实时荧光PCR检测手足口病病原体方法的建立及初步应用

目的 建立一种能同时检测肠道病毒、肠道病毒71型和柯萨奇病毒16型等手足口病病原体核酸的实时荧光PCR方法.方法 针对上述病毒的基因序列,设计、合成引物、探针.对38例手足口病患者在实时荧光PCR仪上进行扩增、检测和结果分析;并与常规RT-PCR方法的检测结果进行比对.结果 38例患者肠道病毒、肠道病毒71型和柯萨奇病毒16型实时荧光PCR方法与常规RT-PCR方法的阳性率分别为:73.7%、60.5%、13.2%、71.1%、55.3%、13.2%.统计分析表明,两种方法差异不具有统计学意义.结论 成功建立了肠道病毒、肠道病毒71型和柯萨奇16型病毒核酸的实时荧光PCR检测方法.     

实时荧光PCR检测手足口病病原体方法的建立及初步应用

目的建立一种能同时检测肠道病毒、肠道病毒71型和柯萨奇病毒16型等手足口病病原体核酸的实时荧光PCR方法。方法针对上述病毒的基因序列,设计、合成引物、探针。对38例手足口病患者在实时荧光PCR仪上进行扩增、检测和结果分析;并与常规RT-PCR方法的检测结果进行比对。结果38例患者肠道病毒、肠道病毒7l型和柯萨奇病毒16型实时荧光PCR方法与常规RT．PCR方法的阳性率分别为：73．7％、60．5％、13．2％、71．1％、55．3％、13．2％。统计分析表明,两种方法差异不具有统计学意义。结论成功建立了肠道病毒、肠道病毒7l型和柯萨奇16型病毒核酸的实时荧光PCR检测方法。     

实时荧光定量RT-PCR法定量检测手足口病病原体的探讨

目的了解北京市门头沟区手足口病患儿感染病毒的型别,探索用荧光定量RT—PCR法对手足口病患者咽拭子标本中肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A16（CoxA16）型病毒载量进行定量检测的可行性。方法采用实时荧光RT—PCR体外扩增法对81例手足口病患儿咽拭子标本提取的RNA进行检测。结果28例手足口病患者体内CoxA16病毒载量〉10^3 copies·ml-1。实时荧光定量RT—PCR法构建的标准曲线显示,样本阈值环数（Ct）值与病毒拷贝数的对数（10g10）之间的相关系数为0．9998,相关性良好。4例手足口病患者咽拭子标本中EV71型病毒载量〉10^3 copies·ml-1。实时荧光定量RT-PCR法标准曲线显示,Ct值与病毒拷贝数的对数之间的相关系数为0．9996,相关性较好。结论门头沟区手足口病病原谱以CoxA16型为主,34．6％的手足口病患儿CoxA16型病毒载量〉10^3 copies·ml-1,4．9％的患儿EV71型〉10^3 copies·ml-1。实时荧光定量RT-PCR法对咽拭子标本中CoxA16、EV71核酸定量检测比较简便快速、结果直观、稳定性强,为进一步探讨患者体内病毒载量与临床症状的关系打下了良好的基础。     

手足口病病原体实时荧光RT-PCR反应体系的建立与临床应用

目的 建立一种快速、准确、特异件高的方法 检测手足口病病原体.方法 根据引起手足口病常见致病原肠道病毒71(EV71)、柯萨奇病毒A16(CA16)及肠道病毒(EV),设计相应的引物、探针对35例临床诊断的手足口病患儿及20例正常健康婴儿的粪便进行EV、EV71、CA16三种病原体实时荧光RT-PCR检测,同时对55分标本进行EV71病毒培养分离.结果 35例临床诊断手足口病患儿粪便中EV全部阳性,EV71阳性25例,CA16阳性8例,其中3例为EV71、CA16同时阳性,与临床诊断符合率为85.71%,20例健康体检婴儿粪便中EV病毒5例阳性,EV71、CA16均阴性.结论 荧光RT-PCR对手足口病病原体检测准确性高、特异性强,具有快速、廉价等特点,适合于手足口病的早期诊断.     

