基于网络药理学方法研究大黄牡丹汤治疗阑尾炎的作用机制及分子基础

目的:运用网络药理学方法研究大黄牡丹汤治疗阑尾炎的作用机制及分子基础.方法:在中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)中,检索大黄牡丹汤中五味中药的主要化学成分,通过TCMSP平台查找及预测中药化合物对应靶点,在Genecards数据库中搜索阑尾炎疾病靶点,取两者靶点交集导入Swiss平台获得PPI网络,筛选核心作...     

基于网络药理学探讨肝积汤治疗肝癌的分子机制

目的 探讨基于网络药理学的肝积汤活性成分、治疗靶点及分子机制。方法肝积汤的活性成分及作用靶点从TCMSP数据库筛选,肝癌相关靶点从GeneCard数据库获取,运用String数据库对共同靶点做蛋白互作网络分析,GO和KEGG富集分析采用Bioconductor生物信息软件包进行,“成分－靶点－通路”网络图采用Cytoscape制作。结果 从 TCMSP 中获得肝积汤有效活性成分 80种以及249 个药效分子靶点。与检索到的885 个肝癌相关靶点取交集,得到95个共同靶点。蛋白互作网络分析显示有TP53、VEGFA、AKT1等15个核心靶点。GO 功能分析表明,这些靶点主要富集在细胞对化学应激的反应,细胞对氧化应激的反应,对脂多糖反应等；涉及细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物,蛋白络氨酸激酶等,主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合。KEGG 富集分析结果显示,肝积汤作用靶点富集在相关肝癌发生与发展的通路上,如PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎病毒信号通路、人巨细胞病毒感染信号通路。结论 槲皮素、木犀草素、山柰酚等可能为肝积汤治疗肝癌的关键成分,TP53、VEGFA、AKT1等为核心靶点,PI3K-Akt、乙型肝炎病毒、人巨细胞病毒感染等通路为主要作用的通路。     

附子汤治疗颈椎病的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术探讨附子汤治疗颈椎病潜在分子机制。方法：通过检索TCMSP数据库获得每味中药的化学活性成分及作用靶点,通过检索GeneCard、OMIM、DisGeNet等数据库获得颈椎病的相关治疗靶点;通过Venny平台获得核心作用靶点,再利用Metascape对核心作用靶点进行GO功能富集分析,利用KEGG Mapper进行KEGG通路分析,其次借助STRING数据库并结合Cytoscape软件构建附子汤治疗颈椎病的“药物-活性成分-疾病作用靶点”及作用靶点网络与蛋白互作关系。最后检索PDB及PubChem数据库获得小分子和蛋白质结构,利用Autodock Vina软件及PyMOL进行分子对接验证。结果：筛选出药物潜在活性成分38个,药物潜在作用靶点109个,潜在疾病治病靶点976个。其中主要的核心作用靶点是16个。GO功能富集分析获得283个条目,KEGG分析主要涉及NF-κB信号通路、TNF信号通路等55个通路。分子对接提示Fumarine、Stigmasterol、Frutinone A、Beta-sitosterol等与PTGS1、PTGS2靶点具有较强亲...     

基于网络药理学预测青风藤治疗类风湿关节炎的分子机制

目的运用网络药理学的方法探讨青风藤治疗类风湿关节炎的分子机制。方法通过TCMSP平台筛选青风藤活性成分及作用靶点;在GeneCards和OMIM数据库中获取类风湿关节炎靶基因。通过R语言对基因进行匹配运算并绘制韦恩图;在String平台生成成分-蛋白互作网络图;Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶点网络;通过R3.5.1软件进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果共筛选出6个活性成分和23个潜在作用靶点;GO功能富集显示,青风藤可以影响炎症因子的细胞信号转导等生物学过程。KEGG通路富集分析显示,青风藤可以通过调控P53等凋亡相关通路发挥抗类风湿关节炎的作用。结论青风藤可能通过作用于CASP3、JUN、OPRD1等关键靶点调控P53等信号通路,从而调控炎症细胞凋亡进而发挥治疗类风湿关节炎的作用。     

基于网络药理学探讨参芪扶正注射液抗宫颈癌的机制

目的 基于网络药理学探讨参芪扶正注射液治疗宫颈癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction、STITCH数据库筛选黄芪、党参中药成分及作用靶点,以GeneCards数据库筛选宫颈癌相关基因靶点,利用Bioinformatics&Evolutionary预测活性成分-宫颈癌共同靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选关键靶点。采用Metascape在线分析对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 参芪扶正注射液筛选出山奈酚、木犀草素、美迪紫檀素等10个主要成分。经PPI拓扑分析共获得30个宫颈癌与成分关键靶点。GO富集分析结果主要涉及各种酶活性的传导、调节、调控以及各种酪氨酸激酶活性。KEGG通路富集得到8条主要通路,宫颈癌的治疗与癌症的中枢碳代谢、Th1和Th2细胞分化、trp通道的炎症介质调节等相关。结论 参芪扶正注射液通过多靶点调控多信号通路治疗宫颈癌,为后期研究抗宫颈癌的分子机制提供了依据。     

