树Qu胆固醇酯转运蛋白的cDNA和蛋白质结构分析

目的 获得不易感动脉粥样硬化动物树Qu胆固醇酯转运蛋白（CETP）的cDNA和蛋白质序列,分析其结构特点,寻找其可能的抗动脉粥样硬化分子机制。方法 以从树Qu肝脏mRNA反转录获得的cDNA一链为模板,应用SMART－RACE技术,获得了树QuCETP的cDNA序列,并推导出其蛋白质氨基酸序列,应用分子生物学软件对该蛋白的一级、二级结构进行分析和比较。结果 获得的树QuCETP cDNA（在GenBank中的注册号为AF334033）长1636bp,编码485个氨基酸,其成熟蛋白由477个氨基酸组成,比人多一个氨基酸（Gly318),该蛋白与人、家兔的同源性分别为88％和82％。序列中与CETP结合和转运中性脂质功能相关的区域均非常保守,但在Asm342位的N－糖基化位点缺失,可能使其转运胆固醇酯的活性增加,利于外周组织和血浆中的胆固醇及其酯的清除。通过对不同种属蛋白序列的比较,初步分析了树QuCETP蛋白与功能相关的结构特点。结论 树QuCETP糖基化的特点有可能是该动物对动脉粥样硬化具有不易感性的分子机理之一。     

树鼩卵磷脂胆固醇酰基转移酶cDNA和蛋白质序列结构分析

目的克隆获得树鼩卵磷脂胆固醇酰基转移酶cDNA序列并进行结构分析。方法以树鼩肝脏mRNA逆转录出的Ⅰ链cDNA为模板,运用SMARTRACEPCR扩增技术,扩增得到树鼩卵磷脂胆固醇酰基转移酶(LCAT)cDNA序列,并推导出LCAT氨基酸序列。利用分子生物学软件DNAMAN对氨基酸序列的一、二级结构及主要结构域进行分析和比较。结果树鼩LCATcDNA序列由1340个核苷酸构成,开放阅读框架1320bp,编码440个氨基酸的LCAT前体(含24个氨基酸构成的信号肽和416个氨基酸组成的成熟蛋白)熏3'非翻译区18bp,终止密码TAA,加尾信号AATAAA和一个25bp的poly(A)尾。树鼩LCATcDNA序列已作为新基因被GenBank接受,登记号AF272861。树鼩与人和狒狒LCATcDNA的同源性分别为90%和89%。结论树鼩LCATcDNA序列与人及其他实验动物高度同源。     

THE TREE SHREW APOLIPOPROTEIN C-I cDNA：SEQUENCE AND ITS EXPRESSION

A rabbit anti-serum to tree shrew apolipoprotein C-I (apo C-I) was used to screen an expression cDNA li-brary constructed by us from tree shrew (TS) liver tissue. Two apo C-I cDNA clones were obtained. The longerone consists of 380 nuclcotides, including 21 bp and 95 bp at the 5‘‘ and 3‘‘ and of the non-translated regions respectively, and a 264-bp fragment in an open reading frame encoding 88 amino acids prepropeptide which conrains 26 amino acids of signal peptide and a mature protein (62 amino acids). Comparing the amino-acid sequence deduced from this cDNA with those of the published mammalian apo C-Is reveals that it shared some struc-tural similarity with rat, mouse and dog ape C-I, but it had 5 more amino acids than that of human and baboon.The expression of ape C-I mRNA in 8 different tissues were also assayed with Northern blot. The results demonstrated that liver had the highest expression, intestine had much less expression and no expression in other tissues,which is much different from human and other species. This study has laid down a good foundation for further studying on the function and the stucture of tree shrew apo C-I gene.     

树Ju载脂蛋白AIcDNA的克隆及其组织表达

克隆不易感动脉粥样硬化动物树Ｊｕ（ｔｒｅｅｓｈｒｅｗ,ＴＳ）载脂蛋白Ａ－Ｉ（ａｐｏｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎＡＩ,ａｐｏＡＩ）的基因,比较分析其结构特点,方法以提取的肝组织ｍＲＮＡ为模板,反转录构建了ＴＳ肝组织ｃＤＮＡ文库。利用制备的兔抗ＴＳ载脂蛋白ＡＩ多抗血清为探针筛选该文库,对阳性克隆进行测序,序列分析及组织表达实验。结果克隆获得了ＴＳａｐｏＡＩｃＤＮＡ序列,全长序列由９００个核苷酸构成,包括２８     

