Ⅲ型中国株丙型肝炎病毒E2／N21基因的克隆与序列分析

目的 构建插入Ⅲ型中国株丙型肝炎病毒Ｅ２／ＮＳ１基因片段的真核表达载体,分析该基因片段的核苷酸一级结构。方法 利用逆转 录套式ＰＣＲ扩增Ⅲ型中国株丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）Ｅ２／ＮＳ１基因片段,通过定向克隆将其克隆到真核表达载体ｐｃＤＮＡ３上,采用双脱氧链终止法测定其核苷酸序列。结果 构建出含有Ⅲ型中国株丙型肝炎病毒Ｅ２／ＮＳ１基因片段的克隆,该区基因片段的核苷酸一级结构和Ⅲ型日本株ＨＣＶ（ＨＣ－Ｊ６     

Ⅲ型中国株丙型肝炎病毒E2/NS1基因的克隆与序列分析

目的构建插入Ⅲ型中国株丙型肝炎病毒Ｅ２／ＮＳ１基因片段的真核表达载体，分析该基因片段的核苷酸一级结构。方法利用逆转录套式ＰＣＲ扩增Ⅲ型中国株丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）Ｅ２／ＮＳ１基因片段，通过定向克隆将其克隆到真核表达载体ｐｃＤＮＡ３上，采用双脱氧链终止法测定其核苷酸序列。结果构建出含有Ⅲ型中国株丙型肝炎病毒Ｅ２／ＮＳ１基因片段的克隆，该区基因片段的核苷酸一级结构和Ⅲ型日本株ＨＣＶ（ＨＣ－Ｊ６）的同源性为８８．３７％，Ⅱ型中国株ＨＣＶ（ＨＣ－Ｃ２）的同源性为７０．６９％，其推定的氨基酸同源性分别为８９．２９％和７５．５５％。结论基因的核苷酸一级结构在同一基因型中有较高的同源性，而不同基因型之间的同源性则相对较低。对不同基因型之间Ｅ２／ＮＳ１基因一级结构的研究将有助于ＨＣＶ疫苗的研制。     

首例中国株乙型肝炎病毒D基因型全序列测定及分析

目的　测定并分析１例中国慢性无症状携带者感染的乙型肝炎病毒（ＨＢＶ）Ｄ基因型的全基因序列。方法　用聚合 酶链式反应（ＰＣＲ）扩增ＨＢＶ全基因,将ＰＣＲ产物克隆后对其进行核酸序列分析并与已发表的ＨＢＶ毒株全序列进行 同源性比较;对 ＧｅｎＢａｎｋ中已发表的３０株ＨＢＶ Ｄ基因型毒株的全序列进行系统进化树分析。结果　该病毒全基因长 ３１８２ｂｐ,为ａｙｗ亚型,Ｄ基因型;此毒株全基因ＧｅｎＢａｎｋ　ＡｃｃｅｓｓｉｏｎＮｏ为ＡＦ２８０８１７;与ＧｅｎＢａｎｋ中已发表的ＨＢＶＤ 基因型全序列同源性为９８．３％～９４．5％,与已发表的 Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｅ、Ｆ和Ｇ基因型全序列同源性均小于８９．５％。结论　首例中 国株 ＨＢＶ Ｄ 基因型全序列与源于瑞典的四株 ＨＢＶ Ｄ 基因型全基因的进化距离最近。     

山东省HCV分离株C 区及NS5 区核苷酸序列分析

①目的 探讨山东省丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）分离株Ｃ区、ＮＳ５区的核苷酸序列及其基因型别。②方法 以ＲＴ－ｎｅｓｔ－ＰＣＲ方法从１例临床ＨＣＶ感染者血清中分别扩增出ＨＣＶＣ区（４３２ｂｐ）及ＮＳ５区（３１９ｂｐ）的基因片段,将其克隆于Ｔ载体上,以双脱氧末端终止法自动测序并进行序列分析。③结果 该分离株与ＧｅｎＢａｎｋ中５０多个１ｂ型分离株同源性均在９０％以上,其中Ｃ区与中国北京的１ｂ型株ＨＣＵ６３３７     

庚型肝炎病毒不同地理株5'端非编码区序列的变异性分析

目的：为明确了解中国不同地区（广东、云南、香港）庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）株５′端非编码区（ＮＣＲ）序列的差异。方法：采用逆转录巢式聚合酶链反应（ＲＴＰＣＲ）技术,从广东省２例、云南省１例、香港３例共６例ＨＧＶ感染者血浆中扩增ＨＧＶ５′ＮＣＲｃＤＮＡ片段,为２３８ｂｐ,ＰＣＲ产物纯化后直接经双脱氧链末端终止法测定核苷酸序列。结果：中国ＨＧＶ株间５′ＮＣＲ相应序列的同源性介乎９２９３％～９７９８％,与国外分离株比较,同源性介乎８６３６％～９１９２％。结论：中国ＨＧＶ株间５′ＮＣＲ相应序列的同源性较大,与国外分离株的同源性较小;碱基变异在序列中呈散在分布,部分区段变异较大;ＨＧＶ核酸变异与地域因素有关。     

