Ion Torrent测序技术检测Ⅰ型神经纤维瘤病患者NF1基因突变

摘要：目的：评价Ion Torrent测序技术检测Ⅰ型神经纤维瘤(NF1)基因及其突变类型的可行性。 方法：提取12例NF1患者的外周血DNA,用Ion Torrent个体化基因测序仪(PGM)对患者NF1基因进行测序,用Sanger测序法验证NF1基因相应的突变位点,Ion Torrent PGM检测后覆盖缺失的外显子样本用Sanger测序法重新检测。 结果：检测到10例患者存在NF1基因致病突变,其中2种无义突变,5种小缺失或插入突变,1种错义突变,2种剪接突变。2例患者未检测到致病突变。 结论：Ion Torrent测序技术检测含有大量外显子的NF1基因快速、准确;NF1基因突变可导致氨基酸密码子提前终止。     

Ion Torrent PGMTM测序在急性髓系白血病检测中的应用

目的探讨Ion Torrent PGMTM测序平台用于急性髓系白血病(AML)患者基因突变检测的可行性。方法提取27例AML患者初次治疗前的骨髓DNA,用Ion Torrent PGMTM测序仪对50个常见的肿瘤基因热点突变区进行检测,同时用Sanger测序法检测FMS样酪氨酸激酶3(FLT3)和核仁磷蛋白1(NPM1)基因的突变情况以进行验证。结果 50个目标基因中检出17个基因共29个突变位点,单个基因有多种突变方式,以单碱基替换为主。突变频率最高的是NPM1(22.2%)和FLT3(18.5%)。用Sanger测序法验证,NPM1两种方法检测的吻合度为100%,在FLT3验证中,其中有1例Sanger测序为阳性,而Ion Torrent PGMTM检测为阴性。结论 Ion Torrent PGMTM能够在短时间内得到AML患者的基因突变谱,但其在检测长片段插入/缺失中的缺陷仍需改进。     

lon Torrent半导体测序联合MLPA技术检测神经纤维瘤患者的致病突变

摘要:目的建 立临床适用的神经纤维瘤病(NF)的分子遗传分析方法,对NF进行分子遺传诊断和遗传咨询,并对NF家庭进 行产前诊断。方法 以南京医科大学附属妇产医院遗传咨询门诊收治的18 例NF患者为研究对象,收集患者及其家属的外 周血标本并提取基因组DNA,应用lon Torrent半导体测序技术进行NF1/NF2基因测序并结合多重连接探针扩增反应(ML- PA)检测,筛选致病突变并用Sanger测序验证,结合亲子二代的分子遗传检测结果,制定适当的临床干预和随访计划。在NF 家系母亲再次妊娠时,对胎儿进行产前诊断。结果应用 lon Torrent半导体测序技术检测出9例致病突变和1例可疑致病突 变,其中包括3个未报道过的新突变;应用MLPA技术检测出1例拷贝数大片段缺失。对其中5个家系的孕妇行羊膜腔穿刺 术抽取羊水进行产前诊断,其胎儿均不携带家系的致病突变。结论基于 lon Torent半导体测序及MLPA技术建立的基因诊 断方法可为NF临床诊断及遗传咨询提供分子遗传学依据,具有较高的临床应用价值。     

下一代测序法对新生儿进行苯丙酮尿症致病突变的筛查

目的 运用基于半导体芯片技术的下一代测序方法对苯丙酮尿症相关基因进行基因测序,筛查出常见的致病突变位,探讨半导体测序技术在遗传病检测方面的应用价值. 方法 采用AmpliSeq方法通过多重PCR捕获目的片段,然后构建文库,用Ion Torrent PGMTM测序仪进行测序反应,与Sanger一代测序法进行结果比较验证. 结果 75个临床检测为苯丙酮尿症样本中有57例含致病突变位点,包括有杂合突变、纯合突变以及复合杂合突变.下一代测序结果与Sanger一代测序结果完全一致. 结论 半导体测序能准确检测苯丙酮尿症常见致病突变,对遗传病发病机制的研究及筛查具有一定的应用价值.     

