基于公共数据库分析FABP5在肾透明细胞癌中表达及预后的意义

摘要： 目的 探讨脂肪酸结合蛋白5 （FABP5） 基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义。方法 提取Oncomine 和GEO数据库中有关FABP5的信息并进行表达情况分析, 通过DAVID数据库对差异基因进行功能注释, 采用 GEPIA进行预后分析。结果 Oncomine数据库中共找到445项FABP5在不同肿瘤类型中的研究数据集, 表达差异有统计学意义的结果中表达增高的有32项 （肾癌5项）, 表达降低的有24项 （肾癌0项）。肾癌中有4项涉及肾透明细胞癌和正常组织中FABP5的表达研究数据集。综合比较这4项数据集发现, FABP5在肾透明细胞癌中的表达量高于正常组织 （P＜0.05）。GEO数据库中GSE66271芯片数据分析结果发现差异基因FABP5在肾透明细胞癌中的表达量显著高于正常组织 （P＜0.01）。DAVID功能分析发现这些差异基因主要集中于影响细胞的转运蛋白活性和蛋白质的消化和吸收代谢功能。使用GEPIA分析来自TCGA数据库和GTEx项目的516例患者预后发现FABP5高表达的患者总体死亡率较高, 低表达FABP5的患者预后较好 （P=0.001 1）。结论 FABP5在肾透明细胞癌组织中呈现高表达,并与肾透明细胞癌预后差相关, 其有望成为抗肾透明细胞癌药物的重要治疗靶点。     

基于Oncomine和GEO数据库分析SIRPα基因在乳腺癌中的表达意义以及丹参酚酸B的干预作用研究

目的通过挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中的相关数据,分析信号调节蛋白α(SIRPα)基因在乳腺癌中的表达及其临床意义,并探讨丹参酚酸B对乳腺癌细胞中SIRPα基因的干预作用。方法检索Oncomine和GEO数据库中有关乳腺癌和丹参酚酸B干预乳腺癌的数据集,对所获取的数据资料进行数据挖掘,并结合文献资料综合分析。考察丹参酚酸B作用于乳腺癌MCF7细胞的基因表达谱。结果对Oncomine数据库中共收集的9项关于乳腺癌和乳腺正常组织SIRPα基因有差异表达的研究数据进行分析,发现乳腺癌组织中SIRPα基因的表达明显低于乳腺正常组织,差异具有统计学意义(P0.05)。通过生存分析发现低表达SIRPα基因乳腺癌患者无病生存期明显差于高表达者,高表达患者的预后更好(P0.05)。通过挖掘GEO数据库中的数据集GSE85871发现丹参酚酸B能够上调乳腺癌细胞SIRPα基因的表达(P0.01)。结论SIRPα基因在乳腺癌组织中呈现低表达,并与乳腺癌患者的预后相关,该基因可能是丹参酚酸B干预乳腺癌细胞的一个新靶点。     

基于Oncomine和TCGA数据库分析SLC2A1基因在肺腺癌中的表达意义

目的阐明SLC2A1基因在肺腺癌中的表达及临床意义。方法通过检索Oncomine和TCGA等生物信息数据库中有关SLC2A1的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对SLC2A1在肺腺癌中的作用进行荟萃分析。结果 Oncomine数据库中共收集了448项不同类型SLC2A1的研究结果,关于在肿瘤与对照组织中SLC2A1表达有统计学差异的结果有47项,其中SLC2A1表达增高的有43项,表达降低的有4项。肺腺癌中高表达的研究有8项、低表达的有0项。共有8项研究数据集涉及SLC2A1在肺腺癌组织和正常组织中的表达,包括786例样本。在数据库中综合比较这8项研究成果,发现与对照组相比,SLC2A1在肺腺癌中的表达高于正常组织(P0.05)。另外,免疫组织化学显示SLC2A1在肺腺癌组织中表达较强或中等,而在正常组织中表达较弱或呈阴性。TCGA数据库中挖掘的结果也同样显示高表达SLC2A1的患者总体死亡率较高,低表达SLC2A1的患者预后较好(P0.05)。结论基于公共数据库中肿瘤相关的基因信息,提示SLC2A1的m RNA水平在肺腺癌组织中呈现高表达,并与肺腺癌预后相关,其有望成为肺腺癌药物治疗的重要治疗靶点。     