甲肝病毒减毒活疫苗（H2株）的cDNA克隆及序列分析

本文通过ｍＲＮＡ提取，逆转灵（ＲＴ）－聚合酶链反应（ＰＣＲ），获得甲肝病毒减毒活疫苗株（Ｈ２减毒株）的ｃＤＮＡ片段，再经分子克隆，从而得到贯穿甲肝病毒（ＨＡＶ）全基因组的１０个相互重叠基因片段的ｃＤＮＡ克隆。经双脱氧末端终止法进行核苷酸序列分析，得到了长度为７４７３ｂｐ的甲肝病毒减毒活疫苗株（Ｈ２减毒株）ｃＤＮＡ全序列。计算机分析表明，该株与野毒株ＨＭ１７５的核苷酸和氨基酸同源性分别为９９．４％和     

丙型肝炎病毒山东分离株核衣壳蛋白区cDNA的序列测定

①目的　通过核衣壳蛋白区（ Ｃ区）基因序列分析,对丙型肝炎病毒（ Ｈ Ｃ Ｖ）山东分离株进行定型。②方法　应用反转录套式聚合酶链反应（ Ｒ Ｔｎｅｓｔｅｄ Ｐ Ｃ Ｒ）方法,从山东省 Ｈ Ｃ Ｖ 抗体阳性血清中扩增出 Ｈ Ｃ Ｖ Ｃ区基因的一个片段（４３２ｂｐ）,对其进行 Ｔ Ａ 克隆及测序,并通过 Ｄ Ｎ Ａ Ｓ Ｉ Ｓ软件和 Ｇｅｎｅｂａｎｋ 进行序列分析。③结果　此分离株与基因型１ｂ 的 Ｈ Ｃ Ｖ 分离株同源性最高,与４ 个已知 １ｂ 型分离株的核苷酸相应序列同源性为 ９６．５２８％ ～９８．１４４％ ,其推导的氨基酸同源性为９４．４４４％ ～９６．０３２％ ．④结论　此分离株归为 １ｂ 型。     

庚型肝炎病毒不同地理株5‘端非编码区序列的变异性分析

目的：为明确了解中国不同地区（广东，云南，香港）庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）株５‘端非编码区（ＮＣＲ）序列的差异。方法：采用逆转录巢式聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）技术，从广东省２例，云南省１例，香港３例共６例ＨＧＶ感染者血浆中扩增ＨＧＶ５’ＮＣＲ ｃＤＮＡ片段，为２３８ｂｐ，ＰＣＲ产物纯化后直接经对脱氧链末端终止法测定核苷酸序列。结果：中国ＨＧＶ株间５‘ＮＣＲ相应序列的同源性介乎９２．９３％￣９７．９８     

中国人丙型肝炎病毒囊膜蛋白2HVR1 cDNA的序列分析

目的：了解中国ＨＣＶ流行株高变区１（ＨＶＲ１）的特点。方法：对来自山东（ＳＤ）、上海（ＳＨ）两地患者血清ＲＮＡ进行逆转录－巢式ＰＣＲ，扩增ＨＣＶ囊膜蛋白２基因片段，用ＰＣＲ直接测序法对该片段进行序列测定。结果：（１）扩增片段（命名为Ｐ３８８）对应于日本ＨＣＶ－Ｊ株序列核苷酸１４３９￣１８２６位（氨基酸位３７１￣４９８）；（２）中国人ＨＣＶ ＨＶＲ１位于氨基酸位３８４￣４１０，与发表的ＨＣＶⅡ型ＨＶ     

乌鲁木齐市11株麻疹野病毒基因特征分析

目的分析新疆乌鲁木齐市2008年流行的11株成人麻疹野病毒的基因特征。方法用Vero/slam细胞从成人麻疹暴发患者的标本中分离出麻疹野病毒,应用逆转录一聚合酶链反应（RT-PCR）对麻疹野病毒分离株扩增核蛋白N基因羧基末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析。并以N基因羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸变异分析。结果共分离到1l株麻疹野病毒,这些病毒N基因450个核苷酸之间的差异为0%～0.2%,均为H1基因型中的Hla基因亚型。11株麻疹野病毒与H1基因型代表株（Chin9372）的核苷酸和氨基酸差异分别为2.2%～2.4%之间和4.0%~4.6%之间。结论 2008年新疆乌鲁木齐流行的成人麻疹野病毒为Hla基因亚型。     

