结合网络药理学和分子对接探讨小儿消积止咳口服液治疗支原体肺炎的物质基础和潜在机制

目的 用网络药理学和分子对接的分析方法 ,探讨小儿消积止咳口服液治疗小儿支原体肺炎的功效网络与作用机制。方法 通过化学成分分析文献,获取小儿消积止咳口服液的主要有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分的潜在靶点。支原体肺炎相关靶点来自GeneCards和Disgenet数据库。筛选出疾病和成分的交集靶点,通过STRING和Cytoscape软件分析了共享靶点之间的蛋白质相互作用关系。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）功能富集分析。通过分子对接技术,评估活性成分与核心靶点的结合活性。结果 共筛选得到小儿消积止咳口服液活性成分101个和813个成分的靶点,与306个支原体肺炎相关的靶点取交集,得到67个靶点。GO富集分析显示,相关靶点参与细胞凋亡、炎症、外来刺激等生物学过程发挥作用。KEGG富集分析显示,小儿消积止咳口服液治疗支原体肺炎的机制可能与肿瘤坏死因子（TNF）、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、乙型肝炎、细胞凋亡等信号通路有关。通过蛋白质相互作用（PPI）网络筛选出8个核心靶点,其...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、台湾中医药数据库收集天麻眩晕宁颗粒的活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、TTD和DrugBank数据库检索梅尼埃病疾病靶点。利用Cytoscape 3.9.0构建“药物-成分-预测靶点”网络、“药物-成分-潜在靶点”网络、梅尼埃病的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、“药物-成分-靶点-通路”网络。利用R软件RStudio对潜在靶点进行基因本体功能富集分析（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。应用Autodock对筛选出的有效成分和关键靶点进行分子对接。结果:筛选得到天麻眩晕宁颗粒的活性成分191种,以及梅尼埃病潜在靶点117个。GO分析过程涉及2 263条生物过程、108条细胞组分和196条分子功能。KEGG富集分析得到人类巨细胞病毒感染、钙离子信号通路、C型凝集素受体信号通路和甲状腺激素信号通路等158条通路。分子对接结果显示关键成分与相关靶点之间结合能较低,亲和力较好。结论:本研究验证和预测了天麻眩晕宁颗粒中的活性成分谷甾醇、泽泻醇C和去氢钩藤碱等能作用于多个靶点,调控多条通路实现对梅尼埃病的治疗,为其作用机制的研究与临床应用提供思路。     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝茯苓丸治疗子宫肌瘤的分子作用机制

目的 通过网络药理学分析和分子对接技术来探讨桂枝茯苓丸治疗子宫肌瘤的分子靶点和机制。方法 通过TCMSP平台筛选桂枝茯苓丸的有效成分及相关靶点,从GEO数据库中获得子宫肌瘤疾病差异基因,并通过Perl软件获取差异基因;交叉基因经过构建蛋白质相互作用（PPI）网络,并进行基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;将筛选出的关键活性成分和靶基因利用AutoDock软件进行分子对接,选择最佳结合靶标进行分子对接。结果 共筛选出92个活性化合物,其中活性成分槲皮素、山柰酚、黄芩苷、豆甾醇、β谷甾醇被确定为关联靶标最高的活性成分,获得交叉基因41个,其中PTGS2、PGR、NR3C2、GRIA2等为关联活性成分数量最多的靶标基因。通过拓扑分析,发现30个强关联蛋白,有11个靶点为中药的核心预测靶点。细胞组分（CC）共富集17个条目,分子功能（MF）共富集32个条目,生物过程（BP）共富集501个条目;KEGG通路富集共富集52个条信号通路,主要为基因在流体剪切应力与动脉粥样硬化、化学致癌–受体激活、脂质与动脉粥样硬化等通路。分子对接结果表明,桂枝茯苓丸的关键成分具有与目的基...     

