肺腺癌竞争内源性RNA网络的综合分析:基于肿瘤基因组图谱数据库

目的:基于肿瘤基因组图谱数据库（TCGA）架构肺腺癌（LUAD）竞争内源性RNA（ceRNA）网络,鉴定潜在的生存关联性生物标志物,并确定特异性治疗的小分子药物。方法:依据纳入研究标准,利用Edger软件筛选LUAD组织与正常组织(mRNA、lncRNA和miRNA)差异表达的基因。通过miRcode、miRDB、TargetScan和miRanda数据库对差异表达的RNA之间的关系进行分析,构建ceRNA网络。采用Kaplan-Meier方法分析ceRNA网络中的RNA表达量与生存预后的关系,通过富集分析对网络中的mRNA基因功能和调控通路进行分析。通过Cmap数据库筛选治疗LUAD的特异性小分子药物。利用D-lnc软件确定与关键的lncRNA相关的特异性小分子药物。结果:mRNAs(ELAVL2和PBK)、miRNAs(miR-13和miR-210)和lncRNAs(AP002478.1、DSCAM-AS1、LINC00269、LINC00470和LINC00483)与总生存期(OS)关系密切。喜树碱和甲萘醌有可能逆转LUAD的状态。卡铂、多西紫杉醇、帕比司他被确定为与关键lncRNA密切相关的药物。结论:ceRNA网络在LUAD中发挥重要作用,多种差异表达RNA与LUAD预后相关,可能成为潜在的肿瘤诊断标志物和治疗靶点。     

构建结肠癌免疫相关长链非编码RNA风险评分模型

摘 要：［目的］ 联合免疫相关长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）,探索用于评估结肠癌预后的新模型。［方法］ 我们从癌症基因图谱（the cancer genome atlas,TCGA）数据库中下载结肠癌患者的临床数据和基因表达信息,从分子标记数据库v4.0获得免疫相关的基因。Perl 软件和 R软件用于数据处理和分析。利用R语言的相关性检验获得结肠癌免疫相关lncRNAs。结合临床数据,利用单因素Cox回归分析筛选出与结肠癌预后相关的免疫相关lncRNAs,随后进一步多因素分析,筛选出构建风险评分模型的lncRNAs。根据风险评分的中位数将患者分为高风险组和低风险组,运用 Kaplan-Meier(K-M)生存分析及独立预后因素评估对模型进行评价,并将此模型联合其他临床因素构建列线图,对个体进行生存率预测。［结果］ 单因素Cox回归分析筛选出33个与结肠癌预后相关的免疫相关lncRNA,多因素Cox回归分析最终确定12个免疫相关lncRNA用来构建风险评分模型。以中位风险评分作为临界值,患者可被分为高风险组和低风险组,低风险和高风险组的5年生存率分别为86.1％和42.7％。此外,风险评分模型可作为结肠癌的独立预后因子,联合结肠癌其他临床因素和风险评分,建立了列线图以预测结肠癌个体生存率,该列线图的C指数为0.807（95％CI：0.762~0.854）,校准图显示预测值与实际观测值一致性较好。［结论］ 由12个免疫相关lncRNA构成的风险评分模型可用于评估结肠癌预后,并根据构建的列线图可预测结肠癌患者的生存率。     

