建立检测产气肠杆菌的TaqMan荧光定量PCR和普通PCR方法

目的 建立敏感、特异的普通聚合酶链反应(PCR)方法和TaqMan 荧光定量PCR方法对产气肠杆菌进行快速检测。方法 以产气肠杆菌组氨酸脱氢酶基因(hdc)为靶基因设计引物以及TaqMan FAM探针,建立对产气肠杆菌进行检测的普通PCR方法和TaqMan 荧光定量PCR方法,并评价该方法的特异性、灵敏性和稳定性。结果 普通PCR和TaqMan 荧光定量PCR方法均能对产气肠杆菌进行特异检测;普通PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本的检测下限分别为 100 copies/l和1.0105 cfu/g,TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本的检测下限分别为33 copies/l和1.0104 cfu/g;TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本检测的扩增曲线良好;在稳定性评价试验中,普通PCR方法的重复性良好,TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品检测Ct值的组内差异为0.15%~0.98%,组间差异为0.55%~1.63%。结论 本研究建立的检测产气肠杆菌的普通PCR方法和TaqMan 荧光PCR方法特异性好、灵敏度高,能够用于产气肠杆菌的快速检测。     

普通TaqMan探针及raqMan MGB探针real-time PCR检测无形体msp-2基因方法的建立与比较

目的 建立敏感、特异、定量real-time PCR方法,用于无形体病早期诊断及立克次体病鉴别诊断.方法 通过GenBank Blast比较分析,选择世界各地39株无形体,以msp-2特异基因保守区设计普通TaqMan探针及TaqMan MGB探针并比较分析.结果 普通TaqMan探针及TaqMan MGB探针2种方法...     

TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR法检测幽门螺杆菌

目的建立TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测幽门螺杆菌(HP)的方法。方法针对HP cagA基因设计特异性引物和探针,建立TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的特异性、灵敏度和重复性。用该法对肝癌、肝硬化患者腹水及全血,猪、金黄地鼠、猴、犬、兔、豚鼠、大鼠、小鼠的全血、粪便、肠共1 201份标本进行检测,同时作常规细菌分离和测序分析。结果本方法特异性为100%,最低可检测2.2×101copies/μL的质粒DNA。标准曲线表明其具有良好线性关系,回归方程为:Y=-3.306X+38.633,相关系数(r)为0.999,扩增效率为100.648%。批内相对标准偏差(RSD)为0.19%～1.2%,批间RSD为0.14%～3.4%,RSD均<5%。上述1 201份标本用本法检出HP阳性130份,常规细菌分离法仅检出2份HP阳性。测序结果表明,与GenBank中收录的HP序列同源性为99%～100%。结论建立的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR法特异性和灵敏度高,重复性良好,适用于HP感染的检测。     

SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测DNA甲基化方法的建立

近期，表观遗传学与肿瘤发生关系的研究日益增多。DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分，并已成为肿瘤早期诊断的研究热点。甲基化特异性PCR（MSP）是检测DNA甲基化的常用方法之一，该方法灵敏度和特异度高，但操作繁琐，难以自动化。TaqMan荧光定量PCR法，即Methylight在MSP的基础上设计1条TaqMan探针，该方法的准确性和检测的灵敏度都很高。然而，因需要设计合成特异的探针而使其的应用受限，而且TaqMan探针昂贵。本研究建立SYBRGreenⅠ荧光定量PCR（FQ—PCR）检测DNA甲基化的方法，通过临床标本检测和对比试验，以证明其与Methylight的检测效能，以便为DNA甲基化检测的临床应用提供工具。     

嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测方法的建立及应用研究

目的 建立嗜肺巴斯德菌的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测方法.方法 针对嗜肺巴斯德菌16SrRNA基因设计特异性引物和探针,建立嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的特异度、敏感度和稳定性.对2008～2011年采集的1 680份样本进行检测.结果 嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法具有高度特异性,对多杀巴斯德菌、产气巴斯德菌、支气管鲍特杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌均无交叉反应,检测灵敏度达22拷贝.标准曲线显示备浓度范围内具有良好的线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.488,PCR效率为100％.荧光定量PCR检测1 680份样本,检出137份嗜肺巴斯德菌阳性.该方法可直接从样本中特异性地检出嗜肺巴斯德菌.结论 TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法具有灵敏、特异、稳定的特性,适用于嗜肺巴斯德菌的快速检测.     

