2003-2014年浙江省宁波市乙型流行性感冒病毒血凝素和神经氨酸酶基因变化特征分析

目的 分析2003-2014年宁波市乙型流行性感冒(流感)病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子流行病学特征。方法 采集宁波市2003-2014年哨点监测医院的流感样病例标本进行流感病毒分离鉴定,选取不同时期的乙型流感毒株进行HA和NA基因序列测定,采用生物信息学软件分析变异和进化。结果 宁波市乙型流感病毒Victoria和Yamagata两大普系流行株的HA及NA基因在2003-2014年间每年均有不同程度的氨基酸序列变异,其中最明显的为2005年与2009年的Victoria系毒株及2007年与2010年的Yamagata毒株变异。每当HA基因序列发生明显变异时NA基因也同时出现明显的变异,而且有时NA基因的变异比HA基因更明显。同时发现2013-2014年流行的乙型流感病毒为Yamagata系HA与Victoria系NA的重配株。结论 乙型流感两大谱系流行株的HA基因发生变异时NA基因也会出现变异,甚至较HA基因更快。2013-2014年宁波市乙型流感高发的流行株为Yamagata系HA与Victoria系NA基因的重配株。     

2003-2009年宁波市乙型流感病毒监测与HA_1序列分析

目的分析近年来宁波市乙型流行性感冒(流感),两大谱系毒株流行情况和病毒血凝素基因特性。方法用犬肾传代细胞(MDCK)分离流感病毒,对2003-2009年分离的乙型流感病毒按不同的谱系选择每年的代表株,经聚合酶链反应扩增目的基因后进行乙型流感病毒的血凝素基因HA1区域(HA1)核苷酸序列测定。结果乙型流感两大谱系的病毒在宁波市几乎每年均有出现,相互交替成为优势株。其中Yamagata系在2004及2007年相对占优势,而Victoria系在2006年3月及2009年6月2次出现了流行高峰。HA1序列测定结果Yamagata系毒株在2003、2007年HA1区出现2次出现明显的氨基酸替换,Victoria系在2005年底及2009年初发生2次明显氨基酸替换。结论2003-2009年乙型流感的两大谱系病毒的HA1序列均存在较大差异,本市2004及2007年Yamagata系2次在乙型流感中相对占优势和2006及2009年Victoria系出现的2次乙型流感流行高峰均与病毒HA1区的氨基酸替换有关。     

2005-2007年吉林省乙型流行性感冒病毒HA1基因序列分析

目的了解2005-2007年吉林省乙型流行性感冒（流感）病毒HA1基因的演变特征。方法采用MDCK分离培养流感病毒,提取病毒RNA,经反转录和聚合酶链式反应扩增后测序。结果2005-2007年吉林省同时流行着乙型Victoria系和Yamagata系流感毒株。与B/Shanghai/361/02相比,2005年流行的乙型Yamagata系病毒有8个氨基酸位点发生改变;2007年流行的乙型Yamagata系病毒有10个氨基酸变化位点;2007年流行的乙型Victoria系毒株与B/Malaysia/2506/04相比,只有3个氨基酸位点发生替换。结论2005-2007年吉林省流行的乙型Yamagata系病毒与B/Shanghai/361/02相比已经发生变化;吉林省2007年Victoria系毒株与疫苗代表株B/Malaysia/2506/04比较接近。     

我国乙型流感病毒血凝素基因的分子流行病学特征初步探讨

摘要:目的初步探讨我国 乙型流感病毒( IBV)血凝素(HA)基因的分子进化及基因特征,为IBV疫苗的研发提供参考价值。方法从GenBank公共数据库中获取我国完整的IBV HA基因序列,利用生物信息学软件分析其进化变异与基因特征。结果我国1996- -2018 年B/Victoria系流感毒株主要属于V1A分支,2019- -2022 年属于V1A.3分支,少数属于V1A.1分支, B/Yamagata系相同年份流行株多聚集成一分支进化。Victoria 系和Yamagata 系的HA基因与同期疫苗株相比,其氨基酸同源性分别>92.6%和92.8%。两谱系与参考株相比,流行株在HA蛋白的120环、150环、160环及190螺旋等关键的抗原决定簇部位发生了多个氨基酸位点改变。结论我国 IBV的流行株含有B/Victoria 系和B/ Yamagata系,且HA已发生抗原突变积累,这可能会导致IBV疫苗保护效果下降,需密切监测IBV谱系及变异情况,为疫苗株的更新提供可靠的数据。     