蛋白质组学技术在遗传代谢病诊断与致病机制研究中的应用

遗传性代谢病是因维持机体正常代谢所必需的某些由多肽和（或）蛋白组成的酶、受体、载体及膜泵生物合成发生遗传缺陷,即编码这类多肽（蛋白）的基因发生变异而导致的疾病。通过对机体血液或尿液中糖、氨基酸、有机酸、脂肪酸、肉碱等物质代谢组学分析,以及细胞酶学、分子生物学与蛋白组学分析,鉴定、识别以及定量各异常指标,确定生物标志物作...     

先天代谢缺陷病合并癫痫临床特点分析

目的:分析先天代谢缺陷病(IEM)中继发性癫痫的临床特点,为临床诊治提供依据.方法:对2003年1月至2007年12月收治的先天代谢缺陷病患儿进行回顾性分析,包括一般情况、病史、临床症状、脑电图检测结果等.结果:共61例11种代谢病患儿合并癫痫.惊厥首发年龄<1岁34例(55.7%),占首位.甲基丙二酸尿症与线粒体病是合并癫痫的主要病种,这两种疾病惠儿分为癫痫组34例、无癫痫组31例,癫痫组18例(52.9%)患儿惊厥表现为多种形式发作;无癫痫组5例(16.1%)患儿脑电图异常,表现为慢波背景及节律失调.结论:IEM引起的继发性癫痫惊厥出现早、抽搐形式多样.治疗时要选用对代谢无影响的抗癫痫药.脑电图应作为确诊IEM惠儿的常规检查.     

气-质联用技术测定尿有机酸方法的建立及在遗传代谢病诊断中的应用

目的 利用气-质联用技术测定尿液中有机酸种类及含量的变化,为先天性遗传代谢病,特别是有机酸代谢紊乱提供新的诊断依据.方法 收集临床高度怀疑为有机酸代谢紊乱的195例患儿的尿液标本,根据肌酐含量取相应体积的尿样和内标,加盐酸羟胺对带羟基的有机酸进行圬化反应生成酮体后,用乙酸乙酯和乙醚萃取有机酸,三甲基硅烷衍生;测定采用Agilent GC/MS 6890/5973i气相质谱仪,选择扫描模式检测,测定质荷比(m/z)范围在50～550 m/z的所有有机酸,数据处理采用Agilent GCMSD ChemStationGl701DA软件.用健康对照样本中加人的内标和阳性对照样本中加入的阳性有机酸进行分析方法的线性范围、精密度、准确性、样本回收率和残留分析.结果 该方法可测定尿液中100余种有机酸,以健康对照者尿样中加入的二甲基丙二酸(MMA)和2-苯基丁酸(2-PA)内标为参考,最低检测极限为2.5～2.8μmol/L;批内和批间变异系数均<10%,样本前处理批间变异系数为11.4%;样品回收率为95%～105%,残留分析<1%,所有参数均符合临床检测的要求.用该方法检测的临床患儿尿样中,发现诊断阳性病例12例,包括6例甲基丙二酸血症、1例丙酸血症、3例酪氨酸血症Ⅰ型、1例枫糖尿病和1例Ketosis病(酮症病).结论本研究建立了气-质联用技术分析测定尿液中有机酸的方法,可用于先天性遗传代谢性疾病的筛查诊断.     

