1起学校诺如病毒急性胃肠炎暴发的病原学检测

目的 对1起学校急性胃肠炎暴发疫情进行病原学检测分析。方法 对该学校暴发疫情的急性胃肠炎病例、厨房工作人员及病例对照采集肛拭子标本,提取核酸RNA,应用实时荧光RT-PCR试剂盒进行诺如病毒、札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测,对阳性标本进行核衣壳编码区RT-PCR扩增、序列测定和系统进化分析。结果 21份患者肛拭样本中有16份GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR阳性;所有标本的札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测阴性。14份诺如病毒核酸阳性标本获得321bp目标片段序列,彼此间核苷酸相似性100%,提示同一来源;GenBank的BLAST结果显示,本次诺如病毒疫情毒株与GⅡ.2的参考株AY134748(Snowmoutain/1976/US)、X81879 (Melksham/1989)同源性最高,进化树上处于同一进化分支,属于GⅡ.2群。结论 该起学校急性胃肠炎暴发疫情是由诺如病毒GⅡ.2感染所致。     

一起GI、GⅡ型诺如病毒混合感染疫情的病原鉴定及基因特征分析

目的 对2018年湖州一起赴泰国旅游团游客中发生的急性胃肠炎疫情进行诺如病毒核酸检测及基因分型。方法 采用real-time RT-PCR方法对送检的疫情标本进行GI和GⅡ型诺如病毒核酸检测。采用RT-PCR方法对阳性标本进行RdRp区和VP1区部分片段的扩增和测序。综合系统进化分析和重组分析结果判定病毒基因型别。结果 送检的8例病例的粪便标本均为诺如病毒核酸阳性。其中5份标本为GI、GⅡ诺如病毒核酸同时阳性,3份标本为GⅡ诺如病毒核酸阳性。8份阳性标本有5份测序成功。系统进化分析结果显示本次疫情检出的GⅡ型诺如病毒为GⅡ. P17-GⅡ. 17基因型,GI型诺如病毒为GI. P4-GI. 5重组株。结论 该起赴泰国旅游团游客中发生的急性胃肠炎疫情是由GⅡ. P17-GⅡ. 17和GI. P4-GI. 5基因型诺如病毒混合感染所致,推测感染来源来自泰国曼谷旅行期间。     

天津市婴幼儿病毒性腹泻诺如病毒检测

目的研究天津市秋冬季婴幼儿腹泻患儿中诺如病毒感染的流行情况及其基因型别。方法 2008年10-12月收集天津市儿童医院住院部310例疑似病毒性腹泻的婴幼儿粪便标本,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法检测粪便中诺如病毒核酸,并将部分阳性株的PCR产物进行测序,采用序列分析软件分析测序结果 ,推断其毒株型别。结果 310份腹泻标本中,诺如病毒RT-PCR阳性37份(GII型37份,GI型0例),检出率为11.94%;23份PCR产物送往测序,经Genebank Blast及系统进化树分析,所有诺如病毒均为诺如病毒基因组Ⅱ型,其中GII-4/2006b占95.65%(22/23),GII-3占4.35%(1/23);感染诺如病毒的患儿多为1岁以下,且11月份检出率最高。结论诺如病毒是天津市秋冬季婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,2008年诺如病毒以GII-4/2006b型毒株流行为主。     

一起GI.P13-GI.3型诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征分析

目的 对南宁市某高中一起诺如病毒暴发疫情进行病原体溯源分析，为疫情防控提供科学依据。方法 采用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(RT-PCR)对疫情标本进行诺如病毒核酸检测，RT-PCR对部分阳性标本多聚酶和衣壳蛋白连接区进行扩增，并对相应的扩增产物进行序列测定和系统进化分析，判定病原体的基因型别。结果 本起疫情共持续16 d,累计报告病例63例，均为学生，罹患率为3.87%(63/1 628)。病例临床症状主要为腹泻(84.13%)、腹痛(82.54%)、恶心(28.57%)、呕吐(14.29%),无重症和死亡病例。4例学生和4例无症状食堂工作人员检出GⅠ组诺如病毒核酸阳性，其中4株病毒经序列比对分析确定为GI.P13-GI.3型诺如病毒。结论 流行病学调查和测序结果提示诺如病毒隐性感染的食堂工作人员是此次暴发疫情的传染源，毒株型别为GI.P13-GI.3型。此型病毒株有流行增强的趋势，需重视该型别重组毒株的监测与检测。     

