16S rDNA基因芯片检测临床常见感染性细菌

目的 提高细菌和临床微生物检测的速度和准确性，建立含有20种细菌探针在内的感染性细菌检测用基因芯片模型。方法 使用16S rDNA克隆探针和合成的寡核苷酸探针两种，利用点样仪制成基因芯片。细菌DNA经过16S rDNA通用引物扩增后与芯片上的探针杂交，然后用荧光扫描仪检测信号。结果 基因芯片能够用于细菌检测，克服探针具有广泛和灵敏的特点，但是交叉反应明显；寡核苷酸探针具有较高的特异性，但是灵敏度稍差。结论 cDNA探针和寡核苷酸探针结合或设计几个不同的探针来指向同一株细菌很可能是将来基因芯片的检测方向。     

血液细菌16S rRNA基因检测的诊断价值

目的探索快速可靠的检测细菌感染的新方法。方法用PCR技术扩增实验室保留株10株的16SrRNA基因,以乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人类基因组DNA为对照,检测该方法的特异性;采用10倍比稀释法进行该方法的灵敏度检测。结果对所测细菌株均获得475bp扩增产物,而与乙型肝炎病毒-DNA、白假丝酵母菌和人基因组DNA无交叉反应;PCR最低能检测1.5×104/L大肠埃希氏菌。结论16SrRN基因PCR检测细菌感染的方法具有特异性、快速性和敏感性高等特点。     

16S rDNA实时荧光定量PCR法与全自动培养法在血小板细菌污染检测中的应用比较

目的比较16S rDNA实时荧光定量PCR法与全自动培养法在血小板制品细菌污染检测中的灵敏度和特异性,评价2种方法的应用前景。方法将血小板制品污染中常见的6种细菌用浓缩血小板悬液进行稀释,并选取浓度为102、101、100的菌悬液,分别用实时荧光定量PCR法和全自动培养法进行检测。结果用16S rDNA实时荧光定量PCR法对6株细菌检测,其灵敏度和特异性均为100%,Κ=1.000。用全自动培养仪对6株细菌检测,其特异性均为100%;灵敏度分别为:金黄色葡萄球菌需氧瓶95.5%,Κ=0.886,厌氧瓶90.9%,Κ=0.787;表皮葡萄球菌及大肠杆菌2种培养瓶均为83.3%,Κ=0.667;蜡样芽孢杆菌2种培养瓶均为86.7%,Κ=0.684;铜绿假单胞杆菌需氧瓶度为100%,Κ=1.000,厌氧瓶为44.4%,Κ=0.286;痤疮丙酸杆菌需氧瓶为16.7%,Κ=0.105,厌氧瓶为91.7%,Κ=0.886。结论实时荧光定量PCR法检测血小板制品中的细菌污染,灵敏度高,特异性好,且省时、经济,能应用于临床上血液样本的大规模筛查。     

聚合酶链反应检测革兰阴性细菌16S rRNA

[目的]寻找诊断细菌感染病原更为敏感和有效的方法.[方法]根据细菌16S rRNA基因的高度保守性,设计合成革兰阴性细菌的共同引物,采用聚合酶链反应检测已知的革兰阴性细菌9株,革兰阳性菌4株.[结果]革兰阴性菌检测阳性率为100%,(检测革兰阳性细菌4株结果均为阴性).采用倍比稀释法检出大肠杆菌的最低浓度为4 CFU/ml.[结论]所用引物具有良好的特异性和敏感性,能达到初步鉴定细菌种属的目的.     

机采血小板细菌16s rRNA基因检测的临床研究

目的 探讨快速、可靠的检测机采血小板(PLT)细菌污染的新方法.方法 用聚合酶链反应(PCR)扩增1 308份献血员机采PLT 16s rRNA基因,以乙型肝炎病毒-脱氧核糖核酸(HBV DNA)、白假丝酵母菌和人类基因组DNA为对照,检测该方法的特异性;采用10倍倍比稀释法进行该方法的敏感性检测.结果 检测1308份献血员机采PLT,其中7份16s rRNA基因为阳性,阳性率为0.54%(7/1 308).而与HBV DNA、白假丝酵母菌和人基因组DNA无交叉反应;PCR最低能检测1.5 × 10~4cfu/L大肠埃希菌.结论 献血员机采PLT板细菌污染的阳性率为0.54%;利用PCR检测献血员机采PLT细菌16s rRNA基因的方法具有特异性、快速性和敏感性高等特点.     