基于网络药理学探讨肝积汤治疗肝癌的分子机制

目的：基于网络药理学探讨肝积汤治疗肝癌活性成分、靶点及分子机制。方法：从TCMSP数据库筛选肝积汤的活性成分及作用靶点,从GeneCard数据库获取肝癌相关靶点,运用String数据库对共同靶点做蛋白互作网络分析,采用Bioconductor生物信息软件包进行GO和KEGG富集分析,采用Cytoscape制作“成分-靶点-通路”网络图。结果：从TCMSP中获得肝积汤有效活性成分80种,药效分子靶点249个。与检索到的885个肝癌相关靶点取交集,得到95个共同靶点。蛋白互作网络分析显示有TP53、血管内皮细胞生长因子A(VEGFA)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶-1(AKT1)等15个核心靶点。GO功能分析表明,这些靶点主要富集在细胞对化学应激的反应、细胞对氧化应激的反应、对脂多糖反应等;涉及细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物、蛋白络氨酸激酶等,主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合。KEGG富集分析结果显示,肝积汤作用靶点富集在相关肝癌发生与发展的通路上,如磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt...     

基于网络药理学探讨小柴胡汤治疗胃食管反流病合并失眠的作用机制

目的 基于网络药理学探讨小柴胡汤治疗胃食管反流病(GERD)合并失眠的潜在作用机制。方法 通过在线数据库筛选小柴胡汤的活性成分、药物靶点以及GERD和失眠的疾病靶点;取药物靶点和疾病靶点的交集,利用STRING数据库分析交集靶点的相互作用;通过Cytoscape软件构建和分析“活性成分-靶点”“药物-活性成分-共同靶点-疾病”、蛋白质相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过BioGPS对核心靶点进行基因定位,结合Cytoscape构建“成分-靶点-通路-器官/组织”网络;使用AutoDockVina进行主要活性成分与核心靶点的分子对接。结果 小柴胡汤治疗GERD合并失眠的主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、黄芩素等多种化合物,关键靶点包括丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、白细胞介素-1B(IL-1B)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白53(TP53)等,与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、炎症应答、信号转导等生物过程相关,涉及的通路包括癌症途径、AGE-RAGE信号...     

基于网络药理学探讨芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制探讨

目的 采用网络药理学探究芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库、文献挖掘整理芍药甘草汤化学成分;利用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库收集CAG的相关靶点;利用Venn图筛选交集靶点,由Cytoscape软件构建“活性成分-疾病靶点”网络,由String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock软件进行分子对接。结果 筛选出芍药甘草汤有效活性成分103个,与CAG相关靶点76个,重要活性成分包括槲皮素、山奈酚、柚皮素、甘草查尔酮A,核心靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤抑制因子p53(TP53)、肿瘤坏死因子（TNF）等,KEGG通路主要富集于白细胞介素-17(IL-17)、TNF、缺氧诱导因子1(HIF-1)等通路。分子对接结果显示化合物与关键靶点有较好的结合能力。结论 芍药甘草汤可通过多成分、多靶点、多通路发挥对CAG的治疗作用。     

基于网络药理学的治伤风颗粒治疗感冒的作用机制探讨

目的应用网络药理学技术探讨治伤风颗粒治疗感冒的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和药物靶点信息数据库(DrugBank)检索治伤风颗粒的化学成分及作用靶点;基于GeneCards数据库检索“感冒”的靶点,取药物与疾病靶点交集,应用Cytoscape软件构建“活性成分-靶点-疾病”网络。应用STRING数据库建立蛋白质互作(PPI)网络,应用R软件进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果通过筛选共得到治伤风颗粒有效成分146种,药物靶点280个,疾病靶点1 418个,提取出两者的共同靶点117个。将药物与靶点导入Cytoscape软件,分析得出槲皮素、山奈酚和木犀草素等为中药中度值较高的活性成分,无水咖啡因为西药中度值最高的活性成分。STRING数据库分析得出IL-6、AKT1、INS、VEGFA、MAPK8等属于感冒的关键靶点。GO分析显示生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)3个方面的富集条目。KEGG通路富集分析筛选得出TNF信号通路、IL-17信号通路等20条信号通路,并绘制了“通路-靶点”关系图。结论基于网络药理学分析筛选出了治伤风颗粒治疗感冒的活性成分、作用靶点和通路,初步得出了其作用机制,为该药的深入研究提供了一定的依据。     

