子宫内膜息肉与子宫内膜癌中Ki-ras 基因表达及临床意义

 目的　探讨 Ki-ras基因激活与子宫内膜癌中的发生发展关系及子宫内膜息肉与子宫内膜癌的关系。方法　对子宫内膜癌及癌前病变组织进行 Ki- ras蛋白免疫组化测定 ,并利用 PCR技术检测 Ki-ras基因第一外显子 1 2密码子突变。结果　 Ki- ras蛋白广泛存在于子宫内膜癌和癌前病变组织中 ,癌前病变 Ki- ras表达为 1 1 .9% ,癌组为 62 .96% ,P<0 .0 5。Ki-ras表达与细胞恶性程度呈正相关。 PCR-RFLP检测与免疫组化结果类似。结论　 1 .Ki-ras基因激活可导致细胞周期增殖失控 ,是内膜癌发生发展的一个重要环节 ;2 .动态观测子宫内膜息肉中的 p21 ras表达阳性者 ,对子宫内膜癌的早期发现可能有积极意义。     

基于免疫相关基因的子宫内膜癌预后模型构建

目的 建立子宫内膜癌免疫相关基因预后模型,为子宫内膜癌免疫治疗提供参考.方法 从TCGA数据库下载子宫内膜癌转录组数据和临床信息,免疫相关基因列表从IMMPORT数据库获得.利用差异分析、功能富集分析评估差异免疫相关基因的功能,在训练队列中利用单因素、多因素Cox回归和最小绝对收缩和选择算法(least absolut...     

基因标志物与子宫内膜癌预后

随着遗传学、免疫学、微生物学等学科的迅速发展 ,癌基因方面的研究越来越成为人们关注的焦点。迄今为止 ,已有 60多种癌基因及 10余种抑癌基因得到克隆和证实。目前 ,在子宫内膜癌预后方面研究较多的是 :K ras、c erbB 2癌基因和 p5 3、Rb、MTS和nm 2 3等抑癌基因。近年来 ,新的基因标志物不断涌现 ,如 :VEGF、PTEN、Survivin、HSP、CD44、Cyclin等[1,2 ] ,本文综述这些新的标志物在子宫内膜癌预后方面的研究进展。1　血管内皮生长因子 (vascularendothelial growthfactor ,VEGF)肿瘤的血管生成是恶性肿瘤生长、浸润和转移的重要…     

多种肿瘤标志物联合检测对子宫内膜癌诊治的意义

子宫内膜癌是常见的妇科恶性肿瘤。本研究测定子宫内膜癌患者血清肿瘤标志物糖类抗原CA125（CA125）、SF（铁蛋白）、糖类抗原CA199（CA199）及癌胚抗原（CEA）的含量，探讨上述4种肿瘤标志物联合检测在诊断子宫内膜癌中的意义。     

基于TCGA数据库筛选和鉴定肺腺癌免疫治疗临床获益关键基因

目的基于全基因组测序分析,探索影响肺腺癌免疫疗效预测的关键基因及其可能的机制。方法选取癌症基因组图谱中肺腺癌数据集(MSKCC,Science 2015)为研究对象,根据免疫治疗疗效持续时间分为两组:持久临床获益组(durable clinical benefit,DCB)和非持久临床获益组(non-durable clinical benefit,Non-DCB)。分析两组之间基因突变谱的差异,进而探索影响肺腺癌免疫治疗的关键分子及潜在生物学功能。结果基因突变谱在DCB组和Non-DCB组之间存在差异;进一步对DCB组基因突变谱研究,这些基因主要参与了Ca²⁺通道、Rap1、PI3K-Akt等相关信号通路;蛋白互作网络分析中,筛选出6个节点度最高的核心基因KRAS、PPP2CB、CDC20、DYNCLI2、BRCA1、AKAP9,其中CDC20、BRCA1等基因与肺腺癌患者预后相关。结论 DCB组涉及的关键核心基因有可能指导肺腺癌的免疫特征分型,对于更加精准的免疫治疗具有重要意义。CDC20和BRCA1有可能成为肺腺癌免疫治疗中潜在的治疗靶点。     

