上海地区氯吡格雷药物代谢基因检测室间质量评价

目的通过开展氯吡格雷药物代谢基因——细胞色素P450 2C19(CYP2C19)*2、*3、*17位点检测室间质量评价(简称室间质评)项目,评估参评临床实验室的检测能力及存在的问题。方法 2015年2次室间质评样本盘均分为2组,每组各包含5支样本。要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测样本并网上上报检测结果。依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同位点的总体符合率,并分析检测方法和试剂的符合率。结果 2015年2次室间质评分别收到16份和17份有效回报结果,成绩满分的实验室分别占93.75%和88.24%,CYP2C19*2、*3和*17检测总符合率分别为95.00%、95.00%、100.00%和98.82%、98.82%、95.00%。2次室间质评中,使用自配试剂进行检测的实验室分别占37.5%和35.3%,满分实验室占83.33%和83.33%。使用注册试剂检测实验室成绩为满分的分别占100%和90.91%。结论各实验室在CYP2C19基因各位点检测总体准确率很高,但个别实验室检测能力有待提高。临床实验室的质量控制对于保证检测结果准确性具有十分重要的作用。     

建立检测细胞色素P450酶与紫杉醇代谢相关突变位点的基因芯片分型方法

目的 建立针对与临床抗癌药物紫杉醇代谢相关的细胞色素P450(CYP450)酶基因多态性位点的快速、准确、高通量的基因芯片基因分型方法.方法 选取CYP450酶2C8*3、3A4* 18、3A5*3C等3个与紫杉醇代谢相关突变位点,根据基因库中报道的序列,设计每个基因多态性位点的野生型和突变型探针,在突变位点2侧设计PCR扩增引物,PCR片段长度应＜200 bp,并构建标准质粒.探针在3'端氨基修饰,下游引物标记荧光素Cy3,将探针按一定顺序点样于经醛基化处理的玻片制备成基因芯片.人体血液DNA样本分别通过3对引物扩增后与基因芯片上的探针杂交,通过扫描图像和配套软件对结果进行分析和判断.同时,对50份血液样本进行检测.结果 通过标准质粒杂交结果显示,每个位点对应的1对探针均能将野生型和突变型质粒进行准确地区分,无非特异性杂交信号出现;检测50份血液样本,CYP2C8 * 3位点的突变率为2%,CYP3A4 * 18位点均为野生型,CYP3A5 * 3C位点的突变率为62%.同时,通过测序法进行验证,基因芯片方法与测序方法的结果完全一致.结论 建立的同时检测抗癌药物紫杉醇代谢相关的CYP450酶基因多态性位点CYP2C8*3、CYP3A4 * 18、CYP3A5 * 3C的基因芯片分型方法快速、准确,结果可靠,重复性好,可用于指导紫杉醇患者的个体化用药,并为分析个体患者对于紫杉醇药物体内代谢提供了一个高通量技术平台.     

人CYP2C19基因分型检测试剂性能验证

目的 通过设计合理的实验对人CYP2C19基因分型检测试剂盒[荧光聚合酶链反应(PCR)法]进行性能验证,证实其检测结果的可靠性。方法 参照CNAS-GL039:2019《分子诊断检验程序性能验证指南》要求,选择符合实验条件的样本,严格按照CYP2C19基因分型检测试剂盒标准操作流程进行基因型别的检测。通过数据分析和统计,对试剂盒性能进行多方面评估,包括方法符合率、检出限、交叉反应以及抗干扰能力。结果 15例临床样本(10例突变型+5例野生型)试剂盒检测结果与金标准测序结果完全一致,方法符合率为100%;经梯度稀释验证,试剂盒最低检出限为10 ng/μL;CYP2C19 1*/1*型(c.681G和c.636G)临床样本中,加入CYP2C19*17等位基因(c.-806C>T)和同源基因CYP2C9(c.1075A>C)突变型质粒,检测结果仍为1*/1*型,满足交叉反应验证要求;干扰物质(血红素20.0 g/L,甘油三酯11.0 mmol/L,总胆红素60.0μmol/L)对试剂盒检测结果无影响,抗干扰能力合格。结论 人CYP2C19基因分型检测试剂盒(荧光PCR法)性能评...     

