CNV-seq与染色体核型分析在产前诊断中联合应用的价值

目的 分析基于二代测序技术的基因组拷贝数变异测序(CNV-Seq)与染色体核型分析在产前诊断中的价值,为临床咨询提供更多信息。方法 选取2019年2月至2021年12月在贵港市妇幼保健院就诊具有产前诊断指征的孕妇1 155例为研究对象,标本类型为羊水或脐带血,所有标本均行染色体核型分析和CNV-seq检测。结果 1 155例标本中,染色体核型分析检出异常97例,异常检出率为8.39%。其中数目异常63例,结构异常25例,染色体嵌合体9例。CNV-seq检出染色体拷贝数变异112例,异常检出率为9.69%,其中非整倍体63例,已知致病变异30例,疑似致病变异16例,嵌合体3例。结论 CNV-seq检测与染色体核型分析联合应用可以提高染色体遗传病的检出率,为孕妇的妊娠选择提供较好的遗传学依据,避免遗传病患儿的出生,提高出生人口素质。     

染色体18p部分缺失综合征导致发育迟缓的临床及遗传学分析

目的分析1例发育迟缓患儿的遗传学原因,探讨其染色体DNA拷贝数变异与表型的相关性。方法发育迟缓患儿1例,应用常规G显带核型分析患儿及其父母的染色体核型,应用微阵列比较基因组杂交技术分析患儿及其父母DNA拷贝数变异,并对核型分析结果进行精确定位。结果常规G显带核型分析示该患儿父母染色体核型正常,患儿为46,XX,del(18)(p11.2);微阵列比较基因组分析示患儿父母基因芯片检测结果正常,患儿18号染色体部分缺失,缺失区域为18p11.32-p11.21,片段大小为11.49 Mb。结论微阵列比较基因组杂交技术分辨率和准确性高,可对染色体微变异进行精确定位;18号染色体短臂部分缺失可能与患儿发育迟缓有关。     

儿童急性髓系白血病基因拷贝数变异的临床研究

目的:研究儿童急性髓系白血病(AML)中基因拷贝数变异的发生率及其与临床特征及预后的相关性。方法:回顾性分析130例AML患儿临床资料,包括临床特征、FAB分型及细胞遗传学改变等。收集130例AML患儿和38例健康志愿儿童的骨髓或外周血,常规提取基因组DNA。应用多重连接探针扩增法(MLPA)检测多个基因拷贝数变异的情况。利用SPSS16.0软件进行统计学分析。结果:在130例患儿中,超过10%的拷贝数变异涉及的染色体区段为2p24.3(MYCN)、10q23(PTEN)和13q14(RB1,MIR15A,DLEU);在49例(37.7%)患者中检测到基因探针的扩增和缺失,涉及改变的基因探针个数的中位数为4个。TP53探针发生缺失/扩增的患儿复发率高。各探针发生缺失/扩增对EFS、DFS及OS均无影响。12%的患儿存在基因组异常,用常规染色体核型的方法不能检出。结论:MLPA技术可作为染色体核型检测的补充。TP53拷贝数异常的儿童AML患者易发生复发。     

SNP芯片检测MDS临床应用进展

细胞遗传学异常对骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome,MDS)相关性血液病的预后、治疗有着独立的指导价值,受到临床的广泛关注。同时,细胞遗传学分析也是阐明MDS分子发病机理的重要一环。传统的染色体核型分析中[中期细胞遗传核型分析(MC)和原位免疫荧光杂交(FISH)技术]虽能对MDS患者染色体异常进行一定程度的检测,但由于其检测分辨率低、依赖于中期分裂细胞或只能进行特定位点检测,降低了检出的阳性率;比较基因组杂交芯片(aCGH)虽然弥补了传统技术的不足,但只能对全基因组染色体的拷贝数变异(CNV)进行检测。单核苷酸多态性芯片(SNP-A)则可对MDS患者的拷贝数变异(CNV)和单亲二倍体(UPD)进行全基因组高通量检测,这些SNP-A检出的隐匿性变异对MDS发病机制的阐明和临床预后分层有独立的指导意义。基于SNP-A的检测原理和特点,本文从SNP-A检测MDS的特点、隐匿性变异与MDS致病基因的关联、与MDS临床表型的关联、对MDS临床预后的指导和分层以及SNP-A临床检测的自身对照几个方面,系统阐述现阶段SNP-A在MDS相关血液病检测中的临床应用进展     

