基于16S rDNA高通量测序分析2型糖尿病腹泻患者肠道菌群的变化

目的 利用16S rDNA高通量测序技术,研究2型糖尿病腹泻患者肠道菌群的变化。方法 收集18例2型糖尿病腹泻患者和23例健康受试者的粪便样本,提取肠道菌群基因组,采用二代高通量基因测序技术,对16S rDNA V3～V4高变区进行扩增测序、生物信息学分析,比较两组人群肠道菌群结构和种类的差异。结果 Alpha多样性分析显示2型糖尿病腹泻患者肠道中菌群的丰度和多样性低于健康对照组,P<0.05。在门水平上,2型糖尿病腹泻患者组拟杆菌门占比低于健康组,P<0.05;而厚壁菌门,疣微菌门高于健康组,P均<0.05。另外,厚壁菌门/拟杆菌门比值,患者组高于健康组,P<0.05。在属水平上,2型糖尿病腹泻患者组中粪杆菌属低于健康对照组,P<0.05。结论 16S rDNA高通量测序技术有助于分析2型糖尿病腹泻患者肠道菌群多样性,为研究肠道菌群与2型糖尿病腹泻的关系提供新的思路和理论依据。     

基于16S rDNA测序分析功能性便秘婴幼儿的肠道菌群组成

目的：探讨16S rDNA测序分析功能性便秘婴幼儿肠道菌群的结构与组成,为临床治疗提供依据。方法：选取2020 年1月至12 月湖州市妇幼保健院门诊就诊的功能性便秘婴幼儿17 例作为便秘组,正常婴幼儿15例作为对照组,收集粪便,采用16S rDNA扩增子测序的方法检测2组婴幼儿肠道菌群的组成并分析其结果。结果：2组肠道菌群Alpha多样性差异无统计学意义（P ＞0.05）,但Beta多样性差异有统计学意义（P ＜0.01）。在门水平中放线菌门、厚壁菌门、变形菌门是2组儿童肠道微生物群落中最丰富的菌群,其中疣微菌门在便秘组中丰度高于对照组（P ＜0.05）。在属水平中,双歧杆菌为2组优势菌种,乳酸菌属与阿克曼菌属在便秘儿童肠道中的丰度高于对照组（P ＜0.05）。便秘组中双歧杆菌种、疣微菌门、阿克曼菌属、副干酪乳杆菌的丰度差异有统计学意义,而对照组齿双歧杆菌、放线菌目、放线菌科、放线菌属、鼠李糖乳杆菌的丰度差异有统计学意义（均P ＜0.05）。结论：功能性便秘婴幼儿存在肠道菌群结构和多样性的改变,便秘与肠道菌群之间可能存在相关性。     

具核梭杆菌灌胃对大鼠肠道菌群的影响

目的 探究具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)灌胃对健康大鼠肠道菌群的影响。 方法 将16只SD雄性大鼠随机分为2组(每组8只),处理组在大鼠第4、5、6、7、8周龄分别用具核梭杆菌灌胃1次,对照组在相同时间点以等量生理盐水灌胃。在大鼠第3、8、12周末收集粪便,提取DNA后通过Illumina Miseq平台进行16S rRNA基因高通量测序。应用蛋白印迹法检测大鼠粪便中针对具核梭杆菌的特异性IgA。 结果 第3周时,两组在菌群多样性、主要菌门水平方面的差异无统计学意义。第8周时,处理组菌群多样性明显低于对照组(P=0.009);处理组的厚壁菌门、变形菌门含量低于对照组,拟杆菌门含量高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。第12周时,处理组菌群多样性明显高于对照组(P=0.021),两组大鼠肠道菌群的主要菌门水平差异无统计学意义。同时,具核梭杆菌灌胃刺激机体产生了特异性IgA。 结论 具核梭杆菌通过未定植方式,对肠道菌群产生了影响,并可持续一定时间。具核梭杆菌刺激产生的特异性IgA可能是其不能在肠道定植的原因之一。     

