基于网络药理学和分子对接探讨解毒通利方治疗肝纤维化的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方法探讨解毒通利方治疗肝纤维化(HF)的可能作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)获得解毒通利方所有有效活性成分,通过TCMSP数据库将这些有效活性成分进行成分靶点预测,并与GeneCards数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DrugBank数据库中HF疾病基因相关靶点使用R语言软件取交集,从而获得解毒通利方治疗HF的靶点;通过STRING绘制交集靶点的蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白;利用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药—关键化合物—核心靶点”网络;运用R语言软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测核心靶点的作用机制。最后,应用分子对接技术,将关键有效活性成分和PPI中核心蛋白进行分子对接。结果 共筛选解毒通利方药物活性化合物172种,作用靶点4 068个,构建PPI网络,运用“CytoNCA”插件筛选出IL6、AKT1、STAT1、RELA、MYC、FOS、STAT3、MAPK1、CCND1等19个核心蛋白...     

基于网络药理学和分子对接探讨宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术，探究宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、TCMID数据库筛选宣肺润燥解毒方活性成分，利用有关数据库筛选新冠肺炎相关靶点。以Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络，并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果 筛选出宣肺润燥解毒方有效成分3019个，潜在靶点525个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、木犀草素、汉黄芩素与关键靶点ATK1、TNF、TP53具有良好亲和力。结论 本研究初步明确宣肺润燥解毒方通过多成分-多靶点-多通路治疗新冠肺炎的作用机制，为深入研究宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的作用机制提供了前期参考。     

基于网络药理学原理探讨健脾补肾方治疗肌萎缩侧索硬化症的机制

目的：本研究通过网络药理学的研究方法,从分子机制和物质基础的角度探讨健脾补肾方的作用机制。方法：利用疾病数据库与中药数据库获取健脾补肾方治疗肌萎缩侧索硬化症（ALS）的潜在靶点,利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路和基因本体（GO）富集分析,利用String数据库建立蛋白-蛋白互相作用（PPI）网络,利用Cytoscape软件建立和分析靶点网络。结果：KEGG富集结果提示健脾补肾方治疗ALS的机制可能涉及对细胞存活（磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B通路,PI3K/Akt通路）、炎症（丝裂原活化蛋白激酶通路,MAPKs通路）、钙离子信号通路的调控。GO分析结果提示健脾补肾方主要调控细胞凋亡、蛋白磷酸化、蛋白结合等过程。PPI网络提示其主要调控的蛋白家族为谷氨酸离子型受体家族、MAPKs、半胱氨酸蛋白酶家族。靶点网络分析提示其调控的主要靶点为细胞凋亡相关基因,包括半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、胱抑素C(CYCS)、肿瘤蛋白53(TP53)。健脾补肾方的主要有效成分可能是槲皮素、木犀草素、山柰酚等。结论：健脾补肾方可能通过多途径抑制神经元死亡和神经炎症治疗ALS。     

基于网络药理学和生物信息学探讨健脾益气方治疗免疫性血小板减少症的作用机制

目的 利用网络药理学和生物信息学探讨健脾益气方治疗免疫性血小板减少症（ITP）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和BATMAN-TCM数据库韦恩筛选得到健脾益气方主要活性成分,Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测;DisGenet、Gene Cards、Drugbank数据库获得ITP的相关靶基因,将药物活性成分靶点与ITP靶点韦恩,获得健脾益气作用于ITP的预测靶点。利用R语言对交集靶点进行GO分析和KEGG通路富集分析和可视化。进一步将健脾益气方治疗ITP的关键靶点与从人类自噬数据库中共获得基因进行映射,获得健脾益气方治疗ITP自噬相关靶点。 结果 研究显示共挖掘到健脾益气方中22种化学成分及763个潜在靶点,ITP疾病3130个相关靶点,得到健脾益气方-疾病共同靶点337个。根据MCC算法,得到TOP10基因,其中有5个主要富集在PI3K-Akt信号通路。进一步分析健脾益气方治疗ITP的自噬相关关键靶点,得到健脾益气方治疗ITP自噬相关交集靶标36个,主要富集在自噬、凋亡等通路上。最后根据靶点的计数,获得健脾益气方治疗ITP自噬相关可能的关键靶点是EGFR、PARP1、MOTR、BCL2L1、RAF1、BCL2、HDAC6等。结论 健脾益气方通过调节PI3K/Akt/mTOR信号通路或自噬的关键蛋白来靶向自噬可能为ITP提供一种有前景的治疗方法。EGFR、PARP1、MOTR、BCL2L1、BCL2、HDAC6等分子可能是健脾益气方诱导自噬,抑制血小板凋亡,治疗ITP的关键靶点。     

