甲基化特异性熔点曲线分析检测FMR1基因CpG岛甲基化状态方法的建立

目的建立一种可靠的检测脆性X智力障碍1基因(FMR1)CpG岛甲基化状态的方法。方法用亚硫酸氢钠对基因组DNA进行脱氨基修饰,以修饰后的DNA为模板,利用荧光定量PCR仪扩增FMR1基因CpG岛序列并进行熔点曲线分析,并对PCR产物进行克隆测序,验证其甲基化状态。结果分析包含10个CpG位点FMR1基因CpG岛105bp片段显示,非甲基化与甲基化引物扩增产物之间熔点温度相差2.5℃;克隆测序显示两者之间未被修饰的胞嘧啶相差7个。结论所建立甲基化特异性熔点曲线分析方法可以有效地检测FMR1基因CpG岛甲基化状态,为临床诊断脆性X综合征提供依据。     

肿瘤抑制基因异常甲基化与胃癌的研究进展

表遗传学是研究在DNA序列没有改变的情况下,所发生的可遗传性基因表达的改变,其中DNA甲基化是研究最多、最深入的一种表遗传学表达机制。CpG岛是人类基因组中富含CpG二核苷酸的DNA序列,主要位于基因启动子区,大小约为100～1 000 bp,与约60%的编码基因相关。DNA中CpG岛甲基化可导致抑癌基因的表观遗传学转录失活,直接参与肿瘤的发生机制。我们简要综述了DNA甲基化在胃癌中的研究进展。     

HCC患者GSTP1基因启动子区CpG岛甲基化状态研究

目的 检测人原发性肝癌（HCC）中抑癌基因GSTP1的启动子区CpG岛甲基化的状况，并探讨其在肝癌发生中的作用。方法 以已知的GSTP1基因启动子区CpG岛甲基化阳性的乳腺癌细胞株MCF-7为阳性对照，以11例正常人外周血单核细胞（PBMC）DNA为阴性对照，用甲基化特异性PCR（MSP）的方法对26例肝细胞癌患者的癌、远癌组织中GSTP1基因启动子区CpG岛甲基化的状态进行检测。结果 在26例原发性肝癌中GSTP1基因启动子区CpG岛甲基化在癌组织为88％（23／26），在远癌组织中为69％（18／26）；而在11例正常人外周血单核细胞均为甲基化阴性。结论 抑癌基因GSTP1基因启动子区CpG岛高甲基化可能是肝癌发生早期的分子事件，在人原发性肝癌的发生发展中具有重要的作用。     

宫颈癌细胞FHIT基因启动子CpG岛甲基化状态分析

FHIT基因是一种与凋亡有关的肿瘤抑制基因,广泛存在于各种细胞凋亡系统中,在多种肿瘤及细胞系中失活,其启动子部位CpG岛甲基化是FHIT基因失活的主要机制之一。本研究应用甲基化特异性PCR(Methylation specific PCR,MSP)对不同宫颈鳞癌细胞系FHIT基因启动子CpG岛甲基化状态进行检测,在分子水平上了解FHIT异常甲基化与宫颈癌的相关性,为宫颈癌去甲基化治疗提供依据。     

胃癌组织中Caveolin-1基因外显子2甲基化状态检测

目的：应用甲基化特异性PCR（MSP）技术检测胃癌组织中Caveotin-1基因外显子2启动子区域5’端CpG岛甲基化状况,探讨Caveolin-1基因甲基化在胃癌发生发展中的作用．方法：收集30例胃癌组织和6例距肿瘤5cm以上的癌旁正常胃组织,运用标准蛋白酶K消化、酚-氯仿抽提法提取组织中基因组DNA,采用CpGenome DNA Modification Kit对DNA进行修饰后以甲基化特异性引物及非甲基化引物进行PCR,通过琼脂糖凝胶电泳及产物测序判定结果．结果：6例癌旁正常胃组织Caveolin-1基因外显子2启动子区域5＇端CpG岛均为甲基化阴性．30例胃癌组织中有27例甲基化阳性,甲基化率为90％（27／30）．其中16例胃癌组织（53．3％）仅有甲基化引物扩增出目的条带,表现为完全甲基化;11例胃癌组织（36．7％）甲基化与非甲基化引物均扩增出目的条带,表现为部分甲基化．统计结果显示胃癌组织中Caveolin-1基因外显子2启动子区域甲基化率显著高于癌旁正常胃组织．结论：胃癌组织中存在Caveolin-1基因外显子2启动子区域高甲基化,且可能参与胃癌的早期过程．     

