单核苷酸多态性检测方法的研究进展

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）作为第3代遗传标记,具有数量多、分布广泛等特点,已成为人类后基因组时代的主要研究内容之一,广泛应用于疾病相关分析、群体遗传学及药物研究等领域,因此建立高度自动化和高通量的SNP检测分析技术十分重要。该文介绍了几种SNP检测技术,特别是生物传感器用于检测SNP的原理,并对高通量的SNP检测技术进行了展望。     

单核苷酸多态性检测方法的评价

单核苷酸多态性(SNP)是第三代遗传标记，由于其在基因组中分布的高密度性，被认为在多基因疾病的诊断及治疗方面有着广阔的应用前景。本文介绍了几种近年SNP分析技术的新方法，为进行这方面的研究提供线索。     

磷酸二酯酶4D基因三个多态性与缺血性卒中的关系

目的:探讨磷酸二酯酶4D(PDE4D)基因与缺血性卒中(IS)的关系。方法选取121例缺血性卒中患者和130例正常对照,应用等位基因特异性聚合酶链反应(ASPCR)技术筛查PDE4D基因的单碱基多态性(SNP)45和SNP41,应用聚合酶链反应(PCR)结合聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测微卫星标记AC008818-1。对资料编码后输入SAS6.12统计软件进行分析。结果缺血性卒中患者组中发现一例SNP45和SNP41的双杂合状态,病例组和对照组SNP45、SNP41、AC008818-1多态性之间的差异均无统计学意义。结论本组人群中PDE4D基因SNP45、SNP41和AC008818-1多态性与缺血性卒中无关。     

基质金属蛋白酶-1单核苷酸多态性在宫颈癌中的表达及临床意义

<正>基质金属蛋白酶-1(MMP-1)基因启动子单核苷酸多态性(SNP)功能被认为是多种癌症包括宫颈癌的预后基因标记。我们在我省进行MMP-1SNP与宫颈癌关系的病例对照研究以进一步阐述MMP-1SNP对中国北方人口宫颈癌发生、发展、     

紫苏属药用植物的rDNA ITS区SNP分子标记与位点特异性PCR鉴别

目的分析单种属——紫苏属各变种间rDNA ITS区的序列以及存在的单核苷酸多态性(SNP)现象，设计出位点特异性PCR引物，用于紫苏属各变种间的分子标记鉴别。方法对紫苏属各变种多个体的rDNA ITS区全序列进行了准确测定，运用Clustral X 1.8，MEGA 3.0进行排序并进行SNP分析，从而设计出鉴别各变种的等位基因位点特异性PCR鉴别引物。结果紫苏属各变种(紫苏、白苏、鸡冠苏和耳齿紫苏等)的rDNA ITS区全序列共有615～618 bp的长度，ITS1为233～235 bp，5.8S为179 bp，ITS2为203～204 bp，GC含量为61.5%～61.9%。从rDNA ITS区碱基变异的整体情况来看，紫苏属各变种间不仅在非编码的转录间隔区ITS1和ITS2内存在非编码区单核苷酸多态性(ncSNP)，而且在保守的5.8S编码区内也存在3个位点的单核苷酸多态性，即编码区SNP(cSNP)，所有的SNP均只具2等位多态性。5.8S区cSNP的出现与产生该变异的变种出现的显著形态差异关联。本文还利用这些SNP位点设计出了鉴别紫苏属各变种的位点特异性PCR引物，无需测序即可对紫苏属的原植物及“苏子”、“苏叶”等药材进行有效准确的分子鉴别。结论紫苏属药用植物rDNA ITS区存在的SNP可用作紫苏属各变种鉴别的分子标记。     

水痘-带状疱疹病毒基因型的研究进展

水痘-带状疱疹病毒(VZV)属疱疹病毒α亚科,为双链DNA病毒,原发感染引起具有高度传染性的世界流行性疾病--水痘,潜伏感染再激活可导致带状疱疹.水痘-带状疱疹病毒虽然是人类疱疹病毒中最具遗传稳定性的一种病毒,但其基因组内仍存在多个单一核苷酸的变异,其中有些已成为VZV基因组内单核苷酸多态性(SNP)标记.目前已有几个研究组依据不同的SNP组合,将世界各地流行的VZV株划分为3～4个基因型.本文就VZV基因分型的研究状况进行综述.     

