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目的分析华重楼Paris polyphylla健株和茎腐病感病植株内生可培养内生细菌的多样性。方法用牛肉膏蛋白胨培养基分离华重楼茎腐病及健康植株根茎、茎、叶等不同部位的细菌,采用16 S rRNA通用引物27F/1492R进行PCR扩增结合DNA测序技术,对分离自华重楼健株及茎腐病植株不同部位的细菌进行初步鉴定。结果从华重楼的健康植株和感病植株中分离到11属23种细菌。从健株分离到4属11种内生细菌,其中根茎、茎、叶分别分离到9、10和5种内生细菌。从病株分离得到10属14种内生细菌,其中根茎、茎、叶分别分离到11、8和3种内生细菌。华重楼健株的根茎部内生细菌量最高,达2.999×105 cfu/g,叶部内生细菌量较低,为7.32×104 cfu/g,华重楼健株根茎、茎、叶中的芽孢杆菌量最高,比例分别为73.3%、67.1%和81.8%。华重楼病株的茎部内生细菌量最高,达2.817×105 cfu/g,叶部内生细菌量较低,为2.76×104 cfu/g,华重楼病株的根茎、茎、叶部的假单胞菌量最高,比例分别为35.6%、50.3%和60.5%。华重楼健株不同部位的多样性指数和均匀度指数均高于病株。结论华重楼健康植株以芽孢杆菌为优势细菌类群,华重楼茎腐病植株以假单胞菌为优势细菌类群。华重楼健株相比病株具有更为丰富的内生细菌群落多样性。 相似文献
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目的观察固脱清腑汤早期胃肠道灌注对重症多发伤患者血液细菌16S rRNA基因的影响。方法 60例严重多发伤患者分为治疗组(33例)和对照组(27例),伤后两组经胃肠营养管分别滴入自拟中药汤剂固脱清腑汤和生理盐水,两组其余治疗原则相同。观察两组患者伤后第3、6、9天的血细菌16S rRNA基因阳性率、体温、白细胞计数、血清超敏C反应蛋白(CRP)、血培养阳性率、感染性并发症的发生率和病死率。结果治疗组伤后第9天体温[(37.6±0.12)℃]显著低于对照组[(38.10±0.15)℃,P0.05];伤后第6、9天CRP治疗组分别为(52.4±6.3)mg/L和(42.9±7.5)mg/L,显著低于对照组[分别为(104.3±20.1)mg/L和(92.5±17.1)mg/L,均为P0.05];伤后第6、9天血细菌16S rRNA基因阳性率分别为33.3%和30.3%,显著低于对照组(分别为59.3%和77.8%),差异均有统计学意义(P0.05,P0.01);伤后血培养结果两组差异无统计学意义(P0.05);治疗组感染性并发症的发生率(30.3%)也显著低于对照组(59.3%,P0.05)。结论固脱清腑汤早期胃肠道灌注可能有益于严重创伤患者肠黏膜屏障功能的改善,对减少肠道细菌易位,降低感染性并发症的发生率有一定的作用。 相似文献
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目的分析慢性萎缩性胃炎(CAG)薄白苔微生物群落结构组成。方法选择CAG患者组(30例,均为薄白苔)和健康人对照组(健康组,30名,均为薄白苔),采用16S rRNA基因测序技术对CAG患者薄白苔的菌群结构进行研究和分析。结果 (1)健康人组和CAG患者组薄白苔中微生物优势菌结构组成相似。其中,在属分类水平上(相对含量0.5%),薄白苔中优势菌属依次为链球菌属(21.85%±4.00%)、奈瑟氏菌属(14.98%±1.21%)、韦荣球菌属(6.30%±1.10%)、普雷沃菌属(3.92%±0.14%)、纤毛菌属(3.89%±1.53%)、莫拉菌属(0.64%±0.21%)等;(2)5种菌属的含量在CAG患者组和健康组中存在显著差异。CAG患者中的莫拉菌属、韦荣球菌属、纤毛菌属含量明显增加(P0.05),链球菌属和拟普雷沃菌属显著减少(P0.01,P0.05);(3)将优势菌群的含量前35名的菌属绘成热图发现,健康人组薄白苔中链球菌属、拟普雷沃菌属、普雷沃菌-7属、轮生菌属、糖化菌属含量明显居高;CAG组薄白苔则以梭菌属、劳特罗普氏菌属、嗜沫杆菌属、口腔杆菌属、巨球形菌属、弯曲菌属、口腔毛绒厌氧杆菌属、纤毛菌属、韦荣球菌属的含量明显居高。结论 CAG患者薄白苔与健康人薄白苔具有相似的核心菌群骨架,但也存在一定的菌群结构差异,其可能与疾病发生有密切关系。 相似文献
