EGR3 mRNA在乳腺癌组织中的表达及临床意义的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法分析早期生长反应因子3（early growth response 3,EGR3）在乳腺癌组织中的转录水平表达及其临床意义。方法:利用GEPIA数据库比较EGR3 mRNA在癌旁组织及乳腺癌组织中的表达差异;利用Linked Omics数据库比较不同分子分型及临床分期的乳腺癌组织中EGR3 mRNA的表达量,以明确EGR3 mRNA在乳腺癌中表达的临床意义;利用GEPIA数据库评价EGR3 mRNA表达对乳腺癌患者预后的影响,并采用Kaplan-Meier Plotter数据库的大规模验证队列对EGR3 mRNA的预后价值进行验证;最后利用Linked Omics数据库探索EGR3的共相关基因,将相关性最高的前50个基因生成在线热图。结果:在TCGA数据库及匹配了GTEx癌旁组织表达谱的两组队列中,EGR3 mRNA在乳腺癌组织中的表达量显著低于癌旁组织;在更高的T分期、M分期及临床TNM分期的乳腺癌组织中,EGR3 mRNA的表达量明显下调;此外,ER阴性、PR阴性的乳腺癌组织中,EGR3 mRNA的表达量也显著下调;通过分析GEPIA和Kaplan-Meier Plotter数据库的预后信息,表明EGR3 mRNA的低表达与更差的乳腺癌预后密切相关;最后,EGR3共表达基因分析结果分别显示了正、负相关性最高的前50个基因,初步探讨EGR3参与乳腺癌进程的潜在分子机制。结论:EGR3 mRNA在乳腺癌组织中低表达,且初步显示与乳腺癌的发生、发展及预后存在一定相关性,可以作为乳腺癌诊断、预后预测的潜在标志物。     

磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成类U在卵巢癌组织中的表达及临床意义的生物信息学分析

目的 通过生物信息学分析糖基磷脂酰肌醇转氨酶（GPI-T）复合物相关基因磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成类U(PIGU)在卵巢癌组织中的表达及临床意义。方法 通过癌症基因组图谱（TCGA）、基因型-组织表达（GTEx）数据库下载279例卵巢癌患者卵巢癌组织及88例卵巢正常组织的全基因组的表达量矩阵,对GPI-T复合物相关基因进行差异分析。利用Kaplan-Meier Plotter(KMPLot)网页工具进行生存分析,利用基因表达综合（GEO）数据库进一步验证PIGU在卵巢癌中的重要意义。利用GeneMANIA网站预测PIGU的蛋白质相互作用网络,使用WebGestalt网页工具对PIGU及其关键互作分子进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。结果与卵巢正常组织相比,卵巢癌组织中磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成类S(PIGS)表达明显下调,磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成类K(PIGK)、PIGU、磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成类T(PIGT)、糖基磷脂酰肌醇锚定附着蛋白1(GPAA1)的表达均明显上调,差异均有统计学意义（P﹤0.01）。PIGU的表达与卵巢癌患者的总生存期（OS）、无进展生存期（P...     

细胞周期素H与细胞周期素依赖性激酶7在卵巢癌组织中的表达及其意义

 目的 探讨Cyclin H与CDK7在卵巢癌中的作用。 方法 应用Western blot 检测40例卵巢癌患者标本中肿瘤组织、正常组织中Cyclin H与CDK7表达情况,免疫组织化学法检测Cyclin H与 CDK7在细胞水平的分布。 结果 卵巢癌组织中Cyclin H与CDK7表达水平明显增高,分别为正常组织的3.9倍、2.9倍（P＜0.05）; Cyclin H表达水平与FIGO分期相关（P＜0.05）;Cyclin H与CDK7在卵巢癌组织中表达情况呈线性相关,相关系数为0.401, P<0.05。 结论 Cyclin H与CDK7在卵巢癌组织中呈高表达,Cyclin H与CDK7可能在卵巢癌发生中起重要作用。     

LRP在卵巢癌组织中的表达及其临床意义

LRP是近年发现的一种耐药相关基因，Izquierdo等采用免疫组化法测定了LRP在卵巢癌中表达，发现LRP表达与预后有关。我们采用RT－PCR法测定LRP在卵巢癌的表达，报道如下。     

