石蜡包埋皮肤组织DNA提取方法的改进

医学研究中,有时新鲜材料取材困难,故常选择石蜡包埋组织用于回顾性研究。从石蜡包埋组织中提取基因组DNA有一定难度,尤其像皮肤这样纤维成分含量较高的组织DNA提取更加困难。传统的酚氯仿抽提DNA,其弊端是过程长、标本损失量相对     

改良石蜡包埋组织DNA抽提的方法

DNA抽提是分子生物学研究的基础工作,但从石蜡包埋组织中提取基因组DNA有一定的难度,传统的二甲苯脱蜡及苯酚氯仿抽提DNA,其弊端是过程长得到的DNA量较少.     

简易提取石蜡包埋组织DNA

DNA的提取是 PCR成功与否的关键 ,而 DNA提取最好是用新鲜标本 ,但对回顾性研究只能从石蜡包埋组织中提取。传统的石蜡包埋组织 DNA提取是用二甲苯脱蜡 ,酚 -氯仿反复多次的抽提 ,这样使得 DNA不断破坏 ,大量丢失 ,操作非常繁琐 ,费时费试剂 ,不适宜处理大量标本 ,且试剂对人体有毒害作用 ,而得到的 PCR反应的结果阳性率低 ,污染严重。为此 ,本室将传统的石蜡包埋组织 DNA提取法进行改良 ,介绍如下。1　材料与方法1.1　材料　本室 1996～ 2 0 0 0年存档的手术切除的甲状腺癌标本 41例。水浴恒温振摇器 (SHA- C型 ,深圳天南海北实…     

石蜡包埋组织中DNA甲基化特异性PCR技术

目的 以石蜡包埋组织提取的DNA为模板进行DNA甲基化特异性PCR(MSP)检测,研究其可行性.方法 35例石蜡包埋肺癌组织DNA样品制备和亚硫酸氢盐修饰后进行MSP扩增检测.结果 石蜡包埋组织MSP检出率与文献采用新鲜组织标本报道一致.结论 MSP通过选择合适的实验条件,可适用于石蜡包埋组织DNA甲基化分析.     

石蜡组织存放时间对提取DNA质量的影响

目的探讨储存时间对石蜡包埋组织提取DNA质量的影响。方法采用试剂盒方法,分别提取10例保存1~3a的石蜡组织样品DNA,NanoDrop-2000分光光度仪检测DNA浓度和OD260/OD280比值,质量分数2%琼脂糖进行电泳检测,采用单因素方差分析比较DNA质量。结果琼脂糖凝胶电泳显示:石蜡包埋组织提取DNA降解明显。储存1~3a的石蜡包埋组织提取DNA的浓度有明显差异(P=0.04),储存时间越长,DNA浓度越低,但提取DNA的纯度无明显差异(P>0.05)。结论石蜡包埋组织储存时间越长,提取DNA浓度越低,但纯度无明显差异。     

膀胱癌新鲜组织及石腊包埋组织DNA含量的比较研究

取膀胱癌的新鲜组织及石蜡包埋组织各27例，分别测定其DNA含量。在27例膀胱癌新鲜组织中，只有一个Gc／G；期峰，肿瘤细胞为单个克隆细胞起源，27例膀胱癌石蜡包埋组织中，8例有两个及两个以上Gc／G，期峰，DNA指数为复数，肿瘤细胞为两个及两个以上克隆细胞起源。因此说明同一组织中不同细胞间存在着异质性，石蜡包埋组织测定DNA含量较新鲜组织更能反应肿瘤本质。     

从石蜡包埋和甲醛浸泡组织中提取DNA进行PCR扩增

对石蜡色埋组织用二甲苯或水浴法脱石蜡,乙醇进行梯度水化,溶液A裂解细胞,对经抽提、纯化后的DNA进行PCR扩增,获得了较满意的效果。同时对石蜡包埋组织与甲醛浸泡组织中的DNA受损程度进行了比较,此工作为能使肿瘤等症病将在基因水平上进行回顾性分析提供了一个良好开端.     

石蜡包埋组织的p16基因甲基化特异性PCR技术

目的：以石蜡包埋组织为材料进行DNA甲基化特异性PCR(MSP)检测，研究其可行性。方法：40例食管组织以中性福尔马林固定、包埋、脱蜡、DNA样品制备和亚硫酸盐修饰后进行PCR测定。2例MSP阳性的冰冻甲状腺组织以70％酒精、丙酮和中性福尔马林分别固定及石蜡包埋后，非甲基化引物PCR扩增，比较不同固定剂的MSP效果。结果l石蜡包埋食管组织MSP检出率与文献报道的冰冻组织MSP检出率相同，三种常用方法固定的甲状腺组织均能获得理想的MSP效果。结论：MSP通过选择合适的实验条件，可应用于石蜡包埋组织。     

从福尔马林固定、石蜡包埋组织中提取DNA的研究

从福尔马林固定、石蜡包埋组织中提取DNA可望解决分子生物学研究中难以得到大量标本的难题。本文对几种不成熟的从石蜡包埋组织中提取DNA的方法进行了比较,建立了一种简单、有效的方法;并对石蜡包埋组织中的DNA进行了ras基因点突变的分析。     

