基因表达谱芯片检测肺鳞癌与正常肺组织差异表达的基因

目的：用基因芯片技术探讨肺鳞癌异常基因的表达。方法：提取肺鳞癌组织及正常肺组织的RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与4096点基因芯片杂交,筛选肺鳞癌组织和正常肺组织表达差异的基因。结果：肺鳞癌组织与正常肺组织表达差异基因225条,其中癌组织中上调基因为116条．下调基因109条;差异极显著性基因37条,表达上调24条,下调13条。结论：多基因参与肺鳞癌发病,基因芯片技术是肺癌基因筛选的有效方法。     

基因芯片在筛选食管鳞癌相关基因中的应用

目的研究人食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织的基因表达谱,通过对比基因表达的差异,寻找与人食管鳞癌发展相关的基因。方法提取人食管鳞癌与正常食管鳞状上皮的mRNA,逆转录成cDNA,并用Cy3-dUTP标记正常食管组织,用Cy5-dUTP标记食管鳞癌组织,制成探针,与基因芯片进行杂交,经扫描仪扫描后,对获取的信号数据进行软件分析、对比。筛选出差异表达的基因。结果在4例新鲜标本的芯片杂交检测中,共发现4329条基因发生差异表达,其中2293条上调,2036条下调,将这些基因按GO（gene ontology）分子功能（function term）进行分类,发现与细胞分化、成熟,分子定位、连接,信号传导,酶活性调节,以及基因转录、翻译调节有关的基因最多。结论①食管鳞癌的发生发展与多条基因的异常表达有关。②应用基因芯片技术可以对食管鳞癌的基因表达谱进行分析,以筛选食管鳞癌相关基因。     

应用基因芯片技术筛查肺癌变相关基因的研究

目的 使用基因芯片技术研究肺鳞癌及化学致癌物诱导入气管上皮细胞恶性转化的癌变相关基因。方法 应用含4096条人类全长基因的cDNA芯片分别检测6例肺鳞癌和6例正常肺组织的基因表达谱;并用上述芯片研究苯并(a)芘代谢产物BPDE[anti-Benzo(a)pyrene diolepoxide,BPDE]和结晶型硫化镍所诱导的人支气管上皮细胞恶性转化与正常的人支气管上皮细胞系(16HBE)在基因表达谱上的差异;将3类标本共同的差异表达基因确定为肺癌变的相关基因。结果 在肺鳞癌／正常肺组织之间、BPDE诱导的恶性转化细胞／正常16HBE细胞之间及硫化镍诱导的恶性转化细胞/正常16HBE细胞之间发现差异表达基因分别为171条、143条和151条。通过比较,发现89条与肺癌变相关的共同基因,其中表达显著增加的基因39条,它们是：癌基因6条;细胞周期相关基因4条;细胞增殖基因6条;肿瘤转移基因8条;神经内分泌基因3条;耐药基因1条;凋亡抑制基因1条;氧化基因1条;其他基因9条。表达显著下降的基因50条,它们是：抑癌基因7条;DNA修复基因11条;抗氧化基因1条;GST基因家族3条;细胞骨架基因3条;凋亡诱导基因2条;信号传导基因5条;细胞因子及其受体基因5条;细胞代谢基因7条,细胞外基质基因1条;其他基因5条。结论 cDNA基因芯片技术能有效地研究基因的表达谱,筛查出肺癌变相关基因。     

