喜马拉雅旱獭饲养繁殖的观察

喜马拉雅旱獭是青藏高原上的主要野生啮齿动物之一。在温、湿度适宜的条件下,通过人工室内饲养,可以生长良好。年满三周岁以上的旱獭还能繁衍后代。     

基于微生物16S rDNA测序技术研究高脂血症豚鼠肠道菌群的变化

目的利用微生物16S rDNA测序技术研究高脂血症豚鼠肠道菌群的变化情况。方法豚鼠随机分为对照组和模型组,每组10只。高脂喂养8周复制高脂血症模型。第8周末测定豚鼠血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDLC)和高密度脂蛋白胆固醇(HDLC)水平;剖取肝脏、主动脉和结肠,HE染色观察肝脏、主动脉和结肠组织形态学变化; 16S rDNA测序检测豚鼠肠道内容物微生物组成和比例的变化情况。结果与对照组相比,模型组豚鼠血清TC、TG、LDLC和HDLC水平均显著升高(P0.01);组织形态学显示,模型组豚鼠均出现重度脂肪肝病变,但仅1只模型组豚鼠出现少量泡沫细胞聚集。16S rDNA基因序列分析显示,与对照组相比,在门分类学水平上,模型组豚鼠肠道互养菌门细菌比例显著增加(P0.05);在属分类学水平上,模型组豚鼠肠道毛螺旋菌NK4A136、瘤胃球菌、幽门螺杆菌、Odoribacter、Allobaculum和Caldicoprobacter细菌比例显著降低(P0.05),依赖杆菌、毛螺旋菌XPB1014、锥形杆菌和Enterorhabdus细菌比例明显升高(P0.05)。结论高脂血症豚鼠肠道菌群的组成及比例发生了明显变化。该实验结果为基于肠道菌群研究高脂血症作用机制奠定了理论基础。     

云南喜马拉雅旱獭种群的年龄鉴定

用臼齿磨损程度的方法对云南喜马拉雅旱獭头骨标本115号作了年龄的研究。分为5个年龄组,主要特征是:幼体组,即当年生的幼獭,臼齿未长齐或才出齐;亚成体组,臼齿磨损呈点状或滴状斑;成体Ⅰ组,M~1及M~2齿面磨损斑呈蹄形,最大横径为齿面的50％以下;成体Ⅱ组,M~1及M~2的齿面磨损斑呈完整的蹄形,最大横径为齿面的50％以上;老体组,M~1及M~2齿面磨损斑呈掌形。同时,按乳幼獭的发育状况作了月齿的推算。     

基于16S rDNA高通量测序研究肠道菌群与抗结核药物性肝损伤的相关性

目的 探讨初治肺结核患者抗结核治疗前后肠道菌群的差异及出现药物性肝损伤时肠道菌群的变化，分析肠道菌群与抗结核药物性肝损伤(ATLI)的相关性。方法 收集2020年1月至2021年1月在苏州市第五人民医院确诊的初治肺结核患者抗结核治疗前后的粪便标本，并根据患者接受抗结核药物治疗4周内是否发生肝功能异常分为肝损组(ATLI组)与对照组(Non-ATLI组),采集发生肝损伤时的粪便标本。利用实验室生化分析仪检测肝功能相关指标；通过细菌16S rDNA高通量测序法比较抗结核前后肠道菌群的多样性、物种组成及组件丰度的变化情况，采用Spearman相关系数分析差异的肠道菌属与血清肝功能指标的关系。结果 两组患者抗结核治疗前后肠道菌群的丰富度，菌群组成及相对丰度差异均具有统计学意义(P<0.05);两组患者抗结核治疗前后，肠道菌群的结构均发生了改变(P<0.05);通过LEfSe分析，两组患者之间共找到17个具有显著差异的分类群(P<0.05);进一步分析肠道差异菌与肝功能指标的关系，发现乳杆菌(Lactobacillus)、Herbinix、Anaerosporobacter、[...     

