适度运动对人体肠道菌群结构的影响

目的 适度运动有益于身心健康.本研究从肠道菌群结构的角度来探讨运动对人体健康的影响.方法 招募运动组和少动组志愿者人群,利用16S rDNA高通量测序技术分析志愿者肠道菌群结构.结果 高通量测序共获得61 888个OTUs,其中已注释的OTUs有61 149个.PCoA分析显示,运动组和少动组之间肠道菌群结构存在显著差异.运动组中毛螺菌科(Lachnospiraceae)和拟杆菌科(Bacteroidaceae)的丰度显著高于少动组(P=2.5627×10-7,P =0.000 178 4),普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)和韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)的丰度显著低于少动组(P=0.000 003 46,P=0.000017 41).有3株可培养的菌株在运动组中丰度显著增加,分别为瘤胃球菌属的Ruminococcus_sp.5_1_39BFAA,双歧杆菌属的Bifidobacterium_adolescentis以及丁酸产盐菌属的Anaerostipes_hadrus.在运动组中显著增加的肠道菌,如拟杆菌科,双歧杆菌属的Bifidobacterium_adolescentis以及Anaerostipes_hadrus,能够代谢产生丰富的SCFAs,对肠粘膜免疫系统动态平衡的维持具有重要意义.结论 运动可能通过肠道菌群结构的改变及其与肠黏膜系统的相互作用对人体产生积极影响.     

强化期抗结核治疗对肺结核患者肠道菌群的影响

目的 探讨肠道菌群多样性及丰度在抗结核治疗强化期的变化。方法 收集广州市胸科医院20例初治菌阳肺结核患者使用强化方案治疗1周及强化期结束的粪便标本,所有标本进行16S rDNA测序,进行生物信息学分析。结果 强化期结束治疗组的Alpha多样性指标Chao1和observed_otus指数分别为（97.8±28.3）和（97.6±28.2）,高于治疗1周组的（81±34.7）和（81±34.7）,差异有统计学意义（P=0.04;P=0.038）。基于加权和未加权Unifrac距离的PCoA分析显示两组整体菌群结构无明显差异。在相对丰度较高的菌科中,强化期结束治疗组的拟杆菌科、肠球菌科、肠杆菌科、丹毒菌科、卟啉单胞菌科、双歧杆菌科等相对丰度下降,毛螺菌科、梭杆菌科、普氏菌科、瘤胃球菌科、韦氏菌科等相对丰度增加。通过线性判别分析效应量LEfse分析两组数据,发现在属水平上,厚壁菌门的瘤胃球菌、乳杆菌及放线菌门的柯林氏菌为组间显著差异菌种。结论 强化期治疗结束与治疗1周相比,肠道菌群多样性增加,但肠道菌群结构无明显差异。肠道拟杆菌科丰度减少,毛螺菌科丰度增加。     

阿尔茨海默病患者肠道菌群组成的研究

目的探讨阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)认知障碍程度与肠道菌群的相关性。方法收集2018年5月至2019年5月首都医科大学附属北京天坛医院确诊的"很可能AD"25例,及与其年龄匹配的健康对照(health control, HC)22例。根据简易精神状态评分(mini-mental state examination, MMSE),将AD分为轻度组(AD1组)、中度组(AD2组)和重度组(AD3组)。采用16S rDNA测序分析粪便样本肠道菌群。结果根据物种分类学注释结果,在门、纲、目、科、属水平对粪便肠道菌群物种丰度进行分析。以HC组为基线,在门水平,AD微生物物种呈现拟杆菌门(Bacteroidetes)富集(19.43%比8.60%, P=0.006),而变形菌门(Proteobacteria)减少(8.73%比26.75%, P=0.005)。AD肠道微生物物种丰度变化也表现在纲、目、科和属水平。采用主成分分析(principal coordinates analysis, PCoA)AD组间肠道菌群的差异,从门到属水平,AD组间肠道菌群均呈现独特...     

