Reg Ⅳ, a differentially expressed gene in colorectal adenoma

Objective To discover and identify differentially expressed genes associated with colorectal adenomaforma tion and the role of ReglV in colorectal adenoma differentiation.Methods A subtracted cDNA library was constructed with cDNAs that were isolated from either the normal mucosa or adenoma tissue of a single patient. Suppressive subtractive hybridization (SSH)combined with virtual northern blotting was used to characterize differentially expressed genes and contigs were assembled by electronic cloning (in silico cloning ) with the EST database. Semi-quantitative RT-PCR was performed in 9 colorectal adenomas.Results The amino acid sequence was determined with open reading frame (ORF) prediction software and was found to be 100% homologous to the protein product of Reg Ⅳ (a novel gene isolated from a large inflammatory bowel disease library). RegⅣ was found to be highly expressed in all of the adenoma samples (9/9) compared with the normal mucosa samples, while 5/6 casess howed RegⅣ to be more strongly expressed in adenocarcinoma.Conclusion RegⅣ may play an important role in the initiation of colorectal adenoma differentiation,and its detection mav be useful in the earlv diaonosis of colorectal adenoma formation.     

基因芯片技术筛选大肠癌肝转移差异表达基因

目的:利用基因芯片技术研究大肠癌肝转移基因表达的改变及其相关基因.方法:收集手术切除5例大肠癌合并肝脏转移患者的原发和转移病灶的新鲜组织标本,提取总RNA,合成荧光标记的cRNA与Agilent human 1A oligo芯片杂交.挑选10个差异表达基因,分别设计引物,用实时RT-PCR法定量测定21例术中收集的新鲜原发和转移标本中各基因的表达水平,并比较和分析其表达差异.结果:以表达差异≥2.0或≤0.5倍为限,在5对标本中,共同上调110个基因,共同下调96个基因.挑选10个差异表达基因的实时RT-PCR结果与芯片结果完全相符.结论:大肠癌肝转移涉及众多基因表达的改变,应用基因微矩阵有助于发现基因变化的规律及其分子机理的深人研究.     

RegⅣ基因在大肠癌中抗凋亡作用的体外研究

目的观察RegⅣ基因在大肠癌细胞系中的表达情况及其体外抗凋亡作用。方法采用RT-PCR和免疫组织化学染色法检测4种大肠癌细胞系中RegⅣ基因的表达,通过MTT法分析不同浓度的姜黄素对4种大肠癌细胞系(HT-29、Caco2、Sw480和Lovo)的生长抑制作用,应用流式细胞仪评价RegⅣ基因的抗凋亡作用。结果RegⅣmRNA在HT-29细胞系高表达,Caco2细胞系较高表达,Sw480细胞系较低表达,Lovo细胞系不表达;RegⅣ蛋白在HT-29细胞胞核和胞质内表达阳性,Lovo细胞胞核和胞质表达阴性,Sw480细胞胞质内表达阳性,Caco2细胞胞质内表达弱阳性。不同浓度的姜黄素对4种细胞系的生长抑制作用强弱依次为Lovo>Sw480>Caco2>HT-29;用20μmol.L-1的姜黄素处理24 h后,4种细胞系的凋亡率大小依次为Lovo>Sw480>Caco2>HT-29。结论RegⅣ基因高表达与大肠癌发生可能有关;RegⅣ基因在大肠癌中可能具有抗凋亡作用。     

结直肠癌差异基因筛选及功能预测

目的 基于美国癌症肿瘤基因图谱（TCGA）数据库分析结直肠癌组织及正常组织的差异表达基因,并探讨其相关分子机制。方法 从TCGA数据库下载所有结直肠癌中mRNA转录组数据。共包含样本740例,其中,结直肠癌组织为571例,正常组织为169例。在R语言环境下,采用edge R工具包处理数据,得到差异表达基因。利用DAVID数据库对差异表达的前1 000个基因进行GO分析及KEGG通路富集分析。对显著差异表达的前200个差异表达基因进行分析,基于Cysctoscape绘制蛋白互作网络图。比较关键基因在癌组织及正常组织中的表达水平。以关键基因的中位表达水平为界值,将关键基因分为高表达组与低表达组,比较高表达组与低表达组的生存情况。结果 共筛选出5 073个差异表达基因,其中,上调基因2 136个,下调基因2 937个。GO分析结果显示,其生物过程主要在细胞增殖、转运、rRNA加工、受体介导的内吞作用等功能富集。KEGG富集分析结果表明,差异表达基因的信号通路主要有细胞周期、转录失调、胆汁分泌、甲状腺激素信号通路、血小板活化等信号通路。筛选出的前7位关键基因为PLK1、BRD4、EHMT2、HIST2H4B、PRPF19、SUV39H1、TRIM28。进一步分析显示,癌组织中PLK1、PRPF19、SUV39H1表达均高于正常组织（P <0.05）。从生存分析曲线可知,PLK1和SUV39H1高表达组总生存时间与低表达组比较,差异无统计学意义（P >0.05）;HIST2H4B低表达组总生存时间高于HIST2H4B高表达组（P <0.05）。结论 基于TCGA数据库分析出PLK1在结直肠癌组织中高表达,其参与细胞增殖、有丝分裂细胞周期的G2/M转换等生物过程,通过P53信号通路发挥作用,在结直肠癌的发生、发展中起重要作用,有望成为诊断结直肠癌的肿瘤标志物。     