青藏高原喜马拉雅旱獭布鲁氏菌病血清流行病学调查分析

目的 检测青海省喜马拉雅旱獭布鲁氏菌抗体,确定青海喜马拉雅旱獭布鲁氏菌病的地理分布.方法 采用描述性流行病学研究中的现况调查方法,选取青海省人、畜布鲁氏菌病流行地区,有喜马拉雅旱獭栖息的部分县(市),采集青藏高原喜马拉雅旱獭血样,采用胶体金免疫层析技术(GICA)、虎红平板凝集试验(RBPT)、试管凝集试验(SA T)...     

甘肃省喜马拉雅旱獭体外寄生蚤生态研究

本文报道了甘肃省１９５９￣１９９４年喜马拉雅旱獭体外寄生蚤、洞干蚤、巢蚤的组成及分布特点，旱獭死后体蚤离宿，地面游离蚤，洞干蚤人工杀灭后回升，蚤在动物间的交换，扩散等生态资料，为旱獭鼠疫疫区的处理提供参考。     

首次从喜马拉雅旱獭分离布鲁氏菌与鉴定

目的 从喜马拉雅旱獭抗体阳性的血液分离布鲁氏菌并对其进行种的鉴定。方法 采用血培养法对布鲁氏菌抗体阳性的旱獭血液进行细菌分离,并应用传统方法对该菌进行种的鉴定。结果 经优化后的肝浸液双相培养基培养出布鲁氏菌可疑菌落,经传统方法鉴定为羊种布鲁氏菌。结论 首次证实喜马拉雅旱獭存在羊种布鲁氏菌。     

利用PCR-DGGE技术分析抗生素对小鼠肠道菌群多样性的影响

目的利用PCR-DGGE技术比较不同抗生素对小鼠肠道菌群多样性的影响情况。方法采用细菌的16S rDNA V3区通用引物,以不同抗生素作用后的小鼠和正常对照组小鼠粪便标本中的总DNA为模板,PCR扩增后进行DGGE分析小鼠肠道菌群变化。结果三组粪便标本的DGGE图谱均表现为高度多样性,不同组标本之间DGGE条带的数目和位置表现出明显差异。结论 PCR-DGGE能够有效分析粪便标本菌群的多样性,该技术可作为常规细菌分离培养方法的补充。     

香格里拉县喜马拉雅旱獭及其寄生蚤分布调查研究

目的了解云南省香格里拉地区喜马拉雅旱獭及其寄生蚤的分布情况，为鼠疫及相关疾病防治研究积累基础资料。方法通过野外现场调查确定喜马拉雅旱獭在香格里拉县的分布范围、分布特点、种群、数量；利用圈套、挖洞等方法捕获旱獭，检体表寄生蚤及洞干蚤，进行生态学研究。结果海拔2300～4900m的7个乡（镇），调查24个点，确认16个点有旱獭分布，在7个旱獭分布点捕获旱獭22只，均为喜马拉雅旱獭（Marmota himalayana）；检获獭体寄生蚤56只，属1科1亚科3属3种，分别为斧形盖蚤（Callopsylla dolabris）、谢氏山蚤（Oropsylla silantiewi）、二刺形大锥蚤（Macrostylophora bispiniforma）；获洞干蚤7只，分属2科2亚科4属4种，分别为斧形盖蚤、谢氏山蚤、双凹纤蚤（Rhadinopsylla biconcava）和扇形巨槽蚤（Megabothris rhipisoides）。结论香格里拉县北部有喜马拉雅旱獭分布，斧形盖蚤和谢氏山蚤是该地优势蚤种；该地区高山草甸生境与周边喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地的生态环境相似，同时存在喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地的主要宿主及主要传播媒介，提示香格里拉县具备喜马拉雅旱獭型鼠疫的宿主、媒介和自然地理条件。     

喜马拉雅旱獭疫源地动物鼠疫疫情发现方式分析

目的探讨喜马拉雅旱獭疫源地动物鼠疫疫情的主要发现途径。方法通过对2019年喜马拉雅旱獭疫源地动物鼠疫疫情进行分析,对病死动物检测和捕获动物检测进行比较,从而得出动物鼠疫的主要发现途径。结果 64起动物疫情中,40.63%通过病死动物检测发现,59.37%通过捕获动物检测发现;153份阳性样本中,37.25%通过病死动物检测发现,62.75%通过捕获动物检测发现。结论单从发现疫情效率的角度来说捕获动物检测优于病死动物检测,捕获动物报告是发现动物鼠疫疫情的主要手段。     

