CDK1基因在肝癌预后和免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法研究细胞周期素依赖性激酶1(Cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达差异,探索其在肝癌预后和免疫细胞浸润间的作用。方法 从GEO数据库下载肝癌数据集,使用R软件分析差异基因,并取交集基因;通过GO和KEGG分析富集通路;使用STRING和cytoscape构建差异基因互作网络,结果可视化获取核心基因CDK1;UALCAN和GEPIA数据库分析肝癌中CDK1的表达水平,及其与临床特征的关系;HPA数据库分析CDK1蛋白在肝癌组织和正常组织的表达差异;通过Kaplan-Meier Plotter分析CDK1表达水平与HCC预后的关系;TIMER数据库分析CDK1与HCC肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞表面标记物的相关性。结果 3个肝癌数据集筛选出共有的347个差异基因;KEGG通路显示差异基因主要参与细胞周期通路;与正常组织相比,CDK1基因在HCC组织中表达水平升高;CDK1高表达与肿瘤分期、年龄均有相关性;生存分析结果表明CDK1基因高表达患者生存时间明显低于低表达患...     

急性T淋巴细胞性白血病关键基因的筛选与验证

目的筛选并验证急性T淋巴细胞性白血病关键基因,并对其进行生物信息学分析。方法从公共数据库基因表达数据库 （GEO）中下载T-ALL基因表达谱芯片GSE14317,应用R软件limma包筛选差异表达基因。利用DAVID数据库对差异基因进 行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,同时利用STRING数据库及Cytoscape软件构建差异蛋白互作网络,应用JASPAR 数据库构建转录因子靶基因网络,利用RT-PCR验证关键基因mRNA表达水平。结果GSE14317表达谱芯片中共有1443个差 异基因,包括800个上调基因和643个下调基因,这些差异基因主要富集在细胞周期,造血细胞系,细胞因子间相互作用以及T 细胞受体信号通路等。蛋白质相互作用网络图中显示节点最多的10 个枢纽基因分别是CDK1,PIK3R1,CCNB1,CCNA2, CDC20,JUN,GNG11,PLK1,PCNA和CCNB1,这些基因在子网络中分别富集于趋化因子信号通路,泛素介导的蛋白降解以及 细胞周期等。转录因子调节网络显示42个差异表达的转录因子,其中ELF5,HIC2和MEIS1与候选的9个关键基因启动子上游 均有结合位点。RT-PCR结果显示除GNG11外其余9个关键基因表达情况与芯片结果一致,ELF5,HIC2和MEIS1表达均升高 与芯片结果一致。结论CDK1,PIK3R1,CCNB1,CCNA2,CDC20,JUN,PLK1,PCNA,CCNB1,ELF5,HIC2 和MEIS1 在TALL 发生中发挥重要作用,为T-ALL的治疗和诊断提供生物学靶标。     

KIAA0101调控胃癌细胞周期的相关基因筛选

目的筛选KIAA0101 基因对细胞周期影响的相关基因。方法以RT-PCR方法分析胃癌组织相对于配对癌旁组织中 KIAA0101基因表达量,利用DAVID数据库对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,使用KEGG绘制通路 图,将与KIAA0101表达模式相关的基因列表回带入TCGA cBioPortal进行基因之间相互网络作用的关系研究,并借由系统生 成基因拓扑关系图。最后采用RT-PCR方法对候选基因进行筛选。结果癌组织中KIAA0101 mRNA表达水平为1.104±0.379, 显著高于配对癌旁组织（0.421±0.172;P=0.0179）。系统通过汇总分析全部基因探针的表达强度,对来自478 例组织中与 KIAA0101相关的基因进行了筛选。GO功能分析显示差异基因主要富集在蛋白磷酸化、RNA加工、细胞周期、DNA代谢过程、 蛋白质转运、乙酰化、细胞凋亡、蛋白质水解、氧化还原等功能。KIAA0101表达水平的改变主要影响的胃癌相关通路有：细胞周 期、剪接体、DNA复制、p53 信号转导通路等。KEGG通路图及基因拓扑图显示,BUB1B、MAD2L1、CDC45、CDK1、CCNE1、 CCNB2等与KIAA0101相关的基因也与细胞周期相关,RT-PCR结果证实BUB1B、MAD2L、CDK1、CCNE1、CCNB2 mRNA表 达水平显著高于配对癌旁组织（P<0.05）,CDC45 mRNA表达水平无显著性差异（P>0.05）。结论KIAA0101 可能通过影响 BUB1B、MAD2L1、CDK1、CCNE1、CCNB2 表达产生对细胞周期的影响,这个结果可以为KIAA0101 影响细胞周期的作用机 制、肿瘤标志物的筛选和药物靶点的选择提供参考。     

