多重PCR/反向线点杂交（RLB）检测细菌性脑膜炎病原体的研究

目的建立快速、高通量的多重PCR/反向线点杂交（RLB）的方法检测3种细菌性脑膜炎病原体--肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和脑膜炎奈瑟菌。方法针对肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和脑膜炎奈瑟菌的特异性基因序列设计引物和相应的特异性探针,优化多重PCR/RLB检测中的引物浓度、dNTP浓度、探针的浓度等的条件。结果多重PCR/RLB检测对肺炎链球菌DNA最低检测极限可达6.2×10-1ng/μl,对流感嗜血杆菌DNA最低检测极限可达8.5×10-8ng/μl,对脑膜炎奈瑟菌DNA最低检测极限可达8.3×10-8ng/μl。结论多重PCR/RLB检测体系能够正确的鉴定3种细菌性脑膜炎病原体,用于临床样本的高通量筛查细菌性脑膜炎病原体,特异性好,灵敏度高。     

TaqMan荧光定量PCR检测流感嗜血杆菌和肺炎链球菌方法的建立及应用

目的 建立TaqMan荧光定量PCR检测方法 ,用于流感嗜血杆菌和肺炎链球菌的检测和鉴别诊断.方法 针对流感嗜血杆菌种属特异性基因bexA和肺炎链球菌种属特异性基因lytA,设计合成引物和TaqMan探针,研究不同引物和探针荧光定量PCR检测的特异性和灵敏度,确定标本检测中循环阈值(Ct)的临界值(cut-off值).将荧光定量PCR、乳胶凝集和细菌培养3种检测方法 同时应用于278份细菌性脑膜炎患者脑脊髓液标本的检测.结果 bexA基因引物和探针能特异性检测流感嗜血杆菌a、b、c、d血清型的菌株,检测灵敏度为每个反应10个基因组DNA拷贝;lytA基因引物和探针能特异性检测肺炎链球菌常见致病的血清型肺炎链球菌菌株,检测灵敏度为每个反应90个基因组DNA拷贝.通过荧光定量PCR方法 ,278份脑脊髓液标本中共检测出 4份流感嗜血杆菌阳性和7份肺炎链球菌阳性,其中各有2份培养出相应的病原菌,另有1份流感嗜血杆菌和2份肺炎链球菌乳胶凝集结果 阳性.结论 TaqMan荧光定苗PCR方法 能特异地检测和鉴定流感嗜血杆菌和肺炎链球菌,具有较高的灵敏度和快速检测的特点,能提高临床流感嗜血杆菌和肺炎链球菌感染患者标本的阳性检出率.     

肺炎链球菌多重巢式荧光PCR分型方法的建立和应用

目的建立一种敏感且节省标本的多重巢式荧光PCR方法，用于临床标本中肺炎链球菌的分型。方法以检测肺炎链球菌种属（lytA基因）和20组常见血清型的引物和探针为基础，分别采用92株不同血清型的肺炎链球菌菌株和系列稀释的参考DNA模板，建立多重巢式荧光PCR方法。 评价该方法的特异性和敏感性，同时与荧光PCR方法进行比较。 将该方法用于14份肺炎链球菌培养阳性和30份肺炎链球菌培养阴性的临床标本的检测，评价实际应用效果。结果多重巢式荧光PCR与荧光PCR方法能准确鉴定/区分大部分菌株（90/92）的血清型。 前者的检测灵敏度为1～100 fg/μl，9种血清型的灵敏度高于荧光PCR方法（10～100 fg/μl）。 44份临床标本中，多重巢式荧光PCR与荧光PCR方法分别检测出34和31份阳性（P＝0.778），2种方法的DNA模板使用量分别为15 μl和66 μl。结论多重巢式荧光PCR比荧光PCR方法节省标本且更加灵敏。     

