石蜡包埋组织DNA快速提取法在分子病理检测中的应用

<正>随着分子生物学的飞速发展,分子生物学技术已在分子靶向治疗、HPV分型检测、淋巴瘤的诊断等方面发挥了极为重要的作用。分子病理检测的首要步骤就是从石蜡包埋组织中提取DNA,常用的DNA提取方法主要有酚-氯仿法、离心柱法等。酚-氯仿法操作复杂,DNA损失较多,并且对人体有害,不适宜用于临床;离心柱法操作较为简便、能够得到较高质量的DNA,是目前临床分子病理DNA提取的主要手段,     

石蜡组织标本储存时间对DNA及EGFR基因检测的影响

正福尔马林固定后石蜡包埋组织(formalin fixed and paraffin embedded,FFPE)能够延长临床手术标本的保存时间,保持组织结构和细胞形态的完整性以及抗原的免疫活性,是病理科最常用的标本保存方式。随着分子病理学的发展以及个体化医疗时代的来临,从FFPE中提取到符合分子病理检测要求的DNA变得至关重要。石蜡包埋组织DNA提取技术经过数十年不断的优化[1],目前可以从FFPE中提取到的高质量DNA,满足PCR以及二代测序等分子病理技术平台的需求[2-5]。但FFPE在经过长时间的保存以后,     

结直肠癌石蜡切片行免疫组化染色后的DNA质量评估

目的对免疫组化染色后的结直肠癌石蜡标本重新处理,提取DNA并进行质量评估,旨在探讨稀缺标本重利用进行相关分子检测的可行性。方法收集病理确诊的结直肠癌石蜡标本30例,其中结肠癌13例,直肠癌17例。切片采用免疫组化En Vision两步法染色后进行DNA提取,并进行CTNNB1基因检测和CDH1甲基化检测。结果 30例经免疫组化染色的石蜡标本中提取到的DNA质量合格,并可以顺利进行后续CTNNB1基因检测和CDH1甲基化检测。结论结直肠癌标本,尤其是标本量较少或难以获取的样本,经免疫组化染色后仍能够提取高质量的DNA,并且可以用于靶基因的下游分子分析,是值得推广的方法。     

福尔马林固定石蜡包埋组织microRNA提取方法及质量控制

迄今为止,病理学诊断技术已从传统的大体解剖病理学和组织形态学诊断,发展到与免疫组织化学、原位杂交、DNA片段分析等分子诊断技术相互结合的新阶段。形态学诊断虽仍是病理诊断的基础和重要依据,但分子检测技术提供了更丰富的信息作为辅助,进而指导临床治疗。分子检测技术是分子诊断的前提和基础。病理诊断医师只有在熟练掌握分子检测技术的前提下,才能准确判读分子检测结果。目前,应用于病理科的分子检测技术有荧光原位杂交、实时定量PCR、DNA测序和片段分析等。利用上述     

高通量测序技术在循环肿瘤DNA检测中的应用

目的 肿瘤是影响人类生命的重要威胁因素,肿瘤的早期诊断、预后及疗效评估有利于提高患者的生存率.目前临床上癌症的伴随诊断主要依靠肿瘤组织病理、内窥镜等检查,但都存在侵入性和异质性的问题.而在肿瘤细胞DNA中发生的分子变化如突变、易位和甲基化等,在循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)中也...     

手工与全自动核酸提取仪提取石蜡包埋组织DNA的比较

目的：比较手工与全自动核酸提取仪提取石蜡包埋组织DNA的浓度和纯度之间的差异,探讨不同提取方法、不同消化方式对DNA提取的影响。方法：选取27例中性福尔马林固定石蜡包埋组织标本,同一技师分别用手工提取与全自动核酸提取仪提取DNA的方法以及分别置于金属浴和恒温箱中消化,进行DNA提取。结果：使用金属浴对组织进行消化,手工提取DNA的浓度为107.1±30.1 ng/μL,全自动核酸提取仪提取DNA的浓度为39.1±16.5 ng/μL；使用恒温箱对组织进行消化,手工提取DNA的浓度为75.5±28.2 ng/μL,全自动核酸提取仪提取DNA的浓度为29.6±17.1 ng/μL,手工提取DNA的浓度均较高,差异有统计学意义(两者均为P<0.01)。手工提取和全自动DNA提取中,使用金属浴消化提取的DNA浓度均比使用恒温箱消化的高(107.1±30.1 VS 75.5±28.2,39.1±16.5 VS 29.6±17.1),差异有统计学意义(两者均为P<0.05)。不同提取方法及消化方式提取DNA的纯度无显著性差异。 结论：手工提取石蜡包埋组织DNA的浓度较高,使用金属浴消化组织提取DNA较恒温箱消化好,不同方式提取的DNA质量均满足分子病理检测需求。     

探讨从外周血获取DNA标本的影响因素

随着分子生物学技术的发展,使得早期对疾病基因水平的诊断成为可能。这些技术广泛地应用于流行病学研究,逐步形成分子流行病学这门学科。 分子流行病学研究常常需要用经济、快速、安全的方式获取DNA标本,并要使所获得的DNA达到相对较高的质量和产量。外周血是最易获取DNA分子的生物标本,本研究模拟大规模流行病学研究时血液标本采集、处理、检测的实际情况,旨在发现不同DNA提取方法、血液标本类型以及保存对DNA标本产量、质量的影响。     

抗原受体基因重排PCR分析的石蜡包埋组织DNA提取方法的探讨

抗原受体基因(ARG)重排PCR克隆性分析是淋巴瘤辅助诊断重要分子技术.该项技术从上个世纪90年代应用以来,经历了许多重要的技术上的改进,包括DNA提取、引物设计、产物检测手段等[1-4].     