间歇性缺氧对睡眠呼吸暂停大鼠模型肠道菌群结构的影响

目的 探讨间歇性缺氧(IH)对睡眠呼吸暂停综合征(OSAS)大鼠模型肠道菌群结构的影响。方法 16只大鼠随机均分为两组,分别给予4周常氧处理(NC组)或间歇性缺氧处理(IH组)。然后采集并提取大鼠粪便DNA,进行16S rRNA焦磷酸测序,并对测序结果进行生物信息学分析。Welch T检验分析两组间样本α多样性差异,ANOSIM分析检验组间β多样性差异,KW秩和检验分析组间显著丰度差异。结果 IH组与NC组间OTUs数量无显著差异(P＞0.05)。且群落多样性(Shannon指数)和丰富度(Chao1指数)亦无显著差异(P＞0.05)。物种差异分析显示,在门水平,拟杆菌门(P＜0.05)、软壁菌门(P＜0.01)在IH组肠道中显著富集,而厚壁菌门(P＜0.05)在NC组肠道中显著富集,但并未发现IH对大鼠肠道内变形菌门(P＞0.05)物种丰度的影响。在科水平上,优势菌科中,普雷沃氏菌科(P＜0.05),克里斯滕森菌科(P＜0.001),韦荣球菌科(P＜0.05),柔膜细菌RF9(P＜0.01)在IH组显著富集,理研菌科(P＜0.001),乳杆菌科(P＜0.01)在NC组显著富集。弱势菌科中,产碱菌科(P＜0.01),红螺菌科(P＜0.05),vadinBE97(P＜0.05)IH组显著富集。网络分析显示,IH组和NC组间有广泛的物种之间的相互作用。结论 间歇性缺氧可以显著改变大鼠肠道菌群结构特征。     

消化道肿瘤患者与健康人群粪便菌群差异分析

目的 比较食管癌、胃癌、结直肠癌患者之间,及不同消化道肿瘤患者与健康人群之间粪便菌群的差异。方法 采用16S rRNA的方法,对13例食管鳞癌、23例胃癌、6例结直肠癌患者,49例健康人的粪便菌群差异进行分析。 结果 肿瘤组患者粪便菌群中双歧杆菌、普拉梭菌、伶俐瘤胃球菌较健康对照人群丰度明显减低(P均<0.05);厚壁菌门、放线菌门的部分菌种在食管癌、胃癌患者粪便中较健康人群显著减少(P均<0.05),部分与肠癌组一致;抗肿瘤治疗、抗生素、乳酸菌制剂均对肿瘤患者的粪便菌群产生影响。结论 食管癌、胃癌患者粪便中以厚壁菌门、放线菌门消耗为主的菌群组成模式及部分标志性菌种与肠癌的相似性,提示这些细菌与上消化道肿瘤的发生发展可能相关。     

高通量测序分析结肠腺瘤患者肠道黏膜菌群的构成变化

目的 探讨结直肠癌发展早期肠道菌群的变化规律.方法 通过结肠镜活检收集31例结肠腺瘤患者的腺瘤组织以及20例健康志愿者的肠道黏膜,提取基因组DNA,对细菌16SrRNA基因序列V3～V4高变区进行PCR扩增,lluminaMiSeq平台上高通量测序分析.结果 结肠腺瘤患者的肠道黏膜菌群多样性比健康对照人群显著增高(P＜0.01),腺瘤组黏膜菌群结构和健康对照者相比差异显著.门水平上:结肠腺瘤组变形菌门明显增多(P＜0.01),厚壁菌门/拟杆菌门比值下降.属水平上:结肠腺瘤组乳球菌属、链球菌属和假单胞菌属增多(P＜0.01),而肠球菌属,杆菌属丰度明显下降(P＜0.01).不同病理类型腺瘤比较发现:结肠高级别和低级别上皮内瘤变组肠道黏膜菌群整体结构相似,埃希菌-志贺菌属在高级别上皮内瘤变组呈现上升趋势,但差异无统计学意义(P＞0.05).结论 结肠腺瘤患者肠道菌群多样性和构成与正常健康人存在明显差异,腺瘤患者黏膜菌群结构发生明显失衡,形成了易于肿瘤生长的肠道微生态环境.     