基因芯片筛选早期子宫颈鳞癌淋巴转移相关基因

目的应用基因芯片技术筛选早期子宫颈鳞癌淋巴转移相关基因。方法利用代表人类全基因组的Affymetrix U133 plus 2．0基因表达谱芯片筛查淋巴转移的早期子宫颈鳞癌组织、未转移子宫颈鳞癌组织及正常子宫颈上皮之间的基因表达差异,并进行生物信息学分析。结果与未转移子宫颈鳞癌相比,淋巴转移宫颈癌2倍以上差异表达的基因322条,其中表达上调的基因182条,表达下调的基因140条;4倍以上差异基因37条,其中在淋巴转移组织中上调基因21条,下调基因16条。差异表达基因的功能分类包括：DNA依赖的转录调节基因、发育基因、免疫反应基因、蛋白质水解基因和细胞问信号传导基因等。而三组间两两比较发现,在正常子宫颈与无转移宫颈癌组织中表达无差异的基因中,发现转移组和未转移组表达水平具有2倍以上差异的基因有23条,其中在转移组中,上调基因16条,下调基因7条。与正常子宫颈相比,未转移组中表达上调的基因中有8条基因在转移组表达下调;与正常组相比。未转移组中表达下调的基因中有6条基因在转移组表达上调。在所有未转移宫颈癌组织较正常宫颈组织表达上调的基因中,未发现在转移组有进一步表达上调的基因;在所有未转移宫颈癌组织较正常宫颈组织表达下调的基因中,也未发现在转移组有进一步表达下调的基因。结论早期子宫颈鳞癌淋巴转移是复杂的多基因作用的结果。本实验初步提供了宫颈癌发生淋巴转移的总体基因表达改变图谱。     

利用基因芯片技术对小鼠隐睾相关基因谱研究

目的：利用基因芯片研究小鼠隐睾相关基因谱的改变.方法：建立小鼠隐睾模型,分别提取正常及异常睾丸组织的mRNA,制备杂交用cDNA探针,在包含小鼠4000条cDNA片段的基因芯片上点样、杂交、洗涤后,通过计算机观察二者表达谱的差异情况,并对其中表达下降的COX8a进行RNA斑点印迹杂交以验证基因芯片结果.结果：通过基因芯片筛选,获得34条与小鼠隐睾相关的基因.RNA斑点印迹支持基因芯片杂交结果.结论：利用基因芯片研究小鼠隐睾睾丸组织与正常睾丸组织差异表达的基因谱可以用于高通量筛选隐睾相关基因以及进一步的研究;COX8a可能在隐睾症的发生与进展过程中起一定的作用.     

用全基因芯片技术对金黄地鼠口腔颊黏膜癌前病变相关基因的筛选和分析

目的:利用全基因芯片技术筛选口腔颊黏膜癌前病变发生发展的相关致病基因.方法:用9、10-二甲基;1,2-苯并蒽(Dimethylbenzanthracene,DMBA)诱导建立金黄地鼠颊鳞癌模型,分别提取正常颊黏膜和癌前病变组织的总RNA并合成用Cy3荧光标记的cRNA,分别与含有41 000个基因/ESTs序列的Agilent大鼠全基因芯片杂交,以Log2Ratio≥2.5和Log2Ratio≤-2.5为阈值来确定差异表达基因,然后用Gene Ontology对差异表达基因行功能分类分析,最后用RT-PCR对部分差异表达基因进行验证.结果:金黄地鼠颊黏膜自正常黏膜到癌前病变发展过程中,共得到1 331条差异表达基因,其中上调基因747条,下调基因584条.Gene Ontology分析发现这些差异基因主要涉及到大分子代谢、信号传导等8大功能分类.对上调基因Atp6vOd2和下调基因Sfrp2行RT-PCR验证结果与芯片结果相符.结论:口腔颊黏膜癌前病变的发生涉及众多基因表达的改变,通过对这些基囚的进一步研究,将对探索口腔黏膜癌前病变的发病机制、有效的干预防止癌前病变的发生或逆转癌前病变具有重要意义.     

