基于网络药理学和分子对接探讨淫羊藿抗肿瘤作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法探讨淫羊藿抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP数据库获取淫羊藿的活性成分以及相对应的靶点,利用Genecards、OMIM数据库获取疾病靶点,绘制药物-疾病韦恩图,获得其共同靶点;利用 Cytoscape 3.8.2 软件构建“淫羊藿活性成分-疾病靶点”网络可视化关系图;利用STRING数据库和Cytoscape 3.8.2 软件构建蛋白相互作用网络,并进行网络拓扑分析;利用R x64 4.0.5软件,对相关靶点进行GO和KEGG富集分析,了解淫羊藿抗肿瘤可能的生物过程及其通路;最后利用SYBYL 2.0软件分子对接进行半柔性对接反向验证。结果 筛选出淫羊藿活性成分23个,靶点193个;疾病相关靶点8 169个,活性成分与疾病两者共同靶点173个;蛋白互作网络显示TP53、AKT1、JUN、CASP3等靶点基因在淫羊藿抗肿瘤的生物网络中起重要作用;潜在作用靶点涉及2 592条生物学功能、176条通路。分子对接结果显示淫羊藿活性化合物与多个疾病关键靶点具有较高结合能力,对接评分较高的为淫羊藿苷与CASP3靶点蛋白。结论 淫羊藿抗肿瘤具有多靶点和多通路的潜在作用机制,为其进一步研究提供参考。     

利用网络药理学探究淫羊藿治疗性功能障碍的药理作用机制（英文）

本研究利用网络药理学技术和方法分析淫羊藿治疗性功能障碍的活性组分,并对潜在的靶点与机制进行整合与分析。利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)获取淫羊藿的化学成分及活性成分的作用靶点;运用OMIM数据库获取与性功能障碍相关的靶点;Cytoscape3.7.1构建药物-活性成分-靶点基因-疾病网络图;STRING数据库构建靶点蛋白互作网络;Web Gestalt数据库对核心靶点基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)相关通路富集分析。该研究从淫羊藿中筛选得到21种有效成分,从103个疾病目标中筛选得到67个与之相对应的作用靶点。研究结果初步验证了淫羊藿治疗性功能障碍多成分、多靶点、多途径的作用特点,为淫羊藿治疗性功能障碍的进一步研究提供参考。     

基于网络药理学探讨淫羊藿治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的基于网络药理学探索淫羊藿治疗阿尔茨海默病(AD)的分子机制。方法通过TCMSP数据库、BATMAN数据库筛选淫羊藿化学成分及主要活性成分,在TCMSP数据库中预测可能的靶点,与DrugBank和DisGeNET数据库中AD相关的基因相映射,获得淫羊藿调节AD的可能作用靶点。利用systemsDock进行分子对接,以验证靶点预测的可靠性。运用Cytoscape 3.6.1建立活性成分-靶点网络、蛋白相互作用(PPI)网络。进行Gene Ontology(GO)和通路分析以揭示淫羊藿治疗AD可能的作用机制。结果共筛130个化合物,11个活性成分,68个靶点,AD相关靶点35个。活性成分与核心靶点分子对接score值大于5的46个。按照错误发现率(FDR)<0.05的标准,GO分析得到BP条目175个,CC条目11个,MF条目22个,通路富集分析得到4条密切相关的通路,包含钙信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、血清素能突触、胆碱能突触。结论淫羊藿通过多活性成分、多靶点、多途径发挥AD治疗作用。     

淫羊藿-巴戟天治疗新型冠状病毒感染肺肾两虚型的网络药理学分析

目的 运用网络药理学方法探讨淫羊藿-巴戟天治疗新型冠状病毒感染(新冠感染)肺肾两虚型的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索淫羊藿、巴戟天含有的化合物，筛选其活性成分及其作用靶点；运用Uniprot数据库进行标准化处理，查询靶点对应的基因；通过GeneCards数据库获取新冠感染肺肾两虚型的相关靶标；采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络，STRING数据库进行蛋白质相互作用(PPI)网络的构建与分析；通过Funrich3.1.3软件进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果 获得淫羊藿-巴戟天治疗新冠感染的共41个有效靶点，新冠感染肺肾两虚型相关靶点2 831个，关键靶点有白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、胱天蛋白酶3(CASP3)、缺氧诱导因子1α(HIF1α)、细胞周期蛋白D1(CCND1)、人类表皮生长因子受体(EGFR)等；获得802个GO富集条目和125条KEGG通路，主要涉及磷酸肌醇-3激酶/蛋白激酶B信号通路、脂质核动脉粥样硬化、卡波西氏肉瘤疱疹病毒感染、肿瘤...     

