胃癌相关基因gcI的克隆及其功能预测

目的:应用生物信息学平台对胃癌相关基因表达片段进行cDNA全长克隆及序列分析和蛋白功能预测.方法:选用人胃癌、癌前病变及正常胃粘膜组织经mRNA差异显示技术筛选获得的差异表达片段,对所获得的1条功能未知基因表达片段"Ⅰ",利用5'cDNA末端快速扩增方法扩增全长cDNA,结合Northern杂交印迹方法进行验证分析;利用NCBI、EMBL数据库资源分析其编码氨基酸的生物学特征以及预测其编码蛋白的功能.结果:扩增得到序列Ⅰ的全长cDNA,命名为gcI.分析显示gcI含有2个跨膜区,定位于胞膜;含有3个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N端豆蔻酰化作用位点.结论:克隆的胃癌相关基因表达全长序列gcI、编码与信号转导有关的跨膜蛋白,可能是参与胃癌发生过程中的相关基因.     

一条新的人肺腺癌耐药相关基因全长cDNA片段的克隆及序列分析

背景与目的：肺癌细胞的多药耐药（multi-drug resistance,MDR)是药物治疗失败的重要原因,但其机制尚未完全清楚。我们已经通过SSH发现了1条新的耐药相关基因片段,经检索GenBank,发现其与2001年4月公布的一条新的基因序列BC006151同源性高达99%。本研究旨在克隆该基因的全长,并检验该基因在几种肺癌细胞株中的表达,为进一步研究功能和调控奠定基础。方法：根据BC006151基因序列设计引物,通过RT-PCR证实肺腺癌MDR细胞SPC-A-1/CDDP确实包含BC006151基因后,扩增该基因全长cDNA,通过测序对所得序列进行分析,并对其编码蛋白的氨基酸序列进行预测。应用半定量RT-PCR方法检验小细胞肺癌SH77、大细胞肺癌H460、肺腺癌SPC-A-1和SPC-A-1/CDDP等细胞株中该基因mRNA的表达。结果：成功克隆了BC006151基因的全长CDNA片段,长1298bp,它具有完整的阅读框和编码区,并与经SSH获得的片段有极高的同源性。该基因在MDR细胞株SPC-A-1/CDDP的表达明显高于其亲代细胞株;SPC-A-1表达高于H460,SH77未见表达。结论：BC006151基因是与cDDP致肺腺癌MDR密切相关的一条新基因。该基因全长CDNA片段的克隆将有助于阐明其在肺癌MDR发生中的作用。     

胃癌相关基因gcl的克隆及其功能预测

目的：应用生物信息学平台对胃癌相关基因表达片段进行cDNA全长克隆及序列分析和蛋白功能预测。方法：选用人胃癌、癌前病变及正常胃粘膜组织经mRNA差异显示技术筛选获得的差异表达片段，对所获得的1条功能未知基因表达片段“I”，利用5＇cDNA末端快速扩增方法扩增全长cDNA，结合Northern杂交印迹方法进行验证分析：利用NCBI、EMBL数据库资源分析其编码氨基酸的生物学特征以及预测其编码蛋白的功能。结果：扩增得到序列I的全长cDNA，命名为geI。分析显示gcI含有2个跨膜区，定位于胞膜；含有3个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N端豆蔻酰化作用位点。结论：克隆的胃癌相关基因表达全长序列geI、编码与信号转导有关的跨膜蛋白，可能是参与胃癌发生过程中的相关基因。     

人支气管上皮细胞恶性转化相关基因的克隆

[目的]根据克隆的大鼠气管上皮细胞恶性转化EST片段（GenBane Accession Number AF011363)克隆相应的人全长基因并探索其功能。[方法]根据大鼠EST序列进行生物素探针标记,cDNA文库筛选,cDNA快速终扩增延伸目的基因直到获得全长序列。[结果]HRNT－1全长cDNA 4256bp,开放阅读框架2760bp,位于254bp-3016bp之间,编码区内含有9个TRP序列;位于人类染色体Xq13;cDNA序列收录于GenBank中（Accession Number AF223393).HRNT-1在人支气管上皮恶性转化细胞以及肺癌细胞中具有较高表达。[结论]HRNT－10为一功能基因,其高表达与上支气管上皮细胞恶性转化有关。     

鼻咽癌细胞中表达上调的新基因 NAG23 (FBXO 30) 的克隆与分析

目的：分离位于6号染色体长臂鼻咽癌高频等位基因不平衡位点D6S1581（6q25.3-27）附近与鼻咽癌相关的新基因。方法：运用差异RT－PCR检测定位于D6S1581附近的11个表达序列标签（expressed sequence tage,EST)在正常人鼻咽上皮细胞和鼻咽癌细胞系中的表达水平,并对其中一个表达上调的EST在鼻咽癌组织和正常鼻咽组织中的表达情况进行分析。用Northern杂交验证其表达差异并检测其在多脏器中的表达及所代表基因的转录本大小。利用生物信息学资源克隆并获得其全长cDNA ,对该序列进行初步分析。结果：获得了一个位于6q25．3－27的在鼻咽癌中表达上调的新基因,命名为NAG23（FBXO30）(GenBank收录编号：AF248640）。该基因在68．9％的鼻咽癌活检组织中表达上调,cDNA全长3301bp,预测其开放阅读框编码一个含390个氨基酸的胞浆蛋白,该蛋白含一个F－box基序。结论：NAG23基因是一个在鼻咽癌中表达上调的新基因,很可能编码一新的F－box蛋白。NAG23可能参与了鼻咽癌的发生发展。     