2020-2021年广西Victoria系乙型流感病毒的抗原性及基因特性分析

目的 了解广西壮族自治区（广西）2020—2021年度B/Victoria(Bv)系流感病毒的抗原性及基因特征。方法 选取广西2020—2021年分离的36株Bv系流感毒株进行全基因组测序,并对血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进行序列拼接和基因特性分析。同时采用血凝抑制实验进行抗原性分析。结果 2020—2021年广西分离的Bv系流感病毒与WHO推荐的疫苗株B/Washington/02/2019相比,HA和NA基因的核苷酸同源性分别为99.1%～100.0%和99.1%～99.9%。系统进化树分析发现这36株Bv系流感毒株均属于1A(?3)B分支,与疫苗株属于同一分支,但广西毒株又进一步分为两个小分支。抗原性分析显示这两个小分支没有明显差异,均为疫苗株的类似株。氨基酸变异位点分析发现,HA蛋白携带R133G、N150K、N197D的氨基酸突变,变异涉及3个抗原决定簇。NA蛋白的酶活位点和神经氨酸酶抑制剂耐药位点均未发生突变。结论 2020—2021年度广西流行的Bv系流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗株的组分匹配但存在持续变...     

2004年冬季北京患儿中低滴度甲3型流感病毒HA1基因特性分析

目的 分析2004年流感流行季节北京地区流感样病患儿患者分离的低滴度甲3型流感病毒血凝素（HA1）基因的特性。方法用2004年流感流行季节分离的22株低滴度甲3型流感病毒提取病毒RNA，经RT．PCR扩增得到HA1区基因片段。用生物信息软件分析HA1区基因特性。结果扩增的血凝素HA1区基因均为987bp。22株HA1氨基酸序列与当年的疫苗参考株比较，发现氨基酸变异，变异位点在3个抗原决定簇（A、B、D）和受体结合部位的位点，提示本流行季节的流感病毒变异较大，与世界卫生组织推荐2005年疫苗参考株比较，与南半球参考株有2个抗原决定簇（A、D）的氨基酸存在不同，与北半球参考株无明显差异。还发现1株变异，在高保守受体结合部位的底部98位氨基酸也发生了变异。结论2004年冬季流感流行株的变异倾向值得密切关注。     

2016-2021年湖北省乙型Victoria系流感病毒流行病学特征及基因进化分析

目的 分析湖北省2016—2021年度乙型流感流行状况及病毒基因进化特征。方法 根据湖北省2016—2021年度的流感样病例报告数据和病原学监测数据进行流行病学分析并选取2016—2021年度主要流行的乙型流感毒株69株进行全基因组测序,利用生物信息学软件分析进化变异特征。结果 2016—2021年湖北省乙型Victoria系流感毒株小部分分布在Victoria1A分支,而大部分毒株主要集中分布在以162～164氨基酸位点缺失为特征的Victoria 1A.3分支上。与参考株相比,流行株在HA蛋白的120环、150环、160环及190螺旋等关键的抗原决定簇部位发生了多个氨基酸位点改变,而在NA蛋白上未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点的变异。本次研究仅发现1株系内重配株。结论 2016—2021年中湖北省乙型流感多为季节性流行,Victoria系流行毒株在多个抗原位点上发生变异,但未检测到耐药位点突变,因此需要进一步密切加强流感流行活动的监测。     

2009年广东省深圳市B型流感病毒系统进化及分子变异分析

目的 了解2009年深圳市B型流感病毒的系统进化及分子变异情况。 方法 对2009年深圳市分离的B型流感病毒的时间分布进行统计分析,并通过MEGA等软件对其HA1基因的系统进化及分子变异情况进行研究。 结果 深圳市2009年1-10月均有B型流感病毒流行,3-5月为流行高峰;Victoria系分支D的毒株是优势流行株;与2008 - 2009年度的国际疫苗株相比,Victoria和Yamagata系的HA1分子在其抗原决定簇区均出现了多个氨基酸位点的变异。 结论 2009年深圳市B型流感病毒的流行时间长,一些氨基酸位点的变异并没有导致一个新流行株系的形成。     