基于网络药理学的淫羊藿治疗阿尔茨海默病作用机制研究

目的 基于网络药理学,探讨淫羊藿治疗阿尔茨海默病（Alzheimer’s disease,AD）的作用靶点及通路,明确其作用机制。方法 借助TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出淫羊藿有效成分及靶点基因。通过Drugbank、Dis Ge NET和TTD数据库筛选出AD的靶点基因;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape 3.7.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用网络,使用STRING数据库绘制靶点蛋白-靶点蛋白相互作用网络;对靶点蛋白利用Metascape数据库进行GO分析和KEGG分析,最后采用MTT试验和荧光实时定量PCR对网络药理学主要分析结果进行验证。结果 筛选得到23个淫羊藿活性成分,共预测获得239个淫羊藿药效靶点和2 156个AD的治疗靶点,取交集后得到152个淫羊藿治疗AD的靶点,蛋白互作分析提示GSK3β、AKT1、CDK5、CDK5R1、APP、MAPK1、MTOR为蛋白互作网络中的关键靶点。淫羊藿关键靶点主要关联AD、β-淀粉样蛋白聚集、tau蛋白异常磷酸化、炎症反应、氧化应激、细胞凋亡等;细胞实验提示,淫羊藿可显著提高Aβ_25-35诱导PC12细胞的细胞存活率,并参与调控GSK-3β、AKT1、CDK5介导的β-淀粉样蛋白聚集及tau蛋白磷酸化通路。结论 淫羊藿治疗AD具有多活性成分-多作用靶点-多联系通路的特点,本研究为系统阐明淫羊藿治疗AD作用机制提供了科学依据。     

基于FGFR1靶点分子虚拟对接筛选淫羊藿中抗骨质疏松的药效成分

目的基于FGFR1蛋白靶点筛选淫羊藿中抗骨质疏松的药效成分。方法采用维甲酸灌胃14 d复制大鼠骨质疏松模型,给予淫羊藿提取物进行干预;采用Western blotting法检测各组大鼠股骨FGFR1蛋白的表达,用UPLC-Q-TOF-MS确认提取物中化学成分。基于FGFR1靶点进行分子虚拟对接筛选药效成分。结果淫羊藿能够改善大鼠骨质疏松症状,并提高FGFR1蛋白的表达。淫羊藿提取物中指认出23种化合物,其中淫羊藿苷、淫羊藿次苷I、箭藿苷C可与FGFR1可以有效对接。结论淫羊藿中淫羊藿苷、淫羊藿次苷I、箭藿苷C可能通过上调FGFR1发挥抗骨质疏松作用。     

基于网络药理学和分子对接的牵牛子抗肿瘤作用机制研究

目的 借助网络药理学联合分子对接技术,探究牵牛子抗肿瘤作用的潜在药效物质基础、作用靶点以及作用机制。方法 利用TCMSP平台获得牵牛子活性成分及其对应的靶点;整合与肿瘤相关的疾病靶点,与药物靶点取交集获得药物作用于肿瘤的靶点;使用STRING数据库得到PPI网络图;使用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析以及KEGG富集分析;应用Cytoscape 3.8.2软件构建牵牛子活性成分-肿瘤靶点-作用通路网络图;应用AutoDock vina 1.1.2脚本对预测结果进行对接验证。结果 脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、8-异戊烯基山柰酚等可能为牵牛子发挥抗肿瘤作用的核心药效成分;PPI网络显示CASP3、JUN、ESR1等为关键作用靶点;通路分析显示肿瘤靶点主要富集于雌激素信号通路、甲状腺激素信号通路、p53信号通路等;分子对接结果显示：牵牛子的核心药效成分与关键肿瘤靶点具有较好的结合能力。结论 初步探究了牵牛子抗肿瘤作用的潜在药效物质基础、作用靶点及作用机制,为牵牛子治疗肿瘤的临床应用以及抗肿瘤药物研发提供科学依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探究清热药治疗COVID-19的活性成分及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术挖掘《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第七版）》中具有清热功效的中药治疗COVID-19的共有活性成分及作用机制。方法：通过TCMSP数据库及BATMAN-TCM数据库检索清热药的化学成分和作用靶点;通过UniProt数据库检索靶点对应基因,运用Cytoscape Version 3.7.2软件绘制药物-化合物-靶点网络;利用STRING数据库绘制靶点间作用关系网络;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析;利用Autodock软件对筛选出的活性成分及抗病毒化药和SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2进行分子对接。结果：药物-化合物-靶点网络共有401个节点（15个药物节点,120个化合物节点,266个靶点节点）;GO条目1 422个（P<0.05）;KEGG通路富集筛选共得到61条通路（P<0.05）;分子对接结果显示脱水淫羊藿素、木犀草素、槲皮素等关键化合物具有与抗病毒化药相近或更好的亲和力。结论：清热药通过与ACE2结合调控多条通路、与病毒特定部位的结合阻断病毒入侵及抑制炎症因子风暴等方面达到治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨慈丹胶囊治疗肝癌的作用机制