多重RT-PCR MassARRAY技术检测27种呼吸道病原体方法的建立和临床应用评价

目的建立一种可同时检测27种呼吸道病原体的多重逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)MassARRAY技术,并探讨其临床应用价值。方法针对呼吸道病原体设计扩增引物和延伸引物,并构建病原体标准质粒;按梯度稀释标准质粒,用于考察多重RT-PCR MassARRAY方法的灵敏度、特异性和重复性。分别采用建立的多重RT-PCR MassARRAY方法和实时RT-PCR方法检测207份呼吸道感染患者鼻咽拭子样本,比较2种方法的检测性能。结果建立的多重RT-PCR MassARRAY方法对29种病原体的最低检出限为1×101～1×103拷贝/μL,特异性高。207例鼻咽拭子样本中共检出57份阳性,阳性检出率为27.54%。细菌性病原体中检出率较高的是肺炎链球菌、卡他莫拉菌、肺炎支原体和流感嗜血杆菌;病毒性病原体阳性检出率较高的为副流感病毒、人偏肺病毒和甲型流感病毒。2种方法检测结果总符合率为99.03%,具有高度的一致性(kappa=0.98)。结论基于RT-PCR MassARRAY技术的27种呼吸道病原体检测方法具有较高的灵敏度和特异性,且操作简单,通量高,可以为临床呼吸道病原体感染的诊断提供实验室依据。     

单管多重PCR快速检测STD病原菌

目的建立一种同时检测解脲支原体(UU)、沙眼衣原体(CT)、淋病奈瑟菌(NG)三种病原体DNA的方法并用于临床标本检测。方法建立单管多重PCR体系,其结果与常规PCR法比较。结果可以一次性检测出解脲支原体、沙眼衣原体和淋病奈瑟菌。结论该法特异性好,单管多重PCR体系检测3种STD病原菌DNA的灵敏度最低为0.43 fg,与单独的PCR检测的灵敏度相同,将它做成体外基因诊断试剂盒能快速特异性指导单种和多重感染。     

肺炎链球菌结合疫苗能降低细菌性脑膜炎发病率

在发展中国家与发达国家,细菌性脑膜炎是引起严重疾病和死亡的常见病因,病死率在10%~50%,即使在医疗水平较高的国家,后遗症发生率仍然超过30%.同时细菌耐药性的增加使脑膜炎的治疗更加困难.在美国及其他已使用流感嗜血杆菌b型菌苗的国家,肺炎链球菌成为仅次于脑膜炎奈瑟球菌的细菌性脑膜炎的常见病原体.老人、儿童和患有慢性疾病的患者(包括免疫缺陷患者)是感染肺炎链球菌脑膜炎的高危人群.     

细菌培养及实时定量PCR方法研究儿童脑膜炎病原菌分布

目的了解2005--2006年度我院中枢神经系统感染患儿脑脊液病原菌谱、血清型及耐药特点。方法脑脊液细菌鉴定采用细菌培养及实时定量PCR方法。肺炎链球菌血清分型采用荚膜肿胀试验，流感嗜血杆菌及脑膜炎奈瑟菌血清分型采用乳胶凝集法。抗菌药物敏感性试验采用K—B法及E试验。结果入组的新生儿患者28例，脑脊液细菌检测总阳性率39．3％，大肠埃希菌6例，占21．4％，居首位，其中4例ESBL阳性。其次是肺炎链球菌，占7．1％（2例）。未检测到脑膜炎奈瑟菌。1个月至11岁年龄组90例．细菌检测总阳性率33．3％，第1位是肺炎链球菌，占16．7％（15例），其中5例培养阳性，菌株血清型为19F型，2例对青霉素中介。其次是脑膜炎奈瑟菌，占5．6％（5例），3例培养阳性，2例为A群，1例为C群。结论2005--2006年，我院收治的不同年龄组脑膜炎患儿病原菌分布有所不同，新生儿患儿病原菌主要是大肠埃希菌，其次是肺炎链球菌。其他年龄组患小儿以肺炎链球菌、脑膜炎奈瑟菌为主要病原菌。部分菌株已高度耐药。采用实时定量PCR方法可提高肺炎链球菌及脑膜炎奈瑟菌检测的阳性率。     

