黄龙止咳颗粒治疗哮喘的网络药理学研究及实验验证

  目的  结合网络药理学方法和实验验证探讨黄龙止咳颗粒治疗哮喘的作用靶点及潜在机制。  方法  借助TCMSP、TCMID、Swiss Target Prediction等数据库检索黄龙止咳颗粒的化学成分和作用靶点。通过GeneCards、OMIM、Disgenet、Drugbank数据库筛选出哮喘的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-疾病”的网络图和潜在靶点的相互作用关系, 通过富集分析预测作用机制。构建哮喘小鼠模型, 通过病理染色, ELISA检测, qPCR及Western blot来验证网络药理学富集分析结果。  结果  共获得黄龙止咳颗粒中175种活性成分、1 026个药物靶点, 哮喘900个疾病靶点, 得到药物-疾病共同靶点153个, GO富集分析共得到条目1 967个, KEGG通路富集筛选出包括TNF信号通路在内的共计84条信号通路。动物实验表明, 黄龙止咳颗粒能有效改善哮喘小鼠的气道炎症, 并通过影响TNF信号通路从而抑制MAPK和NF-κB信号通路。  结论  该研究初步揭示了黄龙止咳颗粒治疗哮喘的作用机制, 为临床用药和后续研究提供参考依据。      

基于网络药理学和分子对接探讨裘氏二藤汤治疗慢性盆腔炎的机制

[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。     

基于网络药理学探讨五苓散治疗心力衰竭作用机制

目的根据网络药理学方法对五苓散治疗心力衰竭(HF)的作用机制进行研究探讨。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对五苓散进行活性成分及靶点筛选,检索与疾病靶点有关的数据库TTD、Pharmg KB、Dis Ge NET筛选HF的作用靶点,构建韦恩图得到五苓散治疗HF的作用靶点,使用Cytoscape 3.7.1建立成分-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果基于TCMSP得到五苓散治疗HF的30种活性成分和58个潜在靶点,构建韦恩图得到交集核心靶点26个,GO功能富集分析得到条目163个,其中生物过程条目118个、细胞组成条目15个、分子功能条目30个;KEGG通路富集分析得出条目46个,主要包括细胞凋亡、钙离子信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-AKT信号通路等。结论基于网络药理学初步探讨并验证了五苓散治疗HF多成分-多靶点-多通路的整体调节作用特点,预测了五苓散治疗HF的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学探讨益骨汤防治骨质疏松症的靶标和机制研究

  目的  探讨益骨汤防治骨质疏松的物质基础及其靶标,阐明益骨汤防治骨质疏松症的潜在靶点和作用机制。  方法  通过TCMSP等数据库筛选益骨汤组分中的活性成分及其作用靶点。通过OMIM、GeneCards等数据库预测益骨汤治疗骨质疏松症的相关靶点,构建“药物-成分-靶点-疾病”网络。利用Cytoscape软件构建益骨汤组分治疗骨质疏松症的成分作用靶点网络,采用STRING数据库构建PPI网络,利用通过生物学信息注释数据库分析靶点的GO富集和KEGG信号通路。  结果  共纳入益骨汤6味中药相关的有效活性成分159个,589个药物靶标,按照君臣佐使配对,其中334个靶点有相互作用关系;蛋白互作分析提示INS、AKT1、IL6、MAPK3、VEGFA等为蛋白互作网络中的核心靶点;靶标富集结果显示3 148个GO术语被显著富集(均P < 0.05);PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、cGMP-PKG信号通路、Wnt信号通路、破骨细胞分化等175个信号通路被显著富集(均P < 0.05)。  结论  中药复方君臣佐使配伍可以转换为靶标相互作用的化合物形式,阐明益骨汤的物质基础及配伍机制。益骨汤组分靶标和通路不仅具有调节成骨细胞和破骨细胞功能的双重作用,还通过影响和干预骨微循环境,体现补肾健脾活血法治疗骨质疏松的物质基础,符合骨质疏松的病理生理机制。      