TSLC1基因甲基化与宫颈癌HeLa细胞凋亡相关性的研究

目的研究天花粉蛋白诱导宫颈癌HeLa细胞凋亡过程中肿瘤抑制基因TSLC1的甲基化的变化情况,并探讨其在宫颈癌的发生发展中的作用及细胞凋亡和抑癌基因甲基化的相关性,寻找新型的去甲基化药物。方法应用MTT法检测对HeLa细胞增殖抑制的影响;流式细胞仪分析天花粉蛋白对宫颈癌HeLa细胞诱导凋亡作用;甲基化特异性PCR技术(MSP)检测天花粉蛋白处理前、后宫颈癌HeLa细胞中TSLC1基因启动子区CpG岛的甲基化的变化情况。结果宫颈癌HeLa细胞中TSLC1基因启动子区CpG岛是呈高度的甲基化状态,经天花粉蛋白处理后,HeLa细胞生长明显受抑,流式细胞仪分析出有特征性的亚二倍体凋亡峰,TSLC1基因启动子区CpG岛无异常甲基化表现。结论天花粉蛋白诱导宫颈癌HeLa细胞凋亡过程中对TSLC1基因有明显的去甲基化作用,可能是新型的甲基化抑制剂,肿瘤细胞凋亡与抑癌基因的甲基化失活之间可能存在某些相关性。并且TSLC1基因甲基化的检测有可能成为宫颈癌的早期诊断和指导临床治疗的又一指标。     

胃癌中MTS1基因异常甲基化的研究

【目的】探讨多肿瘤抑制基因 (multipletumorsuppressorgene 1,MTS1) 5′端CpG岛异常甲基化与原发性胃癌发病机制之间的关系。【方法】PCR 甲基化检测法研究 31例胃癌标本和 19例正常胃组织中MTS1基因 5′端CpG岛异常甲基化情况。【结果】有 35 5 % (11/ 31)的胃癌标本和 5 3 % (1/ 19)正常胃组织出现MTS1基因 5′端CpG岛异常甲基化 ,两者之间有显著性差异 (P <0 0 5 )。【结论】MTS1基因 5′端CpG岛异常甲基化是其在原发性胃癌中的主要灭活机制 ,与胃癌的发生发展密切相关。     

胰腺癌细胞株SPARC基因启动子区甲基化状况的研究

目的检测6种胰腺癌细胞株中SPARC基因启动子区5’CpG岛甲基化状况。方法以ASPC、BX-PC3、CFPAC、PANC1、SW 1990、PaTu8988等胰腺癌细胞株及正常人胚肾细胞AD293标本为研究对象,采用甲基化特异性PCR(MSP)方法检测细胞株SPARC基因启动子区5’CpG岛甲基化状况。结果6例胰腺癌细胞株中3例(ASPC、CFPAC-1、BxPC3)细胞株发生完全甲基化;3例(PANC-1、Patu8988、SW 1990)发生部分甲基化,正常人胚肾上皮细胞AD293未发生甲基化。结论SPARC基因启动子区5’CpG岛甲基化改变是胰腺癌SPARC基因的一种重要失活方式,SPARC基因启动子区的高甲基化是胰腺癌细胞区别于正常细胞的分子事件之一,可能在胰腺癌的发生、发展中起重要作用。检测SPARC基因高甲基化可能会成为一种新的诊断胰腺癌的肿瘤标志物。     