2013—2017年中山市20起诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征分析

目的 分析2013—2017年间中山市诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征,为中山市诺如病毒感染疫情防控提供分子生物学实验依据。 方法 收集2013—2017年间中山市20起诺如病毒引起的感染性腹泻暴发疫情病例标本,采用 RT-PCR方法测定诺如病毒VP1基因全序列,并对序列进行系统发育分析。 结果 20起诺如病毒引起的感染性腹泻暴发主要发生在幼儿园及小学,占疫情总数的80.0%(16/20)。获得了77株病毒的VP1基因全序列, 20起疫情分别由GII.4 Sydney_2012(25.0%, 5/20),GII.3(25.0%, 5/20),GII.17(25.0%, 5/20),GII.2(15.0%, 3/20),GII.21(5.0%, 1/20),及GII.6(5.0%,1/20)亚型引起,5起暴发中GII.4 Sydney_2012分为两个不同分支。 结论 GII.17型为中山市新发现流行毒株,2016年底发现的两起GII.4 Sydney_2012区别于以往出现GII.4 Sydney_2012,可能为新亚型的重组毒株(GII.P16-GII.4 Sydney_2012)。VP1基因序列分析可作为有效的诺如病毒分型工具, RdRp基因分析应作为重要补充以确定毒株的重组变异情况。     

一起因饮水污染所致的学校诺如病毒感染性腹泻暴发调查

目的 了解新晃侗族自治县某学校诺如病毒感染性腹泻疫情暴发的流行特征,查找学校群体性感染性腹泻的原因,为制定防控措施提供科学依据。 方法 对2014年8月31日-9月5日新晃县某学校感染性腹泻暴发疫情的腹泻病例进行个案调查和现场流行病学调查,采用SPSS17.0对罹患率进行检验,并对采集的标本进行实验室检测。 结果 此次疫情累计报告病例63人,罹患率9.14%;住校生与非住校生(χ²=8.765,P=0.003)、男生与女生(χ²= 5.344,P=0.021)、饮用学校自备水与未饮用者(χ²=101.861,P＜0.001)之间罹患率差异均有统计学意义;共采集病例粪便标本12份, 4份标本诺如病毒核酸阳性, 其中2份为诺如病毒GⅠ型,2份为诺如病毒GⅡ型。 结论 本次事件是学校水源水受污染引起的一起诺如病毒感染性腹泻疫情。     

安徽省诺如病毒G II.4/Sydney 2012变异株分子特征分析

目的了解安徽省某高校一起急性胃肠炎暴发疫情的病原体基因分型和分子特征。方法采用实时荧光定量PCR法(Real-time PCR)对6份粪便/肛拭子标本检测诺如病毒核酸,检出的阳性标本经传统RT-PCR扩增衣壳蛋白区(ORF2)部分序列、基因测序和型别鉴定,利用Clustal X 2.0和Mega 6.0软件对测定序列进行核苷酸同源性比对和构建基因进化和亲缘性关系树。结果检出4份标本诺如病毒核酸阳性,阳性率为66.67%(4/6);基因序列比对和进化亲缘性关系显示:诺如病毒基因型为GII.4型;2毒株序列之间核苷酸同源性为100%;与2014~2015年上海株、香港株核酸同源性最高,均为100%;与2012澳大利亚Sydney株(JX459908)同源性为99.6%;与上海和香港两地区毒株亲缘性关系最近,聚为独立一簇,同属GII.4/Sydney 2012分支。结论引发该起急性胃肠炎暴发的病原体为GII.4型诺如病毒,且属于GII.4 Sydney 2012变异株。     

黄山市2018年两起暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征分析

目的了解黄山市暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征。方法收集黄山市2018年两起暴发疫情中具有胃肠炎症状患者的肛拭子标本37份,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)对采集的标本进行诺如病毒核酸检测,检出的阳性标本,采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增病毒衣壳区和聚合酶区,并对PCR产物进行基因测序及分子分型鉴定,测序结果使用Mega 6.0软件构建进化树进行遗传进化分析。结果 37份标本中,16份标本诺如病毒核酸阳性,其中11份测序成功,BLAST比对结果显示11条序列均为诺如病毒GII.P16-GII.2基因型。两起疫情中检出的诺如病毒序列与福建泉州、江苏泰州、南京和安徽宿州的毒株序列同源性较高。结论 GII.P16-GII.2基因型诺如病毒是引起黄山市黟县两起急性胃肠炎暴发疫情的主要病原体。     

