大叶钩藤的分子鉴定

目的:以核糖体转录间隔区(rDNA ITS)序列为分子标记,对钩藤属的常用中药材大叶钩藤(Uncariamacrophylla Wall.)进行遗传分析,阐明大叶钩藤的分子系统发育关系。方法:通过改良CTAB法提取大叶钩藤植物总DNA,利用通用引物对rDNA ITS序列进行PCR扩增,经克隆、测序后,运用Clustal X,BioEdit和PAUP等软件进行序列分析和构建系统发育树。结果:测序得到大叶钩藤植物的rDNA ITS区序列长度为718 bp,序列分析结果显示大叶钩藤与Genbank中已有的钩藤属植物相似,在系统发育树中与钩藤属植物Uncaria guianensis(AJ414546)和Unacria africana(AJ414545)聚类成为一枝,又与钩藤属的钩藤(U.rhynchophylla,AJ346900)、华钩藤(U.sinensis,FJ980386)、毛钩藤(U.hirsute,GU937110)和无柄果钩藤(U.sessilifructus,GU937111)并排聚类成一枝。结论:基于rDNA ITS区序列的测序分析和系统发育树构建的分子生物学方法,能够对大叶钩藤进行准确的分子鉴...     

钩藤属植物分子鉴定的DNA条形码筛选

目的 应用分子生物学鉴定技术,筛选出应用于鉴定钩藤属物种的最佳DNA条形码,建立快速、准确、便捷的钩藤属植物鉴定方法.方法 从广东、广西等地收集了8个钩藤属物种的叶片、茎枝作为材料,共计44份样品.提取样品总DNA,分别对条形码ITS、matK、psbA-trnH、rbcL、trnL-trnF序列进行扩增、测序、拼接、...     

贵州中药材钩藤属植物的分子鉴定

目的：对来自贵州钩藤原产地类似钩藤的4个中药植物材料的rDNA ITS序列进行分析，并构建了它们的系统发育树，从遗传本质上对这些材料的分类地位和种类鉴定提供分子证据。方法：对4个中药植物材料的rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序，运用ClustalX、BioEdit和PAUP^＊ 4．0 beta 10等软件对ITS区序列进行分析。结果：获得rDNA ITS1、ITS2和5．8S rDNA完整序列，以Mitragyna rubrostipulata（AJ492621）和Mitragyna rubrostipulata（AJ605988）为外群，构建这4个类似钩藤的植物材料的系统发育树。结论：研究材料属于药用钩藤属的重要种类，并且是与Uncaria rhynchophylla具有很近亲缘关系的4个相近种类。     

耳草属岭南药材DNA分子鉴定研究

目的：本研究应用ITS2序列作为DNA条形码对9种广东耳草属药材进行鉴定研究。方法：收集广东耳草属药材样本,通过植物基因组DNA提取、PCR扩增以及产物的双向测序获得ITS2序列,所得序列采用CodonCode Aligner进行拼接。用MEGA 6.06进行比对,分析种内和种间遗传距离,并构建系统进化树。结果：9种耳草属植物65条序列长度范围为208-224bp,共有92个碱基变异位点,种内遗传距离（0.002）明显小于种间遗传距离（0.202）。NJ和ML聚类树结果基本一致,除耳草与金毛耳草关系较近难以区分外,其余7个物种种内样本分别聚在一支,表现出单系性。结论：ITS2序列基本能够准确的鉴定广东耳草属药材,可作为耳草属药材基原植物鉴定的候选条形码序列。     

高良姜及其混淆品的分子鉴定

目的:探讨基于ITS2条形码序列鉴定高良姜及其混淆品的新方法。方法:本研究对高良姜及其混淆品6个物种9份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时扩大研究范围从Gen-Bank上下载同属共15个物种37个样本。用MEGA4.1计算其种间、种内的K2P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树。结果:高良姜基源植物种内最大K2P距离为0.0171,与混伪品的种间最小K2P距离为0.0469;高良姜及其混淆品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示高良姜的不同来源聚在一支,能较好与混淆品区分。结论:ITS2序列能够成功鉴定高良姜及其易混淆品,可以作为高良姜及其混淆品的分子鉴定工具。     

高良姜及其混淆品的分子鉴定

目的:探讨基于ITS2条形码序列鉴定高良姜及其混淆品的新方法.方法:本研究对高良姜及其混淆品6个物种9份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时扩大研究范围从GenBank上下载同属共15个物种37个样本.用MEGA4.1计算其种间、种内的K2P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树.结果:高良姜基源植物种内最大K2P距离为0.0171,与混伪品的种间最小K2P距离为0.0469;高良姜及其混淆品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示高良姜的不同来源聚在一支,能较好与混淆品区分.结论:ITS2序列能够成功鉴定高良姜及其易混淆品,可以作为高良姜及其混淆品的分子鉴定工具.     