巢式聚合酶链式反应检测脑脊液标本中病原体的方法评价

目的探讨巢式聚合酶链式反应(PCR)检测脑脊液标本中病原体的可行性,为疾病的快速临床诊断提供参考。方法源自细菌16S rRNA基因序列设计的巢式PCR技术方法,包括2对引物,2次PCR扩增,第1对引物首次PCR扩增脑脊液标本提取的核酸DNA,第2对引物再次PCR扩增,其DNA模板为第1轮PCR扩增产物。将第2轮PCR扩增产物进行测序,对序列进行比对分析,从而确定感染的病原体。使用DNA微量分光光度测定布鲁氏菌纯菌核酸DNA,将DNA进行倍比稀释,用于巢式PCR敏感性测试。结果巢式PCR能够检测的最低限约为1个核酸DNA拷贝数。应用巢式PCR检测40份临床患者的脑脊液标本,扩增结果表明有37份标本获得约1 460 bp的预期扩增条带(不同细菌扩增片段有差异),测序比对结果显示,检出脑膜炎奈瑟菌7份、产碱假单胞菌1份、草假单胞菌22份、嗜麦芽窄食单胞菌2份、肺炎链球菌1份、未知细菌性病原体4份、未检出3份。结论巢式PCR能够快速检测与鉴定脑脊液标本中的细菌性病原体。     

鼠疫多重荧光定量PCR内标检测方法的建立与应用评价

  目的  建立一种鼠疫多重荧光定量PCR内标检测方法,并进行应用效果评价。  方法  选择鼠疫菌染色体YPO0393基因与pMT1质粒caf1基因为靶基因,设计合成YPO0393-内标模板、特异性引物和TaqMan荧光探针,构建鼠疫多重荧光定量PCR内标检测体系;对非鼠疫菌DNA、不同稀释浓度鼠疫菌DNA、野外监测样本进行检测,评价该方法的特异性、灵敏性、重复性和应用效果。  结果  采用多重荧光定量PCR内标方法,8株鼠疫菌DNA均出现明显的扩增曲线,12株非鼠疫菌DNA未显示扩增曲线,提示该方法特异性良好。 不同浓度的鼠疫EV76疫苗株DNA,检测最低限为22.5×10?4 ng/μL,变异系数为0.99～3.42,提示灵敏性、重复性较好。 105份野外监测样本中,荧光定量PCR内标方法检测阳性的6份,与普通PCR方法检测结果一致,4份样本分离培养出鼠疫菌且采用PCR方法检测阳性。  结论  通过设置双靶基因与内标对照,本研究建立的鼠疫多重荧光定量PCR内标方法可降低检测假阳性率,特异性、灵敏性和重复性理想,可用于鼠疫快速检测。     

社区获得性肺炎病原菌构成及耐药分析

目的研究社区获得性肺炎(CAP)的常见病原菌分布及其耐药性。方法对220例CAP患者同时通过痰培养和血清学检测进行病原菌检测,并用琼脂稀释法检测其最低抑菌浓度(MIC)。结果肺炎链球菌(12.3%)是最常见的病原菌,其后依次为嗜肺军团菌(9.1%)、流感嗜血杆菌(8.6%)、肺炎克雷伯菌(6.8%)和金黄色葡萄球菌(4.1%)。其中肺炎链球菌呈高度多重耐药,对克林霉素、阿奇霉素、四环素等药物的耐药率高达75%以上;流感嗜血杆菌对复方新诺明、氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、头孢呋辛等耐药率较高;肺炎克雷伯菌对左氧氟沙星、莫西沙星、环丙沙星、阿莫西林/克拉维酸、亚胺培南及哌拉西林/他唑巴坦等的敏感性较高。结论肺炎链球菌仍为CAP的重要病原体,多重耐药肺炎链球菌耐药形势严峻。喹诺酮类药物在肺炎链球菌所致CAP治疗中占有重要位置。