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1.
目的用生物信息学方法分析刚地弓形虫抑制蛋白(T.gondii profilin,TgPRF)的主要特性与抗原表位,筛选该蛋白的T/B细胞联合抗原表位。方法利用NCBI上的ORF finder、ProtParam、SignalP、TMHMM、MotifScan、WoLF PSORT、PSORTⅡ、SOPMA、Bcepred、SYFPEITHI、NetCTL等生物信息学在线分析程序,结合Gene Runner和DNAMAN等生物信息学软件,分析并预测TgPRF蛋白的开放阅读框、理化性质、信号肽、跨膜区、翻译后修饰位点、亚细胞定位、二级结构、表面可及性、可塑性、亲(疏)水性及T/B细胞抗原表位。结果 TgPRF基因的开放式阅读框为492个碱基的核苷酸序列。TgPRF蛋白由163个氨基酸组成,相对分子质量为17 555.2,分子式为C_(764)H~(1160)N_(204)O_(258)S_7,等电点为4.40,有4个表面可及性参数≥1.9的区域、5个亲水性参数得分≥1.9的区域、3个柔韧性参数得分≥2的区域、10个翻译后修饰位点、8个潜在B细胞抗原表位和3个T/B细胞联合表位。结论 TgPRF蛋白有多个优势抗原表位,为后续弓形虫免疫保护性的研究提供理论指导。  相似文献   

2.
摘 要: 目的 生物信息学分析肺炎嗜衣原体Cpn0797蛋白的结构,制备特异性的抗Cpn0797蛋白的单克隆抗体。 方法 用ProtParam、SignalP、NPS@ 、和PSORT等软件对Cpn0797蛋白的理化参数、信号肽、二级结构、蛋白亚细胞定位进行分析;原核表达纯化GST-Cpn0797融合蛋白,以其为免疫原免疫BALB/c小鼠,杂交瘤技术制备单克隆抗体,采用间接免疫荧光法鉴定单克隆抗体的亚类和特异性。 结果 生物信息学分析表明Cpn0797蛋白二级结构以无规则卷曲为主;成功地建立了能稳定分泌抗Cpn0797蛋白的单克隆抗体杂交瘤细胞株,单克隆抗体能特异性的识别Cpn0797内源性蛋白。结论 成功制备特异性的Cpn0797单克隆抗体,为进一步探究Cpn0797蛋白的生物学功能提供实验基础。  相似文献   

3.
目的应用生物信息学软件预测分析结核分枝杆菌潜伏感染相关蛋白Rv1733c的结构和功能。方法采用生物信息学软件ORF Finder、Interproscan、SOSUI、Protpapram、ProtScale、Signal IP、Tmpred、TMHMM、NetNGlyc、NetPhos 3.1 Servera、PSORT、WoLF PSORT、TargetP-2.0-CBS、NLStradamus、SOMPA、IEDB、SYFPEITHI、RANKPEP、NetMHCIIpan、BLAST、STRING等对结核分枝杆菌Rv1733c蛋白的理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜区、信号肽、糖基化及磷酸化位点、亚细胞定位、二级结构、B细胞与T细胞抗原表位以及蛋白质的相互作用进行预测分析。结果 Rv1733c蛋白由210个氨基酸组成,分子式为C_(988)H_(1620)N_(298)O_(289)S_5,原子总数3200,其编码基因全长633 bp,等电点10.31,不稳定性指数34.84,脂肪族氨基酸指数102.76,平均疏水性0.14。该蛋白有跨膜区无信号肽,有2个糖基化位点和13个磷酸化位点。该蛋白二级结构以α-螺旋(占41.90%)为主,结构较松散。其亚细胞定位于细胞质,非分泌蛋白,属于稳定的疏水性蛋白。Rv1733c蛋白含有7个B细胞抗原表位,多个T细胞表位。其互作蛋白分别为Rv2628、Rv1734c、Rv2627c、Rv0079、Rv1733c、hrp1、esxA,并参与多种生物学过程。结论生物信息学分析Rv1733c为稳定疏水性胞浆蛋白,含有多个T、B细胞抗原表位,能够磷酸化并与多种蛋白相互作用,可作为抗结核多肽疫苗的候选蛋白。  相似文献   

