幽门螺杆菌OmpP1蛋白的生物信息学分析

目的应用生物学软件预测幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)ompP1基因编码蛋白(OmpP1)的结构与功能。方法从NCBI数据库中获取ompP1基因的相关信息,应用软件MEGAX 10.0.5构建Hp进化树,应用生物信息学软件分析OmpP1蛋白的氨基酸序列、理化性质、跨膜区、信号肽、糖基化和磷酸化位点、空间结构以及抗原表位。结果 ompP1基因核苷酸序列编码区长1 764 bp,编码587个氨基酸;生物信息学分析显示ompP1基因在不同菌株间的同源性为96.2%~97.17%,其编码的OmpP1蛋白是一种性质稳定、偏碱性的亲水蛋白;该蛋白无跨膜区和信号肽,含有糖基化和磷酸化位点;OmpP1二级结构中含α-螺旋178个,延长链162个,β转角37个,无规则卷曲210个,分别占30.32%、27.60%、6.30%和35.78%;三级结构分析显示OmpP1含有OM_channels蛋白家族特征性结构域;BepiPred1.0和SYFPEITHI9预测该蛋白含有22个B淋巴细胞和28个CTL淋巴细胞相关抗原表位。结论 Hp OmpP1为碱性亲水性蛋白,含有T、B细胞抗原表位,可为其抗原性研究和高效表位疫苗的研发提供理论参考。     

临床分离艰难梭菌的耐药性分析

目的 通过对临床分离的20株艰难梭菌(CD)菌株进行常见抗生素的药物敏感试验,初步了解本地区CD的耐药情况,对临床治疗提供参考.方法 临床怀疑为CD相关性腹泻者的大便标本在CCFA选择性培养基进行厌氧培养;获得的菌株经过生化鉴定,并检测毒素基因TcdA/B,证实为CD产毒株;使用E-TEST法检测其对8种抗生素的药物敏感情况.结果 20株CD对常见抗生素耐药严重,对头孢曲松、克林霉素、红霉素、莫西沙星、利福平的耐药率分别为100%、80%、90%、35%、35%;多重耐药情况普遍,三重及以上耐药株占80%;但未检测到对万古霉素、甲硝唑、替考拉宁耐药的菌株.结论 临床分离CD菌株对常见抗生素耐药率高,且以多重耐药为主.临床上应重视对CD的药敏情况的检测.     

猴痘病毒相关蛋白A42R的生物信息学及分子对接分析

目的 通过生物信息学及分子对接分析以了解猴痘病毒(monkeypox virus, MPXV)相关蛋白A42R的结构特征、抗原表位以及小分子抑制物。方法 利用生物信息学和分子对接技术对MPXV A42R蛋白的开放阅读框、蛋白同源性、理化性质、翻译后修饰位点、二级/三级结构、B/T细胞抗原表位、配体结合位点以及小分子化合物等进行预测分析。结果 A42R蛋白由133个氨基酸组成,分子质量为15.003 42 ku,理论等电点9.36。该蛋白与天花病毒、骆驼痘病毒、痘苗病毒、牛痘病毒的序列一致性高,而且与天花病毒有最近的共同祖先。A42R蛋白以不规则卷曲为主要结构,属于亲水性蛋白;含有2个O-糖基化位点、1个N-糖基化位点和14个磷酸化位点;含有5个B细胞抗原表位,23个CLT细胞抗原表位,16个Th细胞抗原表位,6个抗原决定簇;含有8个可能的配体结合区,10个潜在的分子化合物。结论 A42R为亲水性蛋白,含有丰富的B、T细胞抗原表位和配体结合区,可为抗猴痘病毒药物和疫苗的设计与开发提供参考。     

羊种布鲁氏菌OMP16蛋白结构的生物信息学分析

目的 使用生物信息学方法预测羊布鲁氏菌OMP16蛋白的结构特点,并预测可能的B细胞和T细胞优势表位。方法 从NCBI数据库中获取羊布鲁氏菌的OMP16蛋白的氨基酸序列。通过ProtParam分析OMP16蛋白的理化性质;利用DNAstar和SOMPA分析OMP16蛋白二级结构;利用Phyre2和Rasmol构建并分析OMP16蛋白三级结构;利用IEDB、DNAStar、ABCpred和BepiPred预测OMP16蛋白的B细胞抗原表位;利用SYFPEITHI和IEDB预测OMP16蛋白的T细胞抗原表位。结果 OMP16蛋白有426个氨基酸序列,理论等电点为9.72,原子组成为C2026H3209 N499O536S17,为稳定性疏水性蛋白。二级结构显示α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲分别是40.61%,19.01%,8.45%和31.92%。预测出4个B细胞优势表位,分别是93-102,183-187,273-289,294-301;5个CTL细胞优势表位,分别是69-77,175-183,267-275,373-381,408-416;5个Th细胞优势表位,分别是4-20,32-46,63-77,316-330,352-366。结论 羊布鲁氏菌OMP16蛋白结构中有4个B细胞优势表位,5个CTL细胞优势表位和5个Th细胞优势表位,为进一步为布鲁氏菌诊断和疫苗研究的奠定基础。     