软组织肿瘤的比较基因组杂交研究进展

比较基因组杂交(comparative genomic hybridization,CGH)是1992年建立起来的重大分子细胞遗传学分析技术,它在对整个基因组DNA拷贝数变异的检测方面是一种有效的方法。通过CGH检测,可找出染色体DNA拷贝数的变异特点,即基因拷贝数的扩增或丢失,从而确定相关的癌基因和抑癌基因所在的区域,为探讨肿瘤的发病机制提供依据。在过去的十几年中,用CGH对各种软组织肿瘤进行研究,已探测到了各种各样的有不同程度特异性的基因组的不平衡性,不仅开辟了探测各种癌症相关基因的新途径,并且找到了一些与临床相关的基因改变,可用于肿瘤的发生、发展、鉴别诊断、预后以及治疗等研究。     

array-CGH在产前诊断染色体疾病中的应用

摘要: 微阵列比较基因组杂交技术（array-based comparative genomic hybridization, array-CGH）结合了比较基因组杂交技术（CGH）、微阵列芯片技术（micro-array）的优势,在分子遗传学中广泛应用于全基因组水平的拷贝数分析。array-CGH 在产前诊断染色体疾病中的应用相比于传统的细胞遗传学核型分析技术以及荧光原位杂交技术（FISH）、多重荧光定量PCR（QF-PCR）、多重连接探针扩增技术（MLPA）等分子遗传学技术具有高通量、高分辨、高灵敏度、操作自动化等优势;能够检测出相当一部分常规核型分析技术不易发现的染色体微缺失和微重复综合征,以及亚端粒或者其他不平衡的染色体重排。目前用array-CGH进行全基因组扫描进行产前诊断,判断和评估所检出的拷贝数变异（CNVs）的临床意义有一定难度。对不同位点CNVs出现频率及临床意义研究可能会是近期研究热点之一。     

染色体核型分析与单核苷酸多态性微阵列芯片技术在新生儿畸形遗传学诊断中的应用价值

目的 探讨染色体核型分析与单核苷酸多态性微阵列芯片(SNP-array)技术检测全基因组DNA拷贝数变异在新生儿畸形遗传学诊断中的应用价值.方法 选取2018年10月至2020年1月沈阳第四人民医院收治的畸形新生儿361例进行回顾性分析,收集全部畸形新生儿外周血,进行SNP-array技术检测,并对异常结果进行验证.结...     

染色体微缺失检测准确性评价

目的 使用染色体拷贝数变异检测国家参考品,评价基于高通量测序技术的染色体微缺失检测准确性。方法 使用不同高通量测序平台的染色体拷贝数检测试剂盒,检测国家参考品中的染色体微缺失综合征样本。先将国家参考品进行DNA片段化和接头连接等步骤构建文库,并进行文库纯化。对纯化的文库进行质量控制后,使用不同型号的基因测序仪进行检测。然后使用试剂盒的生物信息分析软件分析获得的测序数据,得到样本的染色体拷贝数的检测结果。结果 不同试剂盒对染色体微缺失综合征样本的结果均能检出标注的染色体拷贝数变异类型,而且试剂盒和对照方法的变异区域的交叠区域均不低于对照方法的变异区域的80%。结论 经评估,不同测序平台的染色体拷贝数检测试剂盒能够检出染色体微缺失的染色体拷贝数变异类型,而且检测的交叠区域均在在变异区域的规定范围内,能够满足染色体微缺失检测准确性的要求。     

全基因组拷贝数测序在颈项透明层增厚胎儿遗传学检查中的应用价值

目的探讨全基因组拷贝数测序(CNV-seq)技术在颈项透明层(NT)增厚胎儿遗传学检查中的应用价值。方法选取早孕期超声筛查显示胎儿NT≥3.0 mm的孕妇110例,收集胎儿绒毛或羊水样本,进行染色体核型分析及CNV-seq检测,结合基因组拷贝数变异(CNV)国际数据库(ClinGen、ClinVar、DECIPHER、OMIM、UCSC)、正常人基因组变异数据库(DGV)及PubMed数据库等公共数据库中的数据,对检出的CNV的致病性进行分析。结果 110例胎儿NT增厚的孕妇样本中,检出染色体核型异常26例(23.6%),其中25例为染色体非整倍体异常、1例为嵌合额外小标记染色体(sSMC)异常(嵌合比例为20%)。CNV-seq检出全部26例染色体数目异常及10例染色体微缺失/重复。CNV-seq检出的10例微缺失/重复样本中,有3例为可疑致病变异、7例为临床意义未明变异,明确定位染色体核型分析发现的1例胎儿携带的标记染色体来源于12 p13.33-p11.1(34.66 Mb,嵌合比例为20%)。结论 CNV-seq可在检测染色体非整倍体的同时检测微小变异,并能界定标记染色体的来源及片段大小,有利于提高对NT增厚胎儿遗传病因的诊断效率。     