APC基因启动子甲基化在大肠癌中的研究

目的 研究APC基因在结直肠癌和结直肠腺瘤中的甲基化状态和蛋白表达的变化及意义。方法 采用甲基化特异性PCR（methylation specific PCR，MSP）和免疫组织化学染色检测结直肠癌和结直肠腺瘤中APC基因的甲基化状态和蛋白表达的变化。结果 在结直肠癌和腺瘤发生过程中，APC基因在腺瘤为39．3％（11／28），癌旁为47．4％（18／38），癌组织中甲基化率为57．9％（22／38），其甲基化程度呈增加趋势；APC蛋白表达在腺瘤组织中82．1％，癌旁组织中57．9％，癌组织中为34．2％，随病变发展表达率呈下降趋势，与甲基化率呈明显负相关。结论 APC基因异常甲基化是APC失活的主要机制。与结直肠癌和结直肠腺瘤的发生、发展密切相关，可作为大肠癌早期诊断和治疗的重要参考指标。     

RSD-7的克隆及其在睾丸组织中的定位

目的 分离、克隆精子发生相关基因,深入了解精子发生的分子机制。方法 采用本组克隆的大鼠睾丸EST筛选cDNA文库、Northern blot、原核表达和纯化、抗体制备和免疫组化等技术。结果 (1)获得1个新的全长cDNA序列,命名为RSD-7。全长l238bp,编码232个氨基酸,GenBank接收号为AF315467。序列分析显示,RSD-7基因编码蛋白质含有1个Ubiquitin-like结构域。(2)Northern blot结果显示,在8种成鼠组织中,RSD-7基因仅在睾丸组织中有明显表达。不同发育天龄的大鼠睾丸组织Northern blot结果显示,出生后30d的大鼠RSD-7基因开始表达,一直到120d仍有表达。(3)RSD-7 cDNA在大肠杆菌中获得高效表达,并纯化了GST-RSD-7融合蛋白,以此为抗原制备了高效价的抗RSD-7蛋白的多克隆抗体。(4)通过免疫组织化学方法,RSD-7蛋白定位于Sertoli细胞胞浆和质膜上。结论 初步分析了RSD-7基因的表达特征并制备了抗RSD-7多克隆抗体,为进一步研究RSD-7蛋白在精子发生过程中的功能提供了条件。     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的 筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法 应用美国AffymetrixHG-U133寡核苷酸芯片(代表迄今所知的32264个人类全基因,包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇)检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱,并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证;综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据。结果 获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个(包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个);大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个;大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个;最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80.1%未见报道。结论 综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略,可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法应用美国AffymetrixHG—U133寡核苷酸芯片（代表迄今所知的32264个人类全基因．包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇）检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱，并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证；综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据结果获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个（包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个）；大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个：大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个；最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80．1％未见报道。结论综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略，可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。     

基因表达谱芯片在小鼠乳腺癌组织中基因差异性表达

目的：在TA2小鼠自发乳腺癌肺转移BCML模型上，采用了基因芯片技术，比较TA2小鼠低转移MA737模型与高转移BCML模型基因表达的差异。以期从基因水平上揭示乳腺癌的转移机制并为进一步寻找其新的防治手段打下基础。方法：采用上海联合基因公司提供的含2048个小鼠cDNA的C57BL-6的基因芯片，研究对象为TA2小鼠自发乳腺癌肺转移BCML模型。同时设TA2小鼠自发乳腺癌MA737模型为实验对照组。结果：筛选出包括与DNA结合，转录和转录因子，蛋白翻译，细胞周期，转移等相关的表达差异有基因共457个，其中210个表达上调，247个表达下调。结论：乳腺癌在转移过程中存在许多基因表达调控的改变，对于相关基因的研究有助于认识乳腺癌转移的分子机制。为进一步探讨乳腺癌的预防提供新的思路与实验依据。     