肺癌患者血清p16基因甲基化检测意义

肺癌是严重威胁人类健康的恶性肿瘤之一，肺癌的早期诊断对其治疗效果十分重要。p16基因是一种重要的抑癌基因，研究肺癌中p16基因启动子区CpG岛甲基化的发生状态具有很大的临床意义。用于检测CpG岛甲基化的特异聚合酶链反应（methylation specific PCR，MSP）方法，为DNA甲基化的研究提供了新手段。本文采用MSP技术检测肺癌患者全血中p16基因的甲基化情况，探讨其与肺癌发生发展的关系和作为肺癌早期诊断指标的可能性，现报道如下：     

改进的亚硫酸氢钠测序法检测HepG2 RASSF1A基因CpG岛甲基化状态

目的 改进亚硫酸氢钠测序法，并检验改进后方法在甲基化检测中的可行性。方法 提取人肝癌细胞株HepG2基因组DNA，亚硫酸氢钠化学修饰，针对修饰后Ras相关家族1A基因（RASSF1A）启动子序列设计特异引物并结合沉降PCR扩增，T-A载体克隆、测序。结果 HepG2细胞RASSF1A基因启动子CpG岛的16个CpG位点均被甲基化。结论 改进后亚硫酸氢钠测序法能明显减少非特异性扩增，提高PCR效率，更适于基因甲基化状态的检测。     

卵巢癌组织中p16基因甲基化的研究

目的 探讨抑癌基因p16基因5’端CpG岛甲基化在卵巢癌癌变过程中的作用。方法 应用甲基化特异性PCR(MSP)分别检测17例卵巢癌样本中p16基因启动子区域(M1／U1)以及启动子和第—个外显子5’端部分(M2／U2)的甲基化状态。结果 在我们检测的17例卵巢癌样本中，有3例M1阳性，阳性率为17．65％(3／17)，这些病例恶性度较低。无1例M2阳性。结论 抑癌基因p16基因5’端CpG岛甲基化参与卵巢癌特别是恶性度低的卵巢癌的癌变过程，它可能与其它抑癌基因协同作用。     

人胰腺癌细胞株HHIP基因甲基化状态检测和分析

目的:探讨人胰腺癌细胞株HHIP表达与其甲基化的关系,为胰腺癌发生机制的研究提供新的信息。方法:以人胰腺癌细胞株 BxPC-3、CFPAC-1、PANC-1、AsPC-1和PaTu8988s为研究对象,用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)及免疫细胞化学染色(S-P)法检测去甲基化制剂——DNA甲基转移酶抑制剂5-氮杂-2′-脱氧胞苷(5-Aza-CdR) 处理前后各胰腺癌细胞株HHIP mRNA/蛋白表达的变化,用甲基化特异性 PCR(MSP)结合测序检测HHIP基因CpG岛甲基化状态。结果:5-Aza-CdR处理前,胰腺癌细胞株BxPC-3、CFPAC-1、PANC-1、AsPC-1和PaTu8988s无HHIP mRNA/蛋白表达;经5-Aza-CdR处理后,HHIP mRNA/蛋白重新表达。MSP结合测序显示上述胰腺癌细胞株HHIP基因CpG岛存在高甲基化。结论:人胰腺癌细胞株HHIP表达抑制与其基因CpG岛高甲基化相关。HHIP 基因CpG岛高甲基化可能在胰腺癌的发生、发展中起一定作用。     