基于网络药理学的健脾祛痰和血方治疗冠心病的分子机制研究

[目的] 以网络药理学作为研究手段,研究健脾祛痰和血方治疗冠心病的作用靶点及信号通路,揭示健脾祛痰和血方治疗稳定型心绞痛的分子机制。[方法] 采用中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）、中医药信息数据库（TCMID）、中药潜在药物靶标数据库（TCM-PTD）检索该方剂对应的药物化合物,通过ChemMapper数据库预测药物靶点,通过TTD、disgenet、human phenotype ontology数据库进行检索,获得冠心病相关靶点,以venny图得到疾病及药物的共同靶点,应用功能蛋白结合网络string平台构建蛋白互作模型,采用cytoscape的cluego插件富集分析,得到该方剂治疗冠心病相关靶标基因及代谢通路。[结果] 获得药物靶点103个,疾病靶点980个,健脾祛痰和血方42个药物靶点与冠心病相关,通过筛选得到主要药物成分9个,最终预测到25个相关的信号通路,在此基础上构建了主要药物成分-病药共性靶点-信号通路共表达网络。[结论] 健脾祛痰和血方可能通过多靶点、多途径干预冠心病稳定型心绞痛,为后续基础及进一步临床研究提供思路和线索。     

健脾滋肾方抑制系统性红斑狼疮患者的足细胞自噬：基于网络药理学和临床研究

目的 基于网络药理学结合分子对接,通过临床验证,探讨健脾滋肾方从足细胞自噬途径治疗系统性红斑狼疮（SLE）潜在机制。方法 运用TCMSP、GeneCards、OMIM及TTD数据库获取健脾滋肾方及SLE、足细胞自噬相关靶点;取三者交集得到健脾滋肾方经足细胞自噬途径治疗SLE的潜在作用靶点。Cytoscape3.9.1构建“复方-成分-疾病-潜在靶点”网络及蛋白质互作网络,筛选出关键活性成分和靶点,进行分子对接。并临床纳入46例SLE患者和10例健康人,将SLE患者随机分为观察组（n=22）和对照组（n=21）。对照组口服醋酸泼尼松及吗替麦考酚酯,观察组在其基础上加用健脾滋肾方,疗程均为12周。运用ELISA检测SLE组及健康人群尿液中nephrin、synaptopodin水平;使用Western blot检测外周血内p-JAK1/JAK1、pSTAT1/STAT1、LC3II/LC3I、p62蛋白水平,并观察经健脾滋肾方干预后对SLE患者足细胞相关蛋白（nephrin、synaptopodin）、自噬水平（LC3II/LC3I、p62）及p-JAK1/JAK1、p-STAT1/STA...     

健脾补肾解毒方对小鼠Lewis肺癌的抑制及A549细胞周期的影响

目的 探讨健脾补肾解毒方对肺癌的抑制作用及机理.方法 以Lewis肺癌移植小鼠建立小鼠Lewis肺癌模型,随机分为:模型对照组,健脾补肾解毒方大、中、小剂量组,顺铂组,大、中、小剂量分别加顺铂组.并以健脾补肾解毒方大、小剂量组和模型对照组制备荷瘤动物药物血清,采用流式细胞术,分别观察健脾补肾解毒方及其药物血清对小鼠Lewis肺癌的抑制和对人肺腺癌A549细胞周期的影响.结果 健脾补肾解毒方对小鼠Lewis肺癌有一定的抑制作用,能增强顺铂对肺癌细胞的抑制杀伤作用,健脾补肾解毒方药物血清能显著阻滞细胞于G0/G1期,减少S期细胞的分布(P＜0.01).结论 健脾补肾解毒方具有抑瘤增效和抑制细胞增殖作用,其机理可能与其抑制肺癌细胞增殖周期有关.     