应用微阵列比较基因组杂交技术检测乳腺癌患者共有拷贝数变异的初步研究

目的 探讨乳腺癌患者基因组中共有的拷贝数变异与乳腺癌发生发展的关系,为乳腺癌的预防、治疗和预后提供基本依据. 方法 使用微阵列比较基因组杂交技术检测样本基因组DNA的拷贝数变异.将得到的拷贝数变异在人类基因组变异数据库和孟德尔遗传数据库进行变异分析,寻找样本共有的拷贝数变异并分析其与乳腺癌的关系.结果 发现1q21、8p11、8p12、8q11、14q32、14q32.33(其中包含2个片段),20q13和22q11共9个共有拷贝数变异,其中4个拷贝数变异通过人类基因组变异数据库证实为正常多态性拷贝数变异.有5个拷贝数变异在人类基因组变异数据库中不存在相似片段并且在孟德尔遗传数据库中有致病基因,包括4个扩增片段和1个缺失片段. 结论 1q21.1q42.2、8q21.12q23.3和20q13.2q13.31 3个片段的扩增及8p12p11.23的缺失与乳腺癌的发生和发展有一定联系,但8q11.22q11.23的扩增与乳腺癌的发生、发展的相关性尚有待于进一步验证.     

全基因组低覆盖度测序结合传统细胞遗传学核型分析在罕见遗传病诊断中的应用

目的对1例NT增厚的彩超异常胎儿进行遗传学分析及诊断,探讨多种检测方法的联合应用在遗传病检测中的实际意义。方法采用全基因组低覆盖度测序(WGS)法检测胎儿染色体非整倍体及100kb以上的拷贝数微缺失/微重复,同时用常规G显带法对羊水行胎儿脱落细胞染色体核型分析。结果 WGS显示胎儿4q末端存在34.16Mb的重复合并18q末端存在19.97 Mb的缺失,经结合G显带核型分析最终确定该胎儿核型为46,XN,der(18)t(4;18)(q32.1;q21.3)。结论应用WGS结合染色体G显带核型分析技术,确诊了1例4q部分三体合并18q部分单体衍生的不平衡重排染色体的彩超异常胎儿,证明合理运用细胞遗传学和分子遗传学检测方法有助于对染色体异常的遗传学变异病例进行明确诊断。     

染色体11q中间缺失致发育迟缓1例遗传学分析

目的探讨1例11号染色体长臂新发中间缺失患儿的临床表型和相关遗传学病因。方法 1例中度发育迟缓患儿,采用染色体核型分析G显带技术分析患儿及其父母的染色体核型,提取患儿及其父母全基因组DNA,采用染色体微阵列分析技术分析患儿及其父母的全基因组DNA拷贝数变异;查阅Decipher、OMIM、DGV等数据库,分析其遗传学检查结果。结果该例患儿父母外周血染色体核型分析和染色体微阵列分析结果均未见异常,患儿核型分析结果为46,XY,del(11)(q13.5q21),染色体微阵列分析结果为arr[hg19]11q13.5q21(76752340_93065447)×1,缺失片段大小为16.313Mb;查阅数据库未发现该缺失片段。结论该患儿11号染色体长臂中间缺失为新发缺失,可能与患儿中度发育迟缓的临床表型相关,从而导致其发育受限。     