老年性白内障患者术前C反应蛋白血浆水平与其单核苷酸多态性的相关性

目的 C反应蛋白(CRP),作为一种急性期蛋白,参与多种重要的炎症反应。CRP血浆水平在年龄相关性黄斑变性患者中升高,并可能受遗传因素调控,但目前在中国人群中尚未有相关研究发表。本实验希望通过研究CRP血浆水平与其单核苷酸多态性(SNP)的相关性,分析遗传因素对蛋白表达的影响。方法我们收集了71例白内障患者术前血样,对所有样本取血浆,并提取基因组DNA。采用Taqman Assay方法对CRP基因的3个标签SNP rs1800947、rs1417938和rs1205进行基因型测定。基因型数据用Haploview 4.2版本分析Hardy-Weinberg平衡,并对得到的蛋白及基因型数据按加性模型进行线性回归分析,同时对性别和年龄进行校正。结果本实验分析的3个标签SNP均没有偏离Hardy-Weinberg平衡。加性模型分析的结果显示,rs1800947的C等位基因与较低的血浆CRP水平显著相关。在其他2个标签SNP中未发现与血浆CRP水平存在显著相关性(P>0.05)。结论本研究首次在中国人群中证明了CRP血浆水平与其遗传多态性存在显著相关性,提示CRP的表达受遗传调控,为进一步研究其参与炎症反应的分子机制提供了参考。     

干扰素基因多态性与干扰素治疗慢性乙肝早期应答的关系

干扰素(IFN)是慢性乙型肝炎(CHB)的主要治疗药物之一。但应用IFN治疗的人群应答效果往往差异很大,其原因除了乙肝病毒(HBV)本身生物学特征及宿主对HBV的免疫状态等因素外,宿主IFN遗传通道上众多基因的单核苷酸多态性(SNP)也是影响IFN应答的重要因素。IFN-γ基因874     

广西产鸡血藤遗传多样性的RAPD与ISSR标记方法的比较研究

目的:比较随机扩增多态性DNA分子标记技术(RAPD)和简单重复序列间区扩增技术(ISSR)两种标记方法,研究广西不同居群鸡血藤遗传多样性的优劣。方法:分别采用RAPD和ISSR标记方法,利用POPGENE 32软件、Ntsys软件、SPSS 17.0软件,对广西不同采集地的9份鸡血藤的遗传多样性进行研究。结果:筛选出的3条RAPD引物及4条ISSR引物扩增后,共得到198和315个位点,多态性位点37和80个,多态性位点比率为18.7%和25.4%,有效等位基因数为1.416 8、1.584 0,基因多样性指数为0.269 4、0.351 3,Shannon多样性指数为0.431 6、0.529 9。ISSR标记均高于RAPD标记,RAPD和ISSR的平均遗传相似系数为0.757 64、0.683 80,表明ISSR检测遗传多样性更灵敏。二者的聚类结果相近,相关系数r为0.847,说明其在0.001水平呈极显著正相关。结论:ISSR标记方法比RAPD标记反映出更多的遗传多样性信息,更适合于广西产不同居群鸡血藤的遗传多样性研究。     

NPHS1基因多态性与微小病变肾病的关联研究

目的研究nephrin的编码基因NPHS1的单核苷酸多态性(SNP)与微小病变性肾病(MCNS)发病及其蛋白尿等的关系。方法720例外周血DNA样本,包括经肾脏活检证实的MCNS患者226例及地域匹配的正常对照494名。选择引起错义突变的NPHS1基因349G/A多态性位点,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)的方法进行关联分析。同时收集患者的性别、年龄、高血压病史、蛋白尿、血尿、血清白蛋白、肌酐、病程及激素治疗等临床资料,分析SNP与患者临床表现的关系。结果①MCNS患者中NPHS1基因349G/A多态性位点的A等位基因(0.786 vs 0.705)与AA基因型(0.636 vs 0.530)的频率都显著升高(P<0.05)。②对NPHS1基因349G/A多态性分析显示,具有不同基因型患者之间性别、年龄、高血压病史、蛋白尿、血尿、血清白蛋白、肌酐、病程及激素治疗等差异均无统计学意义。结论NPHS1基因349G/A多态性与MCNS的发病相关。     