基因组测序技术及其临床应用研究进展

目前,随着全基因组测序技术的进一步发展,基因组测序技术在临床与科研中越来越发挥着重要作用。近几年来,基因组测序技术迅速发展,其在愈来愈受到学者们的关注。本文旨在对基因组及、基因组测序技术及其在临床诊断中的应用做一综述。     

新一代测序技术在肿瘤临床中的应用

随着测序技术的不断发展,成本低、速度快、通量高的新一代测序(NGS)技术在肿瘤临床领域显现出很高的应用价值。本文对NGS在肿瘤临床中的应用和研究进行了综述,主要包括检测胚系突变和单核苷酸多态性用于肿瘤预测预防,检测血浆中循环肿瘤DNA(ctDNA)用于肿瘤的早期诊断,基于NGS的单细胞测序技术检测体细胞突变用于指导个体化、靶向治疗及疗效预测。同时也简要介绍了NGS技术在临床应用中面临的挑战,为其更好地服务于临床提供思路。     

应用高通量测序技术对远端肾小管酸中毒家系进行基因诊断

目的对2例远端肾小管酸中毒家系进行基因突变分析。方法收集远端肾小管酸中毒患儿病历资料,应用高通量测序技术对患儿基因组DNA进行突变筛查,Sanger测序方法对患儿及家系成员进行验证,对可疑突变进行生物信息学预测。结果测序结果显示病例1患儿携带ATP6V0A4基因c.1185delC和c.1418CT复合杂合突变;病例2患儿携带ATP6V0A4基因c.639+1GA和c.2227CT复合杂合突变; 2例患儿的突变均分别遗传自父母。c.1418CT和c.2227CT突变均未见报道,经生物信息学预测为有害突变,根据美国医学遗传学与基因组学会遗传变异分类指南均归类为可能致病性变异。结论发现ATP6V0A4基因2个新的备选突变位点,为基因检测和诊断治疗提供借鉴。     

Ion Channel Mutations in Mouse Models of Inherited Neurological Disease

Analysis of the molecular defects in mouse mutants can identify candidate genes for human neurological disorders. During the past 2 years, mutations in sodium channels, calcium channels and potassium channels have been identified by positional cloning of the spontaneous mouse mutants motor endplate disease, tottering, lethargic and weaver The phenotypes of four allelic mutations identified in the sodium channel gene Scn8a range from ataxia and muscle weakness through severe dystonia and progressive paralysis, indicating that human mutations in this gene could be associated with a variety of clinical syndromes. Mutations of the calcium channel subunits β 4 in the lethargic mouse and α 1A in the tottering mouse have specific effects on cerebellar function. Targeted mutation of ligand-gated ion channels has also been used to generate new models of neurological disease. We will review these recent achievements and their implications for human neurological disease. The mouse studies indicate that mutations in ion channel genes are likely to be responsible for a broad spectrum of clinical phenotypes in human neurological disorders.     

Insignificance of Gluconeogenesis in Human Blood Platelets

Abstract. Human blood platelets contain no detectable activity of the enzymes fructose diphosphatase (EC 3. 1. 3. 11), phospho-enolpyruvate carboxykinase (EC 4. 1. 1. 32) and pyruvate carboxylase (EC 6. 4. 1. 1.). Glucose-6-phosphatase (EC 3. 1. 3. 9) activity is very low.
Phosphofructokinase present in human blood platelets, catalyzes a reaction which can be stimulated by AMP in a platelet homogenate, due to the presence of endogenous ADP and myokinase. These enzymes are responsible for the formation of fructose-6-phosphate from fructose-1, 6-diphosphate.
Pyruvate kinase (EC 2. 7. 1. 40) in human blood platelets belongs to the M-type, which is not inhibited by ATP, at least not under the conditions applied.
The results obtained indicate that gluconeogenesis in human blood platelets is not present in the way which has been established for liver and kidney.     

