数据挖掘分析SLC7A11在食管癌中的表达及通过P53/ROS通路调节细胞铁死亡的意义

目的： 分析溶质运载蛋白7家族成员11（SLC7A11）在食管癌（ESCA）组织中的表达与功能,及对患者生存预后的影响。方法： 基于Oncomine及GEPIA数据库,检索SLC7A11在ESCA组织与正常食管组织中的表达差异;采用GeneMANIA数据库构建有关SLC7A11的蛋白互作网络（PPI）,并进行功能注释分析其共同富集的生物学功能;通过KEGG Pathway数据库分析其参与的信号通路;利用R2基因分析可视化平台,绘制Kaplan-Meier函数曲线,分析SLC7A11的表达对患者生存预后的影响。结果： Oncomine及GEPIA数据分析显示,SLC7A11在ESCA组织中mRNA的表达水平较正常组织显著升高（P < 0.05）,且高表达组患者生存预后较差,差异具有统计学意义（P < 0.05）;SLC7A11与SLC3A2、BSG、ASNS、PHGDH、TERT、CD44等20种蛋白相互作用,主要富集于氨基酸转运、修饰氨基酸的跨膜转运活性、白细胞游走、多肽抗原绑定等生物学功能;SLC7A11通过P53/ROS信号的活化介导细胞铁死亡信号通路（hsa04216）的调节。结论： SLC7A11在ESCA组织中表达升高,且高表达组患者预后不良;SLC7A11可能通过P53、ROS代谢通路参与细胞铁死亡,有望成为ESCA患者早期诊断、治疗及判断预后的分子靶标。     

数据挖掘分析SLC7A11在食管癌中的表达及通过P53/ROS通路调节细胞铁死亡的意义

目的： 分析溶质运载蛋白7家族成员11（SLC7A11）在食管癌（ESCA）组织中的表达与功能，及对患者生存预后的影响。方法： 基于Oncomine及GEPIA数据库，检索SLC7A11在ESCA组织与正常食管组织中的表达差异；采用GeneMANIA数据库构建有关SLC7A11的蛋白互作网络（PPI），并进行功能注释分析其共同富集的生物学功能；通过KEGG Pathway数据库分析其参与的信号通路；利用R2基因分析可视化平台，绘制Kaplan-Meier函数曲线，分析SLC7A11的表达对患者生存预后的影响。结果： Oncomine及GEPIA数据分析显示，SLC7A11在ESCA组织中mRNA的表达水平较正常组织显著升高（P < 0.05），且高表达组患者生存预后较差，差异具有统计学意义（P < 0.05）；SLC7A11与SLC3A2、BSG、ASNS、PHGDH、TERT、CD44等20种蛋白相互作用，主要富集于氨基酸转运、修饰氨基酸的跨膜转运活性、白细胞游走、多肽抗原绑定等生物学功能；SLC7A11通过P53/ROS信号的活化介导细胞铁死亡信号通路（hsa04216）的调节。结论： SLC7A11在ESCA组织中表达升高，且高表达组患者预后不良；SLC7A11可能通过P53、ROS代谢通路参与细胞铁死亡，有望成为ESCA患者早期诊断、治疗及判断预后的分子靶标。     

小细胞肺癌关键基因及信号通路分析

目的 探究SCLC基因调控机制，为寻找SCLC早期诊断及靶向治疗潜在的生物标志物提供依据。方法 采用生物信息学方法从公共基因芯片数据库获取小细胞肺癌（SCLC）mRNA数据并筛选出差异表达基因（DEGs），对DEGs进行基因本体（GO）和基因组百科全书数据库（KEGG）富集分析，构建蛋白互作网络，筛选出核心基因并利用Kaplan-Meier在线工具进行生存分析。结果 17例SCLC组织样本和19例正常肺组织样本中筛选出248个DEGs，包括172个高表达基因和76个低表达基因（P<0.05）。GO和KEGG富集分析结果显示，DEGs的功能主要涉及细胞周期、DNA复制、错配修复、P53信号通路等，蛋白互作分析网络筛选出6个节点度最高的核心基因：TOP2A、PCNA、RFC4、 FEN1、CCNA2和MCM2，并与患者预后相关。结论 DEGs涉及的分子功能和信号通路可能是SCLC发生的分子机制，而核心基因可能是治疗SCLC的潜在靶点。     