子宫肉瘤差异表达基因生物信息学分析

目的:筛选子宫肉瘤（uterine carcinosarcoma,UCS）进展相关的核心差异基因（differentially expressed genes,DEGs),探讨其生物学作用并筛选预后相关生物标志物。方法:从美国国立生物数据中心下的 GEO数据库获取包含子宫肉瘤和正常组织的表达数据集GSE64763,使用Limma包筛选差异基因。对筛选得到的差异基因运用ClusterProfiler包进行GO和KEGG分析,并通过蛋白互作网络(protein protein interaction network,PPI)在线平台String和Cytoscape（3.7.2）软件对DEGs分析,筛选核心基因。再基于GEPIA（gene expression profiling interactive analysis)数据库,验证核心基因的表达与预后关系。结果:共筛选出861个DEGs,其中上调DEGs 426个,下调DEGs 435个。富集GO主要生物活性信号15条,主要包括染色质结合、DNA转录活性激活、细胞外基质组成等生物过程。富集KEGG信号15 条,主要包括细胞循环通路、DNA复制通路、p53信号通路。成功筛选出核心基因网络,包含DEGs 10个,均为上调基因。通过GEPIA数据库验证后得到与UCS预后相关的差异基因CENPA。结论:UCS差异表达基因主要集中在染色体结合活性、DNA复制活性、细胞循环通路与p53信号通路等。CENPA基因可能为UCS早期诊断的生物标志物和治疗的潜在靶点。     

子宫内膜癌组织中Bim蛋白表达及其临床意义

目的:探讨促凋亡基因Bim在子宫内膜癌发生与发展中的作用.方法:应用免疫组化SP方法检测11例正常增殖期子宫内膜、13例非典型增生子宫内膜及55例子宫内膜癌Bim蛋白的表达.结果:在子宫内膜癌组织Bim表达阳性率为47.2%,明显低于正常增殖期内膜组织(100%)及非典型增生内膜组织(76.9%),三者之间比较有显著差异(x2=7.944,P＜0.05).而在子宫内膜癌各组织分级、临床分期及肌层浸润程度之间,Bim蛋白表达阳性率均无明显差异(P＞0.05).结论:Bim蛋白表达改变与子宫内膜癌的发生密切相关.     

子宫内膜癌bcl—2基因表达及其与PR、ER关系的研究

[目的]探讨bcl-2与子宫内膜癌发生、发展的关系以及与PR、ER在致癌过程中有无内在联系。[方法]采用免疫组化SP法检测了58例子宫内膜癌组织中bcl-2及PR、ER的表达。[结果]子宫内膜癌中bcl-2的阳性表达率为56.9%,PR、ER的阳性表达率分别为55.2%、46.6%。bcl-2的阳性表达与组织学分级有关,而与其他临床病理学特征无关;PR的阳性表达与子宫内膜癌的临床病理特征都有关;ER的阳性表达只与肌层浸润深度有关,bcl-2的阳性表达与PR呈现正相关。[结论]bcl-2可能与子宫内膜癌的发生和分化特性有关;PR可能在子宫内膜癌的发生、发展中起作用。     

子宫内膜癌雌激素受体基因多态性的研究

目的：探讨子宫内膜癌雌激素受体（ＥＲ） 基因多态性表现的临床及病理学意义。方法：应用聚合酶链反应（ＰＣＲ） 和酶切电泳技术, 检测３３ 例原发性子宫内膜癌石蜡包埋切片中ＥＲ 基因Ｐｖｕ Ⅱ限制性片段长度多态性（ＲＥＬＰ） ,分析其与免疫组织化学测定的ＥＲ 表达状态、临床分期、肿瘤组织学类型和分化程度、肌层浸润深度、宫颈和血管受累情况,以及患者年龄之间的关系。结果：ＥＲ 基因ＤＮＡ 为２２０ｂｐ ,鉴别出三种ＥＲ 基因型。４ 例为Ｐｖｕ Ⅱ纯合子２２０ｂｐ 型;２７ 型为杂合子２２０／１８６ｂｐ 型,占８２ ％ ;仅２ 例为纯合子１８６ｂｐ 型。ＥＲ 基因的ＲＦＬＰ 与ＥＲ 表达及上述临床病理学特征之间无显著相关（ Ｐ ＞ ０－０５） 。结论：在子宫内膜癌中存在着ＥＲ 的Ｐｖｕ Ⅱ基因多态性,并提示子宫内膜癌ＥＲ 基因为杂合子型者,肿瘤的病理组织学分化好,通常无血管及宫颈侵犯。     