临床常见病原菌16S rDNA单链构象多态性分析

目的原核生物的rRNA基因位点具有高度的保守性,同时不同种属细菌之间又存在相对稳定的变异性,因此可被用于细菌的分类和鉴定。本研究试图利用16SrRNA基因结合分子生物学方法,达到快速鉴定临床常见病原菌的目的。方法收集临床常见各种病原菌333株,筛选2对通用引物在5′端用不同荧光标记,然后对细菌基因组DNA进行聚合酶链反应(PCR)扩增,产物在测序仪上通过毛细管电泳-单链构象多态性(CE-SSCP)分析,通过不同细菌的峰谱不同达到快速鉴定病原菌目的。结果所有受试细菌经过CE-SSCP分析后都有各自不同的峰谱出现,相互之间容易区别。结论利用PCR-CE-SSCP作为病原菌鉴定手段,高效、准确,较传统方法省时,而且灵敏度较高,是一种很有应用前景的细菌快速鉴定方法。     

16S rRNA通用引物在血小板制品细菌污染检测中的应用

目的评价16S rRNA通用引物在快速检出血小板制品中污染细菌的实用性,寻找新的能够快速、准确地检出血小板中污染细菌的方法。方法用分子生物学方法提取样本中细菌DNA,用设计合成的16S rRNA和16S—23S rRNA基因区间引物进行扩增,产物经HaeⅢ酶切,酶切片段与血小板污染常见菌的酶切图谱对比,确定有无污染及污染菌种类。结果16S rRNA通用引物法可以在4h内完成全部检测,其中在保存24h的血小板标本中未检出污染菌,保存48h的血小板标本中有2份分别检出了金黄色葡萄球菌和枯草芽孢杆菌,与全自动细菌培养仪的结果一致。结论16S rRNA通用引物是一种快速、准确检出血小板制品中污染细菌的方法,结果可靠,具有较高的临床应用价值。     

临床常见病原菌16S rDNA单链构象多态性分析

目的 原核生物的rRNA基因位点具有高度的保守性,同时不同种属细菌之间又存在相对稳定的变异性,因此可被用于细菌的分类和鉴定.本研究试图利用16S rRNA基因结合分子生物学方法,达到快速鉴定临床常见病原菌的目的.方法 收集临床常见各种病原菌333株,筛选2对通用引物在5′端用不同荧光标记,然后对细菌基因组DNA进行聚合酶链反应（PCR）扩增,产物在测序仪上通过毛细管电泳-单链构象多态性（CE-SSCP）分析,通过不同细菌的峰谱不同达到快速鉴定病原菌目的.结果 所有受试细菌经过CE-SSCP分析后都有各自不同的峰谱出现,相互之间容易区别.结论 利用PCR-CE-SSCP作为病原菌鉴定手段,高效、准确,较传统方法省时,而且灵敏度较高,是一种很有应用前景的细菌快速鉴定方法.     

16SrDNA序列测定在采血耗材污染细菌鉴定中的应用

目的 探讨16SrDNA基因测序方法在鉴定采血耗材中未知细菌污染方面的应用价值.方法 对15例采血原辅耗材样本进行采样、分离、纯化培养.可疑阳性标本进一步采用16SrDNA基因测序检测,同时用表皮葡萄球菌标准菌株作为实验阳性对照.结果 15例样本中有3例细菌培养可疑阳性,PCR扩增其16SrDNA片段,测序结果与GenBank比对,分别与Macrococcus caseolyticus strain（巨型球菌）、Klebsiella pneumoniae（肺炎克雷伯菌）与Bacillus thuringiensis（苏云金芽孢杆菌）的同源性为99%.表皮葡萄球菌标准菌株16SrDNA基因测序结果与来源一致.结论 16SrDNA基因测序方法可用于血制品耗材中未知细菌的污染检测,在菌株鉴定方面有快速、特异的优势.     