树鼩载脂蛋白AI cDNA的克隆及其组织表达

目的克隆不易感动脉粥样硬化动物树（ｔｒｅｅｓｈｒｅｗ,ＴＳ）载脂蛋白ＡＩ（ａｐｏｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎＡＩ,ａｐｏＡＩ）的基因,比较分析其结构特点。方法以提取的肝组织ｍＲＮＡ为模板,反转录构建了ＴＳ肝组织ｃＤＮＡ文库。利用制备的兔抗ＴＳ载脂蛋白ＡＩ多抗血清为探针筛选该文库,对阳性克隆进行测序、序列分析及组织表达实验。结果克隆获得了ＴＳａｐｏＡＩｃＤＮＡ序列,全长序列由９００个核苷酸构成,包括２８ｂｐ组成的５′非翻译区;７９５ｂｐ组成的一个完整开放阅读框架,编码翻译２６５个氨基酸的ＴＳａｐｏＡＩ前体（含１８个氨基酸构成的信号肽、６个氨基酸的原肽片段及２４１肽的成熟蛋白）;两个终止密码ＴＧＡ、ＴＡＡ和随后７２ｂｐ的３′非翻译区。新基因已被ＧｅｎＢａｎｋ接受。对编码蛋白质的亲疏水性分析表明ＴＳａｐｏＡＩ的疏水性强于人的相应蛋白。Ｎｏｒｔｈｅｒｎｂｌｏｔ显示ＴＳａｐｏＡＩ基因主要在肝脏和小肠组织表达。结论获得了不易感动脉粥样硬化动物ＴＳａｐｏＡＩ的新基因,编码的蛋白质结合胆固醇及胆固醇酯的能力可能大于人的ａｐｏＡＩ。     

家兔胆固醇酯转移蛋白基因克隆及其真核表达载体的构建

目的: 克隆家兔胆固醇酯转移蛋白(CETP) 基因,构建其真核表达载体,研究CETP基因的结构与功能,为进一步研究CETP在动脉粥样硬化(As)中的作用机制提供参考。方法: 采用TRIzol提取家兔肝组织总RNA,采用RT-PCR 方法将RNA逆转录为cDNA,以cDNA为模板,用LA Taq酶进行PCR扩增,克隆出CETP基因,将CETP cDNA片段克隆至pMD19-T载体上,对重组的CETP- pMD19-T测序后,登录GenBank进行序列比对,利用nnPredict软件分析预测CETP的二级结构。将CETP
cDNA片段克隆至pcDNA3.1真核表达载体上,对重组质粒进行PCR及酶切鉴定。结果：测序及序列比对显示与M27486基因序列98%相符;家兔CETP基因cDNA全长1 659 bp,编码序列(CDs区)长1 494 bp,编码498个氨基酸。CETP的二级结构以α螺旋结构为主,相对分子质量为142119.4, pI为4.91。结论: 成功克隆了家兔CETP基因,并成功构建了其真核表达载体,明确了CETP的二级结构。     

高胆固醇饮食对家兔血清CETP和血脂水平的影响

目的研究胆固醇酯转移蛋白（CETP）与血浆脂蛋白代谢的关系及对动脉粥样硬化发生和发展的影响．、方法将新西兰白兔24只,随机分为正常饲料组和三高组,每组12只。正常饲料组喂普通饲料,三高组喂高胆固醇饲料12周。高胆固醇饲料由普通饲料＋2％胆固醇配制。饲喂高胆固醇饲料的动物每天每只75g高胆固醇饲料＋75g普通饲料,即每天每只动物1．5g胆固醇。两组喂养12周,测定血清CETP活性及血清总胆固醇（TC）、低密度脂蛋白胆固醇（LDLC）、高密度脂蛋白胆固醇（HDLC）、甘油三酯（TG）的含量;苏丹Ⅳ染色显示主动脉病变面积。结果高胆固醇饲料喂饲后,动物血清CETP浓度升高,TC、LDLC、TG显著升高。结论CETP活性与血浆脂蛋白水平密切相关,高胆固醇饮食导致脂类代谢异常和CETP浓度升高,增加动脉粥样硬化等心脑血骨疾病风险     