基于网络药理学和分子对接法探索复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在分子机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探寻复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法 应用TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库及文献收集复方一枝蒿颗粒活性成分及潜在靶点。通过TTD、GeneCards和OMMI数据库检索新型冠状病毒肺炎相关的靶点。将复方一枝蒿颗粒药物靶点和新型冠状病毒肺炎相关基因取交集，使用String数据库构建靶蛋白相互作用（PPI）网络。通过Cytoscape构建“药物–活性成分–靶点基因–疾病”网络。对交集靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。利用Autodock_vina软件对活性成分和靶点进行分子对接。结果 共筛选92个活性成分，1 627个靶点，新型冠状病毒肺炎疾病靶点464个，两者取交集筛选出87个潜在靶点。GO功能富集得到2 040个条目（P＜0.05），与病毒过程、参与共生相互作用的生物过程、活性氧代谢过程的调节、与宿主相互作用的生物过程、病毒生命周期、炎症反应的调节等生物学过程有关。KEGG通路分析共得到150条通路，与新冠肺炎密切相关的有人巨细胞病毒感染、结核、COVID-19、IL-17信号通路等。分子对接结果证实，筛选的靶点受体蛋白与活性成分可以较好地结合。结论 复方一枝蒿颗粒可通过多组分、多靶点和多途径的方式对新型冠状病毒肺炎产生治疗作用。     

复方黄连汤治疗食管癌的作用机制分析

目的 应用网络药理学和分子对接技术探讨复方黄连汤治疗食管癌的主要活性成分及分子作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库分析平台及GeneCards、OMIM等数据库,通过生物信息学分析方法获取复方黄连汤治疗食管癌的有效活性成分及对应潜在靶标,进行基因本体论（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析及分子对接分析。结果 筛选出药物化学成分30个,对应靶点183个,食管癌相关靶点5 625个,最终得出药物与疾病共同靶标154个。筛选出核心基因11个,分别为JUN、RELA、TP53、TNF、MAPK1、FOS、MYC、CDKN1A、CCND1、IL6、RB1。GO富集分析集中在对脂多糖、细菌起源分子、金属离子的反应等。KEGG通路富集分析主要涉及脂质和动脉粥样硬化信号通路等。槲皮素、山柰酚与食管癌的核心基因具有较好的结合性。结论 复方黄连汤中有效成分山柰酚、槲皮素可能通过MAPK等信号通路发挥抑制食管癌的作用。复方黄连汤治疗食管癌具有多成分、多靶点、多通路特点,为其临床应用提供了基础。     

基于网络药理学的升麻治疗乳腺癌作用机制研究

目的 通过构建升麻Cimicifugae Rhizoma化学成分-靶点-代谢信号通路网络，探讨其治疗乳腺癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和PharmMapper获取升麻化学成分与作用靶点，将其与乳腺癌疾病靶点取交集得到升麻治疗乳腺癌的作用靶点，进一步利用靶点-成分反向筛选得到治疗乳腺癌的升麻潜在活性成分；通过GeneMANIA数据库获取间接靶标和“蛋白-靶点”互作网络，并通过蛋白-蛋白相互作用筛选关键靶标；采用Cytoscape构建“成分-靶点”网络图，使用分子对接将潜在活性成分和关键靶标配对，以证实前期靶标筛选和反向药效团匹配的可靠性；通过DAVID网站对作用靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，利用R语言和在线绘图网站（omishare tools）将结果可视化。结果 获得升麻潜在活性成分共68个，与乳腺癌相关疾病靶点48个，关键靶点为ESR1、SRC和HRAS。GO功能富集分析得到生物过程（BP）条目484条，细胞组成（CC）条目7条，分子功能（MF）条目75条。KEGG通路富集筛选获得到21条信号通路。分子对接结果显示关键靶标与升麻潜在活性成分匹配性较好。结论 升麻主要通过作用于ESR1、SRC、HRAS等靶点，调节癌症通路、蛋白多糖通路和雌激素信号通路等起到治疗乳腺癌的作用。     

