四川地区汉族群体HLA基因频率分布

目的 检测四川汉族人群HLA-A、-B、-DRB1位点基因多态性,获得完整、准确的四川汉族HLA分子遗传学数据.方法 应用PCR-SSP技术对1877名四川汉族健康人群进行HLA-A、-B、-DRB1位点基因分型.结果 四川汉族人群中共检出HLA-A等位基因16个,HLA-B等位基因37个,HLA-DRB1等位基因14个.其中最常见的HLA-A等位基因为A＊11、A＊02、A＊24,基因频率分别为31.3%、29.4%、18.6%;HLA-B常见的等位基因为B＊40、B＊46、B＊15,基因频率分别为16.9%、13.7%、13.1%;HLA-DRB1常见的等位基因为DRB1＊09、DRB1＊12、DRB1＊04,基因频率分别为17.1%、13.8%、13.0%.结论 四川汉族人群HLA-A、-B、-DRB1基因具有显著多态性,大样本的DNA分型有助于HLA低频率基因的检出.     

741对非亲缘关系供、受者HLA高分辨基因分型结果分析

目的 研究造血干细胞捐献者资料库供、受者HLA-A、HLA-B、HLA-Cw、HLA-DRB1、HLA-DQB1位点等位基因高分辨全相合及不相合的概率.方法 采用基因测序分型(sequence based typing,SBT),序列特异性寡核苷酸探针(sequence-specific oligo nucleotide probes,SSOP),聚合酶链反应序列特异性引物(sequence-specific primers,SSP)对741对HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1低分辨全相合的无关供、受者进行HLA-A、HLA-B、HLA-Cw、HLA-DRB1、HLA-DQB1基因高分辨检测.结果 HLA-A、HLA-B、HLA-Cw、HLA-DRB1、HLA-DQB1基因位点高分辨分型供、受者全相合的概率为0.1916(142/741);1个等位基因不相合的概率为0.1930(143/741),不相合的位点频率次序为:HLA-A＞-Cw＞-DQB1＞-B＞-DRB1;2个等位基因不相合的概率为0.2362(175/741).其中仅在一个位点(loci)上的概率为0.0175(13/741),位于两个位点上的概率为0.2186(162/741),以A+Cw组合位点不相合的概率最高,其次以B+Cw和DRB1+DQB1组合位点次之.结论 对判断无关供、受者HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1低分辨全相合,而HLA-A、HLA-B、HLA-DRB1、HLA-Cw、HLA-DQBI高分辨基因分型全相合或部分相合的概率有重要参考价值,并且不仅能提高非亲缘造血干细胞移植的成功率,还有助于提高造血干细胞捐献者资料库数据的使用率.     

等位基因频率在鉴别模棱两可HLA基因型中的应用价值分析

本研究探讨采用等位基因频率直接鉴别模棱两可HLA基因型的应用价值。应用聚合酶链式反应（PCR）-测序分型方法（SBT）对658名汉族供者HLA-A、B、DRB1基因进行测序分型，并分别采用PCR-序列特异性引物法（SSP）和杂合性歧义引物分离法（HAPRs）对其中的模棱两可标本进行精确分型，进而利用等位基因频率计算真基因型的相对概率并与真实结果进行比对。结果表明：222个HLA-A，238个HLA-B和107个HLA-DRB1基因的模棱两可标本中，真基因型的相对概率高于95％的比例分别为99．5％（221／222）、95．8％（228／238）和97．7％（104／107）；与PCR—SSP和HAPRs分型结果相比，3个基因座的吻合率分别为100％（222／222）、99．6％（237／238）和99．1％（106／107），仅有B％3501／5501和DRB1＊1201／1504不同，其相对概率值分别为40．3％和2．1％。结论：在大规模供者HLA基因的PCR—SBT分型中，应用等位基因频率直接鉴别模棱两可基因型的方法不仅具有较高的准确率和可信度，而且更加经济、简便、快捷，但在移植前供、患者HLA基因的确认试验中必须慎重应用。     

