大黄素对K562细胞长链非编码RNA表达谱的影响

目的 研究大黄素作用K562细胞后长链非编码RNA（lncRNA）表达谱的变化,筛选并验证差异lncRNA。方法 利用lncRNA芯片技术检测大黄素作用K562细胞后长链非编码RNA（lncRNA）表达谱,通过对原始数据进行处理,筛选出差异表达lncRNA并进行分析,挑选差异较大的4个lncRNA进行荧光定量PCR验证。结果 与DMSO对照组作用K562细胞后lncRNA表达谱相比,大黄素作用K562细胞后变化4倍以上lncRNA共11条。经过荧光定量PCR检测,大黄素作用K562细胞后CDR1AS和PROX1-AS1表达上调与芯片结果一致。结论 大黄素作用K562细胞后CDR1AS和PROX1-AS1等lncRNA表达的上调,为进一步深入研究大黄素抑制K562细胞增殖和促进K562细胞红细分化的分子机制打下基础。     

miR-30b在子宫内膜异位症中的表达及功能研究

目的:检测miR-30b在子宫内膜异位症中的表达水平,并探究miR-30b对子宫内膜异位症的治疗作用。方法:2018年7月至2020年7月在温州医科大学附属第二医院手术获取的27例子宫内膜异位症患者病理组织为子宫内膜异位症组,15例子宫肌瘤患者子宫内膜组织为正常子宫内膜组。实时定量PCR(qRT-PCR)检测组织中miR-30b的表达量。培养人原代子宫内膜间质细胞(HESCs),5-乙炔基-2''-脱氧尿苷掺入(EdU)法来检测miR-30b对细胞增殖能力的影响。根据starBase 2.0软件预测与miR-30b相互作用的长链非编码RNA(lncRNA),使用qRT-PCR初步验证该lncRNA在异位内膜中的表达量及与miR-30b的相互关系。进一步建造子宫内膜异位症SD大鼠模型,在活体实验水平,使用miR-30b的模拟物来验证miR-30b对子宫内膜异位症异位囊肿的治疗作用。结果:与正常子宫内膜(EN)相比,miR-30b在子宫内膜异位症(EC)中的表达显著下降。miR-30b的外源性过表达抑制了HESCs的增殖能力,同时,下调miR-30b的表达量可促进HESCs的增殖能力。StarBase 2.0软件预测lncRNA OIP5-AS1与miR-30b有多个结合位点,与正常内膜比较,lncRNA OIP5-AS1在异位内膜中表达上调,且与miR-30b的表达量呈负相关。此外,在子宫内膜异位症的大鼠模型中,miR-30b模拟物显著抑制子宫内膜异位症异位囊肿的生长。结论:miR-30b在异位子宫内膜中低表达且抑制HESCs的增殖能力,可能成为子宫内膜异位症潜在的治疗靶点。     

lncRNA的基因调节功能以及与肿瘤的发生

目的 本文对以下几方面最新的研究进行综述：（1）长链非编码RNA的生物学特性;（2）长链非编码RNA的转录调控;（3）长链非编码RNA在肿瘤发展过程中作用的近期研究。 数据来源 本文所引用的数据主要来自于2002年到2010年6月间PubMed、HighWire出版的论文。检索词为“非编码RNA”、“基因调控”和“肿瘤”。 资料选择 （1）长链非编码RNA在基因表达调控中的机制;（2）肿瘤与长链非编码RNA的关系以及长链非编码RNA在肿瘤中所发挥的作用。 结果 长链非编码RNA通过染色体重塑、转录控制及转录后控制而在转录调控中发挥着非常重要的作用。事实证明,长链非编码RNA和多种肿瘤相关;既可以作为肿瘤抑制因子又可以作为肿瘤促进因子而发挥作用。 结论 长链非编码RNA可以完美地调节基因表达系统的平衡,在肿瘤细胞转化过程中发挥重要作用。 传统的观点认为RNA是DNA和蛋白质之间传递信息的中介,随着DNA测序技术的发展,非常惊奇的的发现：人的基因组不到2%的基因为蛋白编码基因(Birney, et al.,2007;Mercer, et al.,2009)。而主要的基因序列转录为非编码RNA（Non-coding RNAs ,ncRNA）,大量的ncRNA构成巨大的分子网络,在真核生物的生命活动调节中发挥中枢的作用。虽然近十年来对于非编码RNAs的研究取得了不少成果,但大部分研究都集中于短链非编码RNAs(包括 siRNA、miRNA、piRNA)。长链非编码RNAs（Long noncoding RNAs,lncRNA）,起初被认为是基因转录的“噪音”,是RNA聚合酶的副产物,无生物学功能(Struhl,2007),所以被学者冷落,近几年研究表明lncRNA参与了基因的转录调控,是基因调控网络中的关键成员之一,参与了很多疾病的发展。本文就lncRNA的调控机制及与肿瘤的关系进行综述。     