基于网络药理学和分子对接法探讨安神补心六味丸治疗冠心病的作用机制

摘要：目的:采用网络药理学和分子对接法探讨蒙药安神补心六味丸治疗冠心病（CHD）的分子作用机制。方法:通过文献挖掘、多个数据库检索收集整理并筛选安神补心六味丸的活性成分以及治疗CHD的相关靶点,运用Cytoscape 3.6.0构建"中药-活性成分-靶基因"网络,使用String数据库并结合Cytoscape 3.6.0筛选出关键靶点;通过DAVID数据库对潜在靶点进行功能及信号通路富集分析,利用Auto Dock Vina对成分和靶基因网络分析结果进行分子对接验证。结果:从安神补心六味丸中筛选得到52个活性成分,涉及CHD作用靶点141个,网络拓扑分析筛选出24个关键靶点,基因本体（GO）功能富集分析得到GO条目263个,京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析筛选得到29条信号通路,主要涉及亚油酸代谢、花生四烯酸代谢和Ras信号通路等。通过分子对接得到结合能≤-5 kcal·mol-1的活性成分20个,与排名前6的关键靶点均有较好的亲和力。结论:安神补心六味丸中的活性成分鞣花酸、异鼠李素及柚皮苷等能作用于多个靶点和调控多条通路,对CHD可能具有治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探究柴胡清肝汤治疗肉芽肿性乳腺炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨柴胡清肝汤治疗肉芽肿性乳腺炎的作用机制。方法 利用TCMSP数据库和Uniprot数据库筛选柴胡清肝汤的有效活性成分和作用靶点信息,利用GeneCards数据库获取肉芽肿性乳腺炎的相关靶点,并利用Cytoscape 3.9.1软件构建药物-成分-共同靶点关系网络。通过Venny 2.1.0构建韦恩图获取药物和疾病的共同靶点,利用STRING数据库获取核心蛋白的相互作用网络,运用DAVID数据库对关键靶点进行GO富集和KEGG通路富集分析,运用AutoDock及Pymol对关键靶点与相应活性成分进行分子对接验证,分析柴胡清肝汤治疗肉芽肿性乳腺炎的潜在作用机制。结果 共获得柴胡清肝汤有效活性成分199个,药物-疾病作用靶点23个,其中槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇、黄芩素等关键有效活性成分与IL-6、TNF、ALB、IL-1β、CXCL8、STAT3、CCL2、IL-4等靶点相互作用,调控IL-17、Toll样受体、细胞因子受体相互作用、NF-κB、TNF等信号通路,分子对接结果显示筛选的主要活性成分与其对应靶蛋白具有较好的结合活性。结论 柴胡清肝...     

基于网络药理学和分子对接探讨鼻炎数据挖掘核心方苍耳子散作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散（CRZS）治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨如意金黄散抗炎作用的分子机制

目的：通过数据挖掘,运用网络药理学方法探讨如意金黄散抗炎作用的分子机制。方法：利用GeneCards数据库获取炎症相关靶点,运用BATMAN-TCM数据库获取如意金黄散中药物的活性成分及其相对应的靶点;将疾病靶点和药物靶点取交集后,构建药物-成分-靶点调控网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用R软件进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用AutoDock Vina软件进行分子对接,验证结果的可靠性。结果：经过筛选共得到217个药物活性成分,159个炎症-如意金黄散交集基因,通过GO功能和KEGG通路富集分析得到2 051个GO条目和149条信号通路。如意金黄散可能是通过香芹酮、黄体酮和姜黄酮等多种酮类活性成分参与动脉粥样硬化信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、雌激素信号通路和肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等多个途径作用于胰岛素、蛋白激酶B1、白蛋白、丝裂原激活的蛋白激酶1和TNF等多个关键靶点,从而发挥抗炎作用。分子对接结果显示,研究结果具有一定的可靠性。结论：本研究初步揭示了如意金黄散发挥抗炎作用的分子机制,为后...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗卵巢癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。     

基于网络药理学-分子对接的生地黄活血化瘀作用机制研究

目的：采用网络药理学和分子对接初步揭示生地黄活血化瘀作用机制。方法：基于文献检索构建生地黄化学成分数据库,采用PharmMapper预测可能的作用靶标;从MeSH、OMIM和Genecards数据库收集血栓靶标,采用Cytoscape构建生地黄活血化瘀的“成分-靶点-疾病”网络;采用Network Analyzer进行网络拓扑分析,筛选生地黄主要活性成分及作用靶标;采用DAVID数据库对生地黄活血化瘀作用靶点进行基因本体（GO）分析和KEGG通路富集分析,以探索生地黄活血化瘀的作用机制;最后通过分子对接验证活性化合物与关键靶点之间的相互作用。结果：共收集生地黄化学成分136个,网络筛选出活性成分11个,其中9个为环烯醚萜苷类成分。生地黄靶点共184个,筛选出活血化瘀关键靶点28个。生地黄发挥活血化瘀功效主要涉及信号转导、蛋白质磷酸化等生物过程,主要通过调节PI3K-Akt信号通路、甲状腺激素信号通路等。梓醇可能通过PI3K及Akt活性下调实现活血化瘀作用。结论：生地黄发挥活血化瘀作用具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于网络药理学和分子对接探究山茱萸-虎杖抗三阴性乳腺癌的作用机制

