奇异变形杆菌的脉冲场凝胶电泳分型研究

[目的]了解2006年度深圳市南山区疑似食物中毒分离的奇异变形杆菌菌株的脉冲场凝胶电泳(PFGE)基因型,探讨奇异变形杆菌的分布、流行及变异情况.[方法]奇异变形杆菌单个菌落增菌后定量,制备琼脂糖菌体包埋胶块,蛋白酶K等消化处理,限制性内切酶SfiI酶切,制备琼脂糖凝胶,脉冲场凝胶电泳获取菌株指纹图谱,图谱条带进行分子量标化,用统计软件进行聚类分析.[结果]以80%相似度为标准,39株奇异变形杆菌被分成24个不同的PFGE基因型,同起疑似食物中毒菌株基因型相似度高,不同起疑似食物中毒菌株基因型有交叉但存在较大差异.[结论]PFGE基因分型技术在确定菌株之间的分子流行病学关系方面是一种有效、稳定的方法,疑似食物中毒样品中分离到的奇异变形杆菌PFGE基因型别呈现多样性,同起食物中毒部分菌株存在着不同程度的亲缘关系,不同起间存在差异.     

水产品中副溶血性弧菌脉冲场凝胶电泳分型

目的 采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对水产品中副溶血性弧菌进行分子分型。方法 采用PFGE技术,对80株分离自11个国家和中国浙江省和山东省的水产品中的副溶血性弧菌进行分子分型;基因组DNA用Not I和Sfi I 2种酶进行消化。结果 Not I和Sfi I 2种内切酶均得到68种带型,综合系统树图中分成70种带型;Not I和Sfi I的分辨率分别为78.8%和76.3%;14株来自加拿大的菌株分聚成相似度100%的4组,其中有4株菌和10株菌分别聚成相似度91.8%和93.3%的2组;挪威和新西兰分别有3株和2株菌相似度为100%;其他国家的菌株无与本国相同的菌株。结论 2种酶均适合于副溶血性弧菌的PFGE分型,Not I的效果略好于Sfi I;菌株间的亲缘关系与来源地无明显关联,但具有毒性基因的菌株更易在系统发育树上处于较近的分枝上。     

用脉冲场凝胶电泳方法对O139霍乱弧菌分型的研究

目的：利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术探讨O139群霍乱弧菌的分子分型方法。方法：用SfiⅠ酶和NotⅠ酶切O139群霍乱弧菌染色体DNA，经脉冲场凝胶电泳进行片段分离。结果：14株O139群霍乱弧菌经SfiⅠ酶切后电泳分离可得一个PFGE型，用NotⅠ酶切电泳可分为2个PFGE型。结论：脉冲场凝胶电泳技术分析O139群霍乱弧菌，分型发现微小差别有助于分析追踪疫情和来源。     

PFGE技术对一起副溶血性弧菌引起食物中毒的同源性研究

目的:了解一起食物中毒事件中副溶血性弧菌(VP)分离株的同源性。方法:按国标方法进行VP的分离与鉴定;对分离出的VP做血清分型及tdh、trh毒力基因检测;用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行基因分型。结果:从10例患者肛拭子和1份砧板涂抹物中分离到的11株VP,血清型均为O3:K6,tdh毒力基因均为阳性,PFGE分型图谱也完全相同。结论:这是一起因VP污染了食品加工环节而导致的食物中毒事件。     

四川省B群脑膜炎奈瑟菌脉冲场凝胶电泳分型分析

[目的]对四川省B群脑膜炎奈瑟菌分离菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,了解四川省B群脑膜炎奈瑟菌菌株的分子流行病学特征.[方法]对健康人群和流行性脑脊髓膜炎病例密切接触者分离的55株B群脑膜炎奈瑟菌使用限制性内切酶NheI酶切、脉冲场凝胶电泳,电泳结果用BioNumerics软件进行聚类分析.[结果]55株B群脑膜炎奈瑟菌共分为33种PFGE型,呈现高度的多态性.其中健康带菌者的45株菌分为24个型,带型分布在年份和地区上没有关联,但局部地区的菌株呈现出PFGE型别一致的特征;10株病例的密切接触者分离的菌株分为9个型,无优势型别.[结论]四川省B群脑膜炎奈瑟菌菌株具有高度的遗传多样性,但在局部地区菜一时间段存在优势的PFGE型别的B群脑膜炎奈瑟菌菌株.     