X染色体倾斜失活人胚胎干细胞的拷贝数变异

背景：倾斜性与随机X染色体失活的人胚胎干细胞拷贝数变异是否存在差异不清楚。目的：在全基因组水平分析倾斜性X染色体失活的人胚胎干细胞的拷贝数变异情况,分析其涵盖基因及其对细胞功能产生的影响。方法：3株倾斜性X染色体失活细胞为研究组,两株随机X染色体失活细胞为对照组。运用美国Affymetrix公司Cytogenetics Whole-Genome2.7M芯片对其进行全基因组拷贝数变异分析,数据经ChAS软件、OMIM等工具分析,在3株倾斜性X染色体失活细胞中寻找相同拷贝数变异区域及其涵盖基因。结果与结论：①研究组中大于50kb的拷贝数变异数均超过130个,高于对照组的平均36个,两组中拷贝数变异改变均以重复为主（〉70%）。②研究组中共发现9个共同拷贝数变异区域,分布于1q22、1p34.1、6q16.3、7q31.32、11q13.1、16q12.2、19p13.12、Xp22.33及Xq26.2,均为3个拷贝的重复,总共涵盖19个基因。对照组中这些区域及基因均为正常2个拷贝。③拷贝数变异涵盖基因多与DNA及核苷酸结合等功能相关,Xq26.2区域的GPC3基因突变与倾斜性X染色体失活可能有关联。结果表明倾斜性X染色体失活细胞相对随机失活细胞具有更多的微小基因组改变,拷贝数变异涵盖的重要基因可能对人胚胎干细胞功能产生不利影响。     

一种改良拷贝数变异检测技术在自然流产遗传学检测中的应用

目的探讨一种高通量多重基因拷贝数检测技术(CNVplex)在孕早期自然流产遗传学检测中的临床应用价值。方法收集196例孕早期自然流产组织,清除蜕膜后绒毛组织每份分为2个组,一组采用染色体核型分析技术检测,另一组提取DNA采用CNVplex进行检测,比较2种方法的检测结果。结果 196例孕早期流产绒毛中,细胞培养成功175例(成功率为89.29%),染色体核型分析检出异常染色体核型98例(异常检出率为56%),包括染色体数目异常96例、结构异常2例;CNVplex检测成功194例(成功率为98.98%),检出拷贝数异常115例(异常检出率为59.29%),包括染色体整条拷贝数异常107例、染色体部分片段拷贝数异常8例。在染色体核型分析失败的21例样本中,CNVplex共检出染色体拷贝数异常16例。在175例2种方法都检测成功的样本中有10例结果不符,其中染色体核型分析检出的2例多倍体、2例嵌合体以及1例易位型22三体CNVplex未能检出;其余5例CNVplex结果显示为染色体部分片段拷贝数异常,而染色体核型结果为正常或不明确,该5例样本均采用随访夫妻染色体检测和荧光原位杂交(FISH)验证。结论 CNVplex的检测成功率高,能有效检出染色体小片段拷贝数异常,适用于孕早期自然流产遗传学快速检测,是传统染色体核型分析技术的有益补充。     

利用微阵列比较基因组杂交技术检测多发性骨髓瘤的遗传学异常

目的:利用微阵列比较基因组杂交技术分析初诊多发性骨髓瘤(MM)患者的遗传学异常,探讨其在MM遗传学异常检测中的应用价值。方法:对20例初发MM患者,利用CytoScan 750K芯片对其骨髓细胞进行全基因组拷贝数变异分析;另外通过骨髓细胞染色体核型分析及利用多个荧光探针(D13S319、RB1、p53、1q21、IgH、IgH/CCND1、IgH/FGFR3、IgH/MAF、IgH/MAFB)FISH检测骨髓细胞的染色体异常。结果:20例MM患者中,染色体核型异常者3例(15%);FISH检测染色体异常13例(65%),而芯片检出18例(90%)患者具有染色体拷贝数异常(CNV),包括拷贝数增加(106个)、拷贝数缺失(156个)以及单亲二倍体(23个),除了5号、9号、18号、21号以及Y染色体未发现CNV外,其余染色体上均包含不同数量的拷贝数增加和/或缺失。FISH和芯片检测比较显示,13号染色体缺失(D13S319、RB1)发生率分别为35%(7/20)和40%(8/20);1q21扩增分别为40%(8/20)和50%(10/20);P53缺失均为15%(3/20);FISH检出IgH重排阳性8例,芯片检出4例11q13(CCND1基因)扩增,3例16q23(MAF基因)扩增,1例4p16(FGFR3基因)扩增,2例20q12(MAFB基因)扩增。另外,芯片还可以发现了新的如7号、8号、12号、X等染色体异常。结论:半数以上MM患者都存在染色体改变,而且大部分均为复杂异常,利用微阵列芯片可以提高染色体异常的检出率,为MM预后判断提供更多的分子遗传学信息。     