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目的 利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)和16S核糖体RNA(16SrRNA)对地龙药材及常见混伪品进行分子鉴定,探讨快速、准确鉴定地龙药材及其混伪品基原物种的方法。方法 收集地龙药材的药典收载品种及其易混品种10种,提取DNA,得到其COI和16SrRNA序列。所得序列经DNAStar校正后,用MEGA6.0自带的Clustal W多重比对,除去冗余位点,比对结果经MEGA6.0分析,构建地龙药材及其混淆品的邻接(N-J)树。结果 地龙药材的正品来源参环毛蚓(Pheretima aspergillum)、通俗环毛蚓(P. vulgaris)、威廉环毛蚓(P. guillelmi)及栉盲环毛蚓(P. pectinifera)与其混淆品种间COI和16SrRNA基因序列均存在较多变异位点。由所构建的N-J系统聚类树图显示所测物种的单系性,即16SrRNA、COI可以很好的将地龙药材区别于其他混伪品。结论 所获得的COI和16SrRNA序列可作为不同状态的地龙类药材物种鉴定的分子依据,并为进一步建立地龙等动物类中药物种真实性鉴定体系奠定了重要的实验基础。 相似文献
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目的:探讨肝阳上亢型急性脑出血患者与健康人群的肠道菌群差异。方法:选取2018年于广州中医药大学第一附属医院颅脑科病房收治的9例肝阳上亢型急性脑出血患者的粪便样本为观察组,同时,选取体检的6例健康人粪便样本为对照组,提取两组样本中细菌总DNA,根据16S rRNA V4区设计引物进行扩增,通过Illumina MiSeq平台进行双端测序(paired-end),通过生物信息分析软件对测序结果进行分析,比较两组样本菌群组成和结构。结果:操作分类单元(OTU)的韦恩图分析(Venn分析)显示观察组与对照组之间OTU数目存在明显差异。偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)显示肝阳上亢型急性脑出血患者与健康人在肠道菌群组成上具有明显差异。物种及其丰度分析上,门分类水平上观察组厚壁菌门与拟杆菌门的相对丰度比值(F/B)较正常组明显增加,其中疣微菌门的相对丰度明显低于对照组(P 0. 05)。属分类水平上,两组的普雷沃氏菌属、拟杆菌属、阿克曼氏菌属、布劳特氏菌属、氨基酸球菌属相对丰度差异有统计学意义(P 0. 05,P 0. 01),其中观察组拟杆菌属和普雷沃氏菌属的相对丰度比值(B/P)显著高于对照组。种分类水平上两组在普氏菌、阿克曼粘细菌、卵形拟杆菌、脆弱拟杆菌、伶俐瘤胃球菌上具有明显差异(P 0. 05,P 0. 01)。主坐标分析显示两组样本被显著分开,说明两组样本菌群结构存在显著差异。结论:肝阳上亢型急性脑出血与肠道菌群结构紊乱有关,其中普氏菌和阿克曼粘细菌的相对丰度下降是其发生的主要原因。 相似文献
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西洋参根腐病发生与根际土壤细菌群落结构变化关系研究 总被引:2,自引:0,他引:2