载脂蛋白E基因分型检测室间质量评价计划制定与实施

目的 制定并实施载脂蛋白E(ApoE)基因分型检测室间质量评价计划（简称室间质评）,评估临床实验室该项目检测水平,提高临床实验室相关项目的检测质量。方法 针对ApoE基因的2个单核苷酸多态性（SNP）位点rs429358和rs7412检测制定室间质评（1年2次）计划。将5支室间质评物品随机编号,经冷链运送至各参评实验室,各参评实验室根据SNP检测结果报告ApoE分型结果。对回报结果进行统计分析。结果 2次室间质评回报结果全部正确的实验室分别占93.75%(30/32)和100.00%(31/31);室间质评物品检测的总体符合率分别为99.38%(318/320)和100.00%(310/310);基因分型总体符合率分别为97.5%(156/160)和100.00%(155/155)。回报错误结果中包括2例SNP检测错误和4例分型结果判定错误。结论 ApoE基因分型检测总体准确率较高,但实验室相关遗传学分析能力有待提高。     

等位基因特异性PCR检测CYP3A5和MDR-1基因多态性方法的建立及临床应用

目的用等位基因特异性PCR(ARMS-PCR)检测细胞色素P450酶CYP3A5(A6986G)和多药耐药基因MDR-1(C3435T)基因多态性,探讨其与肾移植受者他克莫司(Tac)血药浓度和剂量比的相关性。方法根据CYP3A5(A6986G)和MDR-1(C3435T)基因多态性位点分别设计ARMS-PCR引物,分析72例肾移植受者外周血基因组DNA中该2个基因位点的多态性,同时以DNA测序法为金标准进行验证。化学发光微粒子免疫分析法测定肾移植受者血Tac浓度,并比较术后1个月时不同基因型受者之间血Tac浓度、Tac剂量/Tac用量的差异。结果建立的ARMS-PCR法与DNA测序法检测符合率为100%。72例肾移植受者中,CYP3A5*1/*1、*1/*3和*3/*3基因型的发生频率分别为18.1%、31.9%和50.0%,MDR-1 C/C、C/T和T/T基因型的发生频率分别为27.8%、58.3%和13.9%。此外,不同CYP3A5基因型肾移植受者的血Tac浓度(P=0.014)和Tac浓度/Tac用量(P=0.019)均存在明显差异,进一步两两比较发现,CYP3A5*3/*3基因型受者血Tac浓度/Tac用量明显高于*1/*1和*1/*3基因型(P均0.05)。结论成功建立检测CYP3A5和MDR-1基因多态性的ARMS-PCR法,肾移植受者CYP3A5*3基因多态性与Tac的药代动力学明显相关。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测药物代谢酶基因多态性平台的建立

目的 建立基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术检测患者体内药物代谢酶基因多态性的平台。方法 选取2013年10月～2014年6月在北京协和医院门诊就诊患者53例EDTA抗凝外周血,提取全血基因组DNA,用MALDI-TOF-MS技术检测53例患者药物代谢酶基因CYP2C9*2(rs1799853),CYP2C9*3(rs1057910),CYP2C19*2(rs4244285),CYP2C19*3(rs4986893),CYP2C19*4(rs28399504),CYP2C19*5(rs56337013)和CYP2C19*17(rs12248560)的单核苷酸多态性(SNP)位点,并用Sanger测序法进行验证。结果 用 MALDI-TOF-MS 技术可以同时完成53份样本,2个药物代谢酶基因,7个SNP位点的检测。53例患者中,发现CYP2C19*2(rs4244285)AG型25例,AA型6例,GG型22例,A等位基因频率为34.9%。CYP2C19*3(rs4986893)AG型4例,GG型49例,A等位基因频率为3.8%。CYP2C9*3(rs1057910)CA型5例,AA型48例,C等位基因频率为4.7%。未发现 CYP2C9*2(rs1799853),CYP2C19*4(rs28399504),CYP2C19*5(rs56337013)和CYP2C19*17(rs12248560)位点突变。经与Sanger测序法比较,两种检测方法结果的符合率为100%。结论 成功建立MALDI-TOF-MS技术检测药物代谢酶基因多态性的平台,该平台具有高通量、准确的特点,对个性化用药治疗具有重要的临床应用价值。     

