多重耐药鲍曼不动杆菌耐药基因组测序与同源性分析

目的 分析多重耐药鲍曼不动杆菌(MDRAB)耐药基因和基因同源性,为临床合理使用抗菌药物、制定医院感染防控策略提供依据。方法 采用BD Phoenix-100全自动细菌鉴定及药敏分析仪对23株MDRAB进行鉴定及抗菌药物敏感性试验,用MALDI Biotyper全自动微生物质谱仪复核结果;利用Illumina HiSeq 4000系统进行全基因测序,使用glimmer3软件对基因组组装,使用tRNAscan-SE、RNAmmer和Rfam数据库对tRNA、rRNA和sRNA进行识别;根据菌株基因组序列,进行多位点序列分型(MLST),应用MEGA X version 10.1生物信息软件依据16S rDNA序列进行系统发育分析。结果 药敏结果显示,14种药物耐药率为100%,仅米诺环素和多黏菌素B耐药率低于50%;根据全基因测序技术分析耐药基因,共检出36种耐药基因,除ANT(3″)基因检出率为30.43%,Vibrio cholerae varG基因检出率为21.74%,AAC(6′)基因检出率为4.35%,其余均高于50%。bla_OXA-23、bla_...     

基因组测序技术及其临床应用研究进展

目前,随着全基因组测序技术的进一步发展,基因组测序技术在临床与科研中越来越发挥着重要作用。近几年来,基因组测序技术迅速发展,其在愈来愈受到学者们的关注。本文旨在对基因组及、基因组测序技术及其在临床诊断中的应用做一综述。     

全基因组测序技术预测二线注射类抗结核药物耐药性的应用评价

目的:评价全基因组测序（WGS）技术对耐多药结核病二线注射类抗结核药物耐药性检测的临床应用价值。方法:利用比例法药敏试验和WGS同时对2013至2017年深圳市慢性病防治中心结核病实验室菌株库保存的172株耐多药结核病（MDR）菌株进行卡那霉素、阿米卡星和卷曲霉素3种二线注射类抗结核药物耐药性检测。以比例法药敏试验为金...     

基于全基因组测序及平均核苷酸一致性分析鉴定 １ 株哥伦比亚分枝 杆菌

摘要：目的 通过全基因组测序技术结合平均核苷酸一致性分析鉴定 １ 株哥伦比亚分枝杆菌。 方法 １ 株分离自系统性红斑 狼疮患者皮肤溃疡处的分枝杆菌，经抗酸染色初步鉴定、常规细菌培养获得菌株，采用质谱技术进行菌种鉴定，对分离菌株进 行 ＤＮＡ 提取和全基因组测序及生物信息分析。 结果 皮肤溃疡分泌物标本直接涂片抗酸染色呈阳性；分泌物经 ７ ｄ 培养可 见细小菌落（编号 ＭＣ２３０），抗酸染色阳性；质谱鉴定未获得菌种信息；ＭＣ２３０ 基因组大小为 ５ ６７１ １３８ ｂｐ，ＧＣ 含量为 ６７．９３％； ＭＣ２３０ 与哥伦比亚分枝杆菌模式菌株 ＣＥＣＴ ３０３５ 的平均核苷酸一致性分析（ＯｒｔｈｏＡＮＩ）值为 ９８．０５％。 结论 全基因组测序技 术结合平均核苷酸一致性分析可准确实现哥伦比亚分枝杆菌鉴定。     

全基因组与外显子组测序的应用评估

随着新一代测序技术的不断成熟完善,人类基因组和外显子组测序得到了迅猛发展。测序技术的高通量性致使测序价格越来越低廉,使全基因组和外显子组测序真正用于临床诊断成为现实。作为医学预测和个体化医疗的重要工具之一,全基因组和外显子组测序应用范围广泛,该文针对其在遗传性疾病基因变异中的诊断进行讨论,同时为临床医生如何申请测序,测序报告解释,以及如何与患者沟通检测结果提供了新视角。     

全基因组外显子测序捕获黏多糖贮积症Ⅶ型的致病基因GUSB

目的鉴定黏多糖贮积症Ⅶ型患者的致病基因,为产前诊断提供新的方法。方法应用全基因外显子组技术捕获该患者致病基因,结合现代生物信息学方法,采用Sanger测序验证基因突变位点是否存在该患者家系成员和健康人基因组内。结果发现该患者基因β-葡萄糖醛酸酶(GUSB)(g.65444706GA)突变,健康人未见该突变,该碱基的突变导致苏氨酸变成丝氨酸,从而导致GUSB活性缺乏或GUSB量的不足。结论基因GUSB(g.65444706GA)突变是该患者的致病基因,全基因组外显子测序能解决传统定位克隆技术常常面临该病家系患者太少、病例散发、基因位点的异质性、外显不全及候选基因太多等难题,为该病产前诊断提供了新的途径。     

