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相似文献
 共查询到20条相似文献,搜索用时 31 毫秒
1.
目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨地骨皮调血脂的作用机制。方法 使用TCMSP数据库并查阅相关文献确定地骨皮活性成分;采用SwissTargetPrediction、GeneCard和OMIM数据库预测地骨皮活性成分靶点和高脂血症相关靶点,应用Venny 2.1取两者交集;运用Cytoscape 3.8.2软件绘制成分-靶点-疾病网络;应用String数据库构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;将交集靶点输入Metascape数据库进行基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape3.8.2软件绘制地骨皮活性成分-靶点-通路网络,预测其调血脂作用机制;采用分子对接和细胞实验进一步探究地骨皮的调血脂作用机制。结果 共筛选出地骨皮潜在活性成分14个以及153个交集靶点;GO功能和KEGG通路分析发现主要涉及过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome prol...  相似文献   

2.
目的:运用网络药理学探讨鼻通汤治疗过敏性鼻炎的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、BATMAN-TCM数据库和文献挖掘获取鼻通汤主要活性成分,并用Uniprot数据库矫正靶点,利用人类基因数据库(GeneCards)筛选过敏性鼻炎的疾病靶点,采用Venny 2.1软件将药物靶点和疾病靶点取交集,获得鼻通汤治疗过敏性鼻炎的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape 3.8.2软件绘制蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein Interaction,PPI)网络,使用DAVID 2021数据库进行潜在基因的基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。结果:筛选得到鼻通汤87个活性成分,涉及95个共同靶点。主要活性成分为槲皮素、β-谷固醇、木犀草素、沃贡宁、豆甾醇等,与之相...  相似文献   

3.
目的:基于网络药理学的方法研究三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制。方法:首先,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索三子养亲汤的化学成分,设置口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18,筛选出药物的有效成分,并筛选出三子养亲汤的有效成分靶点;然后通过Gene Cards、OMIM、Drug Bank数据库收集疾病相关靶点,并与药物靶点取交集,将交集基因导入Cytoscape软件得到药物-疾病-靶点网络图;接着将交集基因导入STRING数据库,得到蛋白质-蛋白质相关作用网络关系,将数据导入Cytoscape软件,利用Cyto NCA插件筛选核心基因;最后对交集基因做基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:共筛选出三子养亲汤的有效成分17个,其中紫苏子14个、莱菔子2个、白芥子1个,有效成分靶点128个。慢性阻塞性肺疾病相关基因共7 007种,与药物的交集靶点共116个,通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析发现雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)、JUN原癌基因(Jun Proto-Oncogene...  相似文献   

4.
目的:运用网络药理学的方法探讨黄柏治疗湿疹的潜在作用靶点及作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获取黄柏的化合物成分及相应靶点;在Gene Cards数据库和OMIM数据库及TTD数据库中检索并筛选出湿疹疾病靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件得到黄柏-活性成分-靶标基因的可视化网络图;将湿疹与黄柏对应靶点共同导入Venny 2.1.0生成交集靶点,通过STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,最后利用Metascape数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因及基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:通过筛选得到槲皮素(Quercetin)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)等黄柏的关键化合物共25个,潜在靶点200个;通过3个疾病数据库检索共获得湿疹的相关靶点1 364个,导入Venny 2.1.0生成了54个交集靶点。富集分析结果显示:黄柏治疗湿疹主要涉及脂多糖反应(respone to lipopolysaccharide)、白细胞黏附调节(regulation of leukocyte cell-cell adh...  相似文献   

5.
目的:运用网络药理学方法预测三七治疗消化性溃疡的潜在作用靶点及通路。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)获取三七有效成分及相应的蛋白质靶点,通过Uniprot数据库进行蛋白质靶点-基因匹配,并标准化蛋白质信息。借助人类基因组注释(GeneCards)数据库获取消化性溃疡发病相关基因,与三七作用靶点取交集后获得三七—消化性溃疡的交集靶点。通过STRING在线数据库构建蛋白质相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.1软件构建中药调控网络并进行可视化展示。使用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。最后利用Cytoscape 3.7.1软件,制作“活性成分-靶点-通路”网络。结果:预测到三七有8个有...  相似文献   