盐析法从全血中快速提取高质量的基因组DNA

本文采用盐析法从不同抗凝剂的血样和新鲜血凝块中提取高质量基因组DNA。结果显示从不同抗凝剂的血样和新鲜血凝块中所提的基因组DNA的量和纯度无统计学差异。该方法是一种快速、安全、经济的DNA提取方法，特别适用于大规模的分子流行病学和临床检验。     

利用孕妇血浆中胎儿游离DNA进行无创伤性产前基因诊断的研究进展

孕妇血浆中胎儿游离DNA,源于胎儿细胞和/或胎盘的凋亡,经核酸内切酶选择性地剪切为313 bp以下的短片段分子,因相对含量丰富,成为了当前无创伤性产前分子遗传诊断中胎儿DNA的重要来源,业已开展了胎儿性别鉴定、RhD阴性孕妇的Rh（D）基因检测、胎儿非整倍体病的诊断、STR遗传标记检测等应用研究。根据胎儿游离DNA的浓度、纯度、分子片段大小分布的特征和检测的靶基因,采用相应的分子基因诊断策略和实验设计,限制扩增产物的片段长度,有助于提高无创伤性产前胎儿分子遗传诊断的成功率。当前,大规模并行基因组测序技术为直接利用胎儿游离DNA进行无创伤性产前基因诊断开辟了新途径。     

石蜡包埋组织DNA保存时间对KRAS基因突变检测结果的影响

<正>近年来,保存多年的肿瘤DNA样本、新鲜冷冻组织和甲醛固定石蜡包埋(FFPE)组织,已经能够广泛用于肿瘤相关突变基因筛选、基因诊疗、恶性肿瘤流行特征及动态分析等工作,因而逐渐成为分子生物学研究的重要材料来源[1]。石蜡包埋组织样本保存3年基本发生降解,提取的DNA质量无法满足基因检测的要求;而新鲜冷冻组织获取的途径比     

真菌DNA提取法对鸡尾酒PCR结果影响的研究

真菌感染是艾滋病、免疫缺陷病、癌症及各科危重症的重要死因,真菌也是院内感染的重要病原体,因而真菌研究在医学上具有重要意义。近年真菌分子生物学研究已成热点,但成败的关键之一是真菌DNA 的提取。本实验目的是通过比较三种方法提取DNA 后的聚合酶链反应(PCR)结果,建立一个最优DNA 提取法,用于真菌分子生物学研究和临挡分子诊断。     

不同样品提取方法对地中海贫血基因诊断的影响

目的:考察不同全血基因组提取方法对地中海贫血基因诊断的影响.方法:使用酚/氯仿抽提法、盐析法、Chelex快速法和硅吸附法提取全血基因组DNA.使用分光光度计和电泳法检测提取DNA的质量.结果:4种方法提取的DNA无明显质量差异,但地中海贫血基因检测试剂盒检测结果标明,除Chelex快速法提取的DNA有时会出现扩增效果不好外,其他方法提取的DNA都可获得满意的效果.结论:4种基因组提取方法均可用于地中海贫血的基因诊断,但在临床应用中应格外小心.     

介绍一种石蜡组织标本RNA与DNA共提取的方法

正近几年,随着对恶性肿瘤发生发展分子机制的深入研究,靶向治疗在肿瘤的治疗领域发挥着越来越重要的作用,因此个体化分子检测肿瘤中是否存在靶向药物的相应分子靶点~([1]),已成为临床医师实施靶向药物治疗的依据。由于石蜡组织同时提取DNA和RNA时需要的标本量较大,尤其对于穿刺组织因标本量的局限性,有的只能开展部分检测项目。本文介绍一种石蜡组织标本RNA和DNA共提取的方法,可以大大减少标本的使用量。     

细胞蜡块的制作改进与体会

随着病理新技术的不断进展,胸、腹水等液体的诊断也需要通过免疫组化或分子病理检测来进行判读,为下一步的精准治疗提供依据.因此细胞蜡块的制作就尤为重要,细胞蜡块可以很好地保持组织细胞的完整性,细胞蜡块中细胞的分布保留与实体组织有类似的排列结构,可提高诊断的准确性,并可以重复切片进行多项组织检测.但由于胸、腹水等液体的细胞成...     