肺鳞癌差异性长链非编码RNA表达谱分析及初步验证

目的:探讨及分析肺鳞癌差异性长链非编码RNA(lncRNA)的表达谱并进行初步验证。方法:采用Arraystar高通量lncRNAs基因芯片研究20例肺鳞癌混合组织及对应的癌旁组织,获得lncRNAs差异性表达谱。同时采用实时荧光定量PCR方法对40例肺鳞癌相关的lncR NA分子进行验证。结果:本实验所用的基因芯片包含30586个lncRNAs和26109个mRNAs探针;与癌旁组织比较肺鳞癌混合组织出现了1741条lncRNAs(≥2或≤0.5倍差异)和1716条mRNAs(≥2或≤0.5倍差异)差异性表达;信号通路分析显示了P53信号通路、细胞周期等发生明显变化。我们初步证实了10个lncRNAs分子在肺鳞癌组织中的表达与基因芯片一致,其中KRT16P2、BC016831是表达差异最为明显的lncRNAs分子。结论:肺鳞癌存在明显的lncRNAs差异性表达,这些lncRNAs及某些信号通路可能在肺鳞癌发生和发展中发挥重要作用。     

基因芯片技术筛选哮喘大鼠差异表达基因的研究

目的 利用基因芯片技术寻找哮喘大鼠与正常大鼠之间差异基因的动态变化,寻找参与哮喘发病的新基因.方法 分别于激发哮喘2、4、8周处死大鼠收集肺泡灌洗液行炎性细胞及嗜酸性粒细胞计数,取肺组织行HE染色、病理图像分析,提取肺组织RNA行基因芯片筛选及实时定量PCR验证.以基因表达倍数值2.0和基因表达倍数值-2.0为阈值来确定差异表达基因,然后用GO及Pathway分析对差异表达基因进行功能分类分析,结果以P ＜0.05为差异显著性标准.结果 从24 358条表达基因谱中,筛选出哮喘大鼠与正常大鼠持续性差异表达2倍以上的基因有13条,其中发现Mal和TPD52L1等新基因参与哮喘疾病过程.结论 Mal、TPD52L1基因在肺组织中异常表达,影响哮喘的病程进展.     

基因微阵列技术筛选结肠癌转移相关基因的研究

目的以cDNA表达基因芯片技术筛选与原发性结肠癌转移相关的基因,对部分基因进行分析,探讨原发性结肠癌转移发生发展的分子机制。方法收集2例未发生转移及2例已发生转移的原发性结肠癌患者的新鲜冻存癌组织。杂交芯片采用含16k余个点的cDNA表达谱芯片。差异表达基因的筛选标准为该基因在50%以上样本中的荧光强度比(ratio比值)>=2或<=0.5。结果基因芯片筛选获得与细胞粘连、细胞周期、信号传导、分子结构等功能相关的差异表达基因共196条,其中上调基因112条,下调基因84条。结论运用cDNA芯片进行原发性结肠癌转移倾向相关基因的表达谱分析,有助于从分子水平全方位阐明结肠癌转移的发生机制及生物学特性。     