基于数据挖掘分析COL1A1在胃腺癌中的表达及意义

目的:通过生物信息数据库挖掘分析胃腺癌中COL1A1基因的表达并探讨其临床意义。方法:使用Oncomine数据库分析COL1A1基因在胃腺癌中的表达水平;通过Oncomine数据库摘录数据信息,进行COL1A1基因表达程度与临床病理参数及胃腺癌生存期的相关性分析;最后使用STRING数据库分析COL1A1蛋白-蛋白互作网络,并进行GO基因富集和KEGG通路富集分析。结果:通过Oncomine数据库分析显示,在mRNA水平上,COL1A1在胃腺癌中高表达（P＜0.05）,表达水平与近期预后负相关（P＜0.05）,且Lauren弥漫型胃腺癌COL1A1表达水平高于肠型胃腺癌（P＜0.05）。通过STRING数据库分析显示与COL1A1相关的蛋白有COL6A3、COL5A1、COL6A1、COL5A2等,互作基因的GO基因富集及KEGG信号通路富集分析显示其蛋白涉及的生物学过程、分子功能及细胞定位等方面均与细胞外基质的调控有关,互作基因涉及的主要信号通路为细胞外基质通路、PI3K-AKT等与胃癌的发生发展有关的信号通路。结论:通过对肿瘤基因数据库Oncomine进行数据挖掘分析发现,COL1A1在胃腺癌组织中显著高表达且与患者预后负相关,为胃腺癌的致病机制研究和抗肿瘤靶向治疗提供了理论依据。     

结直肠癌肝转移差异表达基因与信号通路分析

目的：探讨结直肠癌（colorectal cancer, CRC）肝转移的关键基因和分子机制,为CRC肝转移的治疗提供潜在靶点和生物标志物。方法: 基于生物信息学方法从GEO 数据库下载CRC 肝转移基因表达数据集,筛选差异表达基因（differentially expressed gene, DEG）,利用DAVID 在线工具对DEG进行GO和KEGG富集分析,构建蛋白互作（protein-protein interaction, PPI）网络图,筛选出CRC关键基因并进行预后分析。结果: 从183 例CRC组织标本和39 例CRC肝转移组织标本中筛选出321 个DEG,其中上调基因153 个、下调基因168 个。GO和KEGG富集分析结果显示,DEG的功能主要涉及蛋白质激活级联反应、炎症反应、细胞外基质、血小板脱颗粒、补体与凝血级联反应等。PPI 网络图筛选出8 个CRC 关键基因为ALB、APOB、FGA、F2、APOA1、SERPINC1、FGG和AHSG。生存分析发现,SERPINC1、FGG表达高的患者预后不良（均P<0.05）。结论: DEG的生物学功能和信号通路与CRC肝转移的发生发展相关,8 个CRC关键基因可能是CRC肝转移治疗的潜在靶点,SERPINC1、FGG可能成为新的预后标志物。     

