TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化与胶质母细胞瘤临床预后的关系

目的 探讨免疫基因TRIM38非CpG岛DNA甲基化在胶质母细胞瘤（GBM）中改变模式和临床意义。方法 利用公共数据库,比较TRIM38甲基化在GBM与非肿瘤脑组织（NTB）中的差异程度,并通过统计分析探讨该基因甲基化水平与基因表达、病人预后、生物学背景的关系。结果 纳入3组GBM（共509例）和3组NTB（共37例）样本。TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化位点在GBM中呈低甲基化改变（P<0.05）,而其基因表达呈现高表达改变（P<0.05）,并且甲基化与基因表达呈显著负相关（P<0.05）。TRIM38低甲基化病人生存时间明显短于高甲基化组（P<0.05）,甲基化水平是独立的预后影响因子（P<0.05）。TRIM38低甲基化GBM样本可能富集免疫调节及Toll样受体通路相关的基因簇。结论 TRIM38可能在GBM中通过非CpG岛低甲基化介导的基因异常表达上调,参与肿瘤发生、发展;TRIM38非CpG岛甲基化可能作为指导GBM预后评价的潜在生物标记物;TRIM38甲基化导致的预后差异很可能与Toll样受体通路及免疫调节的差异有关。     

TRIM38非CpG岛DNA甲基化与胶质瘤异柠檬酸脱氢酶突变的关系研究

目的 探讨TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化与胶质瘤异柠檬酸脱氢酶（IDH）基因突变之间的关系。方法 利用中国胶质瘤基因组图谱计划（CGGA）数据库的多组学数据和临床资料，比较在IDH野生型或突变型的胶质瘤中，TRIM38非CpG岛DNA甲基化的改变模式以及与基因表达和临床预后的关系。结果 共纳入CGGA胶质瘤325例及非肿瘤对照脑组织（NTB组）11例，分析发现IDH野生型胶质瘤TRIM38非CpG岛DNA甲基化和基因表达，相对NTB组分别发生低甲基化（P =0.000）和高表达（P=0.007），且两者之间呈负相关（P=0.017）。生存分析显示，TRIM38非CpG岛DNA甲基化水平与IDH野生型肿瘤的预后有关（P=0.061）。结论 IDH突变可能通过限制TRIM38基因非CpG岛DNA低甲基化介导的肿瘤促癌基因表达上调，为IDH突变相关的胶质瘤提供“保护作用”。     

miR-126表达水平及其基因启动子甲基化状态与胶质母细胞瘤术后复发的关系

目的 探讨miR-126表达水平及其基因启动子甲基化状态与胶质母细胞瘤（GBM）术后复发的关系。方法 收集2016年8月到2020年12月手术切除的GBM组织标本86例和同期颅脑损伤内减压术中切除非肿瘤脑组织30例，采用PCR和MSP法检测miR-126表达水平及其基因启动子甲基化状态。随访至2021年3月，随访时间2~56个月，中位随访时间24.0个月。术后定期复查MRI确定肿瘤复发和复发时间。结果 术后58例复发，复发率为67.44%。与非肿瘤脑组织相比，GBM组织miR-126表达水平明显降低（P<0.05），miR-126基因启动子甲基化率明显升高（P<0.05）。与未复发组相比，复发组GBM组织miR-126表达水平明显降低（P<0.05），同时miR-126基因启动子甲基化率明显升高（P<0.05）。生存曲线分析显示，miR-126甲基化组中位复发时间（16.0个月）较非甲基化组（39.0个月）明显缩短（P<0.05）。多因素logistic回归分析显示miR-126基因启动子高甲基化是GBM术后复发的独立危险因素（P<0.05）。ROC曲线分析显示，miR-126表达水平预测GBM术后复发的曲线下面积为0.894（95% CI 0.837~0.950；P<0.05），最佳截断值为0.830，灵敏度和特异度分别为90.0%和75.6%。结论 GBM组织miR-126表达水平普遍降低，与其基因启动子异常甲基化有关。检测miR-126表达水平对GBM术后复发有良好的预测价值。     