多重耐药弗劳地枸橼酸杆菌的基因组及耐药机制分析

目的 对多重耐药弗劳地枸橼酸杆菌进行全基因组分析,为研究其耐药机制提供依据。方法 采用含美罗培南的MH培养基对粪便标本进行初筛,经BD Phoenix100全自动微生物鉴定仪进行菌种鉴定及药敏试验,提取耐药菌总DNA进行二代测序和细菌多位点序列分型(MLST),经质粒全基因组序列分析检测质粒的组分和功能,并与参考质粒进行比较,通过质粒接合转移实验分析耐药质粒传递情况。结果 413份粪便标本中分离出1株多重耐药弗劳地枸橼酸杆菌,该菌株对头孢菌素类、碳青霉烯类抗菌药物、复方磺胺甲噁唑的耐药率均为100%,对氨曲南、环丙沙星、左氧氟沙星、庆大霉素等抗菌药物呈现不同程度耐药;MLST分型的耐药弗劳地枸橼酸杆菌为ST22型,该菌株共含有5 412个基因,含耐药基因367个,包括碳青霉烯酶类耐药基因、AmpC酶基因、大环内酯类耐药基因、氨基糖苷类耐药基、喹诺酮类耐药基因等。质粒的全基因组分析结果显示,该质粒含碳青霉烯类耐药基因blaNDM-1、blaSHV12,该质粒与泄殖腔肠杆菌菌株ECN49质粒和肺炎克雷伯菌菌株质粒pA575-NDM有极高的同源性;质粒接合实验显示,blaNDM-1和blaS...     

全基因组测序技术在抗脓毒症感染中的精准应用及集束化护理干预

[目的]探讨全基因组测序技术在抗脓毒症感染中的精准应用,观察集束化护理干预效果。[方法]选择2017年1月—2018年6月医院重症监护室(ICU)收治的90例脓毒症病人作为研究对象,并将其随机分为干预组和对照组,每组各45例。对照组采用常规护理,干预组给予全基因测序技术及集束化护理。比较两组病人白细胞计数(WBC)、降钙素原(PCT)、C-反应蛋白(CRP)等炎性反应指标及动脉血乳酸(LAC)等组织灌注指标。比较两组病人序贯器官衰竭(sequential organ failure assessment,SOFA)评分及急性生理学与慢性健康状况评分系统Ⅱ(APACHEⅡ)评分。比较两组病人ICU住院时间。[结果]入住ICU第1天,两组病人WBC、PCT、CRP及LAC等指标比较差异无统计学意义(P0.05)。入住ICU第3天及第7天,干预组病人WBC、PCT、CRP及LAC等各项指标比对照组均明显好转(P0.05)。入住ICU第1天,两组病人APACHEⅡ评分、SOFA评分比较差异无统计学意义(P0.05)。入住ICU第3天,干预组病人APACHEⅡ评分、SOFA评分与对照组比较均明显降低(P0.05)。干预组病人ICU住院时间比对照组明显缩短(P0.05)。[结论]全基因组测序技术能够精准诊断脓毒症,为科学制定治疗护理方案提供参考。集束化护理为脓毒症病人提供了优化的护理服务,有效地控制感染,加速病人康复。     

使用BacT／Alert240全自动血培养仪与革兰阴性杆菌假阴性的分析

目的：分析全自动血培养仪BacT/Alert240临床应用中存在的假阴性原因，找出解决的办法，提高全自动血培养阳性率。方法：BacT/Alert240全自动血培养仪对不同浓度及不同孵育时间的革兰阴性杆菌进行检测。结果：BacT/Alert240全自动血培养仪对于非发酵菌的检测存在假阴性，35℃预孵时间和血培养中的细菌浓度对于非发酵菌的检测也有影响。结论：BacT/Alert240全自动血培养仪虽大大提高了血培养的阳性率，但对于非发酵菌的检测并不理想。我们认为实验室前质控是一个重要因素，BacT/Alert240全自动血培养仪对于非发酵菌的检测有待改进。     