基于TaqMan探针的幽门螺杆菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的探讨基于TaqMan探针的幽门螺杆菌23SrDNA基因片段的实时荧光定量PCR检测的有效方法。方法根据幽门螺杆菌23SrDNA序列设计引物和探针,构建质粒标准品,建立实时荧光定量PCR体系并进行方法学评价,并对2012年5月至10月收集的100份临床样本进行检测同时应用免疫组化及银染方法进行比较分析。结果建立了检测23SrDNA的实时荧光定量PCR方法：107-102copies/ul范围内均有＂S＂型扩增曲线,最低检测浓度为102copies/ul,标准曲线相关系数为1。对临床其它消化道病原体不出现特异性的扩增曲线。对100份样本进行检测,实时荧光定量PCR能检出31份阳性,而免疫组化方法能检出25份阳性,银染方法能检出28份阳性。结论实时荧光定量PCR方法可成功检测幽门螺杆菌,且该方法具有灵敏度和特异性高及重复性好等优点。     

肺炎链球菌TaqMan实时荧光定量PCR的建立及临床应用

目的：建立TaqMan实时荧光定量PCR检测肺炎链球菌的方法,应用于临床儿童社区获得性肺炎（CAP）标本的快速筛查。方法根据 GenBank公布的肺炎链球菌自溶酶基因（lytA）设计引物和探针,建立实时荧光定量 PCR,并对体系进行优化;同时以痰培养法做双盲对照,应用于1504份 CAP患儿标本检测。结果 TaqMan实时荧光定量 PCR菌液的最低检出限可达18.75 cfu/PCR,无交叉反应,特异度好;对1504份儿童CAP标本检测,141份肺炎链球菌实时荧光定量PCR阳性,其中140份肺炎链球菌痰培养阳性,该方法灵敏度为100％,特异度为99.93％。从样品处理到结果报告仅需2.5 h。结论 TaqMan实时荧光定量PCR快速、简便、灵敏度高、特异度强,可用于儿童CAP中肺炎链球菌的初筛和指导抗生素的的合理使用。     

基于vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR快速检测创伤弧菌的研究

目的建立基于溶细胞毒素基因vvhA检测创伤弧菌（Vibrio vulnificus）的TaqMan实时荧光定量PCR。方法采用Primer Express软件,设计位于vvhA基因序列保守区的PCR引物和TaqMan探针,建立检测创伤弧菌vvhA基因100bp扩增产物的TaqMan实时荧光定量PCR。采用基因克隆技术,构建作为阳性对照的pMD19-vvhA100重组质粒。以最低扩增循环数（Ct值）、荧光强度增加值（△Rn）为观察指标,对vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR条件进行优化。以不同浓度的创伤弧菌及其它8种细菌DNA和pMD19-vvhA100为模板,对vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR的特异性、敏感性和重复性进行验证。创伤弧菌经腹腔和皮下注射及灌胃感染ICR小鼠,验证vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR对感染小鼠血液、皮下感染组织和肠内容物的检测效果。结果所建立的vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR仅对创伤弧菌DNA或pMD19-vvhA100呈现阳性检测结果,其检测灵敏度可达0．01ng创伤弧菌DNA或10^3个拷贝的pMD19-vvhA100,不同浓度pMD19-vvhA100三次检测结果的SD≤0．79,对腹腔和皮下感染创伤弧菌的小鼠血液、皮下组织标本检测结果均为阳性。结论所建立的创伤弧菌vvhA基因TaqMan实时荧光定量PCR具有快速、稳定、敏感、特异等优点,适合用于临床实验室进行创伤弧菌引起的败血症和创口感染快速诊断。     