基于ITS2序列鉴定6种假龙胆属及3种近缘属植物

目的：基于ITS2序列建立6种假龙胆属植物的分子鉴定方法。方法：采集6种假龙胆属植物和喉毛花属、花锚属、龙胆属的植物各1种,所有样品进行总DNA提取,PCR扩增,并对扩增产物进行测序,用MEGA 4计算其种间遗传距离,最后利用ITS2序列构建其系统发育树。结果：序列长度为319~334 bp,GC含量为58.9%~66.2%。种与种之间的遗传距离范围为0.051~0.464,通过系统进化树进行的聚类分析可以将6种假龙胆属植物有效地区分开。结论：ITS2可以成功鉴别出6种假龙胆属植物,可以作为假龙胆属植物的分子鉴定方法,具有重要的应用价值。     

三种一般钩藤ITS序列的RFLP分析

目的以核糖体转录间隔区(rDNA ITS)序列为分子标记,对采集自3个不同地区的一般钩藤Uncaria rhynchophylla(Miq.)Jack.进行RFLP遗传分析,研究不同地理区域一般钩藤的rDNA ITS序列是否具有生物地理差异。方法通过改良CTAB法提取一般钩藤总DNA,利用通用引物对其rDNA ITS序列进行PCR扩增,并对连接转化后扩增得到的rDNAITS序列进行限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)分析。结果获得采集自广东韶关阳山、广东梅州大埔、广西植物园的3种一般钩藤两种限制性内切酶(Msp I&HaeⅢ)酶切图谱。结论通过基于rDNAITS序列进行的RFLP分析,表明这3个地区的一般钩藤rDNA ITS序列无明显差异,不同区域的一般钩藤其遗传本质不具有地理差异。     

黄芪与其混伪品的ITS序列分子鉴定研究

目的:研究黄芪与其混伪品之间的DNA分子鉴别方法.方法:采集不同产地的黄芪药材13份,替代品红芪2份,混伪品紫花苜蓿3份和蜀葵1份,所有样品进行总DNA的提取,PCR扩增,并对扩增产物进行测序得到相应的序列,同时从GenBank下载蓝花棘豆、锦鸡儿2种伪品的ITS序列.用MEGA 4计算其种间的K-2-P距离,最后利用ITS序列构建其系统发育树.结果:测得了19份样品的ITS序列全长,分别为蒙古黄芪646 ～ 650 bp,膜荚黄芪为646～650 bp;红芪为664 bp;紫花苜蓿为659 bp;蜀葵为728 bp,在GenBank中注册,获得登记号.通过以ITS序列重建系统进化树进行的聚类分析可以将黄芪与其混伪品有效的区分开.结论:ITS序列能够成功鉴定黄芪及其易混伪品,可以作为黄芪与其混伪品的分子鉴定方法.     

牛蒡子及其伪品的ITS序列分子鉴定研究

目的:研究牛蒡子与伪品之间的DNA分子鉴别方法.方法:采集全国26个不同产地的牛蒡子药材26份和4种伪品毛头牛蒡、大翅蓟、紫穗槐、水飞蓟10份样品进行总DNA的提取,PCR扩增,对扩增产物克隆并测序,计算机软件统计分 析.结果:测得了36份样品的ITS序列全长,分别为牛蒡子641 bp,毛头牛蒡为641 bp;大翅蓟为639 bp;水飞蓟为630～631bp;紫穗槐为625～626 bp,在GenBank中注册,获得登记号.牛蒡子样品间的相似度大于99%,牛蒡子与大翅蓟、水飞蓟、紫穗槐间的相似度低于95%,毛头牛蒡与牛蒡子的相似度为98.29%～99.22%.通过以ITS序列重建系统树进行的聚类分析可以将牛蒡子与伪品有效的区分开.结论:根据ITS序列,能够有效的区分牛蒡子与伪品.     