6.
目的:探索桃仁-红花药对治疗糖尿病周围神经病变的作用机制。方法:对桃仁、红花两味中药主要化学成分和作用的靶点进行检索,通过GeneCards、DrugBank、TTD3个数据库找出糖尿病周围神经病变相关靶点。取药物与疾病的交集靶点绘制韦恩图。利用Cytoscape构建药物成分-靶点-疾病网络,在STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并筛选出核心靶点,运用微生信绘图网站进行基因本体论(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:得到桃仁-红花药对治疗糖尿病周围神经病变的有效化合物成分36个,靶点214个,交集靶点156个。GO分析结果:生物学功能82条,生物学过程5 410条,细胞学组分515条。KEGG结果显示:共有264条信号通路发挥对糖尿病周围神经病变的治疗作用。结论:本研究探讨桃仁-红花药对治疗糖尿病周围神经病变的作用机制,为后续研究提供新的理论依据。  相似文献   

7.
目的:应用网络药理学和分子对接技术探讨补元汤治疗慢性阻塞性肺疾病(Chronic Obstructive Pulmonary Disease,COPD)的作用靶点及分子机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和HERB数据库收集补元汤的化学成分及可能的相关靶点,从GeneCards、TTD、DrugBank及DisGeNET数据库中获得COPD相关靶点,两者取交集获得补元汤治疗COPD的共同靶点;利用Cytoscape 3.8.2建立药物-化学成分-共同靶点-疾病网络图;STRING 11.5数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络及提取关键靶点;Metascape数据库通过对关键靶点基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,建立补元汤治疗COPD靶点-信号通路网络;最后通过AutoDockTools 1.5.6软件实现对化学成分和关键靶点分子对接。结果:从补元汤中共获得116个化学成分,预测靶点2 108个,其中与COPD有关靶点为872个,两者共同靶点有122个。槲皮素、豆甾醇、山柰酚等是补元汤主要化学成分,白细胞介素(Inter...  相似文献   

8.
目的:通过网络药理学研究方法探讨生蒲黄-墨旱莲药对治疗糖尿病视网膜病变(Diabetic retinopathy,DR)的作用机制。方法:通过中药药理数据库和分析平台(TCMSP)检索药物的活性成分和靶点;在GeneCards、DrugBank和OMIM数据库检索糖尿病视网膜病变相关靶点;利用Venny工具找出疾病与药物的交集靶点;通过Sting数据库对交集靶点进行分析;结果导入Cytoscape 3.9.1软件进行拓扑异构分析;筛选出核心靶点并绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络图。将交集靶点录入Metascape进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,得到潜在作用通路。结果:(1)药物活性成分及靶点:通过TCMSP数据库筛选出生蒲黄-墨旱莲活性成分17个、作用靶点222个。(2)疾病靶点:经GeneCards、DrugBank、OMIM数据库筛选去重后获得相关的疾病靶点4 005个,将药物靶点与疾病靶点交集后共获得108个共有靶点。(3)核心靶点:通过Cytoscape 3.9.1软件筛选出核心靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/T...  相似文献   

