胶质母细胞瘤放射治疗前后免疫相关基因研究

目的研究人脑胶质母细胞瘤组织放射治疗后基因表达谱的变化。方法采用BioStarH-141s（2004）型含13929条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,对两例胶质母细胞瘤组织在直线加速器（60Gy）放射治疗前后相关基因表达情况进行检测,并分析它们之间的基因表达差异。结果胶质母细胞瘤放射治疗后与放射治疗前比较,组织表达差异基因共17个,其中上调10个,下调7个。表达差异基因中改变最明显的功能群是免疫系统相关的基因,如SPARC、ID3、HLA-DQA1和HLA-DOA等上调。细胞增殖、细胞调亡、细胞周期、DNA修复系统也有部分基因发生明显变化,如MLL5上调和POLR2B下调等。结论对胶质母细胞瘤组织经直线加速器照射（60Gy）后基因表达谱改变的研究可以更好地阐明其放射敏感性差异机制,为放射治疗前或放射治疗早期寻找预测肿瘤放射敏感性分子标志物提供理论依据。     

胶质母细胞瘤PPFIBP1的表达及其临床意义

目的 探讨PPFIA结合蛋白1(PPFIBP1)在胶质母细胞瘤中的表达及其与病人生存预后的关系。方法 选取2011年6月至2018年6月手术切除的胶质母细胞瘤116例,另选取颅脑损伤内减压术中切除的非肿瘤脑组织68例为对照,用免疫组化染色法检测PPFIBP1的表达。随访截止2021年6月,记录总生存期和无进展生存期。结果 胶质母细胞瘤组织PPFIBP1高表达率[67.24%(78/116)]明显高于对照组[17.65%(12/68);P<0.05]。多因素Cox回归分析显示,PPFIBP1高表达是胶质母细胞瘤病人总体生存预后和无进展生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）。生存曲线分析显示,PPFIBP1高表达组中位总体生存期和中位无进展生存期较低表达组均明显缩短（P<0.05）。结论 PPFIBP1在胶质母细胞瘤中呈高表达,与病人不良生存预后有关。     

胶质母细胞瘤9号染色体肿瘤抑制基因的研究

目的寻找胶质母细胞瘤(GBM)9号染色体上可能存在肿瘤抑制基因的杂合性丢失(LOH)区域,为发现和定位肿瘤抑制基因(TSG)提供线索和依据.方法应用聚合酶链反应(PCR)方法,采用荧光标记引物和377型DNA序列自动分析仪,分析2l例GBM9号染色体上20个微卫星多态性标记的LOH.结果21例GBM中,在14例的9号染色体上检测到LOH,33.0%(93/282)可提供信息位点存在LOH.在9p和9q上存在LoH的GBM分别有14例和10例.在位于9p21-23的D9S286位点以及9p21的D9S285～D9S157位点间区域检测到较高LOH率,分别为52.6%、43.8%～46.7%.结论染色体9p上等位基因的丢失可能在GBM分子水平发病机制中起着重要作用.在9p21-23的D9S286位点、9p21的D9S285～D9S157位点间区域可能存在与GBM相关的多个TSG,可能包括位于9p21上的p16和p15基因,在p16、p15所在染色体区域的远端9p21-23可能存在其他未知的TSG.     