目的研究健康西洋参和患根腐病西洋参的根际土壤细菌群落结构变化,为查明西洋参根腐病发生机制提供线索。方法以未种过西洋参的土壤(C组)、4年生健康参根际土壤(N组)和4年生根腐病参根际土壤(R组)为研究对象,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析了土壤细菌群落结构的变化。结果 9个土壤样品基因组经16 S测序共获得有效序列636 654条,用于物种分类的OTUs 8 422个,涵盖了42门、106纲、180目、158科、246属。在门的水平上,3组细菌主要类群基本一致,主要有变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)和绿弯菌门(Chloroflexi)等,但不同组中各类群相对丰度存在明显差异;在属的水平上,3组细菌群落组成及相对丰度差别很大,其中红游动菌属Rhodoplanes、Kaistobacter属、鞘脂菌属Sphingobium等可能是引起西洋参根腐病发生的关键菌群,后续研究应重点关注。结论西洋参根腐病株和健株根际土壤微生物组成具有显著性差异,对于探究西洋参根腐病发生的微生态机制和改良种植西洋参土壤微生物具有理论指导作用。 相似文献
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目的:探讨肾虚证早期先兆流产的阴道菌群结构特征。方法:选取2018年5月至2020年12月就诊于广州中医药大学第一附属医院的肾虚证早期先兆流产患者(DK-TA组)31例、正常早孕女性(NP组)116例,收集两组人群的阴道分泌物,采用16S rRNA测序技术,对两组阴道菌群群落组成及差异菌进行分析。结果:与NP组比较,Alpha多样性显示DK-TA组阴道菌群丰富度及多样性显著增高。通过Binary jaccard及unweighted_unifrac两种距离矩阵分析可知两组阴道菌群的相似性、分散性、丰度及进化关系存在明显差异。在门水平上,与NP组比较,DK-TA组的拟杆菌门、梭杆菌门相对丰度降低,而变形菌门及芽单胞菌门相对丰度明显增高;在属水平上,与NP组比较,DK-TA组纤毛菌属、双歧杆菌属相对丰度降低,而志贺氏菌属、卫星沙特尔沃思氏菌属明显升高。线性判别分析(LEfSe)拟杆菌门、梭杆菌门、双歧杆菌属为NP组阴道优势菌种。变形菌门、厚壁菌门是DK-TA组的阴道优势菌种。功能预测发现DK-TA组与环腺苷3’,5’-单磷酸信号通路、炎症介质对色氨酸通道的调节等38个功能路径密切相关,且两... 相似文献
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##正##细菌室每天都会接收大量的培养标本,而痰标本则是大多数细菌室每天接触最多的。痰标本受口腔正常菌群以及定植菌的污染机会极大,相对其他标本来说,培养结果的准确性无法保证,确认致病菌的难度也更大。如何才能将真正的致病菌从众多的培养菌中找出来呢?这对于细菌室的每一位工作人员来说都是一项棘手的问题。细菌室收到痰标本的首要任务是肉眼筛选:将肉眼筛选明显不合格的标本如泡沫样唾液、口水、有食物残渣或标本外观泄漏等的标本直接退回。将肉眼筛选合格的标本如脓痰、干酪痰、血痰、黏液痰等接种、培养,同时涂片。值得强调的是涂片的阅片工作与培 相似文献
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不同种植年限黄连根系土壤细菌PCR-DGGE分析 总被引:3,自引:1,他引:2
该研究应用PCR-DGGE技术,分析了不同种植年限正常生长、发病的黄连Coptis chinensis的根际和非根际土壤的细菌种群多样性指数,并选取代表性DGGE条带进行克隆测序,构建细菌系统发育树状图。结果表明,正常土样与发病土样土壤细菌种群差异明显,且发病土样多样性指数(H)高于正常土样;代表性条带克隆测序结果表明,黄连种植土壤中未培养细菌为优势菌群,其余类群为食酸菌属、芽孢杆菌属、不动杆菌属、未培养克吕沃尔菌属以及未培养丛毛单胞菌,未发现已报道的植物病原细菌。发病土样中Clone band d的谱带亮度高于正常土样,该条带菌株在分类上属于食酸菌属。显然,黄连种植过程中,根际土壤中细菌种群发生了改变,其中食酸菌属的细菌在发病根际土壤增加,很可能与黄连病害发生有关。 相似文献
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席素曼;王亚静;赵鑫;苗小雨;张紫千;赵森 《中成药》2024,(6):2079-2085