基于生物信息学分析METTL7B在胶质瘤组织中的表达及其临床意义

目的：探讨甲基转移酶样蛋白7B(METTL7B)在胶质瘤组织中的表达及其与患者临床病理特征和预后的相关性。方法：基于CGGA数据库胶质瘤数据和GTEx数据库正常脑组织数据,分析METTL7B基因在胶质瘤与正常脑组织中的表达差异,并用GEPIA数据库数据和免疫组织化学染色法进行验证。用Kaplan-Meier生存分析、单因素Cox分析、多因素Cox分析及ROC曲线分析等评估METTL7B在胶质瘤患者预后中的价值,用CGGA数据库数据分析METTL7B表达与胶质瘤患者临床病理特征的相关性,用CIBERSORT及TIMER数据库进行肿瘤免疫细胞浸润分析,进行KEGG通路富集分析及GO功能富集分析,通过基因共表达分析确定与METTL7B相关的基因。结果：METTL7B在胶质瘤组织中明显上调（均P<0.05）,METTL7B表达是胶质瘤患者独立的不良预后因素。METTL7B高表达与高龄（>41岁）、肿瘤分级增加、肿瘤复发或继发性肿瘤、IDH野生型、1p19q非共缺失以及肿瘤的恶性病理学有关联（均P<0.01）;METTL7B表达与B细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞、单核细胞...     

ADM在上皮性卵巢癌组织中的表达及其临床意义

目的 探讨上皮性卵巢癌中肾上腺髓质素（adrenomedullin,ADM）蛋白的表达及其临床意义.方法 采用免疫组织化学染色,光镜观察结果确定ADM在正常组织及良恶性上皮性卵巢肿瘤组织中的蛋白表达,应用SPSS13.0软件结合临床病理资料进行综合分析.结果 正常组织及良恶性上皮性卵巢肿瘤组织中ADM皆有表达,ADM在卵巢癌组织中的阳性表达率（78.00%,39/50）明显高于正常卵巢组织（10.00%,1/10）及良性卵巢肿瘤组织20.00%（2/10）,具有显著性差异（P＜0.01）;在正常组织和良性卵巢肿瘤组织中的表达无显著性差异（P＞0.05）.ADM表达与病理分级、淋巴结转移及预后明显相关（P＜0.05）,而与年龄、临床分期、组织学类型无关（P＞0.05）.结论 ADM在卵巢癌组织中的表达明显高于正常组织及良性卵巢肿瘤组织,在卵巢癌的浸润和转移中发挥了重要作用,可作为判断卵巢癌恶性程度及评估不良预后的重要指标.     

基于数据挖掘分析KIF14与SSK1在卵巢癌组织中的表达及临床意义

目的:应用生物信息学方法挖掘卵巢癌的相关基因,探讨其表达情况及临床意义,为卵巢癌的诊断和靶向治疗提供依据。方法:从GEO（Gene Expression Omnibus）数据库下载基因芯片数据集GSE23391、GSE18520和GSE54388,利用其在线分析工具GEO2R筛选卵巢癌的差异表达基因（DEGs）。运用数据库DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape软件和STRING数据库构建蛋白互作网络和关键基因模块,挖掘卵巢癌靶基因。利用Oncomine在线分析网站,分析癌症公共数据基因组中卵巢癌KIF14及SSK1 mRNA的表达信息,利用GEPIA、Kaplan-Meier Plotter进行患者生存分析。结果:共筛选出251个DEGs,富集分析显示差异基因在减数分裂、丝氨酸/苏氨酸代谢、启动DNA复制、细胞衰老等方面富集。筛选获得22个DEGs均呈高表达,其中KIF14与SSK1的表达水平与卵巢癌的FIGO分期及总生存率明显相关。结论:本研究通过生物信息学挖掘,发现KIF14与SSK1基因在卵巢癌组织中呈高表达,并且与卵巢癌的预后关系密切,具有指导意义。     