Identification of differentially expressed microRNAs by microarray: a possible role for microRNAs gene in medulloblastomas

Background MicroRNAs （miRNAs） are small noncoding regulatory RNAs whose aberrant expression may be observed in many malignancies. However, few data are yet available on human primary medulloblastomas. This work aimed to identify that whether miRNAs would be aberrantly expressed in tumor tissues compared with non-tumorous cerebellum tissues from same patients, and to explore a possible role during carcinogenesis. Methods A high throughput microRNA microarray was performed in human primary medulloblastoma specimens to investigate differentially expressed miRNAs, and some miRNAs were validated using real-time quantitative RT-PCR method. In addition, the predicted target genes for the most significantly downor up-regulated miRNAs were analyzed by using a newly modified ensemble algorithm. Results Nine miRNA species were differentially expressed in medulloblastoma specimens versus normal non-tumorous cerebellum tissues. Of these, 4 were over expressed and 5 were under expressed. The changes ranged from 0.02-fold to 6.61-fold. These findings were confirmed using real-time quantitative RT-PCR for most significant deregulated miRNAs （miR-17, miR-100, miR-106b, and miR-218） which are novel and have not been previously published. Interestingly, most of the predicted target genes for these miRNAs were involved in medulloblastoma carcinogenesis. Conclusions MJRNAs are differentially expressed between human medulloblastoma and non-tumorous cerebellum tissue. MiRNAs may play a role in the tumorigenesis of medulloblastoma and maybe serve as potential targets for novel therapeutic strategies in future.     

利用基因芯片筛选大肠癌中细胞增殖相关基因

目的 用基因芯片技术筛选大肠癌中细胞增殖相关基因. 方法 利用HG-U133 Plus2.0基因芯片.对大肠癌组织和正常组织基因表达谱进行检测,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析. 结果 ①癌组织与正常组织比较,表达差异2倍以上基因共有1 200个,其中表达上调的474个,表达下调的726个.②在1 200个基因中,共有127个基因与细胞的增殖功能相关,其中表达上调的66个,表达下调的61个. 结论 127个细胞增殖相关基因可为大肠癌的基因治疗提供靶点.     

利用基因芯片筛选动脉钙化大鼠差异表达基因

目的：利用基因芯片技术筛选正常大鼠和动脉钙化大鼠腹主动脉组织中差异表达基因及检测转化生长因子－β（TGF－β）、基质金属蛋白酶－2（MMP－2）和基质金属蛋白酶－9（MMP－9）的表达量,以探讨动脉钙化发病的可能机制。方法通过皮下注射大剂量维生素D3建立大鼠动脉钙化模型,采用Von Kossa染色观察动脉钙化程度,基因芯片技术筛选两组大鼠差异表达基因及检测TGF－β、MMP－2和MMP－9的表达量。结果与对照组相比,模型组差异表达的基因有710条,其中上调基因344条,下调基因366条。模型组TGF －β1、TGF－β3和MMP－2的表达均明显上调,差异具有统计学意义（P＜0.05）,而TGF－β2和MMP－9的表达则无明显差异（P＞0.05）。结论动脉钙化的形成是多基因共同作用的结果,其中TGF－β、MMP－2和MMP－9对动脉钙化的发生发展起着至关重要的作用,其机制还有待进一步研究。     

大肠腺癌和腺瘤AEG-1基因的表达及意义

目的 探讨AEG-1在大肠癌中的表达及其临床病理意义.方法 采用免疫组化的方法 检测60例正常大肠粘膜、22例大肠腺瘤和60例大肠腺癌中AEG-1的表达.结果 大肠腺癌和腺瘤中AEG-1的阳性率分别为91.7%和90.9%,明显高于正常大肠粘膜组织的23.3%,两者之间差异有统计学意义(P<0.001),其中大肠腺癌的...     