基于TCGA数据库分析泛凋亡相关基因构建肺腺癌预后模型的预测价值及其对肿瘤免疫微环境的影响

摘 要：［目的］ 探讨泛凋亡（PANoptosis）对肺腺癌（lung adenocarcinoma，LUAD）患者预后及免疫微环境的预测价值。［方法］ 从TCGA数据库下载LUAD样本与正常样本的基因表达谱及临床数据，从已发表的文献中获取PANoptosis相关基因并分析其在肿瘤组和对照组间的差异表达基因。通过单变量Cox分析和LASSO-Cox回归分析构建生存预后模型，将患者按风险评分划为高、低风险组。通过Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征（receiver operating characteristic，ROC）曲线下面积（area under the curve，AUC）评价模型的预测性能，再对模型风险评分进行独立预后分析。GO和KEGG富集分析探索生物功能和潜在的信号通路。采用TIMER数据库ESTIMATE算法综合分析PANoptosis相关基因与免疫微环境相关性。通过qRT-PCR验证PANoptosis预后相关基因在LUAD组织和正常肺组织间的差异表达。［结果］ 共有15个PANoptosis相关基因在LUAD组和正常组间存在差异性表达，从中筛选出4个PANoptosis预后相关基因（RIPK3、NLRP3、FADD、MLKL）。在LASSO-Cox回归模型中，高风险组的生存率低于低风险组（P<0.001）。单变量和多变量Cox分析显示该评分模型是LUAD的独立预后因素（HR=2.179，95%CI：1.347～3.524，P=0.001），而GO和KEGG分析显示差异表达基因主要富集于与免疫相关的通路。高低风险组之间免疫微环境、免疫细胞差异和免疫检查点基因表达差异显著。此外，qRT-PCR实验也证实PANoptosis相关基因FADD（P=0.007）和NLRP3（P<0.001）在LUAD组和正常组之间表达存在差异。［结论］ 本研究构建的PANoptosis相关基因的生存预后模型可以预测LUAD患者的预后及免疫微环境。     

lncRNA HOXC13-AS在宫颈癌组织中的表达及临床意义

目的:探究反义长链非编码RNA HOXC13-AS（lncRNA HOXC13-AS）在宫颈癌组织中的表达及其临床意义。方法:选取2012年9月至2014年5月本院进行手术切除的73例宫颈癌患者作为研究对象,将切除的癌组织作为试验组,同时取同一患者的癌旁（距肿瘤边缘＞2 cm）组织作为对照组。用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测lncRNA HOXC13-AS表达情况;分析lncRNA HOXC13-AS与宫颈癌病理特征的关系;分析lncRNA HOXC13-AS表达情况对宫颈癌患者5年生存情况的影响;Cox回归分析影响宫颈癌的预后因素。结果:试验组HOXC13蛋白阳性率明显高于对照组（P＜0.05）;试验组lncRNA HOXC13-AS表达明显高于对照组（P＜0.05）;宫颈癌患者癌组织中lncRNA HOXC13-AS表达与患者年龄、肿瘤直径、病理类型及分化程度无关（P＞0.05）,与淋巴结是否转移、肌层浸润深度和FIGO分期有关（P＜0.05）;绘制宫颈癌患者术后1~60个月生存曲线,lncRNA HOXC13-AS高表达者的5年生存率明显低于低表达者（P＜0.05）;Cox回归分析显示,lncRNA HOXC13-AS表达、淋巴结是否转移、肌层浸润深度和FIGO分期均是影响宫颈癌患者预后的危险因素（P＜0.05）,其中lncRNA HOXC13-AS表达是影响宫颈癌患者预后的独立危险因素（P＜0.05）。结论:宫颈癌患者癌组织中lncRNA HOXC13-AS呈高表达,其表达水平与淋巴结是否转移、肌层浸润深度和FIGO分期有关,是影响患者预后的独立危险因素,与宫颈癌患者预后密切相关,有望成为宫颈癌的潜在治疗靶点。     

基于铜死亡相关LncRNAs构建肺鳞癌预后预测模型

目的 基于铜死亡相关lncRNAs(CRLs)开发一种新的风险评分模型预测肺鳞癌（LUSC）患者预后情况。方法 研究数据主要来自TCGA、GTEx数据库。通过单因素Cox、Lasso和多因素Cox回归分析确定影响LUSC预后独立的CRLs并建立风险评分模型。通过计算ROC曲线下面积（AUC）比较风险评分特征与临床特征单独预测LUSC生存率的能力。高、低风险组之间进行免疫相关功能、免疫检查点差异分析。结果 筛选了9个CRLs是LUSC患者预后独立的lnc RNA并开发风险评分模型,并且风险评分是LUSC预后影响因素。风险评分模型预测LUSC患者1、3、5年生存率的AUC值分别为0.710、0.718、0.743。高、低风险组在部分免疫相关功能和免疫检查点之间存在统计学差异（P<0.05）。结论 基于9个CRLs开发的风险评分模型有助于临床预测LUSC患者预后、免疫治疗反应。     

