人脑胶质瘤lncRNA PIK3CD-AS2表达及临床意义

目的 探讨lncRNA PIK3CD-AS2 在人脑胶质瘤中的表达及临床意义。方法 计算机检索TCGA和GTEx数据库关于PIK3CD-AS2在胶质瘤和正常脑组织中表达的RNA数据，应用生物信息学方法分析PIK3CD-AS2表达与胶质瘤病人预后的关系。收集2010年9月至2015年6月我院手术切除的胶质瘤组织127例以及2018年1月至2019年10月颅脑损伤内减压术中切除的正常脑组织38例，qRT-PCR检测PIK3CD-AS2表达量。127例胶质瘤病人随访至2020年6月或病人死亡，分析PIK3CD-AS2表达与胶质瘤病人预后的关系。结果 生信分析和临床病例分析结果显示，与正常脑组织相比，胶质瘤组织PIK3CD-AS2表达显著升高（P<0.05）；胶质瘤WHO分级越高，PIK3CD-AS2的表达水平也越高（P<0.05）；PIK3CD-AS2高表达是胶质瘤病人预后不佳的独立预测因子（P<0.05），PIK3CD-AS2高表达病人总生存期显著低于PIK3CD-AS2低表达病人（P<0.05）。结论 PIK3CD-AS2在胶质瘤中高表达，可作为胶质瘤病人的预后标志物。     

脑胶质瘤FBLIM1的表达及临床意义

目的 探讨FBLIM1在脑胶质瘤中的表达及临床意义。方法 采用R软件分析UCSC数据库中癌症基因组图谱联合基因型组织表达数据集（TCGA、TARGET、GTEx）中的662例胶质瘤和1 157例正常脑组织的FBLIM1表达水平。利用TCGA数据库698例胶质瘤mRNA-seq及临床数据分析FBLIM1表达与胶质瘤临床特征的关系,用Cox比例回归风险模型分析胶质瘤生存预后的影响因素,采用Kaplan-Meier法分析TCGA数据库及中国脑胶质瘤基因组图谱（CGGA）数据库共计1 975例胶质瘤的FBLIM1表达与生存预后的关系。结果 胶质瘤FBLIM1表达水平较正常脑组织明显增高（P<0.05）,且肿瘤WHO分级越高,FBLIM1表达水平越高（P<0.05）;胶质瘤FBLIM1表达与IDH基因状态、1p/19q联合缺失、WHO分级及病人年龄显著相关（P<0.05）;FBLIM1过表达为胶质瘤病人生存预后不良的独立危险因素（OR=1.444;95% CI 1.032~2.020;P<0.05）;生存曲线分析显示FBLIM1高表达的胶质瘤病人中位总生存期较低表达病人明显缩短（P<0.05）。结论 胶质瘤FBLIM1呈高表达,与病人生存预后不良相关。     

CHST2在胶质瘤中的表达及临床意义

目的 探讨糖磺基转移酶2（CHST2）在人脑胶质瘤中的表达情况及其临床意义。方法 从Gliovis在线网站获取TCGA、CGGA、Rembrandt数据集,分析CHST2表达水平与胶质瘤病理特征、生存预后、免疫细胞浸润的关系。结果 胶质瘤母细胞瘤（GBM）组织CHST2表达水平较低级别胶质瘤（LGG）明显增高（P<0.05）,异柠檬酸脱氢酶（IDH）突变型胶质瘤CHST2表达水平较野生型明显增高（P<0.05）,1p19q未共缺失胶质瘤CHST2表达水平较未缺失胶质瘤明显增高（P<0.05）。胶质瘤、GBM和LGG病人,O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶（MGMT）启动子甲基化的GBM和LGG病人,以及仅进行化疗的GBM和LGG病人,CHST2高表达组生存时间均显著低于低表达组（P<0.05）。GBM和LGG组织CHST2表达水平与巨噬细胞和树突状细胞的浸润程度呈正相关（P<0.05）。结论 CHST2表达水平与胶质瘤病人生存预后、化疗反应和免疫细胞浸润密切相关。     