TaqMan荧光定量PCR检测新型隐球菌方法的建立

目的建立TaqMan荧光定量PCR方法定量检测新型隐球菌基因组DNA,为检测隐球菌性脑膜炎提供重要方法。方法在国家生物技术信息中心(NCBI)查找新型隐球菌各亚型的ITS-rDNA序列,序列比对后设计特异性引物和探针,扩增片段为114bp,构建质粒标准品,调整质粒浓度为1.42×10~8 copy/μL~1.42×10copy/μL共8个浓度梯度,分别取2μL作为模板,优化反应条件,建立标准曲线,进行敏感性、特异性、重复性评价,并检测临床确诊的15例隐球菌脑膜炎感染菌株。结果建立的荧光定量PCR可以检测2.84×10~2拷贝的质粒DNA,对临床分离的各10例其他真菌、细菌、乙型肝炎病毒DNA和人类基因组DNA均无扩增曲线,重复性良好,3个浓度的批间变异系数分别为2.86%、1.48%、1.36%,可准确检测15例新型隐球菌。结论成功建立检测新型隐球菌的荧光定量PCR方法,敏感性和特异性较高,结果稳定可靠,可早期、快速诊断隐球菌性脑膜炎。     

应用TaqMan荧光定量PCR技术建立HIV前病毒检测方法

目的建立HIV前病毒荧光定量PCR检测方法。方法常规培养8E5／LAV细胞,收集后计数,提取HIV前病毒核酸,运用实时荧光定量PCR法扩增晚期逆转录基因片段（HIVFL）。结果建立的实时荧光定量PCR技术检测灵敏度可达1拷贝,扩增结果稳定可靠。结论成功建立了HIV前病毒检测方法,为今后筛选和鉴定潜伏感染细胞以及评价抗-HIV药物的治疗效果奠定基础。     

运用BIOMED-2 PCR检测脑脊液中的恶性B淋巴细胞

本研究旨在建立一种检测弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLB CL）中枢神经系统（CNS）累及患者脑脊液（CSF）中恶性B淋巴细胞的敏感的方法.对9例考虑有CNS累及风险的DLBCL患者采集其CSF,离心获取细胞沉淀,在直接裂解后运用BIOMED-2 PCR检测免疫球蛋白重链（IgH）基因重排（恶性B淋巴细胞特征性改变）,并将此方法的敏感性与细胞学检测及流式细胞术进行比较.此外,通过一系列数量/浓度的肿瘤细胞,分析两种样品处理方式（细胞直接裂解法和传统DNA提取法）导致的敏感度差异,并评估直接裂解法联合BIOMED-2 PCR方案的敏感度.结果显示,BIOMED-2 PCR检测到5例DLBCL患者的CSF中存在克隆性IgH基因重排（恶性B淋巴细胞“阳性”）,而细胞学检测和流式细胞术均只能明确检测2例为“阳性”,表明BIOMED-2 PCR敏感性高于细胞学检测和流式细胞术.另外,经过改进的样品处理方式——细胞直接裂解法比传统的DNA提取能获得更高的BIOMED-2PCR敏感度,前者可以检测到浓度低至1％、细胞数低至20个的肿瘤细胞.结论：细胞直接裂解联合BIOMED-2PCR是一种敏感的、非常适用于CSF（细胞数少）的检测方法,可辅助诊断DLBCL病例的CNS累及.     

空肠弯曲菌 TaqMan-MGB双重探针实时荧光定量 PCR快速检测

目的　开发一种特异、灵敏的TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 方法,用于空肠弯曲菌的快速定量检 测。方法　针对空肠弯曲菌鞭毛蛋白A 和马尿酸酶基因设计特异性引物和探针,建立一种新型TaqMan-MGB 双重探针 实时荧光定量PCR 检测空肠弯曲菌方法,对该方法的定量检测线性范围、特异度、灵敏度、重复性、稳定性进行评价, 应用该方法对临床标本中的空肠弯曲菌进行检测,同时用细菌培养、普通PCR、基因克隆和测序鉴定。结果　建立的 空肠弯曲菌TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 检测方法专属性强,能准确检出空肠弯曲菌,而与其他细菌无交 叉反应,特异度为100%。该技术灵敏度高,能精确定量检测空肠弯曲菌DNA 线性范围达10 个数量级,最低检测限为 4 个菌落形成单位。重复性和稳定性良好,组内和组间相对标准偏差均小于1%。应用该方法成功从78 例临床标本中定 量检出28 例空肠弯曲菌阳性标本,用普通PCR 和基因克隆测序分析确认,细菌培养方法仅获得6 株存活的空肠弯曲菌。 结论　TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 具有快速简便、可靠稳定、特异灵敏的优点,可用于临床标本中空肠 弯曲菌定量检测,值得推广应用。     