9.
目的:采用网络药理学分析方法探讨补阳还五汤对腰椎术后疼痛综合征的作用机制。方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和阅读文献筛选补阳还五汤中可被人体吸收的活性成分及靶点,利用Cytoscape 3.9.0软件构建补阳还五汤活性成分-靶点网络图。利用在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、Disgenet数据库检索“疼痛,术后(Pain,Postoperative)、炎性疼痛(Inflammatory Pain)、下腰痛(Low Back Pain)、骨痛(Bone Pain)”,将获取的疾病基因靶点与补阳还五汤的靶点取交集,预测补阳还五汤治疗腰椎术后疼痛综合征的靶点基因。使用Cytoscape 3.9.0软件构建补阳还五汤治疗腰椎术后疼痛综合征的“活性成分-靶点”网络及蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用“微生信”网站进行靶点基因本体论(GO)分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。筛选补阳还五汤治疗腰椎术后疼痛综合征的“活性成分-靶点”的主要活性成分和关键靶点进行分子对接。结果:从TCMSP和文献中筛选并去除重复后符合标准的活性成分70个、靶点292个,通过OMI...  相似文献   

10.
目的 基于网络药理学探讨乌丹降脂胶囊治疗非酒精性脂肪肝(NAFLD)的活性成分和作用靶点。方法 通过中医药百科全书(ETCM)数据库获取乌丹降脂胶囊的活性成分和靶点,并构建成分-靶点网络。通过GeneCards、OMIM和TTD等疾病数据库筛选出NAFLD的作用靶点。乌丹降脂胶囊和NAFLD相关靶点进行Venn分析,寻找交集靶点。通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点”网络图。利用STRING 11.5数据库及Cytoscape 3.8.2软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建及分析;然后采用DAVID数据库进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后运用AutoDock Tools 1.5.6软件将核心活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得乌丹降脂胶囊的有效成分393种,作用靶点812个,NAFLD相关靶点1142个,“药物-疾病”交集靶点共107个;乌丹降脂胶囊治疗NAFLD的核心活性成分为阿里红酸,其次为棕榈酸和辛酸等,核心靶点为过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARA)、胰岛素(INS)、过氧化物酶体增殖物激活...  相似文献   

11.
目的:基于网络药理学与分子对接探讨运脾化湿清肺汤治疗特应性皮炎(atopic dermatitis, AD)的作用机制。方法:运用中药网络药理学分析系统(TCM network pharmacology analysis system, TCMNPAS)v1.0获取运脾化湿清肺汤(陈皮、枳壳、桑叶、菊花、金银花、黄芩、土茯苓、白鲜皮、白术、甘草)的活性成分和作用靶点。运用GeneCards数据库、DrugBank数据库检索相关文献获取AD疾病靶点,并借助jvenn平台得到运脾化湿清肺汤与AD的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络。通过Cytoscape 3.8.0软件进行拓扑分析,从而筛选核心靶点。采用Metascape数据库进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析。利用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-活性成分-作用靶点”网络、“...  相似文献   

12.
目的:运用网络药理学方法探讨甘姜苓术汤治疗纯湿型肥胖症潜在活性成分和作用机制。方法:依靠中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选甘姜苓术汤(茯苓、白术、干姜、甘草)有效成分,并在TCMSP平台上预测有效成分潜在靶点,同时利用GeneCards、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库挖掘肥胖症相关靶点,将获取的活性成分靶点与疾病靶点取交集,得到甘姜苓术汤抗肥胖症的预测靶点。利用STRING平台构建预测靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络并结合Cytoscape 3.7.0探索其蛋白质功能模块;通过Metascape数据库对预测靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并以Cytoscape软件构建“药物-化合物-疾病-基因”网络,最后采用Antudock软件及Pymol软件对甘姜苓术汤的化学成分与重要靶点进行分子对接验证。结果:甘姜苓术汤抗肥胖的核心活性成分为松苓新酸、啤酒甾醇、α-香树脂醇、12α-甲基丁酰基-14-乙酰基-8-反式白术三醇等118个,核心靶点为雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)、FOS原癌...  相似文献   