BRIP1在胶质瘤中的表达及临床意义

目的 探讨乳腺癌易感基因相互作用蛋白1（BRIP1）在胶质瘤中的表达及其与病人预后的相关性。方法 从GEO数据库GPL570平台选取三个BRIP1基因表达谱芯片（GSE4290、GSE50161和GSE74195）分析胶质瘤BRIP1的表达情况。使用TCGA下载有关胶质瘤BRIP1表达、生存率和临床特征的数据，多因素Cox比例回归风险模型分析胶质瘤生存预后的影响因素；利用受试者工作特征（ROC）曲线评估BRIP1表达水平与胶质瘤生存预后的关系；通过基因富集分析胶质瘤BRIP1相关的细胞信号通路。结果 胶质瘤BRIP1表达水平相比于正常样本明显升高（P<0.05）。多因素Cox回归分析结果表明，BRIP1高表达（HR=1.250；95% CI: 1.056~1.480；P<0.001）是胶质瘤不良预后的独立危险因素。生存曲线分析显示，相较于BRIP1低表达组，BRIP1高表达组胶质瘤生存期明显缩短（P<0.001）。ROC曲线分析显示BRIP1表达水平预测胶质瘤1年不良预后的曲线下面积（AUC）为0.744，最佳截断值为0.302，敏感性为0.832，特异性为0.528；预测3年不良预后的AUC为0.801，最佳截断值为0.420，敏感性为0.696，特异性为0.809；预测5年不良预后的AUC为0.767，最佳截断值为0.420时，敏感性为0.593，特异性为0.842。基因富集分析显示BRIP1基因主要富集于DNA复制、同源重组、错配修复和细胞周期等信号转导通路。结论 BRIP1在人脑胶质瘤表达上调，与胶质瘤不良预后密切相关。     

胶质母细胞瘤FMOD基因非CpG岛DNA甲基化水平与病人预后的关系

目的 探讨纤调蛋白（FMOD）基因非CpG岛区域DNA甲基化在人脑胶质母细胞瘤（GBM）中的改变模式以及与基因表达、临床预后的关系。方法 检索国癌症基因组图谱计划数据库（TCGA）和国国立卫生院下属基因表达数据库（GEO）下载人脑GBM组织基因表达芯片GSE36278、GSE22891及GSE50923。分析FMOD基因的CpG探针[cg26987645和cg03764585,均来自人类全基因组DNA甲基化芯片（Infinium HumanMethylation 27 k和450 k BeadChips）,均位于非CpG岛区域（www.illumina.com）]β值（与甲基化水平呈正相关）。结果 与非肿瘤组织相比,GBM组织FMOD基因非CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值均显著下降,提示GBM组织FMOD基因发生特异性低甲基化。将CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值与mRNA数据进行关联分析发现,DNA甲基化水平与FMOD基因表达水平呈显著负相关（P<0.001）。Cox回归分析显示,随FMOD基因CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值增加,GBM病人生存期显著延长（P<0.05）。FMOD基因非CpG岛cg03764585和cg26987645探针分析显示,非G-CIMP亚型病人甲基化水平较G-CIMP亚型病人明显降低（P<0.05）,而FMOD基因表达水平明显增高（P<0.05）。结论 本文结果提示,GBM组织FMOD基因非CpG岛区域呈低甲基化表现,与FMOD基因表达和病人生存预后均呈明显负相关。     

人脑胶质瘤FAM46A表达与病人预后的关系

目的 探讨人脑胶质瘤序列相似性家族46成员A（FAM46A）的表达与病人预后的关系。方法 收集2016年1月~2019年6月手术切除的人脑胶质瘤标本95例,取同期颅脑损伤减压术切除的非肿瘤脑组织42例为对照组。免疫组化染色检测FAM46A表达情况。胶质瘤病人术后随访2年。结果 胶质瘤组织FAM46A阳性表达率高于对照组（P<0.05）。多因素Cox回归分析显示FAM46A阳性表达是胶质瘤病人生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）。生存曲线分析显示,FAM46A阳性表达组2年累积生存率明显低于FAM46A阴性表达组（P<0.05）。结论 脑胶质瘤FAM46A呈阳性表达,与病人预后不良有关。     