基于网络药理学探究黄芪-白术药对治疗骨质疏松性骨折的作用机制

目的:基于网络药理学探讨黄芪-白术药对治疗骨质疏松性骨折(osteoporotic fracture, OPF)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选黄芪、白术的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选OPF的作用靶点,进而筛选黄芪、白术与OPF的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:基于TCMSP数据库筛选黄芪-白术治疗OPF的活性成分19个和交集靶点115个;GO功能富集分析得到条目568个,其中生物过程条目433个、细胞组成条目43个、分子功能条目92个;KEGG通路富集分析得出条目111个,主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE、IL-17、TNF、前列腺癌、Toll样受体、HIF-1、NF-κB等信号通路。结论:黄芪-白术药对可能通过调控TNF、NF-κB、HIF-1等信号通路,发挥调控炎症反应以及破骨细胞和成骨细胞的内在平衡作用,从而对OPF产生治疗作用。     

基于网络药理学探讨自拟桑蚕颗粒治疗2型糖尿病的作用机制

目的:运用网络药理学研究自拟桑蚕颗粒治疗2型糖尿病的作用机制,为新药研发提供支撑。方法:通过文献挖掘和数据库检索得到桑蚕颗粒活性成分及潜在靶点;在GEO数据库中筛选2型糖尿病基因芯片,经差异分析获取差异基因作为疾病靶点。应用Cytoscape3.7.2软件构建中药复方调控网络图。利用Cytoscape3.7.2插件Bisogenet构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),CytoNCA插件对其进行拓扑分析,MCODE插件对PPI核心网络进行功能聚类,应用Bioconductor分别对各功能模块实现GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:研究得到97个活性成分和42个关键靶点,PPI核心网络主要有4个功能模块,GO功能富集分析中生物学过程共涉及1396个条目,细胞组分共涉及113个条目,分子功能共涉及153个条目,KEGG富集分析共涉及17条通路。结论:自拟桑蚕颗粒有效成分可调控2型糖尿病发病重要通路中多个靶点。     

基于网络药理学和分子对接分析参附汤治疗房颤的作用机制

  目的  基于网络药理学和分子对接技术,探索参附汤治疗房颤的作用机制。  方法  2020年3—4月通过TCMSP数据库筛选参附汤的活性成分以及相关靶点,并在Uniprot数据库中对相关靶点进行注释并得到基因名;在OMIM和Pharmgkb等数据库,获取房颤相关的靶点;由R软件对房颤及其与参附汤有效成分靶点取交集,获得关键治疗靶点;利用String数据库构建PPI网络,并将结果导入Cytoscape软件中构建“活性成分-作用靶点-疾病”网络和进行拓扑分析,获得核心靶点;随后在DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释及KEGG富集分析,最后通过AutoDock Vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。  结果  获得参附汤靶点101个,房颤靶点3 219个,交集后获得65个共有靶点,拓扑分析发现NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8是参附汤治疗房颤的核心靶点;GO提示主要靶点涉及电压门控钙通道活性、钙离子传输以及活性氧代谢等生物学过程;KEGG提示主要靶点通过cGMP-PKG、cAMP、钙通道以及PI3K-Akt等信号通路参与治疗房颤;分子对接结果显示核心靶点蛋白与对应参附汤活性成分具有较好的结合稳定性。  结论  参附汤治疗房颤具有“多成分-多靶点-多通路”的作用特点,可能与NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8靶点相关,其具体机制尚需分子生物实验印证。      