4.
目的通过生物信息学方法分析结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis, Mtb) pepA蛋白的结构和功能。方法采用Protparam、ProtScaleon Expasy、TMHMM、SingalP5.0、PSORT、NetPHOS3.1、BLAST、SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPEITHI等生物信息学软件分析Mtb H37Rv菌株pepA蛋白的生物学特性。结果 pepA蛋白的编码基因Rv0125全长1 068 bp,该蛋白由355个氨基酸组成,等电点5.04,为疏水性蛋白,有1个的信号肽和1个丝氨酸蛋白酶结构域,含有19个磷酸丝氨酸位点;蛋白二级结构中无规则卷曲占44.79%,为稳定蛋白;该蛋白预测含多个B细胞和T细胞表位,其中MHC-I型和MHC-II型表位集中在蛋白N端的前60个氨基酸区域。结论该蛋白预测含多个B细胞和T细胞表位,其中MHC-I型和MHC-II型表位集中在蛋白N端的前60个氨基酸区域,该区域可激活Mtb特异性CTL和Th免疫应答,可作为抗结核肽疫苗的候选。  相似文献   

5.
目的:应用生物信息学方法预测分析结核分枝杆菌表位串联蛋白W541的结构和功能。方法:本实验室构建的新型结核分枝杆菌DNA疫苗编码蛋白W541是由增殖期抗原Ag85A、Ag85B和潜伏相关抗原Rv3407、Rv1733c的表位串联起来的,其氨基酸序列分别利用ProtParam、Protscale、TMHMM、SOPMA、SWISS-MODEL、PSORT、SignalP、NetNGlyc、NetPhos、SYFPEITHI、RANKPEP、IEDB、NetMHC、STRING和EXPASY生物信息学软件分析该蛋白质的理化性质、亲(疏)水性、跨膜螺旋、二级和三级结构、亚细胞定位、信号肽及糖基化、磷酸化位点,B细胞、辅助性T(Th)细胞和细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位,以及蛋白相互作用网络及与人类蛋白的同源性。结果:W541蛋白共由704个氨基酸构成,分子式为C3329H5035N923O993S24,不稳定指数为45.37,为亲水性不稳定蛋白。无跨膜螺旋区及信号肽,细胞内定位为膜...  相似文献   

6.
目的利用生物信息学方法分析预测2型猪链球菌葡萄糖胺-6-磷酸脱氨酶(Glucosamine 6-phosphate deaminase,NagB)的性质、结构与功能等信息。方法利用DNAStar、ProtParam、PredictProtein、PSORT、SignalP、TMHMM、SOMPA、PROSITE、SWISS-MODEL、SYBYL-X和ClustalX等在线分析软件对2型猪链球菌中的NagB理化性质、亚细胞定位、二级结构、三级结构及活性中心等进行分析。结果 NagB由378个氨基酸残基构成,无信号肽及跨膜区,是稳定的亲水性胞浆蛋白。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主分别占46.30%和32.28%,三级结构模拟显示其为典型的二聚体结构,单体的活性中心可能由Ala52、Ser55、Arg106、Ser107、Ser110、Phe164、Met166、Glu242、Val364、Asn365、Arg366、Val367、Val368等多个核心氨基酸构成。结论生物信息学预测NagB含有2个SIS功能结构域(34-190aa;210-358aa),涉及磷酸糖的异构酶功能,NagB的特征信息为进一步研究其在S.suis 2生长增殖以及致病过程中可能发挥的作用奠定了基础。  相似文献   