基于数据挖掘分析PLOD2基因在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：阐明PLOD2基因在肺腺癌中的表达及临床意义。方法：检索Oncomine和TCGA等生物信息数据库中有关PLOD2的信息，对所获取的数据资料挖掘并进行2次分析，对PLOD2在肺腺癌中的作用进行荟萃分析。结果：Oncomine数据库中共收集了444项不同类型PLOD2的研究结果，关于在肿瘤与对照组织中PLOD2表达有统计学差异的结果有56项，其中PLOD2表达增高的有49项，表达降低的有7项。涉及到肺癌的研究共有9项。肺腺癌中高表达的数据集有8项、低表达的有0项。共有815例样本涉及PLOD2的mRNA在肺腺癌和正常组织中的表达。在数据库中综合比较8项研究成果，发现与对照组相比，PLOD2在肺腺癌中的表达高于正常组织（P < 0.05）。另外，免疫组织化学显示PLOD2在肺腺癌组织中表达较强或中等，而在正常组织中表达较弱或呈阴性。不仅如此，通过挖掘TCGA数据库，发现高表达PLOD2的患者总体死亡率较高，低表达PLOD2的患者预后较好（P < 0.05）。结论：通过深入挖掘公共数据库中肿瘤相关的基因信息，提示PLOD2的mRNA水平在肺腺癌组织中呈现高表达，并与肺腺癌预后相关，有望成为肺腺癌药物治疗的重要治疗靶点。     

基于数据库分析KIF23在乳腺癌中的表达及预后意义

目的 基于数据库分析驱动蛋白超家族23 （KIF23） 在乳腺癌中的表达及意义。方法 利用Oncomine数据库和GCBI数据库分析KIF23基因在正常乳腺组织及乳腺癌中的表达差异,并对相关研究进行综合分析。通过 Kaplan-Meier Plotter数据库分析KIF23表达水平与乳腺癌患者各项生存预后指标： 无复发生存 （RFS）、 总生存 （OS）、无远处复发生存 （DMFS）、 复发后生存 （PPS） 之间的关系。结果 Oncomine数据库显示, KIF23在乳腺癌中较正常组织表达增高。综合分析39项关于正常乳腺组织和乳腺癌组织中KIF23表达水平的研究发现, KIF23基因在乳腺癌所有差异表达基因中的排名中位数为900.0, 差异有统计学意义 （P＜0.05）, KIF23在乳腺癌中高表达。KIF23在23项浸润性和4项非浸润性乳腺癌的不同病理类型中均高表达, 且差异表达基因的中位数值排名有统计学意义 （P＜0.05）。 GCBI数据库亦显示, KIF23在乳腺癌中的表达水平 （587.27） 高于正常乳腺组织 （90.89）, 差异有统计学意义 （P＜ 0.05）。Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果表明, KIF23高表达患者的RFS、 OS、 DMFS和PPS劣于低表达患者, 且分层分析发现, 在ER （+） 组中KIF23高表达患者的上述生存预后指标均较差。结论 KIF23在乳腺癌中高表达, 且与恶性乳腺癌患者不良预后相关, 可能对乳腺癌的诊断、 治疗及预后评估具有重要意义。     

基于 GEO数据库分析非小细胞肺癌癌组织中配对盒基因 8的表达及其与病人预后的关系

目的 探讨基于高通量基因表达数据库(Gene expression Omnibus,GEO数据库)分析配对盒基因8(PAX8)在非小细胞肺癌(NSCLC)病人癌组织中的表达情况及与预后的关系.方法 利用在线工具Oncomine分析PAX8在NSCLC与正常肺组织的表达情况,基于GEO数据库下载相关芯片数据(GSE77803),收集156例NSCLC组织的基因表达谱及相关临床数据,采用中位数法将其分为PAX8低表达组(n=78)和PAX8高表达组(n=78).分析PAX8的表达与病人性别、年龄、病理类型、T分期、N分期和术后复发情况之间的关系;采用生存分析PAX8的表达与病人预后生存之间的关系;采用基因本体(GO)注释分析PAX8基因的功能,采用KEGG PATHWAY分析PAX8可能参与的信号通路.结果 TCGA Lung 2数据集共检测了1537个样本,其中正常肺组织样本390例,肺癌组织样本共721例,血液样本420例,无意义样本6例.与正常肺组织相比,PAX8在肺腺癌和肺鳞癌中表达水平明显升高(P<0.05);基于GEO数据库中GSE77803(GPL570)数据集分析,NSCLC癌组织中PAX8的表达水平与病人的T分期、N分期和是否复发有关(P<0.05),生存分析显示,癌组织中PAX8低表达病人的总生存率为52.94％,中位生存期为54.6个月,显著高于PAX8高表达病人(34.35％,48.6个月)(log-rankχ2=4.609,P=0.032).PAX8低表达病人无病生存率为42.50％,中位生存期为51.7个月,显著高于PAX8高表达病人(28.71％,40.8个月)(log-rankχ2=5.712,P=0.017);GO注释和KEGG分析显示,PAX8可能参与调节NSCLC发生发展相关的信号通路的表达.结论 PAX8蛋白在肺腺癌和肺鳞癌中均存在异常高表达,PAX8低表达NSCLC病人具有更高的生存率.     