13.
目的:基于网络药理学研究解毒抗癌方治疗原发性肝癌(Hepatocellular Carcinoma,HCC)的主要活性成分与作用机制。方法:首先,通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索解毒抗癌方的主要有效成分及关联靶点;通过OMIM和GeneCard数据库检索HCC的主要靶点;通过R语言绘制韦恩图,筛取解毒抗癌方治疗HCC交集靶点;利用Cytoscape 3.8.2软件构建中药-活性成分-靶点相互作用网络。其次,利用String数据平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(Present Pain Intensity,PPI)网络。最后,使用Bioconductor平台和R语言,进行基因本体论(Gene Ontology,GO)富集分析、京都基因、基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。结果:解毒抗癌方治疗HCC的关键成分可能为槲皮素、木犀草素...  相似文献   

14.
目的:基于网络药理学方法筛选苓桂术甘汤的活性成分及核心靶标,进一步探讨其防治慢性心力衰竭(Chronic Heart Failure,CHF)潜在分子机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苓桂术甘汤的活性成分,并预测活性成分作用靶点,采用GeneCards数据库筛选CHF的疾病靶点,运用R语言软件筛选药物与疾病的共同靶点,应用Cytoscape3.7.2软件构建药物活性成分-疾病靶点相互作用网络,应用STRING 11.0构建共同靶点蛋白质相互作用网络,并用Cytoscape3.7.2对蛋白质-蛋白质相互作用网络进行拓扑分析,R语言软件对共同靶点进行基因本体论富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,同时应用Cytoscape 3.7.2软件构建KEGG通路与富集蛋白的相互作用关系网络。结果:获得苓桂术甘汤有效生物活性成分95个,与CHF相关的靶点有72个,这些靶点主要涉及对营养水平的反应、对脂多糖的反应、循环系统中的血管过程、对活性氧的反应等生物学过程,并主要富集在糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、流...  相似文献   

15.
目的:运用网络药理学方法探讨蠲哮汤对哮喘的防治作用及可能的分子机制。方法:利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选蠲哮汤药物活性成分及作用的靶蛋白,通过PubChem和Swiss Target Prediction数据库收集活性成分作用靶点的基因名,从GeneCards和OMIM数据库中获得哮喘疾病相关靶点,利用Venny 2.1.0获得的二者交集靶点即为蠲哮汤治疗哮喘的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件构建“中药-活性成分-作用靶点”网络图,采用STRING数据库构建蠲哮汤治疗哮喘潜在作用靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络,并利用Cytoscape 3.9.0软件对其进行拓扑学分析,筛选出核心靶点。进一步利用DAVID数据库对筛选得到的靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,进一步筛选重要化合物与疾病靶点,进行分子对接预测。结果:共得到蠲哮汤60个潜在活性成分,预测到110个作用靶点。收集哮喘靶点1 432个,取交集得到蠲哮汤治疗哮喘的作用靶点36个,对应活性成分23个,其中以槲皮素、山柰酚、芦丁和柚皮素为主。拓扑分析得到3...  相似文献   

16.
目的:基于网络药理学探讨通窍活血汤治疗颅脑损伤(TBI)的作用机制。方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选出通窍活血汤潜在活性成分及靶点,采用GeneCard与OMIM数据库获得颅脑损伤疾病靶点,得到通窍活血汤的中药与TBI的交集靶点,使用Cytoscape 372软件绘制活性成分靶点疾病交互网络图。采用String数据库构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果:筛选后收集得所有中药成分127个,收集疾病靶点1 811个,疾病与药物交集靶点共62个。PPI网络提示核心靶点为ALB、IL6、CASP3、EGFR、VEGFA等;GO功能注释得到73条富集结果,包括DNA结合转录激活剂活性,RNA聚合酶Ⅱ特异性等,富集得到PI3K-AKT等75条核心的KEGG通路。结论:通窍活血汤治疗颅脑损伤具有多成分、多靶点、多通路的作用机制特点。  相似文献   