基于个体化治疗的肺癌分子分型相关基因芯片的初步研究

目的 本项研究拟通过采用寡核苷酸芯片技术,初步筛选与肺癌分子分型相关基因,并对肺癌的基因分型诊断及肺鳞癌、肺腺癌内亚型的存在进行有益的探讨,为分子分型研究、实现个体化治疗提供一定参考依据.方法 ①共筛选了与肺癌分型、分期相关的基因332个,用NCBI提供的BLAST系统分析确定其特异性序列,利用生物学软件设计成长度为60bp寡核苷酸探针,随后点制成芯片;②分别提取95D细胞、7例肺腺癌组织、8例肺鳞癌组织的总RNA,以总RNA逆转录为cDNA,制作成有荧光标记的探针;③上述制备的杂交荧光探针与芯片进行杂交,获得杂交结果,用ScanarrayLite激光共聚焦扫描仪扫描芯片.所得图像由Genepix 5.1分析软件,分析Cy3和Cy5两种荧光信号的强度和比值,采用聚类方法分别对肺鳞癌和肺腺癌的基因表达谱进行相关性分析.结果 ①芯片杂交技术的可靠性:芯片上的332个oligo,分布在4个区域,每块区域设有阴性对照5个基因;②芯片可重复性:在基因连续横向点3个点的情况下,CV(变异系数)为10％,不同批次95D细胞与芯片杂交之间的重复性为98.2％;③7例肺腺癌组织的共有差异基因29个,与鳞癌组相区别的有7个如DCTN2、Stst2、BRCA2、TGFD等;8例肺鳞癌组织的共有差异基因46个,与腺癌组相区别的有24个,如KRT6A、HMGB2、lumican等;④7例腺癌组织中对332个基因表达的一致性在52％～92％之间,8例腺癌组织中对332个基因表达的一致性在55％～ 97％之间.结论 ①基因芯片技术能够快速高通量的筛选出与肺癌分子分型可能相关的基因;②初步筛选出肺腺癌特征性表达基因如DCTN2、Stst2、CENPM等,肺磷癌特征性表达基因如CCT6A、HMGB2、EEFlA1等,对肺癌组织进行分子分型,提供一定线索,为临床诊断提供更多信息;③在7例肺腺癌组织之间、8例肺鳞癌组织之间,也仍然存在表达差异较大的基因,可能预示肺腺癌、肺鳞癌内存在不同的亚型.     

新疆哈萨克族食管鳞癌差异表达mRNA的筛选

目的 对新疆哈萨克族食管鳞癌(ESCC)组织与正常组织间差异表达的mRNA进行基因芯片筛选,进一步了解ESCC发生、发展机制。方法 利用基因芯片对5对新疆哈萨克族ESCC组织与癌旁正常组织(距癌组织>5 cm)中mRNA进行筛选;利用R软件及R软件包进行生物信息学分析;结合生物信息学工具metascape对差异基因行GO功能注释和KEGG通路富集分析;利用生物信息学网站STRING及Cytoscape软件寻找核心基因;搜集23例新疆哈萨克族ESCC组织和20例癌旁正常组织,对核心基因PLAUR进行免疫组化验证。结果 最终筛选出哈萨克族ESCC差异表达的mRNA 1 764个(差异倍数≥2且P<0.01);差异表达的mRNA中上调的基因378个,下调的基因1 368个,这些差异表达的mRNA涉及了一系列生物学功能及通路;免疫组化结果显示核心基因PLAUR在哈萨克族ESCC中表达高于癌旁正常组织。结论 该研究通过基因芯片筛选出新疆哈萨克族ESCC组织与癌旁正常组织中差异表达的mRNA,找出了其中的核心基因,完善了新疆哈萨克族ESCC基因谱,为ESCC诊断、预后的进一步研究打下基...     

应用基因表达谱技术研究人脑动脉瘤细胞信号传导相关基因

应用基因芯片分析人脑动脉瘤基因表达谱 ,分析细胞信号传导相关基因的差异表达。提取 4例人脑动脉瘤标本及作为正常对照的人颅底动脉环标本总RNA、mRNA ,进行线性扩增 ,通过逆转录的方法标记、制成cDNA探针 ,探针与84 6 4点基因表达谱芯片杂交 ,扫描芯片荧光信号图像 ,分析比较差异表达的基因。结果 :在 84 6 4条基因中 ,有 15条细胞信号传导相关基因表达有显著差异 ,其中表达上调 13条 ,表达下调 2条。提示 :差异表达的细胞信号传导相关基因及其参与的病理过程与脑动脉瘤的病理发生有关。     

宫颈鳞癌组织转移相关基因的初步筛查

目的: 应用基因芯片检测盆腔淋巴结转移组和无转移组宫颈鳞癌组织中差异表达基因,从中筛选肿瘤转移相关基因。方法: 利用基因芯片技术对4例盆腔淋巴结转移组和6例无转移组宫颈鳞癌组织标本进行差异表达基因检测,并用Real-time PCR对部分差异表达基因进行验证。通过基因库检索、PUBMED文献检索和基因本体分析从差异表达基因中筛选肿瘤转移相关基因。结果: 从盆腔淋巴结转移组及无转移组宫颈鳞癌组织中筛选出表达差异明显的基因329个,通过Real-time PCR验证,基因芯片结果可靠。从差异表达基因中筛选出与肿瘤转移相关基因44个。结论: 通过基因芯片筛查,初步建立了宫颈鳞癌转移相关差异基因表达谱,说明宫颈鳞癌的转移过程受多基因调控。     