一种从石蜡包埋组织中获取高质量基因组DNA的改良方法

目的:比较现有的DNA制备方法,建立一种从甲醛固定石蜡包埋组织(formalin-fixed paraffin-embedded tissues,FFPET)提取高质量基因组DNA的方法。方法:将传统基因组DNA提取方法与市场供应的DNA亲和层析柱结合在一起,以水浴脱腊法替代二甲苯脱腊法,设计一种改良的基因组DNA快速提取方法,从石蜡包埋宫颈癌组织标本提取基因组DNA,并用琼脂糖凝胶电泳法和聚合酶链式反应法进行鉴定。结果:改良的基因组DNA提取法整合了水浴脱蜡与DNA亲和层析柱的优点,从石蜡包埋宫颈癌组织中获得了高质量的基因组DNA,特别是能以很高的效率回收大于20 kb的基因组DNA大片段。结论:改良的基因组DNA提取方法简单快捷,是一种从石蜡包埋组织中回收高质量基因组DNA的有效途径。     

石蜡包埋组织的p16基因甲基化特异性PCR技术

目的以石蜡包埋组织为材料进行DNA甲基化特异性PCR(MSP)检测,研究其可行性.方法40例食管组织以中性福尔马林固定、包埋、脱蜡、DNA样品制备和亚硫酸盐修饰后进行PCR测定.2例MSP阳性的冰冻甲状腺组织以70%酒精、丙酮和中性福尔马林分别固定及石蜡包埋后,非甲基化引物PCR扩增,比较不同固定剂的MSP效果.结果石蜡包埋食管组织MSP检出率与文献报道的冰冻组织MSP检出率相同,三种常用方法固定的甲状腺组织均能获得理想的MSP效果.结论MSP通过选择合适的实验条件,可应用于石蜡包埋组织.     

丝状真菌DNA抽提方法的比较

目的寻找一种针对产孢少的丝状真菌简单、有效的DNA抽提方法。方法以红色毛癣菌和须癣毛癣菌为代表菌株,分别用改良后的氯化苄法及小量酵母DNA试剂盒(裂解酶 蛋白酶K)法抽提基因组DNA,并对所抽提DNA的质量及稳定性进行比较研究。结果氯化苄法抽提的皮肤癣菌DNA片段均>21 kb,每克菌丝体的DNA产量均>25μg。小量酵母基因组DNA试剂盒法抽提DNA,初步估测1．0×109／mL孢子菌丝混悬液的DNA得率仅约为0．6μg。采用氯化苄法抽提保存3年的皮肤癣菌基因组DNA仍能很好地适用于聚合酶链反应(PCR)扩增。结论采用氯化苄法抽提丝状真菌的DNA得率和纯度均较高,而且稳定性好,推荐用于产孢少、生长缓慢的丝状真菌DNA的抽提研究。     

通过石蜡包埋组织标本构建肝细胞癌基因组文库的研究

目的探讨通过石蜡包埋组织标本构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)肿瘤组织基因组DNA文库的方法。方法收集符合要求的石蜡包埋HCC肿瘤组织标本,运用组织裂解改良法提取基因组DNA,构建HCC肿瘤组织基因组DNA文库,通过SmartSpecTM核酸蛋白测量法、TaqMan-MGB-PCR及琼脂糖凝胶电泳法等分析评估所得文库质量。结果本研究共收集到2 108例合格石蜡包埋HCC肿瘤组织标本,构建了HCC组织标本基因组DNA文库,经质量监控分析所得DNA的浓度大于或接近0.1μg/μl,对应A260/A280比值介于1.6~2.0,TaqMan-MGB-PCR实时定量曲线光滑、波峰单一,琼脂糖凝胶电泳条带单一、清晰、无拖尾现象,所构建的文库DNA质量较好,与对照DNA质量相比差异无显著性(P>0.05)。结论通过石蜡包埋组织标本可构建用于HCC研究的肿瘤组织基因组DNA文库。     

提高石蜡包埋组织中提取DNA质量的实验研究

目的 :确定从石蜡包埋组织中提取 DNA的最佳条件。方法 :改变石蜡切片厚度、组织脱蜡时间、消化液蛋白酶 K浓度、组织消化时间等参数 ,组合出 96种不同提取 DNA的条件 ,比较各种条件下所提取 DNA的数量和质量。结果 :各种条件均可以提取出一定数量的 DNA,但有些条件所提取的 DNA不适合于做 PCR及 DNA序列测定。结论 :从石蜡包埋组织中提取 DNA的最佳条件为 ,1 0 .0 μm组织切片 ;切片脱蜡 2次 ,脱蜡时间分别为 2 h和 1 2 h;消化液中蛋白酶 K浓度5 0 0 mg· L-1;组织消化 1 2 h     