骨形成蛋白4在人脑胶质瘤中的表达及临床意义

目的探索骨形成蛋白4(BMP4)在人脑胶质瘤中的表达,与临床特征间的关系及其在临床预后判断中的作用。方法收集中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库中305例脑胶质瘤病人的临床资料和m RNA芯片结果,进行BMP4表达分析,并在REMBRANDT、GSE16011、TCGA数据库中进行验证。Kaplan-Meier生存曲线及Cox分析评价BMP4在预后判断中的作用,基因本体分析(GO)进一步分析BMP4正相关表达基因的功能。结果 BMP4表达水平随胶质瘤病理级别升高而降低。BMP4表达与病人KPS评分、异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)基因突变情况密切相关。BMP4低表达者预后生存期短。BMP4可能与胶质细胞、星形细胞的发育、分化有关。结论 BMP4在胶质瘤发生、发展中可能起抑癌基因作用,可作为预后判断指标及潜在个体化治疗靶点。     

阿尔茨海默病相关分子标志物APP和MAPT在人脑胶质瘤中的表达及临床意义

目的 研究阿尔茨海默病（AD）相关分子标志物APP和MAPT在人脑胶质瘤中的表达水平， 及作为脑胶质瘤潜在预后判断标志物和干预靶点的意义。方法 纳入中国脑胶质瘤基因组图谱计划 （CGGA）和癌症基因组图谱计划（TCGA）2 个数据库中的 325 个和 609 个Ⅱ～Ⅳ级胶质瘤患者，收集患者的 WHO 病理分级、原发或继发状态、IDH 突变状态、1p/19q 杂合缺失状态、生存期等数据以及 APP 和 MAPT 2 种基因的表达水平。对基因表达水平进行标准化处理后，比较 2 种基因在各级别胶质瘤、IDH 突变 / 野生型、1p/19q 杂合缺失 / 野生型中的表达差异。采用 Kaplan-Meier（K-M）生存曲线分析 2 种基因水平 与原发、继发胶质瘤预后的关系，并采用 Log-rank 进行比较。在 CGGA 和 TCGA 数据库中筛选与 MAPT 表达水平相关的基因列表，采用基因本体论（GO）功能富集分析 MAPT 影响胶质瘤预后的分子机制。 结果 在 CGGA 和 TCGA 数据库中，Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ级胶质瘤患者之间的 MAPT 表达水平两两比较，差异均有 统计学意义（均P＜ 0.01）。在 TCGA 数据库中，仅Ⅲ、Ⅳ级胶质瘤患者之间的 APP 表达水平比较，差异有 统计学意义（P＜ 0.01）。在 CGGA 和 TCGA 数据库中，Ⅱ～Ⅳ级胶质瘤 IDH 突变型患者的 MAPT 表达水 平均高于 IDH 野生型患者，差异均有统计学意义（均P＜ 0.01）；在 TCGA 数据库中，Ⅳ级胶质瘤 IDH 突变 型 APP 表达水平高于野生型患者，差异有统计学意义（P＜ 0.05）。在 TCGA 数据库中，APP 在Ⅱ、Ⅲ级胶 质瘤以及 MAPT 在Ⅲ级胶质瘤患者 1p/19q 杂合缺失和野生型之间的表达水平比较，差异有统计学意义 （P＜ 0.001）；在 CGGA 数据库中，Ⅳ级胶质瘤 1p/19q 杂合缺失和野生型患者之间的 MAPT 表达水平比较， 差异有统计学意义（P＜ 0.001）。K-M 生存曲线分析显示，MAPT 基因能够有效判断原发性胶质瘤患者的 预后，MAPT 表达水平较高的患者预后较好（P＜ 0.001）。GO 功能富集分析显示，MAPT 表达水平与胶质 瘤的肌动蛋白细胞骨架组装、微管蛋白细胞骨架组装、Wnt 通路、神经系统发育、以 DNA 为模板的转录 调控、RNA 聚合酶Ⅱ启动子转录调控呈正相关，与细胞迁移、细胞黏附、血管生成、细胞分裂、细胞增殖 等呈负相关。细胞模型验证发现，MAPT 过表达能够抑制胶质瘤细胞的迁移和侵袭能力。结论 MAPT 表达水平可以预测原发性胶质瘤患者的预后，且 MAPT 与胶质瘤恶性程度存在相关性，是胶质瘤研究和 治疗的潜在靶点。     