p16基因CpG岛甲基化与胶质瘤生物学特性的关系

目的：研究p16基因CpG岛甲基化与胶质瘤恶性程度分级及肿瘤细胞增殖活性的关系。方法：应用半巢式甲基化特异性多聚酶链反应（MSP）检测40例不同级别的胶质瘤组织标本中p16基因CpG岛甲基化状态。免疫组化SP法分析肿瘤组织p16蛋白和Ki-67抗原的表达情况。结果：肿瘤组织甲基化发生率为42.5%（17/40）,p16蛋白表达缺失率为72.5%（29/40）,其中55.2%（16/29）缺失与甲基化有关（P=0.0085）。甲基化发生率随胶质瘤恶性程度增加有增高趋势（χ2=11.4288,P=0.0007）。甲基化阳性者中Ki-67抗原增殖指数明显高于甲基化阴性者（P〈0.05）。结论：p16基因CpG岛甲基化导致该基因灭活是胶质细胞恶性增生的主要机制之一。     

DNA甲基化与胶质瘤

DNA甲基化在胶质瘤的发生、发展中起重要作用。多条重要通路相关基因启动子区域的CpG岛甲基化,其甲基化发生频率与胶质瘤的发生发展、组织类型和病理分级密切相关。某些基因的DNA甲基化可为胶质瘤的早期诊断提供分子生物学标志物,同时由于DNA甲基化具有可逆性,可以为胶质瘤基因治疗提供新的靶点,还可以用来评价预后。     

胶质瘤的DNA甲基化研究新进展

DNA甲基化主要指DNA的5'-胞嘧啶甲基化,是真核生物DNA的一种最常见的修饰方式,也是一种重要的表遗传学机制.近年来,DNA甲基化与胶质瘤相关性研究表明,许多肿瘤相关基因启动子区域CpG岛高甲基化与胶质瘤的形成关系密切.     

miR-126基因启动子甲基化状态与高危低级别胶质瘤同步放化疗后生存结局的关系

目的 探讨miR-126基因启动子甲基化状态对高危低级别胶质瘤（LGG）同步放化疗后生存结局的影响。方法 前瞻性收集2015年7月至2016年9月经术后病理证实为高危LGG组织标本共69例,另选取同期颅脑损伤内减压术切除非肿瘤脑组织20例为对照。采用PCR和MSP法检测miR-126水平及其基因启动子甲基化水平。根据实体肿瘤疗效评价标准分为完全缓解（CR）、部分缓解（PR）、疾病稳定（SD）和疾病进展期（PD）,其中CR+PR为敏感组,SD+PD为不敏感组。随访截止时间为2021年5月31日,69例胶质瘤随访19~55个月,中位时间27个月;主要终点为无进展生存期（PFS）、总生存期（OS）。结果 胶质瘤组织miR-126水平显著低于非肿瘤脑组织（P<0.001）,而胶质瘤组织miR-126基因启动子甲基化率明显高于非肿瘤脑组织（P<0.05）。胶质瘤组织miR-126水平与其基因启动子甲基化率呈明显负相关（r=-0.722,P<0.001）。多因素logistic回归分析显示miR-126基因启动子高甲基化率是高危LGG对同步放化疗不敏感的独立危险因素（P<0.05）。多因素Cox回归分析显示miR-126基因启动子高甲基化率是高危LGG病人PFS、OS明显缩短的独立危险因素（P<0.05）。Kaplan-Meier生存曲线分析显示,miR-126基因启动子甲基化组OS、PFS较非甲基化组明显缩短（P<0.001）。结论 高危LGG组织miR-126水平与启动子甲基化水平呈明显负相关,miR-126基因启动子高甲基化率是高危LGG同步放化疗不良结局的独立危险因素。     