某巡逻船聚集性诺如病毒疫情的病原基因特征分析

【目的】对浙江省岱山县2022年2月一起罕见的重组型诺如病毒暴发疫情进行病原学鉴定及基因分子特征分析。【方法】采用荧光定量聚合酶链反应（PCR）法对送检的8份肛拭样本进行诺如病毒病原学鉴定,用普通逆转录PCR(RT-PCR)对阳性样本基因扩增,用MEGA7.0及Simplot软件对扩增序列进行基因特征分析。【结果】送检的8份标本鉴定结果均为诺如病毒GⅠ型,基因特征分析为重组诺如病毒GⅠ.6[P11]亚型,重组位点位于ORF1-ORF2连接处。同源性最高（98.75%）的是2018年登录的GⅠ.6[P11]毒株序列（登录号：MT357995）。【结论】经病原学鉴定与基因特征分析,本次暴发疫情是由罕见重组型诺如病毒GⅠ.6[P11]亚型引起。     

广州市1起诺如病毒急性胃肠炎暴发的实验室检测

目的确定1起学校急性胃肠炎暴发原因。方法采集病例粪便标本,直饮水标本,采用实时荧光定量(Real-time)PCR和RT-PCR方法检测病毒核酸,阳性标本测序分析。结果 5份粪便标本中3份呈诺如病毒阳性,2份直饮水标本均呈诺如病毒阳性。3份病例粪便标本病毒株核苷酸序列一致,均为GⅡ-4型,提示病毒同源。结论对诺如病毒进行核酸检测,证实该疫情为一起诺如病毒GⅡ-4型引起的急性胃肠炎暴发。     

重组GII型诺如病毒长沙株全基因组序列的测定与分析

目的 对2016年长沙地区一起由GII型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情致病原进行全基因组序列测定,掌握其基因类型、分子进化特征和抗原重组情况。方法 提取疫情中患者粪便标本的总RNA,反转录成cDNA,PCR扩增病毒全基因组并采用Sanger法测序,比对拼接后获得病毒全基因组序列;通过BLAST比对和诺如病毒在线分型工具(typing online tool)确定其基因型别;从GenBank中下载GII型诺如病毒参考序列,采用DNA Star软件进行序列多序列比对和同源性分析,绘制系统遗传进化树,基因重组特征分析采用SimPlot软件。结果 通过一代测序获得病毒基因组序列长7491bp,有3个开放阅读框(ORF),长度分别为5100bp,1647bp,765bp。多序列比对和同源分析发现ORF1区与GII.P12型代表株同源性最高,VP1区则与GII.3型同源性最高;因此,将该毒株命名为Hu/GII.P12-GII.3/CS02/2016 /CHN。分子遗传进化分析显示其与中国其他地区如北京、上海、广东等地流行的GII.P12-GII.3重组型诺如病毒亲缘关系最为接近。抗原重组分析发现Hu/GII.P12-GII.3/CS02/2016 /CHN长沙株重组位点在5080bp,为ORF1与 ORF2重叠区的起点。结论 除了GII.P16-GII.2重组诺如病毒的广泛流行外,长沙地区仍存在GII.P12/GII.3重组诺如病毒的散发流行,需加其强监测。     

一起急性胃肠炎疫情中重组诺如病毒基因特征分析

目的 明确成都市2018年5月某建筑工地发生的一起急性胃肠炎疫情中的诺如病毒的基因型别,并对其遗传进化和分子流行病学特征进行分析研究。方法 对实时荧光定量PCR检测结果为阳性的标本采用常规RT - PCR扩增其RNA依赖的RNA聚合酶区和衣壳蛋白区并测序,与国内外参考株进行序列比对和构建进化树等基因特征分析。结果 序列比对和进化树分析结果显示:此次疫情中检出的诺如病毒核苷酸同源性为100%;其RNA依赖的RNA聚合酶区与北京株处于同一分支,同源性95.4%;而衣壳蛋白区与莫斯科株同源性最高,为96.4%。结合SimPlot对其进行分析,重组可能位点在213 bp处,定位在ORF1/2交叠区。结论 引起本次急性胃肠炎疫情的重组诺如病毒基因型为GI.P4 - GI.5,这是成都市首次检出诺如病毒GI群重组株。     