基于网络药理学的消岩汤治疗胃癌机制探讨

[目的]运用网络药理学探讨消岩汤治疗胃癌的作用机制。[方法]通过TCMSP、TCMID和BATMAN-TCM数据库筛选消岩汤的活性成分及作用靶点,后利用Uniprot获取蛋白靶点所对应的基因名称;通过DrugBank、GeneCards、OMIM数据库挖掘胃癌疾病靶点,并筛选出与消岩汤靶点基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.2软件绘制药物-化合物-交集靶点网络图;运用String数据分析平台构建PPI网络,并运用MCODE插件对PPI网络进行Cluster模块分析;运用Metascape数据库进行KEGG富集分析及GO富集分析;运用Kaplan-Meier Plotter数据库探索关键基因靶点对胃癌患者OS的影响,绘制生存曲线。[结果]筛选得到消岩汤活性成分41种、靶点基因266个,胃癌靶基因1 163个,最终获得交集基因116个,剔除不含交集基因的活性成分后得到化合物35种。TP53、JUN、AKT1、MAPK3、RELA、MAPK1、ESR1、MAPK14、IL-6等为消岩汤治疗胃癌的关键靶点。GO富集分析结果显示与凋亡的信号通路、对无机物质的反应、对氧化应激的反应、对化...     

基于网络药理学探讨青黄散治疗急性早幼粒细胞白血病的作用机制

目的:通过网络药理学的方法探讨青黄散治疗急性早幼粒细胞白血病(APL)的作用机制。方法:通过中药系统药理学(TCMSP)数据库筛选青黄散有效成分,利用Swiss Target Prediction数据库预测有效成分靶点,在Gene cards等数据库中检索APL相关靶点,构建"药物-成分-疾病-靶点"网络图,构建关键靶点的蛋白-蛋白互相作用(PPI)网络图,并进行基因本体(GO)生物过程和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出10个有效成分,青黄散-APL共同靶点169个,如TP53、GAPDH、MYC、CASP3、MAPK1、EGFR等,GO条目77个,KEGG通路56条,包括癌症、PI3K-Akt、ErbB等信号通路。结论:青黄散主要通过调控细胞凋亡、细胞增殖、DNA转录等生物学过程治疗APL,为青黄散治疗APL提供参考依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

基于网络药理学研究六君子汤治疗年龄相关性黄斑变性的机制

目的 通过网络药理学分析六君子汤治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)的靶点和信号通路,并探讨其作用机制.方法 从中药网络药理学数据和分析平台(TCMSP)搜索六君子汤6味中药的化学成分,并筛选出可能活性成分;在Swiss Target Prediction数据库查询活性成分的对应靶点;使用DrugBank、TTD和OMIM...     

基于网络药理学的人参白虎汤治疗糖尿病药效机制研究

目的利用网络药理学的方法对人参白虎汤在治疗糖尿病的过程中药效机制进行研究。方法在中药系统药理学分析平台(TCMSP)中得到人参白虎汤中知母、甘草和人参的化学成分和药物靶点,在BATMAN-TCM中得到粳米的化学成分和药物靶点,在HTDocking中得到石膏的靶点;利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM),人类基因数据库(GeneCards)筛选糖尿病的相关靶点;运用Cytoscape 3.7.1构建“化合物—靶点—基因”网络;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;通过生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果构建出化合物靶点网络,蛋白质相互作用网络,对核心蛋白进行基因本体功能分析和通路分析。结论本实验利用网络药理学对人参白虎汤和其治疗的糖尿病进行了分析,探究其共性作用机制及高频共性靶点,高频共性基因,高频共性GO功能和高频共性KEGG通路等,为人参白虎汤用于糖尿病的治疗提供理论参考。     

基于网络药理学角度探讨当归四逆汤对子宫内膜异位症的干预机制

目的 基于网络药理学探讨当归四逆汤治疗子宫内膜异位症（EMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选当归四逆汤有效活性成分及潜在靶点，在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找EMS相关靶点基因取当归四逆汤靶点基因与EMS相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“当归四逆汤活性成分-潜在靶点-EMS”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作（PPI）网络图。对潜在靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 数据库筛选的得到当归四逆汤有效活性成分151个，与EMS相关潜在作用靶基因71个，KEGG富集通路分析主要包括化学致癌受体激活，脂质和动脉粥样硬化通路等。结论 当归四逆汤具有多活性成分，能通过多靶点，多通路发挥EMS保护作用。     