PGM2 在脑胶质瘤中的表达及临床意义

目的 探讨磷酸葡糖变位酶 2（PGM2）在脑胶质瘤中的表达及临床意义。方法 提取 中国胶质瘤基因组图谱计划（CGGA）数据库和癌症基因组图谱计划（TCGA）数据库中脑胶质瘤患者的临 床数据和 mRNA 测序数据,将测序数据与临床数据相匹配后提取PGM2基因的表达情况,并剔除临床数 据缺失的病例。根据受试者工作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线获得的临界值（Cut-off值） 将病例分为PGM2高表达组和PGM2低表达组。采用 ROC 曲线下面积（AUC）和 Kaplan-Meier 生存曲线评 价PGM2表达水平对胶质瘤患者总生存率的预测价值。采用单因素分析影响PGM2表达水平的胶质瘤 临床病理因素。采用单因素、多因素 Cox 回归分析脑胶质瘤相关临床病理因素和PGM2表达与胶质瘤患 者预后的关系。通过筛选共表达基因,进行基因本体（GO）富集分析和 KEGG 通路分析,探讨PGM2参与 生物学过程以及调控的相关信号通路。采用 CIBERSORT 算法分析胶质瘤PGM2表达与免疫细胞浸润 的关系。结果 CGGA-325 数据库剔除缺失值后余 273 例,TCGA 数据库剔除缺失值后余 560 例。PGM2 表达量预测胶质瘤患者总生存率的 ROC 曲线分析显示,其在 CGGA-325 数据库中的AUC为 0.705（95%CI： 0.640～0.769）,Cut-off 值为 10.1;在 TCGA 数据库中的AUC为 0.739（95%CI：0.699～0.778）,Cut-off 值为 8.9。根据 Cut-off 值将病例分为PGM2高表达组和 PGM2 低表达组。Kaplan-Meier 生存分析显示,PGM2 高表达组患者的总生存率较PGM2低表达组患者下降,差异有统计学意义（P＜ 0.001）。CGGA-325 和 TCGA 数据库中,PGM2低表达与高表达组的胶质瘤级别、IDH分型以及 1p/19q 缺失情况比较,差异均有 统计学意义（均P＜ 0.05）。多因素 Cox 回归分析显示,CGGA-325 数据库与 TCGA 数据库中胶质瘤共同 独立预后因素是胶质瘤级别与1P/19q共缺失,PGM2表达在CGGA-325数据库中显示为独立预后因素（均 P＜ 0.05）。GO 富集分析和 KEGG 通路分析显示,PGM2表达与内质网蛋白转运、Toll 样受体信号通路以 及 I-κB 激酶 /NF-κB 信号通路相关。CIBERSORT 分析显示,PGM2低表达组与高表达组的初始 CD4+ T 细胞、活化的记忆 CD4+ T 细胞、调节性 T 细胞、单核细胞、巨噬细胞（M0、M1、M2）、中性粒细胞等的免疫 浸润程度比较,差异均有统计学意义（均P＜ 0.05）。结论 PGM2的高表达与胶质瘤较差的预后相关, 可能作为判断胶质瘤患者预后的指标,未来有望成为胶质瘤潜在的治疗靶点。     