MDRI基因在卵巢癌组织中的表达及其临床意义

目的 检测多药耐药基因MDR1 mRNA在卵巢癌组织中的表达及其临床应用价值。方法 选择卵巢癌组织30例、卵巢良性肿瘤组织30例、正常卵巢组织30例。采用RP－PCR复合定量技术检测卵巢癌组织中的耐药相关基因MDR1 mRNA的表达水平及分析其表达与临床化疗的相关性。结果 正常卵巢组织不表达MDR1基因;卵巢良性肿瘤组织MDR1基因表达率为10．0％;卵巢癌组织表达率为73．3％,其中高表达率占77．3％。卵巢癌组织中MDR1基因表达与卵巢良性肿瘤的比较,有非常显著性差异（P＜0．01）。卵巢癌术前化疗组MDR1基因表达率为83．3％;术前末化疗组MDR1基因表达率为58．3％,2组比较无显著性差异（P＞0．05）。定量分析表明化疗可以诱导MDR1基因表达水平增高,与非化疗组比较有非常显著性差异（P＜0．01）。结论 MDR1基因表达与卵巢癌有关。MDR1表达与卵巢癌化疗与否无关,但化疗可诱导MDR1基因表达水平增高。因此检测MDR1基因表达水平的变化可以预测继发耐药性。在判断卵巢癌临床用药时,检测MDR1耐药相关基因的表达情况可得到一定的耐药信息,对临床化疗方案的制定有较大的应用价值。     

DBC1在卵巢癌中的表达及临床意义

目的:探讨乳腺癌缺失基因1（DBC1）在卵巢癌组织中的表达及与临床参数的相关性。方法:收集山东省聊城市人民医院手术切除的上皮性卵巢癌组织121例、交界性上皮性肿瘤组织40例和良性囊腺瘤组织55例,所有患者术前均未进行放疗、化疗等治疗。采用免疫组化技术检测DBC1在组织中的表达情况,并分析其与临床病理特征的相关性。结果:DBC1的阳性表达在卵巢癌组织中明显高于交界性囊腺瘤和良性囊腺瘤（P=0.001,P=0.000）,其表达水平与FIGO分期、分化程度及预后密切相关（P=0.033,P=0.022,P=0.037）。结论:DBC1在卵巢癌中可作为肿瘤促进因子发挥作用,并且与预后密切相关,可作为卵巢癌的肿瘤标志物之一。     

卵巢癌组织中生存素的表达及临床意义的Meta分析

目的:系统评价卵巢癌组织中生存素（Survivin）的表达水平及其与临床病理特征的关系。方法:计算机检索各种数据库,寻找与本研究相关的国内外文献,搜集卵巢癌组织中Survivin表达及其与临床病理特征关系的病例-对照研究。根据本研究要求进行筛选,排除不适合文献,对各项数据进行总结,利用计算机软件进行统计分析,最终获得结论。结果:纳入30个研究,其中卵巢癌患者1 472例,卵巢良性病变患者663例,正常对照组371例。Meta分析结果显示:Survivin在卵巢癌组和正常对照组［OR=33.70,95％CI(21.41,53.05),P＜0.000 01］、卵巢癌组和卵巢良性病变组［OR=12.17,95％CI（9.55,15.53）,P＜0.000 01］、临床分期Ⅰ-Ⅱ期组与Ⅲ-Ⅳ期组［OR=0.16,95％CI(0.12,0.22),P＜0.000 01］、临床分级G1-G2级组与G3级组［OR=0.19,95％CI(0.14,0.26),P＜0.000 01］、伴淋巴结转移组和无淋巴结转移组［OR=5.89,95％CI (2.37,14.66),P＝0.000 1］、伴腹水组和无腹水组［OR=5.63,95％CI(1.64,19.28),P=0.006］表达差异均有统计学意义。但在卵巢癌患者年龄>50岁组和≤50岁组［OR=0.82,95％CI(0.47,1.43),P=0.47］表达差异无统计学意义。结论:Survivin表达与卵巢癌及其临床病理特征明显相关,由此可见其有可能参与卵巢癌的整个过程当中。由于所选择文献相对有限,结论仍需进一步验证,希望有更大样本研究参与其中,获得更可靠结果。     