7.
目的利用生物信息学方法分析预测2型猪链球菌葡萄糖胺-6-磷酸脱氨酶(Glucosamine 6-phosphate deaminase,NagB)的性质、结构与功能等信息。方法利用DNAStar、ProtParam、PredictProtein、PSORT、SignalP、TMHMM、SOMPA、PROSITE、SWISS-MODEL、SYBYL-X和ClustalX等在线分析软件对2型猪链球菌中的NagB理化性质、亚细胞定位、二级结构、三级结构及活性中心等进行分析。结果 NagB由378个氨基酸残基构成,无信号肽及跨膜区,是稳定的亲水性胞浆蛋白。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主分别占46.30%和32.28%,三级结构模拟显示其为典型的二聚体结构,单体的活性中心可能由Ala52、Ser55、Arg106、Ser107、Ser110、Phe164、Met166、Glu242、Val364、Asn365、Arg366、Val367、Val368等多个核心氨基酸构成。结论生物信息学预测NagB含有2个SIS功能结构域(34-190aa;210-358aa),涉及磷酸糖的异构酶功能,NagB的特征信息为进一步研究其在S.suis 2生长增殖以及致病过程中可能发挥的作用奠定了基础。  相似文献   

8.
目的应用生物信息学分析软件预测鸟分枝杆菌MAV-2052蛋白的结构和功能。方法利用在线uniprot蛋白数据库、ProtParam蛋白分析网站、在线Protcale、TMHMM(TMHMM Server V 2.0)和SignalP 5.0、Softberry和PSORTⅡServer,以及SOPMA和SWISS-MODEL等生物信息学预测软件对MAV-2052蛋白的理化性质、疏水性分析、信号肽、跨膜区、亚细胞定位及二级结构进行分析预测并对其三级结构进行模型构建;登录网站http://www.cbs.dtu.dk/services/netrhos/对蛋白磷酸化位点进行预测,运用uniprot蛋白数据库的Blast工具对氨基酸进行比对,采用MEGA-X软件构建进化树。结果 MAV-2052基因全长933 bp,编码310个氨基酸的蛋白质。该蛋白与鸟分枝杆菌亚型起源于同一物种,与结核分枝杆菌的半胱氨酸合酶k_1同源性较高。MAV-2052为稳定的疏水性蛋白,无跨膜区、无信号肽;预测该蛋白亚细胞定位在细胞质中,蛋白序列中存在13个丝氨酸磷酸化位点,二级结构以α-螺旋为主且有两个结构域;三级结构模型显示该蛋白可形成同源二聚体,但无其他配体结合空间位置。MAV-2052蛋白为半胱氨酸合酶,属于半胱氨酸合酶/半胱氨酸β合成酶家族,是调控鸟分枝杆菌生长中的重要蛋白之一。结论生物信息学预测鸟分枝杆菌MAV-2052为半胱氨酸合成酶,是调控细菌生长的重要蛋白,可为鸟分枝杆菌的靶向治疗提供新思路。  相似文献   

9.
目的应用生物信息学方法预测分析鸟结核分枝杆菌MAV-dalidaxue4563基因编码蛋白的结构功能和生物学特性。方法采用Protparam、ProtScaleon Expasy,TMHMM Server v 2.0,SignalP4.1,PSORT,NetPhos 3.1,BLAST,SOPMA,Phyre2,ABCpred,SYFPEITHI等生物信息学软件分析MAV4563蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区、信号肽、亚细胞定位、磷酸化位点、保守域、二结构及三级结构同源建模、B细胞和T细胞表位等生物学特征。结果MAV4563基因全长756 bp,编码251个氨基酸的蛋白。该蛋白分子质量为28 ku,等电点为9.23,分子式(formula)为C_(1264)H_(2013)N_(385)O_(353)S_(7),为不稳定的疏水性蛋白。该蛋白无跨膜区,无信号肽,预测亚细胞定位于细胞质中,有13个磷酸化位点;蛋白二级结构中无规则卷曲占41.83%;预测该蛋白含多个B细胞和T细胞表位,其中MHC-I型和MHC-II型表位集中在蛋白C端的后90个氨基酸区域。结论预测MAV-4563蛋白含多个B细胞和T细胞表位,其中B细胞表位和MHC-I型表位集中在C端的后90个氨基酸区域,该区域可激活NTM特异性CTL和Th免疫应答,可作为非结核病的靶向疫苗抗原,为进一步研究该蛋白的治疗性T细胞疫苗奠定了基础。  相似文献   