基于网络药理学的健脾复胃颗粒防治胃癌作用机理探究

目的 运用网络药理学探究健脾复胃颗粒在胃癌治疗中的作用机制。方法 通过TCMSP数据库,根据ADME筛选出健脾复胃颗粒中君臣药成分(白术、半夏、陈皮、党参、茯苓、甘草、黄芪)及其靶点,运用Uniprot数据库,检索靶点相对应的人类基因命名;通过GeneCards、Drug Bank、TTD、OMIM数据库获取胃癌主要靶点,绘制维恩图得到药物活性成分作用靶点与胃癌的主要交集靶点;Perl软件整理数据,采用Cytoscape 3.7.2软件,建立“健脾复胃颗粒中药成分-胃癌靶点”网络;利用String平台分析蛋白质间的相互作用,建立蛋白质相互作用(PPI)网络,探索网络中可能的蛋白质功能模块;采用Metascape平台进行GO富集和KEGG富集分析。结果 通过TCMSP将健脾复胃颗粒君臣药经ADME筛选后共获得白术7种、半夏13种、党参21种、甘草92种、陈皮5种、茯苓15种、黄芪20种活性成分,根据Uniprot数据库,排除无对应基因名部分,排除靶点重复部分,获得靶点271个;以“gastric cancer”为检索词,搜索GeneCards数据库、OMIM数据库、Drug Bank数据...     

益心健脾方“异病同治”冠心病和慢性心力衰竭网络药理学机制研究

目的 应用网络药理学探究益心健脾方治疗冠心病及慢性心力衰竭的作用机制。方法 借助中药系统药理学（traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP）数据库、中药综合数据库（traditional Chinese medicine integrated database,TCMID）等结合文献资料筛选益心健脾方的活性成分靶标,应用人类基因数据库（the human gene database,GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（online mendelian inheritance in man,OMIM）等检索疾病靶标。STRING平台结合Cytoscape软件构建“药物-成分-靶标-疾病”网络图和蛋白互作网络。使用DAVID数据库等进行基因本体（gene ontology,GO）功能和京都基因与基因组百科全书（kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路分析。关键成分与关键靶标利用AutoDuck工具进行分子对接。结果 得到益心健脾方潜在靶点265个,其“异病同治”的共同靶点106个;关键活性成分为槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇等,核心靶点分别是SRC、AKT1、MAPK1、TP53等;生物过程涉及基因表达的正调控、凋亡过程的负调控、信号转导等方式,参与脂质和动脉粥样硬化、流体剪切应力与动脉粥样硬化及炎症反应等途径;分子对接验证关键成分槲皮素、山奈酚与SRC、AKT1、MAPK1靶点稳定对接。结论 本研究揭示益心健脾方“异病同治”冠心病和慢性心力衰竭多成分、多靶点、多通路的作用机制,为探索其新的临床应用提供依据。     