nm23参与α粒子辐射致大鼠气管上皮细胞恶性转化的原发过程

目的：克隆α粒子辐射致细胞恶性转化相关基因。方法：采用ｍＲＮＡ差异显示技术识别原代大鼠气管上皮细胞同由α粒子辐射诱发恶转的大鼠气管上皮细胞之间的差别表达基因。结果;共克隆到１５个可能同α粒子辐射致细胞恶性转化相关的差异表达基因片段,共向ＧｅｎＢａｎｋ登录７条新基因序列。其中克隆ＺＣ７６６同肿瘤转移抑制基因ｎｍ２３高度同源,经Ｎｏｒｔｈｅｒｍ杂交证实其在恶转的大鼠气管上皮细胞中高表达,序列分析提示ｎ     

细胞生长相关新基因PP3105的克隆及其初步功能研究

目的 新基因PP3105的克隆及其初步功能研究。方法 分离和克隆新基因PP3105的全长序列，在生物信息学分析的基础上，采用克隆形成、亚细胞定位、生长曲线等实验对该基因进行初步功能研究。结果 实验表明PP3105有两个不同的转录本，并表现出一定的组织特异性；染色体定位于4q22-24；蛋白定位于细胞膜和细胞浆中；克隆形成实验显示有明显的体外集落抑制作用；生长曲线实验表明PP3105在SMMC7721细胞中的表达对细胞增殖有抑制作用。结论 新基因PP3105可能是一个新的金属离子尤其是锌的转运蛋白，并且与肝癌细胞的生长、增殖相关。     

肝癌组织中三个MAGE家族基因的克隆

目的:从肝癌组织中克隆肿瘤相关抗原基因MAGE-1的全长cDNA,为该基因及其编码抗原应用于肝癌的免疫治疗奠定基础.方法:根据MAGE-1编码区上、下游序列设计一对引物,用RT-PCR方法从肝癌组织中扩增该基因的全长cDNA,酶切产生粘性末端后连接入PUC19质粒.经初步酶切鉴定后,通过DNA序列分析获取所克隆基因片断的核苷酸序列.结果:成功地克隆了MAGE-1基因的全长cDNA,同时还获得一约750bp的MAGE-3基因片段及一与MAGE-6和MAGE-12高度同源的基因的克隆.此与MAGE-6,-12高度同源的基因可能为一未知MAGE家族成员.结论:肝癌组织中表达多种MAGE家族基因,甚至可能存在未知MAGE家族基因的表达,这将为寻找肝癌免疫治疗的攻击靶点开辟新的途径.     

人食管癌相关基因在大肠杆菌中的表达

目的　研究食管癌相关基因 1(ECRG 1)的编码蛋白质在大肠杆菌中的表达 ,进一步制备抗ECRG 1编码蛋白质的多克隆抗体。方法　用逆转录多聚酶链式反应 (RT PCR)方法克隆ECRG 1基因蛋白编码序列。构建该基因的表达质粒 ,在大肠杆菌中诱导表达 ,以Westernblot鉴定。用聚丙烯酰胺凝胶电泳 (SDS PAGE电泳 )纯化的蛋白免疫BALB/C小鼠制备多抗。结果　RT PCR所分离的ECRG 1基因蛋白编码序列 ,经测序证明与 5′ RACE方法钓取的该基因序列相符。Westernblot证实该基因编码蛋白质在大肠杆菌中表达 ,并获得效价为 1∶32 0 0的多克隆抗体。结论　ECRG 1基因编码蛋白质能够在原核细胞中表达 ,并能获得抗ECRG 1基因编码蛋白质的多克隆抗体 ,为进一步深入研究该蛋白质的结构与功能打下了基础     

反式二羟环氧苯(a)芘相关新基因brg的全长克隆

背景与目的:在前期研究中发现,16HBE-C细胞表达变化的基因中有未知基因参与,因其与BPDE有关,所以命名为brg(anti-BPDE related gene)基因.本研究应用cDNA末端快速扩增法(rapid amplification of cDNA ends,RACE)扩增此未知基因的全长,以进行下一步的基因功能研究.材料与方法:应用cDNA末端快速扩增法(RACE技术),对3'和5'端分别设计了梯度PCR,巢式PCR等优化程序,以获得特异的产物,然后对特异产物直接测序,将测序结果进行生物信息学分析,基因拼接等获得新基因brg全长.结果:3'和5'端均成功获得特异性产物,3'RACE测序为394 bp,有明显的PolyA加尾信号,有编码区的终止密码子;5'RACE测序为1 017bp,有起始密码子ATG,其中197 bp为3'和5'全长共有序列.将3'和5'序列拼接,结果全长1 214 bp,生物信息学分析brg基因阅读框1 032 bp,编码344个氨基酸.结论:所得结果与设计一致,说明所采用的技术路线是简便可行的,brg基因可能在反式二羟环氧苯并(a)芘的致癌机制中起重要作用.