基于Oncomine和TCGA数据库分析GABRE在结肠癌组织中的表达及生物学意义

目的：通过挖掘Oncomine和TCGA等数据库信息分析GABRE基因在结肠癌中的表达及其生物学意义。方法：利用Oncomine、TCGA数据库分析GABRE基因在结肠癌组织中的表达及其与患者预后的关系;运用TargetScan、starBase、mirDIP和miRWalk寻找靶向GABRE基因的上游miRNA,并分析其在结肠癌中的表达及其与预后的关系。进一步利用LinkedOmics数据库寻找GABRE共表达基因,并进行GO富集分析及KEGG通路分析。结果：数据库数据分析显示,GABRE在结肠癌组织中高表达且预示着患者预后较差（均P<0.05）。韦恩图显示,hsa-miR-370-3p靶向GABRE,并在正常组织中的表达显著升高（P<0.01）。GABRE基因与OGT、FAM156A基因等表达呈正相关（P<0.05）,与ATP5A1、MPDU1基因等表达呈负相关（P<0.05）。GO生物功能及KEGG通路富集分析提示,GABRE基因可能参与蛋白脱烷基化和周期蛋白依赖性蛋白激酶活性调节等生物学过程,并在牛磺酸代谢和NF-κB信号通路等方面富集。结论：GABRE基因在结肠癌患者中高表达且预示着患者预后较差,提示该基因是结肠癌的诊断和治疗的潜在新靶点。     

子宫肉瘤差异表达基因生物信息学分析

目的:筛选子宫肉瘤（uterine carcinosarcoma,UCS）进展相关的核心差异基因（differentially expressed genes,DEGs),探讨其生物学作用并筛选预后相关生物标志物。方法:从美国国立生物数据中心下的 GEO数据库获取包含子宫肉瘤和正常组织的表达数据集GSE64763,使用Limma包筛选差异基因。对筛选得到的差异基因运用ClusterProfiler包进行GO和KEGG分析,并通过蛋白互作网络(protein protein interaction network,PPI)在线平台String和Cytoscape（3.7.2）软件对DEGs分析,筛选核心基因。再基于GEPIA（gene expression profiling interactive analysis)数据库,验证核心基因的表达与预后关系。结果:共筛选出861个DEGs,其中上调DEGs 426个,下调DEGs 435个。富集GO主要生物活性信号15条,主要包括染色质结合、DNA转录活性激活、细胞外基质组成等生物过程。富集KEGG信号15 条,主要包括细胞循环通路、DNA复制通路、p53信号通路。成功筛选出核心基因网络,包含DEGs 10个,均为上调基因。通过GEPIA数据库验证后得到与UCS预后相关的差异基因CENPA。结论:UCS差异表达基因主要集中在染色体结合活性、DNA复制活性、细胞循环通路与p53信号通路等。CENPA基因可能为UCS早期诊断的生物标志物和治疗的潜在靶点。     

乳腺癌预后相关基因的生物信息学筛选与分析

目的 运用生物信息学技术方法,分析影响乳腺癌患者生存的关键基因,为乳腺癌预后评估及靶向治疗提供理论依据。方法 通过TCGA数据库筛选出乳腺癌样本与正常乳腺样本间的差异表达基因,进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)富集分析。构建蛋白互作网络并筛选出关键基因。运用Kaplan-Meier法寻找可能作为乳腺癌潜在预后生物标志物的基因并进行验证,探究预后相关靶基因与分子分型及分期的相关性。运用Timer数据库分析预后相关靶基因与免疫细胞浸润相关性。结果 共筛选出差异表达基因1 285个,其中上调基因318个,下调基因967个(|log₂FC|≥1,P<0.05)。差异表达基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、cAMP信号通路等。蛋白互作网络共筛选出10个关键基因(AURKB、CDC20、CCNA2、NCAPG、BUB1、TOP2A、BUB1B、CCNB1、CDK1、KIF11),其中CCNA2、NCAPG、BUB1在乳腺癌组织中表达水平高于正常组织,其高表达与患者总生存期的不良预后相关(P<0.05),同...     