双相Ⅱ型障碍伴冲动攻击行为患者的全基因组DNA 甲基化修饰研究

目的 探讨双相Ⅱ型障碍伴冲动攻击行为患者的全基因组DNA 甲基化修饰情况。 方法 纳入5 例有冲动攻击行为的双相Ⅱ型障碍患者（攻击组）及5 例无冲动攻击行为的双相Ⅱ型障碍 患者（非攻击组）,采用Illumina 公司的人类450K 甲基化芯片技术对10 例患者的全血进行甲基化水平的 分析。利用R 软件对原始数据进行预处理并筛选出样本分组间的差异甲基化位点采用GCBI 在线分 析软件对差异候选基因进行功能富集分析。结果 （1）攻击组与非攻击组样本比较甲基化水平有差异。 （2）攻击组与非攻击组样本差异甲基化位点在染色体上的分布有差异。（3）按基因注释分类和CpG 岛注 释分类筛选攻击组与非攻击组样本间的差异甲基化区域,差异甲基化区域在11个注释区域内均有分布。 （4）GO 分析结果显示,差异甲基化位点参与信号传递等功能。Pathway 分析中,主要参与多巴胺能神经 突触信号通路、趋化因子信号通路。结论 有无冲动攻击行为的双相Ⅱ型障碍患者的全基因组DNA 甲 基化水平及差异甲基化DNA 在染色体上的分布均有差异,差异甲基化位点主要参与信号传递等。     

DNA甲基化和miRNA在胶质瘤中的研究进展

DNA甲基化、微RNA（miRNA）在胶质瘤的发生、发展中起重要作用。多条癌症通路相关基因启动子区域的CpG岛甲基化发生频率与胶质瘤的发生与发展、组织类型和病理分级密切相关。miRNA的异常表达通过调控靶向基因、作用于癌症相关通路及脑肿瘤干细胞等机制扮演着抑癌或致癌角色。而miRNA的表达也受到甲基化的调控,这对综合评价肿瘤的发生、发展具有重要的意义。本文即对这两者在胶质瘤中的作用机制进行综述。     

抑郁症与表观遗传学

表观遗传学的概念由Waddington在1939年提出,目前认为它主要研究不涉及DNA序列突变的可逆性、可遗传性基因功能调控,这种调控主要通过DNA甲基化状态、组蛋白修饰的改变及非编码RNA的作用而实现旧0。哺乳动物的DNA甲基化主要发生在CpG二联核苷酸中胞嘧啶的第5位碳原子上,而CpG二联核苷酸在基因启动子区的CpG岛较为密集。     

CHST2在胶质瘤中的表达及临床意义

目的 探讨糖磺基转移酶2（CHST2）在人脑胶质瘤中的表达情况及其临床意义。方法 从Gliovis在线网站获取TCGA、CGGA、Rembrandt数据集,分析CHST2表达水平与胶质瘤病理特征、生存预后、免疫细胞浸润的关系。结果 胶质瘤母细胞瘤（GBM）组织CHST2表达水平较低级别胶质瘤（LGG）明显增高（P<0.05）,异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变型胶质瘤CHST2表达水平较野生型明显增高（P<0.05）,1p19q未共缺失胶质瘤CHST2表达水平较未缺失胶质瘤明显增高（P<0.05）。胶质瘤、GBM和LGG病人,O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶（MGMT）启动子甲基化的GBM和LGG病人,以及仅进行化疗的GBM和LGG病人,CHST2高表达组生存时间均显著低于低表达组（P<0.05）。GBM和LGG组织CHST2表达水平与巨噬细胞和树突状细胞的浸润程度呈正相关（P<0.05）。结论 CHST2表达水平与胶质瘤病人生存预后、化疗反应和免疫细胞浸润密切相关。     