实时RT-PCR检测159例手足口病患儿样本中肠道病毒的结果分析

目的 了解2009年4-8月首都儿科研究所附属儿童医院手足口病患儿肠道病毒的感染状况,为临床诊治提供参考.方法 采集首诊手足口病159例患儿的咽拭子和疱疹液标本,以肠道病毒(EV)通用型、柯萨奇病毒A16(CA16)型、肠道病毒71(EV71)型核酸检测试剂盒,应用实时RT-PCR法检测标本中的肠道病毒.选取阳性标本扩增VP1区,产物进行序列测定和分析.结果 (1)EV、CA16、EV71的阳性病例数分别为152、102、43;阳性率为95.6%、64.2%、27.0%.(2)CA16占EV阳性的67.3%,EV71占EV阳性的28.3%,非CA16和EV71的EV病例7例,占EV阳性的4.6%.CA16:EV71为2.37:1.(3)部分阳性标本经测序验证与此法结果一致.结论 2009年我院手足口病患儿以EV71和CA16感染为主,EV71感染的手足口病比例较2007年出现明显上升.     

惠州市重症手足口病病原谱及EV71型VP1区基因特征分析

目的分析惠州市手足口病重症病例的病原谱构成,了解惠州市肠道病毒71型分离株的VPl区基因特征．为科学防治手足口病提供科学依据。方法采集300例重症手足口病（HFMD）患者标本,采用实时荧光RT-PCR检测肠道病毒核酸,并对肠道病毒7l型（EV71）和柯萨奇病毒A16型（CoxA16）进行分型检测;选择8株EV71分离株进行VPl区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较。并用Mega5．0软件构建亲缘性进化树。结果通过实时荧光RT-PCR特异性检测,EV71阳性结果154份,阳性率为51．33％;CoxAl6阳性结果38份,阳性率为12．67％。测序结果表明,8株EV71之间的VPl基因核苷酸同源性为96．9％～99．2％。氨基酸同源性为99．3％～100％。VPI区基因遗传进化分析表明。8株EV71分离株与c4基因亚型的代表株处于同一分支,均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论惠州市手足口病疫情主要病原EV71病毒均属于C4a基因亚型,与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型一致,未产生明显的抗原漂移及变异。     

柯萨奇病毒A组天津分离株的分型鉴定及分子特征分析

目的 鉴定天津市手足口病病原体柯萨奇病毒A组2、4、5、6和10型,并分析其VP1区基因及分子流行病学特征.方法 提取45株非EV71非CV-A16肠道病毒分离株核酸,利用RT-PCR法扩增其VP1基因并测序,然后根据VP1区基因核酸序列,进行肠道病毒型别鉴定和同源性分析,构建种系发生树.结果 45株非EV71非CV-A16肠道病毒天津分离株分别为6株柯萨奇病毒A组2型(Coxsackie virus A2,CV-A2),14株CV-A4,3株CV-A5,8株CV-A6和14株CV-A10.柯萨奇病毒各型的株间核酸序列同源性均在80％以上,各型分离株与原型株的同源性均在71.2％ ～ 85.8％之间.天津各型分离株在种系发生树上均聚集于各自相对独立的分支,与国内流行株处在同一分支内,而与国外原型株处于不同的进化分支.结论柯萨奇病毒A组2、4、5、6和10型成为天津市手足口病的流行病原体,各型天津分离株株间核酸序列同源性较高,呈现一定的区域聚集性.     

2018—2020年云南省手足口病病原监测及柯萨奇病毒A组4型VP1基因特征分析

目的阐明2018—2020年云南省手足口病优势肠道病毒感染类型及柯萨奇病毒A组4型(CVA4)VP1基因特征分析。方法手足口病监测肠道病毒实时荧光定量PCR核酸阳性标本进一步病毒分离, 送中国疾病预防控制中心并对VP1基因测序分析。结果 2018—2020年共采集手足口病标本21 757份, 其中阳性标本16 457份, 阳性检出率75.64%。共分离阳性标本4 114份, 分离到毒株533份, 其中肠道病毒71型(EVA71)共89例, 占总病原的16.70%;柯萨奇病毒A组16型(CVA16)共180例, 占33.77%;CVA10为76例, 占14.26%;CVA6、CVA4分别占22.14%、4.88%;其他型别共44例, 占8.26%。5岁以下儿童是手足口患者主要人群, 男女性别比1.35∶1, 气温较高的第二、三季度是手足口病高发季。云南省CVA4主要分布在曲靖和昆明等地, 文山、红河零星分布, VP1基因全长915 bp, 26株CVA4毒株均属于C基因型的C2亚型, 与原始株AY421762-HighPoint之间遗传距离较远。VP1基因的18、23、34、102、14...     