沙门菌血清及脉冲场凝胶电泳分型

目的 分析吉林省食品中分离的沙门菌血清型和脉冲场凝胶电泳(PFGE)型别,探讨吉林省食品中沙门菌污染的同源性。方法 于2011年3月-2012年4月,对从市售生鸡肉和中式凉拌菜中分离出的28株沙门菌进行血清学和PFGE分子分型,采用BioNumerics version 6.0软件分析比较同源性。结果 28株沙门菌血清型分别为15株肠炎沙门菌、4株印弟安纳沙门菌、2株猪伤寒沙门菌、2株亚利桑那菌和5株血清未定型沙门菌;PFGE结果主要分为4个大群,其中1群包括14株,相似度为87.3%~100%;2群包括7株,分为2个亚群,2A亚群包括6株,相似度为91.9%~100%,2B亚群1株,相似度为73.6%; 3群包括3株,相似度为88.9%~100%;4群包括4株,分为2个亚群,4A亚群包括3株,相似度为84.6%~94.7%,4B亚群1株,相似度为72.7%。结论 吉林省食品中沙门菌血清型以肠炎沙门菌为主;PFGE结果显示相同血清型别菌株具有高度同源性。     

脉冲场凝胶电泳对一起肠炎沙门菌食物中毒的分型研究

目的通过实验室检测分析,查明一起疑似群体食物中毒原因。方法采集样品19份(食物7份、病人肛拭子12份),按国家有关标准进行病原分离鉴定,用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对分离的菌株进行同源性分析。结果 19份样本均检出肠炎沙门菌,其生化、血清学试验结果均一致。结论根据病人临床症状、现场流行病学和卫生学调查及实验室检测结果,证实是一起由肠炎沙门菌污染食物引起的中毒。     

脉冲场凝胶电泳技术在食物中毒分子流行病学调查中的应用

目的 探讨一种快速准确的分析由细菌引发的食物中毒的分子流行病调查方法,有效地追踪溯源和控制传染源.方法 用脉冲场凝胶电泳(PFGE)的方法对一起食物中毒分离的12株奇异变形杆菌进行分型.结果 这起暴发事件的PFGE试验结果显示,同起事件的DNA带完全一致. 结论 PFGE具有分型力强、重复性高等特点,能直观地判断分离菌的亲缘关系,及时查明暴发流行的传染源,从而有效地控制疫情的蔓延,PFGE可以作为暴发流行中对细菌进行鉴定的分析技术.     

伤寒沙门菌的脉冲场凝胶电泳分型方法研究

目的：运用脉冲场凝胶电泳研究宁波市伤寒沙门菌的分子流行病学。方法：选择XbaⅠ酶对伤寒沙门菌染色体DNA进行酶切，采用脉冲场凝胶电泳技术分析电泳酶切指纹图谱，了解其流行状况。结果：14株伤寒沙门菌，根据电泳图谱分析，可分为3个带型。结论：PFGE具有分辨力高，重复性好的特点，是研究伤寒沙门菌分子流行病学较好的基因分型方法。     

脉冲场凝胶电泳技术对一起肠炎沙门菌疫情分子生物学分析

目的用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对一起肠炎沙门菌暴发疫情进行病原菌分子特征、菌株之间的遗传相关性分析。方法对分离到的菌株进行PFGE分析,对菌株进行分子分型,以BioNumericsV4.0软件UPGMA方法进行聚类分析。结果食物中毒分离4株肠炎沙门菌以XbaI酶切后PFGE可分为同一型别。结论该次食物中毒的暴发为同一型肠炎沙门菌引起,可能有共同的传染来源。     

脉冲场凝胶电泳技术对成都市两起细菌性痢疾暴发的分型研究

目的 运用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)和聚合酶链反应(PCR)技术对成都市两起细菌性痢疾暴发分离株进行分析.方法 利用PCR检测志贺菌分离株ipaH基因和ial基因.用PFGE对菌株进行分型,所得结果用BioNumeries V 4.0软件UPGMA方法进行聚类分析.结果 所试54株分离菌ipaH基因均为阳性,48株为ial阳性.以Xba Ⅰ酶切后PFGE分型,崇州可分为4个带型,有26株型别一致,占实验菌株(36株)的72%,为优势菌株.自凉拌白肉中分离的菌株带型与优势菌株相同.大邑县可分为8个带型,有10株型别一致,占实验菌株(18株)的56%.崇州和大邑县的优势菌株带型差异较大.结论 利用PFGE能够有效地鉴别细菌性痢疾的暴发和传播来源.     