水痘减毒活疫苗病毒的单核苷酸多态性分析

水痘-带状疱疹病毒（varicella-zoster virus,VZV）是引起水痘和带状疱疹的主要病原体,Oka株水痘减毒活疫苗（V-Oka）能有效预防水痘发生。V-Oka株与Oka亲本株之间存在至少42个单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）位点差异,部分位点与V-Oka株的减毒特性有关。目前已知有6个SNP位点为疫苗型位点,可用于区分V-Oka病毒与野生型病毒。近期研究发现某些SNP位点与疫苗相关皮疹有关。此文对水痘减毒活疫苗的重要SNP位点做一综述。     

钙蛋白酶10基因多态性与2型糖尿病胰岛素抵抗的研究

目的:观察天津地区汉族人群中是否存在钙蛋白酶10(CAPN10)UC SNP43G/A等位基因多态性,并探讨与2型糖尿病(T2DM)及胰岛素抵抗(IR)的关系。方法:随机抽取正常人125例(对照组)和2型糖尿患者255例(T2DM组)外周血白细胞基因组DNA,采用PCR-RFLP方法对CAPN10 UC SNP 43G/A基因多态性进行筛查,对突变基因进行克隆测序分析。根据T2DM组中是否有CAPN10 UC SNP43基因突变,分为CAPN10 UC SNP43(G/G型)和CAPN10 UC SNP43(G/A A/A型)2组。结果:T2DM组和对照组G等位基因的频率比较差异无统计学意义(P>0.05)。G/G型组和G/A A/A型组的BMI、空腹胰岛素(FINS)、HOMA-IR指数、空腹C-肽(C-P)、三酰甘油(TG)2组之间差异有统计学意义(P<0.05或P<0.01),G/G型组高于G/A A/A型组。结论:在中国天津地区汉族人群中存在CAPN10 UC SNP 43 G/A基因多态性,但与天津地区汉族人群T2DM无相关性,与IR相关的一些代谢指标相关,可能部分造成了2型糖尿病胰岛素抵抗。     

宫颈癌、子宫内膜癌及卵巢癌中全基因组关联分析计量研究

目的：分析宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌全基因组关联研究（Genome-wide associa-tion study ,GWAS ）英文文献的数据构成特征。方法对国际最新GWAS研究数据库之一---美国国立人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute ,NHGRI）数据库进行数据挖掘。结果运用文献计量学方法客观分析了N HGRI的文献基本特征、第一、二阶段样本量、染色体区域相关SNP、对照组相关风险等位基因频率、P值文献中最强单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymor-phisms ,SNP）、优势比（odds ratio ,OR）或β相关系数和实验平台及检测SNP数量8项数据,找出了妇科肿瘤GWAS的一些共性特征。结论17号染色体区域SNP多态性可能是妇科肿瘤遗传易感区域,深入此易感区域研究可能为阐述肿瘤发生治疗和评估预后提供一定线索。     

新疆维吾尔族人群SLC22A1基因的单核苷酸多态性研究

目的：研究有机阳离子转运体SLC22A1基因单核苷酸多态性（SNP）rs2282143位点（P341L,1022C>T）基因型和等位基因在中国新疆维吾尔族人群中的分布频率,并比较其与不同种族间的分布差异。方法：通过SNaPshot SNP分型技术检测276例新疆维吾尔族健康人群的SLC22A1基因SNP rs2282143位点的基因型,并与国际人类基因组单倍型图谱计划（HapMap）中不同国家或地区就该位点的SNP分型数据进行比较,分析基因型频率和等位基因频率间的差异。结果：在新疆维吾尔族健康人群中,SLC22A1基因rs2282143位点中CC基因型最常见,分布频率为90.9%;CT和TT基因型分布频率分别为8.4%、0.7%;最小等位基因T的分布频率为4.9%。新疆维吾尔族SLC22A1基因rs2282143位点的基因型频率和等位基因频率分布与黄种人群存在显著差异;而与高加索人群和黑人不存在显著差异,其中与约鲁巴人群的基因型频率存在显著差异,但与该人群的等位基因分布频率分布不存在显著差异。结论：新疆维吾尔族人群SLC22A1基因具有显著的基因多态性,其SNP rs2282143位点基因型和等位基因的分布频率与部分国家或地区人群存在较大差异,该差异对于有机阳离子转运体SLC22A1基因相关的疾病诊断、药物基因组学以及人类进化史方面的研究可能起重要作用。     

Genome-based pharmacogenetics and the pharmaceutical industry

Pharmacogenetic capabilities have changed markedly since The SNP Consortium made a dense single-nucleotide polymorphism (SNP) map freely available in 2001. For more than 40 years, pharmacokinetics and pharmacodynamics of drug-metabolizing molecules were the focus of practical applications. Today, it is possible to use SNP-mapping technologies to create a genetic profile of each individual that can be used to identify patterns of susceptibility genes for common diseases as well as genetic risk/efficacy factors that are related to the effects of drugs.     