基于16S rDNA测序的帕金森病患者肠道菌群初步分析

目的对帕金森病患者的肠道菌群进行初步分析。方法收集2018年10月～2019年4月某三甲医院收治的7例帕金森病患者及7例健康对照者的粪便样本,提取菌群DNA,选取细菌16S r DNA的V3～V4区序列进行基因扩增及Illumina测序,生物信息学分析肠道菌群测序数据。结果 Alpha多样性分析中,Chao指数、Ace指数、Shannon指数、Simpson指数在两组样本间无显著统计学差异(P0.05)。在界、门分类水平上PD组及健康对照组物种数目相等,在纲、目、科、属、种、OTU分类水平上PD组所包含的物种数目依次高于健康对照组。受试样本中肠道菌群结构由4个主要的菌门组成,分别为厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和放线菌门。在PD组中,检测到了12种显著升高的肠道菌群组分(P0.05)。结论帕金森病患者与健康对照者的肠道菌群结构在大体上是相似的,有部分菌群在两组间存在着差异,深入分析肠道菌群变化有望为研究帕金森病的发病机制、疾病预防及治疗提供新思路。     

腹主动脉瘤和动脉粥样硬化患者肠道菌群的多样性差异

目的 研究腹主动脉瘤和动脉粥样硬化患者菌群多样性差异。方法 2018年12月至2019年6月于北京协和医院血管外科收集腹主动脉瘤和动脉粥样硬化患者新鲜粪便样本各20例,采用16S rDNA高通量测序技术检测两组患者肠道菌群物种组成及丰度变化,分析α和β多样性差异,并确定显著性差异菌属。结果 两组间在菌群物种组成方面具有较大相似性,α多样性差异无统计学意义,β多样性两组间在某些菌群上仍有一定差异。LEfSe分析发现,腹主动脉瘤组明串珠菌科、瘤胃球菌科、魏斯氏菌属、粪杆菌属较动脉粥样硬化组为优势菌,而厚壁菌纲、Selenomonadales菌目、韦荣氏菌科含量减少,差异均具有统计学意义。结论 腹主动脉瘤和动脉粥样硬化患者在肠道菌群多样性方面存在差异,具体差异仍有待扩大样本量并通过基础实验予以验证。     

弥漫大B细胞淋巴瘤患者肠道菌群动态分析

目的:追踪1例弥漫大B细胞淋巴瘤,观察该患者肠道菌群结构的动态变化,研究肠道菌群与疾病进展的联系。方法:收集1例初诊血液恶性肿瘤中的弥漫大B细胞淋巴瘤患者入院当天、第16天时第1次化疗及第30天时第2次化疗后样本,通过16S rDNA技术分析肠道菌群多样性和差异性。结果:初诊时肠道菌群分布主要为韦荣球菌属、拟杆菌属、粪杆菌属、萨特菌属、链球菌和普氏菌属。16 d后韦荣球菌属、拟杆菌属、普氏菌属占优势。30 d后菌群主要为梭状芽孢杆菌属、拟杆菌属及布劳特氏菌。该例血液恶性肿瘤淋巴瘤患者厚壁菌门丰度始终占明显优势,而益生菌双歧杆菌属及乳杆菌属始终丰度极低,随疾病的进展,梭杆菌门几乎消失。粪球菌属及布劳特氏菌随病情进展逐渐上升,梭状芽孢杆菌属及大肠埃希菌属总体也呈上升趋势。萨特菌属、链球菌、副杆菌属明显下降,普氏菌属、小杆菌属及梭杆菌属及丁酸球菌属几乎消失。香茅梭菌增加,益生菌狄氏副杆菌及Butyricicoccus pullicaecorum减少。而被认为与肿瘤细胞凋亡有关的糖精梭菌增加,考虑与治疗有效相关。结论:随病程的进展,血液恶性肿瘤患者的肠道菌群结构发生改变,可为血液恶性肿瘤的治疗方案提供新思路。     