名贵动物药材穿山甲的DNA条形码分子鉴定研究

利用COI序列作为DNA条形码对名贵珍稀动物药材穿山甲及其混伪品进行鉴定,为穿山甲药材分子鉴定提供科学依据。该实验采用试剂盒法提取穿山甲及其混伪品的基因组DNA,通过PCR扩增和双向测序,应用CodonCode Aligner软件进行校对拼接,采用MEGA 6.0软件对所有7个物种的56份样品进行序列比对,构建邻接（NJ）树。结果表明穿山甲药材COI序列扩增成功,所构建的NJ树结果显示穿山甲及其混伪品均可明显区分。因此,基于COI序列,应用DNA条形码技术可有效鉴定名贵动物药材穿山甲及其混伪品,为其市场监管提供了新的技术手段。     

基于中药系统鉴别法的金铁锁及其混淆品的精确鉴别

目的:建立金铁锁药材及其混淆品有效的鉴别方法,分析二者在显微特征、DNA信息特征等方面的差异,为精确鉴定金铁锁药材及其混淆品,以保障用药安全奠定基础.方法:采用中药系统鉴定,对金铁锁药材及其市售混淆品样本的显微特征及其ITS序列进行BLAST比对分析、ITS序列的特异位点差异分析,N-J系统发育树分析等,建立金铁锁及其混伪品的系统鉴定方法.结果:中药系统鉴定法的显微特征中,金铁锁正品药材中无草酸钙结晶,而其混淆品瓦草中具有大量的草酸钙簇晶分布,可作为其鉴定的重要依据之一;此外,金铁锁药材ITS序列与瓦草ITS序列差异明显,采用BLAST比对分析、N-J系统发育树分析等可将二者进一步精确鉴别.结论:采用中药系统鉴定法能够很好的对金铁锁及其混伪品进行精确的鉴别.     

基于ITS2条形码SNPs的人参和西洋参PCR-SSCP分子鉴别研究

目的:依据人参和西洋参ITS2条形码的专属性SNP鉴别位点,建立利用PCR-SSCP技术鉴别人参和西洋参的方法.方法:查找GenBank上已收录的人参和西洋参ITS2序列,进行比对分析,筛选人参和西洋参ITS2序列的专属性SNP鉴别位点,据此设计引物,采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法对11个人参样品和10个西洋参样品进行分析,对PCR产物进行测序验证.结果:人参和西洋参样品的PCR-SSCP谱带与各自的对照药材谱带一致,人参和西洋参的PCR-SSCP谱带有显著差异;PCR-SSCP鉴别结果和经测序鉴别结果一致.结论:和测序法相比,PCR-SSCP方法快速、准确,可用于人参和西洋参药材的鉴定.     

荒漠植物牛心朴子内生真菌的分离与鉴定

目的:研究荒漠植物牛心朴子内生真菌类群在不同器官中分布的多样性及其与生态环境的关系,并初步筛选牛心朴子具有潜在生物活性的内生真菌.方法:采用PDA培养基,分别对陕西、宁夏野生牛心朴子内生真菌进行分离、纯化;根据菌落的形态特征并结合真菌的ITS序列进行菌株鉴定;采用稻瘟酶模型,初步筛选活性菌株..结果:从牛心朴子中共分离得到内生真菌94株,鉴定为6目9科13属9种,其中宁夏产地47株,根5株,茎14株,叶28株,鉴定为4目5科9属8种;陕西产地47株,其中根16株,茎18株,叶13株,鉴定为4目6科8属5种;18株真菌代谢产物能完全抑制稻瘟霉孢子萌发,其中N4和S17菌株的发酵液病原菌菌丝生长的抑制作用均比较强.结论:荒漠植物生心朴子内生真菌具有多样性,不同地理环境和组织类型对内生真菌的数量和种群组成存在显著差异;宁夏牛心朴子菌株分布于叶中较多,陕西牛心朴子菌株分布于茎、叶中较多;牛心朴子内生真菌具有显著的抗稻瘟菌活性.     

ITS2和psbA-trnH序列鉴别马鞭草科药用植物

目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest Distance方法的鉴定成功率等指标来评价各序列的鉴定能力。结果:对马鞭草科32个种55个样本的序列分析发现,matK的扩增成功率太低,未纳入后续分析;ITS,ITS2,psbA-trnH以及rbcL的扩增及测序成功率分别为83.6%,83.6%,96.4%,98.2%,其鉴定成功率除rbcL为77.8%,75.9%外都为100%,但ITS2序列的种间,种内差异,barcoding gap较psbA-trnH,ITS有明显优势。ITS2序列进一步纳入网上163个样品的数据后其鉴定成功率依然可以达到89.5%,87.6%。结论:考虑到psbA-trnH较高的测序成功率,ITS2和psbA-trnH是适合马鞭草科植物鉴别的一个较好DNA条形码序列组合。     