利用靶向基因测序技术诊断遗传性骨髓衰竭综合征

目的 遗传性骨髓衰竭综合征(IBMFS)是一组以骨髓造血功能衰竭、先天多发畸形及易发肿瘤为主要特征的遗传异质性疾病,其临床表型复杂多样,给临床诊断带来困难.本研究旨在基于高通量靶向基因测序(TPS)技术,建立IBMFS的单管高通量基因诊断方法,并应用于临床诊断.方法 选择2009年8月至2013年12月,于上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心就诊的21例临床疑似IBMFS患者为研究对象.采集其DNA样本,利用Agilent Haloplex方法对IBMFS已知致病基因及相关基因进行文库捕获,基于Illumina MiSeq技术平台进行DNA高通量TPS,测序数据经NextGENe软件匹配分析后,采用Ingenuity在线软件系统进行基因变异筛选及解释,最后采用Sanger法测序验证基因突变情况(本研究遵循的程序符合上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心人体试验委员会制定的伦理学标准,得到该委员会批准,并征得受试对象监护人的知情同意).结果 本组21例患者的测序数据中,总reads数为1 570 558～3 577 386个,95％以上的reads与人类基因组序列相匹配,85％以上的reads位于目标基因靶序列以内,平均测序深度为444×～1 092×,测序深度大于20×的区域达95％以上,覆盖度均一性达85％以上.本组21例患者中,12例患者有明确的基因诊断结果,包括6例范可尼贫血(FA)、2例先天性角化不良症(DC)、2例先天性中性粒细胞减少症(SCN)、1例先天性纯红细胞再生障碍性贫血(DBA)和1例Shwachman-Diamond综合征(SDS).5例患者经造血干细胞移植(HSCT)后成功治愈,2个家庭以此诊断结果为产前诊断依据被批准生育二胎.结论 本研究建立了IBMFS的单管高通量TPS分子诊断方法,临床应用结果显示,该方法捕获效率高、测序质量可靠、生物信息学软件全面,可有效检测IBMFS致病基因突变,为产前诊断IBMFS及其及时根治性治疗提供了强有力的依据.     

Rapid screening for amyloid-related variant forms of transthyretin is possible by electrospray ionization mass spectrometry

We have used a new and rapid method to detect three variant forms of transthyretin (TTR): methionine for valine at position 30 (Met-30), serine for cysteine at position 6 (Ser-6) and methionine for leucine at position 111 (Met-111). By using an anti-transthyretin antibody and a centrifugal concentrator, transthyretin was isolated from plasma samples and analysed for variant forms by electrospray ionization mass spectrometry. Differentiation between homozygous and heterozygous transthyretin Met-30 and Met-111 posed no problems. However, a clear separation of transthyretin Ser-6 and Met-111 peaks in one patient with concordant Ser-6 and Met-111 mutations could not be achieved. The present method enables a quick and reliable detection of variant TTR. It can be used to screen families or small populations for abnormal TTR. Knowledge of TTR polymorphism and the variable expression of different amyloidogenic mutations should be taken into consideration when applying the methods in clinical practice.     

32 例高苯丙氨酸血症鉴别诊断分析

目的对32例新生儿高苯丙氨酸血症（hyperphenylalaninemia,HPA）进行鉴别分析。方法203_1年1月至2013年2月,四川省新生儿筛查中心共确诊32例HPA。通过尿蝶呤谱分析、红细胞二氢蝶啶还原酶测定、BH。负荷实验和串联质谱分析,进一步鉴别诊断。结果32例HPA新生儿中,1例四氢生物蝶呤缺乏症,3例经典型苯丙酮尿症（classicalphenylke-touria,CPKU）,15例轻度PKU,11例轻度HPA,1例枫糖尿病,1例希特林蛋白缺乏症。结论对所有HPA必须进行鉴别分析,尽早确诊和治疗。     

Enzyme replacement therapy for Gaucher disease

Gaucher disease is the most common lysosomal storage disease, and the first lysosomal storage disease for which a specific therapy has been developed. Enzyme replacement therapy, with glucocerebrosidase purified from human placentae, was introduced in 1991. Recombinant human glucocerebrosidase, produced by Chinese hamster ovary cells in tissue culture, became available in 1994 and has replaced the placenta-derived product. These therapies have revolutionized the care of patients with type 1 Gaucher disease, reversing many of the pathological consequences of this disease, and preventing further progression. Furthermore, they have served as a model for the treatment of other lysosomal storage diseases and inborn errors of metabolism.