目的 用网络药理学和分子对接方法探索慈丹胶囊治疗肝癌的潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台及相关文献收集慈丹胶囊的活性成分和作用靶标,并用Cytoscape-3.8.0软件构建中药组分-活性成分-关键靶点网络图。用基因名片数据库筛选肝癌的潜在靶点信息。基于蛋白质相互作用数据库构建慈丹胶囊和肝癌交集靶点蛋白的互作网络图。用注释、可视化和集成发现数据库将交集靶点进行基因本体生物过程富集分析和京都基因与基因百科全书信号通路富集分析。通过分子对接考察关键活性成分与潜在靶点蛋白的作用方式。结果 慈丹胶囊可能通过槲皮素、山柰酚、木犀草素等59个主要活性成分作用于肿瘤抑制蛋白p53、肌动蛋白、丝/苏氨酸蛋白激酶1等127个关键靶点,进而调控癌症相关通路、磷脂酰肌醇3激酶-丝/苏氨酸激酶通路等肿瘤相关信号通路,诱导细胞周期阻滞和凋亡,从而达到治疗肝癌的目的。分子对接结果显示,慈丹胶囊中主要活性成分能够与多个度值较高的关键核心靶点很好地结合,进而可能对靶点蛋白产生激活或抑制作用。结论 慈丹胶囊治疗肝癌的潜在作用机制具有多成分、多靶点、多通路的作用特点。     

TIP30基因表达对人多发性骨髓瘤细胞生物学功能的影响

目的　研究TIP30 基因表达对人多发性骨髓瘤U266 细胞增殖、凋亡等生物学功能的影响,以期为多发性骨髓瘤临床防治及药物研制提供新的靶点。方法　人多发性骨髓瘤U266 细胞中TIP30 基因过表达采用腺病毒转染法,使用实时定量PCR 和Western blotting 验证TIP30 过表达的效果,分别采用MTT 法、划痕试验检测细胞增殖、迁移情况,流式细胞术分析细胞凋亡,Western blotting 分析p53、Bax、Bcl-2 蛋白表达。结果　TIP30 过表达腺病毒转染后,过表达组中U266 细胞TIP30基因mRNA 和蛋白表达水平均显著上升。与对照组比较,TIP30 过表达后,细胞增殖、体外迁移能力均显著减弱（P<0.05）;TIP30 过表达后U266 细胞凋亡率较对照组显著增大,TIP30 过表达促进U266 细胞凋亡与上调p53、Bax 蛋白表达,下调Bcl-2 蛋白表达水平相关。结论　TIP30 基因过表达可抑制人多发性骨髓瘤U266 细胞增殖活性与体外迁移能力,并促进多发性骨髓瘤细胞凋亡。     