长链非编码RNA IRAIN在肿瘤中的研究进展

长链非编码RNA（long noncoding RNAs,lncRNAs）是一种非编码RNA。随着新一代测序的应用,越来越多的lncRNAs被证实可以参与调控染色质重构、基因印迹、组蛋白修饰和DNA甲基化等多种生物学过程,同时参与肿瘤的发生发展。根据lncRNAs在恶性肿瘤中的作用,lncRNAs可以分为癌基因和肿瘤抑制基因。长链非编码RNA IRAIN是胰岛素样生长因子1受体（IGF1R）反义表达的印迹基因。在多种肿瘤,例如白血病、乳腺癌、非小细胞肺癌、胰腺癌、肝癌、喉癌和肾癌等中表达异常。本综述结合近期文献,总结IRAIN参与肿瘤的发生发展作用与分子机制,以期为肿瘤的诊断和治疗提供新的理论依据。     

非小细胞肺癌患者组织中lncRNA MAGI2-AS3的表达及与病理参数和预后的关系

目的 探讨非小细胞肺癌（NSCLC）患者组织中长链非编码RNA(lncRNA)膜相关鸟苷酸激酶包含WW和PDZ结构域2-反义RNA 3(MAGI2-AS3)的表达及与病理参数和预后的关系。方法 选取2016年8月至2018年8月南通大学附属丹阳市人民医院收治的103例NSCLC患者,检测癌组织与癌旁组织中lncRNA MAGI2-AS3表达,分析lncRNA MAGI2-AS3表达与NSCLC患者病理参数的关系。根据lncRNA MAGI2-AS3表达水平将患者分为高lncRNA MAGI2-AS3表达组（≥lncRNA MAGI2-AS3表达均值）和低lncRNA MAGI2-AS3表达组（相似文献   

lncRNA OIP5-AS1通过海绵吸附miR-143-3p调控COL1A1促进胃癌发展

目的 探究长链非编码RNA（lncRNA）Opa相互作用蛋白5反义RNA1（OIP5-AS1）对胃癌发展的调控机制。方法 qRT-PCR检测lncRNA OIP5-AS1在正常胃细胞系（GES-1）和胃癌细胞系（AGS和SGC7901）中的表达水平;构建OIP5-AS1敲低载体、miR-143-3p抑制剂（miR-143-3p inhibitor）以及Ⅰ型胶原α1（COL1A1）敲低载体并转染胃癌细胞系,运用CCK-8实验、伤口愈合实验、Transwell实验检测lncRNA OIP5-AS1、miR-143-3p、COL1A1在胃癌细胞增殖、迁移、侵袭中的作用;采用双荧光素酶报告基因、q RT-PCR、Western blot实验检测lncRNA OIP5-AS1以及miR-143-3p、COL1A1之间的靶向调控作用。结果 OIP5-AS1在胃癌细胞AGS、SGC7901中表达水平分别是GES-1细胞的6.10和5.53倍,差异有统计学意义（P<0.01）。同时,敲低OIP5-AS1会抑制胃癌细胞增殖[AGS:（0.71±0.07）比（1.20±0.11）;SGC7901:（...     

鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与母细胞株lncRNA的差异表达谱分析

目的 分析鼻咽癌同期放化疗抵抗细胞株与亲本细胞株间差异表达的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探索lncRNA在鼻咽癌同期放化疗抵抗中可能发挥的作用。方法 体外构建鼻咽癌CEN1和CNE2细胞同期放化疗抵抗模型,诱导鼻咽癌细胞同期放化疗抵抗细胞株CEN1CRR和CNE2CRR,应用高通量测序筛选2组细胞株间差异表达的lncRNAs,对差异表达的lncRNAs的靶基因进行GO和KEGG分析。结果以Log2FC>1或<-1, FDR <0.05为差异表达标准,和CNE1相比,CNE1CRR差异表达的lncRNAs2746个（358个上调,2 063个下调）;和CNE2相比,CNE2CRR差异表达的lncRNAs3475个（265个上调,520个下调）;此外,387个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中表达同时下调,49个lncRNAs在CNE1CRR和CNE2CRR中同时上调。在GO分析中发现,2组细胞中差异表达lncRNAs的靶基因在生物过程（biological process,BP）、分子功能（molecular f...     

lncRNA ATP6V1B1-AS1对非小细胞肺癌增殖与侵袭的作用及其机制

目的 探究长链非编码RNA(lncRNA) ATP6V1B1-AS1对非小细胞肺癌增殖与侵袭的作用及其机制。方法 实时定量PCR(qRT-PCR)检测非小细胞肺癌细胞系（A549、SK-MES-1、1299、H460）及正常人支气管上皮细胞系（16-HBE）中ATP6V1B1-AS1的表达;从UCSC Xena数据库下载癌症基因组图谱（TCGA）泛癌数据集,分析泛癌中ATP6V1B1-AS1表达情况。采用CCK8实验、Transwell实验检测对照组、过表达ATP6V1B1-AS1组、敲减ATP6V1B1-AS1组细胞增殖及侵袭能力;Western blotting检测侵袭相关蛋白E-cadherin、MMP9、Snail表达。通过生物信息学方法构建ATP6V1B1-AS1参加调控的内源竞争RNA(ceRNA)网络,分析ATP6V1B1-AS1对非小细胞肺癌增殖与侵袭可能的作用机制。利用基因本体（GO）数据库及京都基因和基因组数据库（KEGG）富集分析ATP6V1B1-AS1参与调控的生物学功能。结果 与正常人支气管上皮系比较,非小细胞肺癌细胞系A549、 H460、H1299、SKM...     

FEZF1-AS1在恶性肿瘤中的表达及调控作用研究

长链非编码RNA(lncRNA)在多种人类肿瘤中发挥着重要作用。FEZF1-AS1作为一个新发现的lncRNA在结直肠癌、胃癌、肝癌等中高表达。异常表达的FEZF1-AS1与患者的临床特征密切相关,并且能够通过不同的机制调控肿瘤细胞的增殖、凋亡、侵袭转移,可能成为肿瘤诊断和治疗的潜在靶点。文章就FEZF1-AS1在肿瘤发生发展中的功能及潜在的分子机制作一综述。     

红细胞生成相关长链非编码RNA的研究进展

长链非编码RNA（lncRNA）是一类转录本长度>200nt的非蛋白质编码RNA。lncRNA是一种功能性RNA分子,参与了细胞分裂、分化、生存等重要过程的调控。近年来红细胞生成相关长链非编码RNA的功能也相继被揭示,本文就相关研究进展进行综述。     

多种lncRNA可影响黑色素瘤的发生和发展

目的：通过生物大数据挖掘，探讨长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)与黑色素瘤发生发展的 关系。方法：从基因表达综合数据库中的黑色素瘤mRNA表达谱数据集GSE15605中提取出一些lncRNA的表达信息， 并分析这些lncRNA与黑色素瘤的关联关系。结果：LINC01213，PGM5-AS1，LINC01133和LOC284578共4个lncRNA 与黑色素瘤的发生和转移显著相关，其中LINC01213，LINC01133和LOC284578的表达可被BRAF基因突变影响，而 PGM5-AS1的表达能被NRA S基因突变影响。利用这4个lncRNA的表达值构建的预测模型可较好地区分正常样本、初发 黑色素瘤样本和转移性黑色素瘤样本。结论：LncRNA可能在黑色素瘤的发生和转移中起重要作用。     