目的 探讨紫苏汤对肠道菌群失调小鼠多样性及组成的影响。方法 将小鼠随机分为正常组、模型组及紫苏汤低、高剂量组,每组8只。除正常组外,其余组连续灌胃给予抗生素8 d后,再分别灌胃给予等量无菌水和紫苏汤溶液1.82、3.64 g/kg 8 d,记录小鼠体质量、摄食量、饮水量的变化。收集各组新鲜粪便样本,进行16S rRNA高通量测序,对肠道菌群多样性、物种差异性进行分析。结果 抗生素干预8 d后,小鼠精神状态较萎靡,有稀便现象出现,摄食量减少,饮水量增多;而停用抗生素后,小鼠摄食量增多,饮水量减少;紫苏汤可使小鼠精神状态恢复,减轻稀便,改善摄食量和饮水量。肠道菌群多样性分析显示,抗生素干预后,小鼠肠道菌群多样性降低,而紫苏汤可使小鼠肠道菌群丰富度和多样性增加,菌群结构向对照组靠近。门水平分析显示,紫苏汤干预后,小鼠肠道中厚壁菌门丰度增加,变形菌门和疣微菌门丰度降低。属水平分析显示,紫苏汤干预后,小鼠肠道中乳杆菌属丰度增加,克雷伯氏菌属、埃希氏-志贺氏菌属及韦荣氏球菌属丰度降低。结论 紫苏汤对肠道菌群失调有积极作用,可改善小鼠的肠道菌群结构,抑制致病菌并促进有益菌。 相似文献
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目的:评价茶多酚在口臭患者口腔微生态中的作用,通过分析样本内细菌群落结构差异讨论茶多酚对于口臭的疗效。方法:收集6位口臭患者的唾液,混合均匀后取4份5ml的样本,分别与阳性组、实验组、阴性组和空白组的TPY培养基混合后培养48h。最后进行16S rDNA V3-V4区基因组测序分析。结果:阳性组和实验组均能促进样本细菌OTU数的恢复。在门水平上,阳性组Firmicutes的相对丰度显著低于其余3组(P 0. 01),而Actinobacteria的相对丰度显著高于其余3组(P 0. 01);实验组Firmicutes的相对丰度显著低于空白组(P 0. 01),Actinobacteria的相对丰度明显低于阴性组(P 0. 05)。阳性组和实验组Proterbacteria的相对丰度显著高于阴性组和空白组(P 0. 01),阳性组Bacteroidetes的相对丰度明显高于空白组(P 0. 05)。从细菌目分类比较,各组Lactobacillales的相对丰度显著不同(P 0. 01),从高到低依次为实验组、阳性组、阴性组、空白组。实验组Bacillales的相对丰度显著低于空白组(P 0. 05);阳性组Actinomycetales的相对丰度显著高于空白组和实验组(P 0. 05);实验组Pesudomonadales的相对丰度显著高于空白组(P 0. 05)。结论:茶多酚通过对细菌门、目分类组成比例的影响来达到治疗口臭的效果,其疗效不及西吡氯铵含片。 相似文献
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目的 分析根腐病三七根内可培养细菌的多样性。方法 用牛肉膏蛋白胨培养基分离根腐病三七根内的细菌,经细菌通用引物27F/1492R扩增16S rDNA后,分别用Rsa I和Hin6 I限制性内切酶对扩增产物进行酶切,结合限制性片段长度多态性(RFLP)分析方法和DNA测序技术,对分离自根腐病三七根内的细菌进行初步鉴定。结果 根腐病三七根内的细菌分属于8个类群,依占总菌数的比例分别是芽孢杆菌属Bacillus 22.47%、无色杆菌属Achromobacter 5.62%、寡养单胞菌属Stenotrophomonas 5.62%、类芽孢杆菌属Paenibacillus 4.49%、鞘氨醇杆菌属Sphingobacterium 1.12%、苍白杆菌属Ochrobactrum 1.12%、不动杆菌属Acinetobacter 1.12%及肠杆菌科的一些属58.43%。结论 泛菌属和芽孢杆菌属是根腐病三七根中的两大优势细菌类群。 相似文献