基于网络药理学和实验验证白藜芦醇治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 通过网络药理学、分子动力学模拟探讨白藜芦醇对类风湿性关节炎的治疗作用及潜在机制,并进行实验验证。方法 使用TCMSP、Batman-TCM、SwissTarget Prediction数据库预测白藜芦醇的作用靶点;使用GeneCards和OMIM数据库预测类风湿性关节炎的潜在治疗靶点;使用STRING和Cytoscape3.8.0构建蛋白相互作用（PPI）网络,并进行MCC分析、MCODE分析、基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,对KEGG通路和靶点之间绘制网络图;使用分子对接和分子动力学模拟方法对核心靶点与白藜芦醇进行模拟;构建类风湿性关节炎大鼠模型,Western blotting法检测p-磷脂酰肌醇3-激酶（p-PI3K）、p-蛋白激酶B1（p-Akt1）和p-细胞外信号调节激酶（p-ERK）1/2的表达水平。结果 白藜芦醇有310个靶点,与类风湿性关节炎有207个交集靶点,MCC分析发现Akt1、PIK3CA、PIK3CB、促分裂原活化蛋白激酶（MAPK）1、MAPK3、信号传导与转录激活因子3（STAT3）是其中核心基因。GO和KEGG富集分析发现,癌症通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物–晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）信号通路、细胞凋亡和PI3K/Akt信号通路可能是白藜芦醇影响类风湿性关节炎的关键通路;分子对接和分子动力学模拟也发现Akt1、PIK3CA和MAPK1与白藜芦醇之间有很强的结合能力。动物实验发现,与对照组相比,模型组大鼠关节炎指数明显增加,而给予白藜芦醇后大鼠的关节炎指数明显下降;p-PI3K、p-AKT表达明显上升,p-ERK1/2的表达明显下降（P＜0.05、0.01）。结论 白藜芦醇能改善类风湿性关节炎大鼠的关节炎指数,并可能通过Akt1、PIK3CA和MAPK1等靶点和PI3K/Akt信号通路来发挥关键治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨厚朴排气合剂治疗慢性便秘潜在作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术对厚朴排气合剂治疗慢性便秘的潜在作用机制进行研究。方法 通过TCMSP数据库及文献补充获得厚朴排气合剂活性成分及作用靶点,OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库检索慢性便秘疾病靶点,将成分靶点及疾病靶点取交集后获得潜在靶点。采用Metascape数据库,以P<0.05为筛选条件,进行基因本体（GO）功能及京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析,并利用Autodock软件对关键作用靶点和活性成分进行分子对接。结果共获得56种活性成分,厚朴排气合剂治疗慢性便秘共有217个靶点,其中关键靶点为蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、白细胞介素-6(IL-6)、半胱氨酸蛋白水解酶3(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、转录因子AP-1(JUN)、白细胞介素-1B(IL-1B)、MYC、表皮生长因子受体（EGFR）、丝裂原激活的蛋白激酶3(MAPK3)等。生物过程有5 880条富集结果,分子功能有1083条富集结果,细胞组成有540条富集结果;KEGG通路主要包括癌症相关通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）...     

基于网络药理学与分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒（HPV）感染作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索二妙散的有效成分和作用靶点;GeneCards、OMIM数据库检索宫颈HPV感染相关疾病靶点。将药物有效成分作用靶点与疾病靶点取交集;利用STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape3.8.2软件对PPI进行拓扑分析;将潜在作用靶点导入DAVID数据库进行基因本体功能（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用AutoDock Tools 1.5.7软件和Pymol软件对核心作用靶点与有效成分进行分子对接及可视化。结果 获得二妙散有效成分28个,作用靶点为221个,筛选出核心靶点5个,包括蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、雌激素受体α(ESR1)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)。GO富集分析显示,潜在作用靶点与细胞增殖的正向调节、细胞凋亡过程的负调控、转录的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程有关;KEGG富集分析结果包括磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学和分子对接探讨木糖-邻苯三酚结合物对脓毒症相关急性肾损伤的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究木糖-邻苯三酚结合物（XP）改善脓毒症相关急性肾损伤的潜在靶点,并采用动物实验验证其作用机制。方法 通过Swiss Target Prediction和PharmMapper数据库筛选XP的作用靶点,GeneCards、DrugBank、OMIM数据库检索脓毒症相关急性肾损伤的疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集获得潜在靶点。利用DAVID平台对潜在靶点进行基因本体（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;采用Cytoscape 3.9.1软件绘制抗氧化剂XP改善脂多糖致脓毒症相关急性肾损伤的蛋白相互作用（PPI）网络图,选取degree值排名前10位的核心靶点和抗氧化剂XP作为受体蛋白和配体小分子,使用Schrödinger软件包进行受体和配体的分子对接,并开展核心靶点相关生物学通路的验证实验。结果 共筛选得到XP改善脂多糖致脓毒症相关急性肾损伤的作用靶点111个,其中核心靶点为白蛋白（ALB）、蛋白激酶B1（Akt1）、甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）、半胱氨酸蛋白水解酶3（CASP3）、酪氨酸激酶C（SRC）、雌激素受体1（ESR1）、90kDa热休克蛋白αA1（HSP90AA1）、V-Ha-Ras肉瘤病毒癌基因同源物（HRAS）、细胞周期素D1（CCND1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）。GO富集分析筛选出生物过程271条,细胞组成60条,分子功能100条;KEGG富集到生物学通路119条;分子对接结果显示XP与核心靶点均能够较好的结合。实验结果表明,XP可以显著改善脂多糖致脓毒症相关急性肾损伤的肾功能指标升高和肾组织病理损伤,其作用机制与上调肾脏组织中p-磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）和p-Akt蛋白的表达相关。结论 XP可通过激活PI3K/Akt信号通路,减轻脓毒症相关急性肾损伤。     