利用基因芯片技术研究电击伤后心肌组织基因表达谱的改变

目的研究电击伤后心肌组织基因表达谱的改变,筛选与心肌电损伤过程相关的差异表达基因.方法将大鼠心脏电击伤3 h后的心肌组织(电击组)和正常心肌组织(对照组),分别提取总RNA,制备Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的标记的cDNA探针,并与BioStar-40基因芯片进行杂交.杂交信号经扫描后,计算机分析基因表达情况.结果电击伤后心肌组织中共有71个基因或EST发生差异表达,其中35个基因或EST表达上调,36个基因或EST(expressed sequence tags)表达下调.这些基因涉及凝血、炎症反应、信号转导及机体自稳态等多个方面,此外还有44个基因或EST的功能是未知的.结论利用基因芯片技术初步筛选出与心肌电损伤过程相关的多个差异表达基因,为揭示心脏电击伤的分子机制提供了依据.     

心脏圆锥动脉干发育相关基因的筛选研究

目的检测剔除心脏神经嵴心脏组织与正常心脏组织之间表达差异基因,筛选心脏圆锥动脉干发育相关基因.方法用电刺激方法建立鸡胚实验模型;用抑制消减杂交法筛选出实验组和对照组心脏组织之间存在的差异表达基因;构建减数杂交文库,用cDNA基因芯片技术验证,并进行测序.结果31.8%克隆在实验组表达显著减少.经检验确定13种不同基因片段,有7种与已知鸡基因序列完全匹配,分别为心脏α actin、DEAD box RNA解旋酶、核糖体蛋白L7a、线粒体基因组、GAPDH、肽延长因子-1;有4种基因片段与人、鼠等种属已知基因存在83%~89%的同源性,分别为核糖体蛋白S3、L10a、SNX1、CIRBP等;有2种在公共数据库未查到同源序列.结论有多种基因参与心脏圆锥动脉干胚胎发育;抑制消减杂交和基因芯片技术是筛选差异表达基因的有效方法.     

肺鳞癌患者淋巴转移相关基因的筛选及验证

摘要：目的筛选肺鳞癌患者淋巴转移差异表达基因群及验证其中部分基因。方法原发癌组织及区域淋巴结取自10例
接受根治性手术的肺鳞癌患者。根据组织来源将标本分为3组：不伴淋巴转移的肺鳞癌组织（TxN-, n=5）、伴有淋巴转移
的肺鳞癌组织(TxN+, n=5)及相应转移淋巴结中的肺鳞癌细胞(N+, n=5)。对各组进行激光显微切割以获得纯净癌细胞,
T7RNA线性扩增获取足够量的RNA,实验通道和参照通道分别标记以后与含6000个已知人类基因或表达序列标签的
cDNA基因芯片杂交,扫描荧光信号以后进行数据分析。通过免疫组化的方法验证CCL20基因的表达。结果共有37个
基因可将TxN+组与TxN-组区分开,TxN+组中高表达的基因有8个,29个基因在TxN-组高表达。N+组与TxN+组没有
发现具有显著性的差异表达基因。CCL20蛋白在TxN-组表达明显高于TxN+组（P<0.05)。结论肺鳞癌的淋巴转移表型
的获得可能是早期事件。这些差异基因的发现有助于探讨肺鳞癌淋巴转移的分子机制和寻找新的治疗靶点。     