10.
目的 利用生物信息学和分子对接方法分析预测新冠病毒相关蛋白二肽基肽酶1(Dipeptidyl peptidase 1,DPP1)的特征信息,为探究其作用机制和靶向药物的研发提供理论依据。方法 通过NCBI获得DPP1氨基酸序列,利用ProtParam、PredictProtein、PSORT、ProtScale、SignalP、TMHMM、SOMPA、PROSITE、SWISS-MODEL、SYBYL-X、STRING和IEBD等软件或服务器对其理化性质、亚细胞定位、信号肽、跨膜区、二、三级结构、活性中心、对接结合口袋、B/T细胞抗原表位及相互作用蛋白等进行预测分析。结果 DPP1由463个氨基酸残基构成,有1个信号肽序列,无跨膜区,是稳定的亲水性分泌蛋白。二级结构以无规卷曲为主,存在3个活性中心和2个功能结构域,涉及去除底物末端二肽的肽酶功能。三级结构模型显示其为四聚体结构,蛋白单体与小分子抑制剂的活性结合口袋由VAL40、LYS63、VAL65、THR67、VAL142、GLY143、THR144、ALA145、ASN148和THR150等核心氨基酸组成。DPP1主要与10个蛋白存...  相似文献   

11.
 目的 预测结核分枝杆菌Rv1419蛋白的抗原表位。方法 利用DNAStar软件包中Protean软件对Rv1419氨基酸序列进行分析,采用包括二级结构、亲水性、抗原性、可及性、柔韧性、电荷分布等多参数预测其二级结构及T细胞和B细胞抗原表位。结果 Rv1419蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,含有少数潜在的B细胞抗原肽表位(可能在67~70、72~82、142~154、131~137位氨基酸残基或其附近),这些表位抗原性较好,都含有β转角和无规则卷曲结构,呈现在表面的可能性和柔韧性都较大。该蛋白含有较多潜在的T细胞抗原肽表位(可能在5~15、18~22、29~32、43~55、58~62、64~68、86~97、99~109、110~114、117~123、126~128、136~140位氨基酸残基或其附近)。结论 结核分枝杆菌Rv1419蛋白是一个T细胞抗原表位占优势的蛋白抗原,也存在B细胞抗原表位,本研究结果为该蛋白抗原表位的进一步研究、应用奠定了基础。  相似文献   

12.
目的预测结核分枝杆菌Rv3407的抗原表位。方法利用DNAStar软件包中Protean软件对Rv3407氨基酸序列进行分析,采用包括二级结构、亲水性、抗原性、表面可能性、柔韧性等多参数预测其二级结构及T细胞和B细胞抗原表位。结果 Rv3407蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,潜在的B细胞抗原表位较少,可能位于11-26、28-43、50-61、66-74、76-99位氨基酸残基或其附近,这些区域基本上含有β转角结构,亲水性、表面可能性和柔韧性指数都较高。该蛋白潜在的T细胞抗原表位较多,可能位于2-12、22-26、34-37、40-44、56-60、75-79、86-93位氨基酸残基或其附近。结论结核分枝杆菌Rv3407是一个T细胞抗原表位占优势的蛋白抗原,B细胞抗原表位略少,预测结果为该蛋白抗原表位的进一步研究与应用奠定了基础。  相似文献   

13.
目的 预测结核分枝杆菌Rv3134c的抗原表位,了解其免疫学特性。方法 利用DNAStar软件包中Protean软件对Rv3134c氨基酸序列进行分析,采用包括二级结构、亲水性、抗原性、表面可能性、柔韧性等多参数预测其二级结构及T细胞和B细胞抗原表位,最后BLAST分析其与人类抗原表位的同源性。结果 Rv3134c蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,含有较多潜在的B细胞抗原表位,可能位于1-7、30-37、65-81、89-100、111-120、138-148、184-195、209-216、233-238位氨基酸残基或其附近,这些区域基本上含有β转角结构,亲水性、表面可能性和柔韧性指数都较高。该蛋白潜在的T细胞抗原表位较少,可能位于62-76、89-97、185-195、203-213、219-231、248-255位氨基酸残基或其附近。BLAST分析结果显示,其与人类抗原表位的同源性很低。结论 结核分枝杆菌Rv3134c是一个即含有较多B细胞抗原表位又含有较多T细胞抗原表位的蛋白抗原,实验结果为该蛋白抗原表位的进一步研究与合成肽疫苗奠定了基础。  相似文献   