利用基因芯片研究与胶质母细胞瘤侵袭性相关的基因

目的探讨利用基因表达谱芯片筛选人脑胶质母细胞瘤与侵袭性相关基因的表达及功能。方法用含13 939种人类基因的BioStarH140S型芯片,以成人脑及6例胶质母细胞瘤组织总RNA制备的探针杂交芯片;ScanArray4 000扫描芯片荧光信号,提取脑及胶质母细胞瘤组织差异基因,并进行生物信息分析及功能研究。结果表达谱芯片筛选出胶质母细胞瘤差异基因198条(1.42％),与细胞信号和传递蛋白、细胞骨架、代谢、蛋白翻译合成、细胞周期蛋白类、癌基因和抑癌基因等多类基因密切相关;与侵袭性相关的8条细胞骨架和细胞外基质基因表达谱相似,均在胶质母细胞瘤中显著上调,生物信息分析为α-连环素基因、钙粘附素1基因、层粘连蛋白、纤连蛋白1基因、基质金属蛋白酶2、Ⅲ型胶原基因、组织金属蛋白酶抑制1基因和血小板衍生生长因子受体A基因。结论表达谱芯片是高通量筛选胶质瘤相关基因的生物高新技术,侵袭性相关基因为判断胶质母细胞瘤患者的预后提供了分子生物学指标,有助于临床诊治。     

胶质母细胞瘤相关pTERT突变的研究进展

<正>胶质母细胞瘤（glioblastoma multiforme,GBM）在中枢神经系统肿瘤中的发病率及恶性程度最高。端粒酶是一种依赖核糖核酸的脱氧核糖核酸聚合酶,主要由两个亚基组成,即端粒酶逆转录酶（telomerase reverse tranase,TERT）和RNA。TERT是端粒酶全酶的核心催化亚基,可通过从头合成将TTAGGG重复序列添加到端粒上,     

胶质母细胞瘤基因表达谱及相关基因的聚类研究

目的探讨人脑胶质母细胞瘤发生、发展中相关基因的表达及功能.方法用含13 939种人类基因的BioStarH140S型表达谱芯片,以正常成人脑及不同级别胶质瘤组织总RNA制备的探针杂交芯片;ScanArray 4000扫描芯片荧光信号,提取脑及胶质瘤组织差异基因并进行生物信息分析;用Hierarchical聚类对胶质瘤差异基因进行特征提取;用Northern杂交验证及进行初步功能研究.结果正常脑与18例不同级别胶质瘤组织间筛选出多类差异表达基因,通过生物信息学和Hierarchical聚类,发现α-连环素、微型染色体维护蛋白7、细胞周期素B2、FBX05、着丝粒蛋白F基因与胶质母细胞瘤密切相关,该类基因在低级别胶质瘤中表达差异不明显,但胶质母细胞瘤中表达明显上调.Northern杂交显示该类基因与胶质母细胞瘤密切相关,与芯片结果一致.结论基因表达谱芯片可快速、高效地筛选胶质瘤相关基因,发现的5条基因与胶质母细胞瘤侵袭性强密切相关,可成为判断胶质瘤预后的分子生物学指标.     

AEBP1在胶质母细胞瘤中的表达及临床意义

目的 探讨脂肪细胞增强剂结合蛋白1（AEBP1）在胶质母细胞瘤（GBM）中的表达及临床意义。方法 采用生物信息学分析方法,利用ONCOMINE、GEPIA和STRING数据库评估AEBP1在GBM中的表达情况及其预后价值。结果 AEBP1在GBM组织中表达水平显著高于正常组织。生存分析表明,AEBP1表达水平与GBM总体生存率呈显著负相关。KEGG分析显示与AEBP1紧密相关的蛋白质主要参与肿瘤转录失调以及局部粘连信号通路。结论 我们应用生物信息学分析显示AEBP1可能参与GBM发生、发展,AEBP1表达水平增高可能是诊断GBM的重要指标,并有望成为预后指标。然而,AEBP1在GBM中的具体作用机制及其作为预后评估和治疗靶点的价值有待进一步研究     