BALB/c小鼠乳糖酶基因Lac的克隆及其cDNA探针的制备

目的 提取、克隆BALB／c小鼠乳糖酶基因Lac,了解其序列及所编码蛋白的属性,并制备Lac cDAN探针,为进一步研究乳糖不耐受奠定基础。方法 取4周龄BALB／c小鼠小肠组织,用Trizol试剂盒提取总RNA,经RT—PCR、梯度PCR获取Lac cDNA。测序鉴定后将序列提交NCBI GenBank,同时利用生物信息学,对其编码产物进行预测。探针的制备采用随机引物法以地高辛标记。结果 所获得的Lac cDNA编码区有912bp,编码303个氨基酸残基,在其二级结构中存在一个糖苷键水解酶基序,C-末端有一疏水螺旋区。标记后的探针经检测,灵敏度达到1pg／μl。结论 所获得的Lac基因经鉴定确为乳糖酶基因,由它编码的蛋白产物是乳糖酶。标记的探针灵敏度很高,可以用于原位杂交实验。     

一个含有25 bp内含子的阴道毛滴虫Rab1-like新基因

目的 克隆和鉴定一个新的阴道毛滴虫Rab1-like基因(TvRab1-like)及其内含子.方法 我们从一阴道毛滴虫cDNA表达文库中分离出一个cDNA克隆,它与各物种的Rab家族蛋白有较高的同源性,因此我们进一步用BLASTP、RPS-BLAST、ClustalW和MEGA3等分析软件对该cDNA克隆进行了序列分析和进化树分析;用PCR和RT-PCR等技术分别对该基因组和mRNA进行了扩增和测序分析.结果 序列分析结果表明该cDNA克隆长705 bp,开放阅读框具603 bp,推测肽链含有200个氨基酸.序列比较分析结果提示该cDNA克隆所推测的蛋白质是一个Rab1亚家族的亚型.进化树分析也表明它属于阴道毛滴虫Rab1亚家族.基因组PCR扩增和测序分析表明该基因包含一个25 bp的内含子,该内含子具有阴道毛滴虫和其它真核生物较大内含子所具备的典型的5'GT-AG-3'和分支位点基序.RT-PCR产物及其测序分析表明在该基因的转录本中存在着未剪切和剪切后的mRNA,说明确实有内含子的存在.结论 TvRab1-like基因属于阴道毛滴虫Rab1亚家族,该基因含有一个25 bp的内含子.该内含子是至今发现的最小的阴道毛滴虫基因内含子之一,很可能也是真核生物中最小的内含子.对诸类最低等真核生物内含子的研究将有助于我们理解真核生物内含子的起源和进化.     

人Hrs cDNA的克隆与序列分析

以小鼠ＨｒｓｃＤＮＡ为探针从人胎盘ｃＤＮＡ文库中克隆出人ＨｒｓｃＤＮＡ，其全长为２９１０ｂｐ，所编码的蛋白质含７７７个氨基酸。人ＨｒｓｃＤＮＡ与小鼠ＨｒｓｃＤＮＡ间高度保守。推定的氨基酸序列含有锌指样结构域、脯氨酸丰富区及脯氨酸、谷氨酰胺丰富区。     

Biological function of a novel gene overexpressed in human hepatocellular carcinoma

Objective To clone the full-length of a differentially expressed cDNA fragment, LC27, and study its biological function tentatively. Methods Northern blot was used to analyze the expression pattern of LC27 in hepatocellular carcinoma, matched nontumor liver tissues, fetal liver and normal adult liver tissues, as well as BEL-7402 hepatocellular carcinoma cell line ESTs splicing and 5’ rapid amplification of cDNA ends (5’ RACE) were used to clone the full-length of LC27 cDNA.An antisense oligodeoxynucleotide approach was used to investigate the biological role of the gene in the proliferation of BEL-7402 cells. Results A 2186 bp novel cDNA with an open reading frame encoding a 283 amino acid protein was cloned.Analysis of the deduced amino acid sequence indicated that it is 38% (88/229) identical to human Golgi 4-transmembrane spanning transporter MTP.The gene and the encoded protein was termed hepatocellular carcinoma overexpressed transmembrane protein (hotp) and HOTP, respectively.Hotp mRNA was almost undetectable in normal adult liver and fetal liver tissues.However, it was significantly up-regulated in hepatocellular carcinoma and some matched nontumor liver tissues, as well as BEL-7402 cells.The proliferation of BEL-7402 cells was suppressed by an antisense oligodeoxynucleotide against hotp mRNA at a concentration of 50 μg/ml. Conclusion HOTP may be an integral membrane transporter protein.The overexpression of the gene in hepatocellular carcinoma may play an important role in hepatocarcinogenesis and disease progression.     