lncRNANCRNA00173在骨肉瘤组织中的表达及其临床意义

目的:探讨lncRNA NCRNA00173在骨肉瘤组织中表达及其临床意义.方法:通过实时荧光定量PCR法检测lncRNA NCRNA00173在54例骨肉瘤组织及癌旁组织标本(收集自四川省人民医院骨科2012年10月至2016年12月手术患者)中的表达,分析其表达的临床意义.结果:与癌旁组织比较,lncRNA NCRNA00173在骨肉瘤组织标本中的表达明显降低(1.793±0.158 vs 5.368±0.285,t=10.96,P＜0.01).lncRNA NCRNA00173的表达与疾病分期、淋巴结转移、远处转移、肿瘤分化及生存状态明显相关(均P＜0.05),而与患者的性别、年龄无关(均P＞0.05);此外,高表达lncRNA NCRNA00173患者的OS及PFS均较低表达者明显延长(P＜0.01).Cox多因素回归模型分析提示,lncRNA NCRNA00173的表达、远处转移及临床分期是骨肉瘤独立的预后因素(P＜0.05).结论:lncRNA NCRNA00173参与调节骨肉瘤的发生发展,可作为潜在的骨肉瘤诊断和预后评估的分子标志物.     

基于癌症基因组图谱数据分析筛选结肠癌预后相关长链非编码RNA

目的:通过分析癌症基因组图谱（TCGA）数据库中有关结肠癌的转录组测序数据,筛选结肠癌预后相关长链非编码RNA（lncRNA）,寻找新的lncRNA结肠癌分子标志物。方法:下载TCGA数据库中结肠癌转录组测序数据及结肠癌患者临床资料,利用R语言进行数据整理。采用edgeR包筛选差异表达lncRNA,采用单因素Cox回归模型对差异表达lncRNA进行生存分析。提取与这些lncRNA共表达的编码基因,行京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。结果:差异表达分析共筛选出227个在肿瘤各TNM分期中均异常表达的lncRNA,其中表达上调169个,表达下调58个。生存分析鉴定出15个差异表达lncRNA与预后显著相关（P<0.05）,其中2个为保护因素,13个为危险因素。KEGG分析发现,这些预后相关lncRNA 的共表达基因主要富集在核糖体生物合成、mRNA监视通路等。结论:通过挖掘TCGA结肠癌数据集,发现了一些具有预后意义的异常表达lncRNA,为后续深入研究其功能奠定了基础,这些lncRNA有望成为新的结肠癌诊断或治疗分子标志物。     

基于TCGA和Oncomine数据库分析肺腺癌预后基因表达及临床意义北大核心

目的:利用生物信息大数据分析方法,对肿瘤基因组图谱数据库(TCGA)和肿瘤芯片数据库(Oncomine)进行分析,探究与肺腺癌(lung adenocarcinoma, LUAD)预后相关的生物标志物及药物作用靶点。方法:综合TCGA的RNA-seq数据,利用R 4.0.2进行加权基因共表达网络(WGCNA)分析,确定关键基因集,同时利用STRING进行蛋白互作网络(PPI)分析,筛选出LUAD中调节蛋白表达量的关键基因,再结合Oncomine分析决定LUAD预后的生物标志物。结果:共获得关键模块一个,包含549个基因,它们与纤毛运动、异种生物代谢过程、钾离子跨膜转运蛋白活性的负调控等相关功能密切相关。PPI分析得到20个关键节点基因。Oncomine数据库综合分析确定细胞周期蛋白O(CCNO)在肺癌组织中高表达,生存分析结果显示其与LUAD患者预后密切相关。结论:本研究通过对TCGA和Onomine的综合数据分析,发现CCNO很可能在LUAD的发生发展过程中发挥重要作用。     

乳腺癌铜死亡相关lncRNA预后风险模型的构建

[目的]基于铜死亡相关lncRNA构建乳腺癌预后风险模型并探索其潜在的生物学意义。[方法]从TCGA数据库下载乳腺癌数据，利用R软件获取铜死亡相关lncRNA。用Cox回归及Lasso回归分析筛选铜死亡预后相关lncRNA，建立预后风险模型。运用Kaplan-Meier分析和ROC曲线对模型进行评估，并将此模型与临床病理特征进行整合，Cox回归分析寻找独立预后因素，建立列线图。对高低风险组之间差异基因进行基因本体（Gene Ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析、免疫功能分析，并探讨两组间TMB和突变基因的表达。[结果]单因素Cox回归分析显示19个铜死亡预后相关lncRNA,Lasso回归分析筛选出14个lncRNA，多因素Cox回归分析确定8个lncRNA (AL590434.1、AC105398.1、AL137847.1、AC004982.1、AC107993.1、MECOM-AS1、U73166.1、HECW2-AS1)用于构建预后风险模型。风险评分=（-1.4549...     