胎盘植入组织lncRNA表达特征与ceRNA调控网络构建

目的探讨lncRNA在胎盘植入中的表达特征及潜在的ceRNA调控机制。方法随机选取2017年12月~2018年6月于我 院行剖宫产合并胎盘植入的植入部分胎盘组织与邻近正常胎盘组织各5例,采用基因芯片技术检测组织lncRNA的表达水平; 植入组与对照组比较,筛选差异表达lncRNAs;随机选取5个差异表达lncRNAs进行实时荧光定量PCR检测,验证基因芯片结 果的准确性与可靠性,对差异表达基因进行GO功能聚类分析及KEGG 通路分析;选取芯片扫描与qRT-PCR结果均显示显著差 异的ENST00000511361（RP5-875H18.4）、NR_027457（LINC00221）和NR_126415（FOXP4-AS1）3条lncRNAs构建ceRNA调 控网络。结果植入组与对照组比较,筛选出329个差异表达lncRNAs与179个差异表达mRNAs,实时荧光定量PCR变化趋势 与芯片结果相一致;差异表达mRNAs主要参与TGF-β通路的调控;ceRNA调控网络的构建提示RP5-875H18.4--miRNA-218-- SLIT2在胎盘植入的发生中存在潜在ceRNA调节机制。结论差异表达lncRNAs可能通过调控TGF-β通路参与胎盘植入的发 生发展过程,RP5-875H18.4--miRNA-218--SLIT2在胎盘植入的发生中存在潜在ceRNA调节机制,但该结果还需进一步验证。     

HBV+肝细胞癌患者lncRNA-mRNA共表达网络分析及作用

目的 分析乙型肝炎病毒阳性(HBV+)肝细胞癌患者肝组织长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和信使RNA(messenger,mRNA)的共表达网络,探讨关键lncRNA的作用.方法 下载GEO(GSE54238) lncRNA/mRNA表达谱芯片数据,通过生物信息数据分析方法获得不同临床进展阶段的肝细胞癌患者与正常人均具有显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络.继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性.结果 与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关系数＞0.90).lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有氧化还原、呼吸电子链传递和脂肪酸代谢过程;KEGG信号通路主要有脂肪酸降解、过氧化物酶体增殖物激活受体和p-丙氨酸代谢.与核心LINC01018(又名SRHC)、EHHADH-AS1和F11-AS1高度相关的mRNA SLC2A2、PCK2、EHHADH、F11、FM04和NR1 I3与患者生存曲线具有极显著相关性(P＜0.01).结论 LINC01018、EHHADH-AS1、F11-AS1等lncRNA居于LncRNA-mRNA共表达网络的核心位置,在HBV+肝细胞癌发生、发展中具有关键作用,有望成为HBV+肝细胞癌新的诊断和预后指标.     

Novel Long Non-coding RNA Markers for Prognostic Prediction of Patients with Bladder Cancer

Objective To explore novel long non-coding RNA (lncRNA) molecular markers related to bladder cancer prognosis and to construct a prognostic prediction model for bladder cancer patients.Methods LncRNA expression data of patients with bladder cancer were downloaded from TCGA database. Univariate Cox regression and likelihood-based survival analysis were used to discover prognosis related lncRNAs. Functional studies of prognosis related lncRNAs were conducted by co-expression analysis and pathway enrichment analysis. Multivariate Cox regression analysis was used to establish risk score model, and Receiver Operating Characteristic analysis was used to determine the optimal cut-off point of the model. The risk score model was validated through Kaplan Meier estimation method and log-rank test.Results Seven prognosis related lncRNAs (OCIAD1-AS1, RP11-111J6.2, AC079354.3, RP11-553A21.3, RP11-598F7.3, CYP4F35P and RP11-113K21.4) which can predict survival of bladder cancer patient were discovered. Co-expression analysis and pathway analysis of these novel lncRNA signature and their target genes further revealed that these lncRNAs play important roles in the occurrence and development of bladder cancer. Additionally, a seven-lncRNA signature based risk score model for prognostic prediction of bladder cancer patients was established and validated. Notably, we identified the potential significance of two tumor-related antisense lncRNAs (OCIAD1-AS1 and RP11-553A21.3) in the prognosis of bladder cancer.Conclusion Our results suggest that these lncRNA markers may serve as potential prognosis predictors for bladder cancer and deserve further functional verification studies.     