目的 利用网络药理学方法结合分子对接探究山茱萸-虎杖药对治疗三阴性乳腺癌的作用机制。方法采用TCMSP数据库获取药物的化学成分及其相关靶点;选择Gene Cards和OMIM数据库收集疾病的相关靶点,筛选出二者的共同靶点后可绘制蛋白质互作（PPI）网络;对关键靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因组与基因组百科全书通路（KEGG）通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果 筛选得到药物有效成分共20个;疾病相关靶点1512个,与药物共同靶点47个。通过PPI网络得出ESR1、EGFR和PTGS2为关键靶点。GO通路和KEGG富集分析显示,山茱萸-虎杖药对通过参与多种生物学过程抗三阴性乳腺癌;通过PI3K-Akt等信号通路调控病理进程。分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。结论 山茱萸-虎杖可以通过多成分、多靶点、多途径发挥抗三阴性乳腺癌的作用,从而为其临床应用及相关机制的研究提供理论依据。     

基于网络药理学探究筋痛灵膏外用治疗肩关节周围炎的作用机制

目的　通过网络药理学对筋痛灵膏外用治疗肩关节周围炎的主要活性成分及其潜在的作用机制进行研究。方法　筋痛灵膏的主要活性成分和靶标于中药系统药理学分析平台（TCMSP）获取,肩关节周围炎的靶标通过五大疾病数据库查找获得。药物-疾病交互靶点在Venny平台上获取,并建立蛋白质相互作用网络来筛选出核心靶点。交集靶点在Metascape平台上进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组大百科全书数据库（KEGG）的富集分析。最后对药物主要成分和核心靶点进行分子对接。结果　共筛选出53个活性成分,121个重要靶点;其中,核心活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、谷甾醇、黄芩素,关键靶点为JUN、ESR1、TP53。GO功能富集分析得出筋痛灵膏作用的生物途径包括对异生素刺激的反应、细菌来源分子的反应、伤口愈合以及氧气水平的反应等。KEGG通路富集分析表明筋痛灵膏治疗肩关节周围炎主要富集在白细胞介素17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。结论　筋痛灵膏通过核心成分调控JUN、ESR1、TP53关键靶点,作用于多种生物途径来参与调节免疫反应、减少炎性反应,以达到治疗肩关节周围炎的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗视网膜静脉阻塞的分子机制

目的：探讨三七治疗视网膜静脉阻塞（RVO）的分子作用机制。方法：采用TCMSP数据库及文献补充获得三七的有效成分,并在Swiss Target Prediction收集其作用靶点;使用GeneCards等5个数据库检索RVO疾病靶点,并将三七成分靶点与RVO疾病靶点进行映射;利用STRING、Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白-蛋白相互作用网络图,筛选出核心靶基因,对其进行GO和KEGG富集分析。最后,利用Sybyl-x 2.0软件进行分子对接验证。结果：筛选出三七有效成分10种,涉及354种蛋白。RVO的疾病靶点有181个,其中9个是三七治疗RVO的潜在靶点。“药物-活性成分-疾病-靶蛋白”相互作用网络中,核心作用靶点包括VEGFA、EGFR等;通过GO及KEGG富集分析,筛选出参与RVO主要生物学过程28种,相关信号通路18条。三七治疗RVO潜在的分子机制与纤溶等生物学过程密切相关。关键信号通路包括HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果提示,三七主要活性成分DFV、Panaxydol等与VEGFA、EGFR等关键靶点有着较好的结合活性。结论：三七的多成...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨清肺解毒汤治疗肺纤维化的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术挖掘清肺解毒汤（QFJDT）治疗肺纤维化（PF）的作用机制。方法：通过TCMSP 数据库,获取QFJDT的配方活性成分,利用Swiss Target Prediction数据平台对靶标进行预测。使用 GeneCards数据库收集PF相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。进而使用Cytoscape3.6.1绘制“药物-成分-基因-疾病”网络图、构建蛋白互作网络（PPI）,并筛选出核心靶标。最后对潜在作用靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,建立成分-靶点-通路网络,并对关键靶点进行核心化合物分子对接。结果：从TCMSP 中获取QFJDT有效活性成分280个,靶点4571个;从GeneCards数据库获取PF相关基因5149个;通过构建“药物-成分-基因-疾病”网络获得QFJDT治疗PF的关键靶点224个;通过GO富集分析发现QFJDT治疗PF与3340个生物过程有关,包括抗氧化反应、对活性氧的反应等。KEGG 富集涉及164条信号通路,表明QFJDT主要通过糖尿病并发症中的AGEs-RAGE信号通路等发挥治疗PF的作用,最后以花生四烯酸5-脂氧合酶靶蛋白与QFJDT中15 个主要活性成分进行分子对接,发现橘皮素、香豆酚C、山奈酚等多个成分均表现出较好的亲和力,表明其与PF已知靶标有直接作用关系。结论：QFJDT包含多个与PF有抑制作用的药效成分,可通过多成分多靶标协同起效的作用机制发挥药效,本文可进一步为研究QFJDT治疗PF的药效物质基础及作用靶点提供参考。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨丹灯通脑软胶囊治疗中风的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨丹灯通脑软胶囊治疗中风的活性成分和作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台、中国台湾中医药资料库、BATMAN-TCM数据库以及文献,筛选丹灯通脑软胶囊相关成分,在成分靶点预测数据库中预测其作用靶点,结合药物与疾病数据库、人类孟德尔遗传综合数据库、治疗靶点数据库和DisGeNET数据库中得到的中风靶点构建网络,通过STRING数据库对共同靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,筛选关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用Autodock Tools 1.5.7软件进行分子对接,预测核心成分和关键靶点间的结合活性。结果：共检索到丹灯通脑软胶囊相关成分161个,对应靶点856个,中风相关靶点234个,取交集得到86个共有靶点,构建PPI网络并进行拓扑学分析得到30个关键靶点,其富集分析得到2 712个GO功能进程和122条KEGG通路。分子对接结果显示,核心成分槲皮素、木犀草素可以与核心靶点前列腺素内过氧化物合酶2、蛋白激酶B、基质金属蛋白酶(MMP)9、半胱天冬酶-3和MMP...     