A major genotype in UDP-glucuronosyltransferase 2B15

A novel single nucleotide polymorphism (SNP) was found in exon 6 of the UDP-glucuronosyltransferase (UGT) 2B15 gene from healthy Japanese populations. The SNP was as follows: SNP, 020228Toide001; GENE NAME, UGT2B15; ACCESSION NUMBER, U08854, AF180322, and NM_001078; LENGTH, 25 base; 5'-AGCTTGCCAAAAC/AAGGAAAGAAGAA-3'. This SNP was expected to cause a change of an amino acid residue at the position 523 (Thr to Lys) located in a putative co-factor binding region. The allele frequency of this SNP was 79% in Japanese, suggesting this polymorphism to be a major genotype in Japanese people.     

A rapid screening method for a single nucleotide polymorphism (SNP) in the human MOR gene

AIMS: Genetic association studies have suggested that the single nucleotide polymorphism (SNP) at position 118 of the human mu-opioid receptor (MOR) gene could be a potential risk factor for drug treatment variability in patients. Therefore, we wanted to develop a fast and reliable detection method for this SNP which is applicable in a clinical setting. METHODS: To detect the polymorphism at position A118-->G in the human MOR gene we used the fluorescence resonance energy transfer (FRET)-PCR technique with subsequent melting curve analysis. RESULTS: The polymorphism at position A118-->G in the human MOR gene could be clearly discriminated with melting peak temperatures of 69.8 degrees C and 63.8 degrees C, corresponding to the wild type and mutated MOR allele, respectively. The results from FRET-PCR were validated by sequencing and restriction-fragment length polymorphism (RFLP). Screening of blood samples from 100 subjects showed an allelic distribution for the human MOR alleles of 79% (homozygous wild type), 20% (heterozygous) and 0.9% (homozygous mutated). CONCLUSIONS: The FRET-PCR protocol for detection of the human MOR gene polymorphism at position 118 offers a rapid and reliable method which could be used for population screening of this and other genes.     

Polymorphisms of the luteinizing hormone/chorionic gonadotropin receptor gene: association with maldescended testes and male infertility

OBJECTIVE: Maldescended testes are the most common genital anomaly in newborns and are associated with testicular malignancy and infertility. As the inguinoscrotal phase of testis descent is androgen-dependent and requires integrity of the luteinizing hormone/chorionic gonadotropin receptor (LHCGR), we investigated whether nonsynonymous polymorphisms of the LHCGR gene are associated with maldescended testes. METHODS: This was a retrospective case-control study including 278 patients with maldescended testes, 277 infertile men without maldescensus and 271 controls with normal sperm concentrations. Clinical and endocrinological workup of the patients was performed. Single nucleotide polymorphism (SNP) analysis was performed by GeneScan and TaqMan technology. RESULTS: Men with maldescended testes had significantly lower testis volumes, higher serum luteinizing hormone (LH) and follicle-stimulating hormone (FSH) but similar testosterone levels compared with both the control groups. The insLQ polymorphism in exon 1 (rs4539842) and the N291S SNP in exon 10 (rs12470652), showing increased receptor sensitivity in vitro, were not differently distributed between patients and controls. The S312N SNP in exon 10 (rs2293275) was significantly less frequent in men with maldescended testes than in controls. This difference was confirmed when infertile men with and without maldescensus were considered together. CONCLUSIONS: In men with maldescensus, a high LH drive maintains normal testosterone levels but this LH resistance is not associated with any particular LHCGR genotype. A significant association with the S312N polymorphism in exon 10 of the LHCGR is correlated to the spermatogenetic damage rather than to the maldescensus itself. Either the LHCGR itself or another genomic region linked to this SNP, possibly the germ cell-specific TFIIA-alpha/beta-like factor gene transcribed from the same genomic region in the opposite direction, is a risk factor for male infertility.