基于Oncomine数据库及生物信息学方法挖掘UBE2C 基因在卵巢癌中的表达及作用机制

摘要： 目的 通过深度挖掘Oncomine数据库中的基因信息， 分析泛素结合酶E2C （UBE2C） 在卵巢癌中的表达及作用机制。方法 收集Oncomine数据库中关于UBE2C研究的信息， 对其在卵巢癌的表达水平变化进行分析。采用 Kaplan-Meier法分析UBE2C表达水平与卵巢癌患者生存之间的关系， 探讨其临床意义。应用Genecards数据库收集与UBE2C基因相关的蛋白， 并通过STRING绘制UBE2C相关蛋白网络图， 分析蛋白富集的生理过程。结果 在 Oncomine数据库中共收集14项关于卵巢癌和卵巢正常组织UBE2C基因有差异表达的研究， 对其数据进行分析， 发现卵巢癌组织中UBE2C基因的表达显著高于卵巢正常组织 （P＜0.05）。通过Kaplan-Meier生存分析发现高表达 UBE2C基因的卵巢癌患者无病生存期、 总生存期明显短于低表达者， 低表达患者的预后更好 （P＜0.05）。通过 Genecards数据库收集到与UBE2C相关的蛋白有RLIM、 CBX4、 SIAH2等25个， 其相关蛋白富集分析结果显示主要富集在泛素依赖蛋白的分解代谢过程、 蛋白质分解代谢过程、 蛋白质泛素化、 有丝分裂细胞周期中泛素-蛋白连接酶活性的调控、 有丝分裂细胞周期的调节、 细胞周期等生理过程。结论 UBE2C基因可能通过调节蛋白泛素化过程在卵巢癌发生、 发展中发挥作用， 高表达时提示卵巢癌患者预后不良， 靶向UBE2C可能是一个潜在的肿瘤诊断和治疗工具。     

STAT4基因在乳腺癌中的表达意义及丹参酮ⅡA的干预

目的:整理挖掘TCGA(the Cancer Genome Atlas)和GEO(gene expression omnibus)数据库中乳腺癌基因表达数据集的相关数据,分析STAT4基因在乳腺癌中的表达及临床意义,探讨丹参酮ⅡA对乳腺癌细胞中STAT4基因的干预效果。方法:下载TCGA数据库中的乳腺癌数据集(TCGA Breast Cancer(BRCA))和GEO数据库中有关乳腺癌和丹参酮ⅡA干预乳腺癌的数据集(GSE42586、GSE85871),对所获取的数据资料进行整理并作统计分析,通过免疫印迹实验和分子对接对数据分析结果进行验证。结果:对TCGA和GEO数据库中所有关于乳腺癌和正常组织乳腺的STAT4基因表达数据进行统计分析,结果发现乳腺癌组织中STAT4基因的表达明显低于正常乳腺组织,差异有统计学意义(P<0.05)。通过生存分析发现高表达STAT4基因的乳腺癌患者无病生存期明显好于低表达者,高表达患者的预后更好(P<0.05)。GSE85871数据集中有关丹参酮ⅡA作用于乳腺癌MCF7细胞的基因表达数据表明丹参酮ⅡA可以上调MCF7细胞STAT4基因的表达水平(P<0.05),免疫印迹实验也证实经丹参酮ⅡA干预后MCF7细胞中STAT4蛋白含量增加,分子对接结果表明丹参酮ⅡA和STAT4蛋白能够形成稳定的结合构象。结论:STAT4基因在乳腺癌中表达较正常乳腺组织中偏低,且与乳腺癌患者的预后密切相关。丹参酮ⅡA能够上调MCF7细胞STAT4的基因和蛋白表达水平,该基因可能是丹参酮ⅡA干预乳腺癌的靶点之一。     