基于生物信息学方法分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系

目的 应用生物信息学方法分析程序性细胞死亡分子10(PDCD10)基因在胰腺导管腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系。方法 搜索GEPIA数据库中关于PDCD10基因的数据，分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌组织中的表达水平及其与患者生存情况的关系。应用UALCAN数据库分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌组织中的甲基化水平。应用LinkedOmics数据库分析胰腺导管腺癌组织中与PDCD10基因共表达的基因，并对共表达基因进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。应用STRING网站绘制PDCD10基因的蛋白-蛋白相互作用网络图。应用TIMER数据库分析PDCD10基因表达水平与胰腺导管腺癌细胞纯度、各类型免疫细胞浸润水平的相关性。结果 胰腺导管腺癌组织中的PDCD10基因表达水平高于正常胰腺组织(P<0.05),病灶组织中PDCD10基因低表达水平的胰腺导管腺癌患者的总体生存率及无病生存率均高于组织中PDCD10基因高表达水平的患者(均P<0.05)。胰腺导管腺癌组织中PDCD10基因甲基化水平高于正常胰腺组织(P<0.0...     

基于GEO数据库生物信息学方法分析子宫内膜癌相关基因和候选通路

目的：通过生物信息学方法分析与子宫内膜癌（EC）发生发展相关的关键基因和候选通路,探讨EC的发病机制和治疗靶点。方法：自公共基因芯片数据库（GEO）下载EC芯片数据集GSE17025和GSE63678,使用GEO2R在线分析工具和R软件筛选EC癌组织与癌旁组织的差异表达基因（DEGs）,并对DEGs进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析,采用String数据库进行蛋白质-蛋白质互作网络（PPI）分析,最后采用Cytoscape软件对PPI网络进行可视化并进行模块分析。结果：对芯片数据集GSE17025和GSE63678进行DEGs分析后共获取100个共同上调基因和106个共同下调基因。GO富集分析DEGs主要富集于有丝分裂染色体分离、核分裂和细胞器分裂等生物学过程;KEGG信号通路分析DEGs主要富集于细胞周期、miRNA、p53信号通路和2型糖尿病等信号通路。通过Cytoscape软件分析,PPI网络中细胞分裂周期基因20（CDC20）、极光激酶A（AURKA）、细胞周期蛋白B1（CCNB1）、泛素E3连接酶（DTL）、中心体相关蛋白55（CEP55）、细胞周期蛋白依赖性激酶1（CDK1）、驱动蛋白家族成员11（KIF11）、母体胚胎亮氨酸拉链激酶（MELK）、细胞周期蛋白B2（CCNB2）和苯并咪唑出芽抑制解除同源物蛋白1（BUB1）被筛选为关键基因。结论：细胞周期相关基因与通路调控网络的失调可能是EC发病的主要机制。     

运用生物信息学方法探究肾上腺皮质癌的关键基因

目的:运用生物信息学方法筛选肾上腺皮质癌(adrenal cortical carcinoma,ACC)的差异表达基因,为ACC诊疗提供新的生物标志物。方法:从GEO数据库中选择基因数据集GSE14922、GSE19776、GSE12368,通过GEO2R工具在线分析,筛选出肾上腺皮质癌组织与正常肾上腺组织的差异表达基因。利用DAVID和STRING在线分析差异表达基因并构建蛋白-蛋白相互作用网络。运用Cytoscape软件筛选关键基因,使用GEPIA在线分析关键基因与ACC预后的关系。结果:共筛选出229个差异表达基因,其中上调基因51个,下调基因178个。分析显示其显著富集于细胞周期、P53信号通路,分子功能主要涉及细胞骨架蛋白组合、生长因子结合功能。MCC筛选出8个关键基因,分别是cyclinB1(CCNB1)、cyclinA2(CCNA2)、cyclin-dependent kinases (CDK1)、threonine-protein kinase BUB1 beta (BUB1B)、mitotic arrest deficient 2 like 1 (MAD2L1)、ri...     