中国部分地区人群血清TTV部分序列变异的研究

目的 了解我国不同地区人群血清中所存在的新型肝炎病毒ＴＴＶ的序列变异情况。方法 从山东、北京、深圳、南京等地的ＴＴＶ ＰＣＲ阳性血清中随机挑选６例患血清，用单管一步法从血清中提取其ＴＴＶ ＤＮＡ，然后用气流 引物进行ＰＣＲ护增，并对其中的部分ＯＲＦ－１序列（３０９ｂｐ）进行克隆测序，利用网上软件ＢＬＡＳＴ和ＧＯＬＤＫＹ将所测序列结果与日本所的序列进行比较。结果 在３０９个所测碱基中有少数碱基存在     

两例TTV感染者不同TTV克隆的DNA序列分析

目的探讨TTV的基因变异及其与致病性的关系。方法在ORF1区的高变区设计特异性引物建立巢式多聚酶链反应（PCR），扩增献血员与慢性非甲-庚型重型肝炎患者血清中的TTV DNA。PCR产物纯化回收后进行分子克隆，每例挑选10个不同TTV DNA克隆进行测序。不同们TTV DNA克隆之间及其与日本株TA278之间进行序列比较并进行进化树分析。结果成功地构建了TTV DNA克隆。与G1a亚型TA278的序列相比较有74％～95％的同源。献血员存在2种不同的TTV病毒株，其序列有7％的差异，都为G1a亚型。慢性非甲-庚型重型肝炎患者中存在7种不同的TTV病毒株，彼此之间序列有5％～24％不同，分别属于G1a和G1b亚型。结论慢性非甲-庚型重型肝炎患者中TTV的基因变异比献血员中的复杂得多。TTV基因变异的复杂性及其基因变异过程中可能产生的强毒力病毒株均有可能在其致病机制中起一定作用。G1b亚型可能有一定的致病性。     

50例慢性非甲一庚型肝病患者中TTV的感染状况及部分序列的基因分析

目的：探讨新型肝炎相关病毒(TTV)在慢性非甲一庚型肝病患者中的感染状况．分析国内病毒的基因结构特点。方法：根据国内外报道的部分基因序列,自行设计特异性引物．采用聚合酶链反应(PCR)法检测了50例慢性非甲一庚型肝病患者,并对阳性标本克隆后进行序列分析。结果：慢性非甲一庚型肝病患者中TTV感染率为52％。对TTV病毒抹进行序列分析发现与N22克隆同源性可达97．8％。结论;我国也存在严重的TTV感染。TTV可能为慢性非甲一庚型肝病的致病因子。我国TTV感染株与国外报道的N22克隆有高度同源性。     

献血人群感染TTV的检测及部分DNA序列分析

目的调查志愿无偿献血人群中输血传播病毒（TTV）的感染情况和分析TTV DNA部分基因序列。方法以TTV ORF1保守区设计两对引物,用巢式多聚酶链式反应（PCR）检测TTV DNA,并克隆和测序。结果在血液筛查合格的无偿献血人群中检出TTV DNA的阳性率为5．0％（5／100）。在单一转氩酶异常,HBV、HCV和HIV血清标记物正常的献血人群检出TTV DNA的阳性率为5．6％（4／71）。两者有非常显著性差异（P〈0．01）。与日本首例TTV-N22株相比,SZT1和SZT2株基因序列同源性为98．9％（3／272）和96．7％（9／272）,SZT3和SZT4株为67．3％（89／272）和86．0％（38／272）。结论在符合献血条件的人群中存在无症状TTV携带者。与之相比较,在ALT异常献血人群中TTV流行率相对较高,对其部分基因序列的比较显示了较大的变异性。     

献血者中TTV感染情况调查及部分序列分析

目的调查了解淮阴地区献血者中一种新的肝炎相关病毒——TTV的感染情况.方法用巢式聚合酶链反应(nest-PCR)技术对淮阴地区220名专业献血者进行血清中输血传播病毒(TTV)的检测,并在PUC18中对其开放读码框2(ORF2)基因进行了克隆.结果序列分析表明,该序列与国内外发现的TT病毒AB008394(日本株)、AF079173(中国河北株)对应位置核苷酸同源性为98%和97%,献血者中TT病毒阳性率为18%.结论病毒ORF2基因高度保守,献血者中有较高的TTV感染率.     