上海地区苯丙酮尿症基因检测室间质量评价

目的通过开展苯丙酮尿症基因检测室间质量评价计划(简称室间质评),评估参评实验室检测能力,提高检测质量。方法2019年室间质评计划为1年2次,共包含苯丙氨酸羟化酶基因(phenylalanine hydroxylase,PAH)的4个致病变异位点,涉及错义变异和剪接变异2种类型。样本盘包含5支样本,类型为干血斑。要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测样本并网络上报检测结果。依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同样本的总体符合率,并分析致病变异位点检测及结果报告错误类型。结果2次室间质评分别收到3份和2份有效回报结果,成绩合格的实验室分别为1家和2家。2次室间质评中,样本检测结果的总体符合率分别为60%(9/15)和100%(10/10)。结果汇总中共出现检测错误6例,错误的类型集中表现为假阴性。剪接变异的检出符合率明显低于错义变异。结论临床实验室在苯丙酮尿症遗传基因致病变异检测及结果分析报告方面能力有待提高。通过参加室间质评计划能帮助实验室发现检测中存在的问题,提高检测质量。     

ISO15189认可关于CYP2C19基因多态性检测性能验证评价

目的评价荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测人类CYP2C19基因多态性的分析性能。方法依据ISO15189认可要求对试剂盒的准确度(与金标准比较)、特异度、精密度、检测下限和抗干扰能力进行性能评价。结果 20份临床标本荧光定量PCR与Sanger测序法结果比对,准确度符合率为100%(测序符合率为100%);10份临床标本3个基因型位点荧光定量PCR与Sanger测序法结果均为野生型,特异度符合率为100%;荧光定量PCR对临床标本重复检测15次的结果完全一致,且Ct值CV≤5%;试剂盒最低检出限为0.550ng/μL;血红蛋白、胆红素和三酰甘油3种干扰物质加入已知基因型结果的血液标本后进行检测,与对照结果符合率为100%。结论荧光定量PCR检测人类CYP2C19基因多态性的性能验证满足ISO15189认可要求,适合于临床应用。     

沈阳地区高血压患者CYP3A5基因多态性与钙离子通道阻滞剂氨氯地平的相关性研究

目的探讨CYP3A5基因多态性检测与钙离子通道阻滞剂氨氯地平用药指导的相关性研究。方法收集该院2016年1月至2018年12月1 182例高血压患者CYP3A5基因多态性检测结果,根据其基因表型分成CYP3A5*1/*1(AA型,野生型杂合子)型组/CYP3A5*1/*3(AG型,突变型杂合子)型组/CYP3A5*3/*3(GG型,突变型纯合子)型组3个组别;对所有高血压患者给予氨氯地平口服4周,监测治疗前后及治疗中血压,监测数据应用SPSS19.0分析探讨其相关性。结果 (1)1 182例高血压患者中AA型组频率为7.53%;GA型组频率为35.11%;GG型组频率为57.36%;(2)AA型组显著有效11例,有效37例,总有效率54%;AG型组显著有效50例,有效240例,总有效率70%;GG型组显著有效130例,有效487例,总有效率91%。氨氯地平对GG组疗效与其他两组比较差异有统计学意义(P0.05),3组疗效中GG组最好,AG组次之,AA组较差。结论 CYP3A5基因多态性可作为高血压患者选用氨氯地平药物的参考指标。     

上海地区伊立替康药物代谢相关基因检测室间质量评价结果分析

目的以抽取自人全血的基因组DNA为质控样本,开展伊立替康代谢相关基因室间质量评价(EQA)计划,评估参评实验室检测能力,提高其检测质量。方法通过对人类基因组DNA的测序,获得包含多种尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶1A1(UGT1A1)*6和UGT1A1*28不同基因型组合的样本,制备EQA质控样本盘。每个样本盘包含5支样本,要求参评实验室收到样本后在规定时间内检测,并上传检测结果。汇总各实验室各样本的总体符合率,分析不同检测方法的符合率和检测错误类型。结果 2019年2次EQA中,满分的实验室分别占88.00%(22/25)和86.36%(19/22),样本检测的总符合率分别为96.33%(236/245)和96.74%(208/215);其中,荧光分子杂交法样本符合率均为100.00%,Sanger测序法样本符合率分别为91.82%(101/110)和93.00%(93/100)。结论参评实验室检测的总体准确率较高,但个别实验室检测能力仍有待提高,尤其是需加强实验室自建的Sanger测序法的全程质量控制。     