睾素基因家族在卵巢癌组织中的表达及其临床意义的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法分析睾素基因家族（sparc/osteonectin,cwcv and kazal-like domains proteoglycan,SPOCK）在卵巢癌组织中的表达及临床意义。方法:利用GEPIA和UALCAN数据库比较及验证SPOCK在正常卵巢组织及卵巢癌组织中的表达差异;利用GEPIA数据库评价SPOCK2表达对卵巢癌患者预后的影响;利用GeneMANIA网站预测SPOCK2的蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络;利用DAVID对SPOCK2及其关键的互作基因进行基因富集（gene ontology,GO）分析和通路富集（kyotoencyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析。结果:在GEPIA数据库中,与正常卵巢组织相比,SPOCK2在卵巢癌组织中显著上调,而SPOCK、SPOCK3无显著差异表达。通过CPTAC数据库进一步确认SPOCK2蛋白水平在卵巢癌组织中高表达;此外,SPOCK2高表达患者的总生存率（overall survival,OS）均明显低于SPOCK2低表达患者。蛋白质互作网络分析揭示了包括SPOCK3、PLXNB3在内的20个关键互作分子;GO分析和KEGG分析揭示了SPOCK2及其关键互作分子的潜在分子机制。结论:SPOCK2在卵巢癌组织中高表达,且与卵巢癌的发生、发展及预后密切相关,可以作为卵巢癌诊断、预后预测的标志物之一。     

BRD蛋白家族在肝细胞癌中的临床意义

目的：通过检索挖掘多个肿瘤公共数据库中肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）的相关数据,从转录本、蛋白质、基因突变、蛋白相互作用及相应的信号通路和功能富集等不同层面,揭示BRD（bromodomain）蛋白家族与HCC的相关性,探索BRD蛋白家族作为HCC的肿瘤进展及预后判断的潜在生物标志物价值。方法：从UALCAN数据库中获取BRD蛋白家族所有成员在HCC患者组织样本中的mRNA表达数据和患者临床信息并进行相关性分析。从TCGA数据库中获取BRD蛋白家族mRNA表达水平与HCC患者预后的数据并进行相关性分析。从The Human Protein Atlas数据库中获取BRD蛋白家族在HCC组织和正常肝组织中的免疫组化结果并进行对比分析。使用 STRING 数据库获取 BRD 蛋白家族的相互作用蛋白网络,并利用CYTOSCAPE软件对获取的相互作用蛋白进行KEGG和GO分析。结果：BRD家族7个成员均在HCC组织中高表达（P<0.01）,并且与HCC患者肿瘤分级和临床分期正相关（P<0.01）,同时BRD8和BRD9的低表达提示HCC患者预后较好（P<0.05）。BRD相互作用蛋白主要参与组蛋白乙酰化修饰,并高度富集于HCC相关的信号通路。TP53基因突变HCC患者的BRD1、BRD3、BRD4、BRD7、BRD8和BRD9表达水平显著高于非突变患者（P<0.05）。结论：BRD蛋白家族分子能够作为HCC患者肿瘤分级、临床分期和预后判断的潜在靶标。     

基于TCGA数据库筛选胆管癌肿瘤微环境相关的预后基因

目的:运用ESTIMATE肿瘤微环境评分算法,从来自TCGA数据库的胆管癌数据中筛选与肿瘤微环境相关的基因,并利用生物信息学方法分析所得基因在胆管癌中的预后意义。方法:从TCGA数据库中获得45个胆管癌基因表达数据,利用ESTIMATE肿瘤微环境评分算法对其进行评分后,分为高分/低分组,分别筛选差异表达基因后,取交集获取共表达基因。利用DAVID在线分析工具根据对共表达基因进行 GO 功能富集分析和 KEGG通路富集分析。利用来自TCGA数据库中的胆管癌生存数据对共表达基因进行Kaplan-Meier生存分析,筛选后获得预后基因。结合STRING网站中对差异表达基因构建的蛋白互作网络（protein-protein interaction,PPI）,得到网络枢纽基因后使用其他生物学分析工具验证。结果:在45例胆管癌样本中分析筛选出11个与肿瘤微环境相关的预后基因,这些基因表达的上调对胆管癌的不良预后具有显著意义（P＜0.05）。通过蛋白互作网络分析和其他生物学工具分析获得VAV1基因,该基因在免疫调控、细胞凋亡、RET信号通路调控等方面有重要作用。结论:从本研究中筛选出的VAV1基因可作为胆管癌的分子标志物,为胆管癌的诊断、免疫治疗靶点及预后提供参考。     

SLC16A家族与肺腺癌和肺鳞癌临床特征及生物学行为的关系

目的 探索溶质运载蛋白16A家族(SLC16A)和肺腺癌、鳞癌的临床特征及生物学行为关系.方法 通过Wilcoxon符号秩和检验分析TCGA数据库中SLC16A家族14名成员在肺腺癌、鳞癌和正常组织中的表达,采用Cox回归法评估该家族与肺腺癌、鳞癌患者总生存期和无进展生存期之间的关系;Logistic回归法评估该家族与...     