脑胶质瘤CHSY1的表达变化及临床意义的生信分析

目的 探讨硫酸软骨素合酶1（CHSY1）在脑胶质瘤中的表达及临床意义。方法 从Gliovis下载CHSY1在TCGA、CGGA和Rembrandt数据库中的基因表达数据和对应的临床数据,将CHSY1表达量由低到高排序,前50%为低表达组,后50%为高表达组。利用TIMER在线网站分析CHSY1在脑胶质瘤中的表达与免疫浸润的相关性。结果 胶质瘤组织CHSY1表达水平明显高于正常脑组织（P<0.05）,且与胶质瘤病理分级呈正相关（P<0.05）。多因素Cox回归分析显示CHSY1高表达是胶质瘤病人生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）,CHSY1高表达组中位生存期较低表达组明显缩短（P<0.05）。MGMT启动子甲基化组胶质母细胞瘤病人中,CHSY1高表达组中位生存期较低表达组明显缩短（P<0.05）。CHSY1高表达组胶质瘤病人化疗后中位生存期较低表达组明显缩短（P<0.05）。TIMER分析发现,胶质母细胞瘤组织CHST1表达水平与树突状细胞的浸润程度呈正相关,低级别胶质瘤组织CHST1表达水平与B细胞、CD8+ T细胞、嗜中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞的浸润程度成正比。结论 脑胶质瘤CHSY1呈高表达,与胶质瘤的恶性程度与免疫浸润呈正相关。CHSY1可作为胶质瘤预后和对化疗反应的预测因子。     

STK40在脑胶质瘤中的表达及其临床意义的生信分析

目的 探讨丝氨酸/酸酸蛋白激酶40（STK40）在脑胶质瘤中的表达及其临床意义。方法 计算机检索GEPIA数据库,运用生物信息学方法分析STK40在胶质瘤组织及正常脑组织中的表达差异;同时,检索CGGA数据库中693例脑胶质瘤的基因信息及临床资料,运用Kaplan-Meier生存曲线分析STK40表达水平与脑胶质瘤生存预后的关系;采用多因素Cox比例回归风险模型分析脑胶质瘤生存预后的影响因素。结果 GEPIA数据库分析显示,胶质母细胞瘤组织STK40表达水平较正常脑组织明显增高（P<0.05）。STK40表达水平与胶质瘤病理级别呈正相关,随胶质瘤病理级别增高,STK40表达水平明显增高（P<0.0001）。多因素Cox风险比例回归模型分析结果显示,STK40高表达是脑胶质瘤生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）。Kaplan-Meier生存曲线分析显示,STK40高表达组中位总生存期较低表达组明显缩短（P<0.0001）;而且STK40高表达明显降低胶质瘤放/化疗的效果（P<0.0001）。Pearson相关性分析显示,ERK下游产物SRF与STK40呈明显正相关（r=0.45;P<0.0001）,JNK下游产物ATF2与STK40表达水平呈明显负相关（r=-0.167;P<0.0001）。结论 胶质瘤STK40呈高表达,与病人生存预后不良有关,其作用机制可能与ERK/MAPK及JNK/MAPK信号通路有关。     

TM4SF1与脑胶质瘤病理分级及预后的相关性

目的 探讨跨膜四蛋白超家族成员1（TM4SF1）与脑胶质瘤病理分级及预后的相关性。方法 应用生信分析方法,计算机检索TCGA数据库,采用GEPIA分析TM4SF1表达胶质瘤病理分级及生存预后的关系。收集2014年3月至2017年4月手术切除的脑胶质瘤83例[低级别胶质瘤（LGG）35例和高级别胶质瘤（HGG）48例]和23例颅脑损伤内减压术切除的非肿瘤脑组织为对照,采用免疫组化染色法检测组织TM4SF1表达情况,术后随访4年,记录无进展生存期（PFS）和总生存期（OS）。结果 生信分析显示:胶质瘤组织TM4SF1 mRNA表达量明显高于正常脑组织（P<0.05）;而且,HGG组织TM4SF1 mRNA表达量明显高于LGG组织（P<0.05）。TM4SF1高表达HGG病人OS较低表达病人明显缩短（P<0.05）;TM4SF1高表达LGG病人PFS、OS较低表达病人均明显缩短（P<0.05）。临床病例分析显示:胶质瘤TM4SF1高表达率[50.60%（42/83）]明显高于非肿瘤脑组织[13.04%（3/23）;P<0.01];HGG组织TM4SF1高表达率[60.42%（29/48）]明显高于LGG组织[37.14%（13/35）;P<0.05];多因素Cox比例回归风险模型分析显示,TM4SF1高表达是胶质瘤病人生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）;生存曲线分析显示,TM4SF1 高表达病人中位PFS和OS较低表达病人明显缩短（P<0.05）。结论 脑胶质瘤TM4SF1呈高表达,与肿瘤病理分级、不良生存预后有关。     