CDK1、CCNB1和NDC80与乙型肝炎相关肝细胞癌的预后和进展相关:基于生物信息学方法

目的 探讨 HBV 转化为 HCC 相关的关键基因,并探索相关的分子机制。方法 分析基因表达综合（GEO）数据库中GSE55092、GSE84044和GSE121248的mRNA微阵列数据,其中包括119个HBV相关的HCC组织和252个HBV相关的非肿瘤组织。“sva”R包用于去除批间差。进行整合分析,获取HBV相关肝癌和HBV组织中的差异表达基因（DEGs）,通过基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析对差异表达基因进行功能注释。使用相互作用基因搜索工具（STRING）构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘最重要的模块和关键基因。cBioportal用于分析hub基因的相关性。利用Kaplan-Meier和Oncomine数据库对TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系。通过逆转录定量PCR（RT-qPCR）实验验证17对临床肝细胞癌样本与邻近非肿瘤组织中hub基因的表达。结果 共获得121个DEGs（P< 0.01）,鉴定出3个遗传标记,细胞周期素依赖性激酶1（CDK1）、细胞周期蛋白B1（CCNB1）和核分裂周期蛋白80（NDC80）,与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,这3个基因高度相关（P<0.05）。UALCAN数据库证实这些基因在肝癌组织中高表达并获得相关预后信息。Kaplan-Meier表明,它们与HCC患者的低存活率相关。CDK1、CCNB1和NDC80与肝癌分级相关（P< 0.05）,RT-qPCR实验证实CDK1、CCNB1和NDC80的mRNA在肝细胞癌中的表达明显高于癌旁组织。结论 CDK1、CCNB1 和NDC80基因可作为HBV相关肝细胞癌的预后标志物,在肝癌的基础研究和临床治疗方面有一定的应用价值。     

TRIM21与胰腺癌临床病理特征及免疫浸润的相关性分析

目的：探讨三结构域蛋白家族成员21(tripartite motif 21,TRIM21)在胰腺癌中的表达及其与临床病理特征、预后及免疫浸润的关系。方法：应用Oncomine与GEPIA数据库分析TRIM21在胰腺癌中的mRNA表达水平;利用基因富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）预测TRIM21可能参与的信号通路;TIMER数据库分析TRIM21在胰腺癌中的表达水平与免疫细胞浸润丰度的相关性,并通过Kaplan-Meier Plotter数据库进行验证;免疫组织化学染色（immunohistochemistry,IHC）检测TRIM21在87例胰腺癌组织及36例癌旁组织中的蛋白水平,并分析其与临床病理特征、预后的关系。结果：TRIM21在胰腺癌组织中明显高表达,且与患者无复发生存时间负相关（P=0.041）;GSEA分析证实TRIM21参与胰腺癌患者免疫相关信号通路;TIMER数据库分析显示胰腺癌中TRIM21表达水平与B细胞（P=7.87e-06）、CD8+T细胞（P=1.18e-04）、巨噬细胞（P=1.43e-02）、中性粒细胞（P=2...     

蛋白激酶CI的表达与胰腺癌的相关性分析

目的研究蛋白激酶CI(PRKCI)在胰腺癌组织中的表达,阐明其对胰腺癌的诊断及预后的作用,并进一步分析PRKCI与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的相关性。方法利用Oncomine、GEPIA、HPA和CCLE数据库分别分析PRKCI在胰腺癌组织和细胞系中的表达,利用GEPIA分析PRKCI的表达与胰腺癌患者预后的关系,利用String数据库分析与PRKCI相互作用的蛋白,利用TIMER研究PRKCI的表达与肿瘤纯度和免疫细胞浸润的相关性。结果胰腺癌组织中PRKCI mRNA和蛋白的表达水平均高于癌旁正常胰腺组织,且PRKCI在胰腺癌细胞系中呈高表达。PRKCI高表达的胰腺癌患者的总生存期和无病生存期明显低于低表达患者(P<0.01),且与胰腺癌患者的分期显著相关。与PRKCI相互作用的蛋白有CDC42、NUMB、SQSTM1等,主要参与炎症反应、蛋白质磷酸化等过程。胰腺癌中PRKCI的表达与CD4⁺T细胞数目、PD-L1基因和CTLA-4基因的表达呈负相关性。结论 PRKCI在胰腺癌中呈高表达,PRKCI mRNA的表达水平与患者的预后和免疫细胞浸润显著相关,其可...     