基于生物信息学的结直肠癌生物标志物的筛选与分析

目的:采用生物信息学方法分析结直肠癌（colorectal cancer,CRC）在转录组中的差异基因,建立基因互作网络,以期筛选出关键基因并探索其发病机制。方法:从TCGA数据库下载CRC转录组数据集,采用edgeR包筛选其差异基因。使用DAVID数据库对差异基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。通过STRING数据库分析蛋白质互作网络,运用Cytoscape进行关键子网提取并构建KEGG通路-基因互作网络,最后结合生存分析等筛选并验证CRC潜在生物标志物。结果:对转录组数据集分析筛选出5 037个差异基因,其中上调基因1 571个、下调基因3 466个,从5 037个差异基因中提取到1 781个lncRNA。GO富集分析表明CRC的差异基因主要富集在钙离子结合、受体结合及结构分子活性等功能。KEGG富集分析表明其主要参与神经活性配体-受体相互作用和药物代谢-细胞色素p450等通路。使用Cytoscape软件提取出6个关键子网,通过各互作网络共筛选出288个关键基因,结合Kaplan Meier预后分析最终筛选发现67个CRC潜在调控基因（其中已有报道证实22个mRNA和7个lncRNA）具有预后价值,并采用ONCOMINE数据库进行了CRC临床样本验证。结论:本研究筛选出的67个潜在调控基因可作为CRC潜在生物标志物,为研究者创新CRC药物及治疗方案提供了新思路。     

非小细胞肺癌与良性肺结节非标记定量血浆蛋白质组学分析

目的:基于非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）与良性肺结节（benign pulmonary nodules,BPN）患者血浆蛋白质组学分析，寻找良恶性肺结节鉴别诊断相关蛋白标志物。方法:采用非标记定量蛋白质组学技术，以10例BPN患者为对照，对10例肺鳞癌（lung squamous cell carcinoma,LUSC）、10例肺腺癌（lung adenocarcinoma,LUAD）患者进行血浆蛋白质组学分析。对不同比较组间的可定量蛋白进行基因集富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）。以差异倍数>1.2（上调）或<1/1.2（下调）且P<0.05为标准筛选差异蛋白。应用String网站和R语言对差异蛋白进行基因本体论（gene ontology,GO）分析和主成分分析（principal component analysis,PCA）。结果:LUSC组与BPN组间比较发现380个可定量蛋白，其中20个差异蛋白。GSEA结果显示，可定量蛋白主要富集在肿瘤坏死因子信号通路、代谢途径、碳代谢等通路（P<0.05）。PCA结果显示，差异蛋白可明显区分LUSC与BPN患者。GO分析结果表明，20种差异蛋白大多以细胞外泌体的形式存在或主要位于细胞外间隙和胞外区，且主要富集于组织重塑的调节、细胞黏附等的生物学过程以及肝素结合、肽链内切酶抑制剂活性等的分子功能。LUAD组与BPN组间比较共得到350个可定量蛋白，包含12个差异蛋白。GSEA分析发现，其显著富集的通路有细胞因子与细胞因子受体的相互作用、趋化因子信号通路、代谢途径等（P<0.05）。PCA结果同样显示，差异蛋白可明显区分LUAD和BPN患者。GO分析结果表明，该12种差异蛋白主要富集于有机循环复合物应答的生物学过程和芳香酯酶活性的分子功能；细胞定位分析发现，其大多也以细胞外泌体的形式存在或主要位于细胞外间隙和胞外区。结论:良恶性肺结节患者血浆蛋白存在明显差异，可为发现良恶性肺结节鉴别诊断的新型标志物提供线索。     