维生素D对自发性糖尿病大鼠肠道菌群结构和多样性的影响

目的 探讨维生素D(VD)对自发性糖尿病大鼠肠道菌群的影响。方法 自发性肥胖型2型糖尿病(ZDF)大鼠随机分为正常对照(Con)组、VD对照(VD)组、模型(T2DM)组和VD干预(VD+T2DM)组。检测各组大鼠空腹血糖情况和口服糖耐量水平。采用16S rDNA测序技术检测大鼠肠道菌群变化,进行OTU分析(韦恩图)、α多样性分析(chao1、observed species、PD whole tree、shannon和simpson)、β多样性分析(主坐标分析(PCoA))、菌群结构及菌群物种差异性分析(线性判别分析及影响因子(LEfSe)分析)。结果 VD干预显著改善了T2DM大鼠的空腹血糖水平和胰岛素抵抗情况(P<0.05)。α多样性结果表明T2DM组和VD+T2DM组的chao1、observed species、PD whole tree、shannon和simpson指数无显著差异(P>0.05);β多样性分析结果显示,与T2DM组相比,VD+T2DM组与Con组的物种相似度更高。各组大鼠肠道菌群的优势菌具有显著差异;相较于T2DM组,VD+T2DM组的Bact...     

T-RFLP快速分析慢性腹泻患者肠道菌群及其应用研究

目的 建立快速检测分析人体肠道菌群的方法，协助慢性腹泻病原学诊断。方法 上游引物的5’端用6-FAM进行荧光标记，PCR反应结束后选择适当的限制性内切酶酶切消化，在测序仪上通过毛细管电泳即可检测5’末端荧光标记的限制性片段。利用不同细菌产生的不同峰谱达到快速对细菌定性、定量的目的。对30例慢性腹泻患者和221例健康人进行肠道菌群分析，从而探讨菌群变化情况。结果 该法能够对人体肠道菌群进行定性和定量分析，30例腹泻患者均发现肠道菌群紊乱。结论 该法快速、特异、敏感。一个样品中能同时检测多种细菌，是一种很有希望的新技术。     

基于16S rDNA测序分析功能性便秘婴幼儿的肠道菌群组成

目的：探讨16S rDNA测序分析功能性便秘婴幼儿肠道菌群的结构与组成,为临床治疗提供依据。方法：选取2020 年1月至12 月湖州市妇幼保健院门诊就诊的功能性便秘婴幼儿17 例作为便秘组,正常婴幼儿15例作为对照组,收集粪便,采用16S rDNA扩增子测序的方法检测2组婴幼儿肠道菌群的组成并分析其结果。结果：2组肠道菌群Alpha多样性差异无统计学意义（P ＞0.05）,但Beta多样性差异有统计学意义（P ＜0.01）。在门水平中放线菌门、厚壁菌门、变形菌门是2组儿童肠道微生物群落中最丰富的菌群,其中疣微菌门在便秘组中丰度高于对照组（P ＜0.05）。在属水平中,双歧杆菌为2组优势菌种,乳酸菌属与阿克曼菌属在便秘儿童肠道中的丰度高于对照组（P ＜0.05）。便秘组中双歧杆菌种、疣微菌门、阿克曼菌属、副干酪乳杆菌的丰度差异有统计学意义,而对照组齿双歧杆菌、放线菌目、放线菌科、放线菌属、鼠李糖乳杆菌的丰度差异有统计学意义（均P ＜0.05）。结论：功能性便秘婴幼儿存在肠道菌群结构和多样性的改变,便秘与肠道菌群之间可能存在相关性。     