弗氏枸橼酸杆菌TaqMan实时荧光定量-聚合酶链反应检测方法的建立

目的 建立针对弗氏枸橼酸杆菌的TaqMan实时荧光定量-聚合酶链反应(real time-PCR)检测方法。 方法 针对弗氏枸橼酸杆菌的特有序列设计引物和TaqMan探针,扩增目的基因建立标准曲线,确定检测方法的灵敏度;对20种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌进行检测,评价该检测方法的特异性;使用牛奶模拟标本评价方法在实际检测工作中应用性。 结果 TaqMan real time-PCR检测方法对弗氏枸橼酸杆菌重组质粒的检测灵敏度为1.0101拷贝／反应体系;该检测方法在检测30种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌时未出现特异性扩增。该检测方法对牛奶模拟样本中弗氏枸橼酸杆菌检测下限为1.0102cfu/ml的菌量;通过对1.0107、1.0105和1.0103三个浓度质粒标准品的重复检测,确定本方法的组内变异系数为1.90%~3.91%;组间变异系数为1.52%~1.69%。 结论 本研究建立的TaqMan real time-PCR检测方法可作为检测弗氏枸橼酸杆菌灵敏、特异、快速的方法。     

miRNA-125a Taqman实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的 建立一种用于肝癌早期诊断和监测的血清miRNA-125a Taqman实时荧光定量PCR检测方法。方法 采用Trizol法提取肝癌患者血清中总RNA,以肝癌发生具有代表性的miRNA-125a基因为检测序列,分别设计逆转录引物、扩增引物和Taqman探针; 构建和制备miRNA-125a重组质粒标准品,建立血清miRNA-125a Taqman 实时荧光定量PCR检测方法。结果 成功构建了miRNA-125a重组质粒载体,制备了miRNA-125a重组质粒标准品,建立了血清miRNA-125a Taqman实时荧光定量PCR扩增体系。经实验验证,所设计引物具有较好的特异性,引物的最低检测限为78.125 copies/μl; 对17例肝癌患者血清miRNA-125a的检测结果在(1.45×10²～3.52×10⁵)copies/μl之间。结论 血清miRNA-125a Taqman实时荧光定量PCR检测方法的建立,为原发性肝癌早期诊断和监测提供一种新的分子诊断定量方法。     

副溶血弧菌TaqMan双重实时-聚合酶链反应检测方法的建立

目的建立副溶血弧菌TaqMan实时-PCR和毒力基因TaqMan双重实时-PCR筛检的实验室检测方法。方法根据副溶血弧菌ItoxR/I基因的保守序列设计引物和TaqMan探针,建立检测副溶血弧菌的实时-PCR方法;根据副溶血弧菌耐热直接溶血素（thermostable direct hemolysin, Itdh/I）和耐热相关溶血素（thermostable related hemolysin, Itrh/I）基因的保守序列设计引物和探针,建立检测致病性副溶血弧菌毒力基因的双重TaqMan实时-PCR方法。对所建立的副溶血弧菌实时-PCR检测方法进行灵敏度和特异度评价。结果副溶血弧菌的检测下限为10sup2/sup拷贝/l,Itdh/I和Itrh/I双重实时PCR的检测下限为10sup2/sup拷贝/l。针对ItoxR/I基因建立的副溶血弧菌实时-PCR方法对11种其他弧菌和肠道细菌的染色体无扩增。结论建立的方法能够特异和敏感地检测副溶血弧菌,并能确定致病性副溶血弧菌的毒力基因,能作为副溶血弧菌的灵敏和快速检测方法。