17.
目的:通过网络药理学方法和分子对接技术研究真武汤治疗扩张型心肌病(Dilated Cardiomyopathy,DCM)的作用及其机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCSMP)等数据库精选真武汤中药材的主要活性成分和功能靶点,再利用Gene Cards、OMIM等数据库获取DCM的关键靶点,进而筛选出其共同作用靶点。并利用Cytoscape 3.8.2软件来建立“真武汤-有效成分-DCM-靶点”网络图。并通过String数据库获得蛋白质-蛋白质相互作用的网络,从而筛选出了关键基因。利用DAVID数据库对关键靶点做了基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用RCSB PDB、Pub Chem数据库,利用Chem Bio3D、Py MOL以及Auto Dock pyrx内部的Vina软件工具做分子对接,最后使用DS2019软件作图。结果:共得到真武汤中药物主要活性成分59个、重要交集靶点38个,GO富集功能分析显示条目628个,KEGG富集通路126个。真武汤主要活性成分包括β-谷甾醇、山柰酚、常春藤皂苷元等;关键靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋...  相似文献   

18.
目的:通过网络药理学方法探讨赤芍有效成分治疗血吸虫病及肝纤维化的潜在作用机制。方法:通过TCMSP数据库检索并收集赤芍有效成分及其对应的作用靶点,借助UniProt数据库将靶点蛋白的genename转换为genesymbol;通过GeneCards、OMIM、TTD疾病数据库搜集血吸虫病及肝纤维化相关靶点;将赤芍成分靶点和疾病靶点取交集,获得赤芍治疗血吸虫病及肝纤维化的潜在靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”和“成分-靶点-通路”网络;通过STRING数据库对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,采用Cytoscape 3.8.2软件进行分析和可视化呈现;通过Metascape数据库进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选得到赤芍活性成分29种,成分靶点与血吸虫病及肝纤维化疾病的交集靶点19个,其中肿瘤抑制蛋白(TP53)、前列腺素内过氧化物合酶(PTGS2)、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素8...  相似文献   

19.
目的:以网络药理学方法探讨桃仁膝康丸治疗骨性关节炎的可能作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索和筛选出桃仁膝康丸活性成分及作用靶点,检索GeneCards、OMIM和CTD数据库获得与骨性关节炎相关的非重复靶点,取交集获取中药抗骨性关节炎相关的药物活性成分靶点,使用String软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,筛选核心靶点和构建药物-活性成分-骨性关节炎相关靶点网络;借助DAVID数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;将活性成分与预测疾病核心靶点进行分子对接验证;免疫印迹法(Western Blot)验证对细胞凋亡效应蛋白半胱氨酸蛋白酶(Caspase,CASP)3靶点的干预。结果:从桃仁膝康丸中筛选出53个活性成分,主要作用于骨性关节炎相关55个的靶点,靶标作用主要涉及细胞凋亡、炎症、细胞自噬、细胞老化、活性氧代谢、免疫生物过程和通路;分子对接结果发现活性成分与核心靶标结合性能良好;Western Blot结果显示,桃仁膝康丸能显著...  相似文献   

20.
目的:通过网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪黄酮类活性成分异鼠李素抗肿瘤作用及调控机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选出异鼠李素的靶点信息,Gene Cards数据库筛选出肿瘤相关靶点,通过R软件获得二者靶点交集。使用STRING在线数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,Cytoscape软件构建药理学调控网络,筛选出核心靶点。通过R语言进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,分析作用靶点相关基因功能及信号通路。最后以活性成分异鼠李素为配体,与核心靶点进行分子对接分析以了解活性成分与核心靶点分子间的亲和力。结果:筛选出异鼠李素调控肿瘤的潜在靶点29个,其中雌激素受体(Estrogen Receptor,ESR)1、前列腺素氧化环化酶(ProstaglandinEndoperoxide Synthase,PTGS)2、RELA癌基因(RELA Proto-Oncogene, NF-KB Subunit,RELA)、雄激素受体(Androgen Receptor,AR)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(Peroxisom...  相似文献   

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