网络药理学视角下泻心汤对胃溃疡的作用机制

目的：通过网络药理学方法，以“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络使泻心汤治疗胃溃疡的作用机制得以具体化、精准化、可视化展示，为进一步探讨泻心汤治疗胃溃疡作用机理奠定基础。方法：在TCMSP数据库中检索泻心汤的有效成分和作用靶点，在Uniprot数据库中检索药物靶点所对应的人类基因；在GeneCards数据库中检索胃溃疡的疾病靶点；使用韦恩图获取有效成分与疾病的共有靶点；在String数据库中进行蛋白相互作用（PPI）数据分析，在Cytoscape 3.7.1中进行PPI可视化分析；使用Metascape数据库实现GO功能、KEGG通路富集分析，使用在线网络作图工具绘制高级气泡图。在Cytoscape 3.7.1中制作“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络图。结果：泻心汤有63个有效成分、228个作用靶点，与胃溃疡有109个交集靶点，获得1 803个GO条目、176条KEGG富集通路。结论：泻心汤通过槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、芦荟大黄素等有效成分调控AKT1、TP53、IL6、TNF、VEGFA等核心靶点，以及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等主要通路，发挥抗炎、抑酸、抗幽门螺杆菌、保护胃粘膜、防癌抑癌等作用，对胃溃疡起到治疗目的。     

基于参芪地黄汤治疗膜性肾病作用机制的网络药理学和分子对接技术分析

目的：基于网络药理学与分子对接技术探讨参芪地黄汤治疗膜性肾病（MN）的作用,并阐明其机制。方法：通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选参芪地黄汤中7味中药所含有效成分及相应的靶蛋白,采用GeneCards数据库、孟德尔OMIM数据库和Drugbank数据库获取MN的相关基因靶点,采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络,采用STRING数据库和Cytoscape软件制作蛋白相互作用（PPI）网络,并进行拓扑学分析寻找核心靶点,采用分子对接软件对核心靶点与作用于核心靶点的活性成分进行分子对接,筛选出参芪地黄汤治疗MN的核心成分,采用Bioconductor R软件进行靶点基因本体论（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：经筛选后获得参芪地黄汤的有效活性成分55个,药物作用靶点214个,MN相关靶点3 655个,获得药物疾病共同靶点144个,其中核心靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、表皮生长因子（EGF）、血管内皮生长因子A (VEGFA)、肿瘤蛋白P53 (TP53)和表皮生长因子受体（EGFR）;基于分子对接技术...     

基于网络药理学探讨石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 结合网络药理学和实验验证研究石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选石丹颗粒的活性成分,并预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选整合慢性萎缩性胃炎相关靶点;将活性成分靶点与慢性萎缩性胃炎靶点取交集后,通过String11.0数据库构建蛋白互作网络,并运用Cytoscape 3.9.0软件筛选核心靶点;通过DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析以预测作用机制;通过AutoDock平台进行分子对接验证。构建慢性萎缩性胃炎细胞模型,通过ELISA、qPCR以及Western blot检测验证网络药理学分析结果。结果 共筛选得到石丹颗粒活性成分靶点268个,CAG相关靶点484个,取交集后共得到石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎靶点82个,其中核心靶点是IL-6、Akt1和TNF等。GO和KEGG富集分析提示石丹颗粒主要通过IL-17信号通路、TNF信号通路和PI3K-Akt等信号通路发挥作用。分子对接显示,大部分核心靶点与活性成分有较高的结合活性。细胞实验表明,石丹颗粒能通过调节IL-6、Akt1和TNF-α改善慢性萎缩性胃炎。结论...     

三棱提取物抑制糖酵解限速酶抗黑色素瘤机制研究

目的 探究三棱抗黑色素瘤的分子作用机制及其有效物质基础.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCM-SP)检索三棱的活性成分及对应的靶点,利用GeneCards数据库检索黑色素瘤疾病靶点,借助Cytoscape3.7.2软件绘制药物-疾病靶点蛋白互作(PPI)网络,并筛选出核心靶点,再根据DAVID数据库平台进行...