溃疡性结肠炎的微生态学改变及双歧杆菌治疗作用分析

目的 研究溃疡性结肠炎肠道微生态改变, 并观察双歧杆菌制剂对溃疡性结肠炎的治疗效果。方法 选取2018年5月至2019年10月北京中医药大学孙思邈医院收治的60例活动期溃疡性肠炎患者(A组)、60例缓解期溃疡性肠炎患者(B组)及60例同期体检健康者(对照组)作为研究对象。比较3组新鲜粪便中菌群变化情况。采用随机数字表法将A组、B组分为A1亚组(30例)、A2亚组(30例)、B1亚组(30例)和B2亚组(30例)。给予A1亚组和B1亚组患者口服双歧杆菌活菌胶囊, 给予A2亚组和B2亚组患者口服柳氮磺吡啶。比较4组患者临床疗效、组织学疗效及肠道菌群改变情况。结果 A组和B组大肠杆菌属、肠球菌属菌群数均显著大于对照组, 拟杆菌属、梭菌属、乳酸杆菌属和双歧杆菌属菌群数均显著低于对照组(P＜0.05);与B组比较, A组大肠杆菌属菌群数显著增加, 拟杆菌属、梭菌属、乳酸杆菌属和双歧杆菌属菌群数显著减少(P＜0.05)。A1组临床总有效率和组织学总有效率分别显著高于A2组, B1组临床总有效率和组织学总有效率分别显著高于B2组(P＜0.05)。各组治疗后大肠杆菌属和肠球菌属菌群数显著低于治疗前, 但拟杆菌属、梭菌属、乳酸杆菌属和双歧杆菌属菌群数显著高于治疗前;A1组和B1组患者治疗后大肠杆菌属和肠球菌属菌群数分别显著低于A2组和B2组, 拟杆菌属、梭菌属、乳酸杆菌属和双歧杆菌属菌群数分别显著高于A2组和B2组(P＜0.05)。结论 溃疡性结肠炎患者肠道内条件致病菌增加, 有益菌减少。双歧杆菌治疗溃疡性结肠炎疗效显著, 能够有效改善肠道微生态平衡。     

注意缺陷多动障碍合并肥胖患儿肠道菌群特点观察

  目的  探究注意缺陷多动障碍(ADHD)合并肥胖患儿发病过程中肠道菌群特点。  方法  选取2018年8月—2019年10月期间杭州市第七人民医院接诊的64例ADHD患儿作为本次研究对象,根据体重指数将其分为正常体重ADHD患儿(对照组,32例)和肥胖伴ADHD患儿(观察组,32例),采用宏基因组测序的方法测定粪便菌群,比较2组儿童之间菌群α多样性、物种分类的相对丰度及菌数量的差异。  结果  观察组和对照组儿童肠道菌群α多样性差异较小(均P＞0.05)。从菌属方面来看,观察组患儿的韦荣球菌属和粪肠杆菌属丰度低于对照组,但气味杆菌属和肠球菌属丰度高于对照组(均P＜0.05)。从菌种方面来看,观察组患儿的毛螺科菌、普氏栖粪杆菌、小韦荣球菌以及活泼瘤胃球菌丰度低于对照组,木假单胞菌、粪拟杆菌以及内脏拟杆菌丰度高于对照组(均P＜0.05)。对照组患儿的直肠真杆菌菌数明显高于观察组,多形拟杆菌、双歧杆菌属以及乳酸杆菌菌数明显低于观察组(均P＜0.05)。  结论  ADHD合并肥胖患儿肠道菌群发生了改变,或可为ADHD患儿治疗提供参考资料。      

益生菌-海带复合发酵液对肥胖大鼠肠道菌群的影响及抗肥胖效果

目的:探讨膳食益生菌-海带复合发酵液对肠道菌群的调控机制。方法:建立高脂饲料诱导的肥胖大鼠模型,分为肥胖对照组(高脂饲料+普通饮水)、益生菌发酵组(高脂饲料+饲水中添加体积分数10%的益生菌发酵液)、益-海复合发酵组(高脂饲料+饲水中添加体积分数10%的益生菌与海带发酵液),并设正常对照组(普通饲料+普通饮水),每组10只。膳食干预8周后计算实验前后大鼠体重增加量、大鼠处死前1天饮水量以及日均食物摄取量;处死大鼠,取结肠内容物,选择焦磷酸测序法鉴定肠道菌群菌属,利用气相质谱分析肠道丁酸和丙酸含量。比较各组大鼠肠道菌群菌属和短链脂肪酸生成的差异。结果:与其他3组比较,益-海复合发酵组肥胖大鼠的体重增加量、处死前1天饮水量均下降(P<0.05)。与肥胖对照组比较,益-海复合发酵组肠道厚壁菌门相对丰度降低,拟杆菌门相对丰度升高(P<0.05)。与肥胖对照组比较,益-海复合发酵组与益生菌发酵组肠道的厚壁菌/拟杆菌比值降低(P<0.05),与益生菌发酵组比较,益-海复合发酵组厚壁菌/拟杆菌比值降低(P<0.05)。与肥胖对照组比较,益-海复合发酵组大鼠肠道肥胖相关菌群相对...     