2009年宁波市甲3亚型流感流行特征 与HA1基因特性的分析

目的 了解2009年宁波市甲3亚型流感病毒的流行特征及血凝素基因HA1区域的变异情况。 方法 全年度每周从流感监测哨点医院收集流感样病例标本进行病毒分离,获得的甲3亚型流感毒株按不同时间、地点进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特性分析。 结果 所选取的15株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为987 bp,编码329个氨基酸;2009年上半年的流行株与2008年秋季的流行株在该区域有7个氨基酸位点存在差异,2009年下半年的流行株与2009上半年又存在10个氨基酸位点的差异。上半年与下半年的流行株在种系发生树上形成两个分支,为不同性状的流行株。 结论 2009年上半年及下半年宁波市甲3亚型流感流行株与2008年相比,在血凝素基因HA1区域都发生了较为明显的改变,且上半年与下半年的2个流行株之间血凝素基因的差异也较大。说明2009年宁波市流行的甲3亚型流感病毒变异较为频繁。     

1999-2008年广东省韶关市H3亚型流行性感冒病毒的变迁

目的通过A型流行性感冒（流感）病毒H3亚型血凝素HA1基因的变异,探讨韶关市1999-2008年H3亚型流感病毒的变迁。方法复苏韶关市疾病预防控制中心保存的历年H3亚型流感毒株,提取病毒RNA,RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,使用DNA Start MegAlign等生物软件包对序列进行分析。结果研究测定了4个年份的流感毒株,与代表株A/Panama/2007/1999相比,同源性为91.3%～93.8%,在5个抗原决定簇共14个氨基酸发生变异,RBS上有6个位点发生变异,各毒株均在不同的位点上增加了一个糖基化位点;与代表株A/Fujian/411/2002 比较,同源性为90.2%～97.7%,18个氨基酸变异发生在5个抗原决定簇,10个氨基酸变异发生在RBS,A/SG/199/1999,A/SG/y009/2008分别增加了一个糖基化位点;与代表株A/Wisconsin/67/2005比较,同源性从88.3%～98.4%,共有14个氨基酸变异发生在5个抗原决定簇,RBS上有9个氨基酸发生变异, 各毒株均在不同的位点上增加了一个糖基化位点;本次研究的毒株变异率逐渐下降,变异最活跃的两个氨基酸第158和173位点分别位于B和D抗原决定簇。结论韶关市H3亚型流感病毒在1999-2008年间发生了3次抗原性变异,每一次变异大约间隔3～4年。从2008年的氨基酸变异情况得知,H3亚型流感病毒的抗原性漂移有增强的趋势。     

2012-2013流感监测年度中国大陆B型流感病毒抗原性及基因特性分析

目的了解2012-2013流感监测年度中国大陆地区B型流感的流行状况,分析B型流感病毒的抗原性和基因变异情况。方法选择2012-2013年我国分离的B型流感病毒,利用标准雪貂抗血清进行抗原性分析。利用Sanger测序法进行病毒基因测序,采用Neighbor-Joining方法进行种系进化分析,通过基因进化树比较国内流行株与疫苗株的差异。结果 2012-2013监测年度内,B型流感病毒占所有流感病毒的9.93%,其中以B型Victoria系流感病毒为主。B型Victoria系流感病毒的抗原性与上一年度WHO推荐的疫苗株B/Brisbane/60/2008(83.5%)以及我国代表株B/Chongqing-Yuzhong/1384/2010(94.7%)的抗原性类似;而B型Yamagata系流感病毒绝大多数为WHO疫苗株B/Wisconsin/01/2010(99.3%)、WHO疫苗种子株B/Hubei-Wujiagang/158/2009(98.0%)的类似株;基因特性分析显示有1株B-Victoria系病毒发生了HA与NA基因分支间的重配,有1株B-Yamagata系病毒B/Sichuan-Gaoxin/1110/2012的NA基因位于Victoria系病毒的NA进化分支,也表明发生了种系间的基因重配。结论 2012-2013流感监测年度我国B型流感病毒活动水平较低,主要以Victoria系为主,而WHO推荐的疫苗组分是B-Yamagata系病毒,可见部分B型流感流行株与疫苗株并不匹配。     

2018－2020年上海市B/Victoria系流感病毒的流行特征及基因特性分析

  目的  分析2018 — 2020年上海市分离的B/Victoria系流感毒株与疫苗株的匹配性及基因变异情况。  方法  利用血凝抑制实验,对142株B/Victoria系流感毒株进行了抗原性分析,并选取了63株开展了血凝素（HA）及神经氨酸酶（NA）基因序列分析。  结果  2018 — 2020年上海市流行的B/Victoria系流感毒株主要属于V1A.3分支,少数属于V1A.1分支及未缺失的V1A分支;抗原性分析显示,26.76%的流行株是疫苗株B/Colorado/06/2017鸡胚株的低反应株,与疫苗株相比,V1A.3分支流行株在HA蛋白的120环、150环、160环及190螺旋等关键的抗原决定簇及受体结合关键部位发生了5个氨基酸位点改变。  结论  2018 — 2020监测年度B/Victoria系流行株与世界卫生组织推荐的疫苗株组分B/Colorado/06/2017匹配性不佳,仍需密切监测流行株的谱系及变异情况,为疫苗株的筛选提供可靠的数据。     