北京地区与手足口病相关的非EV71、非CoxA16型肠道病毒的分子特征分析

目的 了解北京地区引起手足口病的非EV71、非CoxA16型肠道病毒的病原构成及优势型别VP4区遗传特征分析.方法 收集2009年4月-12月检测为非EV71、非Cox16型肠道病毒的手足口病患者咽拭子标本共45份.提取病毒核酸,用巢式RT-PCR法扩增病毒VP4区序列,对PCR阳性扩增产物进行测序,通过与GenBan...     

昆明地区EV71所致手足口病90例临床分析

手足口病是由肠道病毒引起的儿童常见急性传染病。引起手足口病的主要病毒为小RNA病毒科肠道病毒属的柯萨奇病毒A组4、5、7、9、10、16型,B组2、5、13型;埃可病毒和肠道病毒71型（EV71）,其中以EV71及柯萨奇A16型最常见,EV71感染易导致重症手足口病[1]。     

肠道病毒71型实时荧光RT-PCR检测方法的建立及临床评价

目的利用实时荧光RT-PCR技术,并通过系统的分析性能和临床性能评价,建立一种早期快速检测肠道病毒71型（EV71）的方法。方法根据EV71基因组中编码衣壳蛋白VP1基因保守区序列设计一对引物和一条荧光探针,利用实时荧光RT-PCR技术建立了检测EV71的方法,并对扩增产物进行分析,同时进行灵敏度、特异性、精密度评价,在此基础上利用不同标本类型共1104例临床样本对本方法和RT-PCR方法进行对比分析。结果本方法可以特异性的检测EV71,而对种属相近的或引起症状相似的其他病毒均无交叉反应。本方法检测灵敏度达到9.22×102PFU/ml,不同浓度样本的Ct值的变异系数在1.4%～2.9%之间。1104例临床样本的研究显示本方法与RT-PCR方法检测结果的总符合率达到96.74%,阳性样本的检出率要高于RT-PCR方法。结论本方法检测EV71具有灵敏度高、特异性强、精密度高、快速简便的特点,并与RT-PCR方法具有很好的符合率,在手足口病的早期快速诊断和疫情监测方面具有很好的应用前景。     

2009年夏季174例手足口病患儿病原分析

目的分析本院2009年夏季手足口病患儿病原及其血清型特征,为临床早期诊断和疾病防控提供实验依据。方法2009年4—9月,首都儿科研究所附属儿童医院门诊就诊的174例手足口病患儿咽拭子和疱疹液,实时荧光RT—PCR方法检测肠道病毒通用型（EV）、柯萨奇A16型（CA16）、肠道病毒71型（EV71）。131例患儿双份血清,同时检测CA16、EV71IgM抗体。CA16和EV71阳性标本扩增VP1区基因片段后测序,进行同源性和系统进化分析。结果（1）EV、CA16、EV71阳性例数分别为167、112、46;阳性率为96．O％、64．4％、26．4％,CA16：EV71为2．43：1。（2）首诊血清CA16和EV71IgM阳性例数为51、25,阳性率为38．9％、19．1％,复诊阳性例数为98、32,阳性率为74．8％、24．4％。（3）CA16VP1区核苷酸同源性为88．7％-98．5％,EV71VP1区核苷酸同源性为94．9％-99．7％,与c4亚型参比序列核苷酸同源性92．1％～95．3％。结论2009年夏季本院手足口病患儿病原以CA16、EV71为主,EV71阳性率较之前报道有较大幅度升高。EV71病毒株以c4亚型为主。实时RT-PCR法较血清学检测特异性IgM抗体更适于疾病早期诊断。     

肠道病毒71型IgM抗体检测在手足口病早期诊断中的价值

目的评估人肠道病毒7l型（EV71）IgM抗体在手足口病早期诊断中的价值。方法自发病后连续每日采集2010年我院收治的38例手足口病患儿血清及咽拭子标本,分别检测EV 71 IgM抗体、肠道病毒核酸、EV71特异核酸。结果38例手足口病患儿IgM抗体,按发病天数累加阳性率分别为：第1天60．5％、第2天71．1％、第3～4天81．5％、第5天92．1％、第6天92．1％;肠道病毒核酸阳性率为73．6％;EV71特异核酸阳性率为60．5％。结论EV 7l IgM抗体在手足口病发病的第1天即可出现,至第5天阳性率达到峰值,可作为手足口病早期诊断指标之一。