2017—2018年成都地区诺如病毒聚集性疫情病原基因型分析

目的 分析2017—2018年成都地区诺如病毒聚集性疫情中病毒基因型构成情况,为疾病防控工作提供依据。方法 选取2017—2018年诺如病毒聚集性疫情标本,对病毒基因RdRp及VP1区片段测序,构建进化树并进行同源性分析。结果 测序结果显示,68份肛拭子标本中 16.2%(11/68)为GⅠ群(包括GⅠ.2、GⅠ.3和GⅠ.5型),83.8%(57/68)为GⅡ群(包括GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.P17-GⅡ.17、GⅡ.P8-GⅡ.8、GⅡ.P12-GⅡ.3、GⅡ.P7-GⅡ.6和GⅡ.P15-GⅡ.15型)。2017年以GⅡ.P16-GⅡ.2型为主;2018年GⅠ群及GⅡ.P17-GⅡ.17型均显著增加,同时检出其他4种基因型。各基因型病毒变异不明显,核苷酸同源性为93.4%~100%。结论 2018年成都地区诺如病毒流行株基因型构成较2017年复杂,可能与聚集性疫情增长有关。应持续监测诺如病毒基因型流行情况,及时掌握病毒变异动态,以期提高疾病防控的预警能力。     

2016 - 2018无锡市腹泻病疫情中诺如病毒的分子流行病学特征

目的 鉴定无锡市2016年3月 - 2018年3月急性腹泻病突发疫情中诺如病毒的感染流行情况,并对病原体进行分子特征研究。方法 对疫情上送的暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT - PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基因片段,并进行序列测定和分子特征分析。结果 在30起暴发疫情中共有162份标本经荧光PCR检测均为诺如病毒核酸阳性,其中154份标本RT - PCR检测判为GII型诺如病毒,120份标本成功测序。测序结果显示,2016 - 2018年突发疫情中有5种基因型,分别是GII.P16 - GII.2、GII.P17 - GII.17、GII.4_Sydney2012、GII.4_NewOrleans和GI.6,2017年之前以GII.17病毒株流行为主,2017之后新的GII.P16 - GII.2重组株成为无锡市病毒性腹泻疫情中的绝对优势株。结论 诺如病毒是无锡市腹泻病疫情的最常见病原体,其最新的优势流行株是GII.P16 - GII.2重组株,和全国趋势一致。     

浙江省2008-2009年三起诺如病毒胃肠炎暴发的病原分子特征分析

目的 分析浙江省3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒分子特征.方法 收集监测期间病毒性胃肠炎暴发疫情患者的粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法检测诺如病毒,并选择部分阳性标本扩增部分多聚酶区(RdRp)和衣壳蛋白区,同时采用3′RACE(rapidamplification of cDNA 3′ends)扩增诺如病毒基因组3′末端,获得完整的开放读码框架(ORF)2和ORF3序列.结果 3起暴发疫情共检测标本62份,诺如病毒阳性41份,其中诺如病毒Ⅰ(G Ⅰ)基因组阳性27例,Ⅱ基因组(GⅡ)阳性9例,G Ⅰ+GⅡ阳性5例.结果 显示,引起浙江省2008-2009年3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒具有病毒基因型的多样性,包括G Ⅰ.8、GⅡ.b、GⅠ.2与GⅠ.6重组株、GⅠ.8和GⅡ-b混合感染.结论 诺如病毒是浙江省病毒性腹泻暴发疫情的重要病原体,呈现出病毒基因型的多样性,并在省内首次检测到诺如病毒的重组和混合感染毒株.