脑胶质瘤CHSY1的表达变化及临床意义的生信分析

目的 探讨硫酸软骨素合酶1（CHSY1）在脑胶质瘤中的表达及临床意义。方法 从Gliovis下载CHSY1在TCGA、CGGA和Rembrandt数据库中的基因表达数据和对应的临床数据,将CHSY1表达量由低到高排序,前50%为低表达组,后50%为高表达组。利用TIMER在线网站分析CHSY1在脑胶质瘤中的表达与免疫浸润的相关性。结果 胶质瘤组织CHSY1表达水平明显高于正常脑组织（P<0.05）,且与胶质瘤病理分级呈正相关（P<0.05）。多因素Cox回归分析显示CHSY1高表达是胶质瘤病人生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）,CHSY1高表达组中位生存期较低表达组明显缩短（P<0.05）。MGMT启动子甲基化组胶质母细胞瘤病人中,CHSY1高表达组中位生存期较低表达组明显缩短（P<0.05）。CHSY1高表达组胶质瘤病人化疗后中位生存期较低表达组明显缩短（P<0.05）。TIMER分析发现,胶质母细胞瘤组织CHST1表达水平与树突状细胞的浸润程度呈正相关,低级别胶质瘤组织CHST1表达水平与B细胞、CD8+ T细胞、嗜中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞的浸润程度成正比。结论 脑胶质瘤CHSY1呈高表达,与胶质瘤的恶性程度与免疫浸润呈正相关。CHSY1可作为胶质瘤预后和对化疗反应的预测因子。     

人脑胶质母细胞瘤miR-4516表达与病人预后的关系

目的 探讨人胶质母细胞瘤（GBM）组织微小核糖核酸-4516(miR-4516)的表达情况及其与病人预后的关系。方法选取2015年1月～2019年5月手术切除的GBM组织89例和颅脑损伤内减压术切除的非肿瘤脑组织35例为对照组,采用qRTPCR检测miR-4516的表达水平,根据miR-4516表达水平的中位数分为高表达和低表达。GBM病人术后随访2年,记录生存情况。结果 GBM组织miR-4516表达水平[（5.32±1.75）]明显高于对照组[（1.13±0.45）;P<0.01]。术后2年随访,42例（47.19%）生存,47例47(52.81%)死亡。多因素Cox回归分析显示,miR-4516高表达是GBM生存预后病例的独立危险因素（P<0.05）。生存曲线分析显示miR-4516高表达组2年累积生存率（27.45%）明显低于低表达组（73.68%;P<0.001）。结论 GBM组织miR-4516表达增高,其高表达是病人预后不良的危险因素。     

lncRNA MEG3表达水平及甲基化状态与垂体腺瘤术后复发的关系

目的 探讨长链非编码核糖核酸（lncRNA）MEG3表达水平及甲基化状态与垂体腺瘤术后复发的关系。方法 回顾性分析2015年1月~2017年12月手术治疗的75例垂体腺瘤的临床资料。另外取10例颅脑损伤内减压术中切除正常脑组织为对照组。采用qRT-PCR法和甲基化特异性聚合酶链反应检测垂体腺瘤组织lncRNA MEG3表达和甲基化状态。垂体腺瘤病人随访至2020年8月,主要研究终点为术后复发。结果 垂体腺瘤组织lncRNA MEG3相对表达量明显低于正常脑组织（P<0.05）,同时其基因甲基化率明显高于正常脑组织（P<0.05）。随访期间,19例复发,复发率为25.33%。与未复发组相比,复发组lncRNA MEG3相对表达量明显降低（P<0.05）,同时其基因启动子甲基化率明显升高（P<0.05）。多因素Cox比例回归风险模型分析结果显示,lncRNA MEG3相对表达水平降低、启动子甲基化率增高是垂体腺瘤术后复发的独立影响因素（P<0.05）。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示,lncRNA MEG3低表达组术后复发时间（中位数为17.0个月）较高表达组（中位数为24.0个月）明显缩短（P<0.001）;MEG3基因甲基化组术后复发时间（中位数为17.0个月）较非甲基化组（中位数为60.0个月）明显缩短（P<0.05）。结论 与正常脑组织相比,垂体腺瘤组织lncRNA MEG3呈低表达,其启动子甲基化率较高,与术后复发密切相关。     

