中国维吾尔族人群MBL基因启动子及第一外显子区SNP及其单倍型与基因型研究

收集新疆维吾尔族自治区维吾尔族一般人群血标本,提取白细胞基因组DNA,以序列特异性引物-多聚酶链反应技术检测其甘露聚糖结合凝集素(MBL)基因启动子区单核苷酸多态性位点-550G/C(称H/L等位基因)、-221C/G(X/Y)、+4C/T(P/Q)和结构基因第一外显子点突变CGT52TGT、GGC54GAC和GGA57GAA(分别称为D、B、C等位基因,野生型即A等位基因),并分析其单倍型与基因型。发现MBL基因启动子区等位基因主要为L、Y、P,第一外显子等位基因只发现B,未检出C和D;检出5种单倍型,其频率分别是HYPA 0.282、LYPA 0.268、LXPA 0.260、LYPB 0.120、LYQA 0.070。检出12种基因型,其频率分别为HYPA/HYPA 0.183、LXPA/LXPA 0.141、LYPA/LYQA 0.113、LYPA/LYPA 0.112、LYPA/LXPA 0.085、HYPA/LYPA 0.085、LXPA/LYPB 0.085、HYPA/LXPA 0.070、HYPA/LYPB 0.042、LYPA/LYPB 0.028、LYPB/LYQA 0.028、YPB/LYPB 0.028。     

中国佤族人群MBL基因SNP及其单倍型与基因型的研究

甘露聚糖结合凝集素（mannan-binding lectin，MBL）通过激活补体凝集素途径和调理吞噬作用清除病原体及受感染细胞，在机体天然免疫中起关键作用。已发现MBL基因上存在至少20个单核苷酸多态性（SNP）位点，仅其中6个SNP位点对MBL血清水平有较大的影响，     

中国蒙古族人MBL基因启动子区SNP的研究

目的 研究中国蒙古族人群甘露聚糖结合凝集素(MBL)基因启动子区单核苷酸多态性(SNP)。方法 抽提人外周血白细胞基因组DNA，建立SSP-PCR及分子灯塔实时荧光PCR技术，检测MBL基因启动子区SNP位点-550(G／C，称H/L等位基因)、-220(G／C，X／Y等位基因)和 4(C／T，P／Q等位基因)，分析其单倍型及基因型频率。结果 从82人中检出等位基因型LYP／LYP4例(4．9％)，HYP／LYQ5例(6．1％)，LYP／LYQ35例(42．9％)，LXP／LXP1例(1．2％)，LYQ／LYQ11例(13．4％)，LXP／LYQ14例(17．1％)，HYP／LYP2例(2．4％)，HYP／LXP1例(1．2％)，HYP／HYP9例(11．0％)。结论 中国蒙古族人群MBL基因启动子区SNP等位基因型以LYP／LYQ、LXP／LYQ、LYQ／LYQ和HYP／HYP为主。     

中国白族、佤族和拉祜族人群MBL基因启动子区SNP的研究

目的:研究中国白族、佤族和拉祜族人群甘露聚糖结合凝集素(MBL)基因启动子区单核苷酸多态性(SNP)。方法:抽提人外周血白细胞基因组DNA,建立SSP-PCR及PCR-分子灯塔实时分析技术,检测MBL基因启动子区SNP位点-550(G/C,称H/L等位基因)、-220(G/C,X/Y等位基因)和 4 4(C/T,P/Q等位基因),分析其单倍型及基因型频率。结果:从 71例白族、73例佤族和 94例拉祜族人中,分别检出等位基因型LYP/LYP4例(5.6% )、4例(5. 5% )和 2例(2. 1% );HYP/LYQ6例 (8. 5% )、11例(15. 1% )和 12例 (12. 8% );LYP/LYQ21例 (29. 6% )、14例 (19.2% )和 51例 (54. 3% );LXP/LXP1例 (1. 4% )、2例 (2. 7% )和 0例;LYQ/LYQ10例(14. 1% )、14例 (19. 2% )、7例 (7. 4% );LXP/LYQ10例(14. 1% )、13例 (17. 8% )和 15例 (16. 0% );HYP/LYP4例(5. 6% )、3例(4. 1% )和 4例(4. 3% );HYP/LXP3例(4. 2% )、1例(1. 4% )和 0例;HYP/HYP12例(16. 9% )、11例(15. 1% )和 3例(3. 2% )。结论:中国白族、佤族、拉祜族普通人群之间,MBL基因启动子区等位基因L/H的分布存在差异(P<0. 01),X/Y和P/Q无统计学意义的差异(P>0. 05);各单倍型和各基因型的分布存在差异(P<0. 01);基因型LYP/LYQ和LXP/LYQ在 3个民族均有较高的分布,其总体频率分别达 36. 1%及 16.     

