后修饰有O-糖基化位点4个、N-糖基化位点1个、磷酸化位点16个,并且该蛋白与SDCBP、RNASET2等多种蛋白作用紧密,具有水解酶活性,可能参与多条糖脂分解代谢过程。结论：C6ORF120蛋白是亲水不稳定的分泌蛋白,可能在体内参与肝脏多种T细胞介导的生物学过程及肝脏相关疾病的免疫调节。     

新型分泌蛋白C6ORF120结构及功能的生物信息学分析北大核心CSCD

目的:采用生物信息学方法预测C6ORF120蛋白的结构和生物学功能。方法:获取Genecards、Uniprot数据库中C6ORF120蛋白的FASTA序列,运用生物信息学工具分析C6ORF120蛋白的理化性质、亲水性/疏水性、二级结构、结构域、信号肽、跨膜区及其可能的生物学功能。结果:C6ORF120蛋白编码基因位于染色体6q27,主要存在于肝脏血液/免疫细胞的T细胞。C6ORF120蛋白是一个长度为191个氨基酸序列的分泌蛋白,属于亲水、不稳定的酸性蛋白质,大小为20.77 kD,在不同物种间呈高度保守。C6ORF120蛋白的信号肽位于1~31位氨基酸,不存在跨膜区,结构域位于7~191位氨基酸序列,属于UPF0669/pFam17065家族。C6ORF120蛋白的翻译后修饰有O-糖基化位点4个、N-糖基化位点1个、磷酸化位点16个,并且该蛋白与SDCBP、RNASET2等多种蛋白作用紧密,具有水解酶活性,可能参与多条糖脂分解代谢过程。结论:C6ORF120蛋白是亲水不稳定的分泌蛋白,可能在体内参与肝脏多种T细胞介导的生物学过程及肝脏相关疾病的免疫调节。     

一例视网膜色素变性患者 C2ORF71基因的变异分析

目的:分析1例视网膜色素变性(retinitis pigmentosa, RP)患者的基因变异,明确其可能的遗传学病因。方法:应用全外显子测序技术对先证者进行致病基因筛查,结合临床表型确定可疑变异,应用Sanger测序法验证检出的变异,分析双亲携带变异位点的情况。采用多种软件对所检出的变异进行致病性分析。结果:全外显子...     

卵巢良性肿瘤组织和卵巢上皮癌组织基因表达差异的研究

目的 探讨卵巢上皮癌组织相关基因的差异表达.方法 采用含384条肿瘤相关基因的cDNA阵谱检测了卵巢上皮癌组织及卵巢良性肿瘤的基因谱,分析卵巢上皮癌组织相关基因的差异表达.结果 在384条候选基因中,与卵巢癌相关的差异表达基因36条,其中23条表达上调,13条表达下调.结论 cDNA阵谱技术是筛查卵巢癌相关基因的有效方法.     

生物信息学分析牛带绦虫烯醇酶基因及其蛋白的结构和特性

目的 分析和预测牛带绦虫成虫烯醇酶基因及其编码蛋白的结构和功能,用于指导其生物学功能的实验研究。方法 利用生物信息学网站的各种在线分析工具,并结合其它大型生物信息学分析软件包,如Vector NTI suite,分析从牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别的烯醇酶基因的结构和编码区序列,并分析、预测编码的蛋白质的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果 该基因全长1 641 bp,编码区为133～1 096 bp,编码320个氨基酸,相对分子量理论预测值为34866.8 Mr。具有一从内到外的跨膜区,无各种亚细胞定位序列,具有多个潜在的磷酸化位点,蛋白的理化性质稳定。有13个主要的B细胞抗原表位。结论 通过生物信息学分析从牛带绦虫成虫cDNA质粒文库中发现烯醇酶基因,并预测得到其结构与功能方面的信息。     

OY-TES-1在肿瘤组织中的表达及生物信息学分析

目的:了解OY-TES-1mRNA及其蛋白在肿瘤组织中的表达情况,初步探讨其结构与功能.方法:利用定量PCR和免疫组织化学技术检测肿瘤组织中OY-TES-1的表达,结合生物信息学技术分析其结构和功能.结果:肿瘤与瘤旁组织中目的基因mRNA的表达频率分别为61.95%和59.57%,其中肝细胞癌72.97%、脑膜瘤55.56%、胶质瘤57.50%,肿瘤组织中该基因mRNA的表达量明显高于瘤旁组织.目的蛋白在胃癌的阳性率为25.00%,肝细胞癌40.00%,结肠癌46.67%,而瘤旁组织与肺癌均为阴性反应.生物信息学分析提示目的蛋白富含螺旋结构,具有一个信号肽、多种修饰位点及sp32结构域,存在较多T、 B细胞表位且主要位于目的蛋白的羧基端.结论:OY-TES-1mRNA及其蛋白均可在肿瘤组织中表达,生物信息学分析结果提示该蛋白功能的多样性.     