全基因组表达谱芯片在新疆维汉族胶质母细胞瘤患者中的应用研究

目的：运用基因表达谱芯片,筛选有意义的新疆维、汉族患者胶质母细胞瘤的差异表达基因,从而探讨差异基因在新疆维、汉族患者胶质母细胞瘤发病机制及预后转归中的作用及临床意义。方法运用全基因组表达谱芯片检测3例维族患者胶质母细胞瘤、3例汉族患者胶质母细胞瘤的基因表达情况,并通过GenomeStudio软件,R语言lumi包进行标准化处理筛选差异表达基因（P＜0.05）;运用Web Gestalt软件,对差异基因做GO生物信息学分析（P＜0.05）。结果维、汉族患者胶质母细胞瘤全基因组表达谱的比较分析发现,筛选出显著差异表达的基因共1475个,上调669个,下调807个（其中1个基因（STRC）对应2个转录本,1个转录本表达上调1个转录本表达下调）,差异基因中通过GO分析有1175个关键基因分布在小G T P酶调节信号通路、Ras信号通路、神经元反应蛋白调节、中枢神经系统髓鞘形成等多个生物学过程的功能节点中。结论通过对维、汉族患者胶质母细胞瘤基因表达谱的研究,筛选出差异表达的相关基因,并对其功能及定位信息进一步分析,从多基因相互作用的角度探究胶质母细胞瘤发生发展分子机制及维、汉族胶质母细胞瘤的发病机制差异性。     

胶质母细胞瘤68例临床分析

目的 为加深对胶质母细胞瘤的认识，提高其诊断和治疗效果。方法 回顾性总结分析68例胶质母细胞瘤的生物学特性、临床表现、诊断方式、治疗方案及疗效。结果 57例手术全切，11例次全切除；术后常规全脑放疗，局部化疗20例，全身化疗30例。平均复发时间25．56周，平均生存时间12．93月。结论 CT和MRI图像上GBM有特征性改变。以手术为主的综合治疗仍然为目前治疗GBM的原则。     

胶质母细胞瘤的治疗进展

胶质母细胞瘤(GBM)是颅内常见的恶性肿瘤之一,有报道占颅内肿瘤的10．2％,仅次于星形细胞瘤而居第二位。胶质母细胞瘤恶性程度高,术后易复发,一般常在8个月之内,生存时间平均1年,个别可达2年。由此可见,胶质母细胞瘤是危害人类健康的重要疾病之一,如何改善其预后是很多年以来神经科医师的努力方向。     

脑胶质瘤FBLIM1的表达及临床意义

目的 探讨FBLIM1在脑胶质瘤中的表达及临床意义。方法 采用R软件分析UCSC数据库中癌症基因组图谱联合基因型组织表达数据集（TCGA、TARGET、GTEx）中的662例胶质瘤和1 157例正常脑组织的FBLIM1表达水平。利用TCGA数据库698例胶质瘤mRNA-seq及临床数据分析FBLIM1表达与胶质瘤临床特征的关系,用Cox比例回归风险模型分析胶质瘤生存预后的影响因素,采用Kaplan-Meier法分析TCGA数据库及中国脑胶质瘤基因组图谱（CGGA）数据库共计1 975例胶质瘤的FBLIM1表达与生存预后的关系。结果 胶质瘤FBLIM1表达水平较正常脑组织明显增高（P<0.05）,且肿瘤WHO分级越高,FBLIM1表达水平越高（P<0.05）;胶质瘤FBLIM1表达与IDH基因状态、1p/19q联合缺失、WHO分级及病人年龄显著相关（P<0.05）;FBLIM1过表达为胶质瘤病人生存预后不良的独立危险因素（OR=1.444;95% CI 1.032~2.020;P<0.05）;生存曲线分析显示FBLIM1高表达的胶质瘤病人中位总生存期较低表达病人明显缩短（P<0.05）。结论 胶质瘤FBLIM1呈高表达,与病人生存预后不良相关。     