蒙古族与回族人群MBL结构基因型及其与血浆蛋白浓度的关系

目的：分析内蒙古自治区蒙古族人群和宁夏回族自治区回族人群血浆甘露聚糖结合凝集素（MBL）的结构基因型,并探讨其与血浆蛋白浓度的关系。方法：用ELISA法检测血浆MBL浓度,用序列分析法分析MBL基因外显子1区52、54和57密码子的单核苷酸多态性;统计分析采用SPSS软件11.0版,遗传学分析采用SHEsis软件。结果：79例蒙古族人和69例回族人血浆MBL浓度中位数分别为1686和1909ng/ml,两组间无显著性差异（Z=0.63,P=0.4）。蒙古族人群外显子1A/A型、A/B型和B/B型分别占62.0%、35.4%和2.5%,而回族人群A/A型、A/B型和B/B型分别占58.0%、30.4%和11.6%,蒙古族和回族人群＋230位点变异频率分别为0.203和0.268,两者变异频率无显著性差异（χ^2 1.772,P=0.183）。所有样本无C或D型外显子发现。A/A型外显子的血浆MBL浓度显著高于A/B型,后者又显著高于B/B型（χ^2 86.526,P〈0.01）。结论：蒙古族和回族人群MBL基因只有A/A,A/B和B/B3种外显子基因型,A/A型结构基因MBL浓度显著高于A/B型,又显著高于B/B型。     

汉族儿童MBL基因启动子-221位点、外显子I区SNP和基因单体型分析

研究浙江省汉族儿童MBL基因启动子-221位点和外显子I区单核苷酸多态性(SNP)、基因单体型与血浆MBL水平的关系。血浆MBL浓度的检测采用ELISA法,MBL基因SNP分析采用序列分析法,基因单体型分析采用SHEsis软件,统计分析采用SPSS软件11.0版。结果105例汉族儿童中MBL基因启动子区-221位点X/Y和Y/Y基因型分别占19%和81%,该位点变异频率为0.095;外显子I基因型A/A、A/B和B/B分别占69.5%、27.6%和2.9%,B型变异频率为0.167。基因单体型有YA、YB、XA三种,其中以YA最多见,频率为0.741,其次是YB,频率为0.164。血浆MBL浓度范围为3~6 025 ng/ml,中位数为1057 ng/ml,外显子A/A型的MBL浓度显著高于A/B型,后者又显著高于B/B型;而启动子Y/Y型的MBL浓度比X/Y型高。本研究中汉族儿童MBL基因外显子I区+230位点的变异频率为0.167,外显子I区+230位点变异可导致血浆MBL水平明显下降。     

中国汉族、维吾尔族人群甘露聚糖结合凝素基因多态性的检测

分别收集广东省汉族和新疆维吾尔族自治区维吾尔族一般人群血标本,提取白细胞基因组DNA,以多聚酶链反应扩增目的基因片段,应用荧光探针杂交可视技术检测其甘露聚糖结合凝集素(MBL)基因54位密码点突变(GGC54GAC)。从138份汉族样本中检出GGC54GAC突变型纯合子4例,占2.9%,杂合子30例,占21.74%;120份维吾尔族标本中,检出突变型纯合子3例,占2.5%,杂合子34例,占28.33%。因此,汉族和维吾尔族人群MBL基因GGC54GAC突变的频率分别为0.138和0.167,两民族间无明显差异。     