肝星状细胞差异表达基因的筛选及生物信息学分析

目的对肝星状细胞（HSC）差异表达基因进行筛选及功能分析,为肝纤维化发病机制相关的分子标志物及药物靶点提供理论基础。方法从高通量基因表达（GEO）数据库中选取GSE11954,利用GEO2R进行生物信息学分析,筛选差异表达基因,并利用DAVID对差异表达基因进行基因本体（GO）分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;通过STRING数据库和Cytoscape软件构建差异表达基因对应的蛋白质相互作用网络,利用MCC算法获取具有高度连接性的关键基因。结果对HSC活化组与抑制组数据的差异表达基因进行筛选,共获得1176个差异表达基因,包括上调基因616个、下调基因560个。差异表达基因主要涉及细胞外基质-受体相互作用,细胞周期、p53信号通路及黏着斑等信号通路,通过蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络和Cytoscape软件筛选出10个具有高度连接性的关键基因,包括有丝分裂检查点丝氨酸/苏氨酸激酶B（BUB1B）、细胞周期蛋白依赖性激酶1（CDKl）、细胞周期蛋白A2（CCNA2）、有丝分裂阻滞缺陷2样蛋白1（MAD2L1）、细胞周期蛋白B2（CCNB2）、有丝分裂检查点丝氨酸/苏氨酸激酶（BUB1）、细胞分裂周期蛋白8（CDCA8）、Aurora激酶B（AURKB）、Ndc80复合体（NUF2）、驱动蛋白家族成员2C（KIF2C）。结论HSC差异表达基因可能主要通过ECM受体相互作用通路、黏着斑信号通路、细胞周期通路、p53信号通路来调控肝纤维化的发生、发展。     

基于网络药理学和生物信息学探究西黄丸治疗肝癌作用机制

目的 通过网络药理学和生物信息学方法探究西黄丸治疗肝癌的潜在作用机制。方法 利用TCMSP、化学专业数据库和SwissADME数据库筛选西黄丸活性成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分对应靶点,GEPIA数据库分析靶点基因在肝癌组织与正常组织的表达差异,通过DAVID数据库对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,借助STRING和Cytoscape3.9.0软件构建靶点蛋白相互作用网络,并筛选核心靶点;采用Kaplan-Meier Plotter数据库分析核心基因与肝癌患者预后的相关性,运用CB-Dock工具进行分子对接验证。结果 共筛选得到194个活性成分,147个差异表达靶点基因（上调靶点基因89个、下调靶点基因58个）。GO功能分析得到生物过程19个、细胞组分13个、分子功能16个。KEGG通路富集得到9条信号通路,主要涉及调控细胞周期、孕酮介导的卵母细胞成熟、细胞色素P450对外源性药物代谢、视黄醇代谢等。靶点蛋白相互作用网络及生存分析得到MAPK3、CDK1、PLK1等8个与肝癌患者预后密切相关的核心靶点基因。分子对接结果显示,洋椿苦...     