大肠腺瘤—腺瘤恶变—腺癌演进过程中PCNA，p53与细胞凋亡的表达及其关系

目的：观察大肠腺瘤－腺瘤恶变－腺癌演进过程中细胞凋亡与p53,PCNA的表达状况,探讨其内在联系,方法：利用DNA缺口末端标记技术,PCNA,p53蛋白免疫组织化学染色及p53与凋亡双重染色技术,原位观察大肠腺癌,腺瘤恶变区,腺瘤非恶变区及管状绒毛状腺瘤（分别为34,27,27及27例）标本中凋亡细胞和PCNA,P53阳性表达细胞密度及分布,以非肿瘤大肠粘膜（6例）作为对照。结果：腺瘤非恶变区凋亡细胞密度分别高于腺癌,管状绒毛状腺瘤及非肿瘤粘膜（P均＜0．01）,腺癌及腺瘤恶变区P53蛋白阳性细胞密度分别高于管状绒毛状腺瘤（P均＜0．01）和腺瘤非恶变区（P均＜0．01）及非肿瘤粘膜（P分别＜0．01）,腺癌PCNA阳性细胞密度分别高于腺瘤恶变区（P＜0．05）,管状绒毛状腺瘤（P＜0．01）,腺瘤非恶变区（P＜0．01）及非肿瘤粘膜（P＜0．01）,而腺瘤恶变区亦分别高于后3组（P分别＜0．01）,双染原位观察P53蛋白与凋亡细胞的分布发现：P63低表达区凋亡细胞分布则有增加趋势。结论：P53突变可能通过抑制细胞凋亡促进大肠癌的形成,而当突变型P53蛋白表达增加时,PCNA表达亦增加,提示P53突变的肿瘤具有较高的增殖活性,其中腺癌增殖程度最高。     

转化生长因子β1基因多态性与大肠腺瘤的相关性研究

目的研究转化生长因子β1(TGF-β1)基因-509C/T、+869T/C多态性与大肠腺瘤的相关性。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法,检测82例大肠腺瘤患者以及102例正常对照者TGF-β1基因-509C/T、+869T/C多态性,并分析该基因多态性与大肠腺瘤临床病理特征之间的关系。结果 TGF-β1-509C/T、+869T/C等位基因频率及基因型频率在大肠腺瘤组和对照组的总体分布差异无统计学意义。将大肠腺瘤患者按性别分组后,大肠腺瘤女性患者与男性比较,-509TT基因型频率有增高趋势(30.3%vs14.3%,P=0.079,OR=2.609,95%CI:0.876~7.771),但差异无统计学意义。结论 TGF-β1-509C/T多态性及+869T/C多态性与大肠腺瘤易感性无关。     

基因芯片技术筛选血管瘤发生相关基因

目的:利用基因芯片技术寻找血管瘤与正常组织之间差异表达的基因,初步探索血管瘤的发生机制。方法:将14112条cDNA用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片,将来自同一患儿的血管瘤组织和正常组织的mRNA分别逆转录为cDNA,标记Cy3和Cy5两种荧光,制备成cDNA探针,与表达谱芯片杂交,通过计算机扫描、数据处理筛选出差异表达的基因。结果:血管瘤组织与正常组织共有249个差异表达基因,其中下调基因122个,上调基因127个。上调基因主要与细胞增生、血管形成、免疫细胞的黏附、细胞周期相关蛋白等有关;下调基因主要与细胞凋亡、肿瘤抑制等有关。结论:细胞增生相关基因的上调与凋亡相关基因的下调,导致细胞增生与凋亡失调,可能是引起血管瘤发病的原因。     

Caspase-3基因在大肠癌、大肠腺瘤中的表达及其与细胞凋亡的关系

目的探讨大肠癌、大肠腺瘤中Caspase-3基因的表达及其与细胞凋亡的关系。方法采用免疫组化S-P法和原位末端标记法分别检测28例大肠癌、10例大肠腺瘤及5例正常大肠黏膜中Caspase-3基因的表达水平及细胞凋亡。结果Caspase-3基因在大肠癌、大肠腺瘤和正常黏膜组织中表达分别为46．4％（13／28）、60．0％（6／10）、80.0％（4／5），三者之间有显著性差异（P〈0．01）。大肠癌、大肠腺瘤中细胞凋亡指数显著高于正常黏膜组织（P〈0．01），凋亡指数与肿瘤的分化程度有关（P〈0．01），与病理类型、Dukes分期无关。大肠癌、大肠腺瘤中Caspase-3基因表达与细胞凋亡指数密切相关，阳性表达的细胞平均凋亡指数明显高于阴性表达的平均凋亡指数（P〈0．01），而正常黏膜组织中二者无显著性差异（P〉0．05）。结论肿瘤早期阶段的细胞凋亡异常和过度增生，可能是大肠癌的发病原因之一，作为细胞凋亡的调控因子，Caspase-3可能在大肠癌的发生发展中起重要作用。