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目的 采用16S rRNA测序技术,检测比较气虚患者和健康人群的肠道菌群多样性、相对丰度及分布的差异。方法 选取在湖北省中医院就诊的气虚证患者20例为观察对象,以及同期健康志愿者10名作为对照。采用粪便基因组DNA提取试剂盒抽提HG和QD粪便样本中DNA,对V3-V4区进行PCR扩增,再进行文库构建和Illumina MiSeq测序。最后对数据进行生物信息学分析,探索气虚证人群肠道菌群的结构组成特征。结果 本研究共得到534个OTU。物种累积曲线表明本研究所收集的样本量充足。HG和QD两组alpha指数不存在明显差异(P>0.05)。通过beta多样性分析可见,HG和QD两组肠道菌群构成存在一定差异。此外,QD组的Firmicutes/Bacteroides比值较健康人群升高。相较于HG,g_Odoribacter、蓝藻菌门、g_Anaerotruncus、c_Chloroplast、s_Clostridium_Methylpentosum和o_Streptophyta在QD中显著富集(P < 0.05)。结论 气虚证患者肠道菌群的组成结构与健康人群存在一定差异。在气虚证的发生发展中,肠道菌群的改变可能起到了重要作用。 相似文献
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目的 建立三斑海马Hippocampus trimaculatus的COI、16 S rRNA和ATP6的条形码序列数据库,应用DNA条形码技术从分子水平快速准确鉴定三斑海马和其他正伪品海马,探讨海马属药材鉴定的新方法。方法 提取三斑海马药材的基因组DNA,PCR扩增COI、16 S rRNA和ATP6的序列并进行双向测序,所得序列采用软件Codon Code Aligner V4.2对测序峰图进行校对拼接,应用ClustalX软件进行序列比对,MAGA5.0软件计算三斑海马的种内种间遗传距离(Kimura2-Parameter,K2P),构建邻接树(Neighbor-joingtree,NJTree)聚类分析不同品种海马药材的鉴定结果。结果 获得的三斑海马线粒体COI、16 S rRNA、ATP6序列长度分别649、572、603~605 bp,其中3个条形码序列的种内变异位点碱基数分别为8、4和15,种内的变异率较小,COI、16 S r RNA、ATP6序列的平均种内K2P遗传距离0.002、0.001和0.006,均远小于三斑海马的种间K2P距离;NJ树结果显示三斑海马与其他海马均可明显区分,具有良好的单系性。结论 COI、16 S r RNA、ATP6序列作为条形码均可以鉴定三斑海马及其他混伪品海马药材,为动物类药材及其混伪品和近源物种的分子鉴定提供依据,为对保障海马临床用药安全提供了新的技术手段。 相似文献
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目的:基于16S rRNA技术研究柴胡龙骨牡蛎汤对精神分裂症模型大鼠肠道菌群多样性的影响,并探讨该复方治疗精神分裂症的作用机制。方法:雄性SD大鼠除正常组外,每日按剂量0. 1 mg·kg~(-1)腹腔注射地卓西平马来酸盐进行造模,模型成功后,柴胡龙骨牡蛎汤高、中、低剂量组给予实验大鼠柴胡龙骨牡蛎汤(11. 2,5. 6,2. 8 g·kg~(-1)),利培酮组按0. 4 mg·kg~(-1)灌胃给予利培酮片,正常组与模型组灌胃给予蒸馏水,给药体积均为10 mL·kg~(-1),连续给药14 d,将大鼠麻醉后取大鼠盲肠内容物,以Illumina MiSeq为测序平台,对其16S rRNA V4区的肠道菌群可操作分类单元(OTUs)数量,alpha与beta多样性,丰富度指数与多样性指数以及差异菌门与菌属进行综合性分析与评价。结果:柴胡龙骨牡蛎汤可改善精神分裂模型大鼠OTUs数量及alpha与beta多样性的失调,降低菌群生物丰富度指数与多样性指数,对精神分裂症模型大鼠的5种差异菌门(上调拟杆菌门、酸杆菌门、变形菌门和TM7菌门,下调厚壁菌门)与20种差异菌属的分布结构均产生回调作用。结论:柴胡龙骨牡蛎汤对精神分裂症模型大鼠的异常菌群多样性起到治疗作用,并通过16S rRNA技术揭示了肠道菌群在精神分裂状态下的相关病理机制。 相似文献