甲基化CpG岛扩增联合代表性差异分析方法在筛查人非小细胞肺癌组织中高甲基化修饰序列的应用

目的探讨甲基化CpG岛扩增联合代表性差异分析(MCA/RDA)方法在筛查人非小细胞肺癌(NSCLC)组织中高甲基化修饰序列的应用。方法以92对NSCLC和癌旁对照组织DNA为研究对象,应用MCA/RDA方法筛查肺癌组织DNA中高甲基化修饰的CpG岛序列。应用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)和甲基化特异性PCR(methylation-sensitive PCR,MSP)技术,分析胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP-4)基因启动子区CpG岛的甲基化修饰与基因表达的相关性。结果获得5个经Slot Blot验证在肺癌组织中高甲基化修饰的CpG岛序列(IGFBP-4、KLK10、ADAM23、GADD45G和DUOX1)。甲基化抑制剂5-aza-2’-deoxycytidine处理NSCLC细胞可明显上调IGFBP-4基因的表达。在41例(44.6%)癌组织中检测到IGFBP-4表达水平显著低于癌旁对照组织。47例(51.1%)癌组织检测到IGFBP-4高甲基化显著高于癌旁组织的检出率(16.3%,15/92;P<0.001)。IGFBP-4高甲基化与基因表达呈负相关(r=-0.396,P<0.001)。IGFBP-4高甲基化与TNM分期(P=0.013)和淋巴结转移(P=0.022)相关。结论应用MCA/RDA方法筛查到5个在NSCLC组织中高甲基化修饰的CpG岛序列,并证实IGFBP-4启动子区CpG岛的高甲基化可能通过抑制基因的表达参与了NSCLC的发生。     

乳腺癌患者肿瘤循环DNA的定量分析

目的:检测乳腺癌患者肿瘤循环DNA的含量及其p16基因5' CpG岛甲基化状态的改变. 方法:收集61例乳腺癌患者、33例乳腺良性病变患者和27例健康志愿者的血浆样本,抽提血浆循环DNA,以SYBR green I荧光染色法行DNA定量;利用半巢式甲基化特异性PCR技术,检测61例乳腺癌患者血浆循环DNA和相应癌组织p16基因5' CpG岛甲基化状态的改变. 结果:乳腺癌患者、乳腺良性病变患者、健康自愿者肿瘤循环DNA浓度分别为(65.0±45.3), (19.0±9.5)和(13.0±7.3) μg/L,乳腺癌患者血浆循环DNA浓度显著高于乳腺良性病变患者和健康自愿者,差异有统计学意义(P＜0.05). 61例乳腺癌患者血浆循环DNA和相应癌组织p16基因5' CpG岛甲基化状态的改变检出率分别为44.3%和46.2%,两者检出率无统计学差别(P＞0.05). 结论:血浆肿瘤循环DNA的定量有可能成为一种新的恶性肿瘤标志物.     

用PCR结合甲基化特异PCR方法检测遗传性脆性X综合征

目的 建立一种快速、灵敏、廉价的实验室检测脆性X综合征(FXS)的方法.方法 检测130例样本的(CGG)n重复数.首先,PCR扩增脆性X智力低下基因Ⅰ(FMRⅠ)的(CGG)n重复序列;其次,进行甲基化特异性PCR (MS-PCR),对男性不能有效扩增和女性样本的基因组DNA进行亚硫酸氢钠脱氨基修饰,以修饰后的DNA为模板,用两套不同的引物对(甲基化特异性引物对和非甲基化特异性引物对)扩增FMRⅠ基因的(CGG)n重复序列区,PCR产物测序.结果 所有样本的(CGG)n重复数都在13～47之间;测序结果表明FMRⅠ基因中的非甲基化的C碱基转变为T碱基,甲基化的C碱基保持不变.结论 PCR结合MS-PCR方法可以同时检测FMRⅠ基因的 (CGG)n重复数和CpG岛的甲基化情况,为临床检测FXS提供了依据.     

B细胞淋巴瘤SHP-1基因甲基化状态及其意义

 【目的】探讨JAK/STAT信号转导途径负调控子SHP-1基因启动子区域CpG岛异常甲基化在B细胞淋巴瘤中的意义。【方法】收集存档石蜡包埋组织标本61例(52例B细胞非霍奇金淋巴瘤标本,9例良性增生淋巴结标本),健康人外周血单个核细胞DNA标本15例,用甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)和非甲基化特异性PCR(unmethylation-specific PCR,un-MSP)检测SHP-1启动子区域CpG岛甲基化状态,MSP、un-MSP和RT-PCR方法分别检测接受或未接受去甲基化处理的Burkitt淋巴瘤细胞系Raji的甲基化状态及mRNA的表达,MTT法检测接受去甲基化干预后细胞生长受抑情况。【结果】SHP-1基因启动子区域在弥漫性大B细胞淋巴瘤和滤泡性淋巴瘤甲基化频率分别为94%及97%,对照组9例淋巴结良性增生标本和15例正常人外周血单个核细胞标本中SHP-1基因启动子区域甲基化频率为0。经去甲基化干预后,Raji细胞SHP-1基因启动子区域呈去甲基化状态,基因恢复表达,细胞生长受到抑制。【结论】SHP-1基因启动子区域启动子区域CpG岛在B细胞淋巴瘤中存在高度甲基化，由其所致的SHP-1基因沉默可能是B细胞淋巴瘤发生的一个重要因素，SHP-1基因的甲基化可作为一个良好的分子诊断标记及可能的治疗靶点。     