中国人MBL cDNA的克隆与序列分析

从中国汉族人胎肝组织提取ＲＮＡ,以ＲＴ－ＰＣＲ方法获得了编码含号顺序的全长甘露聚糖结合凝集素肽链的ｃＤＮＡ片段,将其与ｐＧＥＭ－Ｔ载体连接,转化大肠杆菌ＴＧ１,     

基于标签单核苷酸多态性单倍型和单倍域的构建及其在关联研究中的应用

人类基因组中单倍型(haplotype)和单倍域(haplotype block)的结构提供了人类进化的宝贵信息,并成为发现人类复杂疾病易感基因的有效策略。一个单倍域可分割成多个具有有限单倍型多样性的离散的区域,代表每个区域结构特征的少量标签单核苷酸多态性(tag single nucleotide polymorphism,tSNP)可使绝大部分单倍型相互区分开来。因此,标签SNP在单倍型和单倍域的构建和关联研究中具有重要地位。构建单倍型和单倍域的方法分为两类,分别是基于大家系中基因分型数据和基于统计学的算法。通过系统回顾几种单倍型和单倍域的构建方法,了解它们在不同的疾病模型或根据不同的分割标准,进行关联研究的检验效能,客观评价每种方法的优、缺点、应用前景及其在关联研究中的应用。随着国际人类基因组单倍型图的完成和单倍型构建统计学运算规则的完善,融合数学、物理学、计算机科学等学科的单倍型构建方法将对人类遗传学、复杂疾病易感基因的定位和克隆鉴定等生命科学的相关领域产生深远的影响。     

浙江地区汉族人群caspase-3基因三个位点的单倍型研究

目的分析汉族人群caspase-3基因的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)位点及其构成的单倍型,为研究caspase-3基因对凋亡调节机制的个体差异提供线索。方法用变性高效液相色谱技术和DNA测序技术检测caspase-3基因的调控区、第2～7外显子及部分侧翼序列的多态性位点;分析位点间的连锁不平衡关系,估算它们构成的单倍型。结果共检出3个SNP位点(C829A、A17532C、C20541T),分别位于caspase-3基因的5′端调控区、第4内含子和3′调控区;3个位点间存在强连锁不平衡,其中位点A17532C与C20541T呈完全连锁不平衡;54.3%的C-829/A-17532/C-20541是汉族人群的主要单倍型。结论浙江地区汉族人群caspase-3基因上的3个SNP位点间存在强连锁不平衡,它们构成的主要单倍型不同于北美人群。     

幼年特发性关节炎患儿甘露糖结合凝集素基因启动子区SNP研究

目的探讨甘露糖结合凝集素(MBL)基因启动子区单核苷酸多态性(SNP)与幼年特发性关节炎(JIA)易感性的关系。方法对50例JIA患儿和48名正常健康儿童MBL基因启动子区SNP位点-550(G/C,称H/L等位基因)和-221(G/C,称X/Y等位基因)采用等位基因特异性PCR法(PCR-SSP)检测,并分析其单元型及基因型频率。结果共检出HY、LY和LX三种单元型,在JIA患儿中的频率依次为0.540、0.270和0.190,而在正常儿童中频率分别为0.594、0.292和0.114;两组间各单元型比较均无显著性差异。结论MBL基因启动子区单核苷酸多态性与JIA无相关性。     

Functional polymorphisms in the mannan-binding lectin 2 gene: effect on MBL levels and otitis media

BACKGROUND: Mannan-binding lectin (MBL) can bind to microorganisms, initiating the lectin pathway of complement activation. Aberrant MBL serum levels, caused by MBL2 gene polymorphisms, are a possible risk factor for recurrent infections. Within the 7 common MBL haplotypes, still considerable variation in MBL serum levels exists. OBJECTIVE: To investigate functional MBL levels and MBL2 polymorphisms in a large cohort of children with recurrent acute otitis media. METHODS: Twelve genetic variants in the MBL2 gene and functional MBL serum levels were determined in a cohort of children with recurrent acute otitis media. Haplotypes were constructed and associated with functional MBL serum levels and the number of otitis episodes in the previous year. RESULTS: The 7 common MBL2 haplotypes mainly determine the level of functional MBL in serum. In addition, the 3130G>C single nucleotide polymorphism, located in exon 4, further significantly influenced functional MBL levels within the LXPA haplotype. LXPA carriers with 3130G showed a significantly lower geometric mean functional MBL serum level of 0.19 mug/mL compared with 0.70 mug/mL in 3130C carriers (P = .026). Nonwild-type MBL2 carriers between 12 and 24 months had a significantly increased number of otitis episodes (5.1/y) compared with wild-type MBL2 carriers (4.1/y; P = .027). In older children, this association was not found anymore. CONCLUSION: Additional single nucleotide polymorphisms within the 7 common haplotypes can further explain the observed variation in functional MBL serum levels. MBL seems to be of particular clinical importance during early childhood, when maternally derived antibodies have waned, and protective adaptive immunity is not well developed yet. CLINICAL IMPLICATIONS: Single nucleotide polymorphisms in the promoter region, in exon 1, and in exon 4 of MBL2 contribute to increased risk for otitis media in children younger than 2 years.     