基于网络药理学和实验验证探讨胃复方对胃癌的效应及作用机制★

目的 基于网络药理学探究胃复方治疗胃癌的作用机制。方法 应用中药系统药理学数据库及分析平台、DrugBank、GeneCards等数据库检索胃复方所含12味中药的有效化学成分及治疗胃癌的潜在靶点，将潜在靶点导入DAVID数据库进行基因本体论（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，筛选出潜在的生物过程和涉及的信号通路。采用CCK-8及Western blotting对KEGG分析富集程度最大的信号通路进行验证。结果 胃复方治疗胃癌可能涉及以槲皮素、木樨草素为代表的88种有效活性成分，可能作用于以TP53、STAT3、Akt为代表的194个靶点。GO分析涉及148个生物过程，KEGG分析筛选出PI3K/Akt、TNF、HIF-1等信号通路。体外实验证实胃复方提取物可抑制人胃癌细胞HGC-27增殖，降低其p-PI3K、PI3K、p-Akt、Akt蛋白表达水平；而对于人正常胃黏膜上皮细胞GES-1，胃复方提取物可促进其增殖，上调其p-PI3K、PI3K、p-Akt、Akt蛋白表达。结论 本研究初步预测了胃复方治疗胃癌“中药-多成分-多靶点-多通路”的调控网络，并验证了胃复方提取物可能通过抑制PI3K/Akt信号通路相关蛋白的表达发挥抑制胃癌细胞增殖的作用，证明了网络药理学技术挖掘胃复方具有一定的可信度，但同时兼有不全面性，为进一步探索胃复方的作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探究白藜芦醇治疗前列腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究白藜芦醇治疗前列腺癌的潜在作用机制。方法 通过TCMSP、HERB、Drugbank等9个药物靶点数据库检索并收集白藜芦醇的作用靶点;利用DisGeNET、GeneCards、OMIM等6个疾病靶点数据库获得前列腺癌的相应靶点;利用Venny 2.1.0平台获得药物和疾病的交集靶点,然后利用String数据库和Cytoscape 3.9.1软件的Centiscape 2.2插件进行拓扑分析,进一步筛选得到白藜芦醇抗前列腺的作用靶点;再次利用String数据库和Cytoscape 3.9.1软件进行网络的拓扑分析,筛选出核心靶点并绘制蛋白相互作用（PPI）图;利用David数据库进行基因本体论（GO）与京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,并使用Rstudio软件对其结果进行可视化;使用AutoDoc 1.5.7软件对白藜芦醇与核心靶点进行分子对接;利用UALCAN数据库验证核心靶基因在前列腺癌组织中的表达情况。结果 共收集到585个白藜芦醇作用靶点和5 331个前列腺癌相关靶点,其中交集靶点441个,进一步筛选后得到白藜芦醇抗前列腺的作用靶点67个,其中核心靶点有肿瘤抑制因子p53（TP53）、蛋白激酶B1（Akt1）、信号转导和转录激活因子3（STAT3）、雌激素受体1（ESR1）、转录因子Jun（JUN）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src（SRC）、连环蛋白β1（CTNNB1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）;KEGG富集分析主要得到糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、催乳素信号通路等;分子对接结果显示,白藜芦醇和核心靶点之间均具有良好的结合性;核心基因表达量验证结果表明,TP53和Akt1在前列腺癌组织中表达量较高,STAT3、ESR1、CTNNB1、MAPK1则表达量较低。结论 白藜芦醇可能通过TP53、Akt1、STAT3、ESR1、JUN等靶点调节AGE-RAGE、PI3K/Akt等信号通路发挥抗前列腺癌的作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨淡豆豉抗抑郁的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术预测淡豆豉抗抑郁活性成分、作用靶点及通路，探讨其潜在作用机制。方法 利用CNKI、TCMSP、TCMIP检索并筛选淡豆豉抗抑郁潜在活性成分；运用PharmMapper服务器预测活性成分的作用靶点；利用UniProt数据库查询靶点蛋白对应的基因名；运用DrugBank、GeneCards和DisGeNET数据库检索抗抑郁作用靶基因，并将活性成分靶点相互映射获得淡豆豉活性成分抗抑郁靶点；通过String数据库下载靶蛋白相互作用数据，与获取的潜在作用靶点利用Cytoscape 3.7.2.软件构建淡豆豉–活性成分–潜在靶点相互作用网络图。运用DAVID数据库分析潜在靶点的基因本体（GO）分子功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路，最后利用Autodock Vina和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 预测获得淡豆豉主要活性成分8个，作用靶点396个，与抑郁症交集潜在靶点334个，GO分子功能和KEGG通路涉及多种生物学过程以及脂质和动脉粥样硬化通路、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、小分子量G蛋白（Ras）信号通路、叉头框蛋白（FoxO）信号通路等多个信号通路。将关键活性成分和靶点进行对接，其中丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）与大豆苷元结合能力较好；磷酸肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）与木犀草素、槲皮素结合能力较好；HSP90-α热休克蛋白（HSP90AA1）与黄豆黄素结合能力较好。结论 淡豆豉以多种活性成分、多个作用靶点和途径发挥其抗抑郁作用，为淡豆豉在临床上用于抑郁症的干预和治疗提供依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芩抗糖尿病心肌病的活性成分及潜在的作用机制,为后续开展实验研究提供生物信息学基础。方法 通过TCMSP数据库及Swiss Target Prediction数据搜集黄芩活性成分与靶点;采用GeneCards、OMIM数据库查找糖尿病心肌病相关靶点;利用Venny 2.1.0获取药物和糖尿病心肌病的交集靶点;借助String平台和Cytoscape 3.9.0软件拓扑分析并筛选出核心成分及靶点;利用DAVID数据库进行黄芩治疗糖尿病心肌病靶点基因本体（GO）分析和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;采用AutoDock 1.5.7和PyMOL 2.4.1软件进行分子对接及可视化作图。结果 共筛选出36个黄芩活性成分,与糖尿病心肌病的151个交集靶点。GO富集分析得到775条生物过程,167条分子功能,86条细胞组分;KEGG通路分析得到169条,其中晚期糖基化终末产物及其受体（AGE-RAGE）、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）、低氧诱导因子-1(HIF-1)是较...     