STK40在脑胶质瘤中的表达及其临床意义的生信分析

目的 探讨丝氨酸/酸酸蛋白激酶40（STK40）在脑胶质瘤中的表达及其临床意义。方法 计算机检索GEPIA数据库,运用生物信息学方法分析STK40在胶质瘤组织及正常脑组织中的表达差异;同时,检索CGGA数据库中693例脑胶质瘤的基因信息及临床资料,运用Kaplan-Meier生存曲线分析STK40表达水平与脑胶质瘤生存预后的关系;采用多因素Cox比例回归风险模型分析脑胶质瘤生存预后的影响因素。结果 GEPIA数据库分析显示,胶质母细胞瘤组织STK40表达水平较正常脑组织明显增高（P<0.05）。STK40表达水平与胶质瘤病理级别呈正相关,随胶质瘤病理级别增高,STK40表达水平明显增高（P<0.0001）。多因素Cox风险比例回归模型分析结果显示,STK40高表达是脑胶质瘤生存预后不良的独立危险因素（P<0.05）。Kaplan-Meier生存曲线分析显示,STK40高表达组中位总生存期较低表达组明显缩短（P<0.0001）;而且STK40高表达明显降低胶质瘤放/化疗的效果（P<0.0001）。Pearson相关性分析显示,ERK下游产物SRF与STK40呈明显正相关（r=0.45;P<0.0001）,JNK下游产物ATF2与STK40表达水平呈明显负相关（r=-0.167;P<0.0001）。结论 胶质瘤STK40呈高表达,与病人生存预后不良有关,其作用机制可能与ERK/MAPK及JNK/MAPK信号通路有关。     

胶质母细胞瘤铜死亡相关lncRNA预后模型的构建

目的 采用生物信息学方法分析胶质母细胞瘤差异表达的铜死亡相关长链非编码RNA(lncRNA)并构建预后模型。方法 计算机检索TCGA数据库下载胶质母细胞瘤的RNA-seq数据及其临床信息,应用单因素Cox分析和LASSO回归筛选铜死亡相关lncRNA,并计算风险评分=基因系数×基因表达量,以风险评分中位数分为低风险组和高风险组;将胶质母细胞瘤样本随机分为测试组和训练组,再进行整合生物信息学分析。结果 共下载胶质母细胞瘤样本169例,对照样本5例,共表达分析发现791个铜死亡相关lncRNA,其中正相关lncRNA有753个,负相关lncRNA有38个。单因素Cox分析发现22个显著差异表达的lncRNA(P<0.05),LASSO回归分析筛选9个差异表达的lncRNA;多因素Cox回归分析显示风险评分增高是胶质母细胞瘤预后不良的独立危险因素（P<0.05）。生存曲线分析显示,无论是训练组,还是测试组,高风险组总体生存期和无进展生存期显著缩短（P<0.05）。ROC曲线分析显示模型对1、2、3年生存期具有良好的预测价值（P<0.05）,而且风险评分预测效能显著优于...     

颅内动脉瘤破裂关键基因的生信分析

目的 探讨颅内动脉瘤破裂的关键基因.方法 采用生信分析方法,GEO数据库下载数据集GSE13353、GSE15629、GSE54083,R语言筛选差异表达基因(DEG),WGCNA算法分析动脉瘤破裂关键基因,采用GO和KEGG分析关键基因的生物学功能,GSEA软件进行基因富集分析.应用GSE122897数据集进行验证....     

低级别胶质瘤SLC12A5的表达及临床意义的生信分析

目的 探讨溶质载体家族12成员5（SLC12A5）在低级别胶质瘤（LGG）中的表达及临床意义。方法 利用GEPIA数据库分析SLC12A5在LGG的表达以及SLC12A5表达与LGG病人预后的关系;通过GEMEMANIA和SDTRING数据库构建SLC12A5的相互作用网络;筛选50个与SLC12A54存在强相关关系的基因并进行功能富集分析。结果 SLC12A5在LGG组织中表达显著下调,Kaplan-Meier生存曲线显示SLC12A5低表达与LGG病人不良生存预后有关。相互作用网络结果显示SLC12A5可能与STK39存在相互作用关系。功能富集分析发现,SLC12A5及其共表达基因主要参与化学突触传递、突触小泡周期、认知、细胞连接组织、突触小泡回收以及体液水平的调节等生物学过程。结论 SLC12A5在LGG中呈低表达,与病人不良预后相关。     