地黄资源遗传多样性分析

目的:研究不同地区栽培地黄及野生地黄品种间ITS序列差异,为地黄的系统发育和分子鉴定提供依据。方法:用CTAB法提取地黄叶片中总DNA,对PCR产物进行克隆测序,采用MEGA4.0进行系统进化分析。结果:各供试地黄的ITS区序列总长度为613~614 bp,长度变异仅1 bp,其中ITS1长度为224~225 bp,G+C占60.4%~63%;ITS2长度为224~225 bp,G+C占57.1%~65.3%;5.8S长度高度保守,均为164 bp。系统发育分析表明:北京2号地黄与其他地黄资源差异性较大,亲缘关系较远。野生地黄居群内差异较小,居群间没有差异。河南栽培地黄与山西、山东省栽培地黄间没有差异;野生地黄资源中神农山和青天河一带地黄与山东省栽培地黄亲缘关系最近,而河南栽培地黄和山西省栽培地黄与野生地黄没有差异。结论:不同地区地黄资源种间亲缘关系较近,系统分化不明显。     

甘肃野生秦艽rDNA ITS区序列分析

目的:比较研究甘肃不同地区4种野生秦艽rDNA ITS碱基序列的差异及其规律,寻找秦艽组药材之间的分子鉴别方法。方法:对rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序,运用Clustal X,MEGA3等软件对ITS区序列进行分析。结果:不同地区秦艽、麻花秦艽、小秦艽及黄管秦艽的ITS长度为800 bp,ITS1,5.8S和ITS2序列长度分别为290,170,340 bp。根据两者序列以邻接法建立分子系统发生树。结论:ITS序列可以作为野生秦艽分子鉴定的依据。     

基于ITS序列的中国药用石斛及其混伪品的分子鉴定

目的:通过测定17种药用石斛的rDNA ITS全序列,构建分子系统树,在分子水平对待检种进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.方法:采用改良的CTAB法提取石斛叶片DNA,PCR扩增rDNA ITS区全序列,产物回收纯化后直接测序,运用Bioedit,MEGA 4.0等软件分析石斛属植物的rDNA ITS序列的特征.结果:建立了17种药用石斛rDNA ITS区碱基全序列数据库,其中,ITSl的长度为228～234 bp,GC量为45.7%～53.0%,变异位点167个,占总位点67.34%,信息位点106个,占总位点42.74%;ITS2长度为241～247 bp,GC量为44.8%～55.7%,变异位点165个,占总位点66.27%,信息位点115个,占总位点46.18%.属间的遗传距离为0.295,石斛种间的平均遗传距离为0.142,种内各居群间的平均遗传距离为0.002.结论:利用17种石斛的全序列数据库及遗传分析软件,通过对待检种rDNA ITS区进行序列测定,可以在分子水平对石斛不同种质进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.     

常用藏药"松蒂"(篦齿虎耳草)的显微鉴别研究

目的:建立常用藏药材“松蒂”(篦齿虎耳草)的显微鉴定方法.方法:对“松蒂”主流品种篦齿虎耳草及其近似种爪瓣虎耳草、唐古特虎耳草和青藏虎耳草的性状、显微特征进行比较组织学研究.结果:明确了篦齿虎耳草药材性状、各部位(根、茎、叶、花、花梗及果实)组织构造、粉末显微特征;建立了4种虎耳草的药材性状、茎横切面、叶横切面及粉末鉴别方法.结论:根据基生叶着生形态、毛茸类型、花序类型、小花数目、茎各组织部位比例、花粉粒形态等的特征能有效地鉴别“松蒂”的主流品种篦齿虎耳草及其近似种.     

龙脑樟中内生真菌bn12分子鉴定及挥发性代谢产物分析

目的:对龙脑樟中内生真菌bn12菌种进行鉴定,并对其的挥发性代谢产物进行分析.方法:采用形态学结合ITS序列分析法对菌种进行鉴定,采用GC-MS对挥发油成分进行分析.结果:内生真菌bn12的ITS序列与格孢菌目Pleosporales中格孢菌科Pleosporaceae的真菌相似度最大,并且与Cochliobolusnisikadoi ITS序列同源性比较高;龙脑樟内生真菌bn12的挥发性代谢产物中含有龙脑以及大量的吲哚类物质.结论:内生真菌bn12属于座囊菌纲的格孢菌科真菌,具有产生龙脑的能力.