宫颈癌中免疫相关基因功能鉴定及ceRNA网络的构建

目的：利用生物信息分析技术,寻找宫颈癌中参与调节免疫反应的竞争性内源RNA(ceRNA)调节通路,及鉴定宫颈癌免疫相关基因和信号通路。方法：从GEO数据库和ImmPort数据库分别获取宫颈癌基因表达芯片数据、宫颈癌miRNA表达芯片数据和免疫相关基因群,通过软件预测相关的miRNAs和lncRNAs,并构建ceRNAs网络。将筛选所得的免疫相关基因和miRNA,进行宫颈癌临床样本中的表达分析,同时进行不同病理分期各候选基因表达分析、总体生存期和无病生存期分析。结果：鉴定2个参与宫颈癌组织中的免疫调控作用ceRNA调控通路：CCDC18-AS1—miR-106b-3p—CXCR4和HCG18—miR-193b-3p—TLR2。在宫颈癌组织中,lncRNA CCDC18-AS1对应的CCDC18的表达显著高于对照组织,而lncRNA HCG18的表达显著低于对照组织（P<0.05）;CXCL8和IL18基因的表达显著高于对照组织;而癌组织中TLR2/4的表达显著低于对照组织（P<0.05）。对宫颈癌不同病理分期组织分析发现,早期癌组织中CXCR4的表达高于进展期（P<0....     

胎盘植入组织lncRNA表达特征与ceRNA调控网络构建

目的探讨lncRNA在胎盘植入中的表达特征及潜在的ceRNA调控机制。方法随机选取2017年12月~2018年6月于我 院行剖宫产合并胎盘植入的植入部分胎盘组织与邻近正常胎盘组织各5例,采用基因芯片技术检测组织lncRNA的表达水平; 植入组与对照组比较,筛选差异表达lncRNAs;随机选取5个差异表达lncRNAs进行实时荧光定量PCR检测,验证基因芯片结 果的准确性与可靠性,对差异表达基因进行GO功能聚类分析及KEGG 通路分析;选取芯片扫描与qRT-PCR结果均显示显著差 异的ENST00000511361（RP5-875H18.4）、NR_027457（LINC00221）和NR_126415（FOXP4-AS1）3条lncRNAs构建ceRNA调 控网络。结果植入组与对照组比较,筛选出329个差异表达lncRNAs与179个差异表达mRNAs,实时荧光定量PCR变化趋势 与芯片结果相一致;差异表达mRNAs主要参与TGF-β通路的调控;ceRNA调控网络的构建提示RP5-875H18.4--miRNA-218-- SLIT2在胎盘植入的发生中存在潜在ceRNA调节机制。结论差异表达lncRNAs可能通过调控TGF-β通路参与胎盘植入的发 生发展过程,RP5-875H18.4--miRNA-218--SLIT2在胎盘植入的发生中存在潜在ceRNA调节机制,但该结果还需进一步验证。     

高尿酸血症患者外周血miRNA表达谱的分析及ceRNA网络构建

目的:探讨高尿酸血症(HUA)患者外周血miRNA表达谱及ceRNA网络构建。方法:对5例HUA患者及5名体检健康者外周血单个核细胞miRNA表达水平进行检测并测序,筛选出差异表达的miRNA分子。利用miRwalk、miRBD、miRTarBase和targetscan数据库预测miRNA的靶基因;circbank数据库预测circRNA-miRNA的靶向结合关系。通过DAVID和Metascape数据库对靶基因的基因功能和通路富集分析。利用Cytoscape构建主要信号通路的circRNA-miRNA-mRNA调控网络。结果:在HUA患者与体检健康者中,共发现47种已知miRNA和4种新miRNA差异表达,其中已知差异表达miRNA有25种上调,22种下调。差异表达miRNA的靶基因主要富集在癌症和细胞衰老相关信号通路。基于ceRNA理论构建的癌症相关信号通路circRNA-miRNA-mRNA调控网络,涉及96个circRNA节点、13个miRNA节点及212个mRNA节点。结论:HUA患者外周血miRNA表达谱与健康体检者存在差异,且差异表达miRNA靶基因与癌症的发生发展密切...     