老年住院患者艰难梭菌感染的危险因素分析

目的 分析老年住院患者艰难梭菌感染(CDI)的影响因素。方法 回顾性分析2013年11月至2021年9月于空军军医大学西京医院老年病科收治的具有腹痛、腹胀及腹泻等症状114例患者的临床资料。采用多重聚合酶链式反应方法对艰难梭菌毒素进行检测,根据检测结果将患者分为毒素阴性组(47例)及毒素阳性组(67例),比较2组患者的一般资料及实验室化验指标。采用SPSS 25.0软件进行数据分析。根据数据类型,分别采用独立样本t检验、秩和检验和χ²检验进行组间比较;采用多因素二元logistic回归分析CDI的影响因素。结果 与阳性组相比,阴性组的谷草转氨酶[29.0(22.0,49.0)和20.0(15.0,34.0)U/L]、谷丙转氨酶[21.0(14.0,41.0)和16.0(8.0,20.0)U/L]、白蛋白[(33.22±4.94)和(31.53±3.49) g/L]、碱性磷酸酶[113.0(69.0,163.0)和74.0(56.0,101.0)U/L]、γ-谷氨酰转肽酶[64.0(23.0,157.0)和35.0(22.0,76.0)U/L]和凝血酶时间[18.6(17.6,20.4)和17.8(16.7,18.9)s]显著升高,差异均有统计学意义(均P＜0.05);与阳性组相比,阴性组冠心病发病率[8(17.0%)和32(47.8%)]、质子泵抑制剂[16(34.0%)和42(62.7%)]及抗生素[9(19.1%)和39(58.2%)]的使用率降低,差异均有统计学意义(均P＜0.05)。多因素二元logistic回归分析显示:白蛋白水平是CDI的保护性因素(OR=0.894,95%CI 0.802~0.996;P=0.041);抗生素使用率是CDI的独立危险因素(OR=18.398,95%CI 1.225～276.346;P=0.035)。结论 CDI的发生率与白蛋白水平呈负相关,与抗生素使用率呈正相关;抗生素的使用会升高CDI发生率,在老年住院患者中需动态监测并及时干预。     

柯萨奇病毒A组19型VP1蛋白生物信息学分析

目的 分析柯萨奇病毒A组19型(coxsackievirus A19,CVA-19)VP1蛋白的理化性质、结构功能并预测其线性B细胞表位和T细胞表位。方法 应用ProtParam分析CVA-19 VP1蛋白的理化性质;ProtScale预测其亲疏水性;使用SignalP 6.0、DeepTMHMM、NetPhos-3.1和Motif Scan分别预测CVA-19 VP1蛋白的信号肽、跨膜结构域、磷酸化位点和脂酰化位点;利用NetCGlyc-1.0、NetNGlyc-1.0和NetOGlyc-4.0分别预测CVA-19 VP1蛋白的C-甘露糖基化位点、N-糖基化位点和O-N-乙酰半乳糖胺(N-acetylgalactosamine, GalNAc)(粘蛋白型)糖基化位点;通过SOPMA和SWISS-MODEL在线工具分别预测CVA-19 VP1蛋白的二级结构和三级结构;使用网络服务器IEDB、Bepipred 3.0、ABCpred和SVTMrip联合预测其线性B细胞表位;应用IEDB和SYFPEITHI综合预测其T细胞表位。结果 CVA-19 VP1蛋白的分子质量为33.099 ku,...     