三种DNA抽提方法对新鲜血细胞及冻血细胞DNA抽提效能的比较

目的 比较3种血细胞DNA提取方法（进口试剂盒、国产试剂盒和改良苯酚抽提方法）对新鲜血细胞及冻血细胞DNA的提取效率及差异。 方法 收集20例胰腺癌患者5 mL外周血标本,经低速离心获得血细胞沉淀后分装,根据保存方式分为新鲜血细胞和冻血细胞。新鲜血细胞不经冻存,在12 h内迅速抽提DNA;冻血细胞在-40℃保存72 h后,室温解冻后抽提DNA。抽提方法分别采用进口试剂盒（Qiagen公司）、国产试剂盒（天根生化科技有限公司）和改良苯酚方法。琼脂糖电泳检测DNA片段的完整性,核酸蛋白检测仪测定DNA纯度和浓度,计算不同抽提方法的DNA得率。 结果 在获得的DNA完整性方面,改良苯酚方法抽提的基因组DNA断裂和降解较少,而进口和国产试剂盒抽提的DNA均有一定程度的降解小片段。在获得DNA的纯度方面,部分冻存血细胞无论应用进口试剂盒、国产试剂盒和改良苯酚方法,均表现出一定的污染杂峰。在DNA得率方面,无论新鲜血细胞和冻存血细胞,均是进口试剂盒得率最高,其次为国产试剂盒;冻血细胞的改良苯酚法DNA得率与国产试剂盒相当,新鲜血细胞的改良苯酚法DNA得率最低。在耗时和成本分析中,试剂盒较快但成本较高。 结论 改良苯酚抽提法可获得较进口和国产试剂盒片段更长、更完整的基因组DNA,虽然在得率和耗时方面稍逊色,但其成本较低,可推荐用于大规模、分批次、低成本冻存血细胞的基因组DNA抽提。     

不同方法提取石蜡包埋组织DNA的比较分析

目的:比较福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPET)中3种提取DNA的方法对DNA质量和回收率的影响,探讨一种高效、简便、实用的石蜡组织中DNA提取方法. 方法:选取新疆医科大学第一附属医院2004～2007年手术切除的10%甲醛固定石蜡包埋甲状腺癌组织标本,分别以试剂盒法、改良TES水浴脱蜡-酚氯仿法、改良TES水浴脱蜡-试剂盒法提取其DNA,然后进行电泳分析. 结果:改良TES水浴脱蜡-酚氯仿提纯DNA法所得样本DNA的OD260/OD280比值为(1.82±0.15),改良TES水浴脱蜡-试剂盒提纯DNA法为(1.86±0.17),两者比较无明显差异(P>0.05);分别与试剂盒法(1.75±0.14)相比,差异有统计学意义(P<0.01).改良TES水浴脱蜡-试剂盒提纯DNA法、改良TES水浴脱蜡-酚氯仿提纯DNA法所得 DNA产量和质量均高于试剂盒法. 结论:改良TES水浴脱蜡-试剂盒提纯法简单快捷,是较理想的石蜡包埋组织DNA提纯方法.     

运用Identifiler试剂盒对硅珠法提取石蜡包埋组织DNA质量的评估

目的:运用硅珠法从石蜡包埋的组织中提出DNA,Identifiler试剂盒评估DNA质量?方法:南京医科大学第一附属医院病理科2009~2011年石蜡包块49例,运用硅珠法提取石蜡包埋组织DNA,通过紫外分光光度计测定DNA纯度和Identifiler试剂盒PCR后3130型毛细管电泳仪分析提取DNA片段的完整性?结果:经紫外分光光度计测定胃癌组织D(260 nm)/D(280 nm)均值为1.84 ± 0.02,肺癌组织为1.85 ± 0.02,甲状腺癌组织为1.82 ± 0.02,3组间比较P > 0.05,因此硅珠法提取石蜡包埋组织DNA不会因组织差异而影响提取效果;Identifiler试剂盒PCR后毛细管电泳显示其提取效果,46例(93%)得出完整的16个基因座STR峰型?结论:硅珠法可应用于多种组织的DNA提取,并保证提取DNA样品的纯度和完整度?     

介绍一种从全血中抽提DNA的方法

在分子生物学实验中,DNA样本的质量往往是决定实验是否成功的关键因素.很多实验手册中都介绍过DNA抽提法[1,2],而且目前市场上有多家生物公司生产DNA抽提试剂盒.     

从石蜡包埋的组织中提取DNA的研究

我们将Ｓｈｉｂａｔａ制备ＤＮＡ的方法加以改进，采用二甲苯脱蜡，酚－氯仿－异戊醇抽提、乙醇沉淀等步骤，成功地从经甲醛固定，石蜡包埋的食管癌组织中提取出ＤＮＡ，用于聚合酶链式反应。结果从与新鲜冷冻组织提取的ＤＮＡ结果相似，解决了分子生物学研究中在短时间内难以得到大量新鲜肿瘤组织标本的难题。     

浅谈从石蜡包埋组织中提取DNA的方法及体会

用于聚合酶链式反应(PCR)扩增的从石蜡包埋组织中提取DNA的方法在理论上非常简单,但在实际操作中并非如此.必须先溶解组织切片中的石蜡,然后处理组织释放DNA.在实验过程中每一步骤都必须严格要求,否则提取的DNA就不理想,影响下一步实验.本文就从石蜡包埋组织中提取 DNA 的方法谈一些体会.