基于网络药理学分析桃红四物汤治疗股骨头坏死的机制

目的利用网络药理学方法探索桃红四物汤治疗股骨头坏死的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、OMIM、Drugbank数据库获取桃红四物汤治疗股骨头坏死活性成分与靶点,构建活性成分-靶点互作网络,绘制蛋白互作(PPI)网络并进行分子对接,最后行GO富集和KEGG通路富集分析。结果从桃红四物汤中筛选出活性成分69个,作用于股骨头坏死的主要活性成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素;关键靶点为血管内皮生长因子(VEGF)、白细胞介素-6(IL-6)及成骨细胞特异性转录因子2(Runx2)。分子对接服务器分析发现,桃红四物汤的活性成分与关键靶点能够紧密结合。GO富集分析显示,分子功能主要包括转录因子结合、类固醇激素受体活性、蛋白激酶结合等方面。生物过程主要涉及到细胞因子介导的信号通路、对类固醇激素的反应及细胞凋亡信号通路等生物学过程,细胞组成主要包括核转录因子复合体、蛋白激酶复合体、蛋白质-DNA复合物等。KEGG富集分析获取相关信号通路为VEGF、Janus激酶/信号转导与转录激活子(JAK/STAT)及核转录因子-kappa B(NF-κB)信号通路。结论桃红四物汤治疗股骨头坏死的作用机制在于应用槲皮素、山奈酚、木犀草素等活性成分,以VEGF、IL-6及Runx2为靶点,通过VEGF、JAK/STAT及NF-κB信号通路参与治疗股骨头坏死。     

基于网络药理学探讨定喘汤治疗支气管哮喘的作用机制

目的采用网络药理学方法探讨定喘汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法利用TCMSP筛选定喘汤药物的有效活性成分,并通过GeneCards等数据库进行检索获得支气管哮喘相关的疾病靶点。采用DAVID v.6.8数据库进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果经数据库分析,定喘汤与支气管哮喘的共同靶基因为286个。GO-BP功能分析结果显示,共同基因主要作用于正向调控RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录、血管生成、ERK1和ERK2级联反应等,负向调控凋亡过程等。KEGG富集分析结果显示,共同靶点可以与哮喘相关的T细胞受体信号通路、FcεRI信号通路、B细胞受体信号通路等多条信号通路发挥作用。通过与常用西药相关蛋白比较发现,定喘汤可发挥β2受体激动剂和吸入皮质激素的作用。结论定喘汤从多成分、多靶点、多通路的角度治疗支气管哮喘的作用机制对后续深入研究具有重要意义。     

基于网络药理学的桂枝茯苓丸治疗宫颈癌的机制研究

目的探讨桂枝茯苓丸治疗宫颈癌的有效活性成分及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)选取桂枝茯苓丸中各药物的化学成分,筛选活性成分及潜在靶点。通过Gene Cards数据库挖掘宫颈癌的疾病靶点,依据药物靶点与疾病靶点构建桂枝茯苓丸有效成分靶点与疾病靶点的韦恩图、化合物-靶点网络调控图、PPI网络图,同时进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果桂枝茯苓丸中共494个化合物,筛选出85个活性化合物,对应宫颈癌83个靶点,分析数据表明,桂枝茯苓丸治疗宫颈癌的核心有效活性成分依次为槲皮素、β谷甾醇、山奈酚、黄芩苷、红景天苷、豆甾醇、谷甾醇等,其治疗宫颈癌的核心靶点依次为PGR、NCOA2、PTGS1、CHRM1、NR3C2等;依据CS值发现的关键节点涉及IL-6、EGFR、MAPK8、CASP3、VEGF、MYC等;主要涉及反应依次为对酮的反应、类固醇激素的反应、细胞对化学应激的反应等;细胞过程主要涉及的部分依次为膜筏、膜微区、膜区、核染色质等;分子过程主要涉及的反应依次为DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、DNA结合转录激活物活性等;主要涉及关键信号通路依次为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt、MAPK等。结论桂枝茯苓丸可通过多靶点途径发挥治疗宫颈癌的作用,其治疗机制与调控核心相关蛋白、基因及信号通路密切相关,为基础研究提供参考。     

基于网络药理学的黑地黄丸治疗肾性贫血机制探究

目的:基于网络药理学方法探究黑地黄丸治疗肾性贫血的作用机制.方法:运用网络数据库对黑地黄丸成分及肾性贫血靶点进行检索筛选;运用Cytoscape软件,构建中药成分-靶点网络,运用STRING数据库构建黑地黄丸治疗肾性贫血的蛋白互作网络图,进行拓扑分析,找出核心靶点,最后用DAVID6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行G...     