艰难梭菌动物感染流行病学研究进展

艰难梭菌(Clostridium difficile,C.difficile)为厌氧芽孢梭菌,是医院内感染性腹泻的主要病原菌之一。临床上,由于抗生素的大量使用,肠道微生态平衡被打乱,艰难梭菌乘机大量繁殖产毒,导致艰难梭菌感染(Clostridium difficile infection, CDI)。目前发现艰难梭菌也可在多种动物体内定殖或感染,动物源性分离株与人体所分离的艰难梭菌菌株具有一致性,动物直接或间接接触、食用污染的肉制品可能是传播途径之一。本文对艰难梭菌在家畜(猪、马、牛、羊)、家禽、宠物等动物中定殖或感染的临床表现、传播途径、菌株基因型、药物敏感性等流行病学特征予以介绍,旨在为艰难梭菌感染的防控提供理论参考。     

刚地弓形虫热休克70基因编码蛋白结构与功能的生物信息学分析

目的分析并预测刚地弓形虫热休克蛋白70(TgHSP70)基因编码蛋白的结构与功能,探讨其作为疫苗候选抗原的可能性。方法从Genbank数据库获取TgHSP70基因序列,采用在线蛋白分析专家系统(http://ca.expasy.org/),结合DNAMAN等生物信息学软件对该序列的编码区进行分析,预测该基因编码蛋白质的理化性质、翻译后修饰位点、功能域、亚细胞定位、二级结构、亲/疏水性、三维空间结构、抗原表位等。结果该基因全长2 382 bp,编码区为143~2 146 bp。编码蛋白性质稳定,理论分子质量单位为72.304 97 ku。TgHSP70有6个跨膜区,为跨膜蛋白;有4个N端糖基化位点,6个蛋白激酶C磷酸化位点,14个酪氨酸激酶Ⅱ磷酸化位点,3个酪氨酸激酶磷酸化位点;无信号肽,二级结构以无规卷曲为主;TgHSP70主要存在于弓形虫速殖子胞液和核内,有26个潜在的抗原表位。结论 TgH-SP70基因编码蛋白为可溶性蛋白,有多个抗原表位,具有免疫原性,可作为弓形虫病疫苗候选抗原。     

细粒棘球绦虫原头节抗原Eg-00512的生物信息学分析北大核心CSCD

目的分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原Eg-00512的生物信息学特征。方法通过NCBI数据库获取Eg-00512蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam在线软件分析Eg-00512蛋白的理化性质;采用SOMPA在线软件分析蛋白的二级结构;使用IEDB在线软件预测Eg-00512蛋白的亲水性、柔韧性、表面可及性、β-转角;应用SWISS-MODEL在线服务器分析蛋白氨基酸序列并组合模板和Eg-00512蛋白的三级结构;B细胞表位采用在线软件IEDB及BcePred综合预测,T细胞表位采用在线预测软件SYFPEITHI分析确定。结果Eg-00512蛋白由1254个氨基酸组成,理论pI值6.15;归类于稳定蛋白质,属于亲水性蛋白。Eg-00512蛋白的二级结构中α螺旋占51.28%,延伸链占17.22%,β-转角占4.78%,无规卷曲占26.71%。Eg-00512蛋白B细胞表位数量各为8个;有13个CTL和14个Th细胞优势表位。结论生物信息学方法预测细粒棘球绦虫原头节含有多个优势B、T细胞抗原表位,为包虫病的诊断和疫苗的研究奠定了理论基础。     

细粒棘球绦虫Calpain蛋白的生物信息学分析北大核心CSCD

目的采用生物信息学软件分析细粒棘球绦虫Calpain蛋白(EgCalpain)的结构与抗原表位,为研制基于Calpain的棘球蚴病疫苗提供依据。方法从NCBI核苷酸和蛋白质数据库下载EgCalpain的核苷酸和氨基酸序列,采用ProtParam、SignalP、TMHMM、Cell-Ploc等在线分析程序,结合DNAStar、DNAMAN等生物信息学软件分析、预测EgCalpain蛋白的理化性质、信号肽序列、跨膜结构域、亚细胞定位及抗原表位;采用Clustal omega程序对不同物种来源的Calpain蛋白进行多序列比对,并通过MEGA 6.06程序构建邻接树。结果 EgCalpain基因全长7 734 bp,包含15个外显子和14个内含子;EgCalpain基因编码蛋白由707个氨基酸组成,是一种稳定蛋白,不含有信号肽序列和跨膜区域,可能定位于细胞质。EgCalpain蛋白含有5个T、B细胞联合表位,分别为267-299 aa、328-356 aa、486-507 aa、546-567 aa、648-662 aa。EgCalpain蛋白与曼氏血吸虫Calpain的亲缘关系较近,与人、牛、羊Calpain的亲缘关系较远。结论 EgCalpain蛋白含有5个T、B细胞联合表位且与人、牛、羊Calpain的亲缘关系较远,作为棘球蚴病疫苗进行免疫时,可能具有良好的免疫保护作用。     

艰难梭菌感染的流行病学研究进展

艰难梭菌是一种厌氧生长的革兰氏阳性梭状产毒芽孢杆菌.自1978年证实艰难梭菌是抗生素相关性腹泻、肠炎以及伪膜性肠炎的病因以来,其来源、艰难梭菌感染(clostridium diffcile infection,CDI)发病率、对并发疾病严重程度的影响,以及其住院时间、住院费用、复发率、死亡率等问题,一直是研究热点.此文...     