23S rRNA基因在临床常见致病菌检测中的应用

目的　根据临床常见致病菌 2 3SrRNA基因序列的差异 ,建立可初步鉴别革兰阴性菌和革兰阳性菌的分子生物学方法。方法　分析常见细菌的 2 3SrRNA基因序列 ,设计相应引物。采用多重PCR扩增标准菌株及临床分离株 2 3SrRNA基因 ,并根据电泳结果作出初步分类。结果　革兰阴性菌株均出现 1条DNA电泳条带(约为 35 0bp) ,而革兰阳性菌株则出现 2条电泳条带 (约为 2 5 0和 4 0 0bp)。 6 0株临床分离菌经PCR扩增、电泳后 ,电泳分析结果与常规鉴定结果符合率达 10 0 %。结论　 2 3SrRNA基因检测用于细菌初步分类鉴定 ,具有快速、灵敏、准确的特点 ,可为细菌感染的实验室诊断提供客观依据     

16S rDNA序列在艾伯特埃希菌鉴定中的应用

目的 通过16S rRNA基因序列分析快速鉴定艾伯特埃希菌。方法 以30株疑似艾伯特埃希菌为材料,使用通用引物扩增其16S rRNA基因并进行测序。获得的序列与艾伯特埃希菌型菌株LMG 20976,基因组测序菌株KF1、NBRC107761、TW07627以及其他密切相关的细菌种(大肠埃希菌、赫曼埃希菌、费格森埃希菌、志贺菌和Shimwellia blattae)的16S rRNA基因序列进行比较,并使用N-J法构建进化树来分析其相关性。结果 30株疑似艾伯特埃希菌的16S rRNA基因序列与艾伯特埃希菌参考菌株的序列相似性最高,并与其聚类为一簇,为艾伯特埃希菌。结论 16S rRNA基因测序分析可用于艾伯特埃希菌的快速鉴定。     

16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较

目的比较细菌16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用。方法提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组DNA,运用16SrRNA、16S-23SrRNA基因进行PCR扩增。扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心（NCBI）上进行比对分析,确定菌种。结果在所分析的19种临床血流感染常见细菌中,16SrRNA基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属;16S-23SrRNA成功鉴定17种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平。结论16S-23SrRNA基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标。     

High-throughput screening of bacterial pathogens in clinical specimens using 16S rDNA qPCR and fragment analysis

Molecular-based detection of bacterial pathogens directly from clinical specimens permits rapid initiation of effective antimicrobial treatment and adequate patient management. Broad-range polymerase chain reaction (PCR) amplification of the 16S rRNA gene (16S rDNA qPCR) is used in many diagnostic laboratories as a complement to cultural identification of bacterial pathogens. However, efforts for automation of 16S rDNA PCR workflows are needed in order to reduce turnaround times and to enhance reproducibility and standardization of the technique. In this retrospective method evaluation study, clinical specimens (N?=?499) from patients with suspected bacterial infections were used to evaluate 2 diagnostic semiautomated workflows for rapid bacterial pathogen detection. The workflows included automated DNA extraction (QIASymphony), 16S rDNA qPCR, fragment or melting curve analysis, and amplicon sequencing. Our results support the use of the 16S rDNA qPCR and fragment analysis workflow as it enabled rapid and accurate identification of bacterial pathogens in clinical specimens.     

应用16S rRNA宽范围聚合酶链反应快速检测临床无菌体液感染

目的应用16S rRNA宽范围聚合酶链反应（PCR）快速检测临床无菌体液感染,并与传统培养方法进行比较分析。方法收集94份临床无菌体液（血液、脑脊液、胸腹水、关节液）标本,提取细菌基因组DNA,应用16S rRNA宽范围PCR扩增,并将PCR阳性产物测序,然后将测序结果在美国国家生物技术信息中心（NCBI）上进行BLAST比对,从而确定菌种。同时,应用常规培养方法检测94份无菌体液标本,并对2种方法的结果进行比较。结果 16S rRNA宽范围PCR敏感性高,最低扩增浓度为103 CFU/mL,且该技术特异性高,其阳性扩增产物经测序比对后结果和培养结果完全吻合。另外,94例临床标本中应用培养方法培养出阳性例数为9例,阳性率为9.6%,而应用宽范围PCR,除培养阳性的9例均为阳性外,另外扩增出6例阳性标本,阳性率为15.9%,而此6例经测序证实分别为4株铜绿假单胞菌、1株黏质沙雷菌、1株肺炎链球菌。结论 16S rRNA宽范围PCR与培养技术比较起来,敏感性高,特异性强,有望成为临床无菌体液病原体感染快速筛查的方法。