3238名江苏汉族造血干细胞捐献者HLA-A、B、DRB1位点高分辨基因分型结果的研究

目的 分析中国江苏地区汉族人群造血干细胞捐献志愿者的HLA-A、B、DRB1位点在高分辨基因分型水平上的基因多态性弹倍型分布特征以及常见与罕见等位基因的分布.方法 大量应用基因序列分型技术和少量应用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针技术对中华造血干细胞捐献志愿者资料库江苏分库3238名无关供者的HLA-A、B、DRB1位点等位基因作高分辨分型.结果 HLA-A基因46个,HLA-B基因85个,HLA-DRB1基因51个.HLA-A位点频率最高的是A*11∶01(16.52％),HLA-B位点为B*13∶ 02(11.60％),HLA-DRB1位点为DRBl* 07∶01( 15.78％).单倍型频率最高是A* 30∶ 01-B* 13∶02-DRBl* 07∶01 (8.87％).HLA-A位点常见等位基因(CWD)种类有40种,在样本中的含量达到99.8％,HLA-B位点CWD则有77种(99.5％),HLA-DRB1位点的CWD有47种(99.8％),并发现少量在中国人群未报道的罕见基因.结论 本资料从高分辨水平反映了江苏地区汉族人群HLA的分布状况.对指导临床寻找HLA匹配的无关造血干细胞供者,HLA与疾病相关研究和我国人群群体遗传学研究等有重要意义.     

应用流式微珠高分辨分型方法对深圳汉族人群HLA基因频率的研究

目的 统计深圳地区汉族人群HLA-A,HLA-B和HLA-DRB1基因频率,分析该人群HLA等位基因多态性及其特点.方法 应用one Lambda公司的SSO分型试剂和Luminex流式微珠分析仪对457名健康、无血缘关系的深圳汉族人群标本进行高分辨分型检测.结果 共检出等位基因:A位点30个,B位点60个,DRB1位点39个.频率从高到低依次为A*1101(0.274 6),A*2402(0.154 3),A*3303(0.100 6);B*4001(0.141 1),B*4601(0.124 7),B*5801(0.084 2);DRB1*0901(0.138 9),DRB1*1202(0.106 1),DRB1*1501(0.097 3);基因型频率最高的分别为HLA-A*1101,2402(0.096 2);HLA-B* 4001,4601(0.037 3);HLA-DRB1*0901,1202(0.035 0).结论 深圳汉族人群HLA基因具有较为丰富的多态性,与国外不同人群比较,其基因频率分布既与亚洲人群有相似之处,又具有中国人群自身特点.     

应用完整外显子2/3序列解决HLA-DRB1座位基因分型的歧义结果

背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果.目的:通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果.方法:初次分型采用常规的测序方法检测320份样本的HLA-DRB1外显子2第一高变区以外的序列,测序反应设置codon86.后期采用一次性扩增外显子2/3,测序反应针对外显子2设置组特异性引物:DRB1*04/07/09为一组,其它基因家族为一组,设置conden86,对初次分型后为歧义结果的样本重新分型.结果与结论:初次分型有180份样本为歧义结果,占总样本数的56.25 %.其中A类为差异碱基位于测序范围之外,共114例;B类为等位基因对的杂合序列相同,共17例;C类为两种情况同时存在,有49例.3种类别的歧义等位基因数分别为119个、34个、98个,占等位基因总数的33.06%、9.44 %、27.22%.完整外显子2/3序列的测定使歧义结果比例从56.25%下降到14.37%,其中A类103例、B类8例、C类23例样本的等位基因得到确认.此次研究中发现了一个新等位基因,与跟它最相近的等位基因DRB1*110101相比,其外显子3的第381位碱基G>T,导致第98位氨基酸AAG(赖氨酸 Lys)>AAT(天冬酰氨 Asn).序列已提交Genbank,编号HM807583,2010-08被世界卫生组织HLA因子命名委员会命名为HLA-DRB1*1197(编号HWS10010999).提示,完整外显子2/3序列的测定能大幅降低歧义分型结果的比例.     