GRIN1在脑胶质瘤中的表达及其临床意义

目的 探讨谷氨酸受体亚基1（GRIN1）在脑胶质瘤中的表达及其临床意义。方法 计算机检索CGGA数据库和GEPIA数据库,下载脑胶质瘤基因表达谱数据和对应的临床数据,采用生信分析方法分析胶质瘤组织GRIN1表达变化及其与胶质瘤病人预后的关系。收集2017年1月至2020年12月手术切除脑胶质瘤标本67例,采用免疫组化染色方法检测GRIN1的表达,病人随访时间截止2021年8月1或病人死亡,记录病人生存情况。结果 生信分析结果显示,胶质瘤组织GRIN1表达水平明显降低（P<0.001）,而且,随胶质瘤病理级别增高而明显降低（P<0.001）;GRIN1高表达组胶质瘤病人中位生存期较低表达组明显缩短（P<0.0001）。67例胶质瘤分析结果显示,级胶质瘤GRIN1低表达率明显增高（P<0.05）,随胶质瘤病理级别增高而明显增高（P<0.05）;多因素Cox比例回归风险模型分析结果显示,GRIN1低表达是脑胶质瘤生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）,生存曲线分析显示,GRIN1低表达组胶质瘤病人中位生存期较高表达组明显缩短（P<0.05）。结论 胶质瘤GRIN1呈低表达,随病理分级增高而明显降低,与胶质瘤病人预后不良的密切相关。     

下调TTK表达改善胶质母细胞瘤裸鼠的生存预后

目的 探讨苏氨酸/酪氨酸激酶（TTK）在胶质母细胞瘤（GBM）中的表达变化及其作用。方法计算机检索TCGA数据库,利用生物信息学技术分析GBM组织TTK的表达水平及其与病人生存预后的关系。免疫组化染色分析我院生物样本库中60例脑胶质瘤组织的TTK表达水平。体外培养U251细胞,慢病毒转染构建TTK低表达细胞系,利用Alarma blue试剂盒测定细胞增殖能力,细胞克隆形成实验检测细胞克隆形成能力,流式细胞技术检测细胞凋亡和细胞周期。将不同TTK表达水平的U251细胞接种裸鼠构建移植瘤模型,分析TTK表达水平与移植瘤模型生存期的关系。结果生信分析结果显示,GBM组织TTK表达水平明显高于低级别胶质瘤及正常脑组织（P<0.05）,TTK低表达GBM病人的总生存期更长（P<0.05）。我院60例胶质瘤中,高级别胶质瘤TTK高表达率（69.0%,29/42）明显高于低级别胶质瘤（16.7%,3/18;P<0.05）。下调TTK表达明显抑制U251细胞增殖、促进细胞凋亡（P<0.05）。TTK低表达裸鼠移植瘤模型的生存期明显延长（P<0.05）。结论 GBM组织TTK呈高水平表达,具有促进细胞增殖及抑制细胞凋亡的作用,与GBM的不良预后相关。     

METTL21B在人脑胶质瘤中的表达与临床意义

目的 探讨脑胶质瘤METTL21B的表达及其与病人预后的关系。方法 采用生物信息学分析方法，运用GEPIA、Oncomine、HPA和CGGA等多个数据库分析METTL21B在脑胶质瘤中的表达及其与病人预后的关系，使用CGGA数据库309个样本分析其表达与临床特征的关系及影响脑胶质瘤的预后因素。在LinkedOmics数据库分析与METTL21B正相关的基因，并使用R编程语言进行GO和KEGG注释。结果 脑胶质瘤METTL21B的mRNA和蛋白表达上调，且高表达病人总生存期和无复发生存期明显缩短。METTL21B高表达是胶质瘤病人预后不良的独立危险因素。结论 METTL21B可能是脑胶质瘤一种新型的重要临床预后生物标志物，METTL21B的表达水平与胶质瘤恶性程度呈正相关，与脑胶质瘤病人生存期呈负相关。