基于网络药理学和反向分子对接的西红花抗肿瘤作用机制研究

目的 运用网络药理学和反向分子对接技术探讨西红花抗肿瘤的作用机制。方法 通过检索文献和从中药系统药理学数据库（TCMSP）获取西红花的主要化学成分,利用PharmMapper服务器预测西红花活性成分的潜在靶点,通过UniProt数据库将西红花潜在靶点转换为对应的靶标基因,与GeneCards、OMIM和TTD数据库获得的肿瘤相关靶点进行映射分析,得到西红花抗肿瘤的潜在作用靶点。采用Cytoscape软件构建西红花“活性成分-靶点-疾病”相互作用网络,通过String数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,并利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用AutoDock、Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出西红花中槲皮素、山柰酚、异鼠李素、苦番红花素和西红花苷Ⅰ等9个活性成分,可能作用于AKT1、CCND1、MMP9、EGFR、TP53等37个关键靶点,涉及P53信号通路及TNF信号通路等。分子对接显示可通过氢键、疏水作用等产生稳定结合。结论 初步探讨了西红花抗肿瘤的主要活性成分、关键靶点及通路,提示可通过诱导细胞凋亡等方式发挥抗肿瘤作用,为后...     

基于网络药理学探讨白头翁抗结直肠癌的作用机制

目的通过网络药理学筛选白头翁中有效成分,探讨白头翁抗结直肠癌的物质基础及作用靶点和信号通路。方法利用中药分子机制生物信息学分析工具数据库BATMAN-TCM筛选白头翁活性化合物及其靶点;通过PharmDB-K和Dis Ge NET数据库获取直肠癌基因后与白头翁中有效化合物基因靶点交集,获得疾病-药物靶基因;使用蛋白质相互作用网络数据库String将疾病-药物-蛋白靶基因进行蛋白互作分析,运用R语言筛选出核心基因;运用R包及Cytoscape3.2.1的Clue GO插件进行GO分析和KEGG通路富集分析。最后分别采用SYBYL-X2.0与Discovery Studio4.5软件进行分子对接,将药物活性成分与靶基因进行结合活性的双重验证。结果在白头翁成分中,共有11个活性化合物,对应508个靶标基因,与结直肠癌靶标基因进行交集后共有67个基因;在此基础上筛选出21个核心基因,其主要通过在p53信号转导通路,结直肠癌通路,癌症中的中心碳代谢通路等11条核心通路发挥抗癌作用。分子对接验证结果表明,白头翁活性成分中,皂苷类、生物碱成分与结直肠癌靶标基因均有较好结合作用,其中包括:葳岩仙皂苷A与HSP90、KIT、SIRT1能结合,蝙蝠葛碱与NR3C1、ESR1、KIT结合。结论白头翁通过多成分、多靶点、多通路治疗结直肠癌,为白头翁抗肿瘤治疗的作用机制及后续实验验证提供了依据及基础。