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我们用康泰生物细菌鉴定2.0和药敏3.8对103株细菌作检测,手工法作对照,结果满意,现报告如下。1材料和方法1.1仪器及鉴定板:温州康泰生物制品所研制的细菌鉴定2.0药敏分析3.8。微量发酵管:杭州天和微生物试剂有限。 相似文献
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目的 探究一贯煎多糖(YGJP -W)的基本结构特征以及其改善四氯化碳(CCl4)诱导小鼠肝纤维化的活性,分析YGJP-W抗肝纤维化活性与其调节肠道菌群结构变化关系。方法 采用水提醇沉和弱阴离子交换色谱制备一贯煎多糖组分YGJP-W,依次采用苯酚-硫酸法、间羟基联苯法、BCA蛋白定量分析试剂盒、高效凝胶渗透色谱法(high performance gel permeation chromatography,HPGPC)、FT-IR、离子色谱仪及扫描电镜法(scanning electron microscope,SEM)对一贯煎多糖的总糖含量、糖醛酸含量、蛋白含量、相对分子质量分布、官能团、单糖组成及形貌特征进行表征,采用CCl4诱导的小鼠模型,检测YGJP-W(50、100 mg/kg)干预3周后的小鼠血清谷丙转氨酶、谷草转氨酶及肝组织羟脯氨酸水平,并通过HE染色和天狼猩红染色观察肝脏组织学变化,评价YGJP-W改善肝纤维化活性;采用16S rDNA测序技术评价YGJP-W对小鼠肠道菌群的影响;采用抗生素联合YGJP-W干预,评价YGJP-W是否通过调节肠道菌群发挥药效作用。结果 YGJP-W总得率为11.60%,总糖质量分数为92.48%,至少由相对分子质量为1.74×105和5.6×103的2种多糖组成,单糖组成包含半乳糖、葡萄糖、甘露糖和果糖,其物质的量比为1.0∶2.8∶1.4∶1.6。YGJP-W干预3周后,能够显著改善CCl4引起的肝功能异常、肝组织病理损伤、胶原沉积和纤维化。YGJP-W在改善肝纤维化的同时能够引起小鼠肠道菌群结构变化,在门水平上,YGJP-W显著性降低拟杆菌门丰度[(57.4±14.6)% vs(79.3±8.1)%,P<0.01],增加变形菌门[(10.4±4.7)% vs(2.1±1.9)%,P<0.01] 和放线菌门[(3.7±2.4%)% vs(0.3±0.1)%,P<0.01)]丰度,在属水平上,YGJP-W增加狄氏副拟杆菌属Parabacteroides、埃希氏菌-志贺氏菌属Escherichia-Shigella、活泼瘤胃球菌属Ruminococcus_gnavus_group、萨特氏菌属Sutterella、毛螺菌属NK4A136组Lachnospiraceae_NK4A136_group和梭杆菌属Fusobacterium共6个菌属的丰度(LDA score>3,P<0.01),降低拟普雷沃氏菌属Alloprevotella),肠鼠杆菌属Muribaculum,普雷沃氏菌属UCG-001 Prevotellaceae_UCG-001和另枝杆菌Alistipes共4个菌属的丰度(LDA score>3,P<0.01)。抗生素联合YJGP-W干预,YJGP-W抗肝纤维化的活性显著减弱。结论 多糖类成分YJGP-W是一贯煎抗肝纤维化的重要物质基础,YJGP-W发挥抗肝纤维化的作用可能与其调控肠道菌群相关。 相似文献
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目的 探讨不同给药时间内不同比例的染料木素和大豆苷元对大鼠肠道菌群的影响,并筛选最佳给药条件。方法SD大鼠随机分为对照组、染料木素-大豆苷元(1∶1)组、染料木素-大豆苷元(2∶1)组和染料木素-大豆苷元(3∶1)组,给予药物干预28 d,收集粪便,采用16S rRNA高通量测序对对照组和不同比例染料木素-大豆苷元给药7、14、21、28 d后的大鼠肠道菌群结构进行分析测定。结果 对给药组与对照组之间的α多样性、β多样性及门或属水平上物种组成进行差异分析,发现染料木素和大豆苷元可以改变大鼠肠道菌群结构和组成,显著提高肠道中乳杆菌的丰度。结论 染料木素-大豆苷元(1∶1)给药21 d能够调控大鼠肠道菌群中乳杆菌的丰度。 相似文献