湖北汉族变应性哮喘患者GPR154基因单倍型分析

目的探讨G蛋白偶联受体154(Gprotein-coupled receptor154,GPR154)基因多态性与湖北汉族变应性哮喘易感性间的关系。方法用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性对145例变应性哮喘患者和120名健康人群GPR154基因的SNP563704和SNP522363位点的多态性进行分析。结果(1)变应性哮喘患者SNP563704 CC、CT和TT基因型频率是0.324、0.524和0.152;与对照组相比差异无统计学意义(χ2=1·880,P>0.05);变应性哮喘组不同基因型间血清总IgE水平差异无统计学意义(F=0.714,P>0.05)。(2)变应性哮喘患者SNP522363CC、CG和GG基因型频率是0.289、0.521和0.190;与对照组相比差异无统计学意义(χ2=0.700,P>0.05);变应性哮喘组不同基因型间血清总IgE水平差异无统计学意义(F=0·083,P>0.05)。(3)对SNP522363和SNP563704进行单倍型分析,4种频率大于0.03的单倍型在哮喘组和对照组间差异有统计学意义(χ2=16.50,P<0.01)。哮喘组CT和GT单倍型频率显著高于对照组,差异有统计学意义(P=0.015;P=0.002)。结论湖北汉族变应性哮喘易感性与单个的单核甘酸多态性无关,但与SNP522363和SNP563704组成的单倍型显著相关。     

MMP14基因单核苷酸多态性在广西百色地区壮族人群中的分布

目的研究膜型基质金属蛋白酶-1(membrane-type 1 matrix metalloproteinase,MT1-MMP或MMP14)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)各等位基因及基因型在广西百色地区壮族人群中的分布频率。方法采用Multiplex SNaPshot SNP分型技术对百色地区624例壮族个体的MMP14染色体基因组的3个SNP进行基因分型。结合HapMap4个人群(HapMap-CEU、HapMap-YRI、HapMap-JPT和HapMap-HCB)的SNPs分型数据,分析这5个人群的遗传结构。结果壮族人群MMP14的基因型分布频率为:rs2269213(CC 55.4%、CA 39.2%和AA 5.4%)、rs2236303(CC 25.2%、CT50.8%和TT 24.0%)和rs743257(CC 37.0%、CT 48.7%和TT 14.3%)。MMP14基因SNPs在壮族人群的分布频率与HapMap-CEU、HapMap-YRI和HapMap-JPT的差异有统计学意义(P<0.05)。结论广西百色地区壮族人群中存在MMP14基因多态性,且与HapMap-CEU、HapMap-YRI和HapMap-JPT有差异的遗传成分存在,这种差异对人类学研究可能起重要的作用。     

广东汉族女性TRIM31基因单核苷酸多态性与乳腺癌易感性的相关性研究

目的:探讨TRIM31(Tripartite motif containing 31)基因rs1116221位点单核苷酸多态性(Single nucleotide poly-morphisms,SNP)与广东汉族女性乳腺癌易感性的关系。方法:利用MassARRAY-IPLEX SNP分型技术,对南方医科大学南方医院的216例广东汉族乳腺癌患者及216例同期健康体检者TRIM31基因的多态性位点rs1116221进行基因分型,采用χ2检验方法统计分析病例组与对照组的基因型分布频率的差异,采用非条件Logistic回归计算比数比(Odds ratio,OR)和95%可信区间(Confidence interval,CI)对该位点多态性与乳腺癌易感性的相关性进行评价。在此基础上,在病例组中根据临床雌激素受体(Estrogen receptor,ER)和孕激素受体(Progesterone receptor,PR)的免疫组化结果进一步分层分析。结果:TRIM31基因位点rs1116221在广东汉族女性中存在CC、CT、TT 3种多态性,病例-对照分析显示,该位点基因型分布频率在两组中无统计学差异(P>0.05);进一步分层分析发现,该位点的基因型分布在ER阳性/阴性(+/-)分组中存在差异,且具有统计学意义(P=0.034),携带杂合基因型CT的个体更倾向于ER(+)乳腺癌(OR=2.67,95%CI:1.02～7.02);而在PR阳性/阴性(+/-)分组中无统计学差异。结论:基因TRIM31的rs1116221位点多态性与乳腺癌患病风险之间无明显相关性,但该位点的杂合基因型与乳腺癌ER阳性(+)明显相关。