中华骨髓库云南分库HLA基因多态性分析

目的了解中国造血干细胞捐献者资料库云南省分库HLA-A、B、DRB1基因多态性,及等位基因频率特征。方法采用流式PCR-SSOP方法对来自中国造血干细胞捐献者资料库云南分库的1000名无血缘关系的捐献者进行基因分型,运用直接计数法计算HLA-A、B、DRB1基因频率,并与其他人群进行比较。结果在云南地区人群中共检出了68种HLA基因特异型。其中HLA-A位点18个,HLA-B位点37个,HLA-DR位点13个。A*02(37.31%)、A*11(34.96%)和A*24(21.13%)3个等位基因为云南分库捐献者HLA-A座位的主要等位基因;B*46(13.1%)、B*15/62(11.8%)和B*40/60(9.7%)3个等位基因为云南分库捐献者HLA-B座位的主要等位基因;HLA-DRB1座位以DRB1*12(20.06%)、DRB1*04(14.44%)、DRB1*09(13.51%)和DRB1*15(13.11%)4个等位基因频率为高。结论云南造血干细胞捐献者资料库人群的HLA基因多态性与南方汉族接近,也有其自身的一些特点。     

65例北方汉族患者HLA基因多态性与再生障碍性贫血的相关性研究

目的:探讨65例北方汉族患者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1基因多态性与再生障碍性贫血(aplastic anemia, AA)的相关性。方法:采用聚合酶链式反应联合序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide, PCR-SSO)为基础的分型技术,对65例AA患者样本及772例正常对照样本的HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1基因位点进行高分辨分型,通过χ2检验、连续校正χ2检验、双侧Fisher精确概率法和优势比(odds ratio, OR)分析HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1基因与AA的相关性。结果:AA病例组与正常对照组相比,HLA-B*1302(10%vs 4.21%)、HLA-B*3501(7.69%vs 3.89%)、HLA-DRB1*0701(10%vs 4.73%)、HLA-DRB1*0901(19.23%vs 7.58%)、HLA-DQB1*0202(9.23%vs 3.76%)基因频率显著升高(P0.05);卡方值分别为9.049、4.336、6.838、20.974、8.968,OR比分别为2.528、2.061、2.239、2.904、2.605,而HLA-A*3303(1.54%vs 6.93%)、HLA-DQB1*0302(1.54%vs 6.02%)基因频率显著减低(P0.05)。卡方值分别为5.726、4.505,OR比分别为0.210、0.244。结论:65例北方汉族患者中HLA-A、-B、-DRB1、-DQB1基因多态性与再生障碍性贫血发生相关,HLA-B*1302、HLA-B*3501、HLA-DRB1*0701、HLA-DRB1*0901、HLA-DQB1*0202可能为AA发生的易感基因,HLA-A*3303、HLA-DQB1*0302可能为AA的保护性基因。     

陕西籍汉族造血干细胞献血者HLA-A-、B-、DRB1高分辨多态性分析

目的调查中国陕西籍汉族人群HLA-A-、B-、DRB1高分辨等位基因多态性及其分布特点。方法采用PCR-SBT方法对随机抽取的518名陕西籍汉族人的HLA-A、-B-、DRB1基因作高分辨检测,并用最大似然性方法分析其分布频率。结果在518名中国陕西籍汉族个体中可观察到的高分辨等位基因HLA-A有32个,-B有42个、-DRB1有41个。HLA-A高频等位基因为HLA-A*02(28.38%),以0201、0206和0207最常见;HLA-A*11(21.04%),以1101最常见;HLA-A*24(14.86%),以2402最常见。HLA-B高频等位基因为HLA-B*15(15.06%),以1501、1511、1502最常见;HLA-B*40(13.9%),以4001、4006、4002最常见;HLA-B*13(10.91%),以1302最常见。HLA-DRB1高频等位基因为HLA-DRB1*15(16.70%),以1501最常见;HLA-DRB1*09(12.93%),全部为0901;HLA-DRB1*07(12.45%),全部为0701。HLA-A,-B,-DRB1基因观察到A-B、B-DRB1和A-B-DRB1单体型分别为518条、675条和2 375条,单体型分别占理论数的38.54%(518/1344)、39.20%(675/1 722)和4.31%(2 375/55 104)。HLA-A-B-DR单体型前5位是:A*3001-B*1302-DRB1*0701(4.51%)、A*0207-B*4601-DRB1*0901(1.81%)、A*3303-B*5801-DRB1*0301(1.25%)、A*1101-B*1502-DRB1*1202(1.23%)、A*0101-B*3701-DRB1*1001(1.15%),占全部3座位单体型频率的9.95%。结论陕西汉族基因频率分布符合北方群体特征,但也有其自身的特点。     