联合应用3种技术对复发性流产组织进行细胞遗传学分析

目的评估荧光原位杂交(FISH)检测、染色体核型分析联合染色体拷贝数变异检测在复发性流产组织检测中的应用价值。方法采用FISH检测、染色体核型分析和染色体拷贝数变异检测对220例复发性流产组织进行检测,计算染色体异常结果。结果 FISH检测成功率为100.0%(220/220),染色体异常率35.9%(79/220);仅28.2%(62/220)的流产组织能进行细胞培养,培养成功率为91.9%(57/62),染色体核型分析成功率为77.5%(48/62);染色体拷贝数变异检测成功率为90.6%(29/32),染色体异常率为48.3%(14/29)。结论 FISH检测仍然是复发性流产组织合适的检测手段,染色体核型分析并不适合流产组织的大规模检测,染色体拷贝数变异检测作为补充检测手段,能够提高流产组织染色体异常的检出率。     

1例完全性腺发育不良患者的分子遗传学研究

目的对1例完全性腺发育不良患者进行分子遗传学研究并寻找致病原因。方法对患者的SRY(sex-determining re-gion Y)基因进行PCR和荧光原位杂交检测并进行DHH(desert hedgehog)基因测序,对患者进行全基因组的拷贝数变异检测。结果 DHH和SRY基因无突变。SRY基因所在位置正常。全基因组的拷贝数检测在12q13.12上有250 kb的拷贝数重复,覆盖TUBA1A,TUBA1B,LMBR1L,DHH,RHEBL1,MLL2,PRKAG1和DDN 8个基因。与父母双亲的基因组比对,该片段的拷贝数重复是新发生的。结论该患者DHH基因拷贝数重复可能是完全性腺发育不良的原因。     

细胞重编程前后基因组的动态稳定性

背景：研究表明,人类早代诱导多能性干细胞发生拷贝数变异多于晚代、体细胞及人类胚胎干细胞。目的：分析重编程过程是否危及基因组稳定性,进一步探讨诱导多能性干细胞建系的有效性。 方法：利用高分辨率的Affymetrix Cytoscan HD芯片检测遗传性癫痫先证者的体细胞及早代诱导多能性干细胞,分析重编程后基因组拷贝数变异及杂合性缺失的变化。 结果与结论：与遗传性癫痫患者体细胞相比,其早代诱导多能性干细胞的杂合性缺失未发现明显差异,而存在更多的拷贝数变异,且均为微重复,涉及致癌基因。结果证明重编程过程中基因组稳定性动态变化,需要动态监测诱导多能性干细胞保证其基因组稳定性及临床安全性。     

父源性t(8;22)导致胎儿8p部分单体及22q部分三体1例

<正>自然流产是指妊娠不到28周、胎儿体质量不足1 000 g而妊娠自行终止^[1]。连续发生2次及2次以上的自然流产,临床上定义为复发性流产。自然流产病因复杂,包括胚胎因素、母体因素、环境因素和免疫功能异常等。其中,50%～60%的自然流产与胚胎染色体异常相关,主要包括染色体数目异常、染色体结构异常、拷贝数变异(CNVs)和嵌合体等^[2-3]。单核苷酸多态性微阵列(SNP array)检测技术能够在全基因组范围内检测染色体CNVs,     

小于胎龄且不伴结构异常胎儿染色体异常的研究

目的探讨小于胎龄且不伴结构异常胎儿与染色体和亚显微染色体异常的相关性及其临床结局。方法收集小于胎龄且不伴结构异常胎儿的染色体和亚显微染色体结果,染色体和亚显微染色体的检测方法包括染色体核型检查和染色体微阵列分析。所有病例依照是否合并母体因素、小于胎龄儿(SGA)出现孕周(32周前为早期发生、32周后为晚期发生)、合并羊水过少、脐动脉血流频谱进行分析。结果共纳入128例SGA病例,其中合并染色体核型异常6例,染色体倒位2例,致病性拷贝数变异4例,染色体核型异常和致病性拷贝数变异的检出率是7.8%(10/128)。早期发生SGA 71例,晚期发生SGA 57例。早期发生的SGA其染色体核型异常和致病性拷贝数变异的检出率较晚期发生的SGA高(P <0.05)。与晚期发生的SGA比较,早期发生的SGA母亲羊水过少及脐动脉血流频谱异常的发生率较高、分娩较早,其新生儿存活率及出生体质量也较低(P均<0.05)。合并羊水过少SGA的染色体核型异常和致病性拷贝数变异的发生率高于未合并羊水过少SGA(P <0.05)。脐动脉血流频谱正常SGA与染色体和致病性拷贝数变异的发生率与脐动脉血...