上海地区[STBX]PIK3CA[STBZ]基因突变检测室间质量评价分析

摘要：目的：利用室间质量评价评估上海地区临床实验室[STBX]PIK3CA[STBZ]基因突变的检测能力。 方法：选用含有特定[STBX]PIK3CA[STBZ]突变型的福尔马林固定石蜡包埋细胞样本作为室间质评样本，对其均匀性和稳定性进行评价后，将5个样本随机编号后发送至参评实验室，要求实验室在规定时间内检测并回报结果，综合分析评价回报结果。 结果：均匀性和稳定性均符合中国合格评定国家认可委员会对能力验证样品的要求。2018年和2019年分别收到有效回报结果28份和19份，回报结果完全正确的实验室分别为78.6%（22/28）和89.5%（17/19），成绩不合格实验室分别为17.9%（5/28）和10.5%（2/19）。样本的整体符合率分别为86.4%（121/140）和93.7%（89/95），其中假阳性率为8.6%（12/140）和2.1%（2/95），假阴性率为8.3%（7/84）和5.3%（4/76）。 结论：上海地区临床实验室[STBX]PIK3CA[STBZ]基因突变检测质量整体较好，但部分实验室检测能力尚需提高。实验室通过参加室间质量评价可发现自身问题，持续改进并提高其检测质量。     

上海地区真菌培养鉴定及体外药物敏感性试验室间质量评价结果分析

目的 通过室间质量评价(EQA)了解上海地区临床实验室真菌培养鉴定及体外药物敏感性试验的开展情况及检测质量.方法 2019年EQA共发放10份样本(冻干菌株)进行真菌培养鉴定,其中4份要求同步进行体外药物敏感性试验.通过反馈结果对真菌鉴定符合率和体外药物敏感性试验的开展情况进行统计分析.结果 共收到75份有效回报结果,...     

新型冠状病毒监测网络省市级疾控实验室核酸检测室间质评

目的 对全国32个省市级疾控机构新冠监测网络实验室新型冠状病毒（新冠病毒）变异株核酸检测能力进行室间质评,同时对常规所用新冠病毒核酸检测试剂性能进行评价。方法 制备新冠病毒武汉株及4个关切变异株、人冠状病毒OC43(HCoV-OC43)和H3亚型流感病毒（H3N2）核酸样本,发放给全国31个省、自治区及直辖市和新疆生产建设兵团疾病预防控制中心新冠监测网络实验室进行室间质评。每个实验室的考核样本盘包括两种不同Ct值（～35、～30）的新冠病毒武汉株、关切变异株（α和γ或β和δ）、HCoV-OC43、流感病毒核酸样本共10支。根据反馈结果计算检测符合率并对检测结果进行深入分析。同时,收集各考核实验室常用的新冠病毒核酸检测试剂盒进行检测性能验证。结果 全国省市级疾控机构新冠监测网络实验室室间质评总体达标率为100%(32/32),总体优秀率72%(23/32);初测中,新冠病毒、HCoV-OC43核酸样本检测总符合率为99.7%(319/320)、89%(57/64)。对32个考核实验室送检的新冠病毒核酸检测试剂盒进行性能验证,66%(33/50)的试剂盒检测限与说明书相符,92%(11/1...     

高分辨熔解曲线分析CYP3A5基因多态性方法学的建立

目的通过建立一种较为简单灵敏的高分辨熔解曲线(HRM)方法,对CYP3A5单核苷酸多态性(SNP)位点进行测定,从而确定CYP3A5基因型,用于指导临床他克莫司的用药剂量。方法根据CYP3A5SNP位点基因组序列设计引物,利用HRM方法检测已知基因型标本,选取最佳引物,并通过同测序结果比对的方式确定该方法检测CYP3A5基因型的正确度、重复性以及灵敏度。结果利用该方法可以直接判断CYP3A5基因型,其检测结果与一代测序结果完全一致,重复性好、灵敏度高。结论 HRM方法可以用于CYP3A5基因型检测,为他克莫司的个体化用药提供可靠的评估依据。     