抑癌基因PTEN与子宫内膜癌的研究进展

子宫内膜癌是女性生殖道最常见的恶性肿瘤之一,近年来其发病率有增高的趋势,但其发病机制仍不十分明了,有关基因改变致癌的研究日趋增多,许多研究表明抑癌基因PTEN是子宫内膜癌变的早期事件。PTEN基因突变检测可望作为子宫内膜癌早期诊断的一种分子标记物以及临床判断子宫内膜癌的预后指标,PTEN基因还有作为子宫内膜癌基因治疗的可能。本文就PTEN基因的结构和功能及与子宫内膜癌的关系作一综述。     

基于TCGA数据库挖掘甲状腺乳头状癌淋巴结转移相关的突变基因及其机制探讨

目的:挖掘并筛选与甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma, PTC)淋巴结转移相关的突变基因及其潜在的机制。方法:从TCGA数据库获得377例PTC患者的测序数据及完整的临床资料,并分为淋巴结转移组（LM,n=212）与无淋巴结转移组（NLM,n=165）。利用R语言（v3.6.2）对转移组特有的突变基因进行富集分析。采用String在线软件绘制蛋白互作网络,Cytoscape软件筛选网络中的核心基因。在UALCAN网站上验证基因表达量与淋巴结转移之间的关系。利用荧光实时定量PCR测定候选基因在细胞系中mRNA的表达量。结果：一共筛选出1 197个仅在LM组发生突变的基因,它们主要富集在黏着连接、细胞黏附分子（cell adhesion molecules,CAMs）通路。CAMs通路的核心基因ITGB1与VCAN的表达量与淋巴结转移相关。与正常甲状腺细胞系相比,VCAN基因在PTC细胞系TPC-1和B-CPAP中mRNA的表达量较高,尤其是B-CPAP细胞系。结论：CAMs通路可能是PTC淋巴结转移相关机制之一,其中VCAN基因可能是潜在的分子标志物。     

基于TCGA数据库分析E2F7在肾透明细胞癌组织中的表达及临床意义

目的:通过数据挖掘分析E2F7在肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)组织中的表达特征及临床意义.方法:基于GEPIA、LinkedOmics数据库分析E2F7在ccRCC中的差异性表达及其与患者预后的关系.应用WebGestalt工具分析与E2F7表达相关的基因.结...     

基于Oncomine和TCGA数据库分析E2F5在前列腺癌组织中的表达及临床意义

目的:通过数据挖掘分析E2F5在前列腺癌（PCa）组织中的表达及临床意义。 方法:基于GEPIA、Oncomine数据库分析E2F5在PCa中的差异性表达及其与预后的关系。高通量基因芯片筛选敲低E2F5差异表达的基因并应用Western blot验证。结果:E2F5 mRNA在PCa组织中表达明显高于正常前列腺组织（P＜0.001）。LinkedOmics数据库分析显示E2F5 mRNA在不同T分期（P＜0.001）和N分期（P＜0.05）中存在差异性表达。在Oncomine数据库中Taylor Prostate 3芯片数据中,Gleason评分≤3+4患者PCa组织中E2F5 mRNA表达水平显著低于Gleason≥ 4+3的患者（P＜0.05）;T2期患者PCa组织中E2F5 mRNA表达水平显著低于T3+T4期的患者（P＜0.05）;未复发患者PCa组织中E2F5 mRNA表达水平显著低于复发的患者（P＜0.01）。基因芯片结果显示:敲低E2F5表达水平后,310个基因显著上调,228个基因显著下调。KEGG富集分析结果表明,下调E2F5后主要影响p53、细胞周期、Wnt等信号通路。Western blot证实下调E2F5后CDK6和CDC25A蛋白表达水平下降。结论:在PCa中E2F5的表达与患者的Gleason评分、T分期、N分期及复发与否有一定的相关性。E2F5通过调控周期相关的基因促进PCa的进展。     