16S rDNA序列分析方法研究儿童口内细菌菌群变化

目的分析龋齿儿童和无龋健康儿童口内微生物群落的异同,找出与儿童龋齿发病相关的菌群,及无龋齿儿童的优势菌群。方法提取7例龋齿及7例无龋齿儿童唾液样本中的总DNA,利用16SrDNA序列分析技术分析克隆群中细菌种类和比例。结果 1)嗜血菌属、奈瑟菌属及链球菌属在两组检出率均高;2)龋齿组检出32个属类,78个种型;无龋齿组检出34个属类,82个种型;龋齿和无龋齿均检出29个属类和58个种型;3)嗜血菌属、梭形杆菌属的检出率在无龋组高于龋齿组,罗氏菌属、孪生球菌属、纤毛菌属及巨型球菌属在龋齿组的检出率高于无龋组,其差异均具有统计学意义(P0.05);4)莫拉菌属、沃氏葡萄球菌及棒状杆菌属只在龋齿组检出,坦纳菌属、互氧菌属、梭目菌菌属、桑肠杆菌及鞘氨醇单胞菌属只在无龋组检出。结论奈瑟菌属、链球菌属及嗜血菌属为无龋儿童的优势菌属,龋齿组与无龋齿组相比,口内微生物多样性减少且差异大,与龋齿发生相关的菌群比例增高。     

应用16S rDNA克隆文库筛查腹泻病暴发病原体及特异毒力基因验证

目的以16S rDNA克隆文库筛查某地腹泻病暴发的病原体,并验证筛查结果的可靠性。方法收集12份暴发期内腹泻患者的粪便标本,抽提粪便中总细菌基因组,随机抽取3例患者,应用中国传染病预防控制国家重点实验室建立的16S rDNA克隆文库方法筛查可能的致腹泻病原菌,根据筛查结果,设计致腹泻病原菌特异性毒力基因的引物进行PCR验证,同时对其它9份粪便标本进行该致病菌的PCR检测,根据致病菌的检出比例,确定可能导致本次腹泻病暴发的病原体。结果用16S rDNA克隆文库在3例患者标本中筛查到2例可能存在志贺菌或大肠杆菌,用针对志贺菌的特异性毒力基因ipaH对该2例患者标本进行PCR检测为阳性。在其它9例腹泻患者粪便标本中6例检测到志贺菌,志贺菌在腹泻病例中的总检出率为66.7%(8/12)。16S rDNA克隆文库筛查结果与志贺菌ipaH基因的验证结果均显示,3号病例的志贺细菌基因组在粪便总细菌基因组中所占的比例比2号病例高,两种检测结果具有一致性。结论志贺菌可能是导致某地本次腹泻病暴发的主要病原体。16S rDNA基因克隆文库法能快速筛查到可能的病原菌,其筛查结果比较可靠,因此,该方法对于不明原因疾病暴发流行的病原体筛查具有指导作用。     

新疆维吾尔族长寿老人肠道菌群多样性分析

目的分析新疆维吾尔族长寿老人肠道菌群多样性,比较肠道微生物种群的差异,以求找到肠内某些与健康有重要关系的有益菌。方法采用不依赖分离培养的16SrDNA的PCR-DGGE基因指纹技术,对新疆维吾尔族长寿老人肠道细菌进行检测。结果13份粪便标本肠道菌群总DNA均扩增出16S rDNA,大小约470bp;DGGE显示每种样品条带数目、亮度及位置不同,聚类分析显示不同个体粪便标本的细菌组成差异性非常大。结论新疆维吾尔族长寿老人肠道菌群具有多样性。基于16S rDNA的PCR-DGGE基因指纹分析可揭示肠道细菌组成的差异。     