DNA甲基化与肿瘤研究进展

细胞癌变是一个多阶段复杂过程 ,它包括原癌基因的激活和抑癌基因的失活 ,并涉及基因和基因外的多种改变。近来 ,人们发现肿瘤细胞的总体甲基化水平低于正常细胞 ,而在某些CpG岛甲基化程度增高。DNA甲基化在X染色体、基因表达及基因组印迹中[1 ] 起着重要作用。同时 ,近年来研究发现DNA甲基化的异常影响肿瘤的发生发展。1　DNA甲基化与基因表达1.1　DNA甲基化与去甲基化　DNA甲基化是指生物体在DNA甲基转移酶 (DNAmethyltransferase ,DMT)的催化下 ,以s 腺苷甲硫氨酸 (SAM)为甲基供体 ,将甲基转移到特定的碱基上的过程。DNA甲…     

前列腺癌DNA甲基化研究进展

前列腺癌(Prostate cancer,PCa)是男性生殖系统最常见的恶性肿瘤,PSA检查目前依然是PCa筛查的“金标准”,但存在一些缺点。研究发现,PCa的发生和发展常伴随着DNA甲基化的改变,有学者认为DNA甲基化标志物可能是PCa新的肿瘤标志物。DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶(DNMTs)作用下,甲基基团(CH3-)共价结合到CpG结构的胞嘧啶第5位碳原子上的过程,常发生在基因启动子CpG岛区域,是最重要的表观遗传学标志[1]。目前PCa的DNA甲基化研究已获得了很多重大突破,现综述如下。     

p16基因CpG岛过甲基化与其转录失活的探讨

目的　探讨肿瘤细胞 p16基因CpG岛过甲基化对其表达的影响。 方法　利用甲基化特异性PCR (MSP)检测了 4种肿瘤细胞 (SPC A1、BIU 87、T2 4、HepG2 )的甲基化状态 ,并通过RT PCR检测该 4种肿瘤细胞在用去甲基化试剂 5 氮杂脱氧胞苷 (5 Aza CdR)处理前后表达程度的差异。结果　除BIU 87外 ,其它 3种肿瘤细胞p16基因都有不同程度的甲基化 ,用 5 Aza CdR处理后比处理前 p16mRNA的表达有显著升高。 结论　p16基因CpG岛的过甲基化可导致转录表达失活 ,与肿瘤的发生、发展关系密切。     

Maspin在大肠癌中的表达及其启动子5'CpG岛甲基化状态的研究

目的探讨Maspin基因启动子5′CpG岛异常甲基化及蛋白表达与大肠癌及其临床病理特征的关系。方法采用甲基化特异性PCR(MSP)和免疫组织化学方法分别检测91例大肠癌组织及91例癌旁组织中Maspin基因的5′CpG岛甲基化和蛋白表达。结果大肠癌和癌旁组织中,Maspin蛋白表达率分别为72.5%,92.3%,CpG岛甲基化率分别为20.9%,9.9%,两者差异均有显著性(P<0.01,P<0.05)。肿瘤组织中的Maspin蛋白表达与大肠癌分化程度、Duke’s分期及浸润深度相关,Maspin甲基化与大肠癌的Duke’s分期及浸润深度相关。大肠癌Maspin蛋白阳性与阴性表达的组织之间,CpG岛甲基化率的差异有显著性(P<0.01)。结论Maspin基因异常甲基化是其蛋白表达缺失的主要原因之一,并在大肠癌的发生发展中起重要作用。