猪链球菌脉冲场凝胶电泳分析方法的建立

目的 建立一种可共享的猪链球菌脉冲场凝胶电泳分析(PFGE)方法.方法 利用PulseNet技术优化猪链球菌PFGE分子分型方法,提出新的分析方案,包括胶块的制备、内切酶的选择、电泳条件等.利用DNAStar的Mapdraw软件对猪链球菌基因组序列进行分析,发现在242种内切酶中,Swa Ⅰ、Sma Ⅰ、Apa Ⅰ种酶比较适合.结果 通过对34个血清型共100株菌的分析,发现使用Swa Ⅰ可获得59种带型,使用Sma Ⅰ可获得53种带型,使用Apa Ⅰ可获得43种带型.其中以Swa Ⅰ的分辨率最好.结论 提出猪链球菌的Swa Ⅰ PFGE分析方法,并对条件进行优化,较原方法所需时间短、图像清晰,更具有可重复性,基本具备推广的条件.     

中国嗜肺军团菌分离株脉冲场凝胶电泳分型分析以及数据库的建立

目的 对分离的262株嗜肺军团菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,初步建立中国嗜肺军团菌的PFGE分型数据库.方法 采用PFGE技术,对2004-2009年中国11个省(市)分离的嗜肺军团菌用AscⅠ酶切,BioNumerics软件分析PFGE图谱,并建立分子分型数据库.结果 262株嗜肺军团菌的PFGE图谱共分为108种不同的PFGE带型,相似性系数在16%～100%之间,通过聚类分析,可以分为差异明显的不同簇.不同省份、年份和血清型的菌株之间有交叉带型.结论 中国环境分离的嗜肺军团菌菌株基因组变异较大,同时也具有克隆化特征,且可能有多个克隆系存在.

Abstract：

Objective To analyze the molecular types of Legionella (L.) pneumophila strains isolated in China,and to develop the PulseNet-China Database of L.pneumophila.Methods Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was used to analyze 262 L.pneumophila strains collected from 11 provinces between 2004 and 2009 in China.Different kinds of genomic DNA in different L.pneumophila strains were isolated and separated after digesting with Asc Ⅰ.BioNumerics software was used to analysis the PFGE fingerprints.Results L.pneumophila strains isolated in China were quite different regarding their PFGE patterns.There were 108 PFGE types among the 262 strains tested in this study.The similarity value of these strains was in the range of 16%-100% and the same types were discovered in different provinces and years.Conclusion L.pneumophila strains isolated in China were with high genetic variations.There might be different clones existed in China.The development of PulseNet China Database was thus of great significance in monitoring the L.pneumophila strains in the future.     

江苏省食品中沙门菌的监测及其脉冲场凝胶电泳分型研究

目的:建立脉冲场凝胶电泳(PFGE)细菌分型方法,研究我省不同地区、不同种类食品中分离的沙门菌菌株间的同源关系。方法:对2008年从不同地区不同种类食品中分离出的21株沙门菌进行PFGE分子分型,所得结果用BioNumerics软件进行分析。结果:分离的沙门菌存在多种PFGE型别,扬州的生猪肉中分离的沙门菌存在一定的同源关系,2号、3号与4号菌株有88%同源。但无论是同一地区还是同种食品,都没有发现完全相同的PFGE分子型。结论:与其他分型方法相比,PFGE是一种具有高分辨率,高稳定性和高重复性的全新的细菌分子分型方法。在食品安全事件的处理中,它将成为通过细菌分子分型追踪传染源的快速有效方法。     

应用脉冲凝胶电泳分析粪肠球菌基因的方法研究

[目的 ]　对 12株粪肠球菌的DNA分子进行基因分析。　 [方法 ]　用SmaI作为内切酶 ,将粪肠球菌的DNA分子切割成若干片段 ,用Amersham pharmaciabiotech公司生产的GENENAVIGATOR —脉冲凝胶电泳系统将这些片段以垂直泳道的形式分离开来。　 [结果 ]　经分析比较 ,这 12株粪肠球菌经SmaI切割后的DNA片段排列均不相同。　[结论 ]　这 12株粪肠球菌在流行病学上来源不同。     