组织特异性表达基因PLUNC调控元件的生物信息学分析

目的分析组织特异性表达基因PLUNC的调控元件。方法采用进化足迹法,结合生物信息学工具,预测PLUNC基因的顺式作用元件和反式作用因子。结果预测的PLUNC基因的转录起始位点位于-1～＋10bp区域间、-29bp存在TATA盒子,启动子集中在-490bp～＋89bp内,在人和小鼠PLUNC基因的启动子保守区内存在29个共同的转录因子结合部位及5个增强子。结论PLUNC基因调控元件的分析可为探讨上呼吸道特异性表达基因的调控机制提供模型。生物信息学技术结合进化足迹法,在基因表达调控机制的研究中具有重要的应用价值。     

口臭患者14C呼气试验检测的结果分析

目的探讨口臭与幽门螺旋杆菌及其它因素的关系。方法对59名正常组、50例单纯口臭组患者、56例口臭伴消化道疾病组患者14C呼气试验的结果进行分析。结果分析结果表明,口臭伴消化道疾病组14C呼气试验含量明显高于单纯口臭组和正常组(P0.05),阳性率也明显高于单纯口臭组和正常组(P0.05)。结论幽门螺旋杆菌感染是口臭的重要原因,但不是唯一原因。     

MTHFR C677T和A1298C基因多态性的生物信息学分析

目的 利用生物信息学工具分析亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR) C677T和A1298C位点不同基因型对应蛋白的性质和结构差异.方法 从NCBI数据库中获取MTHFR基因的序列信息,通过生物信息学工具分别分析MTHFR的理化性质、亚细胞定位、蛋白质结构、结合位点及配体、蛋白互作网络,并分析不同基因型对应的蛋白质性质及结...     

人CD44新剪接变异体克隆及分析

目的：应用逆转录多聚酶链式反应（RT-PCR）分析CD44在鼻咽癌组织和鼻咽癌细胞株中表达，来寻找新的人CD44剪接变异体。方法：在CD44基因起始和终止密码子两端及变异剪接外显子v10中和剪接位点处设计特异性引物，以鼻咽癌组织、细胞株5-8F和HNE1 cDNA为模板进行RT-PCR扩增，产物测序。然后，应用生物信息学对克隆序列进行分析。结果：新克隆的CD44剪接变异体有1634bp，包含一个完整的阅读框，起始密码子在序列的12位，终止密码子在序列的1301位，可变剪接区只有变异型剪接外显子10，预测编码429氨基酸。GenBank登陆号：EF581837。结论：一个新的、预测编码429个氨基酸的CD44剪接变异体存在于研究的人鼻咽癌组织和细胞株中，它的功能有待于进一步研究。     

两株PRRSV分离株ORF5与Nsp2基因部分序列分析

目的分析沈阳和甘肃发病猪场的2株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的ORF5基因和Nsp2基因变异情况。方法采用RT-PCR方法,对ORF5基因序列和Nsp2基因部分序列进行扩增、克隆并测序。并用DNAStar软件将测序结果与国内外发表的10株参考毒株进行比对分析。结果 2株分离株ORF5基因与国内外其它美洲型分离株核苷酸的同源性为88.6%～98.7%,推导的氨基酸的同源性为86.6%～98.0%;Nsp2基因的核苷酸同源性为73.4%～99.8%,推导的氨基酸的同源性为68.6%～99.5%,且该基因与国内其他变异株有完全一致的缺失特征。结论这两株分离株均属于PRRSV美洲型变异株,为该病的防治及疫苗的设计奠定理论基础。     