基于生物信息学分析ASPH在预测肺腺癌预后中的价值及机制研究

目的:探讨天冬氨酸β-羟化酶(ASPH)在肺腺癌中的表达情况、预后价值和在癌症中的作用机制。方法:使用Oncomine、GEPIA和TIMER数据库分析ASPH在肿瘤组织和正常组织中的表达差异,并用HPA数据库在蛋白水平验证,推测其临床意义。应用Kaplan-Meier plotter及GEPIA探讨ASPH表达水平与肺腺癌患者总生存时间的关系,提取Oncomine数据库中患者的生存信息加以整理分析,绘制生存曲线,研究ASPH表达水平与预后的关系。绘制ASPH蛋白互作网络,并进行功能富集分析,研究其作用机制。结果:来自Oncomine、GEPIA和TIMER数据库的数据均表示ASPH在肺腺癌组织中显著高表达(P＜0.05),GEPIA数据库还证明了ASPH与肺腺癌患者病理分期显著相关。分析Oncomine数据表明,ASPH表达升高肺腺癌患者的生存时间更短(HR=0.39,95%CI:0.17~0.88,P=0.024 0),GEPIA及Kaplan-Meier plotter分析结果均支持ASPH高表达预示着肺腺癌患者预后更差(P=2.4E-08)。ASPH及相关基因功能涉及钙离子调控及缺氧反应,并参与Notch、mTOR信号通路,影响肿瘤的发生与发展。ASPH还与免疫细胞浸润及相关标志物呈现弱相关性。结论:ASPH在肺腺癌组织中表达明显升高,预示着患者预后不良,且参与多条与癌症相关的信号通路,与免疫细胞浸润呈现弱相关性,ASPH可能是肺腺癌新的预后和潜在治疗标志物。     

新辅助放化疗期间外周血白蛋白值对局晚期食管鳞癌患者预后预测的价值

目的:探讨新辅助放化疗期间外周血营养指标对局晚期食管鳞癌（esophageal squamous cell carcinoma,ESCC）患者预后的影响。方法:回顾性分析2011年11月至2020年05月我院放疗科的69例局晚期食管鳞癌新辅助放化疗患者的临床资料,采用logistic回归分析研究与pCR相关的因素,采用Cox比例风险模型进行预后生存分析,采用Kaplan-Meier法绘制各因素的生存曲线。结果:单因素logistic回归分析显示饮酒史、临床N分级、放化疗期间白蛋白值最低值与患者pCR相关（P＜0.05）;多因素logistic回归分析显示,临床N分级、放化疗期间白蛋白值最低值是影响局晚期食管鳞癌患者pCR的独立因素(P＜0.05);Cox比例风险模型显示,新辅助放化疗期间白蛋白值最低值为局晚期食管鳞癌患者OS的预后影响因素（P=0.040,95%CI:0.171~0.959）;K-M生存分析显示,新辅助放化疗期间白蛋白值最低值≥37.35 g/L组的生存率优于白蛋白值最低值＜37.35 g/L组,差异有统计学意义（P=0.033）。结论:新辅助放化疗期间白蛋白值最低值是局晚期食管鳞癌患者术后pCR的独立预后因素,同时也是OS的预后影响因素。     