应用全基因组测序与生物信息学技术分析重症监护病房感染性疾病病原菌分布及耐药性

目的 分析重症监护病房(ICU)感染性疾病病原菌分布及耐药性。方法 选择2019年6月—2021年1月某院ICU收治的出现感染性疾病的89例患者作为研究对象,采用全基因组测序与生物信息学方法对病原菌进行鉴定和耐药性分析。结果 ICU感染性疾病中革兰阴性菌占比最高,为64.05%。肺炎链球菌对青霉素和克林霉素的耐药率均为100%;鲍曼不动杆菌对依替米星和头孢西丁耐药率均为92.31%。感染性病原菌的攻击性毒力基因中Adherence占比最高,防御性毒力基因中Antiphagocytosis占比较高;耐药基因中β-内酰胺酶和Aminoglycosides占比较高。结论 基于全基因组测序与生物信息学分析可有效评估ICU感染性疾病病原菌分布及耐药性。     

6505份血培养病原菌分布及耐药分析

目的 了解长征医院2009年8月～2011年8月血培养病原菌构成比、分布及耐药特点,为临床抗感染治疗提供依据.方法 血培养采用VersaTrek和BACKET9120全自动血培养仪,鉴定用VITEK2-compact细菌鉴定仪进行病原菌的培养分离与鉴定;药敏采用K-B法;WHONET5.3软件进行统计分析.结果6 505份血培养标本中,469份血培养阳性,分离菌以革兰阴性杆菌为主,共256株,占54.58％;革兰阳性球菌104株,占22.17％;真菌37株,占7.89％.检出细菌前三位:大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和鲍曼不动杆菌.亚胺培南与美洛培南对大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌作用效果较好,万古霉素、利奈唑胺对阳性菌100％敏感,其余抗菌药物均有不同程度的耐药.结论 血培养分离的病原菌以革兰阴性菌为主,种类复杂,耐药率高,提示临床医生应合理应用抗菌药物,防止抗生素滥用及新耐药株的产生.     

近5年血培养中细菌分布及耐药性分析

目的监测和分析本院近5年来感染患者血培养中的病原菌分布和耐药特点,为临床抗感染治疗提供依据。方法血标本采用BACTEC9120全自动血培养仪培养,采用VITEK系统鉴定细菌,Kirby-Bauer琼脂扩散法进行体外药敏试验,应用WHONET5.3软件分析血培养标本所分离病原菌的分布和药敏结果。结果从2004年10月～2009年9月,血培养共检出985株病原菌,其中革兰阳性球菌487株,占49.4%;革兰阴性杆菌453株,占46.0%;真菌45株,占4.6%,检出的前几位细菌分别为凝固酶阴性葡萄球菌、大肠埃希菌、肠球菌属、克雷伯菌属、金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌。中心重症监护室（ICU）、急诊科病房、血液科病房分离菌所占比例分别为23.1%、13.8%、12.7%。大肠埃希菌中ESBLs的检出率为36.9%,克雷伯菌属中ESBLs的检出率为32.8%,葡萄球菌中MRSA的检出率为21.2%,MRCNS的检出率为76.3%。亚胺培南与美罗培南对大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌作用效果较好,葡萄球菌属对万古霉素100.0%敏感,其余抗菌药物均有不同程度的耐药。结论血培养分离的病原菌以革兰阳性菌为主,且菌种多样化,具有较高的耐药率,提示临床医生应做血培养,以合理应用抗菌药物,防止抗生素滥用及新耐药菌株的产生。     

住院患者鲍氏不动杆菌的分布与耐药性分析

目的研究住院患者鲍氏不动杆菌的临床分布特点,分析其耐药状况,为临床用药提供依据。方法对2007～2009年医院住院患者各类标本中分离的鲍氏不动杆菌作药敏试验,按美国临床实验室标准化研究所（CLSI）2005年标准判断结果。结果共分离到鲍氏不动杆菌162株,主要分离自痰液、血液、尿液及伤口分泌物等标本,以ICU、神经外科、呼吸科和肿瘤化疗的住院患者为主。鲍氏不动杆菌对亚胺培南、多黏菌素E最敏感。结论住院患者的鲍氏不动杆菌感染逐年增长;亚胺培南、多黏菌素E是治疗鲍氏不动杆菌感染最有效的抗生素。     

儿童血培养病原菌的分布及耐药性研究

血培养标本用Bact/Alert 120自动血细胞分析系统和Vitek60鉴定仪进行血培养及鉴定,药敏用K-B法,用Whonet5.3软件进行分析。结果共检出386株病原菌,其中革兰阳性菌268株,占69.4%;革兰阴性菌112株,占29.0%;真菌6株,占1.6%;最常见的分离菌分别为凝固酶阴性葡萄球菌(50.0%)、大肠埃希菌(13.5%)、金黄色葡萄球菌(9.3%)、克雷伯菌属(7.8%)以及肠球菌属(6.7%)。革兰阳性菌敏感性最好的药物为万古霉素,革兰阴性菌敏感性最好的药物为亚胺培南。