LongMan：一个哺乳类直系同源长链非编码RNA数据库

目的计算并预测13 562个GENCODE项目首期鉴定的人类长链非编码RNA在16个哺乳动物的直系同源基因,并建立 数据库LongMan,为长链非编码RNA研究提供重要数据。方法使用RNAfold预测13 562个人类长链非编码RNA每个外显 子的结构;使用Infernal对每个外显子进行基因组搜索,分析其在16个哺乳动物可能的同源外显子;分析每个人类长链非编码 RNA是否有同源基因;分析同源长链非编码RNA中的转座子和剪切信号;构造数据库的搜索引擎和输出界面;实现数据库维护 更新机制。结果LongMan目前收录133 646个直系同源长链非编码RNA;提供序列、比对、转座子和种系特异性插缺（indel） 等信息;提供多条件组合查询;提供显示与下载功能。结论LongMan是首个大规模多种系同源长链非编码RNA数据库,对长 链非编码RNA比较与功能研究具有重要价值。     

长链非编码RNA LINC00152在食管鳞癌组织中的表达及临床意义

目的：探索长链非编码RNA（lncRNA）LINC00152在食管鳞癌组织中的表达及临床意义。方法：选取2008年1月至2013年12月在温州医科大学附属第一医院行手术切除并经病理科确认的95例食管鳞癌患者。采用lncRNA microarray基因芯片技术,对食管鳞癌患者转移组和非转移组间癌组织和对应的癌旁正常组织lncRNA的相对表达水平进行检测,寻找差异表达的lncRNA;应用qRT-PCR技术对差异表达的lncRNA在鳞癌组织样本中进行验证;分析目标lncRNA表达水平与临床特征的相关性;绘制ROC曲线评价LINC00152作为食管鳞癌转移预测因子的效能;检索国际基因芯片lncRNA数据库相关数据,分析LINC00152表达水平和生存期的关系。结果：LncRNA microarray基因芯片实验发现食管鳞癌转移组和非转移组间lncRNA相对表达量5倍以上差异表达的共有10条;qRT-PCR验证实验发现3条lncRNA（MIR205HG、LINC00152和FOXD2-AS1）的表达量在组间差异有统计学意义（P＜0.05）;统计分析发现LINC00152的相对表达量和食管鳞癌的淋巴结转移具有相关性（P＜0.01）;ROC曲线分析显示LINC00152判断食管鳞癌转移的AUC为0.781（95%CI=0.512～0.824,P=0.032）;国际基因芯片食管癌组织数据库检索结果显示,LINC00152的高表达预示较差的生存期。结论：LINC00152可能参与了食管鳞癌的转移发生过程,是食管鳞癌预后判断新的生物标志物。     

lncRNA在免疫细胞及自身免疫性疾病中的研究进展

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是继miRNA后又一类具有调控功能的非编码RNA,其可在基因水平、转录水平和蛋白质水平等多方面影响疾病的发生发展。目前已在基因印迹、肿瘤疾病、神经退行性疾病等领域取得较好的研究进展,而其在自身免疫方面的研究才刚刚起步,但诸多lncRNA已被证实参与免疫细胞的发育分化,并在免疫系统稳态维持及自身免疫性疾病的发生发展中发挥重要作用。本文将从免疫细胞和自身免疫性疾病方面阐述lncRNA的研究进展。     

非酒精性脂肪肝病中长链非编码 RNA的表达谱

目的：分析非酒精性脂肪肝病(non-alcoholic fatt y liver disease,NAFLD)中长链非编码RNA(lncRNA)的表达谱 特征。方法：采用lncRNA-mRNA基因芯片检测单纯性胆囊结石伴或不伴NAFLD患者的肝组织样本,获得lncRNA差异 性表达谱。进一步使用生物信息学技术对差异表达的基因予以分析。结果：与正常样本相比,NAFLD肝样本内共有 1 735个lncRNAs和1 485个mRNAs异常表达,其中535个lncRNAs和760个mRNAs上调,1 200个lncRNAs和725个mRNAs下 调。结论：与正常肝组织相比,NAFLD组织中lncRNA表达谱明显异常,这些lncRNAs可能在NAFLD的发生和发展中 发挥重要作用。