基于生物信息学方法筛选乙型肝炎病毒相关肝癌的关键基因和临床预后

目的基于基因芯片和生物信息学相关的分析方法,筛选与慢性乙型肝炎(HBV)相关肝细胞癌(HCC)发病的差异表达基因,为有HBV感染史的肝癌患者提供新的分子治疗靶点。方法本研究对来自基因表达数据库(GEO)的GSE55092和GSE121248的mRNA微阵列数据进行分析,获得HBV相关性肝癌和正常组织的差异表达基因(DEGs),利用DAVID数据库对DEGs进行了GO功能分析和KEGG通路富集分析,利用String数据库构建了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,hub基因使用Cytoscape软件进行筛选,cBioportal分析hub基因的相关性,使用GEPIA和Kaplan-Meier数据库并结合TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系。结果共获得了129个DEGs,鉴定了三个hub基因,细胞周期素依赖性激酶1 (CDK1)、细胞周期蛋白B1 (CCNB1)和DNA拓扑异构酶(TOP2A)与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,并且三个基因高度相关,GEPIA数据库证实这些基因在肝癌组织中高度表达,并获得了相关的预后信息,Kaplan-Me...     

基于生物信息学筛选并分析男性肝癌患者发病中的关键基因

目的 筛选男性肝癌患者中的差异基因并分析探讨其对不同性别患者预后的影响。方法 在GEO数据库中获取男性肝癌患者的基因表达数据,通过GEO2R在线工具获取差异基因(DGEs)并在DAVIAD数据库中进行GO和KEGG富集分析;STRING数据库中进行差异基因网络互作分析(PPI),结合Ctoscape插件Cytohubaba获取前10位的关键基因,并且在GEPIA、Kaplan-Meier plotter数据库中分析其对不同患者预后的影响。结果 从GSE19665与GSE84002中分别筛选出男性患者与健康对照者的差异基因并取交集,最终得到162个DGEs;使用DAVID网站对DGEs进行聚类分析,GO功能富集分析显示DGEs主要参与细胞分裂、胞外区、铁离子结合等过程;KEGG分析显示DGEs主要参与细胞周期、卵母细胞减数分裂、p53等信号通路;使用STRING网站对DGEs做PPI网络互作分析,并用Ctoscape软件的MCODE和CytoHubba两个APP从PPI网络中分解关键网络分析核心基因获取了10个关键基因(CDCA8,CCNB2,BUB1,KIF20A,DLGAP5,BIRC5,CDC20,CDK1,ASPM,TOP2A);使用GEPIA网站查询得知TCGA数据中的核心基因均高表达;使用Kaplan-Meier plotter网站分析,细胞周期蛋白B2(recombinant cyclin B2,CCNB2)和有丝分裂相关基因(abnormal spidle microtubule assembly,ASPM)两个基因高表达且与男性患者预后差相关。结论 与女性肝癌患者相比,CCNB2和ASPM的高表达与男性肝癌患者整体生存期显著相关,可作为男性肝癌患者早期诊断和个性化治疗的靶向分子标志物。     

MAL2在胰腺癌中表达及预后的相关性研究

目的 探究髓鞘和淋巴细胞蛋白2 (MAL2)基因在胰腺癌组织中的表达情况以及与胰腺癌患者预后的关系。方方法 整合人类癌症基因组图谱（TCGA）和基因表达数据库（GTEx）,分析MAL2在胰腺癌组织和胰腺正常组织中的表达差异,高通量基因表达数据库（GEO）选取基因芯片用于进一步验证,人类蛋白质表达图谱（HPA）数据库用于获取正常胰腺组织以及胰腺癌组织免疫组化样本。提取胰腺癌患者的基线资料用于评估MAL2的临床相关性。生信分析用于预测MAL2可能参与的生物学机制。结果 MAL2在胰腺癌组织中的表达水平显著高于胰腺正常组织,临床相关性分析的结果显示MAL2的表达水平与胰腺癌患者的年龄、T分期有关。Cox相关分析和Kaplan Meier生存曲线的结果显示MAL2是胰腺癌患者生存的危险因素,与不良预后有关。生信分析的结果显示,MAL2在胰腺癌中发挥的生物学功能可能与NF-κB信号通路有关。结论 MAL2在胰腺癌中异常上调,是潜在的胰腺癌预后相关生物标记物。     