SPOCK2基因表达上调对前列腺癌细胞增殖的影响

目的:探讨SPOCK2基因表达上调对前列腺癌细胞增殖的影响。方法:通过Real-time PCR及Western Blot检测前列腺癌组织及细胞中SPOCK2基因的表达。进一步通过基因重组技术上调前列腺癌细胞系DU145及LNCaP中SPOCK2基因表达,通过CCK8检测细胞增殖情况变化,通过流式细胞仪检测细胞周期及凋亡情况。结果:前列腺癌组织中SPOCK2表达显著低于正常对照组（P<0.05）,应用基因重组片段有效上调SPOCK2基因表达后,转染组细胞增殖率均显著低于阴性对照组及空白对照组,差异有显著统计学意义（P<0.05）。转染组G0/G1期细胞百分比显著高于阴性对照组及空白对照组,差异有显著统计学意义（P<0.05）。转染组S期显著低于阴性对照组及空白对照组,差异有显著统计学意义（P<0.05）。DU145细胞转染组凋亡率显著高于阴性对照组及空白对照组,差异有显著统计学意义（P<0.05）。结论:SPOCK2上调可以抑制细胞增殖,促进细胞凋亡,使细胞停滞于G0/G1期,表明该基因可能通过影响细胞增殖,作为抑癌基因在前列腺癌的发生发展中发挥重要作用。     

BCAP31在结直肠癌组织中的表达及其临床意义

目的:研究结直肠癌组织中BCAP31的表达情况及其与临床病理特征的关系。方法:利用GEPIA数据库和HPA数据库分析BCAP31在结直肠癌中的表达情况,UALCAN数据库分析BCAP31在结直肠癌中的表达及与结直肠癌临床病理特征的关系,在临床样本中用实时荧光定量PCR法（real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR）和免疫印迹法（western blot,WB）检测BCAP31在结直肠癌和癌旁组织中mRNA和蛋白的表达情况,卡方检验分析BCAP31 mRNA表达与临床病理特征的相关性。结果:与癌旁组织相比,BCAP31在结直肠癌中高表达(P<0.05),临床相关性分析其表达与淋巴结转移（P<0.05）和TNM分期有关(P<0.05),而与患者的年龄、性别、肿瘤部位、肿瘤分级、T分期和M分期无明显相关性(P>0.05)。结论:BCAP31在结直肠癌中高表达,且与肿瘤的淋巴结转移和TNM分期有关。BCAP31可作为结直肠癌治疗诊断的分子标志物。     

MTFR2在肝癌组织中表达及临床意义的生物信息学分析

目的:研究MTFR2在肝癌组织中的表达及临床意义。方法:通过TCGA数据库下载肝癌病人相关的mRNA测序数据及临床相关数据,使用R及Perl语言,数据挖掘研究MTFR2表达水平与肝癌患者预后、临床指标的相关性,进一步行GSEA-KEGG富集通路分析。结果:MTFR2表达水平在肝癌组织中高于正常组织,并且与临床分期、病理分级、T分期正相关,而且富集激活细胞周期、血管内皮再生等促进肿瘤的信号通路,抑制PPAR负调控肿瘤信号通路。结论:MTFR2是肝癌患者预后独立的危险因素,并且在肝癌的发生发展中发挥重要功能。     

CDC20 is a novel biomarker for improved clinical predictions in epithelial ovarian cancer