Molecular characterization of influenza viruses from women and infants in Sarlahi,Nepal

We used RT-PCR-electrospray ionization-mass spectrometry to identify subtypes and strains of influenza viruses detected during a maternal influenza immunization study in Nepal from May 2011 to April 2014. Hemagglutinin (HA) gene amino acid (aa) sequences of inferred reference strains were compared to those of the vaccines to determine impact of aa relatedness on vaccine efficacy (VE) and disease severity. Three influenza subtypes and many strains were identified. A(H3N2) strains with less than 13 aa differences in HA compared to vaccine strains (matched) showed higher VE than strains with 13 or more differences (mismatched). Yamagata lineage B strains, which were mismatched to the Victoria strain in the vaccine, demonstrated lower VE compared to Victoria strains. Differences in VE were not statistically significant. All A(H1N1pdm) matched the vaccine strain, with 10 or fewer aa differences. Except for women infected with vaccine-matched strains of influenza A, clinical signs and symptoms did not differ between vaccinated and unvaccinated participants.     

2006-2007年云南省红河州流行性感冒监测结果与分析

目的了解2006-2007年云南省红河州流行性感冒（流感）的流行特点,探讨优势株的变化。方法采集疑似流感患者咽拭子,接种于MDCK细胞于34 ℃ CO2培养箱内进行病毒分离,培养液进行血凝试验,阳性标本进行分型鉴定。结果全年哨点医院共采集咽拭子标本991份,分离得到123株流感病毒,阳性率12.4%,其中H1N1 37株,H3N2 41株,Victoria 42株,Yamagata 1株,待定2株。各县（市）疾病预防控制中心采集疑似流感患者咽拭子56份,分离得到39株流感病毒,阳性率69.6%。均为B型Victoria系流感病毒。结论在2006-2007年监测年度中,2006年3-6月以B型Victoria系毒株为主,2006年7-9月以H1N1为主,2007年1-3月以H3N2为主。疑似流感疫情均为B型Victoria系。     

2007-2008年泰安市流行期流行性感冒病毒分离及分析

目的　对山东省泰安市2007-2008年流行期流行性感冒（流感）病毒进行分离鉴定及分析,了解泰安市流感流行情况。方法　采集流感样病例（ILI）的咽拭子标本用犬肾传代细胞（MDCK）进行病毒分离,采用血凝抑制方法（HAI）进行流感病毒型别鉴定。结果　2007年10月至2008年3月共检测2所哨点医院ILI咽拭子标本281份,分离到流感病毒94株,阳性分离率为33.45%,经分型鉴定A型H3N2亚型51株,H1N1亚型1株;B型的 Yamagata系39株,Victoria系3株。结论　2007-2008流行季中,泰安市流感病毒流行的优势毒株为A型H3N2亚型和B型Ymagata系,同时有A型H1N1亚型和B型Victoria系毒株的存在。     

2011-2012年度辽宁省流行性感冒监测分析

目的 了解2011-2012年度辽宁省流行性感冒(流感)的流行特征及流感流行优势毒株的分布,为预防控制流感提供参考依据。 方法 对2011-2012年度流感样病例(influenza-like illness,ILI)监测哨点医院的ILI和病原学监测结果进行流行病学分析。 结果 辽宁省2011-2012年度流感监测哨点医院ILI就诊百分比(ILI%)平均为3.34%, 较上年度有所下降,呈现冬春季流行高峰。全年共分离到流感毒株540株,总阳性率为6.38%,B型为流行株,病原学监测结果呈现多种流感病毒交替流行或混合流行的特点,分布有明显的季节性。流行株在流行后期发生了变化,由B(Yamagata)亚型流行株逐渐转为季节性H3N2型和B(Victoria)亚型。对ILI%与流感病毒分离率进行秩相关分析,相关系数为0.648(P结论 辽宁省流感流行呈现冬春季高峰,流行优势毒株随季节变化而出现差异,2012年的下半年辽宁省的流行株可能转变为H3N2型和B(Victoria)亚型。