微型染色体维持蛋白6在黑色素瘤中的表达及其与预后的关系

目的 探讨微型染色体维持蛋白6(MCM6)在皮肤黑色素瘤(SKCM)中的表达及其与预后的关系。方法 通过分析TCGA和GTEx数据库,比较MCM6在SKCM和正常皮肤组织中的表达差异;采用受试者工作特征曲线(ROC)、Cox回归分析和Kaplan-Meier (K-M)分析评估MCM6在SKCM中的临床意义及与预后之间的关系;通过LinkedOmics数据库、蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络、GO/KEGG富集及免疫细胞浸润分析对与MCM6共表达的基因进行功能富集分析。结果 MCM6在SKCM中的表达水平明显高于正常皮肤组织(P<0.05),且MCM6的高表达与SKCM的不良预后密切相关。GO功能注释分析显示,与MCM6共表达基因主要参与细胞器分裂、DNA复制、细胞周期检查点等生物学过程。KEGG分析显示,这些基因在细胞周期、细胞衰老、p53信号途径及对药物的耐药性形成等信号传导过程中发挥着重要作用。免疫细胞浸润分析显示,MCM6表达水平与Th2细胞、辅助性T细胞的浸润水平呈正相关;与浆细胞样树突细胞、Th17细胞、自然杀伤细胞及细胞毒性T细胞的浸润水平呈负相关。结论 MCM6在...     

MPF基因在上皮性卵巢癌患者中的表达、相关信号通路及与患者预后的关系

目的：探讨MPF基因在上皮性卵巢癌患者中的表达、相关信号通路及与患者预后关系。方法：TCGA数据库中分析MPF基因在上皮性卵巢癌中的表达情况；STRING数据库建立MPF相关蛋白互作网路，并进行相关信号通路富集。同时分析比较MPF基因表达与上皮性卵巢癌患者总生存(OS)和无疾病进展生存(DFS)及进展后生存期(PPS)的关系。选取89例上皮性卵巢癌患者，免疫组化分析MPF蛋白表达并验证数据库结果。结果：MPF基因mRNA在卵巢癌组织显著高于癌旁组织，差异有统计学意义(P<0.05)。与MPF蛋白相互作用较为紧密基因编码蛋白30个，蛋白间相互作用关系edge=213,区域聚类指数为0.822,与MPF蛋白相互作用较为紧密的30个蛋白相互作用网络富集显著(P<0.01)。相关性分析显示，HAGHL与MPF基因正向共表达最为明显(r=0.557 3,P<0.05),而GFRA3基因与MPF基因负向共表达最为明显(r=-0.490 4,P<0.05)。预后分析显示，MPF基因mRNA高表达患者PFS(HR=1.26)显著低于低表达组，差异有统计学意义(P<0.05...     

中枢性PNET患者基因表达谱变化及生物信息学分析

目的 依据基因表达芯片数据筛选原始神经外胚层肿瘤(primitive neurotodermal tumor,PNET)患者肿瘤组织的差异表达基因及关键蛋白,为其临床治疗提供新的理论依据。方法 从基因芯片公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取GSE74195基因芯片数据集,筛选PNET肿瘤组织与正常小脑组织的差异表达基因,同时进行功能注释(GO)、通路分析(KEGG)及蛋白互作网络分析。结果 筛选出340个表达显著上调的差异基因(FC>3,P<0.01),经功能注释和通路分析,发现这些基因富集于细胞周期、有丝分裂及细胞增殖等过程,KEGG 通路富集显示主要集中于细胞周期和ECM受体相互作用等通路。经蛋白质相互作用网络构建,筛选出5 个关键蛋白分子,即UBA52、UBC、CDK1、CENPK及NDE1。结论 筛选出PNET肿瘤中高表达基因及关键蛋白,为PNET发病机制及潜在的治疗靶点研究提供新思路。     