一株急性散发性戊型肝炎病毒基因结构及核苷酸同源性分析

目的：分析一株长春地区散发戊型肝炎病毒（HEV）的基因结构和核苷酸同源性。方法：采用RT-nPCR方法检测HEV RNA，应用全自动测序仪进行序列测定。结果：所获得的HEV-CCC220全长7 193bp，编码2 397个氨基酸，由5′-UTR（nt 1-9）、3′-UTR（nt 7152-7193）和3个开放读码框架（ORF_s）组成。与HEV Ⅳ型核苷酸同源性明显高于HEVⅠ～Ⅲ型，全基因序列核苷酸同源性为83.2 %～85.0%；与ORF₂间300　nt和98　nt部分基因序列核苷酸同源性分别为85.0%～93.9%和80.6%～86.7%。结论：长春地区散发性HEV-CCC220属HEV Ⅳ型，ORF₂间300nt部分核苷酸序列可以代替全基因序列进行HEV基因型分析。     

新肝炎病毒TTV在各类高危人群中分子流行病学研究

为观察新肝炎病毒TTV在各类高危人群中的感染状况和基因分型 ,在日本株TTVORF1保守区合成了特异性引物 ,采用巢式聚合酶链反应 (nPCR)两次扩增血清TTVDNA ,对各类人群中TTVDNA分别进行了分子克隆和部分基因测序 ,并与日本报道的TTVDNA基因序列比较。结果显示 :从非甲 戊型和非庚型肝炎病人、血清HBsAg阳性的肝炎病人、正常献血员、静脉内吸毒者和女性性乱者中 ,分别获得的 6份TTVDNA克隆 ,其基因序列与日本株TTVORF1部分基因核苷酸序列同源性为 97%～ 99% ,均属于TTVla型。提示 :我国各类高危人群感染TTV以la型为主 ;TTV基因型与疾病发生和传播方式关系不大。     

树鼩卵磷脂胆固醇酰基转移酶cDNA和蛋白质序列结构分析

目的克隆获得树鼩卵磷脂胆固醇酰基转移酶cDNA序列并进行结构分析。方法以树鼩肝脏mRNA逆转录出的Ⅰ链cDNA为模板,运用SMARTRACEPCR扩增技术,扩增得到树鼩卵磷脂胆固醇酰基转移酶(LCAT)cDNA序列,并推导出LCAT氨基酸序列。利用分子生物学软件DNAMAN对氨基酸序列的一、二级结构及主要结构域进行分析和比较。结果树鼩LCATcDNA序列由1340个核苷酸构成,开放阅读框架1320bp,编码440个氨基酸的LCAT前体(含24个氨基酸构成的信号肽和416个氨基酸组成的成熟蛋白)熏3'非翻译区18bp,终止密码TAA,加尾信号AATAAA和一个25bp的poly(A)尾。树鼩LCATcDNA序列已作为新基因被GenBank接受,登记号AF272861。树鼩与人和狒狒LCATcDNA的同源性分别为90%和89%。结论树鼩LCATcDNA序列与人及其他实验动物高度同源。     

鲍曼不动杆菌噬菌体SWH-Ab-1分离鉴定及其重要功能基因的生物信息学分析

目的 分离鲍曼不动杆菌噬菌体,测定其基因组DNA序列,分析预测穿孔素和裂解酶等重要功能基因及其编码蛋白的性质和功能.方法 利用双层琼脂平板法从医院污水中分离鲍曼不动杆菌噬菌体,透射电子显微镜观察噬菌体的形态特征;提取噬菌体基因组DNA,采用Illumina Hiseq2000测序仪进行全基因组测序;利用生物信息学方法对噬菌体基因组DNA序列进行功能编码基因定位、同源性分析以及对噬菌体重要功能基因编码蛋白的结构和生物功能等进行预测.结果 成功从医院污水中分离获得1株鲍曼不动杆菌噬菌体,命名为噬菌体SWH-Ab-1.噬菌体SWH-Ab-1属长尾噬菌体,对鲍曼不动杆菌具有显著裂解性.噬菌体SWH-Ab-1基因组为全长41 567 bp的双链DNA,G+C％含量为39.42％,包含51个预测功能基因,穿孔素基因和裂解酶基因分别位于噬菌体基因组的ORF02(320 ～655 bp)和ORF03(642～1 199 bp)开放阅读框,穿孔素基因序列全长336 bp,共编码111个氨基酸,其编码的HolSA1为疏水性Ⅰ型跨膜蛋白,相对分子质量为11.957 96×103,理论等电点为4.87,可能在脂肪酸代谢、转运载体及信号转导中发挥重要作用.裂解酶基因序列全长558 bp,共编码185个氨基酸,其编码的LysSA1为亲水性蛋白,相对分子质量为21.010 4×103,理论等电点为9.56,无跨膜区,可能参与氨基酸生物合成、脂肪酸代谢、辅因子生物合成等重要生理过程.两种功能蛋白均不存在信号肽序列,二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主.结论 噬菌体SWH-Ab-1是一种新分离的长尾裂解性噬菌体,其基因组的ORF02和ORF03开放阅读框是穿孔素和裂解酶的编码基因,编码的HolSA1和LysSA1可能组成“二元裂解系统”,协同参与噬菌体对宿主菌的裂解过程.