CREPT在人脑胶质母细胞瘤组织中的表达及其与病人预后的关系

目的 探讨人脑胶质母细胞瘤（GBM）组织肿瘤高表达细胞周期相关蛋白（CREPT）的表达水平及其与病人预后的关系。方法 收集2010年1月至2011年1月手术切除的GBM组织104例和2018年1~12月颅脑损伤内减压术中切除的正常脑组织40例,采用免疫组织化学染色法检测CREPT的表达,根据染色情况将GBM分为高表达组和低表达组。GBM病人术后随访截止时间为2019年4月,记录总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）。采用多因素Cox比例回归风险模型分析GBM病人生存预后的影响因素。用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,采用Log-rank检验。结果 GBM组织CREPT高表达率（73.08%,76/104）明显高于正常脑组织（10.00%,4/40;P<0.05）。多因素Cox比例回归风险模型分析结果显示CREPT高表达是GBM病人OS和PFS较短的独立影响因素（P<0.05）。低表达组OS和PFS均明显高于高表达组（P<0.05）。结论 人脑GBM组织CREPT呈高表达,与病人不良生存预后和肿瘤进展有关。     

BRIP1在胶质瘤中的表达及临床意义

目的 探讨乳腺癌易感基因相互作用蛋白1（BRIP1）在胶质瘤中的表达及其与病人预后的相关性。方法 从GEO数据库GPL570平台选取三个BRIP1基因表达谱芯片（GSE4290、GSE50161和GSE74195）分析胶质瘤BRIP1的表达情况。使用TCGA下载有关胶质瘤BRIP1表达、生存率和临床特征的数据，多因素Cox比例回归风险模型分析胶质瘤生存预后的影响因素；利用受试者工作特征（ROC）曲线评估BRIP1表达水平与胶质瘤生存预后的关系；通过基因富集分析胶质瘤BRIP1相关的细胞信号通路。结果 胶质瘤BRIP1表达水平相比于正常样本明显升高（P<0.05）。多因素Cox回归分析结果表明，BRIP1高表达（HR=1.250；95% CI: 1.056~1.480；P<0.001）是胶质瘤不良预后的独立危险因素。生存曲线分析显示，相较于BRIP1低表达组，BRIP1高表达组胶质瘤生存期明显缩短（P<0.001）。ROC曲线分析显示BRIP1表达水平预测胶质瘤1年不良预后的曲线下面积（AUC）为0.744，最佳截断值为0.302，敏感性为0.832，特异性为0.528；预测3年不良预后的AUC为0.801，最佳截断值为0.420，敏感性为0.696，特异性为0.809；预测5年不良预后的AUC为0.767，最佳截断值为0.420时，敏感性为0.593，特异性为0.842。基因富集分析显示BRIP1基因主要富集于DNA复制、同源重组、错配修复和细胞周期等信号转导通路。结论 BRIP1在人脑胶质瘤表达上调，与胶质瘤不良预后密切相关。     

脑胶质瘤中ppENK基因启动子区的甲基化状态研究

目的 检测脑胶质瘤组织中候选抑癌基因ppENK基因启动子区的甲基化状态,探讨ppENK基因启动子的异常甲基化水平在脑胶质瘤发生发展中的作用以及与临床病理资料之间的关系.方法 采用巢式聚合酶链反应(nested polymerase chain reaction nPCR)方法和亚硫酸氢盐修饰后测序法(Bisulfite sequence polymerase chain reaction BSP),检测32例脑胶质瘤组织和10例正常脑组织中ppENK基因启动子区CpG岛的甲基化状态.结果 脑胶质瘤组织中ppENK基因启动子甲基化率为40.6％(13/32),明显高于正常脑组织中ppENK基因启动子甲基化率0％(0/10),两者差异存在统计学意义(P=0.015).在低级别(Ⅰ-Ⅱ级)组和高级别(Ⅲ- Ⅳ级)组脑胶质瘤中ppENK基因启动子甲基化率分别为21.1％(4/19)和69.2％ (9/13),通过分析表明两者差异存在统计学意义(P=0.006).结论 ppENK基因启动子的CpG岛在脑胶质瘤中存在高甲基化现象,可能与胶质瘤发生有关.ppENK基因启动子的甲基化状态与胶质瘤病理分级有关,与年龄、性别、病理分型无关.