Abstract：

Objective To study the molecular characteristic of norovirus in 3 outbreaks of gastroenteritis in Zhejiang province. Methods During January 2008 and December 2009, fecal specimens of patients were collected from 3 outbreaks of acute viral gastroenteritis. Noroviruses were detected by Real-time RT-PCR. Part of the positive samples were randomly selected and detected by RT-PCR. PCR products were sequenced. Sequence analysis was undertaken based on partial sequence of RNA dependent RNA polymerase(RdRp)and capsid protein gene. Some positive samples were amplified by 3' RACE(rapid amplification of cDNA 3' ends), 3200 bp in length. The exact whole ORF2, ORF3 and 3' untranslation regions(UTR)gene of norovims were identified. Results There were in total 3 outbreaks of viral gastroenteritis caused by norovirus being reported. A total of 62 stools were obtained from cases with acute gastroentefitis. Noroviruses were detected in 41 cases including 27 strains of genogroup Ⅰ norovirus and 9 strains of genogroup Ⅱ norovirus, 5 strains of genogroup Ⅰ + Ⅱ norovirus. Four genotypes including G Ⅰ .8, G Ⅱ .b, G Ⅰ .2/0 Ⅰ .6 recombination together with co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b were detected. Conclusion Norovirus was confirmed as the major cause of outbreaks of viral gastroenteritis in Zhejiang province and multiple genotype of norovirus were identified from the outbreaks. It was the first time to have found a recombinant of G Ⅰ .6 capsid and G Ⅰ .2 polymerase norovims as well as the co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b norovirus in the same sample.     

厦门地区婴幼儿腹泻诺如病毒分子流行病学研究

目的:了解厦门地区婴幼儿腹泻诺如病毒(NV)分子流行病学特征。方法:收集2010年5月～2011年4月全年轮状病毒抗原阴性的急性非细菌性腹泻标本,用实时荧光RT-PCR法扩增NV ORF1-ORF2结合区,测序扩增片段后进行比对、分型及构建系统进化树。结果:全年共获得366份标本,共检测出81份为NV阳性标本,其中GI组5例,GII组76例;NV在厦门地区全年可见散发,但在每年7和11月有明显的流行高峰,且腹泻感染患儿主要集中在3岁以下;已分型的NV基因组(55例)以GII-4/2006b占绝对优势,其构成比达60.00%(33/55),其余为GII-3占25.45%(14/55),GII-6占5.45%(3/55),GII-2占3.64%(2/55),此外GII-12、GI-4、GI-5各占1.81%(1/55)。结论:厦门地区NV夏秋季发病率较高,GII-4/2006b变异株为优势株,且感染的NV可能存在病毒重组。     

长沙市4例输入新型冠状病毒Omicron变异株全基因组序列特征分析

目的 分析长沙市境外输入新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的全基因组序列特征以及遗传变异情况。方法 采用高通量测序方法对2021年12月的SARS-CoV-2进行全基因组序测序,序列进行比对以及进化分析。结果 本研究获得4株SARS-CoV-2全基因组序列,长度为29 685 bp。毒株核苷酸序列与Wuhan-Hu-1参考株(EPI＿ISL＿402125)相比,同源性为99.6%。与Omicron变异株(EPI＿ISL＿8890653)相比,同源性为99.9%。进化树分析表明毒株序列位于BA.1.1分支,与SARS-CoV-2 Omicron变异株位于同一分支。氨基酸序列位点分析发现毒株具有典型的Omicron序列突变位点。ORF1ab区域发现G5494S,K4346R,T5035I和E6945D突变。S蛋白抗体结合区域发生R346K突变。结论 长沙市输入的Omicron变异株携带已报道可明确导致病毒传播和致病力发生变化的突变位点,应继续加强疫情应对措施。     

一起高校二次供水被GⅡ.17型诺如病毒污染所致的急性胃肠炎暴发调查

目的 查明2017年湖北省某高校急性胃肠炎暴发疫情的致病因子、传播途径、危险因素。 方法 根据病例定义开展搜索、个案调查,对危险因素进行回顾性队列研究和病例对照研究,对供水系统进行现场调查,采集标本开展诺如病毒核酸检测。 结果 2017年5月1-12日,共搜索到病例80例,91.3%(73/80)病例来自该校S学院,S学院罹患率为4.5%(73/1 612)。5月1-8日, S学院学生和教职工中到过实验楼者、未到实验楼者发病率分别为5.4%(73/1 354)和0%(0/258),差异有统计学意义(χ²=14.570,P=0.000);曾在实验楼洗水果吃的发病风险是未暴露组的7.1倍(95%CI:2.74~18.42)。10份病例标本、1份二次供水顶层水箱水样、3份实验室的末梢水样、2份实验室水龙头物表涂抹样本均检出诺如病毒GⅡ.17型核酸阳性。 结论 本次急性胃肠炎暴发因二次供水被诺如病毒GⅡ.17污染所导致,建议加强学校二次供水卫生学监管力度。