Identification of key genes involved in post-traumatic stress disorder: Evidence from bioinformatics analysis

BACKGROUNDPost-traumatic stress disorder (PTSD) is a serious stress-related disorder.AIMTo identify the key genes and pathways to uncover the potential mechanisms of PTSD using bioinformatics methods.METHODSGene expression profiles were obtained from the Gene Expression Omnibus database. The differentially expressed genes (DEGs) were identified by using GEO2R. Gene functional annotation and pathway enrichment were then conducted. The gene-pathway network was constructed with Cytoscape software. Quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) analysis was applied for validation, and text mining by Coremine Medical was used to confirm the connections among genes and pathways.RESULTSWe identified 973 DEGs including 358 upregulated genes and 615 downregulated genes in PTSD. A group of centrality hub genes and significantly enriched pathways (MAPK, Ras, and ErbB signaling pathways) were identified by using gene functional assignment and enrichment analyses. Six genes (KRAS, EGFR, NFKB1, FGF12, PRKCA, and RAF1) were selected to validate using qRT-PCR. The results of text mining further confirmed the correlation among hub genes and the enriched pathways. It indicated that these altered genes displayed functional roles in PTSD via these pathways, which might serve as key signatures in the pathogenesis of PTSD.CONCLUSIONThe current study identified a panel of candidate genes and important pathways, which might help us deepen our understanding of the underlying mechanism of PTSD at the molecular level. However, further studies are warranted to discover the critical regulatory mechanism of these genes via relevant pathways in PTSD.     

Psychosocial stress-related changes in gene expression of norepinephrine biosynthetic enzymes in stellate ganglia of adult rats

In this study we investigated the changes in norepinephrine biosynthetic enzymes tyrosine hydroxylase (TH), dopamine β-hydroxylase (DBH) and phenylethanolamine N-methyltransferase (PNMT) gene expression in the stellate ganglia of naive controls and long-term socially isolated (12 weeks) adult rats and the response of these animals to additional immobilization stress. Psychosocial stress produced a significant increase of both TH mRNA and DBH mRNA levels in stellate ganglia. Additional immobilization of long-term psychosocially stressed rats expressed no effect on gene expression of these enzymes. The results presented here suggest that psychosocial stress-induced increase in gene expression of norepinephrine biosynthetic enzymes in stellate ganglia may be connected to the increased risk of cardiovascular disease.     

The level of oxidative stress and the expression of genes involved in DNA-damage signaling pathways in depressive patients with colorectal carcinoma

Objectives

This study investigated the connection among the oxidative stress, depression and expression of specific genes involved in DNA-damage signaling pathways in patients with colorectal carcinoma (CRC).

Methods

A unique Dukes'C subset of patients with newly diagnosed colorectal adenocarcinoma were assessed using the Hamilton Depression Rating Scale (HAMD), Zung Self-rating Depression Scale (SDS), Zung Self-rating Anxiety Scale (SAS), Symptom Checklist 90 (SCL-90) and other multiple-item questionnaires. Oxidative-stress-related parameters in sera and the expression of genes were monitored during a pretreatment period.

Results

Eighty-two eligibility cases were divided into 2 groups based on an HAMD score cutoff of 20: the mean score was 28.29 in Group A (depression, n=52) and 16.50 in Group B (nondepression, n=30). The serum total antioxidant capacity, catalase, and superoxide dismutase concentrations were lower in Group A, whereas those of nitric oxide and malondialdehyde were higher in Group A. Importantly, the 8-hydroxy-deoxyguanosine level was higher in Group A than in Group B (P<.05). Microarray analysis revealed that the expressions of p34, PA26, and ABL were higher in Group A, whereas those of HRAD51, CR6, and XRCC3 were higher in Group B.

Conclusion

Oxidative stress is capable of causing neuronal toxicity via lipid peroxidation, DNA damage, and abnormalities of gene expression, and therefore is a possible pathogenic mechanism underlying depression in patients with CRC.