DPC4/Smad4在胰腺癌组织中的表达

目的 检测胰腺癌组织和正常胰腺组织中DPC4/Smad4基因的表达差异,探讨其在胰腺癌发病机制中的作用.方法 分别运用RT-PCR和免疫组化技术检测40例胰腺癌和36正常胰腺组织中的DPC4 mRNA及蛋白的表达.结果 胰腺癌组织中DPC4阳性16例(40%);正常胰腺组织的DPC4的阳性表达率100%(36/36).免疫组化显示癌组织中的弥漫阳性数为4例,局灶阳性数为10例,阳性表达率35%(14/40);正常胰腺组织的弥漫阳性数为16例,局灶阳性数为20例,阳性表达率100%(36/36).两者比较有显著性差异(P＜0.05).结论 DPC4基因在胰腺癌组织中有明显的表达异常,可能与胰腺癌的发病有一定的关系,可考虑作为胰腺癌患者一个临床诊断或预后的指标.     

丙泊酚对新生小鼠海马组织基因表达谱的影响研究

目的 通过生物信息学分析丙泊酚对新生小鼠海马组织基因表达谱的影响,对差异表达基因(DEGs)涉及的功能进行预测,并找出关键的差异表达基因,为后续的机制研究提供理论基础.方法 从基因芯片公共数据库(GEO)中获取丙泊酚处理的新生小鼠海马组织基因表达谱数据集GSE106799,以|logFC|＞1及FDR＜0.05为筛选标...     

TRAP1对结直肠癌细胞增殖和凋亡的影响

摘要：目的　探讨肿瘤坏死因子受体相关蛋白1（TRAP1）在结直肠癌中的表达情况及对结直肠癌细胞增殖和凋亡的影响。方法　通过Oncomine数据库分析TRAP1在结直肠癌组织和正常肠黏膜组织中的表达,Western blot检测TRAP1在结直肠癌组织及其配对癌旁黏膜组织、LOVO、HT29、HCT116、RKO、SW480、NCM460细胞中的表达及干扰TRAP1对细胞周期相关蛋白、凋亡相关蛋白及PI3K/AKT通路的影响,CCK-8检测TRAP1对结直肠癌细胞增殖的影响,平板克隆实验检测TRAP1对结直肠癌细胞克隆形成能力的影响,流式细胞术检测TRAP1对细胞周期及凋亡的影响。结果　生物信息学分析显示TRAP1在结直肠癌中的表达高于正常肠黏膜组织,Western blot结果显示TRAP1在结直肠癌组织和细胞中蛋白表达水平均高于正常组织和细胞（P＜0.05）,干扰TRAP1的表达可以显著抑制SW480细胞的增殖及克隆形成能力（P＜0.05）,并且将细胞阻滞在G0/G1期,增加细胞凋亡（P＜0.01）,细胞周期相关蛋白CyclinD1表达降低,凋亡相关蛋白Cleaved-Casp3表达增加,p-PI3K和p-AKT表达降低（P＜0.05）。结论　TRAP1在结直肠癌中高表达,干扰TRAP1的表达可以通过抑制PI3K/AKT通路的激活,从而降低结直肠癌细胞的增殖能力,促进细胞凋亡。     

Wnt1诱导信号通路蛋白1在胃腺癌中的表达及其意义

目的 探讨Wnt通路成员Wnt1诱导信号通路蛋白1（WISP1）在胃腺癌组织中表达及其与预后的关系。方 法 免疫组化染色分析 200 例胃腺癌组织样本中 WISP1、血管内皮生长因子（VEGF）、Twist1 和基质金属蛋白酶 （MMP）-2的表达,并分析WISP1与患者临床特征及预后的关系。利用GEPIA和UALCAN在线工具分析癌症基因组 图谱（TCGA）数据库中WISP1在胃腺癌及癌旁组织中的表达差异以及WISP1与患者临床预后的关系。R软件包分析 GEO数据库GSE13861胃腺癌数据集中WISP1在胃腺癌及癌旁组织中的表达差异和TCGA数据库中WISP1与Twist1 等基因表达的相关性。基于TCGA数据库和GSE13861胃腺癌数据集,选出WISP1基因用R包作基因本体（GO）和京 都基因与基因组百科全书（KEGG）及基因集富集分析（GSEA）软件进行基因集富集分析。结果 免疫组化染色结果 显示200例胃腺癌中WISP1阳性表达116例（58%）,阴性表达84例（42%）,其中TNM Ⅲ~Ⅳ期、有淋巴结转移、远处转 移和（或）复发的胃腺癌患者WISP1阳性表达率升高,同时WISP1阳性表达患者的生存时间短于阴性表达者（24个月 vs. 52个月,Log-rank χ2=5.368,P＜0.05）。TCGA-STAD数据库和GSE13861胃腺癌数据集显示,WISP1在胃腺癌组织 的表达水平高于癌旁组织和正常胃组织（P＜0.05）。免疫组化结果显示VEGF、Twist1和MMP-2蛋白在WISP1阳性 组中呈现一定程度的关联。TCGA-STAD数据库中WISP1与VEGF、CDH5、MMP-2、MMP-9、Twist1、Snail和Vimentin 的表达呈正相关,但与CDH1表达呈负相关（P＜0.05）。GO分析结果表明,WISP1基因参与单核细胞迁移、细胞外基 质构造和细胞间黏附等生物过程,具有与整合素和胶原结合及细胞因子激活的分子功能。KEGG通路富集分析结果 表明,WISP1参与细胞外基质结合和细胞黏附的信号传导通路;GSEA富集结果表明,当WISP1高表达时,血管生成 和上皮间质转化（EMT）的相关基因上调。结论 胃腺癌中WISP1在基因和蛋白水平上均呈现高表达,其可能通过 促进血管生成或EMT的发生而参与胃腺癌转移和（或）复发过程。     