分子病理学技术在肿瘤诊治中的应用

近几十年来,新兴学科——分子病理学的出现,使得人类对疾病特别是肿瘤的研究从器官、组织、细胞水平深入到蛋白、染色体和DNA水平.这不仅能为病理诊断提供更准确、更客观的依据,且可更好地指导肿瘤的靶向治疗和预后判断等,极大地推动了病理学的发展.分子病理学的技术如免疫组化、原位杂交、基因突变检测、生物芯片、流式细胞术等,已经得到了广泛应用,并将在未来的医疗领域里扮演越来越重要的角色.本文就近年来分子病理学技术在肿瘤诊治中的应用进行综述.     

外泌体内分子标志物检测及其临床应用

外泌体(exosome)是一类可由多种细胞分泌并包裹了蛋白质、mRNA、微小RNA(microRNA)、非编码RNA(lncRNA)、DNA、脂质等物质的膜性囊泡,研究发现exosome在细胞间通讯、肿瘤免疫、肿瘤治疗、组织损伤修复、疾病诊断中具有重要的意义。对不同来源的exosome携带的内容物进行分析并筛选其特异性的分子标志物,将为相关疾病的诊断及其发生发展的研究提供非常重要的帮助。Exosome可以在血液、尿液、唾液、胸腹水、乳汁、脑脊液、肺泡灌洗液等体液中被检出。随着exosome分离和分析检测技术的发展,越来越多分子标志物被发现,exosome内分子标志物有望为恶性疾病的早期诊断、预后判断提供新的依据。     

高危型HPV DNA检测在宫颈病变筛查中的价值

目的 评价高危型HPV DNA检测在宫颈病变筛查中的价值及相关影响因素.方法 对该院2 873例妇女采用HPV DNA检测(HPV16、18亚型),筛查结果阳性的女性接受阴道镜检查和病理活检,并以病理结果为金标准.计算不同年龄组(17～34、35～49、50～59岁)、不同地区(农村、城市)、体质量超标组与正常体质量组中HPV DNA阳性率;对研究期间该院共86例病理阳性(CINⅠ、CINⅡ、CINⅢ和鳞状细胞癌)的患者,比较不同病理分型患者中HPV DNA的检出率.结果 不同年龄组(17～34、35～49、50～59 岁)HPV DNA阳性率分别为36.4%、11.1%、16.3%,17～34岁组与其余两组HPV阳性率差异有统计学意义(P<0.05),而其余两组间差异无统计学意义(P>0.05);农村组与城市组HPV DNA阳性率为27.6%、11.1%,两者差异有统计学意义(P<0.05);体质量超标组与正常体质量组中HPV DNA阳性率为18.0%和15.8%,两组间差异无统计学意义(P>0.05);确诊86例病理阳性患者中,HPV DNA阳性77例,不同病理分型患者中HPV DNA阳性率分别为86.96%、90.00%、91.67%、100.00%,差异无统计学意义(P>0.05),总检出率为89.53%.结论 高危型HPV DNA检测在宫颈病变中有重要应用价值,不同年龄组、不同地域之间有显著性差异,HPV阳性检出率随病理分级严重程度呈趋势增高.     

手工组织显微切割后的快速DNA提取技术

目的:为寻找一种操作简便、结果稳定可靠的组织处理及切片染色技术,尝试应用组织切片手工显微切割后快速提取DNA的方法,观察提取的DNA质、量是否能满足后续分子水平研究的需要.方法:实验于2004-07/2007-07在广东医学院病理学实验室完成.取广东医学院附属医院病理科提供的子宫颈癌石蜡包埋组织切片,将切片贴于载玻片长时间完全脱蜡后,用苏木精对细胞核进行淡染,再在倒转置显微镜下进行显微切割,将切割下的组织放入装有提取缓冲液的EP管中,整个过程不需更换EP管,不经过复杂的酚一氯仿抽提,采用细胞裂解并蛋白酶K消化的方法,快速、简便提取DNA.结果:经分光光度计检测提取的DNA浓度为0.14～5.25 g/L,A260A280值在1.6-1.8i PCR检测扩增出了预期长度为231 bp的目的片段.结论:手工组织显微切割后快速DNA提取法可以提供足量浓度的DNA,PCR反应模板结果稳定可靠,可满足后续分子水平研究的需要.     

分子生物学技术在性病诊断和控制中的应用

分子生物学技术主要指研究遗传物质DNA分子性质所使用的一门技术。分子生物学技术的发展,使得性传播感染的实验室诊断产生了新的飞跃。这些技术主要包括DNA的提取、凝胶电泳、限制性内切酶消化,切割和指纹分析,DNA分子杂交、PCR等。分析DNA分子,有助于性病的筛查、诊断、分型和控制。1性传播感染诊断模式的改变据估计,大约50%的性传播感染无症状,无症状患者是重要的传染源。一般而言,无症状感染者的病原体载量较低,因此需要灵敏度更高的方法来检测,核酸扩增技术敏感性很高,因此可用于对这些人群的筛查,从而阻断感染的传播,减少或消灭…