代谢综合征患者肠道菌群特征探析

目的分析代谢综合征(MS)患者肠道菌群的特征。方法选取26例MS患者为观察组,32例健康人群为对照组,运用PCR技术检测研究对象的肠道菌群,分析两组研究对象肠道菌群的特征差异。结果两组样品肠道菌群β多样性具有差异。观察组的菌群多样性指数(Ace指数和Shonnon指数)、瘤胃球菌属及毛螺菌属丰度低于对照组,芽孢杆菌属、梭菌属、普雷沃氏菌属、巨单胞菌属、肠球菌属丰度高于对照组(均P<0.05)。结论 MS患者肠道菌群的多样性及特定菌群丰度与健康人群存在差异,差异菌群集中在厚壁菌门(包括芽孢杆菌属、梭菌属)、普雷沃氏菌属、巨单胞菌属、肠球菌属、瘤胃球菌属、毛螺菌属等,肠道菌群失调可能与MS的发生和发展有关。     

中老年痰湿质人群肠道菌群结构特征研究

目的 探究中老年痰湿质与平和质人群肠道菌群样品在物种分类、丰度及多样性等方面的差异,找出中老年痰湿质人群肠道的特征功能菌群,以期为痰湿质与代谢性疾病相关性研究提供肠道微生物层面的依据。 方法 选择于2017年5月—12月在浙江医院中医内科就诊或体检中心行健康体检的人群为研究样本,通过中医体质辨识软件结合专业人员辨证,纳入痰湿质与平和质各30人,采集粪便样品并对其总RNA进行提纯,用Miseq测序仪进行基于16SrRNA的生物多样性测序,利用R(v3.1.1)软件对样品的物种分类、丰度、多样性及组间差异等进行统计分析。 结果 ①各样品间菌群构成及相对丰度均存在差异,但主要构成菌种均为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)及放线菌门(Actinobacteria)。②痰湿质组的observed species指数、chao指数、ACE指数及shannon指数均小于平和质组(均P<0.05),simpson指数大于平和质组(P<0.05)。③痰湿质组拟杆菌门(38.439±13.545)相对丰度低于平和质组(46.669±12.984),厚壁菌门(52.802±13.861)相对丰度高于平和质组(45.742±12.990),差异有统计学意义(均P<0.05)。 结论 痰湿质人群肠道菌群的丰度及多样性均显著降低;拟杆菌门相对丰度降低及厚壁菌门相对丰度升高为痰湿质人群肠道菌群的重要结构特征。      

SPF鸡不同生长阶段粪便菌群组成及多样性研究

目的 提供SPF鸡不同生长阶段肠道菌群的组成及多样性数据.方法 采集10日龄、12周龄、23周龄和52周龄SPF鸡粪便,利用Illumina HiSeq 2500高通量测序方法,对样品16S rRNA的两个高变区(V3-V4)进-测序分析,并进行了α-多样性指数、β-多样性指数和粪便群落特征分析.结果 四个生长阶段粪便样品菌群具有相似的较高的丰富度和良好的均匀度,物种多样性无显著差异(P＞0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacte ria)和拟杆菌门(Bacte roidetes丰度占95％以上;乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、拟杆菌属(Bacteroides)、肠球菌属(Enterococcus)为优势菌属,不同时期丰度差异达显著水平(P＜0.05).结论 四个生长阶段菌群组成多样,且优势菌群主要为有益菌.该实验结果能够为SPF鸡品质评定、健康监测和安全性评价提供依据.     

神曲消食口服液对肠道微生态影响的动物研究

目的 探讨神曲消食口服液治疗儿童消化不良的机制。方法 采用盐酸林可霉素灌胃C57小鼠进行小鼠消化不良造模,灌胃给药“妈咪爱”或神曲消食口服液进行治疗,正常组灌胃等体积的无菌生理盐水。利用16S r DNA高通量测序技术,检测各组小鼠肠道菌群多样性变化。结果 与空白组相比,模型组小鼠体重显著降低(P0.05)。高通量测序结果显示,与空白组相比,模型组小鼠肠道微生物多样性指数降低(Shannon指数,P0.05),在门和属的水平上,肠道微生物多样性均降低。经神曲消食口服液治疗后,小鼠体重明显增加(P0.05),肠道微生物多样性指数升高(Shannon指数,P0.05),肠道微生物多样性增加。在门的水平上,硬壁菌门(Firmicutes)丰度增加(P0.05),变形菌门(Proteobacteria)丰度降低(P0.05)。在属的水平上,小鼠肠道内益生菌乳酸杆菌属(Lactobacillus)的丰度增加(P0.05),有害菌巴氏杆菌属(Pasteurella)的丰度显著降低(P0.05)。结论 采用神曲消食口服液治疗能增加小鼠肠道菌群多样性,恢复小鼠肠道微生态平衡。神曲消食口服液治疗儿童消化不良可能与肠道乳酸杆菌增加有关。     