基于网络药理学-分子对接技术探讨泽泻 抗炎作用的分子机制

摘要：目的：应用网络药理学方法及分子对接技术，探讨泽泻发挥抗炎作用的活性成分及其对应靶点和相关通路。方法：通过TCMSP筛选出泽泻的活性成分，运用SwissTarget Prediction 数据库预测活性成分相关靶标，同时采用GeneCards数据库得到炎症相关靶点，再将获得的活性成分靶点和炎症靶点导入VENNY2.1得到药物治疗疾病的潜在靶点；再运用STRING数据库、Cytoscape3.7.1软件构建简化后的药物治疗疾病的靶蛋白互作图（PPI）并筛选关键靶点。利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析，再用Cytoscape3.7.1软件构建“化合物-靶点-通路”图并筛选核心成分与核心靶点。最后运用AutoDock Vina和Pymol将核心成分与核心靶点进行分子对接。结果：获得10个药物活性成分，得到相关潜在靶点284个，疾病潜在靶点11414个，药物治疗疾病的相关靶点260个，有SRC、HSP90AA1、PIK3CA、MAPK1、AKT1、LCK、FYN、JAK1、PLCG1、JAK1等关键靶点58个；涉及PI3K-Akt信号通路、ErbB信号通路、FoxO信号通路等133条通路。结论：泽泻发挥抗炎的作用机制可能是一方面通过调控PIK3、AKT、m-TOR等相关蛋白，激活PI3K-Akt信号通路，从而抑制细胞凋亡；另一方面可能通过调控EGFR相关蛋白，介导ErbB信号通路，从而干预炎症细胞生长。本研究基于网络药理学方法和分子对接技术，阐释了泽泻通过多种成分、多靶点、多信号通路发挥抗炎作用与机制，为该药的进一步研究提供了有益参考和科学依据。     

甘麦大枣汤治疗产后抑郁的相关靶点/通路预测

目的 通过网络药理学方法探寻甘麦大枣汤治疗产后抑郁的作用靶点,阐明其相关作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集甘麦大枣汤的化学成分,并筛选出活性成分及作用靶点.通过GeneCards数据库检索与产后抑郁相关的靶点.利用Venny 2.1软件筛选、收集药物与疾病的共有靶点.将筛选出的药物和疾...     

基于整合药理学平台预测黄芩-黄连对溃疡性结肠炎的作用靶点

目的:基于网络药理学,预测黄芩-黄连药对治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative Colitis, UC)的有效活性成分及其潜在的作用机制。方法:以"黄芩-黄连"药对为检索词,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中按条件查找,逐步筛选出相应活性成分及潜在作用靶点;然后在GeneCards数据库中查找出UC的疾病靶基因;通过软件分析,得出活性成分与靶点之间,以及疾病各靶点蛋白之间的相互关系,并通过GO和KEGG富集分析获得黄芩-黄连药对治疗UC的潜在作用靶点和通路。结果:通过查找有效成分,分析出黄芩-黄连药对中有效活性成分共51个,其中与UC密切相关的靶点共136个;通过GO富集分析得到2 226条与生物过程相关的条目,采用KEGG通路富集分析得到165条潜在信号通路。结论:磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)和AKT蛋白酶b (PI3K-AKT),丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)可能是黄芩-黄连药对治疗UC调控的主要通信号通路,涉及的靶点包括肿瘤蛋白53(TP53)、丝/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、转录因子JUN、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK1)、肿瘤坏死因子(TNF)等,为实验验证该药对治疗UC的作用机制提供了证据。     

从分子学角度探讨柴胡-郁金对卒中后抑郁潜在作用机制

目的:基于网络药理学探讨柴胡-郁金药对治疗卒中后抑郁(PSD)的潜在分子学机制。方法:通过检索TCMSP(中药系统药理学技术平台)数据库结合文献挖掘筛选出柴胡-郁金药对的主要活性成分及靶点,采用GeneCard与OMIM数据库获得卒中后抑郁的作用靶点,得到药物与疾病相交的靶点,通过Cytoscape软件建立疾病-药物-成分-靶点网络图,将数据输入String数据库,利用Cytoscape构建靶点相互作用的PPI网络,通过Metascape进行GO和KEGG富集分析。结果:从数据库中筛选了“柴胡-郁金”与PSD的36个共有靶基因和8种共有化合物,PPI网络共涉及节点36个,核心蛋白为IL6、AKT1、VEGFA、CRP、CCL2、MMP9、SERPINE1,GO生物学过程、细胞组成和分子功能分别为39条、8个、11个,KEGG通路共12条。结论:通过网络药理学探讨了“柴胡-郁金”对PSD发挥效应的可能潜在机制,为PSD的进一步研究提供了可能。