人B淋巴细胞活化相关新基因的克隆

目的：分离新的与B细胞活化相关基因。方法：采用差异显示反转录PCR（DDRT－PCR）技术对人扁桃体活化和静止B细胞mRNA的差异表达进行分析。差异显示的片段经过Northern杂交验证后,作为探针进行人活化B细胞cDNA文库的筛选。结果：差异显示分析共获得明显的差异表达的标签序列(expressed sequence tag,EST)62条,其中主要在静止B细胞表达的有32条,在活化B细胞表达的有30条,经Northern 杂交验证,共获得阳性的片段25条,以在活化B细胞中高表达的EST30为探针,经3轮筛选人活化B细胞文库后获得1个新的全长为2048bp的cDNA克隆,该克隆含有1个630bp的开放读码框,其推断的氨基酸序列N端与酵母的动力蛋白KAR3部分同源,结论：克隆了1条可能与B细胞活化相关的新基因。     

马兜铃酪氨酸脱羧酶基因克隆、测序及同源性分析

【目的】从中草药马兜铃中获得酪氨酸脱羧酶基因(tyrDC)互补DNA(cDNA)序列并进行同源性分析，以进一步达到敲除tyrDC，减轻该药肾毒性的目的。【方法】参照已知的植物酪氨酸脱羧酶的保守性氨基酸序列设计简并引物，并通过反转录聚合酶链反应(RT-PCR)从马兜铃中扩增出cDNA片段。将扩增的cDNA序列克隆并测序，用以设计特异引物，并通过cDNA末端快速扩增(Rapid Ampli6cation of cDNA Ends，RACE)从马兜铃中扩增出全长tyrDC cCNA。【结果】该克隆的tyrDC cDNA的总长度为1678bp，包括一个编码516个氨基酸的1551bp开读框(ORF)和一段127bp的下游非翻译区(3’UTR)。序列比较结果表明，由马兜铃tyrDC核苷酸序列推导的氨基酸序列分别与已发布的罂粟酪氨酸脱羧酶和唐松草酪氨酸／多巴脱羧酶享有76％和79％的同源性。【结论】从马兜铃中扩增得到tyrDC cDNA全序列，且对酪氨酸脱羧酶的同源检索显示，不同植物的酪氨酸脱羧酶之间都存在普遍的序列相似性。为去除马兜铃肾毒性奠定了基础。     

日本血吸虫精氨酸编码基因CDNA的分离和序列分析

【目的】分离和鉴定日本血吸虫(Schistosomajaponicum,S.j)新基因。【方法】应用免疫学方法筛选S.jcDNA文库获得阳性克隆;通过PCR直接序列测定技术,表达序列标签（EST）同源性检索对阳性克隆插入片段进行鉴定;采用亚克隆技术及生物信息学等技术,对获得的日本血吸虫精氨酸酶编码基因序列进行结构与功能的分析。【结果】获得了一个含1061bp外源插入片段的阳性克隆,其cDNA序列含有一个840bp的阅读框,编码279个氨基酸,属精氨酸酶家族,与国际蛋白质库中的酵母、蛙、人和大鼠精氨酸酶序列的同源性分别为44%,50%,51%,53%和54%。【结论】获得了编码日本血吸虫精氨酸酶编码基因全长cDNA,为日本血吸虫精氨酸酶基因功能的研究奠定了基础。     

AdPPO4基因部分序列的cDNA克隆与序列分析

目的克隆大劣按蚊(An dirus)前酚氧化酶(prophenoloxidase,PPO)基因部分序列.方法根据已报道的多种昆虫以及冈比亚按蚊PPO基因编码的保守氨基酸序列设计简并引物,以大劣按蚊幼虫总RNA为模板进行RT-PCR扩增,目的片段经TA克隆后测定其核苷酸序列,然后进行序列查询与比对.结果从大劣按蚊幼虫中获得的PPO4基因(AdPPO4)部分序列长597 bp,编码199个氨基酸;AdPPO4与冈比亚按蚊PPO4基因的核酸和氨基酸序列同源性分别达84%和90%.结论从大劣按蚊幼虫中成功地克隆出了AdPPO4基因的部分序列,与冈比亚按蚊PPO4基因具有很高的同源性.     