Identification of ZDHHC14 as a novel human tumour suppressor gene

Genomic changes affecting tumour suppressor genes are fundamental to cancer. We applied SNP array analysis to a panel of testicular germ cell tumours to search for novel tumour suppressor genes and identified a frequent small deletion on 6q25.3 affecting just one gene, ZDHHC14. The expression of ZDHHC14, a putative protein palmitoyltransferase with unknown cellular function, was decreased at both RNA and protein levels in testicular germ cell tumours. ZDHHC14 expression was also significantly decreased in a panel of prostate cancer samples and cell lines. In addition to our findings of genetic and protein expression changes in clinical samples, inducible overexpression of ZDHHC14 led to reduced cell viability and increased apoptosis through the classic caspase‐dependent apoptotic pathway and heterozygous knockout of ZDHHC14 decreased cell colony formation ability. Finally, we confirmed our in vitro findings of the tumour suppressor role of ZDHHC14 in a mouse xenograft model, showing that overexpression of ZDHHC14 inhibits tumourigenesis. Thus, we have identified a novel tumour suppressor gene that is commonly down‐regulated in testicular germ cell tumours and prostate cancer, as well as given insight into the cellular functional role of ZDHHC14, a potential protein palmitoyltransferase that may play a key protective role in cancer. © 2014 The Authors. The Journal of Pathology published by John Wiley & Sons Ltd on behalf of Pathological Society of Great Britain and Ireland.     

Bioinformatic analysis suggests that a conserved ORF in the waikaviruses encodes an overlapping gene

The genus Waikavirus belongs to the order Picornavirales, whose members all use a polyprotein expression strategy. With the exception of Theiler's virus, overlapping genes are essentially unknown in the order. Recently, we reported experimental verification for a new short overlapping coding sequence (CDS) in the Potyviridae-a family in which overlapping genes were previously unknown. Using the same bioinformatics software (MLOGD), we have identified an approximately 89-codon conserved open reading frame (ORF) with a strong coding signature in members of the genus Waikavirus. The ORF overlaps the polyprotein ORF but is in the +1 reading frame. Here, we describe the bioinformatic analysis.     

蛋白激酶C调节血管内皮细胞CD44分子表达的机制

目的：研究血管内皮细胞蛋白激酶C对CD44分子表达的调控机制。方法：以人脐静脉血管内皮细胞（humanumbilical vein endothelial cells,HUVECs）为研究模型。利用免疫沉淀法制备Raf-1激酶的提取物,以Western blot及增强化学发光法检测Raf-1激酶活性;放射自显影检测CD44的磷酸化情况;RT-PCR方法检测CD44基因表达。结果：与未处理的细胞相比较,加入10ng/ml的Phorbol-myristate-acetate（PMA）后,CD44磷酸化随时间延长而明显增强,尤以30分钟时最显著。HUVECs的PKC活化后,Raf-1Kinase活性明显增强,加入Calphostin C后其活性则被抑制;10ng/ml PMA处理1分钟,即能看到CD44基因表达明显升高（P〈0.05）,而先加入0.05μmol/L Calphostin C、30μmol/L RKIP,5μmol/L PD98059、10μmol/LGenistein预处理HUVECs,则能抑制PMA对CD44基因表达的上调作用。结论：PKC活化通过对CD44的磷酸化作用而影响CD44基因表达,其信号传导途径为PKC→Raf-1Kinase→MEK→ERK。此路径相关酶的抑制剂能抑制CD44基因的表达。     

C9ORF72 Intermediate Repeat Copies Are a Significant Risk Factor for Parkinson Disease

We set out to determine whether expansions in the C9ORF72 repeat found in amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD) families are associated with Parkinson disease (PD). We determined the repeat size in a total of 889 clinically ascertained patients (including PD and essential tremor plus Parkinsonism (ETP)) and 1144 controls using a repeat‐primed PCR assay. We found that large C9ORF72 repeat expansions (>30 repeats) were not contributing to PD risk. However, PD and ETP cases had a significant increase in intermediate (>20 to 30+) repeat copies compared to controls. Overall, 14 cases (13 PD, 1 ETP) and three controls had >20 repeat copies (Fisher's exact test p = 0.002). Further, seven cases and no controls had >23 repeat copies (p = 0.003). Our results suggest that intermediate copy numbers of the C9ORF72 repeat contribute to risk for PD and ETP. This also suggests that PD, ALS and FTD share some pathophysiological mechanisms of disease. Further studies are needed to elucidate the contribution of the C9ORF72 repeat in the overall PD population and to determine whether other common genetic risk factors exist between these neurodegenerative disorders.