基于生物信息学分析的结肠癌枢纽基因筛选及调控网络构建

目的:联合多种生物信息学分析方法筛选结肠癌枢纽基因,进一步对枢纽基因进行分析并构建调控网络,以期探索结肠癌的发病机制。方法:从GEO基因芯片数据库筛选结肠癌组织的基因表达数据集,利用在线工具GEO2R筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEG),对差异基因进行Gene Ontolog(GO)分析、KEGG通路分析、蛋白相互作用网络构建等。结果:共纳入2个结肠癌GEO数据集（GSE41258和GSE44076）,筛选出在这2个数据集中有交集的差异表达2倍以上的基因120个,其中表达上调的基因29个,表达下调的基因91个。对上述120个差异表达基因进行KEGG通路分析发现近端小管碳酸氢钠回收、氮素代谢、胰液分泌、PPAR信号通路等与结肠癌的发生密切相关。利用STRING及Cytoscape软件筛选得到包括趋化因子1（CXCL1）、基质金属蛋白酶1 （MMP1）、MMP7等在内的10个调控结肠癌发生的枢纽基因,进一步在TCGA数据库中验证这些基因的表达。结论:通过生物信息学方法有效地筛选出与结肠癌发生密切相关的枢纽基因,为进一步研究其机制提供了理论依据。     

头颈部鳞状细胞癌中与p53突变相关基因的鉴定

目的:探讨在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中与p53突变相关的潜在关键基因。方法:从GEO数据库中下载芯片数据GSE107591,用R语言加权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)包构建基因共表达网络并划分模块。选择与p53变异相关的基因模块进行GO分析和KEGG通路分析,并结合cytoscape筛选中枢基因。结果:基因共表达网络包括7个模块。其中蓝色（blue）模块与p53变异呈正相关,GO富集分析结果为细胞外基质组织等,KEGG通路为ECM受体相互作用等。蓝色模块的中枢基因为TPX2,CCNB2和DLGAP5。绿松石（turquoise）模块与p53变异呈负相关,GO富集分析结果为转录、DNA模板化等,KEGG通路为细胞黏附分子等。绿松石模块的中枢基因包括VWA3A,ARMC4,CFAP46和C11orf88（并列第三）。结论:通过WGCNA的方法能够从转录组数据中挖掘到头颈部鳞状细胞癌中与p53变异相关的重要基因,为疾病研究提供新的候选基因和分子机制。     

敲低纤维连接蛋白1表达抑制甲状腺乳头状癌细胞增殖北大核心

目的:研究纤维连接蛋白1(fibronectin 1,FN1)对甲状腺乳头状癌细胞增殖的影响及相关分子机制。方法:采用慢病毒感染的方法敲低甲状腺乳头状癌细胞TPC-1和BCPAP中FN1的表达,通过CCK8实验证明FN1对甲状腺乳头状癌增殖的影响;采用三代测序技术对FN1敲低的TPC-1细胞及其对照组进行全长转录组测序,筛选差异表达基因,使用BMKCloud在线分析软件对差异基因行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库对筛选出的差异表达基因进行蛋白互作网络分析。结果:敲低FN1能够抑制甲状腺乳头状癌细胞的增殖;FN1敲低后与对照组转录本的表达差异明显,GO功能富集显示差异转录本主要集中在细胞过程、细胞部分的组成、细胞黏附功能、催化活性功能,在KEGG富集上显示在HIF-1信号途径、糖酵解、碳代谢富集明显,PPI结果显示FN1和HSPA8是关键蛋白。结论:本研究通过细胞实验证明敲低FN1的表达能够抑制甲状腺乳头状癌细胞的增殖,测序及生物信息学分析为后续甲状腺乳头状癌诊断及靶向治疗的进一步研究提供数据支持。