胃癌基因表达谱芯片差异基因的生物信息学分析

目的：筛选胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路,为寻找有价值的胃癌分子标志物提供依据。方法：从GEO数据库下载5个胃癌基因芯片数据集：GSE35809、GSE54129、GSE79973、GSE66229和GSE51105。合并5个数据集中的样本,去除数据集间的批次效应,对合并后的基因表达数据进行标准化,并通过主成分分析监测数据标准化情况。利用R语言中的limma包筛选胃癌组织和正常组织中表达差异的基因。利用DAVID数据库对胃癌发生发展过程中的差异基因进行功能富集分析,并通过STRING数据库和Cytoscape分析差异基因编码蛋白之间的相互作用网络并进行可视化。结果：总共筛选出1 205个差异基因,包括480个上调基因,725个下调基因。差异基因的生物学功能主要富集于细胞-细胞信号传导、炎症反应的调节、细胞粘附、细胞凋亡和离子的跨膜转运。KEGG信号通路分析显示差异基因主要富集于p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、NF-κB信号通路。通过构建蛋白质相互作用网络筛选出了CENPE、KIF15、MELK、KIF2C、CENPF、KIF11、NUSAP1、UBE2C、TTK、AURKB、DLGAP5、TOP2A等29个Hub基因。结论：通过合并不同数据集,利用生物信息学方法筛选出胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路,为胃癌的诊疗提供新的候选标志物。     

基于TCGA数据库分析肝细胞肝癌组织中HMMR表达与患者临床特征及预后的相关性

目的:研究透明质酸介导的运动受体(hyaluronan-mediated motility receptor,HMMR)的表达与肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的发生发展以及预后的关系.方法:在本研究中,我们通过从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TC...     

基于Oncomine和TCGA数据库分析GABRE在结肠癌组织中的表达及生物学意义

目的：通过挖掘Oncomine和TCGA等数据库信息分析GABRE基因在结肠癌中的表达及其生物学意义。方法：利用Oncomine、TCGA数据库分析GABRE基因在结肠癌组织中的表达及其与患者预后的关系;运用TargetScan、starBase、mirDIP和miRWalk寻找靶向GABRE基因的上游miRNA,并分析其在结肠癌中的表达及其与预后的关系。进一步利用LinkedOmics数据库寻找GABRE共表达基因,并进行GO富集分析及KEGG通路分析。结果：数据库数据分析显示,GABRE在结肠癌组织中高表达且预示着患者预后较差（均P<0.05）。韦恩图显示,hsa-miR-370-3p靶向GABRE,并在正常组织中的表达显著升高（P<0.01）。GABRE基因与OGT、FAM156A基因等表达呈正相关（P<0.05）,与ATP5A1、MPDU1基因等表达呈负相关（P<0.05）。GO生物功能及KEGG通路富集分析提示,GABRE基因可能参与蛋白脱烷基化和周期蛋白依赖性蛋白激酶活性调节等生物学过程,并在牛磺酸代谢和NF-κB信号通路等方面富集。结论：GABRE基因在结肠癌患者中高表达且预示着患者预后较差,提示该基因是结肠癌的诊断和治疗的潜在新靶点。     

基于TCGA数据库分析ASPM在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：探讨异常纺锤体样小头畸形相关基因（ASPM）在肺腺癌中的表达水平，及其与患者临床病理指标和预后的关系。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载肺腺癌组织和癌旁组织mRNA表达水平和临床病例资料，比较ASPM mRNA在癌组织和癌旁组织中的表达差异，统计学分析ASPM表达水平与肺腺癌患者临床病理指标及预后关系。通过R语言ballgown和ggplot包筛选高低表达ASPM组间差异基因并绘制火山图；利用DAVID工具对差异基因进行GO分析，采用GSEA预测ASPM可能调控的信号通路；STRING和Cytoscape分析关键基因及差异表达基因间的相互作用。结果：ASPM mRNA在肺腺癌中表达水平显著高于癌旁组织（P < 0.05）；ASPM表达水平与生存期相关，高表达ASPM肺腺癌患者预后较差（P < 0.05），是肺腺癌患者预后的独立危险因素，R语言ballgown包筛选出ASPM高低表达组间的差异表达基因共183个，差异表达基因富集到生物过程（BP）、细胞组分（CC）、分子功能（MF）在3个类别共19个亚类和18条KEGG通路；Cytoscape软件发现4个枢纽蛋白。结论：ASPM mRNA在肺腺癌患者中呈高表达且高表达组预后差，可作为判断肺腺癌预后的标志物。     