广东省沙眼衣原体抗原检测的室间质量评价结果分析

目的评价广东省性病实验室检测沙眼衣原体抗原的能力。方法每年进行一次室间质量评价,2004年发放衣原体标本57份,2005年475份,2006年675份。要求各性病实验室按照常规方法,在规定的时间内检测并回报结果、所用检测方法、试剂和仪器资料。广东省皮肤性病防治中心对各实验室的结果进行统计分析。结果2004年19家实验室参加质量评价,总符合率为75．4％;2005年71家,总符合率为93．5％;2006年135家,总符合率为91．0％。2004与2006年沙眼衣原体抗原检测的总符合率比较,差异有统计学意义。试剂种类分析,2004年参加质量评价的实验室全部使用进口试剂,2005年进口试剂占98．6％,2006年占80．7％。国产试剂所占比例显著提高,但国产试剂的符合率显著低于进口试剂。酶联免疫法和免疫层析法为沙眼衣原体的主要检测方法,2004～2006年所占比例分别为94．7％、98．5％、98．6％。结论通过衣原体抗原检测的室间质量评价,可及时发现参评实验室检测中存在的问题,促进实验室提高检测质量。     

CYP2C19基因多态性检测的临床实验室性能验证

目的对人细胞色素P450酶等位基因(CYP2C19)多态性检测试剂盒进行性能验证。方法根据中国合格评定国家认可委员会CNAS-GL039:2019《分子诊断检验程序性能验证指南》相关要求,结合试剂盒说明书,从符合率、精密度、检出限和抗干扰能力4个方面对“人CYP2C19基因多态性检测试剂盒(荧光PCR法)”进行性能验证。符合率验证采用荧光PCR法和Sanger测序法检测;精密度验证选择杂合突变CYP2C19 c.681GA、c.636GA样本进行检测;抗干扰能力验证判断基因型检测是否受影响。结果PCR法和Sanger测序法的检测符合率为100%;CYP2C19 c.681 G和A等位基因的FAM和ROX荧光通道精密度检测CV值分别为3.78%、1.76%、3.76%和3.56%;CYP2C19 c.636 G和A等位基因的FAM和ROX荧光通道精密度检测CV值分别为3.08%、2.81%、3.40%和3.73%;样本最低检出限为10 ng/μL;抗干扰能力验证显示基因型可以正常检测。结论人CYP2C19基因多态性检测试剂盒(荧光PCR法)符合ISO15189质量管理要求,可以为临床提供准确可靠的检测结果。     

上海市及其他地区临床实验室B 族链球菌核酸检测室间质量评价分析

目的 通过开展B 族链球菌（group B Streptococcus,GBS）核酸检测室间质量评价计划（简称室间质评）,评价参评实验室检测能力,分析存在的问题,提高检测质量。方法 2021 年GBS 核酸检测室间质评计划为一年两次,每次质评计划样本盘包含4 支由灭活的GBS 培养液稀释而成的不同浓度阳性样本和1 支阴性样本。样本冷链寄送至各参评实验室,并要求其在规定时间内按要求检测并回报结果,依据回报结果计算各实验室成绩,汇总不同样本的总体符合率。结果 2021 年两次室间质评分别有33 家实验室报名参加,收到有效报告31 份和32 份。所有实验室室间质评成绩均合格,两次结果完全正确的实验室分别有87.10%（27/31）和96.88%（31/32）,样本的总体符合率为97.42%（151/155）和99.38%(159/160)。结果汇总中共出现检测错误5 例,错误类型集中表现为假阴性。结论 各参评实验室GBS 核酸检测能力总体较高,个别实验室检测能力尤其是弱阳性样本检测能力有待提高。通过参加室间质评计划能帮助实验室及时发现问题并持续改进以提高检测质量。     

基于Taqman荧光ARMS-PCR技术检测CYP3A5基因多态性方法的建立

目的建立一种基于Taqman荧光的ARMS-PCR技术检测人外周全血样本CYP3A5*3(rs776746)基因多态性的新方法。方法根据CYP3A5和内参基因的保守序列分别设计特异性引物及探针,建立CYP3A5*1和CYP3A5*3 Taqman荧光ARMS-PCR检测体系及其测序体系,并对200例人外周全血样本进行检测及金标准测序对比验证,分析2种检测方法的一致性,并统计分析CYP3A5*3基因多态性的分布。结果该方法可检测人外周全血样本CYP3A5*3(rs776746)基因多态性,其检测结果与sanger测序一致性为100%。200例外周血样本CYP3A5*3基因型分布:*1/*1型19例(9.5%),*1/*3型为62例(31.0%),*3/*3型为119例(59.5%)。结论本研究建立的基于Taqman荧光ARMS-PCR技术的检测方法能够简单、快速、准确地检测CYP3A5*3基因型,适用于临床推广。