细粒棘球绦虫EGR＿09314蛋白的生物信息学分析

目的 利用生物信息学的方法预测、分析细粒棘球绦虫EGR＿09314蛋白的结构、功能和生物学特性等,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法 从NCBI数据库中下载EGR＿09314基因的核苷酸序列及其所编码的氨基酸序列,利用ORF Finder在线工具分析该基因的开放阅读框;利用Prot-Param预测蛋白的理化性质,PotScale预测其亲水性和疏水性,NetPhos 3.1 Server预测其磷酸化位点,NetNGlyc预测其糖基化位点,GPS-SUMO 2.0预测其棕榈酰化修饰位点;利用SOPMA预测蛋白的二级结构,SWISS-MODEL预测蛋白的三级结构;利用Euk-mPLoc 2.0分析其亚细胞定位,SignalP 4.1Server分析其信号肽位置,TMHMM分析跨膜区域,SMART预测其结构域位置;应用ABCpred和IEDB预测EGR＿09314蛋白的B细胞抗原表位,应用SYFPEITHI和IEDB预测其T细胞抗原表位。结果 细粒棘球绦虫EGR＿09314蛋白是由491个氨基酸组成的亲水性蛋白,其分子式为C₂₄₄₆H₃₈₉₅N<...     

艰难梭菌感染的流行状况及诊治进展

近年来,艰难梭菌感染（ClostffdiumditficileInfection,CDI）的发生频率在世界各地呈上升趋势,已成为令人担忧的健康问题。高毒力株027／NAP1／BI的出现导致该病在全球特别是欧洲和北美的流行暴发迅速增多,严重病例数、复发率和病死率均明显增高,耐药菌株也在增多。CDI的临床表现多样,可以是轻度水样腹泻,也可以是威胁患者生命的结肠炎、中毒性巨结肠和败血症。实验诊断方法包括艰难梭菌的厌氧培养、细胞毒性试验、菌体及毒素抗原检测、毒素基因扩增检测等。治疗时应首先停用相关的抗生素,应用抗艰难梭菌的抗生素、免疫调节剂及益生菌调节肠道菌群。     

重度复杂艰难梭菌感染1例

背景艰难梭菌(Clostridium difficile,CD)是引起医院内肠道感染的主要致病菌之一,通常由长期或不规范使用抗菌药物引起,CD感染(CD infection,CDI)主要是由产毒素CD过度繁殖释放毒素导致肠道菌群失调引起,主要临床症状为腹痛、水样腹泻、发热.通过对这例重度复杂CDI诊治的梳理,以期在临床上对此病尽早识别、规范治疗.患者颅脑部手术后应用多种抗生素预防及治疗感染,出现腹胀腹泻症状后,易误诊为感染性腹泻,继续升级抗生素造成病情加重.病例简介本例患者曾被误诊为感染性腹泻,继续升级抗生素造成病情加重,后经粪便化验、复查CT进一步确诊为重度复杂CDI.结论临床医生要拓宽思路,结合临床经验进行综合诊断,必要时请专科医生协助诊断.我们认识到当怀疑为严重或复杂的CDI时,应立即开始经验治疗,早期识别、积极治疗至关重要.     

细粒棘球绦虫抗原Fis1的生物信息学分析北大核心CSCD

目的利用生物信息学的方法分析细粒棘球绦虫Fis1(EgFis1)蛋白的抗原表位,为分子肽疫苗的研发奠定理论基础。方法在NCBI数据库中检所并下载EgFis1蛋白的氨基酸序列;利用EXpasy软件预测蛋白的理化性质;采用SignalP5.0和TMHMM sever 2.0软件预测EgFis1蛋白的信号肽和跨膜结构域;利用SOPMA和SWISS-MODLE预测EgFis1蛋白的二级结构和三级结构;采用IEDB、ABCpred和SYFPEITHI数据库预测EgFis1蛋白的T、B细胞表位。结果细粒棘球绦虫EgFis1是由157个氨基酸组成的等电点为5.86,分子质量单位为16.93ku的蛋白质;不含有信号肽序列,但具有一个跨膜结构域;其二级结构中α-螺旋占比例为48.41%,延伸连占19.11%,β-转角占7.01%,无规则卷曲占25.48%。亲水性较强的区域主要位于12aa-24aa,42aa-52aa,64aa-69aa,81aa-90aa,97aa-105aa,126aa-150aa。Eg-Fis1含有3个优势B细胞表位,7个T细胞表位以及2个T、B联合表位。结论生物信息学方法预测EgFis1蛋白含有4个优势B细胞表位、7个T细胞表位以及2个T、B联合表位,可作为免疫治疗和药物治疗的靶点。     