基于TCGA数据库分析ASPM在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：探讨异常纺锤体样小头畸形相关基因（ASPM）在肺腺癌中的表达水平,及其与患者临床病理指标和预后的关系。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载肺腺癌组织和癌旁组织mRNA表达水平和临床病例资料,比较ASPM mRNA在癌组织和癌旁组织中的表达差异,统计学分析ASPM表达水平与肺腺癌患者临床病理指标及预后关系。通过R语言ballgown和ggplot包筛选高低表达ASPM组间差异基因并绘制火山图;利用DAVID工具对差异基因进行GO分析,采用GSEA预测ASPM可能调控的信号通路;STRING和Cytoscape分析关键基因及差异表达基因间的相互作用。结果：ASPM mRNA在肺腺癌中表达水平显著高于癌旁组织（P < 0.05）;ASPM表达水平与生存期相关,高表达ASPM肺腺癌患者预后较差（P < 0.05）,是肺腺癌患者预后的独立危险因素,R语言ballgown包筛选出ASPM高低表达组间的差异表达基因共183个,差异表达基因富集到生物过程（BP）、细胞组分（CC）、分子功能（MF）在3个类别共19个亚类和18条KEGG通路;Cytoscape软件发现4个枢纽蛋白。结论：ASPM mRNA在肺腺癌患者中呈高表达且高表达组预后差,可作为判断肺腺癌预后的标志物。     

基于生物信息学筛选胰腺导管腺癌关键基因

目的:利用生物信息学方法分析胰腺导管腺癌（PDAC）基因表达谱芯片并筛选关键基因。方法:从公共数据库基因表达数据库（GEO）中下载PDAC基因表达谱芯片GSE28735、GSE15471、GSE101448,共纳入108例PDAC样本和97例癌旁组织样本。应用R语言limma包和impute包筛选差异表达基因。利用DAVID数据库和在线分析工具Kobas分别对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。利用STRING数据库和Cytoscape软件构建差异蛋白互作网络并进一步筛选关键基因。结果:3个基因表达谱芯片共有161个差异表达基因（|log2 fold-change(FC)|>2,P<0.05）,包括54个上调基因,107个下调基因。GO功能富集分析显示差异基因与extracellular exosome、extracellular space、extracellular matrix organization密切相关。KEGG通路分析显示差异基因主要富集在protein digestion and absorption、ECM-receptor interaction和focal adhesion等通路。蛋白质相互作用网络图中显示节点最多的10个枢纽基因分别是ALB、COL11A1、COL3A1、FN1、EGF、COL1A1、MMP9、COL5A2、ITGA2、COL6A3。结论:筛选所得的10个关键基因可能在PDAC发生发展中发挥重要作用,有望成为PDAC诊断及治疗的生物学靶标,为进一步研究PDAC发生发展的分子机制提供了理论依据。     

基于TCGA数据库分析m6A拷贝数变异对低级别胶质瘤的预后价值

目的:基于TCGA数据库确定m6A调节因子在低级别胶质瘤中的基因特征和预后价值。方法:从TCGA数据库中下载m6A调节因子的表达数据、拷贝数变异数据和临床信息。分析研究m6A调节因子在低级别胶质瘤组和正常对照组表达量之间的差异,m6A调节因子拷贝数变异比率,m6A调节因子的拷贝数3个水平间表达量差异和m6A调节因子的拷贝数变异水平与生存之间的关系。结果:16个m6A调节因子在肿瘤组和正常对照组表达量存在差异;9个m6A调节因子表达量存在水平间的显著差异;生存分析显示METTL3拷贝数变异两水平(缺失与正常)之间存在差异;单因素、多因素Cox生存回归分析显示METTL3的拷贝数缺失是独立的影响生存的风险因素。结论:m6A调节因子METTL3在肿瘤组中表达量上调,METTL3拷贝数缺失预示着LGG患者生存时间缩短。这一发现为进一步了解低级别胶质瘤中m6A甲基化修饰提供了线索。