宫颈鳞状细胞癌组织LncRNA EXOC7表达与预后相关性研究

目的 宫颈癌是女性生殖系统常见的恶性肿瘤之一.长链非编码RNA(lncRNA)的异常表达与肿瘤的发生、发展密切相关.本研究拟探讨长链非编码RNA外泌体复合物7(Long non-coding RNA Exocyst complex component 7,LncRNA EXOC7)在宫颈鳞状细胞癌(cervical squamous cell cancer,SCC)组织中的表达及临床意义.方法 收集2012-01-01-2016-12-30四川省人民医院肿瘤科及妇产科行手术及穿刺活检的98例SCC患者组织标本,其中癌旁组织(距癌组织＞2 cm)58例;同期收集该院40例正常宫颈组织.采用QRT-PCR法检测SCC组织及癌旁组织标本中Ln-cRNA EXOC7的表达,采用单因素及多因素Cox回归分析LncRNA EXOC7的表达与患者临床病理特征及预后的关系,生存曲线分析LncRNA EXOC7与患者总生存时间(overall survival,OS)及无进展生存时间(progression free survival,PFS)的关系.结果 SCC组织中lncRNA EXOC7的平均表达量为(6.805±1.475),明显高于癌旁组织(1.510±0.860)及正常宫颈组织(1.476±0.33)的平均表达量,差异有统计学意义,F=74.43,P＜0.001.LncRNA EXOC7高表达与患者的FIGO分期、淋巴结转移和肿瘤浸润深度相关,差异均有统计学意义,均P＜0.05;高表达组LncRNA EXOC7患者PFS为(12.00±1.55)个月,较低表达组(27.35±2.25)个月明显缩短,差异有统计学意义,x2=51.650,P＜0.001;高表达组LncRNA EXOC7患者OS为(25.08±3.32)个月,较低表达组(44.80±2.92)个月明显缩短,差异有统计学意义,x2=38.23,P＜0.001;Cox多因素分析显示,LncRNA EXOC7的表达是SCC患者的独立预后因素,HR=3.750,95％CI为1.530～7.97,P＜0.001.结论 高表达LncRNA EXOC7 SCC患者的预后差,LncRNA EXOC7可能作为潜在的SCC治疗靶点及新预后评估分子标志物.     

长链非编码RNA CASC9在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的:检测长链非编码RNA CASC9（cancer susceptibility candidate 9）在胃癌组织和细胞中的表达,探讨CASC9与胃癌患者临床病理特征及预后的关系。方法:利用RT-PCR检测胃癌组织、细胞及配对癌旁组织、正常胃黏膜细胞中CASC9的表达;利用单因素方差分析CASC9与胃癌患者临床病理特征之间的关系;利用生存曲线分析CASC9与胃癌患者术后5年生存率的关系;利用COX风险比例模型分析CASC9与胃癌患者预后的关系。结果:CASC9在胃癌组织、细胞中表达水平高于癌旁组织和正常胃黏膜细胞;CASC9的表达与胃癌的Bormann分型及TNM分期相关（P＜0.05）;CASC9高表达的胃癌患者术后5年生存率低于低表达的患者,CASC9高表达是胃癌患者独立的预后因素。结论:CASC9在胃癌中表达升高,并与胃癌患者生存及预后密切相关。     

结核分枝杆菌感染的肺癌患者血清中lncRNA CCAT2、miR-20a的表达及其临床意义

目的:检测结核分枝杆菌（MTB）感染肺癌患者血清结肠癌相关转录因子2（lncRNA CCAT2）、miR-20a的表达,分析其临床意义。方法:选取2013年6月至2015年1月本院收治的肺癌患者104例为研究对象,其中MTB感染患者54例,未感染患者50例,同期选取本院健康体检者55例为对照组;实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测所有受试者血清lncRNA CCAT2、miR-20a表达水平;并对所有肺癌患者进行5年内随访,记录患者生存状态;Kaplan-Meier生存曲线分析lncRNA CCAT2、miR-20a与MTB感染肺癌患者及非MTB感染肺癌患者预后的关系;COX回归分析肺癌患者预后的危险因素。结果:与对照组比较,肺癌患者血清lncRNA CCAT2、miR-20a表达水平均显著升高（P＜0.05）,与非MTB感染肺癌患者比较,MTB感染患者lncRNA CCAT2、miR-20a表达水平均显著升高（P＜0.05）;肺癌患者血清lncRNA CCAT2和miR-20a表达与患者MTB感染、临床分期及组织分级有关;多因素COX分析表明,MTB感染、临床分期、组织分级、血清lncRNA CCAT2、miR-20a表达水平是影响肺癌患者预后的危险因素（P＜0.05）;对肺癌患者出院后随访,MTB感染患者和非MTB感染患者lncRNA CCAT2高表达组5年内生存率（12.9%、17.9%）均低于低表达组（21.7%、36.4%）,miR-20a高表达组5年内生存率（13.8%、18.5%）均低于低表达组（20.0%、34.8%）,MTB感染肺癌患者累积生存率（16.7%）低于非MTB感染肺癌患者（26.0%）。结论:lncRNA CCAT2、miR-20a可能参与MTB感染肺癌患者的预后,可能是MTB感染肺癌患者预后的生物标志物。