14.
目的 分析结核分枝杆菌Rv2941抗原的T细胞表位集中区的免疫原性,探究其作为结核病疫苗候选抗原的潜力。方法 通过免疫表位数据库(Immune Epitope Database,IEDB)分析Rv2941抗原的T细胞表位区(命名为Rv2941p)并构建表达载体PET32a-Rv2941p,诱导表达并纯化Rv2941p。将其与免疫佐剂二甲基三十六烷基铵(DDA)和PolyI:C乳化后,皮下免疫BALB/c小鼠3次,每次免疫间隔10 d,末次免疫1周后处死小鼠,进行免疫效果评价。采用ELISA法检测免疫后小鼠血清中IgG、IgG1和IgG2a抗体滴度以及免疫后小鼠脾脏淋巴细胞分泌IL-4、IL-2、IL-6和IFN-γ的水平。同时,利用流式细胞技术检测淋巴细胞内CD4+T、CD8+T细胞增殖情况以及胞内细胞因子(IFN-γ、TNF-α和IL-4)表达水平。结果 Rv2941p可溶性表达,并获得高纯度的蛋白。Rv2941p诱导产生了高水平的特异性抗体IgG,与对照组相比,差异有统计学意义(P<0.001)。另外,Rv2941p提高了IgG2a/IgG1的比值。细胞因子检测结果显示,Rv2941p提高了IFN-γ和IL-6的分泌,与Ag85B组比较,差异有统计学意义(P<0.001)。同时,Rv2941p可以促进CD4+和CD8+T细胞的增殖分化,以及提高胞内IFN-γ和TNF-α的表达。结论 Rv2941p可以刺激小鼠产生较高的体液和细胞免疫,尤其Th-1类细胞免疫,可以作为结核病疫苗候选抗原,为结核病新型疫苗的开发奠定了基础。  相似文献   

15.
目的运用生物信息学方法分析鸟分枝杆菌PPE25-MAV蛋白的结构与功能。方法从NCBI数据库获取MAV2928基因编码蛋白氨基酸序列;使用protParam和PortScale工具分析该基因编码PPE25-MAV蛋白的理化性质以及亲疏水性;分别运用SignaIP 4.1 Server、TMHMM Server v.2.0和PSORT Prediction工具预测PPE25-MAV蛋白的信号肽、跨膜区、亚细胞定位;采用NetPhos 3.1 Servera预测磷酸化位点,采用NCBI-Conserved domains分析蛋白的保守域结构;采用SPOMA软件在线分析PPE25MAV蛋白二级结构,使用SWISS-MODEL建立三级结构模型。运用ABCpred软件和IEDB预测蛋白的B细胞抗原表位。结果MAV2928基因全长为1266 bp,编码蛋白PPE25-MAV含有421个氨基酸,为不稳定疏水蛋白,脂肪系数为72.66,无信号肽及跨膜区,定位于细胞质中。该蛋白含有52个磷酸位点,有1个保守域结构属于PPE超家族蛋白;二级结构以无规则卷曲为主,结构较松散。预测该蛋白含有7个B细胞优势抗原表位和24个Th细胞表位。结论PPE25-MAV蛋白含有多个磷酸化位点,参与细胞信号的转导,含有7个优势B细胞抗原表位,为该蛋白作为候选疫苗抗原提供了理论基础。  相似文献   