中国六省致病小肠结肠炎耶尔森菌的脉冲场凝胶电泳分析

目的 对中国致病小肠结肠炎耶尔森菌分离株进行脉冲场凝胶电泳分析。方法 参照美国疾病预防控制中心PulseNet实验方法对中国6省165株致病小肠结肠炎耶尔森菌进行脉冲场凝胶电泳分析，使用BioNumerics软件进行聚类分析，并按照PulseNet命名原则对带型进行命名。结果 将114株O：3血清型小肠结肠炎耶尔森菌分成25个带型；K6GNllC30012（50株）、K6GNllC30015（19株）及K6GNllC30016（10株）是其主要带型，三个主要带型之间聚类相似性很高。将51株O：9血清型小肠结肠炎耶尔森菌分为14个带型；其中K6GNllC90004（22株）与K6GNllC90010（13株）是其主要带型，K6GNllC90004与K6GNllC90010带型之间有一定的差异。O：3与O：9血清型的主要带型之间有明显的差异。结论 O：3血清型的小肠结肠炎耶尔森菌可能起源于一个克隆系，且在不同地区和年代变异很小；O：9血清型的小肠结肠炎耶尔森菌可能起源于两个不同的克隆系，且各自有一定的变异。O：3与O：9血清型的小肠结肠炎耶尔森菌亲缘关系较远。     

沙门菌血清分型和脉冲场凝胶电泳分子分型在流行病学调查中的应用

沙门菌造成的食物中毒和食源性疾病暴发是全球性的公共卫生问题.对人感染的沙门菌进行血清分型,进一步对同一血清型菌株进行脉冲场凝胶电泳分子分型,可以增强识别食源性疾病暴发的能力,发现暴发病例,掌握流行趋势,追溯感染源头.此文对沙门菌血清分型和脉冲场凝胶电泳分子分型的研究进展及应用作了综述.     

中国C群脑膜炎奈瑟菌脉冲场凝胶电泳分析

目的对中国C群脑膜炎奈瑟菌分离株进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析，了解安徽省C群流行性脑脊髓膜炎（流脑）暴发菌株及国内C群脑膜炎奈瑟菌菌株的分子流行病学特征。方法212株C群脑膜炎奈瑟菌菌株分离自流脑患者、密切接触者和健康人群鼻咽部，包括安徽省C群流脑菌株48株，其中38株与C群流脑暴发相关。脉冲场凝胶电泳选用NheI限制性内切酶，聚类分析选用BioNumerics软件。结果212株C群脑膜炎奈瑟菌菌株共分为43个PFGE带型，命名为AH1～AH43，AH1是中国C群脑膜炎奈瑟菌主要的带型，占69．3％（”=147），分布于11个省市。安徽省48株C群菌株共分为3个PFGE型别（AH1、AH2、AH3），45株（93．8％）为AH1型。安徽省38株与C群流脑暴发相关的菌株中，37株（97．4％）为AH1型。全国53株流脑患者分离菌株中，AH1型菌株占67．9％（36／53）；121株流脑病例密切接触者分离菌株中，AH1型占71．9％（87／121），38株健康人群鼻咽部分离菌株中，AH1型占63．2％（24／38）。结论AH1型C群脑膜炎奈瑟菌是中国目前C群流脑流行的主要克隆群，安徽省C群流脑暴发是由AH1型C群脑膜炎奈瑟菌引起的，已在全国呈扩散流行的趋势。     

Polymorphism in DNA restriction patterns of Coxiella burnetii isolates investigated by pulsed field gel electrophoresis and image analysis

Pulsed field gel electrophoresis was used for differentiation of Coxiella burnetii isolates derived from animals in Europe and one from Namibia. Previously published data on isolates from North America demonstrated four groups with distinct banding patterns. Fingerprints of prototype isolates as references confirmed four different cleavage patterns upon NotI restriction of total DNA as described. With isolates available at our institute five additional DNA banding patterns were obtained from European and one Namibian isolate after endonuclease restriction with Notl. To compare patterns from different electrophoretic runs more precisely an image analysis system was used.     

产超广谱β-内酰胺酶铜绿假单胞菌脉冲场电泳研究

目的：调查产超广谱β-内酰胺酶铜绿假单胞菌在医院烧伤病房中的流行情况及脉冲场电泳特征。方法：采用脉冲肠凝胶电泳技术对铜绿假单胞菌进行测定，并用双纸片扩散法筛选产超广谱β-内酰胺酶铜绿假单胞菌。结果：30株铜绿假单胞菌共筛选出7株（占23．3％）产超广谱β-内酰胺酶菌株；通过脉冲场指纹图谱并显示7株产超广谱β-内酰胺酶菌株都是同一基因型；其中3株来自烧伤科物体表面；4株来自烧伤病人创面；其对头孢他啶、头孢哌酮、头孢曲松、头孢噻肟、头孢吡肟、哌拉西林、亚胺培南、氨曲南、庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星、环丙沙星和氧氟沙星等13种抗菌药物呈现全耐药现象。结论：在医院感染产超广谱β-内酰胺酶铜绿假单胞菌的分子流行病学研究中，脉冲场凝胶电泳是一种较好的研究方法。