HLA PCR-SSP及SBT高分辨方法定型结果的对比研究

目的在HLA等位基因的高分辨鉴定中,对应用顺序特异性引物PCR扩增(PCR-SSP)和以测序为基础的分型技术(SBT)而出现模棱两可结果的标本进行分析,寻找出现模棱两可鉴定结果的主要原因,确保HLA高分辨配型的精确度。方法对78例UCLA(美国加利福尼亚大学洛杉矶分校)质控标本采用PCR-SSP和SBT方法进行HLA-A、B、DR位点高分辨定型,与UCLA结果相比较。结果采用PCR-SSP方法,有16例标本出现模棱两可定型结果,分布比例分别为HLA-A 7．7％,HLA-B 9．0％,HLA-DRB1 6．4％;采用SBT方法,有23例标本出现模棱两可定型结果,分布比例分别为HLA-A 7．6％,HLA-B 12．8％,HLA-DRB1 19．2％。结论HLA等位基因分型若使用单一技术,包括PCR-SSP及SBT方法,均会有相当比例的结果是模棱两可、不能确定的;若配合使用,则能大大提高定型能力和定型结果的精确度。     

中华骨髓库造血干细胞捐献志愿者HLA基因分型中模棱两可结果解决方案的探讨

目的 探讨中华骨髓库造血干细胞捐献志愿者HLA基因分型中模棱两可结果的解决方案。方法 采用聚合酶链式反应(PCR)-测序分型技术(SBT)对20621名中华骨髓库供者的HLA-A、B、DRB1基因进行高分辨分型，并对其中的模棱两可分型结果进行精确分型。根据精确分型后的HLA等位基因频率计算模棱两可结果中真基因型的相...     

Effectiveness and limitations of resolving HLA class I and class II by heterozygous ambiguity resolving primers (HARPs)—a modified technique of sequence-based typing (SBT)

ObjectivesThe aim was to evaluate the use of combination of SBT (sequence based typing) and HARP (heterozygous ambiguity resolving primer) in HLA typing to acquire high resolution typing results.Design and methods167 DNA samples were analyzed by SBT. The web site HARPs Finder provided by Conexio Genomics, the developer of HARPs (http://www.harpsfinder.conexio-genomics.com/index.html) was then used to search for appropriate HARPs.ResultsHARPs can resolve 95% of ambiguities for locus A; 86% for B and 60% for DRB1 locus. However, there are still limitations. Practically PCR products of un-separated alleles are used as templates for sequencing by HARP; sometimes, it is still impossible to get unambiguous typing.ConclusionsWe outlined the advantages and disadvantages of SBT/HARP. A list of HARPs for choice to resolve ambiguity of SBT in Taiwanese population is concluded.     

中国南方汉族人群HLA-A、B、DRB1基因的序列分析和单体型分布

目的分析中国南方汉族人群HLA-A、-B、-DRB1基因的序列多态性和单体型的分布情况。方法PCR-测序分型方法(sequence-based typing,SBT)对421名随机南方汉族个体的HLA-A、-B、-DRB1基因进行序列分析,进而采用最大似然性方法计算等位基因和单体型的分布频率。结果26个HLA-A等位基因中,频率>0.05的6种常见等位基因A*1101、A*2402、A*0207、A*0201、A*3303和A*0203的频率总和为78.15%;53个HLA-B等位基因中,频率>0.05的5种常见等位基因B*4001、B*4601、B*5801、B*1502和B*1301的频率总和为50.59%;36个HLA-DRB1等位基因中,频率>0.05的7种常见等位基因DRB1*0901、DRB1*1501、DRB1*1202、DRB1*0803、DRB1*1101、DRB1*0405和DRB1*0301的频率总和为60.21%。372条A-B、494条B-DRB1和1658条A-B-DRB1单体型中,分别有39、43和26条单体型,频率>0.005,其频率总和分别为66.07%、58.91%和34.30%,A*0207-B*4601、B*4601-DRB1*0901和A*0207-B*4601-DRB1*0901分别为其最主要单体型。结论获得了中国南方汉族人群HLA-A、-B、-DRB1基因的高分辨等位基因频率和单体型分布数据,进一步为人类学、法医学、移植配型和疾病相关研究提供了信息。     