功能性便秘幼儿肠道菌群的16SrDNA和REP-PCR检测分析及效果评价

目的研究功能性便秘幼儿肠道菌群的16SrDNA和细菌基因组重复序列PCR技术(repetitive-element PCR,REP-PCR)检测分析及效果评价。方法选取我院2018年1～12月收治的功能性便秘患儿80例作为观察组,同期选取我院正常幼儿80例作为对照组。应用16SrDNA片段扩增和REP-PCR技术对两组幼儿的粪便进行检测分析,并对观察组患儿进行益生菌治疗。比较两组幼儿的肠道常驻菌及优势菌群在门和在属水平的差异性,计算出16SrDNA和REP-PCR检测的灵敏度和特异度。结果对照组肠道菌群中放线菌门水平明显低于观察组,对照组肠道菌群中变形菌门水平明显高于观察组(P0.05),两组肠道菌群中无壁菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、梭菌属门水平比较无明显差异(P0.05);对照组肠道菌群中副杆状菌属、拟杆菌属水平明显低于观察组,对照组肠道菌群中普氏菌属水平明显高于观察组(P0.05);16SrDNA检测的灵敏度为87.17%,特异度为92.03%,REP-PCR检测的灵敏度为85.29%,特异度为84.25%。结论应用16SrDNA和REP-PCR检测分析功能性便秘幼儿肠道菌群具有重要价值,患儿肠道菌群表现为放线菌门、副杆状菌属、拟杆菌属水平升高,变形菌门、普氏菌属水平降低,对治疗起到指导作用,值得在临床推广。     

高脂饮食对NAFLD模型大鼠肠道菌群及血清LPS水平的影响

目的 观察高脂饮食诱导的非酒精性脂肪肝病(NAFLD)模型大鼠肠道菌群及血清内毒素(LPS)水平的变化,探讨肠道菌群改变及LPS血症在NAFLD发病过程中的作用.方法 雄性SD大鼠12只随机分为对照组和高脂组,对照组以普通饮食饲养,高脂组给予高脂饲料喂养,于实验第16周末处死大鼠,采用全自动生化分析仪测定血清生化指标,电镜观察两组大鼠肝脏病理改变,ELISA法检测血清LPS、白介素(IL)-1β、IL-18水平的变化,通过实时荧光定量PCR法检测粪便大肠杆菌和乳酸杆菌的表达水平.结果 高脂组大鼠血清谷丙转氨酶、谷草转氨酶、三酰甘油、总胆固醇、极低密度脂蛋白水平较对照组明显升高,高密度脂蛋白水平明显降低,差异均有统计学意义(P＜0.05);与对照组相比,高脂组大鼠血清LPS、IL-1β、IL-18水平明显升高,差异均有统计学意义(P＜0.05).与对照组相比,高脂组大鼠的的大肠杆菌显著升高,而乳酸杆菌明显减少,差异有统计学意义(P＜0.05).血清LPS水平与大肠杆菌量存在相关性.结论 高脂饮食诱导的NAFLD模型大鼠存在LPS血症和肠道菌群的改变,不合理的饮食结构及粪便菌群的改变在NAFLD的发病过程中起着重要的作用.     

亚健康状态人群肠道菌群结构明显失调：基于某医院150例护理人员分析

目的 探索亚健康状态人群（SHS）和健康人群之间肠道菌群是否存在差异。 方法 于2020年11月~2021年5月选取南方医科大学南方医院工作的护理人员150例作为研究对象,其中亚健康人群75例为亚健康组（SHS组）,选择75例同期健康人群作为对照组（H组）。针对16S rRNA基因的V3-V4区采用高通量测序技术,对测序结果进行多样性和物种组成差异分析。 结果 α多样性分析显示,Chao1指数在SHS组和H组间差异无统计学意义（P=0.619）,SHS组的Shannon指数升高且2组之间差异有统计学意义（P<0.001）;β多样性分析显示,2组间肠道菌群组成结构上差异具有统计学意义（R=0.227,P=0.001）;在门水平上2组均主要由拟杆菌门（Bacteroidota）、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteriota）组成;在属水平均主要由普雷沃菌属（Prevotella）、拟杆菌属（Bacteroides）、布劳特氏菌属（Blautia）、栖粪杆菌属（Faecalibacterium）组成;物种差异分析表明,2组在4个门3个纲3个目3个科3个属的相对丰度差异有统计学意义（P<0.05）。结论 与健康人群相比,亚健康状态人群肠道菌群结构明显失衡。