外泌体ceRNA调控网络与阿尔茨海默病相关性的生物信息学分析

目的：探讨阿尔茨海默病（Alzheimer’s disease,AD）与外泌体ceRNA调控网络之间的潜在关系,为临床治疗及研究靶点提供基础。方法：在基因表达综合数据库（gene expression omnibus,GEO）中下载数据,筛选AD患者和健康对照之间的差异基因（differentiallyexpressedgenes,DEGs）和差异microRNAs(miRNAs),确定AD的生物标志物。利用DAVID对DEGs进行基因本体论（gene ontology,GO）功能富集分析,用KEGG对DEGs进行信号通路分析,利用cytoscape对DEGs和靶向miRNAs进行作用分析并找出关键节点。结果：筛选到683个DEGs(377个下调的DEGs和306个上调的DEGs),并筛选了90个与AD相关的富集于外泌体和细胞囊泡的DEGs作为我们的目标DEGs。本项目还筛选了748个差异表达的miRNAs(90个下调的miRNAs和658个上调的miRNAs),并筛选出186个细胞外囊泡miRNAs(147个上调的miRNAs和39个下调的miRNAs)。利用数据库预测了这些miRN...     

基于ceRNA调控网络的乳腺癌预后相关生物标志物筛选

目的 利用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库筛选差异表达mRNA、miRNA和lncRNA分子标签,构建预后相关的核心ceRNA调控子网络,探索其在乳腺癌预后相关生物标志物筛选中的作用.方法 从TCGA下载乳腺癌患者的测序数据和临床数据,利用R包"Deseq2"和单因素COX比例风险回归模型,分别筛选差异表达且与预后相关...     

PTEN的研究进展

随着医学科学的进步,分子靶向治疗已经受到人们越来越多的关注,尤其在治疗肿瘤发面,第10染色体丢失的磷酸酶基因(PTEN)是最早发现具有磷酸酶活性的抑癌基因,具有脂质磷酸酶和蛋白磷酸酶双重活性,并参与调节多种信号转导通路,它的低表达或缺失与肿瘤的进展和不良预后密切相关.本文就PTEN的结构、作用机理、与肿瘤关系做一综述.     

circRNA作为ceRNA在结直肠癌中的研究进展

环状RNA(circRNA)是由前体mRNA反向剪接而产生的共价闭合RNA分子,在疾病中发挥着重要的调控作用。circRNA有潜力成为新型生物标志物,在肿瘤早期诊断、治疗和预后方面发挥重要作用。circRNA可以作为竞争性内源RNA(ceRNA),通过与miRNA相互作用,进而参与基因的转录后调控。本文重点概述了circRNA作为ceRNA调控结直肠癌发生发展的机制,以求能为结直肠癌的诊断与治疗拓展新视野。     

PTEN与胃癌的研究进展

PTEN又称MMAC1或TEP1,是由三个研究小组于1997年几乎同时发现并命名的一个抑癌基因.PTEN是迄今为止发现的第一个具有双特异性磷酸酶活性的抑癌基因,该基因的突变失活与人类多数恶性肿瘤的发生、发展密切相关.胃癌是最常见的恶性肿瘤之一,其发病的分子生物学机制成为当今研究的热点,现已发现多种抑癌基因在胃癌的发生和演进中起着重要作用,本文就PTEN与胃癌的最新相关研究进展作一综述.     

PTEN与神经干细胞调控

第10号染色体同源丢失性磷酸酶一张力蛋白基因（PTEN）是1997年发现的一个抑癌基因。PTEN具有脂质和蛋白质双重磷酸酶功能,也是人类肿瘤中最常见的突变基因之一。PTEN具有广泛的生物学功能,它能通过PI,K／AKT、FAK和MAPK信号转导通路调节细胞的生长、凋亡、迁移和转化。     

甲状腺乳头状癌相关ceRNA网络的生物信息学分析

目的 近些年由于高通量测序的发展,针对环状RNA(circRNA)的研究越来越多,但仍有大量的环状RNA有待探索,本文通过对甲状腺乳头状癌(PTC)中竞争性内源性RNA(ceRNA)的研究,构建circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络,探索PTC中环状RNA潜在的调控机制,为临床寻找新的标志物或治疗靶点提供新的思路和见解。方法 整合GEO和TCGA两大数据库,下载与PTC相关的芯片及临床数据,运用生物信息学方法构建与生存相关的ceRNA网络机制。结果 两大数据库中共鉴定出16个环状RNA、199个miRNA和4 308个mRNA的差异表达基因,通过Cancer-Specific CircRNA Database预测环状RNA可能结合的miRNA并绘制韦恩图,将得到11个差异表达的miRNA通过TargetScan、miRDB两大数据库预测mRNA靶基因并整合,共得到751个差异表达的mRNA,通过三者之间作用关系整合成ceRNA网络并进行可视化,利用STRING网站工具构建蛋白质相互作用网络,计算并筛选出其中密度最高、接近中心性的前10个枢纽基因,GO和KEGG通路富集分析...     