PCR-SSO流式荧光微珠法HLA-A~＊02高分辨分型检测模棱两可结果的统计分析

背景：由于HLA的复杂多态性,实际分型过程中难免会出现一些结果判读模棱两可现象。目的：统计分析基于PCR-SSO流式荧光微珠HLA-A＊02高分辨分型方法的模棱两可组合结果种类、比例,探讨解决模棱两可解决方法,提高高分辨分型比例。方法：对河南骨髓库捐献者1100人份HLA分型结果进行统计分析,计数法进行分类统计分析软件给出的包含HLA-A＊02：01／02：09模棱两可组合代码,计算百分比;与确认为A＊02：09的基因多态性分布进行比对,找出与A＊02：09关联性较强的等位基因,用补充实验进行复核、确认,建立A＊02：01／02：09模棱两可组合的判读方法。结果与结论：1039例有效数据中包含A＊02：01／02：09模棱两可组合279例（279/1039,26.853%）,代码种类19种,检出比例较高的有DMDC,DYVK,GMDD,GMDE;34例确认为A＊0209的基因多态性统计显示A＊0209的出现与A＊11：01（0.1471）B＊07：02（0.2647）、DRB1＊01：01（0.2647）、DRB1＊03：01（0.1176）有较强关联,选出高风险标本38例,经检测外显子1～7,并用SBT复核确认有1例结果为A＊02：09（代码组合为GMDC）,其余241例未检出A＊02：09。提示A＊02：09的出现与B＊07：02、DRB1＊01：01、DRB1＊03：01有较强关联,重点对这些关联标本进行外显子1～7检测,可有效地检出A＊02：09。通过统计分析制定合理的判定规则和必要的复核实验可有效地简化操作程序,节省时间,降低费用,提高高分辨比例。     

广东汉族HLA-A、C、B、DRB1和DQB1基因的高分辨多态性及连锁不平衡分析

目的研究广东汉族人群的人类白细胞抗原(HLA)-A、C、B、DRB1和DQB1基因的高分辨多态性和等位基因间的连锁不平衡关系。方法PCR-测序分型方法(sequence-based typing,SBT)对144名随机广东汉族造血干细胞捐献者的HLA-A、C、B、DRB1和DQB1基因进行序列分析,并采用PyPop软件计算等位基因频率、单体型频率和连锁不平衡参数。结果发现1个新等位基因HLA-Cw*0340;HLA-Ⅰ类基因中,A、C、B基因座分别检出27、24和54个等位基因,其中频率>0.05常见等位基因包括A*1101、A*2402、A*0207、A*0201、A*3303、A*0203、Cw*0102、Cw*0702、Cw*0304、Cw*0801、Cw*0302、B*4601、B*4001、B*1301、B*5801和B*1502;HLA-Ⅱ类基因中,总共观察到30个DRB1和15个DQB1等位基因,频率>0.05的常见等位基因见于DRB1*0901、DRB1*0301、DRB1*1501、DRB1*1202、DRB1*0803、DRB1*1101、DRB1*1602,DQB1*0303、DQB1*0301、DQB1*0502、DQB1*0601、DQB1*0201、DQB1*0302和DQB1*0501;除A-DQB1最常见单体型为A*1101-DQB1*0301外,其它所有两座位单倍型以及A-C-B、A-B-DRB1和A-C-B-DRB1-DQB1扩展单体型的最常见型均由A*0207、Cw*0102、B*4601、DRB1*0901和DQB1*0303组合而成。任意2个HLA基因间均具有强的连锁不平衡,而21.99%—31.63%的有价值连锁不平衡单倍型具有统计学意义(χ2>3.84,P<0.05),其中频率≥0.01的有156条。结论获得了广东汉族人群HLA-A、B、C、DRB1和DQB1基因的等位基因和单体型多态性及连锁不平衡分析数据,为HLA基因的相关研究和应用提供了更加详细的参考资料。     

The analysis of detection rate of ambiguity of loci under HLA-typing by SSO technology

The article deals with the results of HLA-typing of 1829 patients on loci HLA-A, HLA-B, HLA-DRB1 using kits of LABType SSO reagents (One Lambada, USA). The indicators of each locus ambiguity are determined: locus HLA-A - 4.43%, locus HLA-B--4.43%, locus HLA-DRB1--0.16%. The list of "rare" alleles was applied to analyze 13 types of determined ambiguities on locus HLA-A, 27 types on locus HLA-B, 3 types on locus HLA-DRB1.