肠道菌群变化对实验小鼠肠黏膜免疫的影响

目的探讨肠道菌群变化对肠黏膜相关淋巴组织的影响。方法通过变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)法研究了三种不同级别实验小鼠即清洁级小鼠、SPF小鼠和普通小鼠肠道菌群的组成,并用免疫组织化学 (immunohistochemistry, IHC)方法研究了此三种不同级别的实验小鼠肠黏膜相关淋巴组织 sIgA 阳性细胞分布情况。结果普通小鼠肠道细菌种类最多,其sIgA阳性细胞分布最多,肠道不同部位之间sIgA 分布情况差异有显著性(P<0.05),小肠和大肠之间的阳性细胞分布差异极显著(P<0.01);其次是清洁级小鼠,其肠道不同部位之间菌种组成差异无显著性,小肠和大肠之间的阳性细胞分布差异有显著性(P<0.05);SPF小鼠肠道细菌种类最少,故其 sIgA 阳性细胞分布最少,且其肠道不同部位之间菌种组成差异无显著性,小肠和大肠之间的阳性细胞分布差异无显著性(P>0.05)。结论随着动物微生物控制级别的增高,肠道微生物多样性递减; sIgA 阳性细胞与肠道细菌种类正相关。     

原发性干燥综合征患者肠道菌群特点分析

目的 探索原发性干燥综合征（pSS）与健康人之间肠道菌群是否存在差异。方法 收取18例符合纳入标准的女性pSS患者的粪便样本,其中9例为病情活动组（A组）、9例为病情不活动或低活动组（B组）,另外收取10例健康人的粪便（C组）。收集每份粪便样品的细菌总DNA,PCR扩增,针对16SrDNA基因的V3~V4区进行illumina hiseq 2500高通量测序,得到3组的肠道菌群生物信息数据,随后结合文献智库信息挖掘进行组间OTU分析、样品多样性分析、样品组间显著性差异分析及LEfSe分析。结果 肠道菌群多样性比较：α多样性（Alpha diversity）指数分析,Shannon指数在A组和B组间、Simpson指数在A组和B组间及A组和 C组间差异存在统计学意义（P<0.05）;菌群结构比较：将3组分别进行序列分析,在门水平上3组均主要有 4 个菌门组成,分别是：厚壁菌门（Firmicutes）,拟杆菌门（Bacteroidetes）,放线菌门（Actinobacteria）,变形菌门（Proteobacteria）,在属水平上3组均主要有4个菌属组成,分别是：大芬戈尔德菌属（Finegoldia）,普雷沃菌属（Prevotella）,链球菌属（Streptococcus）,棒状杆菌属（Corynebacterium_1）,在门水平和属水平上分析显示3组肠道菌群主要菌门和主要菌属两两比较差异无统计学意义（P>0.05）,但Streptococcus属在3组之间比较,差异具有统计学意义（P<0.05）;肠道菌群结构的差异分析：肠道菌群 16S V3~V4 区组间显著性差异分析,在属水平上,3 组间相比,在 Alloscardovia 属、Bacteroides 属、Barnesiella 属 、Butyricicoccus 属 、Facklamia 属 、Faecalibacterium 属 、Lachnospiraceae_FCS020_group 属 、 Lachnospiraceae_ND3007_group属、Lachnospiraceae_UCG-001属、Lachnospiraceae_UCG-004属、Lachnospiraceae_UCG-008属、Ruminococcaceae_UCG-002属、Streptococcus属之间存在统计学差异（P<0.05）;在Coprococcus_1属存在显著性差异（P=0.005,P<0.01）。3组间肠道微生物进行高维生物标识和揭示基因组特征的分析,差异存在统计学意义（P<0.05）。结论 pSS患者与健康人之间的肠道菌群多样性存在一定差异,在主要菌门水平和菌属水平上虽无显著性差异,但在Streptococcus属等一些特定细菌比例有显著差异;3组肠道菌群在16S V3~V4区组间差异具有统计学意义,提示菌群结构的差异在pSS的发病中起一定作用。     

Application of PCR-DGGE in research of bacterial diversity in drinking water

Objective To analyze the structure of bacteria in drinking water by molecular biological techniques, Methods DNA of bacteria in drinking water was directly extracted without culture. 16S ribosomal DNA fragments, including V-6, -7, and -8 regions, were amplified with universal primers （EUBf933CJC and EUBr1387） and analyzed by DGGE. Results DGGE indicated that amplification products could be separated, The results showed that DGGE could be used in the separation of different microbial 16SrRNA genes extracted from drinkng water. Though there were special bacteria in different water samples, the predominant bacteria were essentially the same. Three sequences of the reclaimed specific bands were obtained, and phylogenetic tree of these bands was made. Conclusion Bacterial diversity in drinking water is identified by molecular biological techniques.     