单味中药治疗心肌梗死的药效物质及作用机制：基于网络药理学和多靶标分子对接方法

目的 应用网络药理学及分子对接技术,发现治疗心肌梗死（MI）效果较优的中药,并进一步探讨其药效物质及作用机制。方法 通过TCMSP数据库,根据指定的标准,筛选含有治疗MI的活性成分较多的中药。利用Genecards、OMIM、PharmGkb、PharmMapper数据库获取中药与MI的相关靶标,采用Venny2.1.0软件建立药物靶标与疾病靶标的共同靶标网络。通过R语言对共同靶标进行 GO及 KEGG信号通路富集分析;通过 STRING数据库对共同靶标进行蛋白蛋白相互作用网络构建;通过Cytoscape3.7.2软件中的cytoHubba工具对PPI网络涉及的靶标进行分析并确定关键靶标;通过R语言对关键靶标进行GO及KEGG信号通路富集分析。应用SYBYL-X2.1.1软件对潜在药效物质及关键靶标进行分子对接,以Total Score≥6为参考,筛选药效物质并验证其与关键靶标的对接结合性。复制人脐静脉内皮细胞氧糖剥夺模型,通过蛋白质免疫印迹检测对潜在药效物质与治疗MI的关键靶标进行验证。结果 本研究筛选出丹参、降香含有治疗MI的活性成分较多,涉及PTGS2、KDR等治疗MI的关键靶标16个,主要涉及炎症反应、血管新生、能量代谢与氧化应激等生物过程,HIF-1、VEGF、TNF等信号通路,丹参中的香紫苏醇与PTGS2、降香中的芒柄花黄素与KDR对接Total Score最高。Western blot结果显示,低、中、高计量的紫苏醇与芒柄花黄素分别能够抑制PTGS2与促进KDR的表达,且呈剂量-效应依赖关系,其中中、高剂量组差异具有统计学意义（P<0.05）。结论 中药丹参、降香治疗MI的疗效较优,其作用机制可能与丹参、降香中的潜在药效物质香紫苏醇及芒柄花黄素调控PTGS2与KDR的表达,调节炎症反应、血管新生、氧化应激与能量代谢,进而发挥心肌保护作用有关。     

网络药理学联合分子对接技术分析高良姜治疗抑郁症的可能机制

目的　借助网络药理学联合分子对接技术探讨高良姜治疗抑郁症的作用机制。方法　通过TCMSP数据库 检索高良姜有效成分及靶点,使用GeneCards数据库获取抑郁症疾病靶点基因,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1 软 件构建PPI网络图并获取蛋白互作关系,筛选出高良姜治疗抑郁症的核心靶点;借助David数据库对相交靶点进行GO功 能分析以及KEGG通路富集分析,得到高良姜治疗抑郁症的潜在作用通路。结果　筛选出高良姜 13 种活性成分和 169 个高良姜治疗抑郁症的潜在作用靶点,包括JUN、MAPK1、AKT1、RELA、ESR1、IL6、MAPK14、MAPK8、RXRA等核心 靶点;GO功能解析得到 654 个生物相关过程、85 个细胞组分及 147 个分子功能;KEGG富集解析获得 171 条相关通路, 分子对接验证了核心靶点与高良姜主要成分具有较强结合力。结论　高良姜可通过多个靶点、多条通路治疗抑郁症。     

基于网络药理学和分子对接探讨白及治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:探讨中药白及治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCSMP)上获取白及的有效活性成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、Disgent数据库中检索溃疡性结肠炎的疾病靶点,进一步获取药物和疾病的共同靶点,使用Cytoscape软件构建相关网络图,利用STRING数据库对供电靶点进行PPI分析并筛选出核心靶点,利用R语言进行GO和KEGG富集分析靶点的生物学过程和相关通路,最后针对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果:筛选得到9个活性成分,疾病靶点共1159个,通过拓扑分析得到核心靶点10个。GO富集分析得到BP、CC、MF条目共30条,KEGG富集分析得到相关信号通路20条。分子对接提示活性成分和核心靶点对接构想稳定。结论:白及治疗溃疡性结肠炎主要与抗炎、调节免疫、促进溃疡愈合等功能相关,作用机制主要涉及PI3K/Akt、Rap1、MAPK等信号通路。     