Epithelial ovarian cancer (EOC), a common tumor of the female reproductive system, ranks first in fatalities among gynecological malignancies. Most patients find tumors at late stage and have extremely poor prognoses, which necessitates improvements in early detection. This study applied bioinformatic methods to identify potential biomarkers of EOC. First, Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) analyses were performed on differentially expressed genes (DEGs) and hub genes, and a protein-protein interaction (PPI) network was constructed. The network of hub genes was analyzed using GeneMANIA, and an analysis of biological processes was constructed with BINGO. Lastly, hub genes were analyzed for EOC-related oncology using the Oncomine and TCGA databases, and the cBioPortal online platform. Overall, cell division cycle 20 (CDC20) was identified as a key gene in EOC. Short hairpin RNA (shRNA) was used to silence CDC20 to explore its effects on EOC cell proliferation, apoptosis and SRY-related HMG-box 2 (SOX2) expression. DEGs were enriched in pathways related to cell cycle signaling, cancer, progesterone-mediated oocyte maturation, Wnt signaling and P53 signaling. Analysis revealed high expression of CDC20 in EOC tissues and a correlation with histology and tumor grade. CDC20 levels are highest in serous adenocarcinoma, when compared to ovarian clear cell carcinoma, ovarian endometrioid carcinoma and mucinous adenocarcinoma. High CDC20 expression within the tumor is associated with poor EOC prognosis. After silencing CDC20, EOC cell proliferation and migration decreased, apoptosis increased, and SOX2 expression decreased. In conclusion, CDC20 is likely a key biomarker of EOC and may act as an upstream regulator of SOX2 to mediate the SOX2 signaling in the progression of EOC. Future application of CDC20 analysis to early detection may improve prognosis, and it has the potential to be a therapeutic target.     

卵巢癌患者血清中长链非编码RNA HOTAIR 的表达及其临床意义

目的:探讨lncRNA HOTAIR在卵巢癌患者血清中的诊断作用。方法:收集183例卵巢癌患者术前血清。通过实时定量PCR方法检测患者血清中lncRNA HOTAIR 的表达。并分析lncRNA HOTAIR 的表达与患者临床病例特征的关系,通过ROC曲线分析血清lncRNA HOTAIR 的表达对卵巢癌诊断的意义。结果:卵巢癌患者血清中lncRNA HOTAIR 的表达较健康者血清中的表达显著升高。lncRNA HOTAIR表达与卵巢癌患者的肿瘤病理分级、远处转移以及FIGO分期明显相关。经ROC曲线分析,血清中lncRNA HOTAIR 曲线下面积为0.946 8。结论:血清中lncRNA HOTAIR 的检测对卵巢癌具有良好的预测作用,有望成为卵巢癌早期诊断的分子标志。     

分化抑制因子Id-1在卵巢癌中的表达及临床意义

目的:探讨Id-1在人卵巢癌组织中的表达及其与临床病理特征的关系。方法:采用免疫组织化学方法检测Id-1在50例卵巢癌组织中的表达,并分析其与临床病理特征的关系。结果:在卵巢癌组织中Id-1的表达率为80.4%,在交界性卵巢肿瘤表达率为30%,正常卵巢组织的表达率为5%,组间比较差异有统计学意义(P<0.05)。Id-1过表达与卵巢癌组织分化程度及淋巴结转移有关(P<0.05),而与患者年龄、临床分期无关(P>0.05)。结论:Id-1在卵巢癌组织中高表达并与卵巢癌组织分化程度及淋巴结转移有关,在卵巢癌的发生、发展中起重要作用。     

CTGF、VEGF在卵巢癌中的表达及临床意义

目的 研究结缔组织生长因子(CTGF)、血管内皮生长因子(VEGF)的表达在卵巢癌发生、发展中的作用及临床意义.方法 采用免疫组化法检测92例卵巢癌组织和11例正常卵巢组织中CTGF和VEGF的表达,比较CTGF、VEGF在卵巢癌中表达的关系,并分析其在卵巢癌发生、发展中的临床意义及对预后的影响.结果CTGF在卵巢癌组织中的阳性表达率为19.6%,明显低于正常卵巢组织的81.8%(P﹤0.001);VEGF在卵巢癌组织中的表达率为89.1%,明显高于正常卵巢组织的27.3%(P﹤0.001).CTGF的阴性表达与卵巢癌患者的FIGO分期及淋巴结转移有关(P﹤0.05),但与患者的年龄及病理分级无关(P﹥0.05);VEGF的阳性表达与卵巢癌患者的淋巴结转移有关(P﹤0.05),但与患者的年龄、病理分级及FIGO分期无关(P﹥0.05).CTGF与VEGF在卵巢癌组织中的表达呈负相关(r=-0.444,P﹤0.05).结论 CTGF和VEGF的表达可能与卵巢癌的发生、发展及预后密切相关.