食管癌发生发展过程中c-myc基因表达的原位杂交研究

目的 :探讨食管癌发生发展过程中c myc基因表达的变化。方法 :用原位杂交方法 ,研究 2 1例食管鳞癌和相应癌旁粘膜中c myc基因的表达。结果 :食管正常粘膜、单纯增生、不典型增生Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ级和原位癌的杂交阳性率分别为 12 5 % ,4 4 4 % ,5 2 9% ,5 3 8% ,5 8 3 %和 61 1% ,鳞癌Ⅰ、Ⅱ级分别为 5 0 0 %和 4 0 0 % ,其中单纯增生、不典型增生Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ级、原位癌和鳞癌Ⅱ级的杂交阳性率较正常粘膜差异有显著性 (P <0 0 5 ) ;正常粘膜阳性杂交信号低于单纯增生至原位癌各病理组织类型 ,癌组织的杂交信号多明显高于相应癌旁粘膜。结论 :c myc基因在食管癌发生发展过程中的单纯增生阶段激活 ,c myc基因的高度表达可能作为食管癌变的原因之一而非癌变的结果     

心脏圆锥动脉干发育相关基因的筛选研究

目的检测剔除心脏神经嵴心脏组织与正常心脏组织之间表达差异基因,筛选心脏圆锥动脉干发育相关基因。方法用电刺激方法建立鸡胚实验模型;用抑制消减杂交法筛选出实验组和对照组心脏组织之间存在的差异表达基因;构建减数杂交文库,用cDNA基因芯片技术验证,并进行测序。结果31.8％克隆在实验组表达显著减少。经检验确定13种不同基因片段．有7种与已知鸡基因序列完全匹配,分别为心脏α-actin、DEAD-box RNA解旋酶、核糖体蛋白L7a、线粒体基因组、GAPDH、肽延长因子-1;有4种基因片段与人、鼠等种属已知基因俘在83％～89%的同源性,分别为核糖体蛋白S3、L10a、SNX1、CIRBP等;有2种在公共数据库未查到同源序列。结论有多种基因参与心脏圆锥动脉干胚胎发育;抑制消减杂交和基因芯片技术是筛选差异表达基因的有效方法。     

应用基因芯片筛选人高、低转移肺巨细胞癌细胞株差异表达基因的初步探讨

目的应用基因芯片探讨人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C的基因表达差异,筛选肺癌转移相关基因。方法提取人高转移肺巨细胞癌细胞株95D和人低转移肺巨细胞癌细胞株95C的mRNA并反转录为cDNA,分别用Cy5-dUTP和Cy3-dUTP进行标记后与基因芯片杂交,然后用Scan Array 3000扫描仪及Im aGene3.0软件处理杂交信号得到95D和95C的表达差异基因。对部分有差异表达的基因进行RT-PCR分析鉴定。结果在被检测的人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C中,共有466条基因出现表达差异,其中具有同一GenBank ID号的Doub le基因共108对,包括上调基因47对,下调基因61对。有表达差异的F ln29、RUVBL2、C14orf3等基因RT-PCR结果与基因芯片一致。结论多基因参与了肺癌的转移过程,基因芯片技术是筛选肺癌转移相关基因的有效方法。     

基因表达谱芯片在筛选胃腺癌相关基因中的应用

目的：应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因,并对这些基因的功能进行初步分析。方法：按一步法抽提胃腺癌和对照胃（正常）组织的RNA并纯化mRNA;将12800条人类基因PCR产物按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片;将等量的对照胃和胃腺癌组织mRNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后扫描荧光信号图像,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果：在12800条基因中,胃腺癌与正常胃组织间存在差异表达的基因。在所检测的5例临床标本中均存在显差异表达的基因共27条（0．21％）,其中上调的11条（0．086％）,下调的16条（0．125％）,下调的基因中有2条为新基因。结论：微矩阵基因芯片在筛选胃腺癌发生相关基因的改变时、具有快速、高通量、高敏度等特点,胃腺癌基因差异表达谱的分析为胃癌的诊治提供了新的思路和线索。