川芎通过多成分、多靶点、多信号通路和多生物学功能发挥抗肺癌脑转移作用

目的 利用网络药理学方法和分子对接技术研究川芎治疗肺癌脑转移的潜在分子机制。方法 通过中药系统药理学分析平台TCMSP数据库获取川芎的化学成分和作用靶点；通过GeneCards数据库筛选肺癌脑转移的相关靶点；借助Clusterpro-filerR包进行GO和KEGG富集分析；利用Cytoscape及STRING数据库构建川芎“活性成分-靶点-疾病”网络、蛋白相互作用网络，根据拓扑学参数筛选川芎治疗肺癌脑转移的核心成分及作用靶点，并将两者进行分子对接；最后，通过川芎处理人肺癌细胞PC9，运用Western blot法检测相关蛋白表达对核心靶点进行初步验证。结果 本研究共筛选出（Z）-藁本内酯、丁苯酞、油酸、杨梅酮等48个有效成分；INS、BDNF、FOS、VEGFA、PTGS2、ESR1、MAPK14、PTGS1等49个靶点蛋白；核受体活性、配体激活、转录因子活性等57个生物学功能；Prolactin signaling pathway、Breastcancer、Etrogen signaling pathway等40条信号通路。分子对接结果显示，杨梅酮、丁苯酞、4-羟基-3丁基苯酞、（Z）藁本内酯、洋川芎内酯-E等成分与BDNF、FOS、PTGS2、MAPK14等7个核心靶点有较强亲和能力。Western blot结果显示，0.1 mol/L和1 mol/L川芎处理肺癌细胞PC9后PI3K的磷酸化水平分别为（86.51±13.09）%、（71.58±5.56）%，AKT的磷酸化水平分别为（87.49±13.09）%、（71.47±13.02）%，VEGF的水平分别为（84.39± 8.95）%、（80.65±10.07）%，且差异均具有统计学意义（P<0.01）。结论 川芎通过多成分、多靶点、多信号通路和多生物学功能发挥抗肺癌脑转移的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨葛花-枳椇子治疗酒精性肝损伤的潜在作用机制

目的: 利用网络药理学和分子对接技术对葛花-枳椇子治疗酒精性肝损伤（ALI）的潜在作用机制进行研究。方法: 先利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和Swiss数据库搜集与葛花、枳椇子药材相关的化学成分及作用靶点,并以口服利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18对化合物进行筛选;同时,使用GeneCard、DrugBank数据库获取与ALI相关的靶点,借助韦恩图映射葛花-枳椇子治疗ALI的潜在作用靶点,再采用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用网络及“药材-潜在活性成分-作用靶点”相互作用网络;接着在DAVID和Reactome数据库中对潜在作用靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后,使用AutoDock Vina软件将潜在活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果: 在葛花-枳椇子中,共筛选出21个与疾病相关的潜在活性成分和431个潜在作用靶点,涉及蛋白结合、ATP结合等273种生物功能及磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、TNF信号通路等90条KEGG代谢通路和信号转导、免疫系统等362条Reactome通路。分子对接结果显示,21个潜在活性成分与核心靶点蛋白激酶B（Akt）1、肿瘤蛋白p53（TP53）、IL-6均有较好的亲和力。结论: 本研究结果揭示了葛花-枳椇子治疗ALI的多成分、多靶点、多途径的作用特点,并预测了可能的药效物质、关键靶点和作用通路,为其新药开发和作用机制研究提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接研究颐脑解郁方治疗抑郁症的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接的方法探讨颐脑解郁方治疗抑郁症的作用机制。方法：通过检索TCMSP、Symmap数据库获取颐脑解郁方的活性成分,利用 TCMSP、Uniport和Symmap预测活性成分的靶点,并通过GeneCards、OMIM、pharmgkb、TTD、DrugBank数据库检索抑郁症疾病靶点,将其疾病靶点取交集,进而将颐脑解郁方的活性成分靶点与抑郁症的疾病靶点取交集,利用Cytoscape构建药物成分-靶点网络,并使用STRING数据库构建蛋白相互作用网络(PPI),进行核心基因的GO和KEGG富集分析,并使用Pymol、AutoDock Tools软件制作分子对接。结果：共获取颐脑解郁方组方中6味植物药的活性成分72个,对应1363个目标靶点;通过CytoNCA筛选出9个关键靶点;GO富集分析得到生物学过程2624条、分子功能243条以及细胞组分116条,主要与炎症反应、以及氧化应激过程相关;KEGG富集分析得出194条显著富集的通路,主要为 IL-17 信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,其功能主要涉及免疫系统调控、信号传导、内分泌系统、细胞生长与凋亡等。结论：颐脑解郁方可通过多个化合物作用于多个分子靶点发挥其对抑郁症的治疗作用,其分子机制主要涉及抑制炎症反应,减弱氧化应激等方面。     