16S rDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的价值研究

目的评价16S rDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的应用价值。方法对 13种49株诺卡菌(43株标准株和6株临床株)16S rDNA序列片段进行PCR扩增,将扩增片段进行纯化后测序,从GenBank上下载32株诺卡菌(包括星形诺卡菌,少食诺卡菌,短链诺卡菌等)及3株棒状杆菌(Corynebacterium,C.),3株弗兰克氏菌属(Frankia,F.),3株分支杆菌(Mycobacterium,M.),3株链霉菌(Streptomyces,S.)的16S rDNA序列。对所测得的诺卡菌序列及GenBank所报道的诺卡菌序列用DNASTAR程序分析处理,计算种内及种间相似性,用Mega6.06构建诺卡菌菌种系统进化树。结果在81条受试诺卡菌16S rDNA序列中,16S rDNA能将诺卡菌大致可分为11群,除了不能将亚种分离外,诺卡菌其他种属均能得到很好的分离。诺卡菌16S rDNA种内及亚种内相似性为99.1% ~ 100%;种间相似性在95.7% ~ 98.8%之间。结论16S rDNA序列分析是一种快速,简单,特异性较好的诺卡菌菌种鉴定方法,能将诺卡菌鉴定至种的水平。     

16s rDNA序列分析在腹泻粪便标本菌群分析应用

目的应用16s rDNA序列分析方法,对临床实验室没有分离到已知病原菌的腹泻病人粪便标本进行菌群分析,为腹泻病人的病原学诊断提供线索。方法根据细菌16s rDNA保守区序列设计通用引物,以腹泻病人粪便标本中的总DNA为模板,PCR扩增16s rDNA片段。将获得的片段克隆入T载体进行测序,与数据库中发表序列的进行比对,判断标本中细菌的种类和比例;PCR扩增常见的五类致病性大肠杆菌的特征基因应用于排除诊断。结果在3份粪便标本中,大肠杆菌为优势菌群(所占比例分别为84%、65%和81%);其他种群细菌为拟杆菌属(Bacteroides)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)和普雷沃氏菌属(Prevotella)等;实验室常规培养方法没有分离到常见的五类致病性大肠杆菌;PCR扩增没有发现常见的五类致病性大肠杆菌的特征基因。结论引起三例病人腹泻的病原菌可能是一种新的大肠杆菌;16s rDNA序列分析方法可应用于腹泻粪便标本菌群分析,为常规的病原培养方法提供补充,对疾病的诊断提供线索。     

Thoracic empyema caused by Prevotella spp. diagnosed using 16S rDNA sequence analysis

We describe a case of thoracic empyema in a 76‐year‐old male with complication of diabetes mellitus and hypertension. His chief complaints were fever and chest pain. The patient was diagnosed as pleural infection according to the pulmonary computed tomography (CT) scan and laboratory results. The patient had persistent fever after the treatment of continuous percutaneous drainage and 1 week of intravenous moxifloxacin. He was then misdiagnosed as tuberculous pleuritis and still had fever after the treatment of 2 weeks' antituberculosis drugs. Repeated cultures of sputum, blood, bronchoalveolar lavage fluid and pleural fluid were all negative. A gram‐negative bacillus was found in the pleural pus Gram stain, and it was identified as Prevotella spp. by 16S ribosomal DNA (rDNA) sequence analysis. The patient recovered after further treatment, including CT‐induced pleural drain and intravenous imipenem. Totally, he received 2‐week imipenem and 1‐month metronidazole therapy from the day he was diagnosed with empyema to the termination of treatment. On the subsequent 2‐month and 6‐month follow‐up visits, no recurrence has been reported for this patient. Routine microbiological methods are important in diagnosis of pleural infection, but they have limitations in some cases, especially for anaerobe. Molecular assay based on 16S rDNA is helpful in detecting causative organisms of thoracic empyema.     