基于生物信息学研究细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A基因与宫颈癌的关系及调控机制

目的 采用生物信息学方法分析细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子2A(CDKN2A)基因与宫颈癌的关系,并探讨其对宫颈癌潜在的调控机制。方法 从GEO数据库中下载数据集GSE7803、GSE64217和GSE63514,并使用GEO2R软件筛选宫颈癌组织和正常组织之间的差异性表达基因,得到CDKN2A基因在宫颈鳞状细胞癌组织中的表达情况,并利用GEPIA数据库验证CDKN2A基因在宫颈鳞状细胞癌组织中的表达水平。通过DAVID在线工具针对差异性表达基因进行通路富集分析;利用STRING数据库和Cytoscape软件筛选与CDKN2A基因编码蛋白相互作用密切的蛋白。利用UALCAN在线工具分析CDKN2A基因表达与宫颈癌患者临床病理特征及预后的关系,以及宫颈癌组织中CDKN2A基因启动子甲基化水平。利用TIMER数据库分析CDKN2A基因表达水平与肿瘤免疫细胞浸润的相关性。利用ENCORI和mirDIP软件分析与CDKN2A基因有结合靶点的miRNA。结果 共获得347个差异性表达基因,其中CDKN2A基因为上调基因;GEPIA数据库验证结果提示CDKN2A基因在宫颈鳞状细胞癌组织组织中呈高表...     

基于多数据库综合分析胰腺癌中TRIM29基因表达及甲基化水平的预后价值

摘要:目的 探究三结构域蛋白29(TRIM29)作为胰腺癌患者预后标志物的价值。方法 通过生物信息学方法,利 用 TCGA、GEO、ICGC数据库探究 TRIM29mRNA 表达及甲基化水平在胰腺癌患者预后中的作用。结果 TRIM29在 胰腺癌组织中显著上调(P<0.05)。TRIM29高表达的胰腺癌患者总生存期(OS)显著低于 TRIM29低表达的胰腺癌患 者(P<0.05)。Meta分析验证了 TRIM29上调是胰腺癌患者 OS的不利预后因素。TRIM29表达水平与胰腺癌 T 分期 和病理分期密切相关(均P<0.05)。TRIM29表达水平是胰腺癌患者预后的独立危险因素(HR=1.19,95%CI=1.03 ~1.36,P<0.05)。列线图分析同样验证了 TRIM29的预测能力。GO 富集分析结果显示 TRIM29可能具有调节细胞 外基质结构成分,参与细胞间连接等分子功能;KEGG富集分析结果显示 TRIM29可能与粘着斑和PI3K-Akt等信号通路 相关。TRIM29甲基化水平和表达量呈负相关(r=-0.71,P<0.01),且 TRIM29低甲基化的胰腺癌患者 OS和无进展生 存期(PFS)显著低于 TRIM29高甲基化的胰腺癌患者(均P<0.05)。结论 TRIM29在胰腺癌组织中呈现高表达和低甲基 化水平,且与胰腺癌患者预后不良密切相关,甲基化调控可能在 TRIM29促进胰腺癌的发生发展中具有重要作用。     

表达谱芯片和DNA甲基化芯片联合分析筛选克罗恩病发生、发展的分子靶标

目的 通过生物信息学方法筛选与克罗恩病(CD)发病相关的异常甲基化修饰的差异表达基因。方法 从公共基因表达数据库(GEO)下载CD的表达谱芯片GSE102134和DNA甲基化芯片GSE105798。通过R语言软件对CD表达谱芯片进行差异表达分析,同时对CD的DNA甲基化芯片进行差异甲基化位点分析。筛选异常甲基化修饰的差异表达基因进行功能富集分析。STRING数据库和Cytoscape软件共同构建蛋白相互作用网络,筛选CD的核心基因。最后通过GEO数据库GSE75214和GSE186582验证差异基因表达。结果 采用表达谱芯片分析,共筛选出1315个差异表达基因,其中780个表达上调,535个表达下调。CD组与对照组比较,共发现11066个差异甲基化位点,其中8542个高甲基化位点,2524个低甲基化位点。对差异表达基因和差异甲基化基因进行联合分析,找到55个低甲基化修饰下表达上调的基因,和125个高甲基化修饰下表达上调的基因。GO分析表明异常甲基化修饰的差异表达基因与跨膜转运蛋白活性、细胞顶端组成和有机阴离子转运相关。KEGG信号通路主要为PI₃K/Akt信号通路、黏附斑和ECM-受体相互作用等。STRING和Cytoscape软件筛选信号通路中的关键基因,并在GSE75214和GSE186582芯片集验证差异基因的表达,结果提示COL4A2、COL4A1、PDGFRB和PYY可能在CD中起重要作用。结论COL4A2、COL4A1、PDGFRB和PYY可能是CD疾病诊断和治疗的潜在靶点。