刚地弓形虫Peroxiredoxin基因编码蛋白结构与抗原表位的生物信息学分析

目的从生物信息学角度分析刚地弓形虫Peroxiredoxin(TgPrx)基因编码蛋白的结构与抗原表位,预测该蛋白的免疫原性。方法利用蛋白分析专家系统(ExPASy)提供的ProtParam、SOSUI、Emini、MotifScan、SWISS-MOD-EL等生物信息学在线分析程序,结合Gene Runner、DNAMAN等生物信息学软件,分析、预测TgPrx蛋白的理化性质、可溶性、表面可及性,翻译后修饰位点、亲(疏)水性、二级结构、抗原表位及三维结构等。结果该蛋白由339个氨基酸组成,分子式为C1736H2676N464O468S21,分子质量单位为38.2084ku,等电点理论值为9.12,波长280nm时的吸光度(A)值为0.843,半衰期为7.2h,有3个表面可及性参数≥3的区域、6个翻译后修饰位点、多个亲水性高的区域、13个潜在抗原表位,为可溶性表达蛋白。结论刚地弓形虫Peroxiredoxin基因编码的TgPrx蛋白为可溶性表达蛋白,具有免疫原性,可作为弓形虫病疫苗候选抗原。     

细粒棘球绦虫CD151蛋白的生物信息学分析及其编码基因在不同发育阶段的表达北大核心CSCD

目的分析细粒棘球绦虫四跨膜蛋白家族成员CD151(Eg-CD151)分子特性和各发育阶段表达水平,为研发包虫病疫苗奠定基础。方法从NCBI数据库下载Eg-CD151氨基酸序列,利用ProtParam、NetPhos 3.1 Server、GPS-SUMO 2.0、Euk-mPLoc 2.0、SOPMA、SWISS MODEL、SignalP 4.1 Server、TMHMM、SMART、Antibody Epitope Prediction在线生物信息学软件预测Eg-CD151蛋白的理化性质、磷酸化位点、棕榈酰化修饰位点、亚细胞定位、二级结构、三维结构、跨膜区域、结构域、B细胞抗原表位;利用DNAMAN和MEGA进行同源序列分析并建立系统发育进化树。利用实时荧光定量PCR检测不同发育阶段Eg-CD151 mRNA相对表达量。结果Eg-CD151蛋白由170 aa组成,为一种不稳定的跨膜蛋白,无信号肽,含2个跨膜区,分别位于6-28、136-158 aa,3个B细胞抗原表位位于非跨膜区域;存在14个磷酸化位点,包含3个酪氨酸磷酸化位点、5个苏氨酸磷酸化位点、6个丝氨酸磷酸化位点;含一个棕榈酰化位点(139-143 aa);二级结构主要为α-螺旋,占60.00%。同源序列比对显示,Eg-CD151与其终末宿主犬、赤狐及中间宿主牛的CD151进化关系较远。实时荧光定量PCR检测原头蚴、成虫两个发育阶段Eg-CD151 mRNA相对表达量差异无统计学意义(P>0.05)。结论生物信息学分析Eg-CD151存在多个B细胞抗原表位,可作为包虫病诊断及疫苗候选抗原。     

胆汁酸抗艰难类梭菌感染作用机制和应用前景

艰难类梭菌感染是抗生素相关性腹泻的主要病原菌。近年来, 国内艰难类梭菌感染的发病率显著上升, 对公共健康造成了威胁。肠道菌群衍生的代谢物被认为是菌群和宿主相互作用的关键介质之一, 对宿主生理有着复杂的影响。胆汁酸代谢是肠道菌群的主要功能之一。胆汁酸是宿主与肠道微生物沟通的重要信号分子, 并且多项研究发现不同胆汁酸影响着艰难类梭菌的菌体生长、芽孢萌发和毒素产生。本文对胆汁酸在艰难类梭菌感染发病机制中的作用进行综述, 探讨胆汁酸对艰难类梭菌感染治疗新选择的潜在价值。     

细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白的生物信息学分析北大核心CSCD

目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10^(3),属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。