肝硬化患者肠道菌群的初步分析及肠型分析

目的初步对肝硬化与肠道菌群的关系进行探讨并对肝硬化患者肠道菌群进行简单的肠型分析。方法纳入符合诊断标准的肝硬化患者80例,并选取同期健康志愿者40名。采用粪便细菌基因组DNA提取试剂盒采集肝硬化患者及健康志愿者的粪便,应用16s rDNA测序技术检测肠道菌群,并应用Qiime流程以及R软件等对测序结果进行分析。结果随着肝硬化的发生及严重程度的增加,致病菌如Escherichia/Shigella(埃希氏菌属/志贺氏菌属)、Streptococcus(链球菌属)、Veillonela(韦荣菌属)明显增加,而有益菌Prevoseburia(罗斯拜瑞氏菌属)、f_;achnospiraceae(毛螺旋菌科下的未知属)明显减少。其中,Escherichia/Shigella(埃希氏菌属/志贺氏菌属)的平均相对丰度百分比与Child-Pugh评分呈显著正相关。肠道菌群结构以Escherichia(埃希氏菌属)为主的人群罹患肝硬化且发展为重度肝硬化的风险更高。结论肝硬化的发生发展与肠道菌群密切相关且以Escherichia为主的肠道菌群结构为肝硬化的危险肠型。     

幽门螺杆菌16SrDNA指纹图和PCR-RFLP基因分型研究

目的　探讨我国幽门螺杆菌 (Helicobacterpylori,Hp)的基因多态性及其与相关疾病之间的关系。 方法　应用PCR掺入法制备 16SrRNA基因探针 ,建立 16SrDNA指纹图技术和尿素酶C(ureC)基因的PCR -RFLP法 ,并结合统计学软件进行聚类分析 ,对临床分离的 14株Hp进行基因分型。结果　 14株Hp的 16SrDNA指纹图谱显示 10个HaeⅢ杂交带型和 12个HindⅢ杂交带型 ;ureC基因的变异度较小 ,14株Hp中有 12株PCR -RFLP图谱完全一致。通过杂交结果示意图和SPSS10 0软件进行聚类分析 ,HaeⅢ、HindⅢ及两种酶杂交结果的综合 ,均将 14株Hp分为两型。两种方法结果综合进行聚类分析 ,14株Hp在基因水平上分为三型。结论　差异显著的DNA指纹图谱说明了不同Hp菌株间基因组结构的高度变异性。 16SrDNA指纹图谱较ureC基因的PCR -RFLP谱型更敏感地表达Hp各菌株的变异 ,可准确有效地对Hp作出基因分型。未发现Hp菌株间有特异的疾病图谱存在     

咽部标本16s rDNA序列分析方法的建立及应用

目的建立一种非培养的、以16s rDNA序列分析为基础的咽喉标本细菌筛查技术。方法提取标本中的总DNA,针对细菌16s rDNA保守区设计通用引物进行PCR扩增、克隆、测序,将获得的16s rDNA序列与数据库中的发表序列进行比对,分析克隆群中细菌的种类和比例。结果16s rDNA序列分析方法,能够对正常成人的咽部标本进行分析;在咽部标本中发现了不动杆菌、真杆菌、流感嗜血杆菌等;在这些细菌中,既有能够常规分离培养的细菌,也有常规难以分离培养的细菌。结论成功建立了咽部标本的16s rDNA序列分析方法;通过分析正常成人咽部标本,得到正常人体咽部菌群的种类和比例,发现了多种不能常规分离培养的细菌。     

用PCR—RFLP和16SrDNA指纹图法分析幽门螺杆菌基因型

本文建立了PCR－RFLP和16srDNA指纹图法．对19株幽门螺杆菌（HP）进行基因型分析：HP尿素酶C基因的PCR扩增产物．分别用HindⅢ、HaeⅢ、AluⅠ酶切，结果显示：每个酶均将19株HP分为3种RFLP图谱．综合HindⅢ，HaeⅢ和AluⅠ酶切结果，19株HP分为10个酶切带型；PCR扩增HP标准株16SrRNA基因，地高辛标记制备550bp探针，19株HPDNA分别经HaeⅢ和EcoRⅠ酶切、电泳后，通过Southern杂交获16SrDNA指纹图，结果显示：HaeⅢ酶切分为14个杂交带型，EcoRⅠ酶切19株HP杂交带型均不同。本实验表明：上述两种方法重复性好，分群力高，可准确有效地对HP作出鉴定并将其分型。19株HP株间存在基因型差异。