基于网络药理学与分子对接的蒺藜皂苷D抗肺纤维化的作用机制研究*

目的: 采用网络药理学和分子对接技术探讨蒺藜皂苷D治疗肺纤维化可能的分子机制。方法: 采用SwissTargetPrediction数据库收集蒺藜皂苷D靶点,通过UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行标准化;通过DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库检索“pulmonary fibrosis”,获取肺纤维化疾病靶点;通过韦恩图获取蒺藜皂苷D和肺纤维化的共同靶点,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析、基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用分子对接技术验证蒺藜皂苷D与核心靶点的结合能力。结果: 获取蒺藜皂苷D 43个潜在靶点,肺纤维化疾病1 492个相关靶点,蒺藜皂苷D与肺纤维化共同靶点17个,PPI网络中自由度排名前8个靶点分别为MAPK3、PPARG、IL6、TNF、VEGFA、TGFβ1、FGF2和STAT3;GO功能富集注释得到生物学过程(BP)条目418条,细胞组成(CC)条目22条,分子功能(MF)条目29条;KEGG通路分析得到69条信号通路;分子对接提示MAPK3、FGF2、STAT3、IL6、PPARG与蒺藜皂苷D的结合能均≤-5.0 kcal/mol。结论: 蒺藜皂苷D通过多靶点、多途径的效应发挥治疗肺纤维化的生物活性,其可能通过MAPK3、FGF2、STAT3、IL6和PPARG等靶点调控MAPK信号通路和PI3K-Akt信号通路治疗肺纤维化。     

基于网络药理学探讨三物白散治疗胃癌的分子机制及初步验证

目的 运用网络药理学联合分子对接探讨三物白散治疗胃癌的作用机制,通过体外细胞实验对相关靶点作初步验证.方法 利用TCMSP数据库获取三物白散的活性成分及潜在靶点;通过Genecards、OMIM、TTD数据库,收集胃癌相关的作用靶点;将三物白散潜在靶点与胃癌靶点相匹配,获得三物白散抗胃癌的作用靶点,使用STRING数据...     

基于网络药理学探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎作用机制

目的 运用网络药理学方法探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎的作用机制,使中药在防治类风湿关节炎中发挥更大的临床作用.方法 通过检索中药系统药理学数据库(TCMSP)获得独活寄生汤方药中各味药物的有效活性成分及相关靶点,类风湿关节炎的疾病数据通过OMIM和Genecards数据库获取,运用R×64 3.6.1软件绘制药物-疾...     

Network Pharmacology and Molecular Docking Study of Tongmai Zhuyu Decoction(通逐瘀汤) in Treatment of Atherosclerosis

目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨通脉逐瘀汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)、分子机制的生物信息学(BATMAN)数据库、通用蛋白质资源(Uniprot)数据库获得通脉逐瘀汤的活性成分及其作用靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(Gene Cards)数据库、基因疾病关联(DisGeNET)数据库和毒性与基因比较(CTD)数据库获取AS的相关靶点并与通脉逐瘀汤作用靶点取交集;基于Cytoscape软件构建通脉逐瘀汤治疗AS的化合物-靶点-疾病网络并进行网络拓扑学分析;通过检索交互基因搜索工具(STRING)数据库构建靶点蛋白质交互作用(PPl)关系网络并进行网络拓扑学分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接模拟;最终利用Bioconductor中的R包Cluster-profile version 3.12.0对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选到279种活性成分和586个靶点;分子对接模拟发现,川陈皮素、(+)-儿茶素、黄芩素等活性成分与关键靶点的结合活性较好;GO富集分析结果共有1749个GO条目,其中1627个生物过程条目、30个细胞组分条目和92个分子功能条目;KEGG通路富集分析结果共有94条通路,主要有低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路等通路.结论:通脉逐瘀汤可通过多成分、多靶点、多通路参与治疗AS.