膀胱癌circRNAs介导的ceRNA网络及预后评估模型的构建

目的 探究膀胱癌中差异性表达的环状RNAs(circRNAs),并构建circRNAs介导的ceRNA网络及预后评估模型.方法 下载并分析基因表达数据库(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)中膀胱癌RNA测序数据,以|log2 fold change(log2FC)|>1、P-value<0.05为纳入标准,筛选RNA...     

circRNA在膀胱癌中的研究进展

膀胱癌是当今世界重大的公共卫生问题,也是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一,由于其高发病率和高死亡率,对人类健康造成了严重威胁。近年来,针对膀胱癌的发生发展的相关研究发现,circRNA的表达水平与膀胱癌的发生发展之间存在一定的联系。CircRNA可以通过影响相关的miRNA和mRNA的表达水平,从而达到促进或抑制膀胱癌的发生、发展的目的。本文章就circRNA与膀胱癌的发生发展之间的关系做一综述。     

miRNA在肿瘤微环境中调控胃癌转移机制的研究进展

<正>胃癌是癌症相关死亡的主要疾病之一,发生转移往往提示预后差。肿瘤微环境(tumor microenvironment, TME)是肿瘤细胞生存的复杂环境,TME的存在是肿瘤进展和转移的重要生物学特征和重要决定因素;miRNA是一种强大的基因调节器,可以通过与一系列靶基因相互作用来调控细胞过程,参与TME中肿瘤转移的相关过程,如细胞上皮-间充质转化(epithelial-mesenchymal transitions, EMT)、     

PTEN与胃癌关系的研究进展

PTEN是具有双重特异性磷酸酶活性的抑癌基因,其主要功能是参与调控细胞增殖、迁移和凋亡。研究显示PTEN的失活与胃癌的发生、发展密切相关。现就抑癌基因PTEN在胃癌中的表达做一综述。     

PTEN在胃癌中的研究进展

胃癌是东南亚地区最常见的恶性肿瘤之一,其病死率在恶性肿瘤中居于首位。PTEN是迄今为止的第一个具有双特异磷酸酶活性的抑癌基因,其突变或缺失与人类多种原发性恶性肿瘤的发生、发展、浸润和转移密切相关。抑癌基因在胃癌的发生、发展过程中起重要作用,其中PTEN在胃癌组织中低表达已被大量实验所证实,可能成为指导胃癌综合治疗、判断预后的有效指标。     

MicroRNA参与的表观遗传学调控在白血病中的研究进展

表观遗传学异常与恶性肿瘤的发生发展密切相关,microRNA(miRNA)是一类通过转录后调控机制对基因进行调控的非编码的短链RNA,其调控机制属广义的表观遗传学范围。近年来对miRNA的研究显示,在血液病中miRNA与表观遗传学之间的相互作用与血细胞分化调控及血液肿瘤的发生、发展、诊断及治疗密切相关,从而为肿瘤的诊断和治疗提供新的思路和手段。     

抑癌基因PTEN研究进展

PTEN是迄今为止发现的第一个具有磷酸酶活性的抑癌基因,在许多不同类型的肿瘤组织、移植瘤、肿瘤细胞系和多种进展期肿瘤组织（如脑肿瘤、乳腺癌、子宫内膜癌、前列腺癌、膀胱癌、甲状腺癌及非小细胞肺癌）中存在着PTEN基因不同程度的突变或丢失。本文主要综述PTEN基因与胃癌的关系。     

PTEN基因在乳腺癌中的研究进展

在过去的50年中乳腺癌发病率急速上升,乳腺癌已在女性恶性肿瘤中占首位.其发病原理是由多种癌基因和（或）抑癌基因异常表达所致.抑癌基因PTEN的表达异常在乳腺癌中常见,PTEN基因失活与乳腺癌的发病机理,浸润、转移,恶性转化及无限制生长及临床预后有一定关系.