幽门螺杆菌感染对小鼠食道下端菌群的影响

目的通过小鼠动物模型,检测幽门螺杆菌感染后食道下端菌群的变化,探讨其与食道下端疾病发生的关系。方法将30
只BALB/C小鼠随机均分为阴性对照组和感染组。感染组通过灌喂幽门螺杆菌菌液建立动物感染模型,两组小鼠均在末次灌
喂菌液4周后同时处死,取食道下端组织提取细菌的DNA,以原核生物16S rDNA V6区通用引物采用聚合酶链反应-变性梯度
凝胶技术（PCR-DGGE）对V6区进行扩增,用Quantity-One 1-D Analysis software.对DGGE图谱进行菌群分析,并将DGGE图
谱上的组间差异条带用16S rDNA V6区引物分别扩增后,DNA测序,BLAST比对分析。结果DGGE指纹图谱分析显示,实验
组DNA条带数量极显著高于对照组（P<0.01）,多样性指数、丰富度指数均显著高于对照组（0.01好地在相似性系统树中分开,主成分分析不同组的菌群分别聚集在不同的位置,BLAST比对分析感染组出现特有细菌。结论
食道下端定植着以乳杆菌、拟杆菌为优势菌的稳定菌群,幽门螺杆菌感染后菌群结构变化为以葡萄球菌、不动杆菌、无芽胞杆菌
为优势菌的菌群。
     

免疫性肝损伤大鼠肠道菌群的变化及肠黏膜屏障损伤研究*

目的: 探讨免疫性肝损伤大鼠肠道菌群及肠黏膜屏障变化。方法: 利用卡介苗(BCG)诱导建立免疫性肝损伤模型,观察大鼠肝组织的病理学改变,检测血清谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、二胺氧化酶(DAO)和D-乳酸(D-LA)水平,并留取粪便进行肠道菌群16S rDNA测序分析。结果: 模型组大鼠肠道菌群多样性较对照组显著升高(P＜0.05)。门水平上,两组的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes),正常对照组分别占59.50 %和37.90 %,造模组中依次占47.92 %、46.84 %,门水平肠道菌群构成差异分析,模型组厚壁菌门丰度明显降低,差异有统计学意义(P＜0.05);变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)与对照组相比丰度增加,差异有统计学意义(P＜0.05)。属水平肠道菌群构成差异分析,丰度较高的前20个菌属中,模型组乳酸杆菌属(Lactobacillus)、毛螺旋菌属(Lachnospiraceae)丰度均低于对照组,差异具有显著性(P＜0.05)。模型组瘤胃球菌属(Ruminococcaceae)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella)、布劳特氏菌(Blautia)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)丰度均高于对照组(P＜0.05)。结论: 卡介苗所致急性肝损伤大鼠存在肠道细菌过度生长,厚壁菌门及乳酸杆菌属丰度明显下降,变形菌门、放线菌门丰度升高,存在肠道菌群结构失衡,肠道屏障受损。     

高通量测序法研究不同pH的饮用水对SPF小鼠肠道微生物的影响

目的研究不同pH饮用水对SPF小鼠肠道微生物多样性的影响。方法 21日龄SPF小鼠90只随机分成3组,每组30只,分别给予三类水,即酸化水(pH 3.0),中性水(pH 7.0)和碱性水(pH 9.0),并进行为期三个月的饲养。每组分别在饲养4周、8周、12周末各处死10只动物,取血清按SPF国标项目检测了细菌、病毒、寄生虫,取回盲部内容物,根据细菌16S rRNA的保守性设计引物,构建文库,进行高通量(Illumina)测序,获得10 G的数据,并对数据进行统计,聚类分析。结果以pH 3.0处理的小鼠肠道微生物丰富度适中,稳定性高。结论在规模化饲养条件下,选取pH 3.0饮用水小鼠能较长时间维持肠道微生物多样性,稳定性达到一个平台。本研究为长期稳定维持动物质量的生产实践提供了理论与技术支持,也是胃肠道宏基因组学技术在动物质量控制领域的一个具体应用。     