杜氏盐藻硝酸盐还原酶5'端cDNA片段的快速扩增

目的：根据已扩增的杜氏盐藻硝酸盐还原酶cDNA的部分序列，利用5’RACE的方法扩增其5’上游未知片段。方法：根据盐藻硝酸盐还原酶cDNA已知的部分序列，设计一条磷酸化反转录引物、2对特异性反向PCR引物。提取盐藻细胞mRNA，利用5’RACE的方法反转录成cDNA，然后利用PCR方法扩增5’上游序列，产物与T载体连接后转化至大肠杆菌JM109中，经筛选后测序，将测序结果推导成氨基酸序列进行同源性分析。结果：在盐藻中所获得的cDNA片段，核苷酸长度为431bp，编码143个氨基酸。推导的氨基酸序列与下列物种的硝酸盐还原酶进行同源性比较：Dunaliella tertioleclta为83％，衣藻为68％，团藻为66％，小球藻为64％。结论：所克隆的序列为杜氏盐藻硝酸盐还原酶cDNA片段。     

北京鸭载脂蛋白AI cDNA的克隆及其组织表达

目的:克隆不易感动脉粥样硬化动物北京鸭载脂蛋白AI的基因。方法:分离提取北京鸭肝组织mRNA,以此为模板,反转录构建了鸭肝组织cDNA文库。利用制备的兔抗鸭载脂蛋白AI(apoAI)多抗血清为探针筛选该文库,获得10个阳性克隆,测序及序列分析。结果:包括18bp、240bp组成的5’和3’非翻译区,792bp组成的一个完整开放阅读框架,编码264个氨基酸的鸭apoAI前体,含18个氨基酸构成的信号肽、6个氨基酸的原肽片段和240肽的成熟蛋白。推译出的成熟肽与鸭apoAI氨基酸的直接测序结果完全一致。该新基因已被GenBank接受。Northern blot显示鸭apoAI mRNA不仅主要在肝和小肠组织表达;而且不同于人和哺乳类动物,亦可少量在脑、肾、肌肉组织分布。结论:结果为进一步研究不易感动脉粥样硬化动物北京鸭apoAI基因组结构、功能及其抗动脉硬化机制奠定了基础。     

树鼩中APP基因特征描述及可变剪接体的分型鉴定

目的 区分并鉴定树鼩中APP基因mRNA的多种可变剪接体,对APP基因特征进行描述,并确定其在各组织中的表达分布。方法 参考已知人的和树鼩基因组预测的APP基因序列,设计树鼩APP基因mRNA剪切体外显子的共同特异性引物。分别从树鼩不同组织中提取总RNA,反转录为cDNA,利用高保真酶扩增目的剪切体DNA。根据PCR扩增产物电泳条带的有无和大小初步判断剪接体的型别,最后将PCR产物胶回收进行测序鉴定,对获得的基因进行特征描述,并结合定量PCR的结果确定了各剪接体在不同组织中分布情况。结果 结果表明树鼩APP剪接体的全长为3514 bp,有一个109 bp的5''-UTR,1092bp的3''-UTP。APP基因在调查的9个物种中高度同源保守,显示树鼩与灵长类存在一个较近的亲缘关系。通过三维建模获得了树鼩和人的APP基因共同拥有的4个结构域。同时确认这4种通过外显子跳跃产生的APP可变剪接体在不同组织中的分布和表达。4种检测到的剪接体APP770,APP695,APP751,APP677均表达于肺、肾和肠,表达量最高的是肺、肌肉和睾丸。结论 对树鼩APP基因可变剪接体的表达研究,有助于推动树鼩作为阿尔茨海默病模型深入研究疾病的发生机制和药物研发。     

人骨形态发生蛋白-7全长基因cDNA的克隆和序列分析

目的:克隆人骨形态发生蛋白-7(BMP-7)全长基因,并进行测序及序列分析,研究其结构和功能。方法:采用异硫氰酸胍一步法从人胎儿肾中提取总RNA,利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)的方法,分段扩增出hBMP-7全长基因cDNA,与PGEM-T easy连接成PGEM-T easy/hBMP-7重组质粒,采用Sanger双脱氧链终止法测定基因序列。结果:以4号特异引物引导的RT-PCR扩增出BMP-7基因3’端540bp片段,以2号特异引物引导的RT-PCR扩增出BMP-7基因5’端750bp片段,重组连接两片段得到BMP-7全长基因cDNA。与Genebank上发表的hBMP-7序列(XM30619)比较有一个碱基不同,第862位核苷酸由T→G,编码的氨基酸由苯丙氨酸变为缬氨酸。结论:首次从中国人胎肾中分段克隆出BMP-7全基因cDNA,该基因在骨关节系统的损伤与修复中具有重要的临床应用价值。