16.
目的 体外鉴定结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb)Rv0440蛋白序列中表位肽362 370 aa和369-377 aa的HLA A*0201限制性CD8+ CTL表位的免疫原性,为基于表位的结核疫苗研究提供实验依据.方法 根据T2细胞HLA-A* 0201分子与多肽结合力分析实验结果,选取结核分枝杆菌Rv0440蛋白质氨基酸序列中对HLA-A* 0201分子高亲合力的Rv0440 1(362-370 aa,KLQERLAKL)和Rv0440-2(369 377 aa,KLAGGVAVI)作为候选表位肽.用候选表位肽刺激PPD(+++)健康志愿者外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMC)检测细胞分泌IFN γ的水平.用候选表位肽诱导特异性CTL细胞,检测特异性CTL细胞对负载表位肽的T2细胞的杀伤活性,观察Rv0440-1和Rv0440 2的HLA-A* 0201限制性CD8+ CTL表位的免疫原性.结果 ELISPOT实验结果显示,表位肽Rv0440-1能够明显诱导HLA-A* 0201(+)、PPD(+++)健康志愿者PBMC分泌IFN γ(P<0.05);且表位肽Rv0440-1负载DC诱导的CTL在效靶比为10:1时对负载相应表位肽的T2细胞的特异性杀伤活性高于对照组(P<0.05);与对照组相比,表位肽Rv0440 2没有诱导能力.结论 表位肽Rv0440-1(362-370 aa,KLQERLAKL)具有良好的免疫原性,是有效的结核分枝杆菌的HLA-A*0201限制性CTL表位.  相似文献   

17.
目的 筛选及临床验证结核潜伏感染(LTBI)新型候选标志物,为研究LTBI诊断新方法提供科学基础。方法 选择2013年1月至2015年12月就诊于遵义医学院附属医院的活动性肺结核患者(ATB组)、LTBI者(LTBI组)及健康人群(H组)血清。小样本分别独立地与包含4262个结核分枝杆菌(MTB)重组蛋白的MtbprotTM芯片反应进行初筛,选择差异较为明显的蛋白质,定制成蛋白小芯片,进行较大样本验证,对有效数据进行归一化处理,根据单个蛋白的P值进行评价,进一步通过SPSS统计软件,优化出最优组合。结果 用MtbprotTM芯片,经32份血清(H组7份、LTBI组9份及ATB组16份)试验验证,初筛出前100个可能与LTBI相关蛋白质,用这些蛋白质制成小芯片,分别与204份血清(H组44份,LTBI组60份,ATB组100份)进行进一步验证试验,优选出8个蛋白标志物,分别为Rv1860、Rv2031c、Rv1441c、Rv0494、Rv3301c、Rv0351、Rv1821和Rv0280,其组合诊断LTBI的特异性及敏感性分别为90.9%和83.1%。结论 成功筛选鉴定出8个LTBI新型候选蛋白标志物,其组合应用在LTBI诊断和鉴别诊断上具有较大的潜在应用前景。  相似文献   

18.
目的研究结核分枝杆菌耐异烟肼菌株与敏感菌株间蛋白质表达的差异。方法应用双向电泳技术比较9株耐异烟肼菌株与7株敏感菌株的全菌蛋白表达图谱,采用基质辅助激光解吸及电离飞行时间质谱仪进行质谱分析,通过蛋白质数据库对耐药菌株和敏感菌株差异表达蛋白质相应的基因进行序列分析。结果耐异烟肼结核分枝杆菌中有20个蛋白质斑点表达量显著增加,质谱分析获得5个明确的肽质量指纹图谱,分别为Rv1446c、Rv3028c、Rv0491、Rv2971和Rv2145。结论差异表达蛋白的发现可能对新型抗结核药物靶点和耐异烟肼结核病诊断的分子标志物研究提供依据。  相似文献   

19.
目的 通过构建结核分枝杆菌(结核菌)CFP-10和Rv2626c蛋白表达载体,并在大肠杆菌表达,对其免疫反应性进行鉴定评价。方法 用PCR法从结核菌H37Rv基因组DNA分别扩增出CFP-10、Rv2626c基因,连接到表达载体PET30a上, 在大肠杆菌中表达;组氨酸标签(His - Tag) 镍柱层析纯化重组蛋白;用ELISA方法进行检测。结果 构建了含CFP10、Rv2626c重组质粒的大肠杆菌工程菌, 发现目的蛋白主要以可溶形式存在;用重组CFP10、Rv2626c蛋白组成联合抗原, ELISA方法检测214份血清, 阳性率达77.1%。结论 目的基因克隆入宿主菌中并表达成功, 重组的CFP-10、Rv2626c蛋白组成联合抗原可能成为结核病血清学诊断的组合抗原之一。  相似文献   

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