益生菌对炎症性肠病小鼠肠道菌群紊乱及细菌移位的影响

目的探讨植物乳杆菌（LP）对炎症性肠病（IBD）小鼠肠道菌群及细菌移位的影响。方法采用白介素10基因敲除（IL-10^-/-）小鼠作为IBD动物模型,将8周龄雌性小鼠随机分成空白对照组、IL-10^-/-组和IL—10^-/- ＋LP组三组。IL-10^-/- ＋LP组每日灌胃0．5mLLP菌液（1．0×10^9 CFU／mL）,其余两组灌胃Ringer缓冲液0．5mL,持续4周。以小鼠粪便中的双歧杆菌、乳酸杆菌、肠杆菌和产气荚膜梭菌数量及肠系膜淋巴结、脾脏细菌移位为检测指标。结果IL-10^-/-小鼠肠内双歧杆菌、乳酸杆菌含量明显下降,肠球菌、产气荚膜梭菌含量升高,且肠道细菌移位明显增加;而连续灌胃LP菌液4周后,益生菌发挥了对肠道的调节作用,纠正了肠道菌群失衡,并降低了肠道细菌移位。结论LP能纠正炎症性肠病小鼠肠道菌群紊乱,减少细菌移位,从而增强了肠道屏障功能。     

基于16S rDNA高通量测序分析2型糖尿病腹泻患者肠道菌群的变化

目的 利用16S rDNA高通量测序技术,研究2型糖尿病腹泻患者肠道菌群的变化。方法 收集18例2型糖尿病腹泻患者和23例健康受试者的粪便样本,提取肠道菌群基因组,采用二代高通量基因测序技术,对16S rDNA V3～V4高变区进行扩增测序、生物信息学分析,比较两组人群肠道菌群结构和种类的差异。结果 Alpha多样性分析显示2型糖尿病腹泻患者肠道中菌群的丰度和多样性低于健康对照组,P<0.05。在门水平上,2型糖尿病腹泻患者组拟杆菌门占比低于健康组,P<0.05;而厚壁菌门,疣微菌门高于健康组,P均<0.05。另外,厚壁菌门/拟杆菌门比值,患者组高于健康组,P<0.05。在属水平上,2型糖尿病腹泻患者组中粪杆菌属低于健康对照组,P<0.05。结论 16S rDNA高通量测序技术有助于分析2型糖尿病腹泻患者肠道菌群多样性,为研究肠道菌群与2型糖尿病腹泻的关系提供新的思路和理论依据。     

益生菌对炎症性肠病小鼠肠道菌群紊乱及细菌移位的影响

目的 探讨植物乳杆菌(LP)对炎症性肠病(IBD)小鼠肠道菌群及细菌移位的影响.方法 采用白介素10基因敲除(IL-10~(-/-))小鼠作为IBD动物模型,将8周龄雌性小鼠随机分成空白对照组、IL-10~(-/-)组和IL-10~(-/-)+LP组三组.IL-10~(-/-)+LP组每日灌胃0.5 mL LP菌液(1.0×10~9CFU/mL),其余两组灌胃Ringer缓冲液0.5 mL,持续4周.以小鼠粪便中的双歧杆菌、乳酸杆菌、肠杆菌和产气荚膜梭菌数量及肠系膜淋巴结、脾脏细菌移位为检测指标.结果 IL-10~(-/-)小鼠肠内双歧杆菌、乳酸杆菌含量明显下降,肠球菌、产气荚膜梭菌含量升高,且肠道细菌移位明显增加;而连续灌胃LP菌液4周后,益生菌发挥了对肠道的调节作用,纠正了肠道菌群失衡,并降低了肠道细菌移位.结论 LP能纠正炎症性肠病小鼠肠道菌群紊乱,减少细菌移位,从而增强了肠道屏障功能.