m6A修饰调控的COL6A5对肺腺癌细胞侵袭能力的影响

目的 明确6型胶原蛋白α5（COL6A5）在肺腺癌中的表达及意义。方法 通过在线数据库及实时荧光定 量PCR（qPCR）法检测COL6A5在肺腺癌细胞和组织中的表达。采用GEPIA数据库分析COL6A5的表达量与肺腺癌 患者预后的相关性。生物信息学预测结合 RNA 甲基化免疫沉淀-实时荧光定量 PCR（MeRIP-qPCR）实验检测 COL6A5转录本上的m6A位点。qPCR法检测RNA去甲基酶ALKBH5在肺腺癌组织中的表达量,并分析ALKBH5与 COL6A5在27例肺腺癌组织中表达的相关性。qPCR和Western blot检测ALKBH5对COL6A5的抑制作用。生物信息 学预测结合Transwell实验和Western blot验证COL6A5在肺腺癌中的作用。结果 在线数据库Oncomine分析显示, COL6A5 在肺癌中低表达,GEPIA 数据库分析显示肺腺癌组织中 COL6A5 mRNA 表达水平显著低于正常组织（P＜ 0.05）。qPCR 结果显示,COL6A5 mRNA 在 27 例肺腺癌组织中的表达量低于癌旁组织;与正常肺上皮细胞相比, COL6A5 mRNA在肺腺癌细胞中的表达量明显受到抑制（P＜0.05）。生物信息学预测结合MeRIP-qPCR 实验证实, COL6A5 mRNA上存在m6A位点。肺腺癌组织中ALKBH5 mRNA的表达水平高于癌旁正常组织,且与COL6A5 mRNA 表达呈负相关（r=-0.599,P＜0.01）。在H1299细胞中敲低ALKBH5,可显著上调COL6A5的表达。分析与COL6A5共 表达的基因,结果显示 COL6A5 可能参与调控肺腺癌细胞上皮间质转换、止血和细胞表面相互作用等生命活动。 Transwell和Western blot证实,过表达COL6A5可显著抑制H1299细胞的侵袭转移能力。结论 ALKBH5在肺腺癌中 下调COL6A5,过表达COL6A5可明显抑制肺腺癌细胞的侵袭转移能力。     

核因子-κB、增殖性细胞核抗原在宫颈癌组织中的表达及意义

目的探讨核因子-κB（NF-κB）、增殖性细胞核抗原（PCNA）在宫颈癌组织中的表达及其意义。方法采用免疫组织化学方法,检测45例宫颈癌组织及30例正常宫颈组织中NF—κBp65、PCNA的表达。结果宫颈癌组织中NF-κBp65、PCNA表达率均明显高于正常组织（P〈0．05）。Ⅰb、Ⅱa期宫颈癌组织NF—κBp65、PCNA表达明显高于Ⅰa期宫颈癌组织（P〈0．05）,低分化者表达明显高于中、高分化者（P〈0．05）,有淋巴结转移者明显高于无淋巴结转移者（P〈0．05）;且NF-κBp65与PCNA的表达呈正相关（r=0．705,P〈0．05）。结论NF-κB、PCNA与宫颈癌的发病、侵袭和转移密切相关。