基于网络药理学和分子对接探讨褪黑素治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探讨褪黑素治疗多囊卵巢综合征的作用机制。方法 使用PubChem、Swiss Target Prediction、Pharm Mapper、DrugBank、TCMSP数据库筛选褪黑素作用靶点,GeneCards、OMIM、DisGeNET数检索多囊卵巢综合征相关靶点,使用韦恩图工具取交集,获得褪黑素与多囊卵巢综合征的共同靶点。构建靶点蛋白互相作用（PPI）网络,并筛选核心靶点,并进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,使用Cytoscape3.7.1构建褪黑素治疗多囊卵巢综合征的“靶点–信号通路”网络图。选择主要靶标与褪黑素进行分子对接评价结合性。结果 褪黑素中109个有效靶点作用于多囊卵巢综合征,关键核心靶点为SRC、PIK3R1、PIK3CA、EGFR、HRAS、RHOA、ERBB2、IGF1、MET、JAK2。富集的GO生物过程主要包括腺体发育、磷脂酰肌醇介导信号素、蛋白激酶B信号传导等,富集的KEGG通路主要包括黏着斑、胰岛素信号通路、趋化因子信号通路、孕酮–介导卵母细胞成熟等。分子对接结果显示,褪黑素与核心靶...     

基于网络药理学探讨舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎的网络调控机制。方法 选取舒肝宁注射液中19个代表性化学成分为研究对象,通过TCMSP、Swiss Target Prediction数据库,获得化合物潜在作用靶点。利用DisGeNET、GeneCards数据库检索乙型病毒性肝炎的疾病相关靶点,利用Venny平台获取化合物作用靶点与疾病靶点的交集靶点为舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎潜在作用靶点。进一步对靶蛋白进行蛋白相互作用（PPI）网络分析、Cluster模块分析、基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。在PPI核心靶点网络分析基础上进一步通过分子对接方法验证网络药理结果。结果 获得19个成分的173个舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎的潜在作用靶点,并可作用于SRC、HSP90AA1、ERS1、PIK3CA、HRAS等核心靶点,调节乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎、VEGF、TNF、PI3K/Akt等信号通路。分子对接结果表明,舒肝宁注射液与乙型病毒性肝炎信号通路关联的活性成分与相关靶点可自发结合。结论 舒肝宁注射液治疗乙型病毒性肝炎的机制可能是通过多组分多靶点干预乙型肝炎信号通路起作用。